Citaat
Elk levend organisme is tegelijkertijd een fossiel. Het draagt tot in de microscopische structuur van zijn proteïnen, de sporen, zoniet de stigma’s van zijn voorouders.
Jacques Monod: Toeval en onvermijdelijkheid
The poetry of Science
Twee uitblinkende wetenschappers van vandaag, Richard Dawkins (evolutiebioloog) en Neil deGrasse Tyson (astrofysicus), praten over de schoonheid van de wetenschap. Dit gesprek werd opgenomen aan de Howard University van Washington DC, 28 september 2010. Deze conversatie is zo ontspannen dat ze zo plaats gehad zou kunnen hebben voor een haardvuur, ook zonder publiek. Over waarom de wetenschap niet alleen een optie is, maar de enige werkelijkheid is die we bezitten. Het filmpje duurt ongeveer een uur, daarna zijn er vragen van het publiek.
Klik hier om het op Youtube te zien
My Tweets
- RT @gunsnrosesgirl3: Hair rising up as a precursor to lightning Negative ions from a cloud reach down before a lightning strike, in resp… 1 week ago
- RT @BartAafjes68: It’s A Dutch thing, don’t ask ;) https://t.co/uJaWjrvYXY 1 week ago
- Wopke Hoekstra for President! Over stikstof & spanning tussen de provincie en landelijk bestuur | Wopk...… twitter.com/i/web/status/1… 1 week ago
- Fijn om te weten. Kunnen we wat rustiger slapen twitter.com/HoeyberghsJeff… 1 week ago
- Wil je vlees en zuivel duurder maken, betaal de veehouder dan meer zodat hij de dieren een beter leven kan geven twitter.com/janrotmans/sta… 1 week ago
- RT @aeonmag: The French American pianist and recent Sophia Club New York artist @tepferdan finds an intersection between music and computer… 1 week ago
- Van @j_vollenbroek 's drijfveren en de gevolgen voor de boeren. Een geschiedenis door @KarlMathiesen twitter.com/POLITICOEurope… 1 week ago
Meest recente berichten
Archief
Laatste reacties
Populaire berichten & pagina’s
Categorieën
Tags
aarde antivries atp bacterie bacterien bijen bijensterfte biodiversiteit biofysica biologie black smokers bloemen carl zimmer co2 cognitie convergentie cyanobacteriën darwin DNA ecosysteem eiwit eiwitten embryo ENCODE epigenetica erfelijkheid eukaryoten evolutie evolutietheorie foto fotografie genduplicatie genoom geslachtscellen hemoglobine hydrothermale bronnen italie jumping genes junk-dna klimaat klimaatverandering koraal koraalriffen koralen kunst kwantumbiologie LUCA methylatie mutatie muziek natuurlijke selectie nick lane nucleotiden oorsprong van leven padua planten plastic pluripotente stamcellen prokaryoten protoeukaryoten RNA rna-wereld selectie symbiose transcriptie translatie transposons vakantie venetie virus vkblog wetenschap zandraket zon zuurstofBlogs I follow
Sites die ik volg
- Klimaatverandering
- Footnotes to Plato
- Zwervende gedachten
- mjusicamanti.wordpress.com/
- aandacht voor de musicus
- SangueVivo
- Microplastics
- Teaching Biology
- Scientia Salon
- Infinite forme bellissime e meravigliose
- Meneer Opinie
- The Cambrian Mammal
- Why Evolution Is True
- Evolution blog
- The Finch and Pea
- voelsprieten
- kuifjesimon
- The Amazing Comics Men
- Barbara Jansma
- Glaswerk
Blogroll
- 100_woorden
- Aad Verbaast
- Antoinette Duijsters
- Barbara Jansma
- blutch
- Discuss
- Gerdien de Jong
- Gert Korthof
- Get Inspired
- Get Polling
- Get Support
- Glaswerk
- kuifjesimon
- Learn WordPress.com
- Leonardo's blog: not a single footnote to plato
- Marnix Medema
- Meneer Opinie
- Ramirezi
- Rokus2000 (rondetijd)
- Sterrenstof
- Terrence
- Tsjok evodisku
- Tsjok45
- WordPress Planet
- WordPress.com News
Hoi Marleen,
een teken van leven uit het zwaar geteisterde Italië!
Een mooi cultuur-filosofisch blog!
“min of meer dodelijke virussen hebben altijd bestaan” Ja, dat klopt.
Maar je kunt de verspreiding van het virus indammen en de schade beperken.
Het verschil tussen nu en vroeger is dat ALS er eenmaal een lokale uitbraak is het virus binnen een dag over de hele aardbol verspreid wordt door internationaal vliegverkeer. Dat kon vroeger uiteraard niet. Pas nu besef je hoeveel mensen over de hele wereld met elkaar in contact staan.
Ook helpen we het virus massaal te verspreiden door in steeds grotere steden te gaan wonen: Wuhan heeft 10 miljoen inwoners. New York: 9 miljoen.
Tenslotte de vreselijke eetcultuur van China en hoe ze met dieren omgaan helpt nieuwe virussen over te springen naar de mens. Dat vindt je terug in boeken over pandemieën.
Dus: inderdaad er waren altijd epidemieën, maar er zijn nu absoluut meer mensen (fijn voor het virus!) dan vroeger. En we (de Chinezen) hebben kennelijk niets geleerd van de SARS epidemie 2003.
het ga je goed,
Gert
Hoi Gert,
Leuk om je weer als gast op dit blog te hebben.
Ben het met je eens dat er enorme verschillen zijn met vroeger, de eerste nederzettingen van de mens, vergeleken met nu, een wereld met miljoenensteden.
Ik blijf evenwel van mening dat we ons niet schuldig hoeven te voelen, noch voor het ontstaan van het virus, noch voor de snelle verspreiding ervan. Het zijn allemaal consequenties van de enorme toename van de bevolking en vooruitgang in technologie en dat kun je moeilijk onze schuld noemen.
Als de ‘slachtrituelen’ van de Chinezen bijvoorbeeld verantwoordelijk gehouden kunnen worden voor het overspringen van het virus van dier naar de mens, dan is dat hoe dan ook niemands schuld, ze doen dit al eeuwen zo. Bovendien is het overspringen van het virus naar de mens en de daarop volgende pandemie een kwestie van tijd. Vroeg of laat moest het gebeuren, de virologen zaten er eigenlijk op te wachten. Wat dat betreft zou je de overheden kunnen verwijten niet genoeg geld uitgegeven te hebben voor onderzoek en vaccins. En ook is er in veel Westerse landen de laatste tijd enorm op gezondheidszorg gekort.
Heb je misschien de film “Contagion” gezien? Verbijsterend hoeveel de beelden in de film de situatie van vandaag oproepen. Gelukkig loopt het hier in Europa niet echt uit de hand zoals in de film wel het geval is.
“We” zijn natuurlijk ook erg goed geworden in het analyseren van virussen, van ziektebeelden of symptomen waarmee onderscheid gemaakt kan worden tussen een gewone griep en Covid19 bijvoorbeeld, of tussen veel andere door virussen geïnduceerde ziekten. Het kan er daarom op lijken dat er meer ziekten in omloop zijn en dat het ‘slechter’ gaat dan vroeger.
Over het coronavirus heb ik ook iets te zeggen:
Klik om toegang te krijgen tot AJBSR.MS.ID.001312.pdf
Zoals je ziet is het gewoon een afgezwakte SARS-CoV Virusstam. Niks nieuw virus.
M vr gr,
Peter
Hoi Peter,
Dank voor je reactie.
Een mooie Mini-review. Ik ben het helemaal eens met de strekking.
Ik begrijp evenwel niet hoe je kunt discussiëren over of een virus nieuw is of niet. Elk virus is in feite een mutatie van een ander virus, er is altijd wel een error in het kopiëren, je weet wel, de afkomst van een voorouder (descent…). Levert elke mutatie ook een nieuw virus op, in zekere zin wel, maar dit virus wordt alleen voor ons zichtbaar (fenotype) als we er andere symptomen aan kunnen toekennen. Daarom is SARS-Cov-2 (2019) wel degelijk een nieuw virus ten opzichte van SARS-Cov (2003).
Je schrijft in je review ook dat het SARS-Cov-2 een afgezwakt virus is. Ik neem aan dat je het hebt over de letaliteit en dan nog wel op korte termijn, want Cov-1 was weliswaar meer letaal, maar was ook snel weer ‘over’. Het is een bekend fenomeen in de evolutie van virussen dat de virulenza een trade-off vertegenwoordigt. Te virulent en het virus sterft uit met zijn stervende gastheren, niet virulent genoeg en het virus wordt simpelweg afgestoten door de gastheren en verdwijnt.
Ik meen me te herinneren dat je in Zwitserland werkte aan het immuunsysteem. Er wordt al jaren gezocht naar een vaccin tegen een eiwit dat alle (retro)virussen gemeen hebben. Zou je misschien (bondig) uit willen leggen waarom er niet gezocht wordt naar een vaccin tegen de reverse transcriptase? Ik dacht dat deze specifiek van retrovirussen waren. Zijn er ook retrovirussen die goed voor ons zijn en die dus niet moeten worden afgestoten?
Marleen, als je de referenties in mijn minireview leest zul je ontdekken dat de evolutie van virusen maar een kant op kan: Downhill. Ze ontsnappen aan de normale contr, dan
Je vragen over retrovirusen staan grootdeels in mijn boek (link). Een nieuw artikel van mij is hier te vinden:
https://www.researchgate.net/publication/340249163_ERVs_and_LINEs_–_along_novel_lines_of_thinking
En Lines, die ook worden gezien als virus-overblijfselen zijn dat ook niet. Het zijn genetische schakelaars.
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/30736359
m vr gr,
Peter
peter b
Het is mij een raadsel hoe iemand Covid-19 “gewoon een afgezwakte SARS-CoV Virusstam” kan noemen.
Ten eerste is het nog niet onder controle – wat de toekomst voor beeld gaat schilderen is heel
onzeker … en kan zeer ontwrichtend zijn.
Ten tweede ligt het aantal dodelijke slachtoffers hoger dan bij SARS over de hele geschiedenis.
Ten derde is iemand die “genezen” is niet echt genezen. Veel ex-patiënten kunnen hun gewone leventje niet meer oppakken.
Mijn inschatting is dat je, zoals van ouds, aan wilt schoppen tegen het (medisch) wetenschappelijk establishment, dat, het moet eerlijk geconstateerd worden, nog geen greep op de materie heeft.
“Het is mij een raadsel hoe iemand Covid-19 “gewoon een afgezwakte SARS-CoV Virusstam” kan noemen.”
Omdat je de genetische data van beide virusen niet kent. En niet weet hoe virusen evolueren. Ik wel. Ook epidemiologisch zit je ernaast. Have a nice day.
peter b
Voor iemand die graag serieus genomen wil worden in zijn afwijkende opvattingen is dit een antwoord dat wel bij mijn laatste observatie past: je weet niet te doceren (of te doseren, zo je wilt) maar weet wel hoe te beleren.
Wel, het gaat je vast lukken een plekje te vinden waar je jouw inzichten kunt slijten.
C’est le Ton qui fait la Musique, Leonardo. Als je echt geinteresseerd zou zijn, dan zou dat uit je schrijfsteil blijken.
Peter,
Ik begrijp uit je reactie en uit de referenties die je meestuurt, dat je, na al die jaren, nog steeds gelooft in je persoonlijke, in je verbeelding geconstrueerde gigantische primordiale baranoom, waarbij, ook in het geval van virussen, het genoom reduceert, “downhill” evolueert, zoals je zegt. Ik had even de hoop dat je losgekomen was van dit gedachtegoed en dat er normaal gediscussieerd kon worden.
Als je zo goed op de hoogte bent zou het een klein kunstje voor je moeten zijn om bondig uit te leggen waarom er geen vaccins tegen reverse transcriptase zijn, zoals ik je vroeg. Is het een ‘banaal’ eiwit met te algemene epitopen, waardoor de reactie met antilichamen niet specifiek genoeg kan worden gemaakt? Ik hoopte op een duidelijk antwoord. Als je met allemaal linkjes aankomt zetten naar eigen werk nota bene dan hoeft het van mii niet meer. Ik concludeer daarom dat jij net zomin weet hoe het zit als ik.
Marleen, als je het nieuwste boek van evolutie-biochemieprof Nick Lane leest (2018), en wat hij over LUCA schrijft en je leest mijn boek uit 2009, dan weet je dat hij hetzelfde schrijft als ik. Alleen hij verwerpt de meest voor de hand liggende conclusies. Ik niet. Ik ben nl geen atheist en daarom kan ik vrijdenken. Hij niet. Hij is gedwongen onlogische conclusies te trekken.
Je wilt weten waarom je geen vaccin tegen RT kunt maken…? 1) omdat RT duizendvoudig in ons eigen genoom voorkomt; 2) omdat het niet wordt geexposeerd op de buitenkant van het virus.
M vr gr,
PB
Marleen, ik vind die middelste alinea, over het virus en de mens, zo mooi opgeschreven.
Dankjewel Leonardo
Dank voor je antwoord Peter, omdat het enzym niet geëxposeerd wordt, lijkt me een goede reden om daar geen antilichamen tegen te maken. Ik dacht dat RT alleen bij retrovirussen voorkwam, maar het is mogelijk dat het daarom ook overvloedig aanwezig is ons eigen genoom, mat alle retrovirussen die daar ‘geleefd’ hebben gedurende verkoudheden e.d.
Ik weet wat het gedachtegoed van Nick Lane is en weet dat hij zeer logische conclusies trekt. Niet omdat hij atheïst is, maar omdat hij wetenschapper is.
Marleen,
vroeg “waarom er niet gezocht wordt naar een vaccin tegen de reverse transcriptase? ”
kan het zijn dat reverse transcriptase helemaal niet gebruikt wordt in de replicatie van het virus? Corona is een RNA virus: op basis van RNA worden eiwitten/enzymen gemaakt en RNA zelf wordt gerepliceerd en daar heb je helemaal geen DNA voor nodig. Reverse transcriptase maakt DNA op basis van RNA. Maar Corona virus heeft helemaal DNA nodig. Dat is een stap die wordt overgeslagen. Er moet uiteindelijk RNA in het virus partikel terecht komen want het is een RNA virus. Dus reverse transcriptase inhibitors zullen geen effect hebben verwacht ik.
het ga je goed,
Gert
Gert,
Je hebt waarschijnlijk gelijk. SARS-Cov-2 is een RNA-virus maar geen retrovirus. Ik kan daar althans niets over vinden. In Wikpedia zijn er lijsten van retrovirussen en de coronavirussen staan daar niet bij. Het is hoe dan ook moeilijk er iets over te vinden, aangezien alle zoekopdrachten naar Coronavirus en reverse transcriptase leiden naar de methode waarmee infectie wordt geanalyseerd: PCR. Hartelijk dank voor je reactie. Ik heb al die tijd verondersteld dat het een retrovirus was. Dat is dan duidelijk.
peter b
Ik ken inmiddels heel wat wetenschappers en andere aanpalende metierbeoefenaren die heel andere kwalificaties over het nieuwe virus laten horen dan jij. Dus mijn begin “Het is me een raadsel dat …” maakt een grote dorst naar begrijpen duidelijk die jij kennelijk niet op de juiste waarde weet te schatten. In ieder geval sla je mijn vraag dood met vergelijkingen tussen jouw superieure kennis en mijn nulkommanul inzicht.
Over de toon van de muziek gesproken.
Wat dat betreft toon je jezelf in ieder geval een echte wetenschapper. Als Amerikaanse scholars en studenten bang voor je eigen space, en als klimatoloog boos als iemand vraagt naar de herkomst van je inzichten.
En wat dat epidemiologisch er naast zitten betreft: ik was me niet bewust van het feit dat ik epidemiologisch bezig was. Wel, als er één ding duidelijk is, dan dit wel: iedereen tast voorlopig nog in het duister, hetgeen vooral tot uitdrukking komt in de verwondering over de diverse uitwerkingen in diverse landen, en in het over elkaar heen rollen van virologen en epidemiologen in de media.
Als coronavirussen geen retrovirussen zijn dan is er in de Mini Review van Peter Borger iets raars aan de hand. Hij schrijft daar het volgende:
Wanneer is er dan sprake van recombination? Dat is toch wat er gebeurt gedurende de meiose in eukaryotische cellen? En kan alleen plaatsvinden door uitwisseling van DNA. Kan Peter Borger dat misschien toelichten?
Misschien heb je iets aan de volgende artikelen
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC4369385/g
https://www.cell.com/trends/microbiology/fulltext/S0966-842X(16)00071-8
Er ging iets fout met het kopiëren van de links, sorry
De link naar het eerste artikel, “Coronaviruses: An Overview of Their Replication and Pathogenesis” (2015), moet zijn:
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC4369385/
De link naar het tweede artikel is goed, maar ik vergat de titel, “Epidemiology, Genetic Recombination, and Pathogenesis of Coronaviruses” (2016), te vermelden:
https://doi.org/10.1016/j.tim.2016.03.003
Groetjes, Arno.
Ik begrijp er niet veel van, behalve dat recombinatie plaats vindt tijdens RNA-replicatie en dat het er iets mee te maken heeft dat er eerst een negatieve kopie van het virus RNA gemaakt wordt die vervolgens opnieuw gekopieerd de positieve kopie oplevert die in de dochter-virionen terecht komt.
Hartelijk dank Arno, ik laat hier van me horen zodra ik het gelezen heb.
Ik vond zojuist in m’n archief een ouder artikel: Lai 1992 “RNA recombination in animal and plant viruses”
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC372854/
Ik kwam het ooit per ongeluk tegen en heb het opgeslagen omdat het me verbaasde (ik dacht ook dat recombinatie een eukaryotische aangelegenheid was), maar ben er toen niet aan toegekomen om het te lezen. Vervolgens ben ik het hele artikel vergeten.
Ik deelde je verbazing over RNA recombinatie en realiseerde me dat ik weinig idee had van hoe RNA replicatie in zin werk gaat. Daarom zocht ik met DuckDuckGo (zoekopdracht ‘coronavirus replication recombination’) naar een review en vond de eerder genoemde artikelen. Pas daarna herinnerde ik me opeens dat ik al eens eerder over RNA recombinatie gehoord had en doorzocht ik mijn archief.
Ik kijk uit naar je commentaar/uitleg!
Arno, je zoektocht die wellicht jaren geleden gestart was is nu zeer nuttig.
Je laatste link heb ik nog niet gelezen, maar van je voorgaande, nieuwere artikelen, heb ik verschillende alinea’s gelezen.
Zelfs gedurende deze Italiaanse lockdown ontbreekt de tijd er dieper op in te gaan. Het mechanisme waarmee het RNA gekopieerd wordt is me niet duidelijker geworden dan wat jij erover schrijft, maar ik kwam de volgende gegevens tegen: Het RNA in het retrovirus is “positive” en slechts 1% van dit RNA, als de cel geïnfecteerd is, is “negative”. Ik begrijp dat “negative” de complementaire streng is die meteen weer opnieuw gekopieerd wordt zodat vrijwel al het virus RNA in de cel “positive” is en de genen op de juiste volgorde en wijze gelezen worden.
Het belangrijkste punt is dat dit enkelstrengse of dubbelstrengse (ik weet niet of de complementaire strengen aan elkaar vast zitten) RNA recombinatie kan ondergaan simpelweg door RNA fragmenten of genen uit te wisselen. Wanneer dit gebeurt in dieren die door meer dan één variant van een virus geïnfecteerd zijn, kan er recombinatie plaatsvinden, waarbij er totaal nieuwe virussen kunnen ontstaan. Een mechanisme, dat, net als bij de eukaryoten, de mutatie en evolutie enorm versnelt. De auteurs van het tweede artikel, van Su et al. 2016 (“Epidemiology, Genetic Recombination, and Pathogenesis of Coronaviruses”) verwachten dan ook dat het niet een kwestie is van òf er een nieuw virus, waar we niet tegen opgewassen zijn, opduikt, maar van wanneer.
Het is waarschijnlijk voldoende me voor te stellen dat het RNA van twee verschillende virus- varianten hun RNA uitwisselen zoals in een crossing over, waarbij homologe sequenties uitgewisseld worden.
Mocht je hier verbeteringen in aan willen brengen of informatie aan toe willen voegen, graag.
Nogmaals hartelijk voor de links naar de artikelen.
Ik vond nu net veel informatie over positive RNA en recombinatie in dit Wikipedia artikel:
https://en.wikipedia.org/wiki/Positive-sense_single-stranded_RNA_virus
Niet altijd de betrouwbaarste bron, maar hier wel goed geschreven