Op zoek naar de klepel

bij dezen en genen

De eerste puzzelstukjes in een onderwaterwereld

De wereld onder water vormt een klein universum op zich, even onbereikbaar als het grote Universum om ons heen. Maar, waar Leonardo  in voorgaand bericht spreekt van the unobservability of the observable universe, een begrip dat we op deze plaats al zijn tegen gekomen bij de discussie over het laatste boek van Andreas Wagner, zou je, zoals David Gallo laat zien, kunnen spreken van the observability of the unobservable depths. Daar zouden zomaar puzzelstukjes op hun plaats kunnen gaan vallen. Onderzoekers hebben hierop recent wezenlijke vooruitgang geboekt.

De oceaanruggen zijn rijk aan hydrothermale bronnen. In een TED-talk uit 1998, vertoont David Gallo een film waarin deze hydrothermale bronnen te zien zijn (zie onderaan dit bericht). Deze kunnen verdeeld worden in twee soorten: de black smokers en de alkaline bronnen. Het water dat uit de black smokers omhoog komt is zeer heet tot wel 400°C en heeft een hoge zuurtegraad (pH rond 4.5). De alkaline bronnen daarentegen zijn veel koeler van 40 – 90°C en het water dat er uit omhoog borrelt is, zoals de naam al aangeeft basisch (rond pH 10).

David Gallo vertelt in zijn talk dat er het vermoeden bestaat dat het eerste leven hier ontstaan is. Nu zijn er steeds meer onderzoekers bezig deze hypothese te onderzoeken. Een bekend wetenschapper die zich daarmee bezighoudt is Nick Lane. Hij gebruikt in zijn lab reactors waarin de condities van deze bronnen gesimuleerd worden. Ik schreef vele berichten over zijn werk en publicaties ((1); zoek verder op dit blog op de naam ‘Nick Lane’)

De beste kandidaten voor het ontstaan van leven zijn de alkaline bronnen. Zij hebben een lagere temperatuur die de stabiliteit van de eerste organische moleculen zou bevorderen in tegenstelling tot de black smokers. Ze werden later dan de black smokers ontdekt, en bevinden zich op de oceaanbodem in Lost City langs de Mid-Atlantische rug, op enorme diepte waar geen zonlicht komt. Daar krioelt het van leven. Zie daarvoor ook de mooie film van David Gallo onderaan dit bericht.

Nick Lane heeft belangrijke hypothesen gelanceerd die allemaal erg plausibel zijn. De ‘schoorsteen’ van deze bronnen is gevormd door poreus materiaal waarin zich poriën van enkele micrometers tot millimeters bevinden. Daar kunnen zich korte moleculenstrengen zoals peptiden en RNA-strengen ophopen, waarbij door de dynamiek van de doorstromende water, de langste ketens neerslaan en de kortere de porie verlaten (zie ook een recent blogbericht over dit fenomeen). Het grootste probleem blijft de verklaring voor hoe de eerste organische moleculen gevormd kunnen zijn.

Ook hier heeft Nick Lane mogelijke verklaringen voor. In dit licht is het nieuws van gisteren, dat onderzoekers er met experimenten en computersimulaties in geslaagd zijn aan te tonen, dat de belangrijkste organische moleculen zoals mierenzuur en methanol gevormd kunnen worden dankzij een minerale katalysator, zeer interessant. Deze katalysator vertoont grote overeenkomsten met het enzym dehydrogenase (zie figuur).

Fe-S

A. Het centrale ferrodoxine in het enzym CO hydrogenase B. Het oppervlak van greigite Fe3S4 met de vierkante structuur uitgelicht. Uit Roldan et al.

Dit mineraal, greigite (Fe3S4) genaamd, bevindt zich in de wanden van de alkaline bronnen. Het is in staat de reductie van CO2 naar verschillende oplosbare organische moleculen te katalyseren. Het mineraal doet dit door deze verschillende tussenvormen te stabiliseren. De moleculen die gevormd worden zijn mierenzuur (formic acid; CH2O2), azijnzuur (CH3OOH),  methanol (CH3OH), pyrodruivenzuur (pyruvic acid; C3H4O3). De auteurs van het artikel laten precies zien wat de voorwaarden zijn voor het vormen van deze moleculen; onder verschillende pH-waarden geven ze tot op de honderdste elektronvolt nauwkeurig weer wat de energetische barrières zijn voor iedere reactie. Ze komen tot de conclusie dat deze reacties globaal energie afstaan, ze zijn thermodynamisch en kinetisch voordelig, en ze verhogen entropie. Er bestaan slechts initiële barrières of drempels die door de binding met de katalysator genomen kunnen worden. Zo zouden ze met behulp van de katalysator spontaan kunnen plaatsvinden mits aan de condities van pH wordt voldaan. De hoogste opbrengst van deze moleculen vond plaats bij pH 6,5. Met een pH van 5,5 in de primordiale omringende wateren vormt de alkaline bron een goeie kandidaat.

A. De vorming van mierenzuur in functie van tijd bij verschillende pH-waarden. B. Weergave van de reactanten (zie insets) op twee verschillende oppervlakten in functie van pH, binding energie (EB). C. potentieel energie-oppervlak voor het mechanisme van HCO3 reductie naar HCOOH op Fe3S4. Geadsorbeerde tussensoorten zijn gemerkt met * en hun voorgestelde structuur wordt getoond in de inset.

A. De vorming van mierenzuur in functie van tijd bij verschillende pH-waarden. B. Weergave van de reactanten (zie insets) op twee verschillende oppervlakten in functie van pH, binding energie (EB). C. potentieel energie-oppervlak voor het mechanisme van HCO3 reductie naar HCOOH op Fe3S4. Geadsorbeerde tussensoorten zijn gemerkt met * en hun voorgestelde structuur wordt getoond in de inset.

Deze studie laat zien dat het in de natuur mogelijk is, in afwezigheid van leven, deze eenvoudige organische moleculen aan te maken. Dit vormt een eerste stap naar iets grotere moleculen als ribose, aminozuren, en nucleotiden, de ingrediënten voor RNA en peptiden. In de bronnen van vandaag zijn deze moleculen niet te vinden, ze worden weggegraasd door bacteriën, die de hydrothermal vents nu bedekken.

Het volgende filmpje van David Gallo laat onder andere zien hoe alkaline bronnen eruit zien en wat voor dieren er leven.

Uit: ScienceDaily

Roldan, N. Hollingsworth, A. Roffey, H.-U. Islam, J. B. M. Goodall, C. R. A. Catlow, J. A. Darr, W. Bras, G. Sankar, K. B. Holt, G. Hogarth, N. H. de Leeuw. Bio-inspired CO2 conversion by iron sulfide catalysts under sustainable conditionsChem. Commun., 2015; 51 (35): 7501 DOI: 10.1039/C5CC02078F (FREE ACCESS)

h/t Harry Pinxteren

klein bier

Een gastbijdrage van Leonardo Da Gioiella

 

Het observable universe is 4 x 10^83 liter groot. Zegt wiki.

Terzijde: rare maataanduiding. Het heelal is leeg, en wat er rond zwerft is geen vloeistof. Het is ruimte, dus waarom geen kubieke meters. Ik zal het verder over kubieke meters hebben: 4×10^80.

Overigens, de oceanen bevatten 1,3×10^21 liter water (ex wiki). Als wij het over iets groots, iets onoverzienbaars hebben, spreken we van un mer à boire. Un univers à boire voor een gebed zonder eind … ook wel een idee. Want, wat een verschil: 1,3×10^18 kubieke meter water tegenover 4×10^80 ruimte.

Er is dus sprake van een observable universe. Dat staat tegenover het unobservable universe. Niet omdat dat, zoals het water van de zee, onder de oppervlakte zit, maar omdat we er door de enorme afstanden niet bij kunnen komen.
Volgens wiki heeft het grote universe afmetingen, bevat het minstens 4×10^83 liter (een triviale observatie), heeft het, evenals de dampkring ingrediënten, en … is het plat.
‘t Is wat. Als je beweert dat de aarde plat is word je opgesloten. Als ik nu beweer dat het heelal alle kanten uit even oneindig diep is – dus geen bol, geen kubus, eigenlijk vormloos – maar zeker niet plat … zou ik dan ook opgesloten worden?

Er staat een mooie zin in wiki: If the Universe is finite but unbounded, it is also possible that the Universe is smaller than the observable universe. In this case, what we take to be very distant galaxies may actually be duplicate images of nearby galaxies, formed by light that has circumnavigated the Universe. Heerlijk. Alsof er een grand cru op tafel is gezet, en ik die voor jullie mag proeven.

Gerdien (de Jong) zei, op deze plek, daarover: Het fascinerendst is dat er universum buiten onze waarnemingshorizon is.
Waarop ik antwoordde: Er is nog iets veel fascinerenders aan het observable universe.
Ik heb daar hap snap wat gedachten aan toegevoegd, en mij voorgenomen dat voor de volgers van dit blog nog eens uit te werken.

Wat betekent dat eigenlijk: observable universe.
Als we omhoog kijken zien we overdag een blauwe koepel, of veel wolken – waarachter niet alleen de zon schijnt, maar ook een oneindige ruimte verondersteld mag worden. ‘s Nachts zien we een boel sterren – op het donkere platteland meer dan in de buurt van een grote stad. Maar eigenlijk zien we niks. We kunnen alleen bedenken dat er ver weg in die donkerte nog heel veel meer is. Alsof we op de oceaan varen en alleen de oppervlakte zien, en dat alleen bij daglicht.

Gek eigenlijk, niemand spreekt van observable depth – terwijl we van al die hoeveelheid water, en wat zich daarin bevindt, ook helemaal niks gezien hebben, en niks kunnen zien. Oceanografen schatten dat we zo’n 5% van dat mer à a boire verkend hebben – let wel: verkend. Da’s iets anders dan kennen.

Observable: dat wat te observeren is.

Hoe kijken we eigenlijk naar de hemel.
Met optische telescopen, telescopen die elektromagnetische straling meten, x-stralen en gammastralen, en ook nog zwaartekracht golven. Die hebben een verschillend bereik, ook nog afhankelijk van de constructie. De plaatjes die ze leveren zijn echte foto’s, of met de computer geconstrueerde tekeningen – meestal een soort van fractals, die zijn interessant.
Je kunt dan zo’n plaatje krijgen:

./b_over_b_rect.eps

 

Ofwel, de programmeur heeft dan een tekenprogramma gemaakt, op basis van specificaties van een deskundige kosmoloog, die een bepaald concept in zijn hoofd heeft. Ik bedoel dat niet cynisch, maar bekijk het wel met enige scepsis. En het kan cynisme worden als die plaatjes als foto’s of als 3D-filmpjes worden geannonceerd – wat steeds vaker gebeurt.

Het bereik van die telescopen wordt ook nog eens door een rekenmethode bepaald. Het is niet gefixeerd. Er moet (in-)gecalculeerd worden. We vangen lichtstralen op. En die zijn wel heel erg snel, maar de snelheid is beperkt. Het duurt uiteindelijk een tijdje voor een lichtstraal van een object, ver weg,  binnenkomt in onze telescopen. En ondertussen heeft dat object bewogen. Volgens de theorie van ons vandaan.

4×10^80 Kubieke meters dus.
De oceanen tellen 1,3×10^18 kubieke meter. We vliegen er over heen, bevaren het, zwemmen er in, duiken zelfs naar grote diepte met een bathyscaaf … en we hebben nog geen 5% verkend.
Neem even dat beeld van die bathyscaaf. We gaan naar de diepte … en als we weer boven zijn hebben we in een rechte lijn naar beneden gekeken.

Wat zien we, wat laat de computer ons zien, als we de telescoop op die onmetelijke diepte in de ruimte richten.
We praten er over alsof we God zelf zijn, maar ik word er eigenlijk net zo confuus van als toen ik als klein kind me de oneindigheid van het heelal probeerde voor te stellen.
Un univers à boire.

Hoeveel plaatjes zijn er te maken, van dat zogenaamde observable universe.
En, in verhouding tot het aantal plaatjes dat te maken is: hoeveel telescopen zijn er die plaatjes kunnen maken. Hoeveel kosmologen zijn er om die plaatjes te interpreteren, en hoeveel plaatjes kan een kosmoloog interpreteren in een werkzaam leven.
Hoeveel zit er verborgen “achter” andere objecten, zoals de zon bij een eclips, of – proef nog even die zin – duplicate images of nearby galaxies, formed by light that has circumnavigated the Universe.
The unobservability of the observable universe.

En dan hoor je dat ze een foto hebben gemaakt van zwaartekrachtgolven tijdens de big bang. Dat is niet diep in de ruimte kijken, nee, dat is kijken in meiner Vorjenseitszeit, in het hele grote donker van het verleden. Nox aeterna. Ik was bijna opgelucht toen het onderzoeksteam aangaf iets te vroeg gejuicht te hebben.

En nu is daar dan weer een bericht.
Het observable universe is ook nog eens “geconstrueerd” op verkeerde aannames. De versnelde uitdijing van het heelal zou een illusie kunnen zijn. Bij het bepalen van de afstand tot supernova’s zijn alle supernova’s over één kam geschoren. Dat blijkt nu niet terecht.
Nu moeten ze metingen gaan doen aan nieuwe supernova’s om te bepalen welke correctie er moet worden toegepast bij het berekenen van de afstand. En, daar komt mijn probleem. Lees even mee.
Dat gaat enige tijd duren, want het is niet te voorspellen wanneer en in welk sterrenstelsel een supernova zal exploderen. Je moet dus grote stukken van de hemel regelmatig scannen en doorzoeken op nieuwe supernova’s.
Ofwel, zoeken in dat observable universe, net als in de Indische Oceaan naar een black box, en hopen dat je wat tegenkomt.

Laatst maakte iemand een opmerking, en noemde daarbij kosmologen en theologen in één adem. En opeens doet me dat afvragen: verschilt het universum nu wezenlijk van God?
God is onmeetbaar, onpeilbaar. Niet te lokaliseren, overal … en dus eigenlijk nergens. Vormloos. Af en toe manifesteert hij zich, in een brandend braambos. En het was slechts aan een stotterende dienaar van een wereldse heerser, Mozes, gegeven om dat te mogen zien.

Als we bij een supernova nu eens aan een brandend braambos denken – zou dat misschien duidelijk maken waar we naar op zoek zijn? En dat die kosmoloog dan, in de rol van stotterende ziener, ons het beloofde land van melk en honing, in dit geval het land van kennis en inzicht mag binnenleiden.
Maar er was geen melk en honing in overvloed, het bleef allemaal in het zweet des aanschijns.
En aren zoeken op de sabbat.

geen mutaties, geen evolutie

Een gastbijdrage van Leonardo da Gioiella

Se non ci fossero mai mutazioni, non potrebbe esserci evoluzione né selezione naturale. Ogni organismo sarebbe una copia perfetta dei genitori e le specie sarebbero fisse.

intro_evolution_groot_finMet deze onzinzin begint een stukje tekst in L’EVOLUZIONE A FUMETTI, een introductie in de evolutie, een vertaling van Introducing Evolution van Dylan Evans (met illustraties van Howard Selina).
De onzinzin die daar staat luidt in gewoon NL:

Als er geen mutaties zouden optreden [bij de voortplanting] dan kon er geen evolutie bestaan noch natuurlijke selectie. Ieder organisme zou een perfecte kopie zijn van de ouders en de soorten zouden vast liggen.

Uiteraard is het eerste deel waar, maar wel een open deur. Vooral de context, en de toegevoegde illustratie maken het tot onzin.

De context spreekt van “ieder organisme”.
De illustratie toont 2 rijtjes van 3 mannen, als langs een spoorbaan getekend. Let wel: 2 verschillende mannen, de een blond, de ander donker, met elk twee klonen.

Als er geen mutaties zouden optreden ….
Wel, dan waren we vermoedelijk in de simpelste, meest primitieve eukaryoten blijven steken.
Misschien waren er dan wel helemaal geen eukaryoten gekomen.
Je zou je zelfs af mogen vragen: zouden er dan wel prokaryoten zijn gekomen.

Ik zou nu op kunnen houden, maar ik heb me vooral in die context verdiept.
Iemand zou kunnen zeggen: het kan toch zijn dat het optreden van mutaties op enig moment is opgehouden?
Wel, iemand heeft dat gezegd … of moet dat op zijn minst hebben gedacht. De iemand heeft het in deze context geplaatst: de schrijver van deze tekst.
Hij moet zich gerealiseerd hebben: geen evolutie, dan ook geen soorten.

Toch is hij verder gegaan.
Hij zegt: de soorten zouden vastliggen.
En hij illustreert de stelling met mensen die gelijk zijn.
Terzijde: één van die illustraties is verlevendigd met een moederaap en haar jong.

Er is dus het plantenrijk en het dierenrijk. En het zoogdier mens is in volle hevigheid present.

Waar komt dat allemaal vandaan.
Waar komen al die organismes, bouwstenen van de vastliggende soorten, vandaan?
De leerboeken over evolutie kunnen zo in de prullenbak worden gegooid. Er is immers geen DNA dat muteert.
En als het DNA niet muteert – ook geen natuurlijke selectie (ik ben het helemaal eens met de schrijver) én geen seksuele selectie én geen selectie door fokken of telen.

Er staan geen moeders op de illustratie, maar die kerels moeten ergens vandaan komen. Gelukkig is er nog de noodzaak om aan voortplanting te doen. Maar het plezier dat we daar nu aan beleven, zou dat er nog zijn?

’t Heeft natuurlijk zo zijn voordelen.
Geen doorfokken meer.
Geen doofstommen en geen blinden meer, dus je hebt ook geen doofstommeninstituut of blindeninstituut nodig. Nog wel blindenopvang, want er zullen vast nog wel misdadigers zijn, die vanwege de ernst van het misdrijf de ogen worden uitgestoken.

En, hoe gaan we ontdekken waar het allemaal vandaan komt.
Hier wordt een punt wat ik eerder in een discussie heb gemaakt overduidelijk gedemonstreerd: aan de output kun je nog niet het proces herkennen.
Er is geen muterend DNA, dus wie heeft die soorten op de wereld gezet? Zou de big bang verzonnen zijn als er geen evolutietheorie was geweest? En, zo ja, zou iemand dan geopperd hebben dat de soorten tijdens de oerknal, of vlak daarna, gevormd zijn, zoals de elementen, en dat ze uiteindelijk, na een lange reis door de ruimte, wachtend op een zich nog te vormen planeet, die ook nog een maan moest acquiren om te zorgen dat het water opkwam en afging, om daar dan neer te dalen?
Ik vrees dat de boekenkasten geleegd zouden zijn van boeken over evolutie.

Herman Bavinck,  theoloog, had nooit iets hoeven zeggen over ongeloof en evolutie.
En, daar gaat de schoen echt wringen, de boekenkasten zouden weer gevuld zijn met boeken over de grootsheid van de schepping. Want wie kan dat verhaal nog omver blazen als er geen Darwin had kunnen komen?

Se non ci fossero mai mutazioni, ...
Is het denkbaar dat een wezen een kopie van zichzelf zou maken met als enige “weeffout” dat de kopie geen weeffouten meer kan maken. Er wordt vanaf dat moment geen DNA meer gemuteerd bij de voortplanting. Hoe zou dat uitpakken?
Dus de schrijver krijgt gelijk: er zijn wel soorten, maar er wordt niks meer gemuteerd.

Nou ja, als dat een armoedzaaier zou overkomen, een tramp, zou er niks aan de hand zijn. Die zou seksueel wel uitgeselecteerd worden.

Maar wat te denken van Bach. Stel, die was een getrouwe kopie van zijn vader, geen mogelijkheid om nog mutaties te genereren. Dat hij een ander musicus is geworden dan zijn vader komt door de opleiding van zijn broer. Maar bij de nakomelingen gaat het hard. Wilhelm Friedemann en Carl Philipp Emanuel zijn echt klonen, ook in hun muziekproductie. Door vader gemaakt en gekneed. En moeder Maria Barbara, gewoon een nicht, doet dapper mee. Die paar mutaties die ze nog doorgaf tellen niet meer mee. Bach zelf, en zijn zonen en dochters merken al gauw dat de klonen prima functioneren, dus dat inteelt geen kwaad kan en … dat incest dus niet van de boze kan zijn! En omdat Bach goed verdient – in een tijd vol armoedzaaiers en tramps geen onbelangrijk gegeven! – besluiten ze hun toekomst veilig te stellen, en al snel zijn er een hoop JSB-tjes op de wereld gezet, precies zoals de illustratie uit mijn boekje suggereert.

Je moet toch niet aan de gevolgen denken.
Mozart zou zijn kop nog wel boven het maaiveld uitgestoken hebben. Haydn wellicht ook. Maar al snel wordt het muziekleven geheel gedomineerd door de JSB-tjes. Alleen nog maar toccata’s, passionen, Erbarme dich’s, Oratoria. Carl Philipp Emanuel zou geen bijdrage aan de Sturm und Drang geleverd hebben, en dat scheelt een behoorlijke slok op een borrel. De sonates van Schubert hadden we kunnen vergeten, zulke muzikale monumenten als de symfonieën van Bruckner of Mahler – geen kans. Het atonale systeem, of de toonklok van onze eigenste Schat … vergeet het maar.
Alles zou Bach geweest zijn wat de klok sloeg.
En alleen nog maar Soli Deo Gloria.

Ik moet er niet aan denken. Zelfs maar de suggestie dat er nog mogelijkheid tot verlichting in onze genen zou kunnen zitten zou verdwenen zijn.
En, let wel: ook geen Beatles hé. Alles was weggedrukt geworden.
Hoe lang, hoeveel aeonen zou het geduurd hebben voordat ene Rudolf Wijbrand Kesselaar opgestaan zou zijn als Rudi Carrell, en gezongen zou hebben … / dat ik de wijsjes en de sijsjes van de merels ken / ….

Dat zinnetje non […] evoluzione né selezione naturale doet me ook iets anders beseffen.
Eigenlijk zou ik nu kunnen zeggen: mutabiliteit is de drijvende kracht van de evolutie.
Maar … kan ik dat hier wel zeggen?
Dat riekt naar mutationisme.
En Marleen heeft zelf in een comment gezegd: Ik zie niets in het mutationisme als idee, …
Als gastschrijver mag ik natuurlijk schrijven wat ik wil, maar een beetje respect voor de gastvrouw mag natuurlijk wel.
Aan de andere kant, Masatosha Nei heeft het zelf gezegd met zijn theorie van mutation driven evolution: mutation is the driving force.
En daar is wel veel kritiek op gekomen, maar daar staan mensen als Wagner tegenover, die op dit blog toch heeft mogen gloriëren, … while not necessarily agreeing with Nei’s position, treat it as an alternative view relevant to reforming or improving evolutionary thinking … (wiki).

Dus ik zeg het toch maar.
Mutabiliteit is de drijvende kracht van de evolutie. Natuurlijke selectie en seksuele selectie, zijn een soort van hulpprocesjes geworden.

Al moet ik wel vrezen dat Marleen misprijzend – het zal wel zeer misprijzend zijn – haar wijze hoofd zal schudden.
Over zoveel domheid.
Van leonardo.

Terugkeer van junk DNA

junk-dna-header-600x200

Carl Zimmer heeft met zijn artikel in de New York Times over junk DNA weer veel stof op doen waaien. Er ontstaan daarom opnieuw interessante discussies over of het zogenaamde junk DNA, dat niet codeert voor eiwitten, toch een functie zou kunnen hebben. Deze discussies laaien zo af en toe op, en waren erg fel ten tijde van de publicatie van ENCODE (waarover ik eerder blogde 1, 2, 3, 4, 5).

Er werd, voordat het ENCODE project nu bijna 3 jaar geleden haar resultaten publiceerde, vanuit gegaan dat het genoom voor 2 procent functioneel is. 98 procent zou gevormd worden door junk DNA. Nu toonde het ENCODE project aan dat met de bestudering van affiniteit van transcriptiefactoren voor het DNA, wel zo’n 80 procent van het genoom functioneel zou zijn. Er laaide enorm veel verontwaardiging op – niet alleen omdat alle schoolboeken veranderd zouden moeten worden, maar ook omdat de methodes die gebruikt werden om dit resultaat te verkrijgen niet adequaat waren, zowel de methode zelf als de interpretatie ervan (zie ook een voorgaand blog). Het ging in veel gevallen om aspecifieke binding van transcriptiefactoren, kortom het ging volgens Mike White om ruis. Omdat ik zelf van mening ben dat in de intracellulaire biochemie en biologie een overdreven idee gegeven wordt van perfecte afstemming op elkaar van de verschillende macromoleculen en de verschillende chemische processen kon ik me goed vinden in het idee van ruis. ENCODE was een enorme mediahype. Het project werd uitgevoerd in een groot samenwerkingsverband met enorm veel wetenschappers en moet handen vol geld gekost hebben.

onionEen ander argument, behalve dat van ruis in het ENCODE-experiment, is de onion test van T. Ryan Gregory, die stelt dat het genoom van een simpele ui zo enorm groot is tegenover het genoom van een mens dat het wel heel veel junk moet bevatten.

Het idee dat het hele genoom vol zou zitten met ‘knoppen’ die de expressie van de genen regelt, en dat het dus in zijn geheel functioneel is, is een argument dat door creationisten gebruikt wordt en dat zou moeten bevestigen dat de schepping perfect is, waarin alles een functie heeft. Het is eigenaardig dat het hoofd van het N.I.H, Francis Collins, beweert dat het junk DNA zeer waarschijnlijk veel functies heeft, die we nog moeten ontdekken. Hij wil af van de term ‘junk DNA’.

Een interessant gegeven is wel dat er sinds kort RNA’s in cellen gevonden zijn die een belangrijke rol lijken te spelen in het onderdrukken van de expressie van bepaalde genen. Maar T. Ryan Gregory blijft sceptisch. Behalve deze specifieke RNA-moleculen, verwacht hij dat er veel andere RNA’s gevonden zullen worden die niets anders zijn dan aspecifieke transcriptie van het junk DNA. Het zou dus ook in deze gevallen gaan om ruis.

Uit: Carl Zimmer, Is most of our DNA garbage?, New York Times

DNA en vulkanische rotsen

Al sinds de jaren zestig proberen onderzoekers Darwiniaanse evolutie te simuleren met replicerende DNA-strengen. Het is echter in veel experimenten gebleken dat replicatie van DNA in vitro voor een probleem zorgt. Bij deze kunstmatige replicatie blijken de fragmenten van DNA steeds korter te worden naarmate de replicatiecyclussen elkaar opvolgen. Kortere fragmenten repliceren namelijk sneller dan langere en zullen daardoor vlugger in aantal toenemen, waardoor de langere DNA-strengen uiteindelijk verminderen of ‘uitsterven’. Dit wordt wel het dilemma van Spiegelman genoemd, naar een pionier op het gebied van dit soort onderzoeken.

Nu is recent het nieuws verschenen dat dit dilemma vermeden kan worden. Er is door een groep onderzoekers van het Max Planck Instituut en Ludwig Maximilians Universiteit in Duitsland in eerste instantie aangetoond dat het mogelijk is de langere filamenten van kortere te scheiden. Door gebruik van capillaire buisjes, waardoor een vloeistof met DNA strengen stroomt en waarin een temperatuurgradiënt bestaat, laten ze zien dat de langere DNA strengen als gevolg van convectie en thermodiffusie aan de basis van dit buisje accumuleren.

Vervolgens werd er een experiment opgezet met Polymerase Chain Reaction (PCR). Dit enzym wordt doorgaans in laboratoria gebruikt om kleine hoeveelheden DNA te amplificeren met cycli van temperatuurwisselingen. Er werden DNA- strengen van verschillende lengte plus polymerase en primers in bufferoplossing door het buisje heen gestuurd. Er vindt zodoende replicatie van de verschillende DNA strengen plaats. Ook in dit geval accumuleerde de langere DNA-strengen. Het langere DNA wordt als het ware gevangen in het buisje, de kortere filamenten stromen met de vloeistof mee het buisje uit. Op de figuur kan gezien worden hoe de opgevangen fracties van de inhoud van het buisje kortere en langere DNA-strengen bevatten. Dit wordt aangetoond door middel van elektroforese van de verschillende fracties.

DNA_flownchem_630m

Een scala van dubbelstrengs DNA wordt geïnjecteerd in het capillaire buisje met lengtes variërend tussen 20 en 200 bp met stappen van 20. Het doorspoelen met buffer op de aangegeven snelheid (Vs) spoelt de lengtes tot en met 80 bp weg terwijl de langere strengen gevangen blijven zoals het resultaat op elektroforese rechts laat zien.

 

Deze resultaten zijn van bijzondere betekenis, niet alleen voor het onderzoek over het mogelijke ontstaan van DNA zelf, maar ook voor het onderzoek naar de oorsprong van leven in het algemeen. Er wordt in de publicatie gerefereerd aan vulkanisch gesteente op de zeebodem waarin een temperatuurgradiënt zou bestaan. Daarin kunnen kleine barsten of poriën zitten waarin zich macromoleculen als DNA kunnen ophopen en waarbij met replicatie van en mutaties in dit DNA er in principe Darwiniaanse evolutie mogelijk is.

Dit laatste zal altijd speculatief blijven, maar langzaamaan hopen de experimenten op waaruit blijkt dat dergelijke scenario’s mogelijk geweest zijn. Nu is dit experiment uitgevoerd met dubbelstrengs DNA. Doorgaans gaat men er echter van uit dat de eerste macromoleculen uit enkelstrengs RNA bestonden. Het is daarom niet duidelijk hoe dit experiment in deze hypothese past.

Nu hebben Nick Lane en Bill Martin veel geschreven over de mogelijke oorsprong van leven in de poriën van de schoorsteenwanden in hydrothermale bronnen. Het is enigszins opmerkelijk dat deze studie helemaal niet refereert aan deze wetenschappers.

 

h/t Rob van der Vlugt

Uit: Kreysing, M., Keil, L., Lanzmich, S. & Braun, D. Heat flux across an open pore enables the continuous replication and selection of oligonucleotides towards increasing length. Nature Chemistry 0, (2015). (Free access in ReadCube)

Stilstaande evolutie, de nulhypothese

Evolutie van leven veronderstelt een ontwikkeling van organismen. De evolutietheorie van Darwin stelt dat soorten ontstaan door natuurlijke selectie. Het is moeilijk te testen of er bij afwezigheid van selectie toch evolutie plaatsvindt. Bijna elke omgeving of niche betekent competitie voor schaarse voedselbronnen en daaruit volgt een survival of the fittest. Nu heeft een groep onderzoekers organismen gevonden die al meer dan 2 miljard jaar niet geëvolueerd zijn. Het gaat hierbij om zwavel bacteriën.

Zij bestudeerden met speciale instrumenten zoals Raman spectrografie en confocale laser scan microscopie fossiele gesteenten van de zeebodem en vonden daarin fossiele filamenten van zwavel bacteriën. Wanneer ze deze vergeleken met de huidige zwavel bacteriën die op andere locaties leven zagen ze duidelijke overeenkomsten in de vorm en lengte van de filamenten. Zie de onderstaande figuur.

A

Hedendaagse en precambriaanse filamenteuze zwavelcyclerende micro-organismen. A en E Hedendaagse microben 7 – 9 micrometer in diameter vergeleken met fossielen van het 2,3 miljard jaar oude Turee Creek gesteente (B en F) en het 1,8 miljard jaar oude Duree Creek gesteente (C,D,G en H)

 

De gesteenten, die in het Australische Turee Creek en Duck Creek gevonden werden, dateren van resp. ca. 2,3 miljard jaar en 1,8 miljard jaar geleden. Deze perioden volgen op de Great Oxidation Event (GEO) en de ontwikkeling van deze zwavel bacteriën wordt gezien als een antwoord op de langzame toename van zuurstof in de atmosfeer. Daardoor konden deze bacteriën sulfaat (SO42-) en nitraat (NO3-) metaboliseren, stoffen die alleen na oxidatie van zwavel en stikstof beschikbaar zijn. De tegenwoordige zwavel bacteriën, die zoveel op hun fossiele voorouders lijken, bevinden zich in de bodem in een relatief zuurstofloze omgeving, maar profiteren van het sulfaat en nitraat uit de iets hoger gelegen diepten. Zij nemen deel aan de zwavelcyclus waarin bacteriën het sulfaat reduceren tot waterstofsulfide, dat opnieuw geoxideerd kan worden tot het element zwavel met behulp van zuurstof uit de bovenliggende lagen. Het zwavel kan dan weer geoxideerd worden tot sulfaat door andere bacteriën.

De betreffende zwavel bacteriën worden gekenmerkt door hypobradytelic lifetyles ofwel, een leefstijl die niet veranderd is gedurende meer dan 2 miljard jaar. Deze onveranderde leefstijl vindt men ook bij de cyanobacteriën, die zeer competitief waren door de productie van het toenmalige voor veel organismen giftige zuurstof. Voor de zwavel bacteriën geldt dat er, sinds het ontstaan van de eerste microbiële groepen, weinig tot geen stimulering was tot aanpassing aan veranderende condities. Het zijn bewoners van relatief koude, rustige, zuurstofvrije sedimenten, waar geen dagelijks licht doordringt. Deze condities zijn hetzelfde sinds de vroege geschiedenis van de Aarde. Een omgeving die dus niet veranderde.

Het is daarom verleidelijk deze zwavel bacterie gemeenschappen als bewijs te zien van de “negatieve” nulhypothese van Darwiniaanse evolutie: als er geen verandering plaatsvindt in de biofysische omgeving van een goed aangepast ecosysteem, dan zou er geen soortvorming, geen evolutie van de vorm, de functie of de metabolische eisen van biotische componenten zijn. Maar er moet rekening gehouden worden met het feit dat de morfologie van de bacteriën uit convergente evolutie voortkomt en dat het metabolisme en de genomen van de precambriaanse bacteriën wellicht anders was. Het DNA kan helaas niet vergeleken worden. Er zijn bovendien relatief weinig fossielen gevonden, waardoor er ‘missing links’ lijken te bestaan. Mochten er meer van dergelijke fossielen gevonden worden die dit gat wat kunnen dichten dan zal het mogelijk zijn de nulhypothese voor Darwiniaanse evolutie te bevestigen.

Eerdere hier verschenen berichten behandelen zwavel bacteriën die elektriciteit in de zeebodem genereren en geven wat extra informatie over hun metabolisme en leefwijze (1, 2) .

 

Uit:  J. W. Schopf, A. B. Kudryavtsev, M. R. Walter, M. J. Van Kranendonk, K. H. Williforde, R. Kozdone, J. W. Valleye, V. A. Gallardol, C. Espinozal, D. T. Flannery; Sulfur-cycling fossil bacteria from the 1.8-Ga Duck Creek Formation provide promising evidence of evolution’s null hypothesis; PNAS 5 january 2015 J. William Schopf, doi: 10.1073/pnas.1419241112

the arrival of stardust

Een gastbijdrage van Leonardo da Gioiella

De mens is gemaakt van sterrenstof, heet het, en de uitdrukking is weer eventjes in.
Echter, om iets van sterrenstof te kunnen maken, moeten er sterren zijn.
Maar … om sterren te krijgen moet er stof zijn waarvan sterren gemaakt kunnen worden.

Ik verwacht nu niet dat mij over zo’n honderd jaar dezelfde eer ten deel zal vallen als de bioloog Hugo de Vries aan wie het sofisme Natural selection may explain the survival of the fittest, but it cannot explain the arrival of the fittest wordt toegeschreven – aan welk sofisme een studieproject van meer dan 20 jaar is gewijd: hoe de fitness-factor in the fittest kon arriveren.
Ik doel hier uiteraard op het boek van Andreas Wagner The Arrival of the Fittest dat zoveel stof heeft doen opwaaien in het evolutiewereldje, en vooral in de periferie daarvan.
Ik voorspel hier: het gaat geen honderd jaar duren voordat dat andere vraagstuk, hoe komt het dat sterrenstof fit genoeg was om sterren te vormen, in een boek behandeld zal worden, een boek dat enkel zijn weerga zal vinden in Wagner’s boek.
Wij gaan de verschijning van dat boek nog meemaken … wat ik U brom.

Ik kom hierop door een artikel in de Volkskrant, vlak voor oudjaar, met de kop sterrenstelsel uit de computer ziet er steeds echter uit van Govert Schilling. Het beschrijft de presentatie van “tussenresultaten” van een grootscheeps onderzoek naar het ontstaan van sterren.
Echt een goed oudejaarsartikel: over dingen die ontelbare oudejaarsavonden geleden gebeurden, en begonnen toen er nog geen sprake was van een oudejaarsavond, en die door zullen gaan tot … ja, totdat er geen nieuwjaarsdag meer zal komen.
Of de tijd precies zal eindigen op een oudejaarsavond om 24.00 uur is mij niet bekend, zoals mij ook niet is meegedeeld of de tijd is begonnen op een nieuwjaarsdag om precies 0.00 uur. Maar wetenschappers kunnen nu eenmaal niet uit de voeten met eeuwigheid, dan kun je niet meten. Dus er is een absoluut nulpunt – the Hartle-Hawking state, of voor mijn part the Planck epoch – en een eindpunt – wie weet, the Bullock state.  *)

Ik loop al een tijdje te keutelen met dat Volkskrant-artikel, vooral met dat wat aan het artikel ten grondslag ligt: een rapportage vanuit het EAGLE-project. EAGLE staat voor Evolution and Assembly of GaLaxies and their Environments (een pdf document is op internet beschikbaar **)).
En over de rapportage vanuit een ander project, zonder naam voor zover ik kon nagaan, [who] have analysed ca. 2000 galaxies formed in the GIMIC suite – voor quenching, lees: het onderdrukken, of vroegtijdig te niet doen van stervorming – het survivalprobleem van sterren (ook daarvan is het pdf document via internet te lezen ***)).
Voor wie zich afvraagt waar de GIMIC suite zich ergens bevindt: dat is een computeromgeving. Ik vermoed dat de aldaar gevormde sterrenstelsels de ruimte in worden geschoten, opdat ze tot volle wasdom komen.

Dat ik het idee nu opgepakt heb is vanwege het volgende berichtje dat gisteren (1/2/2015, het moment van schrijven) op teletekst stond

teletekst

Weet U nog, bijna een jaar geleden werd door het Harvard team een “foto” gepubliceerd van signalen uit de ruimte, waargenomen met de BICEP 2, evidence of cosmic inflation in a fraction of the first second of the universe, zeg maar de eerste nieuwjaarsdag, het absolute jaar 0, nog net geen 0.00.01, through identifying the effects of gravitational waves for the first time.

acc. to Harvard: waves from the big bang

acc. to Harvard: waves from the big bang

Onder de kop Cosmology: First Light schreef Nature: BICEP2’s results triggered widespread elation in the cosmology community
Het bericht maakte toen zoveel indruk dat Kees Jaspers mij, vanwege mijn gedemonstreerde scepsis, in een comment onder Wagner (zie hierboven) bijna een jaar later corrigerend toesprak: Wat de tijd betreft. Kijk eens naar een ‘foto’ van de kosmische achtergrondstraling. Dan kijk JIJZELF meer dan 13 miljard jaar terug in de tijd.

Ik ga U niet lastig vallen met technische details. Govert Schelling was niet erg onder de indruk, geloof ik.
In principe is het heel eenvoudig. Je gaat uit van een boel deeltjes, berekent de zwaartekracht die ze op elkaar uitoefenen en kunt dan voorspellen waar en wanneer er een sterrenstelsel en een ster opduikt.
Helaas, na de oerknal waren er ontzettend veel deeltjes; er zijn 10^90 atomen volgens sommigen, dus als dat allemaal als los zand de ruimte in is geslingerd – let wel: de elementen moesten nog geboren worden, de verbindingen daarvan nog gevormd … poeh.
Wel, in het model wordt gewerkt met 7 miljard deeltjes. Dat is een zeven met negen nullen: dat vergde vele maanden rekentijd. Komt niet in de buurt van 18 nullen. Laat staan 45 nullen, dus hou maar op over 90 nullen.
Volgens onze verslaggever kun je met 7 miljard deeltjes niet eens het ontstaan van een ster simuleren, laat staan van planeten.

Tja, de evolutie van het leven is al moeilijk in experimenten te vangen. Maar het kan hier en daar, zie wat Marleen hierboven over de polypterus bichir kon melden. En gelukkig zijn er fossielen.
Maar hoe experimenteer je met de evolutie van sterrenstelsels.
Waar haal je sterrenstof vandaan?

Die sterrenwachters – Yoep Schaye van het EAGLE-project én Yannick M. Bahé (van het Planck instituut, dat nu vraagtekens zet bij het Harvard instituut) en Ian G. McCarthy van het quenching onderzoek – en al hun hulpjes, moeten het met een model doen. En dat is wat ik hier wil signaleren: het inzicht dat hun modellen, zachtjes gezegd, zeer armetierig zijn.
Overigens, daar zijn ze eerlijk over. De documenten staan bol van de slagen om de arm.
Vooral the shortcomings of the GIMIC suite spelen hierbij een rol. Zegt de GIMIC baas zelf.
Maar ondertussen.
Er is hoop!
Het EAGLE project.
Waarvan de EAGLE baas zegt: we should keep in mind that we have not attempted to model many of the physical processes that may be important for the formation and evolution of galaxies … en er volgt een waslijst van EAGLE shortcomings.

Het eigen leven dat die modellen gaan leiden dus, dat is mijn project.
In die modellen zitten een hoop premissen, meer dan er sterrenstof is, en veel te weinig sterrenstof. Expliciet wordt aangegeven dat een heleboel fysieke processen die een rol spelen niet zijn meegenomen.
Vervolgens wordt er doorgedenderd. En de plaatjes die uit die modellen tevoorschijn komen heten foto’s, wat zeg ik, het levert driedimensionale filmpjes op.
Schaye et al. en Bahé en McCarthy hope that EAGLE will prove to be a useful resource for the community.
Welke community?
The cosmology cummunity natuurlijk.
En liefhebbers. Want zegt Schaye We intend to make the simulation output public in due course …

Dus, binnen 20 jaar zal er een boek liggen THE ARRIVAL OF STARDUST. Ik leid dat af uit het feit dat zo’n 20 jaar voor het verschijnen van THE ARRIVAL OF THE FITTEST een document werd opgesteld, analoog aan de hier gesignaleerde documenten, over onderzoekingen middels computersimulaties die het signaal van Hugo de Vries serieus namen: als iets fit genoeg is, of genoeg fit, om te surviven, waar komt dan die fitness factor vandaan.
Of het nog spectaculairder kan dan Wagner’s boek, weet ik niet: een n-dimensionale bibliotheek is een n-dimensionale bibliotheek, en een random-walk blijft een random-walk. Met de computer getekende plaatjes blijven met de computer getekende plaatjes. Maar het zal minstens zoveel stof doen opwaaien.

Misschien wel sterrenstof.
Stof dat ook weer zal gaan liggen.
l’Histoire se répète …. wat ik U brom.

 

*) zie mijn post over de aankondiging van het einde der tijden door James Bullock soup painted by
**) zie Simulating the evolution and assembly of galaxies and their environments
***) zie Star formation quenching in simulated group and cluster galaxies

Plasticiteit in evolutie

Volgens een aantal evolutiebiologen zou de evolutietheorie, zoals deze sinds de Nieuwe Synthese van 1942 wordt beschouwd, uitgebreid moeten worden met een aantal moderne inzichten. Er wordt altijd al aan de evolutietheorie getwijfeld, bijgeschaafd en gemorreld, maar doorgaans heeft dit niet veel resultaten voortgebracht. Voorstanders van een modernere versie, die Extended Synthesis moet heten, zijn van mening dat er zich veel nieuwe ontwikkelingen in de biologie, de moleculaire biologie en ecologie hebben voorgedaan en dat daarom de evolutietheorie uitgebreid dient te worden. Daar bestaat een enorme discussie over waar niet lang geleden een artikel over in Nature verscheen. Daarin werden de meningen van de opponenten tegenover elkaar gezet.

polypterus bichir

polypterus bichir

Er komt in deze discussie ook het onderwerp plasticiteit aan bod: plasticiteit van het fenotype, dat helemaal losstaat van het genotype en die zich voordoet binnen de levensloop van een organisme. Is er vervolgens sprake van erfelijkheid van dit fenotype dan wordt dit fenomeen ook wel genetische assimilatie genoemd. Het mooiste voorbeeld van plasticiteit is geobserveerd door Standen et al. in hun studie op kwastsnoeken polypterus bichir. Men spreekt ook wel van adaptatie die voorafgaat aan mutatie in plaats van eerst mutatie en dan adaptatie.

Deze vissen bezitten vinnen die het aspect van ledematen hebben en ook als zodanig gebruikt worden wanneer het dier zich op land verplaatst. De vis bezit ook primitieve longen. Standen et al. onderzochten in hoeverre het fenotype van deze vissen zich aanpaste wanneer de dieren op het land grootgebracht werden. Ze werden daartoe van kleins af aan op kleine kiezel geplaatst en vochtig gehouden door een fijne waterspray. Er deden zich na acht maanden op deze manier te leven interessante veranderingen voor. Ten eerste ‘leerden’ de vissen beter lopen. Ze hieven zich meer op hun voorvinnen/voorpoten op om zodoende makkelijker stappen te nemen. Ten tweede werden contacten tussen beenderen in de ‘nek’ wat losser waardoor de kop meer vrijelijk beweegbaar werd. En ten derde werd het sleutelbeentje langer en sterker, waardoor de dieren beter bestand waren tegen de zwaartekracht. Hoewel er hier geen sprake is van erfelijkheid aangezien het gaat om veranderingen binnen het leven van enkele organismen in plaats van verschillende generaties, zijn het stuk voor stuk veranderingen die ook in het fossielenbestand worden teruggevonden in de eerste tetrapoden die aan land gingen. De visachtige voorouders van deze tetrapoden waren zeker geen polypterus, maar ze hebben er ongetwijfeld sterk op geleken. Deze studie werd in Nature gepubliceerd en er werd een video van gemaakt die hier te zien is (de muziek is helaas niet zo geweldig):

Er zijn nog meer voorbeelden van deze plasticiteit zoals in zogenaamde ‘tweevoetige’ muizen. Een speciale renmolen in de kooien stimuleerde de muizen vooral te lopen met hun achterpoten. Dit veroorzaakte langere achterpoten en grotere heupkoppen; exact de veranderingen die plaatsvonden bij de voorouders van de mens toen deze rechtop gingen lopen.

Andere mogelijke voorbeelden zijn convergente evolutie, zoals deze vaak gezien wordt bij stekelbaarsjes met

veldmuis op achterpoten

veldmuis op achterpoten

betrekking tot het verlies van de beenplaten. In het algemeen echter gaat het bij convergentie om gelijke omgevingen die leiden tot gelijke evolutionaire resultaten. In deze gevallen zou het opnieuw kunnen gaan om plasticiteit van het fenotype, waarbij gelijke voorwaarden leiden tot vergelijkbare plastieke antwoorden in de voorouderlijke soorten. Natuurlijke selectie zou deze trajecten vervolgens versterken, waarbij de ‘tendens’ tot een bepaald fenotype vast komt te liggen in het genotype. Dit is met bovenstaande studies nooit aangetoond en niemand claimt dat er bewijs bestaat voor dit mogelijke proces van genetische assimilatie. Maar plasticiteit wordt door een aantal biologen gezien als een fenomeen dat niet in de tekstboeken mag ontbreken. Volgens deze wetenschappers gaat het dus in evolutie vaak zoniet altijd om eerst adaptatie en vervolgens mutatie in plaats van andersom, eerst mutatie en daarna adaptatie.

 

h/t to Kees Jaspers

Uit: Adapt first, mutate later. Colin Barras New Scientist 17 january 2015
Kevin Laland,Tobias Uller,Marc Feldman,Kim Sterelny,Gerd B. Müller,Armin Moczek,Eva Jablonka,John Odling-Smee,Gregory A. Wray,Hopi E. Hoekstra,Douglas J. Futuyma,Richard E. Lenski,Trudy F. C. Mackay,Dolph Schluter,Joan E. Strassmann Does evolutionary theory need a rethink? Nature 514, 161–164 (09 October 2014) doi:10.1038/514161a
Evolutionary developmental biology: Dynasty of the plastic fish. John Hutchinson. Nature 513, 37–38 (04 September 2014) doi:10.1038/nature13743 (with audio)
Developmental plasticity and the origin of tetrapods. Emily M. Standen, Trina Y. Du & Hans C. E. Larsson. Nature 513, 54–58 (04 September 2014) doi:10.1038/nature13708

 

Een terugblik

De statistieken hulpaapjes van WordPress.com heeft een 2014 jaarlijks rapport voor deze blog voorbereid.

Hier is een fragment:

In de concertzaal in het Sydney Opera House passen 2.700 mensen. Deze blog werd in 2014 ongeveer 22.000 keer bekeken. Als je blog een concert zou zijn in het Sydney Opera House, zou het ongeveer 8 uitverkochte optredens nodig hebben voordat zoveel mensen het zouden zien.

De drukste dag van het jaar was november 29th met 207 bezichtigingen. De meest populairste bericht die dag was Arrival or survival.

Met dank aan veel mensen waaronder Gert Korthof, Tsjok DeClercq, Peter Borger, zaaikort, Antoinette Duijsters, Aad Verbaast, Kees Jaspers, Eelco van Kampen en iedereen die ik zou vergeten. Speciale dank aan de topreageerders opgesomd door de ‘hulpaapjes’ van WordPress:

Dit waren de 5 personen die de meeste reacties hebben gegeven op het drukst bezochte bericht:

  • 1harry pinxteren 194 REACTIES
  • 2Arno Wouters 117 REACTIES
  • 3leonardo 54 REACTIES
  • 4Rob van der Vlugt 48 REACTIES
  • 5nand braam 40 REACTIES

Ik dank jullie hartelijk voor het enthousiasme van het afgelopen jaar en hoop van harte dat ook het komende jaar veel discussie teweeg zal brengen.

Een droevig bericht

Tot mijn spijt vernam ik via facebook dat op oudejaarsnacht medeblogger Tsjok DeClercq is overleden. Hij reageerde af en toe en met zeer veel interesse, toewijding en kundigheid op de berichten van dit blog. Vaak mochten mijn blogs een ‘like’ van hem ontvangen. Hij was geïnteresseerd in wetenschap in het algemeen en evolutie in het bijzonder. Hij was wars van ID en creationisten en maakte steevast deel uit van een groep lezers en reageerders op het oude Volkskrantblog, met name op het blog van Peter Borger, waar ik hem rond 2009 ontmoette.

Hij was daarnaast een bekend saxofonist in Gent.

We waren ook vrienden op facebook waar hij bovendien lid van onze groep ‘wetenschap’ was.

Hij heeft enorm veel Nederlandstalige artikelen over evolutie ingedeeld en opgeslagen en van commentaar voorzien op zijn blogsite. We zullen hem en zijn artikelen missen.

Tsjok’s blog

 

5 januari 2015

Zwervende gedachten

Een filosoof over argumentatie, biologie, handelingstheorie en wat hem verder invalt

Jonas Bruyneel

Journalistiek/Literatuur/Kunst/Film

per amanti della vera musica

SangueVivo

Ancora solo un battito in più

Microplastics

INTERREG MICRO PROJECT

Scientia Salon

Philosophy, Science, and all interesting things in between

Infinite forme bellissime e meravigliose

si sono evolute e continuano a evolversi

Vita da simbionte

perché collaborare è talvolta meglio che combattere

Meneer Opinie

Altijd een mening, maar niet altijd gehinderd door kennis van zaken

The Cambrian Mammal

An evo-devo geek's scientific meanderings

Evolutie blog

bij dezen en genen

The Finch and Pea

The Public House for Science...

voelsprieten

* wonder van het alledaagse *

the aphid room

All about aphids... not simply bugs|

kuifjesimon

Just another WordPress.com site

The Amazing Comics Men

Comics by Dutch cartoonists Jan the Stripman & Wim the Mysterious Helpman

Barbara Jansma

Prenten, spotprenten en schilderijen

Volg

Ontvang elk nieuw bericht direct in je inbox.

Doe mee met 25 andere volgers

%d bloggers op de volgende wijze: