Op zoek naar de klepel

bij dezen en genen

LUCA – the big bang of evolution

Een gastbijdrage van Leonardo da Gioiella

 

Een paar dagen geleden botste ik op een conclusie van Douglas L. Theobald, over universal common ancestry (UCA) – een positieve bevinding – neergelegd in Nature, in a letter to the editor. Ik denk dat dat niet zomaar een voorbarige conclusie was, maar een pertinent onjuiste conclusie: een conclusie die niet getrokken mag worden gegeven de premissen die aan de conclusie ten grondslag (zouden) moeten worden gelegd. Ik denk verder, dat dat niet zozeer een misrekening is van Theobald alleen, dan wel een misrekening van de evolutionist community die in haar wetenschappelijke methode de mogelijkheid van deze misrekeningen als het ware heeft ingebakken.

Vooraf moet opgemerkt worden dat Theobald over UCA spreekt, terwijl LUCA ook een staand begrip is: last universal common ancestor. Ik heb goede redenen om aan te nemen dat Theobald hetzelfde fenomeen op het oog heeft. Hij refereert enkele keren aan (het gebruik van) LUCA bij andere auteurs, en geeft dan niet aan dat zijn UCA daarvan zou afwijken. Daarnaast, en bovendien, voor de evolutionist dekt het begrip common ancestor dezelfde redenatie als common ancestry: de evolutionaire gedachte die the existence of universal homologies én in de constructie van het DNA én in de wijze waarop DNA en RNA zich manifesteren bij vermeerdering, als zekerheid van de onzichtbare, en bewijs van de onkenbare evolutie ziet.

De bijdrage van Theobald bestaat uit twee artikelen: a letter in Nature (abstract; 2010). Hierin maakt Theobald gewag van zijn bevindingen.
Een uitgebreider artikel in Biology Direct (2011), n.a.v. kritiek op de wijze waarop hij tot zijn conclusies gekomen is. De kritiek – let wel: niet op de conclusies, maar op de methode – kwam van Koonin & Wolf. Dit tweede artikel is peer reviewed door 3 wetenschappers. Wat daarbij opvalt is dat alle drie de wetenschappers positief zijn over de activiteit van Theobald, maar vraagtekens zetten bij zijn verslag, dan wel een stevige discussie aangaan, met als conclusies: suitable for publication (1ste reviewer), a great contribution to an ongoing discussion (2de reviewer) en the clash of scientific philosophies on display between the ‘old guard’ of Koonin and Wolf (and reviewers) […] and the ‘new guard’ of Theobald.

GSSP site in de Ediacara Hills, waar rudimentaire sporen van leven zijn gevonden - Ediacaran biota (GSSP is een keurmerk voor geologisch belangrijke locaties)

GSSP site in de Ediacara Hills, waar rudimentaire sporen van leven zijn gevonden – Ediacaran biota
(GSSP is een keurmerk voor geologisch belangrijke locaties)

 

De methode van Theobald is als volgt.
Hij bouwt statistisch materiaal op, op basis van de uitkomsten van een computermodel van evolutie, een computermodel dat algemeen geaccepteerd wordt. The probability van de mogelijke stappen vooruit in de ontwikkelingen in de evolutie wordt daarbij een kanswaarde toegekend.
Het aldus verkregen statistische materiaal wordt daarna geïnterpreteerd met de Bayesian benadering van statistics. Die benadering houdt grofweg in dat the probability mede bepaald wordt door de verwachtingen die de onderzoeker mag hebben op basis van logische denkstructuren (Bayes zelf sprak hier van believe).

Waar ik hierboven sprak van de evolutionist community, doelde ik op die scientific philosophies die een rol spelen in het wetenschappelijke proces, en die zich in het hart van de evolutionist community manifesteren: de handboeken bijvoorbeeld. In het handboek dat ik nu hanteer (Barton et alii) volgt, na de hoofdstukken evidence for evolution en the origin of life – dat begint met de vraag: Is it extraordinary to consider that all living creatures on Earth share a common ancestry. – het hoofdstuk the last universal common ancestor and the tree of life. Dat hoofdstuk telt 28 bladzijden. Aan het eind van het hoofdstuk weet je dat er geen bewijs is, en dat er ook andere interpretaties mogelijk zijn. Echter, er worden 23 bladzijden besteed aan de behandeling van de veronderstelde gang van zaken, waarbij de tree of life de bepalende denkvorm is, en in twee bladzijden wordt de mogelijkheid overwogen van gene transfer between species, waarbij niet de tree of life zichtbaar wordt maar een soort van, zeg maar spaghetti structuur.

Merk op dat het grote probleem is het ontbreken van fossielen. Daarvoor heb je botten en ander hard residumateriaal nodig, en dat was er in de beginfase van het leven niet.

Wat zijn nu de werkelijke mogelijkheden.
Op de wereld bevinden zich 2 plekken A en B, waar dezelfde rotzooi is komen te liggen als gevolg van de big bang en de vorming van ons sterrenstelsel. Rotzooi dat de neiging heeft om zich te ontwikkelen tot meer rotzooi, een ontwikkeling die begeleid wordt door wat we nu atmosferische en klimatologische omstandigheden noemen. Gelijkelijke wel te verstaan: er is geen enkele voorkeursreden om aan te nemen dat er zoiets was als een voor- en achterkant van de aarde.
Plek A en B liggen op behoorlijke afstand van elkaar. Dat dat verondersteld mag worden weten we, omdat zowel in Groenland als in Australië sporen van een elementaire vorm van leven gevonden zijn, met een zelfde leeftijd: iets meer dan 3,5 miljard jaar, respectievelijk iets minder dan 3,5 miljard jaar.
Er is geen voorkeursreden om te veronderstellen dat op plek A wel ontwikkeling zou plaats vinden en op plek B niet, of omgekeerd. Ofwel, er zijn in plaats van 10^n (n is groot) mogelijkheden, precies 3 mogelijkheden:
op plek A wel en op plek B niet, op plek B wel en op plek A niet, en op zowel plek A als plek B.
Om plek A én plek B een positive probability te geven was er meer dan plenty time: het leven is zich een half miljard jaar geleden gaan manifesteren zoals wij het nu kennen, en daar was ruim 3 miljard jaar voor beschikbaar.

 

Fjord wanden met sedimentaire lagen, Scoresby Sound, East Greenland. by Frans Lanting.

Fjord wanden met sedimentaire lagen, Scoresby Sound, East Greenland. by Frans Lanting.

 

Als we hier kijken naar probabilities, moeten we goed naar David Deutsch luisteren, denk ik. De natuur kent geen probabilities, dat is een uitvinding van de mens die denkt dat de natuur door de wiskunde is bepaald in plaats van dat onze ontwikkeling van de wiskunde door de verschijnselen in de natuur is vorm gegeven. Iets gebeurt, of iets gebeurt niet, en daar liggen geen statistische methoden aan ten grondslag.
En ook geen randomizer!

Uitgaande van de mogelijkheid dat er op twee plekken precies hetzelfde gebeurt met de daar liggende rotzooi onder gelijke omstandigheden, zijn er nu twee mogelijkheden.
Op plek A ontstaat een andere vorm van leven dan op plek B (1) òf op plek A is de uitkomst van de ontwikkeling (nagenoeg) gelijk aan die van plek B (2). Met “anders” dan wel “gelijk” bedoel ik: beide ontwikkelingen vertonen wel of niet die kenmerken die door de evolutie theorie bepalend worden geacht voor common ancestry.

Eerst de mogelijkheid van niet het zelfde: er ontstaat een biosfeer (plek A) en een biosfeer accent (plek B).
Op enig moment ontmoeten die biosferen elkaar- noodzakelijkerwijs, de loop der dingen. Er is geen clash of civilizations – de biosferen hebben verschillende manifestaties en dus verschillende behoeftes – er is geen reden voor een struggle for life.
Van een dergelijke ontwikkeling zijn geen sporen te vinden.
Het kan gebeurd zijn, het kan niet gebeurd zijn. Het heeft dan ook geen zin om hierover te speculeren – voor zover het gebeurd is kennen we de specificaties niet. Dat levert in deze discussie ook geen probleem, want het speelt in het denken van de evolutionist community in het algemeen, en in het denken van Theobald versus Koonin en Wolf geen enkele rol.

De andere mogelijkheid: er ontstaat een biosfeer A en een biosfeer B die, zoals logisch verwacht mocht worden – gezien dezelfde rotzooi als beginvoorwaarde en dezelfde begeleidende omstandigheden als ontwikkelingsvoorwaarden – in alle verschijningsvormen overeenkomstig zijn.
Op enig moment ontmoeten die biosferen elkaar- noodzakelijkerwijs, de loop der dingen. Er is een clash of civilizations – de biosferen hebben dezelfde manifestaties en dus overeenkomstige behoeftes – er is alle reden voor een struggle for life. Uiteraard heeft die struggle for life zich voorgedaan, en tot resultaat gehad dat er winnaars en verliezers zijn geweest. Uiteraard, want ik moet hier de theorie van de evolutie volgen, waarvoor voldoende aanwijzingen voorhanden zijn.

Mijn stelling is nu deze. Er is geen enkele aanwijzing die ons inzicht verschaft in welke mogelijkheid zich gemanifesteerd heeft in de natuur. Er is geen enkele aanwijzing die ons inzicht verschaft of de overlevenden van een mogelijke clash enkel uit A, of enkel uit B of uit A én uit B afkomstig zijn.
Geen enkele aanwijzing!
En de enige reden dat Theobald of, om diezelfde reden, Koonin en Wolf, tot de conclusies komen waartoe ze komen is omdat ze maar uitgaan van één scenario, en dat scenario in hun modellen stoppen, in plaats van ook zoiets als een plek A én een plek B op te nemen.
Dat betekent dus dat het geen enkele zin heeft om speculaties in die zin te verheffen tot hypotheses: er wordt in de modelmatige benadering geen rekening gehouden met meerdere ontwikkelingspaden en, voor zover iemand dat zou willen, er zijn geen specifieke aanwijzingen op basis waarvan je een model kunt inrichten.

Er is dus geen enkele uitspraak over UCA of LUCA mogelijk (QED).
Wat mij betreft: het kan gegaan zijn zoals de evolutionist community denkt dat het gegaan is, het kan ook heel anders gegaan zijn.

Enkele aanvullende opmerkingen.

Daar zijn de Ediacara organisms – vindplaatsen zowel boven de evenaar op het westelijk halfrond als onder de evenaar op het oostelijk halfrond – [… looking] very different from anything living today, so it is perhaps not surprising that the nature and affinities of these fossils remain controversial. Naar aanleiding waarvan de paleontologist McMenamin suggereert: … that the path toward intelligent life was embarked upon more than once on this planet.

Uiteraard hoefde het samenkomen van die twee biosferen niet te wachten op de uitwerking van territoriumdrift. Door de klimatologische omstandigheden – cyclonen, vulkanische uitbarstingen, inslagen van meteorieten – zal er in die oertijd veel stof zijn opgewaaid, waardoor er eerder contact kan zijn geweest, tijdens de ontwikkeling van die biosferen, dan dat dat heeft moeten wachten op territoria die naar elkaar toegroeiden.

Volledigheidshalve moet een clash tussen biosfeer A en een daarvan essentieel verschillende biosfeer accent  B overwogen worden. Maar dan, mutatis mutandis, wel een clash met winnaars en verliezers. Ook voor dit scenario geldt dat de afwezigheid van ook maar de geringste aanwijzingen tot terughoudendheid en bescheidenheid noopt bij uitspraken daarover.

 

alkaline hydrothermale bron

alkaline hydrothermal vent at Lost City. Atlantic Ocean, Mid-Atlantic Ridge. 2005 July. Credit: IFE, URI-IAO, UW, Lost City Science Party; NOAA/OAR/OER; The Lost City 2005 Expedition.

 

NB’s

In deze post komt panspermia niet ter sprake.
Het is uiteraard ook een mogelijkheid. Maar het zou eigenlijk geen andere vragen oproepen, wanneer Theobald, respectievelijk Koonin en Wolf, hun modellen op panspermia hadden losgelaten.

Er staat hier, als illustratie, ook een plaatje van an ocean environment waar leven zou (kunnen) zijn ontstaan. Een gedachte die gepropageerd is door geochemist Michael Russell, en verder is uitgewerkt door Nick Lane (waarover Marleen geblogged heeft).
Dat plaatje is ook toegevoegd om een probleem te signaleren.
Allereerst weten we niet waar het water vandaan komt, en wanneer het zich als water manifesteerde. Daarnaast weten we niets over de hoeveelheden en de accumulatie daarvan, behalve dan dat de oceanen van betrekkelijk recente datum zijn, zeker in verhouding tot het ontstaan en de ontwikkeling van leven. Even goed denkbaar is dat water ontstaan is als bijproduct van het leven – denk aan metabolisme – waarna het, door de overvloedige aanwezigheid, als accelerator kon optreden.

Eén (onderdeel) van de verklaringen van de tree of life – examples of universal homologies – luidt als volgt: translating RNA into proteins using a three-letter genetic code. Ik denk dat het vooral dit soort taalgebruik is dat evolutiebiologen parten speelt en tot zulke gedachtenspinsels leidt als hierboven besproken. Er wordt uiteraard niks vertaald, en een molecuul die zichzelf wil vermenigvuldigen gaat niet naar de winkel met de mededeling: doet U mij maar een cécégeetje. Wetenschappers die met zulke taal opgevoed worden, raken zo diep in het modelmatige dat ze als vanzelf gaan denken dat je het analoge, continue proces van evolutie in discrete modellen kunt simuleren…. op de voet gevolgd door vooronderstellingen die vervolgens, als selffulfilling backward prophecies, tot prachtige schilderingen van het verleden leiden.

 

20 Reacties op “LUCA – the big bang of evolution

  1. Rob IJsselstein januari 27, 2016 om 14:10

    Helemaal eens met de strekking van het verhaal. Ook gezien recente ontdekkingen over (de op zoveel plaatsen aanwezige) archeae lijkt het steeds waarschijnlijker dat het leven op meerdere plaatsen is ontstaan. En misschien nog steeds ontstaat……

  2. Harry Pinxteren januari 28, 2016 om 20:48

    mooie term Leonardo: selffulfilling backward prophecies

    zo werken al die ‘modellen’.
    zie bijvoorbeeld het ‘model’ van Nilsson en Pelger dat ik – ook toevallig! – vandaag als voorbeeld aanhaalde in de discussie met Marleen over die ‘explanatory power’ waar Dawkins het over had..

    Het verhaal van Theobald is er dus één van de vele. Er zit met andere woorden een patroon een, om niet te zeggen een design.😉

  3. leonardo januari 29, 2016 om 09:57

    Harry,
    bedankt voor het compliment.

    Tja, modellen zijn bedoeld om iets over een nog niet gekende werkelijkheid te zeggen. Maar wat moet je over de waarde van een model besluiten als er nooit een werkelijkheid zal komen om de werking te toetsen?

  4. Harry Pinxteren januari 29, 2016 om 17:26

    Leonardo

    zelfs al heb je alle denkbare data om je model te toetsen, dan nog kun je vrolijk allerlei selffulfilling backward prophecies, blijven produceren.

    Ik denk dat modellen van het soort waar we het over hebben vooral, misschien wel uitsluitend, zin hebben als ze wat interessante ideeën opleveren.

    De vraag is dus, inderdaad, wat het ‘kenobject is van de evolutie’. Om te beginnen.

    Als ik de fysici moet geloven, zijn we begonnen met wat deeltjes en een paar krachten. En ze vertellen mij verder dat ze dat allemaal in een paar redelijk eenvoudige vergelijkingen kunnen beschrijven. Als het allemaal zo simpel begón, waar komt dan al die complexiteit vandaan? Moet je eens goed om je heen kijken. Of met Seth Lloyd te spreken: dan zie ik bijvoorbeeld mensen die nog veel complexer zijn dan ik.

    We hebben geen idee. Lloyd ook niet echt, maar hij durft wel : “Boltzmann was wrong…” Het is in ieder geval een duidelijk idee om mee te beginnen. Zo komen we misschien verder. In ieder geval verder dan dat gemier op de vierkante millimeter over natuurlijke selectie etc.

    Lloyd doet trouwens méér dan Boltzmann bashen. http://news.mit.edu/2016/quantum-approach-big-data-0125. Die entropie daar aan het MIT wordt alsmaar láger. Wat zullen ze daar dan vaak hard moeten zweten.

  5. Marleen januari 29, 2016 om 23:01

    Het is een vraag die iedereen zou moeten stellen. Wat als er meerdere keren leven ontstaan is. En op verschillende plekken bovendien. Kun je dan nog wel van een LUCA spreken.

    Het is zeker dat er op verschillende plekken leven ontstaan is, precies om de reden die je noemt: er is overal vergelijkbare rotzooi verspreid. Ik begrijp dat het ter illustratie handig is twee plekken te beschouwen, maar als er inderdaad op meerdere plekken dezelfde rotzooi ligt kan die onder verschillende of dezelfde omstandigheden respectievelijk verschillende of dezelfde aanzetten tot leven voortbrengen.

    De eerste stappen betreffen waarschijnlijk de organisatie van moleculen die vervolgens omsloten worden door een huls, een membraan. Pas dan zullen deze cellen zich kunnen verplaatsen en met elkaar in concurrentie gaan. Geen één cel is gelijk dus daar komt per definitie een winnaar uit. De cel die het stabielst is en het meest efficiënt repliceert zal gaan overheersen. Dit in het geval ze om dezelfde metabolieten vechten.

    Hebben deze eerste cellen daarentegen totaal verschillende constitutie die totaal verschillende voedselbronnen benutten, dan kunnen ze rustig naast elkaar groeien en in aantal toenemen. Dat zou kunnen betekenen dat er meerdere tree of lifes zijn en meerdere LUCAs. Eén LUCA voor de eerste boom, één voor de tweede boom, n LUCAs voor n bomen.

    In dit laatste geval hebben de verschillende bomen verschillende informatiedragers (tegenwoordig DNA) en verschillende codes, want de rotzooi was dan wel hetzelfde maar de omstandigheden waren anders (dat was de premisse voor verschillende aanzetten tot leven).

    Tegenwoordig zien we uitsluitend organismen met DNA dat in al dit leven op nagenoeg dezelfde wijze codeert. Aangezien de evolutie van de code een heel specifieke weg is gegaan (een kleine afwijking zou een andere code genereren), kan men er van op aan dat er uiteindelijk één organisme is geweest met precies deze code dat de voorvader is van al het leven op deze wereld.

    Dat is de reden dat speculeren over mogelijk meerdere beginnen niet veel zin heeft, maar speculeren over LUCA zelf en hoe deze eruit gezien zou kunnen hebben wel. Het levert vooral bij onderzoekers als Thornton en Nick Lane interessante modellen en hypothesen op.

    Zelfs Nick Lane laat in zijn hypothesen het ontstaan van meerdere cellen naast elkaar zien (zie figuur). Maar het is duidelijk dat in zijn modellen de ‘rotzooi’ en de omstandigheden hetzelfde waren, en dat er dus harde concurrentie was tussen de zich uit de primordiale poriën losmakende cellen. LUCA is in deze hypothese een porie bekleed met een lekkend membraan, waarin zich langzaamaan verschillende ionenpompen ontwikkelen.

    Zie figuurionenpompen vanaf LUCA

  6. leonardo februari 1, 2016 om 14:12

    Marleen,

    Je stelt je niet alleen de vraag, je beantwoordt die ook positief. Dat doet me deugd. Dat is volgens mij out of the box denken.

    Je vult de eerste stapjes wel in. Dat doe ik niet. Volgens mij denk je daar ook niet meer out of the box, maar volgt de (speculatieve) theorie.

    Je denkt dat er meerdere Luca’s kunnen zijn. Ik denk van niet, er is één universal common ancestor of hij is er niet. Er zouden dan ook niet verschillende trees of life zijn, maar een spaghetti-structuur. Het is natuurlijk denkbaar, maar gezien al die fysieke processen die iets wat verschillend is toch samenvoegen, denk ik dat we veilig mogen aannemen dat er her en der versmelting zou hebben plaats gevonden.

    Dan concludeer je dat we daar niets meer van terugvinden. Dat is voor mij een reden om te zeggen: we kunnen er niets van af komen te weten.
    Voor jou is het een reden om te zeggen: laten we er maar vrolijk op los speculeren, het levert interessante vergezichten terug in de tijd op.
    Ik vraag het nogmaals: wat kan de zin zijn van wetenschappelijk speculeren, modellen bouwen, als we van z’n levensdagen niet in staat zullen zijn om de waarde van de speculatie te toetsen aan een werkelijkheid.

    Het erge van Nick Lane c.s. (David Deutsch met zijn vele werelden, Krauss met zijn multiverse) is dat die theorieën opbouwt en boeken schrijft die zo verleidelijk zijn – misschien was ENCHANTIG VENTS een goeie titel geweest – dat hij als geleerde geloofd en geprezen wordt en alom gerespecteerd, terwijl er geen tittel of jota waargenomen, nagerekend, laat staan bewezen kan worden.

    Op dit punt aangekomen voel ik de behoefte om je, met alle respect, streng toe te spreken: nooit meer aan toegeven, Marleen. (Waar die behoefte plotseling vandaan komt weet ik nu even niet; grotere geesten dan ik zijn mij voor gegaan om hun wijsvinger zwaaiend tegen jou op te heffen, dat had voldoende moeten zijn.)

  7. Harry Pinxteren februari 2, 2016 om 16:48

    beste leonardo

    ik zou Deutsch niet zo even op een lijn willen stellen met Lane en Krauss.. tenminste voor zover ik hem begrijp. Om te beginnen rekent hij meer dan die andere twee bij mekaar. En ja, je kunt hem verder alleen verwijten dat hij het scheermes misschien wat al te voortvarend hanteert- als je alle overbodige aannames, kortom alle dor hout, kapt, dan blijft er maar één zinnig alternatief over.

    Is er eens een keer iemand die probeert zo min mogelijk te speculeren, is het ook weer niet goed😉

    • leonardo februari 2, 2016 om 21:11

      Harry,
      ik heb geen enkele behoefte om Deutsch of Krauss in een kwaad daglicht te stellen. Het zullen vast gedegen wetenschappers zijn.

      Ik heb hier puur dat ene “theorietje” op het oog.

  8. Harry Pinxteren februari 2, 2016 om 17:03

    ps noot: Deutsch heeft ze écht geteld: er zijn in totaal 21 verschillende interpretaties van de qm. Nou ja, zo verschillend zijn ze nou ook weer niet, maar ze zijn wel allemaal fout!

  9. Marleen februari 3, 2016 om 06:46

    leonardo,

    Eigenlijk heb ik geprobeerd te redeneren en aan te tonen dat je hoe dan ook uitkomt bij één LUCA of UCA. Mijn verhaal over meerdere LUCA’s was alleen bedoeld om te illustreren dat deze mogelijkheid niet met redelijkheid verondersteld kan worden, precies omdat je dan meerdere trees of life krijgt die naast elkaar zouden moeten bestaan. De universaliteit van de genetische code (en nog wel meer eigenschappen van het leven) toont aan dat er geen sprake is geweest van meerdere LUCA’s en dus ook niet van meerdere trees of life. We zijn het blijkbaar eens dat er ‘versmelting’ plaats zou vinden.

    Het heeft duidelijk geen zin te speculeren over meerdere LUCA’s want dat brengt je nergens toe. Daar is zowel aan de oorsprong van het leven als in het tegenwoordige leven niets van terug te vinden. Eén enkele LUCA is daarentegen heel wat waarschijnlijker precies vanwege de overeenkomsten die er bestaan tussen een hedendaagse prokaryoot en zoogdier of insect. Daar hebben we tenminste in het nu aanwijzingen voor.

    Dan veronderstel je dat we de hypothesen nooit zullen kunnen toetsen aan de werkelijkheid. Het lijkt me dat we met fossielen m.b.t. evolutie best ver gekomen zijn. Het zou me niet verbazen als zowel Thornton met zijn ‘fossiele’ eiwitten als Nick Lane met zijn naar het lab getransporteerde stukken van de hydrothermale schoorstenen over niet al te lange tijd naar een LUCA kunnen wijzen, waarvan steeds meer kenmerken vastgesteld kunnen worden. De theorieën liggen allemaal klaar en zijn vrij eenduidig ondanks de verschillende wetenschappers die zich er mee bezighouden. Ik zou ook niet willen zeggen dat er vrolijk op los gespeculeerd wordt. Mensen als Martin Russel en Nick Lane zijn er al meerdere decennia mee bezig en worden door de meeste wetenschappers serieus genomen. Dit laatste om aan te geven dat er niet veel meer alternatieven zijn. En dat is niet negatief bedoeld, integendeel. Het gebrek aan alternatieven dwingt ons deze hypothese serieus te nemen. De hele energiehuishouding en alle ionenpompen zijn hetzelfde in alle cellen, wat niet alleen een LUCA suggereert, maar ook een omgeving waarin er een gradiënt van ionen bestond en dat vind je uitsluitend in hydrothermale bronnen.

    Dat er van Nick Lane’s werk niest bewezen kan worden zegt niets over de wetenschappelijke waarde ervan. Zoals je weet is er van de theorieën in de wetenschap vrijwel niets bewezen met 100% zekerheid.

    Ik weet niet waar ik niet aan zou moeten toegeven. Met een beetje kennis van hoe een cel werkt zie je dat de hypothesen van Lane van een simpele en overtuigende schoonheid zijn.

  10. leonardo februari 3, 2016 om 09:01

    Marleen,
    misschien volgt er nog meer, maar …

    Je mag … nee, het zou een doodzonde betekenen als je jezelf niet kunt overgeven aan de schoonheid van het leven!

  11. Harry Pinxteren februari 3, 2016 om 12:54

    Leonardo

    als we nooit begonnen waren met speculeren, zaten we nu nog met onze blote billen in de boom (korte samenvatting van Descent of Man). Maar niemand heeft enig idee hoe dat speculeren wérkt, hoe onze hersens dat doen, of: hoe wij dat doen met onze hersens. Laat staan dat we weten hoe je speculaties omzet in uitspraken die een beetje geconfronteerd kunnen worden met observaties- of liever uitspraken die je ook nog kunnen vertellen waar(naar) je moet kijken. Denk aan die zwaartekrachtgolven.

    Kortom, zonder wiskunde lukt het niet. Maar sinds Wigner dat in 1960 een ‘miracle’ noemde, heeft nog steeds niemand enig idee- of ik heb wat gemist.

    Trouwens, zover ik weet wordt er in plaats van eindeloos te speculeren over LUCA , ook geëxperimenteerd met dna: om te kijken of er alternatieven mogelijk zijn, of die code inderdaad zo universeel is als we nu denken. Prima lijkt me. Spannend ook.

    Nee, Leonardo. Niet allemaal. Dankzij Deutsch’ multiverse hoeven we weliswaar niet meer te soebatten over de vraag of de werkelijkheid nou wel of niet bestáát, we hebben er zelfs oneindig veel, maar dat heeft ook zo zijn nadeel, al merken wij daar meestal niks van: er zijn bijvoorbeeld intussen al oneindig veel kopieën van mij gesneefd- net als van jou trouwens. Maar iets van gemerkt? En kijk, dat kun je dan wel weer een voordeel noemen: ondanks het feit dat we er verder niks van gemerkt hebben, zijn wij in ieder geval nog alive and kicking.

    Het is een volstrekt absurde conclusie die volgens Deutsch onvermijdelijk volgt uit zijn geréken. Nou kan Seth Lloyd ook goed rekenen zoals je vorige week nog hebt kunnen zien, maar die ziet dat multiverse van Deutsch toch niet zo zitten- die quantum computer overigens des te meer.

    Aha, als we die eenmaal up en runnig hebben, nou berg je dan maar, dan kunnen we àlles voortaan uitrekenen. Het gespeculeer laten we dan definitief aan de filosofen over😉

  12. leonardo februari 3, 2016 om 16:17

    Harry, nog maar een keer, ten overvloede hoop ik.

    Ik ben geen tegenstander van speculatief redeneren als instrument van de wetenschapsbeoefening.
    Ja, Darwin heeft speculatief geredeneerd, maar heeft bij zijn leven de basale waarde van een aantal speculaties kunnen demonstreren.
    Ik denk dat voor mij geldt wat jij ook zegt: je moet de grens van redelijk speculeren onderkennen.
    Dus als je speculaties inhoudelijk aan de grens raken waarvan we weten: die doorbreken we niet – dan moeten we, als we toch verder gaan, willen weten dat we met science fiction bezig zijn.

    Of met God.
    Ik weet niet of ik het aantal levende Harry’s en dode Harry’s kan berekenen.
    Zo ja, als ik er in mijn berekeningen meer vindt, maar ik kan ze niet demonstreren, dan kan ik niet anders dan vaststellen dan dat ik met de alomtegenwoordige God Harry bezig ben; en daarvan hebben we afgesproken dat die voor de wetenschap onbespreekbaar is.
    Jammer, maar het is niet anders.

  13. jeroenj februari 4, 2016 om 21:35

    Leonardo, of je snapt er niets van, of je slaagt er niet in om voor een bijzonder geïnteresseerde en redelijk slimme tamelijk ingewijde als ik uit te leggen wat je snapt van wat je suggereert gelezen en begrepen te hebben.

    UCA lijkt mij een vager, veiliger en behoudender concept dan LUCA.

    Waar je je sterk maakt voor het idee dat het leven best meerdere oorsprongen kan hebben hul je je bijzonder uitgesproken in nevelen waaruit dat enerzijds te concluderen valt of wat het anderzijds voor consequenties voor ons levende-wereldbeeld zou hebben.

    Het lijkt erop dat je in je verwarring lotgenoten zoekt, of zelfs probeert te werven.

    Een voorbeeld: als ik mij een “spaghetti-structuur” probeer voor te stellen denk ik aan een pannetje of vergiet met nagenoeg even lange sliertjes, kronkelig verward zonder in de knoop te raken, met elk twee gelijkwaardige uiteinden op nauwelijks voorspelbare plaatsen in het geheel.

    Kun je me helpen om kaas of chocola te maken van je essays?

    • leonardo februari 5, 2016 om 02:53

      Ik ben blij voor je, Jeroen, dat je erg tevreden bent met jezelf. Houden zo.
      Mocht je bereid zijn een minder paternalistische toon aan te slaan dan zal een volgende reactie door mij zeker in behandeling worden genomen.
      Voor nu geldt: probeer het nog een keer.
      NB Oh ja, Soortgelijk getoonzette reacties worden hier verder niet geplaatst. Kwestie van gehanteerde omgangsvormen. De mijne uiteraard.

  14. Harry Pinxteren februari 5, 2016 om 13:35

    Leonardo

    ok, gelukkig, dan gaan we gewoon door met een beetje speculeren- zolang we ook maar stug blijven exxperimenteren. Bijvoorbeeld met dat alternatieve dna, ofwel ‘xna’, (niet te verwarren met dat microsoftspelletje).

  15. Bert Morriën (@bertmorrien) februari 20, 2016 om 01:46

    Zie ook “Synthesis of phylogeny and taxonomy into a comprehensive tree of life”
    http://www.pnas.org/content/112/41/12764.full.pdf

    Er werd trouwens eens door iemand opgemerkt dat wanneer je de mate van complexiteit van organische moleculen uitzet tegen de tijd, dan zou die bij het ontstaan van de aarde al aanzienlijk geweest moeten zijn, zodat de oorsprong van organische moleculen al veel eerder gezocht zou moeten worden. Hoe dit ook zij, het is bekend dat er buiten de aarde en buiten ons zonnestelsel ook complexe organische moleculen te vinden zijn. Bij proeven kunnen zulke moleculen ook spontaan ontstaan.
    De vraag is of evolutie al vóór of pas na het ontstaan van leven – zoals dat algemeen gedefinieerd wordt – is begonnen. Als er geen wezenlijk onderscheid tussen leven en dood gemaakt kan worden, lijkt het onzin om van één gemeenschappelijke voorouder te spreken. Er is dan nooit één soort eencellige Adam geweest, maar het moet dan over heel veel kleine proto-adammetjes gegaan zijn die volgens de gangbare criteria nog niet als echt levend beschouwd zouden kunnen worden maar die in voorkomende gevallen elkaar beconcurreerden of coalities vormden waarvan sommigen stabiel genoeg waren om dit proces te kunnen voortzetten, op weg naar een steeds grotere complexiteit.

  16. Bert Morriën (@bertmorrien) februari 20, 2016 om 09:08

    Wellicht ten overvloede, het lijkt erop dat alternatieve levensvormen, die dus bestaan moeten hebben, spoorloos verdwenen zijn, althans voor zover de feiten dit uitwijzen en dan zou je inderdaad op een LUCA terecht komen. Het vervelende is natuurlijk dat die – met die alternatieve levensvormen – óók spoorloos verdwenen lijken te zijn. Het is echter geenszins uitgesloten dat we nog eens op een alternatieve levensvorm zullen stuiten of dat we dat al hebben gedaan zonder dit te beseffen.

Praat mee en laat hier uw reactie achter

Vul je gegevens in of klik op een icoon om in te loggen.

WordPress.com logo

Je reageert onder je WordPress.com account. Log uit / Bijwerken )

Twitter-afbeelding

Je reageert onder je Twitter account. Log uit / Bijwerken )

Facebook foto

Je reageert onder je Facebook account. Log uit / Bijwerken )

Google+ photo

Je reageert onder je Google+ account. Log uit / Bijwerken )

Verbinden met %s

Zwervende gedachten

Een filosoof over argumentatie, biologie, handelingstheorie en wat hem verder invalt

Jonas Bruyneel

Literatuur/Journalistiek/Muziek

mjusicamanti.wordpress.com/

per amanti della vera musica

SangueVivo

Ancora solo un battito in più

Microplastics

INTERREG MICRO PROJECT

Scientia Salon

Philosophy, Science, and all interesting things in between

Infinite forme bellissime e meravigliose

si sono evolute e continuano a evolversi

Vita da simbionte

perché collaborare è talvolta meglio che combattere

Meneer Opinie

Altijd een mening, maar niet altijd gehinderd door kennis van zaken

The Cambrian Mammal

An evo-devo geek's scientific meanderings

Evolutie blog

bij dezen en genen

The Finch and Pea

The Public House for Science...

voelsprieten

* wonder van het alledaagse *

the aphid room

All about aphids... not simply bugs|

kuifjesimon

Just another WordPress.com site

The Amazing Comics Men

Comics by Dutch cartoonists Jan the Stripman & Wim the Mysterious Helpman

Barbara Jansma

Prenten, spotprenten en schilderijen

%d bloggers op de volgende wijze: