Op zoek naar de klepel

bij dezen en genen

Tag archief: creationisten

Van sequentie naar functie

Sinds zo’n 10 jaar wordt er gewerkt aan een project om alle functies van het DNA in kaart te brengen. Dit project, ENCODE genaamd, is nu klaar en is twee dagen geleden op 5 september 2012 gepubliceerd. Het gaat om een dertigtal publicaties verspreid over drie verschillende tijdschriften waaronder Nature.
Misschien is men meer bekend met het Menselijke Genoom Project dat in 2003 voltooid werd en waarin de hele sequentie van ons DNA ontcijferd is. Wetenschappers verwachtten toen erg veel van de resultaten en hoopten meer te ontdekken over genen en bijbehorende functies en ziekten. Van dat laatste was nauwelijks sprake. Het ENCODE project daarentegen zou meer kunnen betekenen in die zin, maar men is dit keer erg voorzichtig zich daar over uit te laten.
Het project ENCODE dat staat voor Encyclopedie van DNA-elementen vormt een beschrijving en definitie van al deze elementen. Tot deze functionele elementen wordt een bijzonder grote hoeveelheid biochemische functies gerekend en het percentage van het genoom dat biochemisch ‘actief’ is blijkt volgens deze criteria wel 80% te bedragen, terwijl men voorheen slechts 1% van het genoom als ‘actief’ beschouwde. De rest werd beschouwd als junk DNA. Er wordt daarom binnen de wetenschap de laatste twee dagen nergens anders over gepraat en heen en weer geblogd.

Deze 1% van het genoom is het gedeelte dat voor eiwitten codeert. Men wist al sinds geruime tijd dat veel sequenties uit het zogenaamde junk-DNA (de resterende 99%) bepaalde functies hadden, vooral wat betreft de regulering van transcriptie. Dat het percentage functioneel DNA hoger zou uitvallen is dus niet verrassend. Maar dat het wel 80% blijkt te zijn is voor veel wetenschappers een enorm probleem. Of de definitie van functioneel DNA is niet correct of men moet het hele paradigma van junk-DNA herzien. Alsof dit nog niet genoeg was zou het volgens de auteurs nog best meer dan 80% kunnen zijn, want de gescreende celtypen zijn er 147 terwijl de mens er wel duizend heeft. In elk celtype zijn andere genen actief dus dat zou kunnen betekenen dat het naar de 100% gaat. Vooralsnog is er nog niet veel te horen uit de creationisten-hoek. Zij zouden graag zien dat elke base in het genoom een functie had, omdat dat zou aantonen dat het om goddelijk ingrijpen gaat of om Intelligent Design.

Een duidelijke weergave van alle functionele elementen in het genoom. Uit Nature.

Veel wetenschappers zijn bijzonder sceptisch ten aanzien van de functie van de verschillende elementen. In het bijzonder het feit dat alle transcripten tot functionele elementen gerekend worden, terwijl men weet dat veel RNA in de cel geen specifieke rol heeft en bijproducten zijn van knip- en plakwerk van RNA.
Er wordt momenteel voornamelijk gediscussieerd over wat de term ‘functioneel’ zou moeten inhouden. Ondanks al deze kritiek is het wel duidelijk dat er tot nu toe vele functies over het hoofd gezien zijn. Ewan Birney, de coördinator van de studie geeft aan dat 8% van het genoom actieve sites vormt waar DNA gebonden wordt door regulerende eiwitten. Samen met 1% van coderend DNA kom je uit op 9%. Aangezien de celtypen niet allemaal vertegenwoordigd zijn denkt hij dat alleen dit soort elementen rond de 19% kan vertegenwoordigen bij een complete screening van alle celtypen. Zou je dus alleen dit element als functioneel beschouwen, samen met de voor eiwit coderende DNA-elementen, dan kom je met 20% al een heel eind, ook al is het dan geen 80%. Het is duidelijk dat de hoeveelheid ‘functioneel DNA’ afhangt van wat je precies verstaat onder ‘biochemische activiteit.’ De figuur laat alle elementen in de cel zien die als functioneel beschouwd worden.

Er kan hier meer over gelezen worden:

Nature main article; Nature News and ViewsNatureblogEd YongEwan Birney

De discussie is voorlopig nog niet gesloten en dit bericht zal voortdurend geupdate worden.

Update: 7/9/2012: Soapbox Science

ENCODE details (The finch & pea of Mike White)

8/9/2012 Wikipedia is aangepast.

Kritiek van Larry Morgan op David Ropeik

Misvattingen over de evolutietheorie en de atheistische campagne

In zijn weblog schrijft Bas Haring over de misverstanden betreffende de evolutietheorie. De eerste zin veronderstelt dat deze theorie nagenoeg door iedereen aangehangen wordt. Het is een interessant artikel (van de vlokskrantredactie) dat misschien niet velen gelezen hebben zo vlak na de feestdagen. (Zie Volkskrant weblog)

Googel je eens naar ‘evolutie’ dan vind je meteen al vele sites die tegen de evolutietheorie zijn. Misschien hebben deze tegenstanders meer behoefte om hun mening te verkondigen en lijkt het er daardoor op of ze in veel grotere getale aanwezig zijn.

Nu is er in Nederland een folder in omloop die 12 februari (de 200ste verjaardag van Darwin) in de brievenbus valt en die de vraag stelt: Evolutie of Schepping. Wat geloof jij? Martijn van Calmthout schreef er in November al over. Naar aanleiding daarvan zaten Midas Dekkers en Johan Huibers (Google naar ark van noach) tegenover elkaar bij P&W. Daar bleek dat de dinosaurussen op de Ark van Noach de zondvloed hadden overleefd. Ik las een VKblog over deze folder (zie bovenste infoblok rechts). Daar kan de folder gelezen worden. De folder beweert steeds maar ‘kijk eens om u heen’ als argument tegen o.a. de fossielenvondsten. Het bleek dat de folder gemaakt is door dezelfde Dorenbos van de plastic foetussen. Hoe durft-ie zomaar bij iedereen de brievenbus vol te gooien en wat kun je ertegen doen?

Er is ook een VKblog dat de evolutietheorie verloochent. Dit blog stelt dat atheisten, ‘Darwinisten’ en ‘evologen’ allemaal hetzelfde zijn. Maar ‘Darwinisten’ zijn niet per se atheisten en andersom. In Engeland werd een campagne gevoerd met bussen die als opschrift hadden dat God niet bestaat en dat je dus onbezorgd door het leven kunt gaan. Deze campagne is medegefinanceerd door Richard Dawkins, een overtuigd atheist en voorstander van de evolutietheorie. De campagne staat misschien los van het gedebatteer over het Darwinjaar maar ik denk toch dat het daarmee begonnen is. Er rijden nu ook in Spanje en Italie bussen met deze slogan (in Rome is dat niet gelukt). Van mij hoeft het niet zo nodig. Iedereen gelooft wat hij wil. Vandaag claimde een Spaans atheist, dat hij, net zoals de katholieken, ruimte wil hebben voor zijn ideeën.

Het blijkt dus dat de wetenschap (die bijna uitsluitend door atheisten beoefend zou worden) en de evolutietheorie, waarvan we denken dat eigenlijk iedereen die aanhangt, toch niet zo vanzelfsprekend zijn. Ik doe daarom graag mee aan het initiatief van ‘Meneer Opinie’ om op 12 februari een VKwetenschapsdag te houden en ben zo vrij geweest het betreffende infoblok op mijn blog te plaatsen. Ik hoop dat er veel meedoen.

P.S. Hier is een mooie site over Darwin van de BBC

Footnotes to Plato

because all (Western) philosophy consists of a series of footnotes to Plato

Zwervende gedachten

Een filosoof over argumentatie, biologie, handelingstheorie en wat hem verder invalt

mjusicamanti.wordpress.com/

per amanti della vera musica

SangueVivo

Ancora solo un battito in più - blog personale di Paolo Minucci

Scientia Salon

An archived blog about science & philosophy, by Massimo Pigliucci

Infinite forme bellissime e meravigliose

si sono evolute e continuano a evolversi

Meneer Opinie

Altijd een mening, maar niet altijd gehinderd door kennis van zaken

The Cambrian Mammal

An evo-devo geek's scientific meanderings

Why Evolution Is True

Why Evolution is True is a blog written by Jerry Coyne, centered on evolution and biology but also dealing with diverse topics like politics, culture, and cats.

Evolutie blog

bij dezen en genen

The Finch and Pea

A Public House for Science

voelsprieten

* wonder van het alledaagse *

kuifjesimon

Just another WordPress.com site

The Amazing Comics Men

Comics by Dutch cartoonists Jan the Stripman & Wim the Mysterious Helpman

Barbara Jansma

Prenten, spotprenten en schilderijen

Glaswerk

Ongepoetst en uit de hand

%d bloggers liken dit: