Op zoek naar de klepel

bij dezen en genen

Tag archief: mediahype

Hype in de media en blogsfeer

Het ENCODE project, de twee weken geleden gepubliceerde encyclopedie van DNA-elementen, is op het moment een belangrijk onderwerp binnen de wetenschap in Amerika. Tot aan de publicatie van ENCODE ging men er van uit dat ons DNA voor zo’n 1,5% uit coderend DNA bestaat en dat het voor de rest junk is. Nu er zoveel discussie is rond junk DNA wordt dit allemaal erg genuanceerd. Men wist immers allang dat het junk DNA ook functioneel is en dat het regulerende sequenties bevatte, maar soms blijft het onduidlijk wat er nu precies onder junk DNA werd en wordt verstaan. Soms wordt junk DNA gelijk gesteld met niet-coderend DNA en zou het dus 98,5 % van ons genoom zijn. Veel wetenschappers beweren echter dat ze heel goed wisten dat het zogeheten junk DNA functies had en dat het daarbij vaak om regulerende functies gaat. Volgens een tabel van Larry Moran uit 2011 is 8,7% van het junk DNA essentieel ofwel functioneel (wat volgens hem hetzelfde is) waarbij regulerende sequenties voor 0,6% deel uitmaken van het junk DNA. Hij beschouwt junk DNA dus als niet coderend DNA waarvan 8.7% toch een functie heeft en/of essentieel is.

Enkele tweets van Larry Moran waarin hij anderen vraagt om hun opninie ten aanzien van junk DNA

Het ENCODE project, ofwel het project dat de encyclopedie van DNA-elementen in kaart heeft gebracht, liet volgens zijn auteurs zien dat het junk DNA (98,5% van het totale genoom) voor 80% uit functionele DNA-elementen bestaat. (Slechts 1,5% van het genoom bestaat uit genen en codeert voor eiwitten.) Daarop volgde een enorme mediahype. Volgens de pers zouden wetenschappers dit junk DNA altijd als ‘rommel’ beschouwd hebben en de belangrijke functies die het nu blijkt te hebben over het hoofd hebben gezien. Vervolgens kwamen natuurlijk de reacties van wetenschappers waarvan er veel een eigen blog bijhouden. Deze laatsten beweerden dat junk nooit beschouwd is geweest als DNA zonder enige functie ondanks de ongelukkige naam die het ooit ontving. De wetenschapsbloggers stellen dat het junk DNA vast en zeker regulerende functies heeft, maar kunnen de juiste definitie niet vinden en komen dus op verschillende getallen ‘functioneel’ junk DNA uit, van 8,7 tot 20 %.

Het is verrassend te zien hoe zowel de media als de wetenschap een foute voorstelling van zaken geeft. De media hypet dat de wetenschap 98,5 % van het genoom als onnuttig junk beschouwde terwijl het nu voor 80% functioneel blijkt te zijn. Dit argument klopt natuurlijk niet, want diezelfde wetenschap is gaan zoeken naar de mogelijke functies in het junk DNA. Ze moesten dus al een redelijk gefundeerd vermoeden hebben dat er heel wat functies verborgen lagen in dit DNA. Anders zouden ze niet voor meer dan 5 jaar bezig geweest zijn met deze zoektocht.

De wetenschap (de meeste wetenschapsbloggers) daarentegen beweert dat het het junk altijd al functies toedichtte, maar kan niet verder komen dan 20% functioneel DNA en als het aan Larry Moran ligt slechts tot 8,7%. De wetenschappers kunnen dus moeilijk afscheid nemen van hun geliefde junk DNA. Ze houden daarbij zoveel mogelijk vast aan het idee dat tenminste 50-60 % van het DNA junk is. ENCODE laat echter zien dat 80% van het DNA ‘functioneel’ is. Wat er onder ‘functioneel’ verstaan wordt is duidelijk aangegeven. (Zie figuur in mijn 1e en 2e blogbericht over ENCODE). Het is schijnbaar niet mogelijk om junk DNA en ‘functioneel’ DNA met woorden te definiëren. Men is uitsluitend in staat lijsten van functionele en niet-functionele soorten sequenties te produceren.

Het gaat in ENCODE grotendeels om sequenties in het DNA die een regulerende functie hebben, zoals DNA dat transcriptiefactoren bindt en de expressie van genen beïnvloedt. Het valt op hoe weinig er geblogd wordt over de exacte resultaten van ENCODE.

Het zou misschien geen kwaad kunnen junk DNA eens en voor altijd goed te definiëren. Gaat het om DNA dat niet essentieel is (kun je het weghalen zonder dat het organisme er schade van ondervindt ?), is het wel of niet geconserveerd (heeft het de tand des tijds niet doorstaan en heeft het dus geen belangrijke functie) of is het niet ‘functioneel’. Aan dat laatste moeten duidelijke criteria gesteld worden.

Larry Moran, een wetenschapsblogger, heeft naar eigen zeggen een duidelijk idee van wat junk DNA is. Andere wetenschappers snappen het volgens hem niet en realiseren zich het belang van junk DNA binnen de evolutietheorie niet. Hij houdt vol dat wanneer wetenschappers verwachten dat junk een functie heeft, ze deze verwachting hebben omdat het junk nog steeds aanwezig is na miljoenen jaren evolutie. Hun overtuiging en zoektocht naar een functie voor junk DNA zou dus alleen bestaan als gevolg van deze misvatting. Hij schijnt niet de hierboven beschreven reden te kunnen omvatten dat een groot deel van het junk nu eenmaal een functie moét hebben aangezien de regulerende sequenties niet bij de coderende 1,5% zijn inbegrepen. Hij geeft in zijn tabel aan dat regulerende sequenties 0,6% van het junk vormen en dat is wel heel wat minder dan 80%. Larry Moran is momenteel een van de weinig overgebleven bloggers die zich inzet voor ‘het behoud’ van junk DNA. Ik denk dat hij zijn definitie van junk DNA duidelijker moet stellen en dat hij de percentages zal moeten bijstellen. We zullen zien of hij dat vroeg of laat ook zal doen.

Wetenschappers en mediahypes

De snelheid waarmee soorten uitsterven door verlies van hun habitat, wordt volgens onderzoekers van de Universiteit van Guangzhou, China overschat. Voor het bepalen van deze snelheid wordt een methode gehanteerd die niet accuraat zou zijn. Dit nieuws verspreidde zich vliegensvlug over de wereld. De sceptici ten aanzien van het uitstervingsprobleem konden zeggen: ‘Zie je nu wel, we hadden gelijk, het valt allemaal wel mee.’

SAR

Een voorbeeld van een soort/area curve. Door de curve naar links te volgen kan men aflezen welk verlies van habitat gepaard gaat met welk verlies aan soortent.

De meest gebruikte indirecte methode bestaat uit het schatten van de snelheid van uitsterven door de soort/area-curve om te keren en terugwaarts te extrapoleren naar de kleinere area’s om het verwachte verlies van soorten te berekenen. Schattingen van uitstervingssnelheid die gebaseerd zijn op deze methode zijn bijna altijd hoger dan die werkelijk geobserveerd worden. Dit wordt ook wel het uitstervingsdebet genoemd. Hoeveel habitat moet er verloren gaan om elk individu van een bepaalde soort te doden? Dat habitat is volgens de curve veel groter dan strikt nodig. Laat je enkele individuen leven in een klein habitat, dan zijn ze weliswaar niet uitgestorven en heb je te maken met een uitstervingsdebet volgens de wetenschappelijke begrippen maar door hun lage aantal zullen ze mettertijd zeker uitsterven.

Naar aanleiding van dit artikel schreef Greg Laden een mooi blog en analyseerde het artikel van de onderzoekers nauwgezet. Het probleem is dat uitsterving volgens de definitie de verdwijning van het laatste individu van een soort betekent. Greg Laden beweert terecht dat een soort waarvan er nog slechts zo’n 50 exemplaren in leven zijn, heel waarschijnlijk uitsterft. Het is niet nodig te observeren of te berekenen dat het laatste individu uitsterft. Het is genoeg de populatie tot weinig individuen te reduceren en slecht geluk, ziekten of inteelt doen de rest. Op dezelfde wijze is het genoeg een klein stuk bos over te laten en te zien dat er nog steeds veel soorten in voorkomen. Maar het aantal individuen van elke soort zal zo klein zijn dat zij allemaal uit zullen sterven. Uitstervingscijfers worden dus NIET overschat.

Een blogger bij National Geographic had contact opgenomen met de auteurs van het ondertussen beroemd geworden artikel. Deze onderzoeker had veel spijt van de mediahype die rond hun artikel was ontstaan. Hij gaf aan dat zij alleen maar een technisch probleem rond de gebruikte methode wilden uitlichten. Toch vertelde dezelfde onderzoeker in interviews wel ronduit dat de meest gebruikte methodes te hoge uitstervingscijfers gaven. En dat is helaas de conclusie die bij de media en de beleidsmakers is blijven hangen.

Tot slot een prachtig filmpje van de meest noordoostelijk levende kat, de armoerluipaard, waarvan er nog maar 50 exemplaren in leven zijn. Deze kat leeft ook nog eens verspreid over ver uit elkaar gelegen gebieden, dus zijn de verschillende populaties nog kleiner. Op dit filmpje kunnen we ze nog in het wild zien weliswaar reeds met een zwaar gemoed.

Footnotes to Plato

because all (Western) philosophy consists of a series of footnotes to Plato

Zwervende gedachten

Een filosoof over argumentatie, biologie, handelingstheorie en wat hem verder invalt

mjusicamanti.wordpress.com/

per amanti della vera musica

SangueVivo

Ancora solo un battito in più - blog personale di Paolo Minucci

Scientia Salon

An archived blog about science & philosophy, by Massimo Pigliucci

Infinite forme bellissime e meravigliose

si sono evolute e continuano a evolversi

Meneer Opinie

Altijd een mening, maar niet altijd gehinderd door kennis van zaken

The Cambrian Mammal

An evo-devo geek's scientific meanderings

Why Evolution Is True

Why Evolution is True is a blog written by Jerry Coyne, centered on evolution and biology but also dealing with diverse topics like politics, culture, and cats.

Evolutie blog

bij dezen en genen

The Finch and Pea

A Public House for Science

voelsprieten

* wonder van het alledaagse *

kuifjesimon

Just another WordPress.com site

The Amazing Comics Men

Comics by Dutch cartoonists Jan the Stripman & Wim the Mysterious Helpman

Barbara Jansma

Prenten, spotprenten en schilderijen

Glaswerk

Ongepoetst en uit de hand

%d bloggers liken dit: