Op zoek naar de klepel

bij dezen en genen

geen mutaties, geen evolutie

Een gastbijdrage van Leonardo da Gioiella

Se non ci fossero mai mutazioni, non potrebbe esserci evoluzione né selezione naturale. Ogni organismo sarebbe una copia perfetta dei genitori e le specie sarebbero fisse.

intro_evolution_groot_finMet deze onzinzin begint een stukje tekst in L’EVOLUZIONE A FUMETTI, een introductie in de evolutie, een vertaling van Introducing Evolution van Dylan Evans (met illustraties van Howard Selina).
De onzinzin die daar staat luidt in gewoon NL:

Als er geen mutaties zouden optreden [bij de voortplanting] dan kon er geen evolutie bestaan noch natuurlijke selectie. Ieder organisme zou een perfecte kopie zijn van de ouders en de soorten zouden vast liggen.

Uiteraard is het eerste deel waar, maar wel een open deur. Vooral de context, en de toegevoegde illustratie maken het tot onzin.

De context spreekt van “ieder organisme”.
De illustratie toont 2 rijtjes van 3 mannen, als langs een spoorbaan getekend. Let wel: 2 verschillende mannen, de een blond, de ander donker, met elk twee klonen.

Als er geen mutaties zouden optreden ….
Wel, dan waren we vermoedelijk in de simpelste, meest primitieve eukaryoten blijven steken.
Misschien waren er dan wel helemaal geen eukaryoten gekomen.
Je zou je zelfs af mogen vragen: zouden er dan wel prokaryoten zijn gekomen.

Ik zou nu op kunnen houden, maar ik heb me vooral in die context verdiept.
Iemand zou kunnen zeggen: het kan toch zijn dat het optreden van mutaties op enig moment is opgehouden?
Wel, iemand heeft dat gezegd … of moet dat op zijn minst hebben gedacht. De iemand heeft het in deze context geplaatst: de schrijver van deze tekst.
Hij moet zich gerealiseerd hebben: geen evolutie, dan ook geen soorten.

Toch is hij verder gegaan.
Hij zegt: de soorten zouden vastliggen.
En hij illustreert de stelling met mensen die gelijk zijn.
Terzijde: één van die illustraties is verlevendigd met een moederaap en haar jong.

Er is dus het plantenrijk en het dierenrijk. En het zoogdier mens is in volle hevigheid present.

Waar komt dat allemaal vandaan.
Waar komen al die organismes, bouwstenen van de vastliggende soorten, vandaan?
De leerboeken over evolutie kunnen zo in de prullenbak worden gegooid. Er is immers geen DNA dat muteert.
En als het DNA niet muteert – ook geen natuurlijke selectie (ik ben het helemaal eens met de schrijver) én geen seksuele selectie én geen selectie door fokken of telen.

Er staan geen moeders op de illustratie, maar die kerels moeten ergens vandaan komen. Gelukkig is er nog de noodzaak om aan voortplanting te doen. Maar het plezier dat we daar nu aan beleven, zou dat er nog zijn?

’t Heeft natuurlijk zo zijn voordelen.
Geen doorfokken meer.
Geen doofstommen en geen blinden meer, dus je hebt ook geen doofstommeninstituut of blindeninstituut nodig. Nog wel blindenopvang, want er zullen vast nog wel misdadigers zijn, die vanwege de ernst van het misdrijf de ogen worden uitgestoken.

En, hoe gaan we ontdekken waar het allemaal vandaan komt.
Hier wordt een punt wat ik eerder in een discussie heb gemaakt overduidelijk gedemonstreerd: aan de output kun je nog niet het proces herkennen.
Er is geen muterend DNA, dus wie heeft die soorten op de wereld gezet? Zou de big bang verzonnen zijn als er geen evolutietheorie was geweest? En, zo ja, zou iemand dan geopperd hebben dat de soorten tijdens de oerknal, of vlak daarna, gevormd zijn, zoals de elementen, en dat ze uiteindelijk, na een lange reis door de ruimte, wachtend op een zich nog te vormen planeet, die ook nog een maan moest acquiren om te zorgen dat het water opkwam en afging, om daar dan neer te dalen?
Ik vrees dat de boekenkasten geleegd zouden zijn van boeken over evolutie.

Herman Bavinck,  theoloog, had nooit iets hoeven zeggen over ongeloof en evolutie.
En, daar gaat de schoen echt wringen, de boekenkasten zouden weer gevuld zijn met boeken over de grootsheid van de schepping. Want wie kan dat verhaal nog omver blazen als er geen Darwin had kunnen komen?

Se non ci fossero mai mutazioni, ...
Is het denkbaar dat een wezen een kopie van zichzelf zou maken met als enige “weeffout” dat de kopie geen weeffouten meer kan maken. Er wordt vanaf dat moment geen DNA meer gemuteerd bij de voortplanting. Hoe zou dat uitpakken?
Dus de schrijver krijgt gelijk: er zijn wel soorten, maar er wordt niks meer gemuteerd.

Nou ja, als dat een armoedzaaier zou overkomen, een tramp, zou er niks aan de hand zijn. Die zou seksueel wel uitgeselecteerd worden.

Maar wat te denken van Bach. Stel, die was een getrouwe kopie van zijn vader, geen mogelijkheid om nog mutaties te genereren. Dat hij een ander musicus is geworden dan zijn vader komt door de opleiding van zijn broer. Maar bij de nakomelingen gaat het hard. Wilhelm Friedemann en Carl Philipp Emanuel zijn echt klonen, ook in hun muziekproductie. Door vader gemaakt en gekneed. En moeder Maria Barbara, gewoon een nicht, doet dapper mee. Die paar mutaties die ze nog doorgaf tellen niet meer mee. Bach zelf, en zijn zonen en dochters merken al gauw dat de klonen prima functioneren, dus dat inteelt geen kwaad kan en … dat incest dus niet van de boze kan zijn! En omdat Bach goed verdient – in een tijd vol armoedzaaiers en tramps geen onbelangrijk gegeven! – besluiten ze hun toekomst veilig te stellen, en al snel zijn er een hoop JSB-tjes op de wereld gezet, precies zoals de illustratie uit mijn boekje suggereert.

Je moet toch niet aan de gevolgen denken.
Mozart zou zijn kop nog wel boven het maaiveld uitgestoken hebben. Haydn wellicht ook. Maar al snel wordt het muziekleven geheel gedomineerd door de JSB-tjes. Alleen nog maar toccata’s, passionen, Erbarme dich’s, Oratoria. Carl Philipp Emanuel zou geen bijdrage aan de Sturm und Drang geleverd hebben, en dat scheelt een behoorlijke slok op een borrel. De sonates van Schubert hadden we kunnen vergeten, zulke muzikale monumenten als de symfonieën van Bruckner of Mahler – geen kans. Het atonale systeem, of de toonklok van onze eigenste Schat … vergeet het maar.
Alles zou Bach geweest zijn wat de klok sloeg.
En alleen nog maar Soli Deo Gloria.

Ik moet er niet aan denken. Zelfs maar de suggestie dat er nog mogelijkheid tot verlichting in onze genen zou kunnen zitten zou verdwenen zijn.
En, let wel: ook geen Beatles hé. Alles was weggedrukt geworden.
Hoe lang, hoeveel aeonen zou het geduurd hebben voordat ene Rudolf Wijbrand Kesselaar opgestaan zou zijn als Rudi Carrell, en gezongen zou hebben … / dat ik de wijsjes en de sijsjes van de merels ken / ….

Dat zinnetje non […] evoluzione né selezione naturale doet me ook iets anders beseffen.
Eigenlijk zou ik nu kunnen zeggen: mutabiliteit is de drijvende kracht van de evolutie.
Maar … kan ik dat hier wel zeggen?
Dat riekt naar mutationisme.
En Marleen heeft zelf in een comment gezegd: Ik zie niets in het mutationisme als idee, …
Als gastschrijver mag ik natuurlijk schrijven wat ik wil, maar een beetje respect voor de gastvrouw mag natuurlijk wel.
Aan de andere kant, Masatosha Nei heeft het zelf gezegd met zijn theorie van mutation driven evolution: mutation is the driving force.
En daar is wel veel kritiek op gekomen, maar daar staan mensen als Wagner tegenover, die op dit blog toch heeft mogen gloriëren, … while not necessarily agreeing with Nei’s position, treat it as an alternative view relevant to reforming or improving evolutionary thinking … (wiki).

Dus ik zeg het toch maar.
Mutabiliteit is de drijvende kracht van de evolutie. Natuurlijke selectie en seksuele selectie, zijn een soort van hulpprocesjes geworden.

Al moet ik wel vrezen dat Marleen misprijzend – het zal wel zeer misprijzend zijn – haar wijze hoofd zal schudden.
Over zoveel domheid.
Van leonardo.

116 Reacties op “geen mutaties, geen evolutie

  1. Harry Pinxteren april 12, 2015 om 13:51

    ben benieuwd of marleen het nou wel gelooft- als jij het zegt!😉

  2. Rob van der Vlugt april 12, 2015 om 15:49

    Als groot voorstander van eenvoud juich ik het idee dat de drijvende kracht achter de enorme diversiteit van het leven op aarde gezien kan worden als een voortdurende stroom van veranderende aminozuurketens van harte toe.
    Hulde !

  3. leonardo april 12, 2015 om 17:06

    dankjewel Rob, voor het compliment

  4. leonardo april 12, 2015 om 17:07

    Harry,

    Dank voor je reactie.
    Ik kan je opmerking verder niet becommentariëren voordat Marleen gesproken heeft.

    Wellicht ten overvloede.
    Ik heb Marleen deze tekst voorgelegd omdat ik dat wel bij haar blog vond passen. Ze heeft geen inspraak gehad én … let wel, ben ik blij te zeggen … ook niet gevraagd. Dus ik concludeer dat ze de tekst acceptabel vindt.
    Over Marleen’s opvatting over de neergelegde opinie moet ik evenals jij in het duister tasten totdat ze zich laat horen.

  5. Harry Pinxteren april 12, 2015 om 22:07

    leonardo

    waarschijnlijk had je het gemist, anders had je het vast verwerkt in je verhaal, maar mutationisten zijn dus minstens zo rooms als de paus:

    ..unless profitable variations occur, natural selection can do nothing.
    wg Ch Darwin.

    Duidelijk, zou ik zeggen. Geen misverstand mogelijk.

    Dat dat er niettemin ruimschoots is gekomen, levensgroot zelfs, dat is een heel ander verhaal!

  6. Marleen april 12, 2015 om 22:39

    Leonardo,

    Een mooie uiteenzetting. Dank je wel. Ik had hem natuurlijk al gelezen voor publicatie en vond het heel goed geschreven. De meest interessante paragraaf voor mij is die begint met:

    Zou de big bang verzonnen zijn als er geen evolutietheorie was geweest? En, zo ja, zou iemand dan geopperd hebben dat de soorten tijdens de oerknal, of vlak daarna, gevormd zijn, zoals de elementen, en dat ze uiteindelijk, na een lange reis door de ruimte, wachtend op een zich nog te vormen planeet, die ook nog een maan moest acquiren om te zorgen dat het water opkwam en afging, om daar dan neer te dalen?

    Mutabiliteit is een mooie term en je hebt zorgvuldig vermeden jezelf letterlijk als voorstander van Mutationisme neer te zetten. Dus kunnen we daar niet van mening over verschillen.

    Het lijkt mij niet dat het een direct met het ander te maken heeft.
    Mutabiliteit heeft te maken met evolvability en mutation rates dat verder geen uitspraken doet over wel of geen selectie, terwijl mutationisme te maken heeft met voorstanders van een evolutietheorie die vinden dat er aan mutatie meer aandacht geschonken zou moeten worden dan tot nu toe en meer dan aan selectie.

    Ik lees op Arno Wouters’ blog, dat de geschiedenis van het mutationisme laat zien dat de mutationisten zich afscheidden van de Darwinisten omdat de eersten vonden dat selectie relatief weinig bijdraagt aan evolutie, vergeleken met mutatie. Dit is nu geschiedenis. Ik hoop dat Arno nog een blog zal wijden aan het moderne mutationisme, als dat bestaat.

    Ik schud mijn hoofd eigenlijk alleen maar omdat je selectie als een hulpprocesje ziet. Als de omgeving of andere levensvormen, kortom de biotoop, geen invloed hebben op het fenotype, dan staat evolutie ook stil, tenzij je organismen met behulp van een toverstokje kunt verplaatsen naar de niche waar ze het beste passen.

    Ga je namelijk uit van neutrale evolutie, waarbij selectie geen rol speelt, omdat er sprake is van neutrale mutaties, dan krijg je op den duur organismen die niet bijzonder aangepast zijn aan hun omgeving. Ze diversifiëren in allerlei richtingen, maar zijn niet opgewassen tegen ziektekiemen, tegen bepaalde kou of hitte. Ze ‘fitten’ niet. Behalve als je ze met een trucje kunt verplaatsen naar een niche waar ze passen, op een ander continent misschien.

  7. Marleen april 13, 2015 om 08:46

    Harry,

    Er bestaat geen misverstand. Je haalt nu al vaker deze zin van Darwin aan.

    We hebben er lang over gediscussieerd. Het sleutelwoord is hier ‘profitable’.

    Volgens mij zijn ‘profitable variations’ variaties waarvan je die eigenschap pas kunt vaststellen nadat selectie er blijk van geeft dat het inderdaad om ‘profitable variations’ gaat.

    Volgens jou zou het voorkomen van ‘profitable variations’ al kunnen gebeuren voordat selectie daar iets over te zeggen heeft. Maar hoe ben je in staat aan een variatie toe te schrijven dat deze ‘profitable’ is? Heb je daar een simpel antwoord op? Wat betekent ‘profitable’ volgens jou?
    Het lijkt me ook vreemd om het mutationisme als theorie op te hangen aan een woordje van Darwin. Het lijkt me niet dat hij dit diep uitgewerkt heeft.

    Ga je uit van een neutrale theorie – waarvan je toch ook een voorstander bent – waarin selectie geen rol speelt, dan ontstaan er allerlei variaties, die noch ‘profitable’ zijn noch ‘deleterious’. Per definitie WANT selectie speelt hier geen rol.

  8. leonardo april 13, 2015 om 10:33

    Harry,

    Ik weet niet of ik mezelf op deze manier al duidelijk heb gemanifesteerd, maar ik zeg het maar: het interesseert me niet zoveel wat Darwin heeft gezegd. Analoog: dat Newton de zwaartekracht heeft ontdekt wil nog niet zeggen dat iedere keer als de zwaartekracht langs komt de naam van Newton moet vallen.
    Het gaat mij om wat de wetenschap zegt.

    Ik heb de indruk, maar jij kan dat wellicht beter overzien dan ik, omdat je op meer plekken komt, dat veel te vaak wat Darwin zegt of doet onderwerp van discussie is. Misschien zegt dat wel iets, niet zozeer over meningsverschillen, maar des te meer over onzekerheid in het evolutionaire denken.

    Op natural selection ga ik in mijn antwoord aan Marleen in – ik zal jou daar ook adresseren.

    Ik weet niet of je eerste vraag retorisch was, maar je ziet: Marleen gaat het niet met mij eens zijn.

    • Harry Pinxteren april 13, 2015 om 13:19

      leonardo en marleen

      beetje veel, twéé personen antwoorden in een, maar soms takes it three to tango..!

      leonardo

      ik ben min of meer dit soort exegese ingezogen door dat gedoe van de evolutiepsychologie.
      waar ik als psycholoog en filosoof (tegenwoordig heet zoiets cognitiewetenschapper oid) tegenaan liep

      en marleen, ik ‘hang’ helemaal niks op aan ‘een woordje’ van Darwin. Als je de discussie gevolgd hebt, weet je inmiddels dat het probleem al oud is en snap je de implicatie: precies wat Leonardo beweert:

      aan de output kun je nog niet het proces herkennen. (een heel mooi voorbeeld is hier ook de psychometrie, waarvan overigens Galton (door Darwin met instemming uitvoerig geciteerd in Descent of Man, een van de grondleggers was)

      Helemaal mee eens. Dat is de crux, volgens mij. In andere woorden: er bestaat in de biologie NOG niet zoiets als ‘reverse engineering’.

      Dat wil zeggen, het achterhalen van de broncode op basis van de functionaliteit. Je kunt onze broncode, het genotype, niet achterhalen op basis van het fenotype, de buitenkant. De Box blijft even Black. Net als de functionaliteit van een programma in de code zit en niet in de gebruiker voor wie die code zelfs juist expliciet ontworpen is, zit functionaliteit niet in de omgeving waar het organisme zich aan aangepast heeft, maar in zijn genetische code. Wat in onze omgeving maakte dat wij op twee benen gingen lopen? Dat is een onzinnige vraag- ook niet te beantwoorden trouwens. Het is ook andersom: we gingen op twee benen lopen en maakten onze omgeving. Idem voor taal. Legio voorbeelden.

      Je vraagt “Maar hoe ben je in staat aan een variatie toe te schrijven dat deze ‘profitable’ is? Heb je daar een simpel antwoord op? Wat betekent ‘profitable’ volgens jou?

      Profitable betekent niks, want het is een tautologie als je geen onafhankelijke maat, geen onafhankelijk kriterium, hebt, omdat je profitable definieert door, of in termen van selectie, zoals jij doet. Het is niet fout wat je zegt, het zegt alleen niks. Omdat het altijd klopt en niet te toetsen is. Natuurlijk winnen de snelste antilopen de race. Maar wat is ‘snelheid’? Dat is een verder te specificeren ‘kenmerk’ dat op zich weer afhankelijk is van een heleboel andere dingen, andere kenmerken, net zoals er bij een gebruikersvriendelijke functie heel veel code hoort waar de gebruiker, die alleen maar op knop A of B hoeft te drukken, geen wéét van heeft. Gebruikersvriendelijkheid zegt niks over de broncode, hoe die werkt, laat staan hoe ik die moet maken, zo zegt ‘profitable’ niks over een kenmerk, laat staan over het ontstaan. Alleen, achteraf. Ja wij staan op twee benen- en niet op vier. Dat is duidelijk waarneembaar dus kennelijk ‘geselecteerd’ – dat begrip krijgt overigens steeds een andere inhoud: hier suggereer je dat het vooral ‘zichtbaar’ betekent. Dat dankt je de koekoek: dat kenmerken zichtbaar zijn. Dat zijn die knoppen aan een programma ook. Die zijn ook ‘fit’

      Je suggereert nu ook dat het zonder selectie allemaal uit de hand zou lopen met die ‘variaties’. Zoals je het daar formuleert is het vooral een kwestie van semantiek. ns als ‘culling’ en zo, wannen, kaf en koren. etc etc. Dus laat ik het concreet houden: Vertel me dan wat er profitable is aan de volgende mutatie, nee, wat ‘selectie’ en ‘voordeel’ hier allemaal verklaren:

      Rajiv C. McCoy, Science 10 April 2015: 235-238. hebben een mutatie gevonden die heel belangrijk is, zo niet dé verklaring levert voor een uniek kenmerk van onze soort, dus een uiterlijk zichtbaar verschijnsel dat door J. Diamond ooit ‘evolutionaire flop’ is genoemd.

      Leg mij eens uit wat er ‘profitable’ is aan deze ‘primary cause of pregnancy loss’. Wat was de selectiedruk? “Paternal confusion” “Male Parental Investment”? En wat is het ‘voordeel’: hogere kwaliteit nakomelingen? Gaat evolutie toch voor kwaliteit dan? En wat kwam er nou eerst, die selectiedruk of die mutatie?

      Enfin,één volgorde staat in ieder geval al wel vast: eerst kwam de ontdekking van deze mutatie (in het gen PLK4) en de verklaring dat hij toch ‘profitable’ was, zal pas later volgen.

      Het probleem is dus niet alleen dat post hoc, ex post facto verklaringen niet werken, ze komen ook nog eens post festum.

      want dit is niet het enige voorbeeld. Kortom, de hele discussie is ‘moot’ zoals mijn Britse vrienden plachten te zeggen. Ik kan het op dit punt dus ook niet oneens zijn met leonardo

      wat me bezighoudt is dat ik het niet goed onder woorden kan brengen, in ieder geval niet goed genoeg om het jou duidelijk te maken. De implicaties zijn voor mij al wel duidelijk: als we die ‘improbability pump’ van Dawkins niet buiten organismen kunnen vinden, maar alleen er binnen, er midden in, als die dus geen ns heet maar genoom, dan stort het hele bouwwerk in.

      Ik overdrijf misschien en wordt het zoiets als

      leonardo

      die het heeft over ‘hulpprocesjes’.

      Ik zou dan nog wel graag van hem horen wat er dan zo procesmatig is aan dat ‘proces’
      je had het, dacht ik, eerder over ns als een ‘naam” ‘aanduiding’ of ‘beschrijving’ van iets wat je kunt waarnemen. Laten we het daar op houden. Denkend aan Darwin zien we brede stromen allelen traag door een oneindig fitnesslandschap gaan.

      leonardo

      je zegt ‘Op natural selection’ etc, bedoel je je blog? zo ja, waar vind ik dat ook weer ?

  9. leonardo april 13, 2015 om 11:11

    Marleen,

    Dank voor je compliment.

    Die vraag van die big bang meen ik serieus. Ik hoop dat iemand daar nog eens een balletje over opgooit. Ze zeggen wel dat evolutie een kind van de Verlichting is. Ik hou het niet voor onmogelijk dat de big bang dan een kind van het evolutiedenken genoemd mag worden.

    Als je zegt dat ik zorgvuldig vermeden heb mijzelf mutationist te noemen, denk ik zomaar dat ik daar een heel andere reden voor heb dan jij vermoedt. Ik weet niet wat mutationisten precies allemaal beweren. Bovendien beweren ze ook niet allemaal hetzelfde. Dus ik wil dat labeltje niet, en ik wil niet in dat hokje. Dat wil niet zeggen dat ik me daar niet thuis zou kunnen voelen.

    Ga je hoofd nog maar even wat harder schudden, want het wordt nog erger.
    Harry, deze is ook voor jou.

    Je zegt dat mutationisten vinden dat er teveel aandacht geschonken wordt aan selectie, en je lijkt dat af te keuren.
    Ik ben nog niet zo ver om dat af te keuren, maar ik denk ook niet dat ik dat ooit ga afkeuren.

    Ten eerste (ik hou van logisch en rigide denken als het om wetenschap gaat): zonder mutaties geen evolutie. Dus als selectie al belangrijk is dan is dat belang afgeleid van het belang van mutaties. Vandaar: de juiste orde lijkt mij dat mutaties bovenaan staan, en daarna andere dingen.

    Tenzij natuurlijk mutaties zonder selectie niets zou wezen, dan zijn ze wederzijds afhankelijk. Maar dat is niet zo.
    Neem een lp. Om die af te spelen heb je een platenspeler nodig. Heb je geen versterker dan gaat dat niet. Maar, heb je een versterker maar geen platenspeler, dan gaat het ook niet.
    Je zou nu kunnen zeggen, selectie is de versterker voor mutatie. Maar dat is volgens mij fout. Als selectie al iets doet, dan is het verzwakken. Er zijn een heleboel mutaties, en heel wat wordt weggezeefd. Ofwel, t.o.v. het evolutieproces zou dat een negatieve functie zijn.

    Je kunt het ook vergelijken met zuigelingen- en kindersterfte. Dat houdt ook zaken tegen. Maar dat leidt niet tot een hoger gezondheidsniveau van een populatie.
    Ofwel, natuurlijke selectie lijkt mij niet veel meer dan het resultaat van een afstervingsproces.

    Ooit heb jij een vraag van mij beantwoord: waar zijn dan de polar threshers en de rabblebits?
    Jouw antwoord was: Rabblebits en polar threshers zitten waarschijnlijk in de bibliotheken van Wagner, maar zijn er nog niet uitgekomen.
    Gelukkig gebruik je het woordje “waarschijnlijk”. Maar je gaf, gezien jouw opvattingen, maar een half antwoord.
    Er had een tweede deel moeten zijn: “Of er zijn rabblebits en threshers geweest, leonardo, maar die zijn weggevaagd, de zeef heeft hier zijn werk gedaan, dat zou dan natuurlijke selectie geweest zijn.”

    En ik vraag jou nu: stel, het tweede deel zou waar geweest zijn, wat is er zo positief aan het evolutieproces dat het toegestaan heeft dat rabblebits en polar threshers verdwenen zijn. Je kunt natuurlijk spreken van survival of the fittest. Maar je zou ook kunnen zeggen: vernietiging van kasplantjes.

    Dus, voorlopig hou ik het er nog maar even op dat mutabiliteit de drijvende kracht is, en natuurlijke selectie op zijn best een stoorzender, die – toevallig! – ook positief kan uitpakken.

  10. Harry Pinxteren april 13, 2015 om 13:45

    marleen

    wie zegt dat ik uitga van een neutrale theorie?

    of mutaties nu stochastisch zijn of neutraal, het maakt niet uit. je mag het ook random noemen. We zien dat het resultaat allebehalve stochastich of neutraal kan zijn. De ruis in het genoom, de voortdurende productie en reparatie, al die chemische en volgens sommigenquantum mechanische processen, produceren uiteindelijk een duidelijk non random resultaat, namelijk, bepaalde functionaliteit. Iets dat werkt in een bepaalde omgeving of dat er voor zorgt dat een organisme anders kan werken in een omgeving.

    Zo zijn een paar van die mutaties die ons uiteindelijk spraak hebben gegeven, zijn inmiddels bekend. Wat de selectiedruk was? Wie zal het zeggen? Voor die twee aminozuren in dat foxp2 gen zijn er geen te verzinnen. Zie dat onderzoek van Schreiweiss dat ik al eerder noemde. Dat maakt ook duidelijk hoe lastig het is om dit soort dingen te onderzoeken. Je kunt wel experimenteren op muizen, niet op mensen. Hoe ze precies werken, zal sowieso een hele toer blijven, ondanks al die enorme hersen projecten (ook in Japan en China en zo), want zoals je weet komt wel 85% van al onze genen vroeg of laat of hoe dan ook tot expressie in onze hersens (wat ze alleen al tot een uniek orgaan maakt, dwz anders dan al onze andere organen).

    Neem bijvoorbeeld ook de neandertalers en ons. Er was in jouw termen een duidelijk verschil in ‘selectiedruk’, want zij zijn er niet meer en wij wel. Maar welke ‘druk’, was dat? Neandertalers hadden nagenoeg hetzelfde dna als wij- ze hadden waarschijnjlijk ook taal. Maar ook als wij? Ze leefden in ieder geval in dezelfde ‘omstandigheden’, dezelfde omgeving omgeving, duizenden jaren lang. Dus wat was de selectiedruk? Het is een andere manier om te zeggen wat ik steeds bedoel: we komen daar pas achter als S. Paaboo cs hun werk hebben gedaan, want het verschil dat die selectiedruk maakte, zat hem dus kennelijk in de genen, net zoals een bij een heleboel andere verschillen in dezelfde omgeving.

    Maar hoe zou het nou zitten met dat verschil tussen die korte Belgen en die lange Holanders? Houden selectiedruk of ns op bij landsgrenzen?😉

  11. leonardo april 13, 2015 om 13:56

    Harry,

    Wat dat “hulpprocesje” betreft ga ik wel met je mee. Ik gebruikte dit woord omdat ik ook niet zo vast in mijn schoenen sta.
    Dus, als iedereen natural selection een rol toedicht in het evolutionair gebeuren, als filter of zeef, is het meer dan een hulpmiddel, dan is het voor die iedereen ook tegelijk een proces. Vandaar dat ik het “degradeerde” tot hulpprocesje.
    Persoonlijk denk ik ook dat het meer een manier is om te beschrijven – dat heb ik in mijn reactie aan Marleen (11.11) scherper zichtbaar gemaakt, waar ik van “stoorzender” spreek.

    Die reactie aan Marleen van 11.11 is de reactie, waarvan ik zei dat die deels ook aan jou is geadresseerd en waar ik over natural selection spreek.

    • leonardo april 13, 2015 om 14:06

      NB
      Marleen, loopt je computer een uur achter? Deze reactie heb ik echt om 14.56 ingestuurd.

    • Marleen april 13, 2015 om 14:07

      nee, er klopt iets niet, mijn reactie hieronder verstuurde ik rond 15:00, maar had mijn pagina niet ververst, en verder staat het blog nog op wintertijd. Moment..

  12. Marleen april 13, 2015 om 13:59

    leonardo,

    Waar ik nu al langere tijd mee loop, is het idee dat mutatie en selectie een wenteltrap vormen en dat tekende ik ooit uit. Die oude tekening staat op mijn site en wel op de volgende link:

    van genotype (mutatie) naar fenotype waarop NS volgt of andersom

    Met Gerdien hebben we het ooit gehad over wat er eerder komt, genotype (mutatie) of selectie, of eerst selectie en dan genotype (als register van mutaties), waarbij zij opmerkte dat dat een oude discussie is (tussen Dawkins en Gould) die maar weinig zin heeft.

    Dus stellen dat mutatie bovenaan staat is naar mijn idee, niet per se waar.

    Je kunt je een voorstelling maken van de eerste macromoleculen die al met elkaar concurreerden voor grondstoffen. Dat deden ze in een omgeving met een bepaald pH en temperatuur die bepalend waren voor de chemische stabiliteit en de snelheid van replicatie. Sommige wonnen deze race en vormden waarschijnlijk het eerste RNA of DNA dat aan de basis stond van leven. Dit is puur selectie. De onstabiele moleculen en die langzaam repliceerden hebben het niet gered. Dit alles is natuurlijk gepaard gegaan met mutatie.

    De vraag of het evolutieproces positief of negatief is, heeft eigenlijk geen betekenis, hoezeer je de afwezigheid van rabblebits en polar treshers ook kunt betreuren. Het proces gaat eenvoudigweg voort.

  13. leonardo april 13, 2015 om 15:17

    Marleen, Harry,

    Er zit in mijn reactie aan Marleen (11.11) ook een beetje stoorzender van mezelf.

    Ik spreek over het negatieve van het evolutieproces.
    Dat is natuurlijk onzin. De evolutie gaat zoals die gaat.

    Dat ik dat doe is omdat ik evolutionisten nogal eens meen te kunnen betrappen op waardeoordelen. Ik heb daar al eerder tegen geageerd.
    De natuur vertoont een prachtige verscheidenheid.
    Self organazation principle.
    Ons oog dat zo onnavolgbaar geconstrueerd is.
    Om van ons schitterende brein, en dat vooral in vergelijking tot andere breinen, maar te zwijgen.

    Vandaar dat ik in mijn reactie vraag naar wat er zo positief of negatief is.
    Het is natuurlijk een onzinvraag.
    De evolutie is tot niets verplicht, zeker niet aan mij wat rabblebits of polar threshers betreft.

    Evolutionisten zijn volgens mij wel wat verplicht aan mij: expliciet te zijn over die waardeoordelen, en de competentie om design explanations neer te leggen te verantwoorden.
    Dat soort dingen.

  14. Harry Pinxteren april 14, 2015 om 12:00

    leonardo, marleen

    ik las vandaag een vrij geruststellend bericht over het ebola virus. De recente uitbraak is niet het gevolg geweest van mutaties. Virussen kunnen namelijk zo muteren dat ze gevaarlijker worden voor ons, bijvoorbeeld doordat ze zich nóg sneller kunnen verspreiden. Sic

    De recente uitbraak van Ebola moet daarom te wijten zijn aan menselijk handelen, aan hun ‘omgeving’ zeg maar. Gebrek aan hygiëne, voorzorg, onoplettendheid, whatever.

    Dit voorbeeld maakt aan alle semantische verwarring hier een eind. Voor mij wel.

    Natuurlijk kun je die verspreiding natuurlijke selectie noemen, maar dan heb je het niet over een afzonderlijk proces, zelfs niet over een ´hulpprocesje´. Je mag het voor mijn part zelfs expliciet een een ‘mechanisme’ noemen, ook al kun je er de werking niet van beschrijven, maar alleen de condities er van specificeren (Coyne)

    Waar we het allemaal over eens zijn, lijkt me, is maar over twee dingen: mutatie en een of andere vorm van fixatie van die mutaties in populaties over de tijd,

    Zo heb je bijvoorbeeld zoiets als meiotic drive waarvan het mechanisme aardig bekend is, dacht ik. Misschien vergeet ik er nog een paar, – aan nomenclatuur geen gebrek- , maar tegenwoordig worden vooral drift en natuurlijke selectie genoemd, onderscheiden. Dat onderscheid toont hoe cruciaal het idee van fitness is. Als je wel een voordeel kunt verzinnen, achteraf, noem je het over ns. Lukt dat niet, dan noem je het drift. Daarvoor kijk je dan vooral naar de snelheid waarmee de verspreiding optreedt. En ja, voordelen, blijken dan inderdaad voordelig. (daar kun je zelfs mooie modelletjes van maken, variaties op Fisher´s ui, tegenwoordig zelfs met partiele differentiaalvergelijkingen, om de ´ruis´ op de lijn te modelleren. Maar niet te veel, want het moet nog wel allemaal berekenbaar blijven! )

    Enfin, terug naar de werkelijkheid. Dat menselijk handelen dat het Eboloavirus zo ‘positief selecteerde’ zonder dat het daarvoor hoefde te muteren, lijkt mij nou een mooi voorbeeld van wat Stoltzfus ‘stochastische zeef’ noemde: soms kun je er geen pijl op trekken…

    Die zeef verklaart ook meer over mensen zelf – en hun gedrag- dan over de evolutie van virussen. De caveat is dat het onderzoek niet 100% zeker is, omdat de virologen niet de allerlaatste virusstammen konden onderzoeken, maar eerdere samples gebruikten. Mutaties zijn daarom in principe nog een mogelijke verklaring voor de recente uitbraak. Behalve dat die uitkomst verontrustender zou zijn, verandert dat in principe natuurlijk niks aan het verhaal. In tegendeel.

    Niet alles in de evolutie met een ´non random´ ´uitkomst´, kan ´verklaard´ worden door wat in de wandeling ´natuurlijke selectie´ wordt genoemd. Dat lukt alleen achteraf, als er voordelen kunnen worden verzonnen. En dat lukt ook vaak. Voor van alles en nog wat. Zie de evolutiepsychologie. Maar zelfs daar lukt het soms met de beste wil van de wereld niet. Dan hebben ze het over ´zij-effect´, exaptatie, preadaptatie, (dawkins noemt het liever ´time lag´), of over piggy back riding, over free-riders, over spandrels, of zelfs over ´cheesecake´ en bonussen- al hebben we ook al een evolutionaire flop gezien.(april 13, 2015 om 13:19)

    Maar wie weet, misschien lukt het ook nog wel een voordeel te verzinnen voor die PLK4 mutatie. Who cares? Mosterd na de maaltijd…

    ´Dat soort dingen´, dus, van die dingen, Leonardo, Marleen.

  15. leonardo april 14, 2015 om 17:44

    Harry,

    Er kan uiteraard geen einde zijn aan de semantische verwarring voor jou alleen. Of iedereen is het eens over de betekenis van een fenomeen en de termen waarin dat geformuleerd moet worden, of er is verwarring, en dan moet jij het daar mee doen zolang je je in het discours bevindt of begeeft.
    Dat maakte ook dat ik zei dat ik niet zo vast in mijn schoenen stond. Ik kan wel beweren dat A A is en met A aangeduid moet worden, tegenover B dat B is en met B aangeduid moet worden, maar als er dan iemand komt die zegt dat A ook B kan zijn en dat ik anders maar even in de schoolboeken moet gaan kijken, dan houdt het op.
    Verder willen we niet graag een Peter Borger zijn, die alsmaar roept dat dit en dat niet waar kan zijn. Toch?

    Maar, ik wil nog wel ietsje verder gaan wat natuurlijke selectie betreft.
    Ik noem dat geen proces. Helaas, proces is moeilijk te definiëren, en evolutionisten hebben zo hun eigen taalgebruik. Laten we zeggen dat het geen fenomeen is dat herkenbaar is aan een vast verloop volgens vaste regels. Om diverse redenen worden bloemen in de knop gebroken, of verwelken zonder dat ze sporen nagelaten hebben.

    Op een hoger niveau is er wat vreemds mee.

    Waarom wordt natuurlijke selectie eigenlijk nog gebruikt als fenomeen?
    Je kunt je voorstellen dat Darwin het uit de kast moest halen. Hij wilde zijn idee verkopen in een maatschappij waarin God en de schepping nog centraal stonden in het gedachtegoed. En niet zomaar een schepping, nee, een schepping die een doel had met schepselen die een richting hadden, onderweg naar dat doel. Eén van de mogelijke doelen was de hel en wie maar een beetje verkeerd dacht kon daar zo maar terecht komen.
    Dus Darwin had dat verhaal van natuurlijke selectie nodig om de boel geloofwaardig te maken.

    Wij hebben God en de schepping niet meer nodig, en weten van mutaties in het DNA. Dus de natuur is veelvormig. En dat het geen rotzooitje is geworden is niet waar, kijk maar naar wat de Amerikanen allemaal uitvreten, of naar het onkruid in mijn tuin dat ik nodig weg moet gaan harken anders is binnenkort de rotzooi helemaal niet te overzien.

    Daarnaast, natuurlijke selectie heeft twee problemen.
    Het kan helemaal niet verklaren waarom denkbare levensvormen – legio, en minder gecompliceerd dan de mens – niet zijn ontstaan.
    En het kan herkennen dat er levensvormen waren die er nu niet meer zijn, via fossielen. Of daarmee alle levensvormen die verschenen zijn in kaart zijn gebracht is maar zeer de vraag. Maar vervolgens moeten er just so stories, of stories die daar in de buurt komen, gefabriekt worden om te verklaren waarom die ene soort niet meer bestaat, en waarom andere soorten nog wel.

  16. Harry Pinxteren april 14, 2015 om 22:33

    Leonardo

    Spijker op zijn kop!

    “Je kunt je voorstellen dat Darwin het (idee van ns) uit de kast moest halen”

    En inderdaad: ‘wij weten van mutaties in het DNA’. Zie het onderzoek van McCoy- een van de vele voorbeelden die ik in een paar blogs al heb gegeven.

    Met andere woorden, wij hebben geen analogieen meer nodig met kippen- en duivenfokkers zoals Sir John Sebright, een van de voorbeelden van Darwin, en ook nog steeds bekend van zijn bantamkippen

    (overigens is er een pikant detail met deze Sebright en Darwin, maar dat is voer voor de exegeten!)

    Dus, de stand tot nu toe: we hebben mutaties en we hebben een of andere vorm van fixatie van die mutaties in populaties over de tijd. Darwinisten spreken dan graag over ‘differentiële reproductie’. Ik denk niet dat je op die manier veel zinnigs kunt zeggen over.., nou ja waarover eigenlijk wél? In ieder geval niet over mijn vak.

    “In the distant future I see open fields for far more important researches. Psychology will be based on a new foundation, that of the necessary acquirement of each mental power and capacity by gradation. Light will be thrown on the origin of man and his history, schreef Darwin

    Dat was in 1859. In de versie van de Origin van 1872 heet het
    In the .. future I see open fields for far more important researches.”Psychology will be securely based on the foundation already well laid by Mr. Herbert Spencer..

    Als je zo’n goed theorie hebt waarvan je denkt dat die ook helemaal voor de mens opgaat- want anders gaat ie helemaal niet op- en je denkt met Herbert Spencer al een heel eind opgeschoten te zijn, ‘securley based’, dan weet ik een ding zeker: er klopt hier iets niet.

    Ik denk dat je ‘natuurlijke selectie’ zoiets kunt noemen als IQ, een operationeel begrip dat staat voor de output van een proces, als een soort ‘samenvatting’ of etiket. Net als IQ zegt ns niks over dat proces zelf, over hoe die score/output tot stand komt, zegt ns verder weinig of niks over evolutie zelf, – over de ‘ontwikkeling, het ontstaan en zo. Je moet er contingente omstandigheden bijslepen om er een verhaal van te maken. Omstandigheden zijn altijd contingent. Dus veel verhalen. Over de evolutie van bipedaliteit heb ik er al minstens 16 verschillende, totaal verschillende, geteld! Terwijl bipedaliteit gewoon in onze genen zit natuurlijk, net als een heleboel andere dingen. En onze ‘bipedale genen’ danken we niet aan onze ‘omgeving’. Welke omgeving?

    Ik hoop dat Marleen de moeite neemt om ook nog te reageren. Niet met te herhalen wat ze altijd zegt, maar door in te gaan op onze voorbeelden

  17. Harry Pinxteren april 14, 2015 om 22:37

    ps leonardo

    dit is mijn eerste reactie op je eerste punten waar ik het mee eens ben, maar je maakt nog een opmerking die ik heel belangrijk en fundamenteel vind. Maar niet alles tegelijk en het is al laat!

  18. Arno Wouters april 14, 2015 om 23:33

    Marleen april 12, 2015 om 22:39:

    Ik lees op Arno Wouters’ blog, dat de geschiedenis van het mutationisme laat zien dat de mutationisten zich afscheidden van de Darwinisten omdat de eersten vonden dat selectie relatief weinig bijdraagt aan evolutie, vergeleken met mutatie.

    Een misverstand. Een groot misverstand. Een heel groot misverstand.

    Een van de hoofdpunten van mijn Wat was mutationisme? was nl. dat het conflict tussen mutationisten en Darwinisten in het begin van de 20ste eeuw o.a. betrekking had op de vraag of mutatie een rol in de evolutie speelde (mutationisten: ja, Darwinisten: nee), niet op de vraag of selectie meer of minder bijdraagt dan mutatie.

    En van afscheiding was natuurlijk geen sprake. Wetenschappelijke groepen zijn geen protestantse kerkgenootschappen!

  19. Marleen april 14, 2015 om 23:54

    Arno,

    Ik heb je blogbericht nog eens goed gelezen. Je hebt natuurlijk helemaal gelijk; dat is wat er staat.

    Je kunt dus in het kort stellen dat mutationisten de grondleggers waren van het moderne evolutiedenken, waarin mutatie de basis vormt voor variatie en waarin de natuurlijke selectie van de Darwinisten een belangrijke plaats blijft innemen. Zou het zo beter kloppen?

    Overigens, het spijt me je blog niet gelinkt te hebben, soms is er te veel haast.

  20. Marleen april 15, 2015 om 01:05

    Leonardo,

    Het onkruid in jouw tuin moet misschien nodig gewied worden. Ik heb besloten het te laten staan dit jaar en heb er een pad in gemaaid. Er staan namelijk zoveel soorten wilde bloemen in. Paardenbloemen, Vogelmelk, madeliefjes, ereprijs of ‘occhi della Madonna’, kamille enz. Allemaal duidelijk te onderscheiden soorten. Daartussen staan verschillende soorten grassen, elk met zijn eigen bloeiwijze. Een lust voor het oog en voor de bijen. Ik zou dat geen rotzooi noemen.

    Nu groeien er geen cactusbloemen en ook geen aronskelken, of trompetbomen, want de omgeving is daar niet geschikt voor. Zou ik ze aanplanten of inzaaien dan zijn ze, behalve de trompetboom, volgend jaar verdwenen. Het spul gedijt niet en dat is wat selectie inhoudt. In de regenwouden staan geen paardenbloemen en madeliefjes, want het gedijt niet.

    Er is in Padua een mooie botanische tuin, nu ook met een sectie biodiversiteit, waar planten al naar gelang hun habitat geordend zijn in verschillende glazen hallen. In het deel van de tropische wouden zijn er kokers aangelegd van waaruit de planten om de zoveel tijd met een dunne waterwaas besproeit worden. De bezoekers kunnen daar gewoon lopen want deze besproeiing is erg fijntjes. Zouden ze dit niet meer doen dan zouden de planten verdrogen en sterven.

    Het hele concept van soorten bestaat dankzij selectie. Zonder selectie zouden er geen soorten bestaan. Het zou een waaier van organismen over de hele planeet worden, een rotzooi.

    Veel succes met het onkruid verwijderen.

  21. Marleen april 15, 2015 om 01:09

    Harry,

    Je schrijft:

    “Over de evolutie van bipedaliteit heb ik er al minstens 16 verschillende, totaal verschillende, geteld! Terwijl bipedaliteit gewoon in onze genen zit natuurlijk, net als een heleboel andere dingen. En onze ‘bipedale genen’ danken we niet aan onze ‘omgeving’. Welke omgeving?”

    We zijn de bomen uitgekomen, daarna liepen we op onze knokkels, en nog wat later op twee achterpoten, en nog wat later op benen. Waar zijn al die ‘tussenvormen’ gebleven? Ze zijn uitgestorven. Alleen de boombewoners en die op benen lopen zijn overgebleven. Wat daar de rede van is weet ik niet. Waarom Lucy’s en Ardi’s er niet meer zijn weet ik niet. Maar ze zijn uitgestorven. Als je dit geen selectie wilt noemen dan maar niet.

    Nog eens in de botanische tuin van Padua waren we onder de indruk van het zicht dat men had vanaf de balustrades tussen de boomkruinen en bovenop de bomen. Iemand uit ons gezelschap merkte op dat wij dit zicht waarschijnlijk zo mooi vonden omdat we uit de bomen komen.

    Misschien wordt uitsterving nu juist veroorzaakt door mutatie en fixatie. Wanneer een populatie mutaties fixeert zijn ze op dat punt of allel genetisch identiek en veel vatbaarder voor ziekten, waardoor ze makkelijker uitsterven. Alleen grote populaties zullen minder fixatie ondergaan en zodanig gevarieerd blijven dat ze bestand zijn tegen ziekten of andere levensbedreigende omgevingsfactoren.

    Het gaat overigens wel wat ver Darwin als een profeet te beschouwen en kritiek te geven op wat hij als mogelijkheden zag voor toekomstig onderzoek omdat het anders uitpakte.

  22. Arno Wouters april 15, 2015 om 09:37

    Marleen april 14, 2015 om 23:54:

    Je kunt dus in het kort stellen dat mutationisten de grondleggers waren van het moderne evolutiedenken, waarin mutatie de basis vormt voor variatie en waarin de natuurlijke selectie van de Darwinisten een belangrijke plaats blijft innemen. Zou het zo beter kloppen?

    Ja, prima!🙂

    Overigens, het spijt me je blog niet gelinkt te hebben

    Daar had ik geen probleem mee hoor.

  23. leonardo april 15, 2015 om 10:14

    Marleen,

    Twee opmerkingen vooraf.

    Ik heb je (tekening van de) wenteltrap gezien. Het verschil is: jij hebt het over volgtijdigheid, ik heb het over hiërarchie.

    Ik heb hier een boekje van ene Mejsnar, evolutionist (wetenschapsbeoefenaar). Hij verwerpt de idee van natural selection. De titel is wel hilarisch: THE EVOLUTION MYTH met een rijmpje als subtitel
    the genes cry out
    their urgent song
    mister Darwin
    got it wrong

    Wel, ik heb nu even geen tijd om de ins en outs nu op een rijtje te krijgen – gaat komen Marleen, maar de tuin weet je, herstellen wat nature got wrong – maar het geeft me wel de moed om met mijn globale observaties door te gaan.

    Welnu.
    Ik zie iets raars aan natural selection.

    Ik heb een oom en tante, die zijn kinderloos gebleven. Dat kan verschrikkelijk veel redenen hebben. Maar, in evolutionaire termen mag je dat natural selection at human level noemen.
    Nu ken ik een paar, dat had twee kinderen. Om redenen die er hier niet toe doen, maar niet echt natuurlijk waren, zijn beide kinderen op latere leeftijd dood gegaan. Opnieuw, in evolutionaire termen is dat paar op human level door de zeef gevallen.
    Dus, natural selection is, op z’n vriendelijkst gezegd, een containerbegrip waar je werkelijk alles in kunt stoppen.

    Natural selection is uit de aard der zaak niet zo select. Het is eigenlijk random. Het semantische probleem rondom random kunnen we omzeilen door vast te stellen dat het zeer willekeurig is, geen voorkeur heeft. We zouden hier dus beter kunnen spreken van natural aselectiveness.

    “Natural” in natural selection, is niet “uiteraard” of “evident”. Het is afgeleid van nature. En nature toont twee gezichten.
    Het staat alle soorten mutaties toe, en laat ze rustig de kop boven het maaiveld uitsteken. Daarna gaat het, ook als nature, aan de gang om het bloemetje in de knop te breken.
    Dit zouden we dus beter natural inconsistency kunnen noemen.

    Laten we, vanuit hiërarchisch oogpunt, de boel eens op een rijtje zetten.
    Er zijn 3 soorten mutaties.

    – mutaties die geen zichtbaar resultaat opleveren
    deze zijn te onderscheiden in
    – wel mutaties maar geen zichtbaar/meetbaar resultaat (1a)
    – mutaties met zichtbaar/meetbaar resultaat in fossielen, maar niet overleefd (1b)

    – mutaties die versterking van traits opleveren (2)

    – mutaties die daadwerkelijk tot soortvorming, tot een nieuwe tak aan de boom des levens leiden (3)

    Nu is (3) het kenobject van de evolutiewetenschap, heb ik altijd begrepen. Terecht dunkt mij.

    Over (2) heb ik je wel eens bevraagd. Toename van de gemiddelde lengte. Jij vond dat onderdeel van de evolutie. Het is waar, je krijgt er mensen mee die meer kans hebben een goeie basketballer te worden, maar ik vind dat de evolutionist dan wel een grote broek aantrekt.

    Ik begrijp nu dat evolutionisten vinden dat (1b) ook kenobject van de wetenschap zou moeten zijn. Maar niet alle evolutionisten.
    Nei stelt daar (impliciet) vraagtekens bij.
    Mejsnar haalt daar gewoon een streep door.
    Persoonlijk heb ik er niks over te zeggen, behalve dan dat het wel tijd wordt dat er wat meer kennis over vergaard wordt dan uitsluitend vermoedens of just so stories. Maar mijn vraag is ook: moet dan (1a) ook geen kenobject zijn.

    Voor al het bovenstaande geldt: correct me where I’m wrong.

  24. Rob van der Vlugt april 15, 2015 om 12:48

    Leonardo,

    “Natural selection is uit de aard der zaak niet zo select. Het is eigenlijk random. Het semantische probleem rondom random kunnen we omzeilen door vast te stellen dat het zeer willekeurig is, geen voorkeur heeft. We zouden hier dus beter kunnen spreken van natural aselectiveness.” schrijf je.

    Ik feliciteer je met het feit dat je hier een lastig probleem dat vaak tot veel misverstanden en onbegrip heeft geleid hebt opgelost. Ook de mentale weerstand tegen het begrip natuurlijke selectie is hiermee van tafel geveegd.
    Knap werk.
    Ooit zat ik lang geleden te hannesen met de oppervlakte van een cirkel en vond ongeveer op dezelfde manier een oplossing voor dit probleem. Ik noemde het een vierkant en voilá !
    Lengte maal breedte en klaar.
    Deze manier van doen laat veel tijd over voor andere klusjes zoals de tuin wieden of een beetje muziek maken. Wat wil een mens nog meer.
    De rest van de wereld, en zeker de vakmensen blijven helaas nog wel gewoon doordenken over cirkels en selectie.
    Dat is een minpuntje.

  25. Harry Pinxteren april 15, 2015 om 13:05

    Marleen,

    meen je laatste reactie werkelijk als serieus commentaar op wat ik boven allemaal schreef, de voorbeelden die ik noemde en de vragen die ik stelde?
    Maar bedankt voor je uitleg

    Al denk je kennelijk dat ik denk dat wij NIET de boom uit zijn gekomen. Maar ik wist ook al dat we allemaal rechtop lopen, dat we allemaal een kin hebben, dat we onze vacht verloren hebben, net als onze slagtanden en schedelkam, – en mannen ook hun baculum en penisharen- , en noem nog zo maar een paar van die kenmerken die genetisch nogal identiek en bovendien ook nog eens uniek zijn voor onze soort dat we ondanks al dat gebrek aan variatie nog niet zijn uitgestorven. Dus die uitleg kun je je voortaan besparen. En ja, ook de mantra ´Zonder selectie zouden er geen soorten bestaan´ ken ik intussen ook. Is dat je verklaring voor het feit dat wij er nog steeds zijn en al die andere 21 of 22, inclusief de neandertal en de denisova etc, niet meer?
    In ieder geval zijn we het over één ding eens: er was tenminste één ding dat anders uitpakte dan Darwin dacht. Alsof Spencer het enige was waarin hij zich vergaloppeerde. Lees Descent of Man.

    Misschien dat je meer tijd hebt leonardo wel te antwoorden die o.a. het punt van de ’stochastische zeef ‘ nog weer eens op de agenda gezet heeft. Op zijn unieke manier.

  26. Harry Pinxteren april 15, 2015 om 13:07

    leonardo

    leuk rijmpje. en ik kende het boek niet. De blurb klinkt zeer interessant
    bedankt voor de tip

  27. Harry Pinxteren april 15, 2015 om 13:13

    rob

    kun je mij eens uitleggen wat je gerailleer over vierkante cirkels duidelijk maakt aan de discussie, want ik snap het niet?

    Of kun je me dan tenminste uitleggen waarom je dat eigenlijk niet hoeft uit te leggen omdat het toch zo duidelijk is?

  28. leonardo april 15, 2015 om 14:30

    Rob,

    Bedankt voor je reactie, vooral omdat je me zeer vrolijk hebt gemaakt. Ik zal het dit keer niet als compliment in mijn zak steken. Pas echter op: met die cirkel en dat vierkant wil je mij / mijn comment in een hoek duwen – maar ik blijf nog even weg uit dat hoekje.

    Ik was enigszins provocerend. Maar niet provocerend in de zin van: obstinaat, of balorig. Meer met de bedoeling: proef dat woordje “selection” nu eens goed. En als ik jouw reactie lees, heb ik de indruk dat jij het inderdaad als selectie ziet, dat staat voor: dat wat uitverkoren is.

    Ik mag toch hopen dat de evolutieleer dat niet bedoelt. Als dat zo is komen we in het mysterie van Gods uitverkiezende genade terecht: als je verloren gaat is het je eigen schuld, als je wordt aangenomen is het puur genade. Dus: als je niet overleeft was je niet fit genoeg; word je daarentegen toegevoegd aan de boom des levens dan is dat omdat de natuur voor een passende biotoop heeft gezorgd.

    Ik heb hier een boek – niet weglopen Rob, een heel serieus boek, een bijbel zou je kunnen zeggen – dat zegt: natural selection is the only process that leads to adaptation (accentuering van de schrijver). Dus nu is het niet alleen een proces, nu levert het ook nog output.
    Het fenomeen van afsterving dat iets anders oplevert dan het stof dat we waren en waarheen we teruggekeerd zijn.
    Je begrijpt, voor mij is dat (voorlopig) nog een brug te ver.

    Het is toch zo dat mutations voorwaardelijk zijn voor adaptations. En adaptations zijn voorwaardelijk voor natural selection. Nogmaals die bijbel: Only natural selection has a systematic tendency to build up the elaborate functions that are needed to maintain reproductive success. Dus die functies zijn er al, en natuurlijke selectie stapelt ze op – wel, beter wat mij betreft, dankzij survival worden ze opgestapeld.

    Ja, evolutie bestaat. En voor zover het een zeef is: het laat restjes over. (Ik gebruik bewust het verkleinwoord. Ik denk dat de biotoop zich jaarlijks een slag in de rondte muteert dan wel gemuteerd heeft, en dat daarvan maar heel weinig zichtbaar/meetbaar is, en dat er van alles wat geweest is ook niet veel overgebleven is.)
    Het laat restjes over dus. En het is een kwalitatief oordeel van de nu levende mens, over een proces waarvan hij 3800 Mya minus enkele duizenden jaren niet heeft gezien, dat dat goeie restjes zijn, neusjes van de zalm zogezeid, terwijl deze mens niet eens weet welk deel van de biotoop er autonoom was en welk deel van de biotoop zich op welk moment aanpaste.

  29. Rob van der Vlugt april 15, 2015 om 16:25

    Leonardo,

    Als ik de term natuurlijke selectie proef dan denk ik aan eigenschappen van organismen. Die eigenschappen stellen organismen in staat te overleven in de omgeving waarin ze leven. Die eigenschappen lijken stuk voor stuk een antwoord te vormen op de omstandigheden waarin het organisme verkeert.
    Een aantal biologen noemen dat ‘aangepast aan de omgeving’ en dat lijkt mij geen slechte manier om er naar te kijken.
    Omgevingen en omstandigheden kunnen echter veranderen. Dit legt een zekere druk op de organismen De veranderde omstandigheden kunnen het de organismen namelijk moeilijk maken om te blijven overleven. Omdat er echter binnen populaties een diversiteit bestaat wat hun eigenschappen betreft zal het ene individu mogelijk een iets betere kans hebben om te veranderingen het hoofd te bieden dan zijn of haar soortgenoot.
    De veranderde omstandigheden vormen dus een filter op de aanwezige variatie van eigenschappen.
    Dit idee bracht een aantal biologen op het idee dat natuurlijke selectie een dynamisch proces is waarbij eigenschappen van organismen in relatie tot hun omgeving langzaam kunnen veranderen binnen een populatie.
    In hoeverre natuurlijke selectie als proces verantwoordelijk is voor alle veranderingen van eigenschappen is onderwerp van discussie. Een interessante discussie waarover in mijn ogen geen enkele wetenschapper werkelijk verregaande uitspraken kan doen. De wetenschappers die ik volg doen dat in elk geval niet.

    Je zin “Het is toch zo dat mutations voorwaardelijk zijn voor adaptations.” lijkt me erg waar.
    Je zin “En adaptations zijn voorwaardelijk voor natural selection.” zou ik zo niet formuleren. Adaptations zijn het gevolg van een proces. Eén van de belangrijkere processen die in mijn ogen in aanmerking komen om adaptations te veroorzaken is het proces van natuurlijke selectie.

    Met God en de bijbel heb ik minder dan jij maar in mijn ogen speelt Hij geen rol in dit verband.

    Harry,
    Ik ga er van uit dat ik jouw vragen hiermee ook beantwoord heb.

  30. leonardo april 16, 2015 om 08:03

    Rob,

    Voor het overgrote deel kan ik wel met je meegaan.

    Waar je overigens niet echt op ingaat is de wisselwerking binnen de biotoop: alle soorten hebben zich ontwikkeld in reactie op elkaar.
    Dat gemis zie je heel goed in je eerste alinea.
    Het is heel wel denkbaar dat een organisme eigenschappen ontwikkelt die het in staat stellen het “benauwende” van zijn bestaande omgeving te ontvluchten, en zelf elders een biotoop door zijn binnendringen tot aanpassing te initiëren.

    Waar ik echt bezwaar tegen maak zijn twee zinnen van je.

    In hoeverre natuurlijke selectie als proces verantwoordelijk is voor alle veranderingen van eigenschappen is onderwerp van discussie
    Nee, dat kan geen vraag zijn, dat kan niet ter discussie staan.
    Selectie selecteert uit wat er voorhanden is – en in dit geval staat er geen landbouwknecht aan de aardappelsorteermachine, er gebeuren dingen die maken dat ontwikkelde traits wel of niet levensvatbaar zijn, en dus manifest worden.

    Adaptations zijn het gevolg van een proces. Eén van de belangrijkere processen die in mijn ogen in aanmerking komen om adaptations te veroorzaken is het proces van natuurlijke selectie.
    Nee, dat kan niet waar zijn. Als hierboven – ik zie inmiddels dat het probleem zit in het woord adaptations, daar kom ik apart op terug.
    Door generaties opgebouwde mutaties leiden tot een aangepast lichaam van het organisme, waardoor het meer of anders kan ageren. En, opnieuw, de omstandigheden waarin het verkeert, of die het opzoekt maken of het blijft voorbestaan en zich blijvend kan manifesteren.

    • Rob van der Vlugt april 16, 2015 om 16:31

      “Selectie selecteert uit wat er voorhanden is – en in dit geval staat er geen landbouwknecht aan de aardappelsorteermachine…”

      Selectie selecteert inderdaad, en natuurlijk uit wat er voor handen is.
      Neem nu de bosmuis.
      De Bosmuis. (aardappel)
      Voorbeelden van eigenschappen waarop geselecteerd kan worden: Kleur, snelheid, foerageergedrag, reactiesnelheid, spijsvertering, mentale kaart van de omgeving.
      Selector. (de landbouwknecht)
      Huiskat, vos, buizerd, kerkuil, beuk, taxus.

      Aanpassingen van de bosmuis aan de omgeving: De muis is klein, snel, heeft een goede schutkleur, dito spijsvertering en weet in een flits waar zijn holletje is.

  31. leonardo april 16, 2015 om 08:23

    adaptation en selection

    Mede door denken over een antwoord aan Rob voelde ik me hoe langer hoe unheimischer bij deze twee begrippen.
    Ik heb er mijn vingertje nog niet achter in hoeverre taalgebruik hier een rol speelt, maar ik wil er in ieder geval niet verhullend over doen.

    Adaptation is geen bewust proces. Adaptation is een onbewust opstapelen van mutaties dat leidt tot een trait. Of die levensvatbaar is moet blijken. Als die levensvatbaar is, zal die zich gaan manifesteren.

    Wat Marleen zegt over profitable Maar hoe ben je in staat aan een variatie toe te schrijven dat deze ‘profitable’ is? geldt voor het zich ontwikkelende organisme zeker.
    Hoe zou een organisme bewust kunnen werken aan een mutatie die een verbetering inhoudt?
    En als het organisme dat al bewust zou kunnen sturen, hoe zou het weten waaraan het moet werken om overeind te blijven in zich veranderende omstandigheden?

    Of zich manifesteren en levensvatbaarheid een wenteltrap is moet ik nog eens over nadenken. Maar de vleugel heeft zich pas als vleugel gemanifesteerd toen ie min of meer compleet was.

    Selection is een zeer ongestuurd gebeuren. Selection is geen agent. Er gebeuren dingen die van invloed zijn op een biotoop en de daar aanwezige soorten. Dat kan fysiek van buitenaf komen, dat kan van binnenuit ontstaan doordat één van de organismes “onaangepast gedrag” gaat vertonen.
    Het muteren gaat ondertussen ongestoord verder, en ineens blijken sommige mutaties, die er eerder waren maar waar niemand op zat te wachten, wel aan de eisen van de tijd te voldoen, en zijn nu levensvatbaar en gaan zich manifesteren.

  32. jeroenj april 16, 2015 om 13:42

    Leonardo,

    “Adaptation is een onbewust opstapelen van mutaties dat leidt tot een trait.”
    “Selection is een zeer ongestuurd gebeuren.”

    Je lijkt het, als ik mijn best doe om je te begrijpen, te hebben over wat drift heet en hebt klok noch klepel bij de kladden.

    PS: Is “zeer ongestuurd” gestuurder dan ongestuurd?

    • leonardo april 16, 2015 om 14:07

      Jeroen,

      Genetic drift en adaptations worden onderscheiden, niet door mij, maar door scholars. Maar, wie weet, kom ik er ook nog toe om genetic drift aan te pakken.

      Zegt een heel goed leerboek: We discuss the qualitative features of natural selection … the way that complex adaptations can be built up as a series of small steps.
      En dat komt allemaal van mutaties, ja.

      Dus, ik zie even niet wat er mis is met mijn formulering.
      Een suggestie, Jeroen?

      Ik weet niet of jij stijlbloempjes in je geschriften mag verwerken, van jezelf (van anderen mag dat, een feature die wij volgens sommigen op andere zoogdieren voor hebben).

      Wel, in deze omgeving maak ik me er niet druk om, gezien het feit dat evolutionisten heel slordig met taal omgaan.
      Dus ja, zeer ongestuurd.

  33. jeroenj april 16, 2015 om 17:35

    Wat er, voor mij, mis is met je formulering, is dat ik niet begrijp wat je bedoelt te zeggen.

    Maak je er inderdaad maar niet te druk om, maar daar zijn vast betere redenen voor dan die dwaze jij-bak.

  34. leonardo april 16, 2015 om 17:58

    Ik wil het beeld van die selection, van die zeef nog wel iets scherper stellen.

    Zeven werken hoofdzakelijk twee kanten uit.

    Je kunt fijne dingen zeven, meel of suiker. De bedoeling is dan dat de grovere delen, niet geschikt voor het kookproces, achter blijven. Dat wat achterblijft, niet gebruikt wordt, gaat op de afvalhoop.
    Je kunt grove dingen zeven om klein vuil weg te krijgen, zoals met de aardappelharp. Kluitjes en te kleine aardappelen gaan dan op de vloer. Dat wordt later richting de afvalhoop geveegd.
    Gewestelijk wordt dat ook wel zeefhoop genoemd.

    Met dat wat geselecteerd wordt, het fijne of het grote, gaat de bakker of de kok, in geval van meel en suiker, of de commissionair, in geval van aardappelen, aan de slag om product te maken (bakker/kok) of product te leveren (commissionair).

    De zeef heeft hier helemaal niks gedaan. Het was slechts hulpmiddel, en kon alleen zeven dankzij een agent. De zeef gaat ook niks doen met het geselecteerde.

    En, er is inderdaad iets opgehoopt: het uitschot, dat wat afviel.

  35. jeroenj april 16, 2015 om 18:45

    De zeef is een metafoor. Je kunt een andere kiezen als je hem niet vindt voldoen voor wat je wilt verhelderen, maar het uitmelken van de metafoor levert geen beter begrip op.

    Er valt, volgens mij, goed te verdedigen dat de selectie in “natuurlijke selectie” door Darwin als metafoor bedoeld was om het proces te verhelderen dat in de natuur de rol speelt van selectie door een rassenkweker. Met een metafoor voor “natuurlijke selectie” krijg je het proces dat Darwin voor ogen had niet helderder, maar voeg je een metaforische vertaalslag toe die alleen maar tot verwarring kan leiden.

    “Kunstmatige selectie” is trouwens, zo denkend, een pleonasme.

  36. Marleen april 16, 2015 om 22:39

    Leonardo,

    Ik heb wat moeite met je hiërarchie. Je schrijft april 15, 2015 om 10:14:

    “– mutaties die geen zichtbaar resultaat opleveren
    deze zijn te onderscheiden in
    – wel mutaties maar geen zichtbaar/meetbaar resultaat (1a)
    – mutaties met zichtbaar/meetbaar resultaat in fossielen, maar niet overleefd (1b)
    – mutaties die versterking van traits opleveren (2)
    – mutaties die daadwerkelijk tot soortvorming, tot een nieuwe tak aan de boom des levens leiden (3)”

    Je stelt, na de natuurlijke selectie opzij geschoven te hebben, dat mutatie tot nieuwe kenmerken kunnen leiden (2) e zelfs tot soortvorming (3). Ik denk niet dat dit mogelijk is zonder natuurlijke selectie. Daar zijn boeken over geschreven dus dat ga ik niet proberen toe te lichten.

    Je tegenstelling tussen mijn volgtijdigheid (in de wenteltrap) en jouw hiërarchie zou je misschien kunnen toelichten.

  37. Marleen april 16, 2015 om 22:43

    Harry,

    Je lijkt erop te wachten dat ik al je referenties ga natrekken en doorlezen zodat mijn antwoord meer toegespitst is op jouw vragen. Dat zou vast een interessante bezigheid zijn, maar daar heb ik helaas geen tijd voor. Ik loop op mijn tenen de laatste tijd in verband met andere bezigheden.

    Ik weet niet wat jij allemaal gelezen hebt en waardoor jouw ideeën beïnvloed zijn, dus verwacht niet dat we over al jouw verwijzingen kunnen discussiëren.

    Ik begrijp niet waarom je mijn antwoord niet serieus kunt nemen. Je vraagt je af welke omgeving bepaald zou hebben dat bipedaliteit plus alle anatomische veranderingen die daar mee gepaard gaan ons kenmerkt en praat van ‘bipedale genen’. Daarmee bedoel je waarschijnlijk het hele pakket aan genen dat ons mens maakt. Je suggereert dat het een puur genetisch of mutationeel proces is waar natuurlijke selectie geen rol in gehad heeft. Je vraagt ironisch ‘welke omgeving?’
    Ik schrijf daarop dat bipedaliteit een zeer geleidelijk proces, een stapsgewijs proces is geweest, van knokkellopen naar twee benen, met trial en error, d.w.z. met mutaties en selectie. Wat die selectie geweest is weten we niet, dat kan concurrentie met soortgenoten of andere dieren geweest zijn, infecties, virussen, kou en warmte, gedrag, kortom de omgeving. Bepaalde varianten gedijden niet in een bepaalde omgeving en stierven.

    Ik weet dat je het weet en dat je dat mantra’s noemt. Toch kun je selectie niet zomaar wegschuiven omdat het in de evolutiepsychologie niets verheldert. Dit is een blog over biologie, niet over evolutiepsychologie en wat daar aan zou mankeren. Ik vind het best dat je daar aan refereert hoor, maar om te concluderen dat selectie flauwekul is omdat het alleen maar tot just so stories zou leiden heeft niets met evolutiebiologie te maken, het heeft alleen te maken met jouw idee over de evolutiepsychologie.

    Dan besluit ik mijn bovenstaande antwoord ook nog eens met een interessant idee over mutatie en fixatie, iets dat in jouw straatje past, en dan ga je daar helemaal niet op in.

  38. Marleen april 16, 2015 om 23:09

    Leonardo,

    Je schrijft:

    Adaptation is geen bewust proces. Adaptation is een onbewust opstapelen van mutaties dat leidt tot een trait. Of die levensvatbaar is moet blijken. Als die levensvatbaar is, zal die zich gaan manifesteren.

    Of een trait ofwel kenmerk levensvatbaar is of niet hangt af van de omgeving. Dat manifesteren betekent (in dit geval) dat het ‘positief’ geselecteerd is. Dat er geen foresight is in mutaties en adaptations is vanzelfsprekend.

    Dan zeg je:

    Of zich manifesteren en levensvatbaarheid een wenteltrap is moet ik nog eens over nadenken. Maar de vleugel heeft zich pas als vleugel gemanifesteerd toen ie min of meer compleet was.

    Wat bedoel je met manifesteren en compleet? Dat jij als observeerder in staat bent om te bepalen dat het min of meer om een vleugel gaat? Dat is een zeer subjectief begrip. Dat is zeer geleidelijk gegaan.

    Ken je die strofen van Leo Vroman? Vast wel:

    Lieve natuur door de natuur bedrogen
    omhels ik de natuur en blijf ik pogen
    in haar te baden die ik al aanbad

    toen ik bijvoorbeeld zag hoe vogels vlogen
    doordat ze met hun armpjes bewogen
    en dat ik dergelijke armpjes had

    Vogelvleugels waren ooit armpjes waarschijnlijk bedekt met veren die niet veel meer deden dan het evenwicht bewaren op takken van bomen, of ze dienden om een sprong naar de grond mee te begeleiden. Dus wat bedoel je met complete vleugel?

  39. Rob van der Vlugt april 17, 2015 om 08:43

    Leo Vroman had het door.
    Zonder iets te willen afdoen aan de vogelvleugel zou ik toch ook aandacht willen vragen voor de ‘compleetheid’ van de voorpoten van de luiaard, de gibbon, de mol, de vleermuis, de pelsrob en de pianist.
    Met de gekko en de boomkikker, de kolibri en de nachtzwaluw hebben alle voorpotigen overigens een gemeenschappelijke voorouder. Over variatie gesproken…

  40. gert korthof april 17, 2015 om 11:05

    Marleen,
    er staat in een bespreking in Science van het boek met de lange titel Eternal Ephemera Adaptation and the Origin of Species from the Nineteenth Century Through Punctuated Equilibria and Beyond van Niles Eldredge. Daarin wordt een Italiaanse geoloog besproken die een belangrijke bijdrage heeft geleverd aan evolutie nog vóór 1859.

    In the early 1800s, the geologist Giambattista Brocchi offered an alternative to Lamarck’s, one that briefly persuaded Darwin. Eldredge recovers Brocchi’s largely lost contribution and links it to much more recent ideas in evolutionary thinking.

    Hij komt voor in wikipedia
    http://en.wikipedia.org/wiki/Giovanni_Battista_Brocchi
    maar uit de beschrijving kun je niet echt opmaken dat hij een voorloper van Darwin was…

  41. leonardo april 17, 2015 om 17:03

    Marleen,

    Ja, die strofes van Vroman ken ik.
    Prachtig. Maar daarmee wieg je me niet in slaap.

    Ik zou natuurlijk je vragen nu kunnen beantwoorden …

    over
    – hiërarchisch/volgtijdelijk
    – compleet/manifesteren

    … maar ik wil me even niet laten afleiden van de hoofdlijn.

    Je zegt dat ik natuurlijke selectie terzijde heb geschoven. Maar dat is niet zo. Het is alleen zo dat ik het als een open deur zie, triviaal als de opmerking: geen mutaties, geen evolutie.
    Voor jou is natuurlijke selectie zo belangrijk, dat het bij jou (bijna) is: geen natuurlijke selectie, geen evolutie.
    Terwijl de waarheid is: hoe minder natuurlijke selectie, hoe meer evolutie.

    Wel, mijn gastbijdrage heeft als essentie eigenlijk de vraag: wat is dan het niet-triviale, wat is het wetenschappelijk belang van natuurlijke selectie. Ook in mijn comments, enkele direct aan jou gericht, hamer ik daar op.
    Dus ik dacht van jou wel iets meer te mogen verwachten dan de Borger-achtige opmerking: daar zijn boeken voor geschreven …

    Te meer daar je zelf eigenlijk bevestigt dat je er geen kant mee op kunt.
    Lees eens mee met wat je zelf schrijft: Wat die selectie geweest is weten we niet, dat kan concurrentie met soortgenoten of andere dieren geweest zijn, infecties, virussen, kou en warmte, gedrag, kortom de omgeving. Bepaalde varianten gedijden niet in een bepaalde omgeving en stierven.

    Een selectie van natuurverschijnselen waar ik in mag graaien?

  42. Harry Pinxteren april 17, 2015 om 17:57

    Leonardo

    Grappig dat ze jou nou laten graaien. Net als de natuur, de omgeving, die grabbelt, sorteert, ehh selecteert uit de grabbelton die random mutaties heet. Have your pick, zou ik zeggen.

    Zoals ik al eerder zei, de mogelijkheden zijn eindeloos. De mogelijke verklaringen, zeg maar verhalen, dus ook. Ik wil niet flauw zijn, maar daar zijn inderdaad boeken over geschreven

  43. Harry Pinxteren april 17, 2015 om 17:58

    ik probeer het nog een keer, geen idee wat er mis is

    marleen rob,

    in zijn bespreking van Nei’s boek Mutation-Driven Evolution suggereert Günter Wagner (van Yale, geen familie, neem ik aan) dat het zinnig is de vooronderstellingen en uitgangspunten van muationisten en wat hij ‘selectionisten’ noemt, eens op een rijtje te zetten. Lijkt me een nuttig idee. Wat mij betreft kunnen we daar dan ook een aantal punten zetten die niet betwist worden, maar die voor niet minder discussie zorgen.

    Bijvoorbeeld schrijft rob: Omgevingen en omstandigheden kunnen echter veranderen. Alsof iemand dat zou ontkennen.

    Maar de vraag waar we het de hele tijd al over hebben is hoe dan, hoe specificeer je dat, welke veranderingen zijn dat dan. Er verandert zoveel. Om herhalingen en verdere handwaving te voorkomen, bijvoorbeeld over het feit dat we inderdaad uit de boom zijn geklommen, probeer ik ook nog wel eens een nieuw concreet voorbeeld te geven, zoals, om er maar een paar te noemen, dat ebola virus of dat onderzoek naar die PLK4 mutatie,

    Ik bedoel maar, Rob: Aanpassingen aan de omgeving? Aan welke omgeving? An welke ‘selectiedruk’? En inderdaad, Marleen, mijn vraag aan jou was ironisch bedoeld.

    Bedoel je trouwens met je interessant idee over mutatie en fixatie op april 16, 2015 om 22:43 je suggestie van april 15, 2015 om 01:09: dus neandertalers zijn misschien uitgestorven omdat hun populatie slonk en dus ook hun genetische variatie en vooral fysieke weerbaarheid? Dan hoort die zeker in bovengenoemd rijtje thuis.

    Intussen is trouwens ook Stoltzfus begonnen met een inventarisatie. http://www.molevol.org/the-revolt-of-the-clay-an-initial-progress-report/

    Leuke metafoor trouwens, als je het mij vraagt: revolt of the clay.

  44. Harry Pinxteren april 17, 2015 om 18:00

    marleen, staat jouw spanfilter misschien een beetje sterk afgestemd? hij pikte een link niet.

    • Marleen april 17, 2015 om 19:16

      Je reactie met link zat inderdaad in de spambox. De reacties heb ik zo ingesteld dat er maximaal 4 links in kunnen. Dus wat er fout gegaan is weet ik niet.

  45. Marleen april 17, 2015 om 22:50

    Gert,

    Wat een leuk doorverwijzing, dank je wel. Ik ben niet geabonneerd op Science, maar kan wellicht toch aan die boekbespreking komen. Brocchi studeerde ook in Padua, altijd leuk mede ex alunni terug te vinden.

    Denk je het boek aan te schaffen? Het lijkt me heel interessant en heb het op de lijst gezet (lange lijst inmiddels).

  46. Marleen april 17, 2015 om 22:52

    Leonardo,

    Je schrijft:

    “Voor jou is natuurlijke selectie zo belangrijk, dat het bij jou (bijna) is: geen natuurlijke selectie, geen evolutie.
    Terwijl de waarheid is: hoe minder natuurlijke selectie, hoe meer evolutie.”

    Het is dat je er ‘bijna’ bij schrijft, want inderdaad het is net als mutatie erg belangrijk. Dat mutatie de basis vormt voor evolutie is een open deur. Dat selectie net zo’n grote rol zou hebben is niet zo’n open deur als je nu beweert. Overigens zeg je dat nu, na in voorgaande reacties aangegeven te hebben, dat selectie, omdat het ondefinieerbaar is, eigenlijk geen rol speelt.
    Ik krijg de indruk dat je denkt dat men met selectie bedoelt, al de survivers eruit pikken. Maar er bestaat zowel ‘negatieve’ als ‘positieve’ selectie, zoals je zelf al aangaf met de twee manieren waarop je kunt zeven. Bij ‘negatieve’ selectie wordt een mutatie, gen, of organisme ‘weggeslecteerd’. Dat wil zeggen dat het niet levensvatbaar of vruchtbaar is. Het individu of dit deel van de populatie valt weg. Dit is waarschijnlijk wat je bedoelt wanneer je zegt ‘hoe minder natuurlijke selectie, hoe meer evolutie’, waarmee het zou kunnen zijn dat je bedoelt hoe meer variatie er overblijft.

    In dit geval moeten we het woord evolutie goed lezen. Het heeft de betekenis van ‘uitrollen’, zich afwikkelen’, ‘ontwikklen’, het gaat dus om een voortschrijdend proces waarin er een toename aan complexiteit te zien is. In jouw optiek, waarbij er meer evolutie zou zijn zonder natuurlijke selectie, denk je waarschijnlijk aan een toename aan variatie. In dat geval zouden er rabblebits en polar treshers moeten zijn, want alles dat mogelijkerwijs door mutatie voortgebracht is plant zich voort en blijft bestaan toch? Dan krijg je inderdaad een grote rotzooi.

    Wanneer ik zeg dat er over evolutie en natuurlijke selectie veel dikke boeken geschreven zijn, dan wil ik je daar niet naar verwijzen, maar slechts aangeven dat ik het begrip in een comment niet kan omschrijven. Ik heb de pretentie ook niet dat te kunnen, ook niet in een boek. Terwijl Borger met zijn eigen boek een nieuwe evolutietheorie presenteert en dus wel de pretentie heeft dit te kunnen.

    Ik kan je alleen voorbeelden geven, en dat is wat evolutiebiologen in het lab of in het veld soms ook doen. Deze studie bijvoorbeeld laat veel zien over evolutie en adaptatie. De auteurs zeggen dat het wel om natuurlijke selectie moet gaan.

    Hoe evolutie zich herhaalt

    Het mooie van dit onderzoek is dat het aangeeft hoe dieren die allemaal nu leven zich op gelijke wijze aanpassen. In de evolutiegeschiedenis zie je degelijke aanpassingen steeds na elkaar optreden. Het resultaat van de studie is dus in zekere zin niet verbazend, aangezien de evolutiegeschiedenis bol staat van dit soort voorbeelden, behalve dan dat we er de moleculaire achtergrond niet van kennen.

  47. Marleen april 17, 2015 om 23:07

    Harry,

    Van de link die ik in het antwoord aan leonardo zette, was je al op de hoogte (zie comments daaronder). Waarom blijf je zo schamper doen over ‘selectionisten’? Je lijkt zo zeker van je zaak. Vertel eens, hoe denk je dat de wereld eruit ziet zonder selectie? Je zult antwoorden dat hij er dan zo uit ziet zoals hij er nu uitziet. Misschien kun je de link die bij leonardo staat nog eens goed lezen, en de comments daarop. Het is een mooi voorbeeld van veranderende omgevingen, waar Rob het dus over heeft.

    Ik weet niet of mijn ideetje over mutatie en fixatie in dat rijtje komt te staan. Ik heb het namelijk zelf zo bedacht. Dus jouw toepassing ervan op de Neanderthalers is ook leuk bedacht. Zo komen we misschien nog eens ergens.

    Voor Stoltzfus heb ik nu geen tijd meer. Volgende keer dus.

  48. Rob van der Vlugt april 18, 2015 om 00:56

    Harry schrijft (en niet voor het eerst)
    “Ik bedoel maar, Rob: Aanpassingen aan de omgeving? Aan welke omgeving? An welke ‘selectiedruk’?”

    Aan elke omgeving. Elke omgeving stelt eisen.

    Toon mij de roze spitsmuis die ondanks het feit dat hij op de noordpool leeft op een dieet van uitsluitend groene olijven floreert als gras in een weiland en ik praat weer met je.

  49. leonardo april 18, 2015 om 02:31

    Marleen,

    Ik weet niet hoe duidelijk ik het moet zeggen: nergens, nergens heb ik gezegd dat wat evolutionisten natural selection noemen geen rol speelt. Wat ik gezegd heb en steeds zeg: de rol is ondefinieerbaar.

    Nee, er is geen positieve en negatieve selectie. Er is een hoop. En, door daaruit een hoop A te creëren krijg je een hoop B, waarvan de eigenschap is B≠A.
    Of je wilt of niet

    De vraag is:
    – kun je aangeven wat de kenmerken van A en B zijn
    – kun je aangeven waarom iets bij A terecht is gekomen of iets bij B
    – kun je voorspellen wat bij A gaat komen en wat bij B
    Als je dat kan kunt, kun je er wetenschappelijk iets mee. Anders niet.
    Mijn bewering is (en is al heel lang, en heel consistent): we zeggen dat iets bij A zit omdat het bij A zit.

    Niemand heeft A en B uit elkaar gehaald, geen agent die aangewezen kan worden, laat staan hoe die agent werkt.
    Erger nog: B is onzichtbaar. Jij voert mijn polar threshers op. Maar je weet helemaal niet of ze wel bestaan hebben.
    Er was A, en plots was er een beetje minder A – en toen was er weer een beetje meer A, en dat gaat zo wenteltrappend door.

    Gooi een steen of een veertje in de lucht en je ziet de zwaartekracht.
    Splijt een atoom, en je kunt de energie meten.

    Mag ik Wagner nog eens citeren: For all we know, nature has no foresight into the effects of genetic changes. Given the many ramifications that such changes have for the short-term and long-term future of an organism, this is not so surprising. Even we humans with our cognitive abilities are notoriously poor at predicting the effects of interventions in complex systems, from proteins, cells, and organisms to ecosystems or financial markets.

    Maar toch weer dat waardeoordeel: een grote rotzooi.
    Zoals ik al schreef: nu is het ook een rotzooi.
    Als er driepotigen waren, en er had zich een eenpotig denkend wezen uit de driepotigen ontwikkeld, zouden we het geen rotzooi noemen, maar onmiddellijk een prachtig verhaal à la Hoe evolutie zich herhaalt schrijven, met mooie plaatjes.
    En met een design explanation!
    Met stempel!!!

    Op dit moment zijn er nog geen eenpotigen, dus blijven we zeggen dat je op één been niet kunt lopen, en dat het dus logisch is dat we op twee benen gaan (ik zou dat woordje “dus” eigenlijk in hoofdletters moeten schrijven).
    DUS schrijf jij de hypothese die ik in mijn vorige comment heb aangehaald, en die begint met Wat die selectie geweest is weten we niet …

    Ik zou n.a.v. jouw verhaal over het stekelbaarsje graag een paar vragen beantwoord zien.
    Is het DNA veranderd voordat of nadat het zoet water opzocht?
    Hoe wist het baarsje dat het zoet water op moest zoeken, of hoe wist het baarsje dat het zijn DNA moest wijzigen?
    Nee, je hoeft niet te antwoorden, Marleen. Bespaar je de moeite, de vragen zijn retorisch. Want dan krijg je hetzelfde hypothetiseren als over bipedalisme, die begint of eindigt met “Wat die selectie geweest is weten we niet …”.

    Nee, het eindigt altijd met And we learn that life’s creativity draws from a source that is older than life, and perhaps older than time.

  50. Harry Pinxteren april 18, 2015 om 21:41

    rob

    Fabeldieren – dieren die niet bestaan- zijn er al genoeg. Wel typisch dat je er een nodig hebt om een tegenvoorbeeld te kunnen verzinnen. zoiets noemen ze terecht handwaving (die fossiele konijnen van Haldane waar je kennelijk door geinspireerd bent, is geen handwaving, want dat is een weerlegbare these)

    Verder, ik had een aantal concrete vragen. Bijv: toon me even wat de selectiedruk is voor die PLK4 mutatie.

    Ik herhaal het ook nog maar eens, want Leonardo moet anders een te lange adem hebben: de rol (van ns) is ondefinieerbaar. Alsof we daar al niet genoeg voorbeelden van gegeven hebben.

    Marleen

    “jouw toepassing ervan op de Neanderthalers is ook leuk bedacht. Zo komen we misschien nog eens ergens.”

    Ik denk dat we zo nergens komen, daarom formuleerde ik het ook precies zo. Hoewel j evindt dat het leuk is bedacht, betekent het niet meer dan dat de neandertalers langzaam uit zijn gestorven; hun kleine populatie werd kleiner en een kleine populatie heeft pd weinig variatie. Is dus kwetsbaar. Je kunt iets wat verklaard moet worden niet als verklaring opvoeren. Zo zeg je dat neandertalers zijn uitgestorven omdat ze zijn uitgestorven.

    Misschien was jouw eigen voorbeeld nog leuker😉

    je vraagt: ‘hoe denk je dat de wereld eruit ziet zonder selectie?’ Ik denk dat met alle ‘selectie’ die je voor onze soort maar bij mekaar kunt verzinnen, we zónder mutaties ueberhaupt niet hier hadden gezeten. Of we waren al die tijd weinig veranderd, want er was dan helemaal niks te selecteren geweest. – en ook niks te driften. Want zoals je weet, bestaat er ook evolutie zonder selectie. Volgens Deacon is de afwezigheid van enige selectiedruk zelfs de verklaring voor onze taal. En PZ Meyers geeft ook een hoop voorbeelden van neutrale evolutie. Komt ook op de lijst!

    Het zijn steeds maar voorbeelden. Mijn punt (en dat van Leonardo) is steeds dat ns geen agens, geen instantie, geen pottenbakker, laat staan een ‘kracht’ is die ‘organismen’ boetseert, vormt. Hooguit een stochastische zeef. Maar let wel, zeef is ook een metafoor, suggereert een activiteit, nl zeven (wannen, winnowing, de favoriete metafoor van Jerry Coyne). Tegenvoorbeelden van fictieve muizen maken geen indruk als weerlegging van die stelling. Juist omdat ze geen antwoord zijn op de vragen die we stellen.

    Moran heeft trouwens op zijn blog ook de discussie aangezwengeld.

  51. leonardo april 19, 2015 om 11:08

    voorstel

    An adaptation, also called an adaptive trait, is a trait with a current functional role in the life history of an organism that is maintained and evolved by means of natural selection.

    All adaptation is caused by natural selection

    Hier staan – niet natural, maar of course – onzinzinnen.
    Nou ja, laat ik het vriendelijker zeggen, dan zeg ik het misschien ook wel duidelijker: dit zijn paradigmatische kronkels van de eerste orde. Allemaal afkomstig uit vakliteratuur.

    In afwachting van jouw antwoord Marleen, heb ik maar een comment gefabriceerd, passend bij het begin van mijn gastbijdrage, en uitmondend in een voorstel. Want er kan natuurlijk niks goed zijn aan het feit dat selection en adaptation tot het soort misverstanden leidt dat hier op jouw blog gedemonstreerd wordt. Ik kan me zoiets ten minste niet voorstellen bij de zwaartekracht.

    Er is iets raars met die begrippen.
    In het evolutiewereldje moet ik er bij zeggen.
    Normaal hebben artikelen over onderwerpen die niet helemaal duidelijk zijn een kopje kritiek op …. in wiki. Zo niet deze.
    Onder natural selection vind je niet criticism.
    Ik ken de reden. Er is een groepje evolutiebiologen dat bewaakt het rechte pad in wiki. En zorgt dat artikelen gecorrigeerd worden op ketterijen. De aard van wiki maakt dat mogelijk. (Dat groepje heeft zichzelf publiekelijk bekend gemaakt.)

    Dus heb ik de talk maar eens opgezocht. Ik citeer een voorstel dat het niet gehaald heeft. Ik citeer dat met instemming, ik ben daar heel eerlijk in.

    The tone of the article has a significant aspect of justifying and glorifying the concept of natural selection, whereas advocacy is not the job of wikipedia. Obviously this is not the place to debate with creationists, but the editor is mistaken if he thinks that substantive scientific and philosophical issues are out of scope. The nature of selection, and the operational legitimacy of the concept, are issues debated by professional philosophers (e.g., Fodor and Palmarini-Piatelli, to name a recent prominent example).

    Ja Rob, je houdt niet van het woord, maar zo wordt het wel een geloofsartikel, een Dordtse leerregel. Het is eigenlijk jammer dat je aan je voorbeeld van de roze spitsmuis overbodige franje hangt als groene olijven en sla op de Noordpool. Je zou je daadwerkelijk kunnen afvragen waarom er geen roze spitsmuis op de Noordpool leeft, met hoornen nageltjes om voedsel uit het ijs te kunnen peuteren, en een stinkstaartje of een gifangel om de overmaat aan predators vanwege het ontbreken van een schutkleur van zich af te houden.
    Je zou dus, puur uit wetenschappelijke nieuwsgierigheid, een design explanation op kunnen stellen van een levensvatbaar roze spitsmuisje op de Noordpool, zoals mijn polar thresher, en je af kunnen vragen: waarom is dat beestje er nooit gekomen, of waarom heeft het het uiteindelijk niet gemaakt.

    En Jeroen, je demonstreert overduidelijk, dat we inderdaad among believers zijn. Als ik een ketters balletje opwerp, kom je niet met argumenten, maar ga je zeggen dat ik van klok noch klepel weet, en over taal zeuren. En als ik dan laat zien dat mijn argument rechtstreeks uit de buurt van de klok kwam, en opmerk dat overdrijving een stijlfiguur is, en dat het taalgebruik van de evolutionisten inderdaad te wensen overlaat – wat ik al eerder en vaker betoogd heb (ook tegenover jou!): een essentiële opmerking, want dat is het probleem, en dat blijkt hier ook – dan kom je terug met jijbak, en hebt niet de guts om te erkennen dat je inderdaad mis zat met je verwijt over klok en klepel.

    Dat is ongeveer zoals gelovigen elkaar de maat nemen – geloof me maar mannen, ik ken die wereld van haver tot gort.
    Geeft niet Jeroen, even goede vrienden, en ik kan tegen een stootje.

    Ik wou het maar eens heel constructief aanpakken.
    Marleen, ik stel voor dat ik nog een gastbijdrage lever. Perception of Natural Selection. Zoiets.
    Uiteraard komen daar citaten zoals hierboven aan de orde. Maar de kurk waarop het drijft zal toch deze zijn.
    Er is een verscheidenheid aan organismes. We weten hoe dat komt: bij de voortplanting wordt het DNA niet helemaal conform doorgegeven, maar met mutaties. Sommige mutaties zijn neutraal. Andere leiden tot wijzigingen die verder niet van belang zijn, behalve dat ze wat niet-essentiële kenmerken wijzigen. Dan zijn er mutaties die daadwerkelijk muteren. Er komen soorten van die wat kenmerken en wat DNA betreft, daadwerkelijk en essentieel verschillen van de voorouders en van andere nakomelingen. Niet al die soorten redden het. Daar is een veelheid van redenen voor. Degeneratie, sterkere vijanden, planetaire rampen en kosmische ongelukken, epidemieën etc etc. Kortom, door de gang van zaken in de natuur verdwijnt er iets wat er ooit was.
    Voor deze diversiteit aan fenomenen, met een diversiteit aan oorzaken en gevolgen, is natural selection een pars pro tot geworden, vervolgens een concept, en uiteindelijk an agent.

    Het constructieve zit hem ook hier in. Ik nodig jullie, Harry, Jeroen, Marleen, Rob uit om mee te denken en mij te laten weten wat daar zo allemaal bijhoort. Dat mogen dus ook stokpaardjes zijn, of suggestieve opvattingen. Liever geen links, beter hoe je een artikel ter zake zelf gepercipieerd hebt.
    Jullie weten mijn email-adres.

    Arno, ik weet dat je meeleest. Laat vanuit jouw gezichtspunt eens horen hoe je aankijkt tegen de perceptie van natural selection en adaptations. Je hebt vaker met me gemailed, dus dat kan het probleem niet zijn.

    Gert, volgens mij lees jij ook mee. Je vindt me een ketter, en misschien wel evolutionair gesproken een oen, vast. Laat mij toch maar weten wat jij denkt van de perceptie van deze begrippen.

    Zorg ik voor een gastbijdrage, die uiteraard het stempel zal dragen van wat er allemaal in mij aan adapted en selected is gestored (of verstoord) maar toch ook als gastbijdrage van ons allemaal kan worden beschouwd.

  52. Rob van der Vlugt april 19, 2015 om 12:02

    Leonardo,

    Het woord ‘geloofsartikel’ stoort me allerminst. Slechts als het gebruikt wordt om iets te duiden waarop de term geen betrekking heeft begint er bij mij iets te knagen. En dat is als zowel jij als Harry mijn roze spitsmuis weliswaar direct als fout gecast fabeldier herkennen maar niet lijken in te zien dat alle soorten die wel gedijen op de noordpool beschikken over een aangepastheid die op zich al een verklaring in houdt dat aanpassen de norm is in het rijk der levenden.
    Hoe die aanpassing tot op het aminozuur nauwkeurig tot stand gekomen is laat zich lastig achterhalen, en veel (maar zeker niet alle) aanpassingsverhalen zijn pure speculatie. Dat neemt echter niet weg dat als je het begrip ‘aanpassing’ weg streept uit het evolutieverhaal je met het probleem blijft zitten dat al het leven, op alle punten die essentieel zijn voor overleven, zo aangepast is.

  53. leonardo april 19, 2015 om 15:30

    Rob,

    Ik wil het woord aanpassing niet wegstrepen hoor. Alleen, iets is aangepast. Het past zich niet aan. En niemand, niemand die daar een rol in speelt. Het beste, en tegelijkertijd het slechtste, wat je er van kunt zeggen is dat ieder organisme een werktuig is in de handen van een onbekende God.

    Nemen we de stekelbaarsjes van Marleen, die van zout via brak in zoet water terecht komen. Waarom ze dat doen mag Joost weten, maar dat even terzijde. Als er n0 baarsjes zijn komen er x keer n0 nieuwe baarsjes. Die baarsjes hebben allemaal mutaties. Vergeten we de neutrale even. Een paar krijgen mutaties die blijken te werken, een paar die niet blijken te werken.
    Resultaat bekend.
    Er zijn nu n1 baarsjes en er komen nu nieuwe baarsjes, waarvan sommige een mutatie op een mutatie meekrijgen.
    En zo voort. Er is dus geen baarsje dat zich aanpast, laat staan dat een baarsje zou stapelen. Er zijn gewoon veranderde baarsjes, en geen baarsje dat weet heeft van de veranderingen aan zijn lijf.

    Mijn probleem is niet dat jouw muis fout gecast is, je verandert alleen 3 dingen tegelijk. Een roze spitsmuis, een slaplantje en een olijvenboom op de Noordpool. Terwijl we meestal iets onderzoeken op het principe van ceteris paribus.
    Ik vind je muis dus goed gecast, en ik zou graag zien dat je er een design explanation avant la lettre bij leverde. Dan kunnen we proberen onze wetenschappelijke nieuwsgierigheid te bevredigen.

    Kunnen we vanzelfsprekend ook doen met het slaplantje. Wat te denken van ijsbergsla.

  54. Marleen april 19, 2015 om 19:08

    Nu wil ik graag even enkele dingen onderstrepen. Wat jeroen zegt over natuurlijke selectie lijkt me heel belangrijk voor deze discussie. Hij schreef april 16, 2015 om 18:45

    Er valt, volgens mij, goed te verdedigen dat de selectie in “natuurlijke selectie” door Darwin als metafoor bedoeld was om het proces te verhelderen dat in de natuur de rol speelt van selectie door een rassenkweker.

    Dat zegt alles. Dat is wat natuurlijke selectie betekent. Wat het is dat de hand van de kweker vervangt is dan misschien niet duidelijk, maar het is evident voor de meeste biologen dat selectie vroeg of laat een rol speelt in de vorming van soorten.

    Zonder selectie zouden er geen Neanderthalers geweest zijn Harry, maar allerlei heel dicht bij elkaar staande organismen, allerlei hybriden, het is bijna niet voor te stellen wat er dan zou zijn.

    Wat Rob bedoelt denk ik met wat hij april 18, 2015 om 00:56 schreef:

    Toon mij de roze spitsmuis die ondanks het feit dat hij op de noordpool leeft op een dieet van uitsluitend groene olijven floreert als gras in een weiland en ik praat weer met je.

    Is niet het beroemde konijn in het Cambrium Harry. Het is een hele vreemde spitsmuis die helemaal niet aangepast is, in een habitat leeft waar zijn dieet niet strookt met beschikbare planten of eigenlijk moet ik zeggen insecten. Het zou een beestje kunnen zijn dat in Harry’s wereld met uitsluitend mutatie voor zou kunnen komen. Dus Harry geef eens een bestaand voorbeeld van onaangepaste organismen. Of zijn we (alle organismen) allemaal onaangepast?

  55. Marleen april 19, 2015 om 19:12

    Leonardo,
    De natuur, evolutie heeft geen foresight zeiden we al. Nu hebben wij mensen dat ook niet. Het is zo’n complex systeem dat er niets over kan worden gezegd. Maar dat zegt Wagner ook al. Over wat bij A en B komt kunnen we geen voorspellingen doen. Behalve bepaalde genetische ziekten. Sinds relatief heel korte tijd is het mogelijk te voorspellen dat een mens met een bepaalde mutatie in een zeker gen vaak een reeds lang bekende ziekte zal ontwikkelen.

    Ik haal toch nog even de mot uit de kast. Dat was een prachtig voorbeeld van aanpassing en co-evolutie waarbij Darwin in staat was het bestaan van deze mot met zekerheid te veronderstellen, wat zeg ik, te voorspellen.

    De vragen die je stelt ten aanzien van het stekelbaarsje zijn geen retorische vragen, maar zijn gewoon geen vragen. Niemand vraagt zich af of het DNA van het beestje veranderde voor of nadat het in zoet water terecht kwam. Dat zijn geleidelijke processen. Niemand vraagt zich af of het diertje wist dat hij zijn DNA moest veranderen. Die vragen stelt niemand zich want het spreekt vanzelf dat dat baarsje van niets wist. Deze vragen hebben ook niets met selectie te maken.

    Je bent het er mee eens dat we niet zonder natuurlijke selectie kunnen, maar je accepteert het niet als verklaring voor hoe evolutie werkt. Je wilt eerst zien dat het gedefinieerd wordt, voordat we het woord gebruiken in de evolutieleer.
    Zoals ik al eerder zei, zijn daar hele boeken over geschreven, dus ik ga niet proberen dit hier in twee zinnen duidelijk te krijgen. Ik zou het waarschijnlijk ook niet kunnen als ik de ruimte had. Ik denk dat jeroen het dichtst in de buurt komt van wat natuurlijke selectie inhoudt.

  56. Rob van der Vlugt april 19, 2015 om 19:50

    Leonardo,

    “Alleen, iets is aangepast. Het past zich niet aan.”
    Jawel, soorten passen zich aan. Individuen niet. Mijn spitsmuis wordt als fabeldierdier herkend omdat het in hoge mate onaangepast is.
    “En niemand, niemand die daar een rol in speelt.”
    De omgeving speelt daarin een hoofdrol. Daarom kloppen echte spitsmuizen wel in hun echte omgeving. En vind je olijveneters alleen in olijvenland.
    Aanpassing is een proces. Aanpassing aan een omgeving is een proces over vele generaties.

  57. Harry Pinxteren april 20, 2015 om 11:54

    marleen en rob en eventueel andere geïnteresseerden

    Ik ben nog niet klaar met mijn bij lezen, maar even al wat reacties:

    We hadden het over natuurlijke selectie.
    We hadden het over dat wat Fisher in 1918 al schreef: Natural selection is a mechanism for generating an exceedingly high degree of improbability.”

    NS is voor Fisher en soort emergentie zoals warmte (Fisher vergelijkt zijn theoreem expliciet met Boltzmanns thermodynamica: voor hem is het dus een wet, een populatiewet- ja evolutie is een populatie fenomeen)

    We weten nu dat natuurlijke selectie niet het enige ‘mechanisme’ is – wat dat dan ook voor ‘mechanisme’ mag zijn (wat is het ‘mechanisme’ voor warmte?), want dat ook drift eigenschappen kan fixeren. Of bestaan er modellen die aantonen dat drift ‘ totaal onbelangrijk is voor het fixeren van kenmerken? Of noemen we het alleen (even) drift als we zo snel geen ‘voordeel’ kunnen verzinnen? Ik moet de lijst van PZ Meyers nog nakijken.

    We weten inmiddels ook dat die ‘improbability’ ook ampel gegenereerd wordt vóór selectie ueberhaupt heeft kunnen werken. En we weten inmiddels ook aardig hóe dat gebeurt. Mutaties zijn ‘random’ (stochastisch), maar hun effecten niet per se. Darwin had het dan ook over ‘profitable variations’ die er eerst moesten zijn, anders kon selectie niks. Er móet eerst voordeel zijn, dus niet zo maar ‘variatie’, of ‘mutatie’, maar een voordeel, wil ns ueberhaupt iets kúnnen ‘doen’. De discussie gaat hierbij om de vraag hoe klein die voordeeltjes kunnen zijn. Darwin heeft het over infinitesimaal. Fisher ook. Om een lang verhaal kort te maken: Volgens Orr- oudleerling van Coyne- was infinitesimaal voor Fisher “little more than a mathematical convenience”. – anders kon hij niet rekenen (zoals Boltzmann)

    We weten inmiddels ook dat een klein verschil grote gevolgen kan hebben. En we weten nog zo een paar van die dingen waar we toch echt rekening mee moeten houden, willen we de discussie – over neandertalers, en rare muizen en zo- een beetje zinnig kunnen voeren. Ja, ‘aangepast’ is ook zo’n begrip. Het speelt een cruciale rol bij het idee dat veranderingen heel heel erg klein moeten zijn (zie die discussie over 1100ste van een inch, en zie de vaak geciteerde opmerking van Darwin over de falsificatie van zijn idee). Grappig dat we het nu over dingen van nm’s kunnen hebben die niettemin een groot verschil kunnen maken, nog vóór ze gezien zijn door natuurlijke selectie. Soms zelfs een verschil van dag en nacht (voorbeeld eerder gegeven, o.a. over de evolutie van taal). Heel profitable dus.

    En, ja dat voordelen een voordeel hebben en dus verspreid worden, dat zal niemand ontkennen. “This survival of the fittest implies multiplication of the fittest, schreef Spencer. Je mag het ‘natuurlijke selectie’ noemen. Maar dat is dan niet meer dan een naam voor een populatiefenomeen (iets wat zelfs Coyne ook een keer met zoveel woorden toegaf). Dus iets wat je waar kunt nemen als je kijkt op geaggregeerd niveau ongeveer zoals je warmte ‘krijgt’ door een heel stel bewegende atomen te nemen): hoe dan ook, het is geen apart ‘mechanisme’, het is geen aparte instantie, laat staan dat het iets is met intenties, zoals een fokker. Dat ns geen foresight heeft, staat natuurlijk niet ter discussie1). Organismen zijn dan ook veel minder goed aangepast dan Darwin dacht. Hij had dat idee van die geperfectioneerde aanpassing nodig om zijn idee van die oneindig kleine stappen vol te kunnen houden- en andersom. Zo kon hij natuurlijke selectie als vormer, schepper, ontwerper, als ‘improbability pump’ (Dawkins) zetten tegenover het idee van de dominee – het idee van de natuur tegenover een goddelijke ontwerper (iets wat door heel veel wetenschapshistorici als zowat zijn grootste prestatie wordt gezien, en door Leonardo hier boven al op zijn manier is verwoord).

    “Dat zegt alles”. zeg je april 19, 2015 om 19:08. Als ik goed begrijp wat je hier echt bedoelt, val ik alsnog van mijn stoel.

    1) dat verklaringen vanuit ‘evolutionair’ voordeel allee achteraf gebeuren en dus met terugwerkende kracht van uit een soort ‘foresight’, en dat ze daarom juist ook altijd waar zijn, is een andere kwestie: Woese en Goldenfeld (2011): ‘The evident tautology embodied by “survival of the fittest” serves to highlight the backward-looking character of the fitness landscape: Not only is it unmeasurable a priori, but it carries with it no means of expressing the growth of open-ended complexity (90) and the generation of genetic novelty

  58. Harry Pinxteren april 20, 2015 om 13:36

    leonardo

    j eschreef> Marleen, ik stel voor dat ik nog een gastbijdrage lever. Perception of Natural Selection’

    Als voorlopige samenvatting van het debat over mutaties en selectie een suggestie voor een perceptieprincipe : hoe dichter je bij het fenotype blijft meer je ziet met natuurlijke selectie- het klopt namelijk altijd. Hoe gedetailleerder je het genotype bekijkt, hoe minder er nog van natuurlijke selectie te zien is.

  59. leonardo april 20, 2015 om 13:40

    Marleen,
    Even een paar losse opmerkingen over je comments. De rest gaat in een algemeen comment mee.

    Nee nee nee!
    Opnieuw: nergens heb ik gezegd dat ik niet zonder natural selection kan. Sterker, ik schreef: … hoe minder natuurlijke selectie, hoe meer evolutie. Jij reageerde daar nog tegen.

    Ik weet, daar is zelfs discussie over in de evolutionist community: zou er zonder natuurlijke selectie meer of minder evolutie/verscheidenheid zijn.
    Wat op zich een gotspe is. Ze weten nog niet half wat er allemaal rondslingert in de krochten van dat grote pars pro toto natural selection, er komen alleen vermoedens te voorschijn, maar ze vragen zich al wel af wat er zonder natural selection zou gebeuren.

    En dan zeg jij ook nog dat vragen naar de volgorde van mutatie DNA en verandering van biotoop niet gesteld worden.
    Ik zou haast zeggen: spreek voor jezelf … beter: ga even navragen bij je collega’s, ik kan me het niet voorstellen.
    Want van tweeën één: of die vragen worden wel gesteld – en terecht.
    Of de evolutionist is wel zeer selectief in het stellen van (buitenissige) vragen.
    Maar ja, wat wil je, als in z’n kop het woord selection als sleutelbegrip is ingehamerd.

  60. Harry Pinxteren april 20, 2015 om 13:44

    rob,

    geen fabeldieren, maar een concreet tegenvoorbeeld is de ‘antivries’ van die noodpoolvis.

    Trouwens die muizen van jou, komen die ergens anders dan wel voor? Dan is het inderdaad een fabeldier. Inderdaad, ceteris paribus. de discussie is ook niet dat er geen mutaties zouden zijn die geen voordeel op leveren, de discussie is dat natuurlijke selectie alles verklaart.

    Overigens, zijn alle dieren inderdaad zo goed aangepast, en gaat evolutie over perfectie, zoals Darwin aan het eind van OOS beweerde. Heel veel biologen zeggen juist dat dat niet zo is. Evolutie klooit soms maar wat aan, roeit me de riemen (lees genen) die het heeft. Tinkeren wordt dat wel genoemd.

    Trouwens, waarom zitten die pinguins eigenlijk op de zuidpool en niet op de noordpool? Zij ze daar misschien weggeselecteerd? Moet haast wel..😉

    • Rob van der Vlugt april 20, 2015 om 14:51

      Op de zuidpool zitten pinguïns (veel soorten) op de noordpool alken (veel soorten). Op de noordpool zitten beren, wolven en vossen, op de zuidpool niet. Alken hebben er dus goed aan gedaan hun vliegvermogen niet kwijt te raken. Als ze al niet waren opgegeten zouden ze anders erg veel op die rare pinguïns lijken.

  61. leonardo april 20, 2015 om 13:56

    Ik had de aanvechting om dit comment te beginnen met: laten we maar zeggen dat mijn kwartje nog niet bij jullie gevallen is, en dat jullie kwartje nog niet bij mij gevallen is. Maar dat is niet zindelijk discussiëren. Dat is het ene argument tegenover het andere slimmer maken, of omgekeerd.

    Is het alleen taal dat ons hindert?
    Zou kunnen, het geloof in evolutie hebben we allemaal gemeen. Wat zeg ik, bij mij is het een fundamenteel weten.
    Kan het toch ook onzekerheid zijn bij de evolutionist. Veel is niet bekend, er zijn een boel vragen.
    Waarom is er dat boek met die titel. Why evolution is true.
    Waarom staat in het, zeer fundamentele handboek dat ik hier heb een hoofdstuk Evidence for evolution.

    Marleen vertelt ons een theorie over de mens die rechtop is gaan lopen, wat mij betreft een just so story.
    Waarom is dat beest überhaupt uit zijn boom gekomen. Alles wat in de bomen bleef heeft het nog steeds prima.
    Was Koning Leeuw dan niet aan zijn stand verplicht om rechtop te gaan lopen?

    Is dat wel aanpassing wat al die nieuwe soorten hebben gedaan.
    Is de evolutie eigenlijk niet een constante struggle voor/tegen onthechting?
    Geen adaptation maar disengagement processing.

    En dan zou ik nog niet eens weten of ik de idee van gradual of saltational evolution – geen adaptation – moet omarmen.
    Waarom loopt de leeuw nog op vier poten?

    En ineens besef ik dat ik hetzelfde tijdprobleem heb als Darwin. Die had last van de joods christelijke wortels en van zijn gelovige familie. En toen hij daar overheen was gestapt kreeg ie ook nog Lord Kelvin over hem heen.

    Ik moet het doen met de officiële klok van de wetenschap die pas begon te lopen bij de big bang. Terwijl ik daar andere ideeën over heb, waar ik meer zekerheid aan kan ontlenen.
    Ik weet dat er voor de big bang ook iets was, dat parameters vastlegde, en daarmee onze evolutionaire gang, in die ijsklomp die daar samenklonterde en toen weer uiteenspatte: onze big bang. Voor onze big bang was er ook een big bang, een eindeloze rij van big bangs. En in iedere ijsklomp die uit elkaar spatte lagen de parameters opgestapeld van wat er gebeurd was voordat de boel in die ijsklomp samengepropt werd, en van wat er zou gebeuren na het uiteen spatten.

    Op die manier hoef ik geen probleem met gradueel te hebben. Het verklaart waarom de mens ogenschijnlijk zo compleet is, meer big bangs achter zich, de leeuw nog niet op twee benen gaat, minder big bangs achter de rug, en het baarsje van Marleen nog aan brak water moest wennen, hooguit één of twee big bangs achter de rug.
    Zo krijgen adaptation – en selectiedruk! – ook een heel andere dimensie.

    Overigens, dat baarsje gaat nog uitgroeien tot een joekel van een walvis, wat ik jullie brom.
    Ja, zo krijg ik wel een redelijk idee over evolutie.
    Mijn grot van Plato.

    Maar, nu slingeren er bij mij ook een hoop vragen door m’n kop. Het wordt er niet minder gecompliceerd door.
    Laten we maar concluderen dat jullie kwartje bij mij nog niet gevallen is.
    Ook alle andere kwartjes niet, trouwens.
    Vast ook de schuld van de Euro, waarmee het kwartje uit de wettige betaalmiddelen is verdwenen.

  62. Harry Pinxteren april 20, 2015 om 14:10

    Rob, en Marleen.

    “De omgeving speelt daarin een hoofdrol”

    Hoe komt het dat er zoveel verschillende levensvormen in een klein stukje ´omgeving´ bij mekaar leven? Dus in Darwins ‘tangled bank”? Die omgeving is hetzelfde, maar voor al die verschillende organismen, is hij totaal verschillend.

    De Duitsers hadden daar ooit een begrip voor bedacht: Umwelt. Die wordt bepaald (helemaal bepááld, ja) door de genetische make up van het organisme, door al die successieve mutaties. Of iets in de omgeving verschil maakt, zit dus niet zozeer in die omgeving, maar in het organisme.
    Als je, pakweg, geen mutatie voor trichromatie hebt, dan zíe je die lekkere bessen niet eens.

    Als er geen mutaties geweest waren- wat onbestaanbaar is, of wat alleen kan bij dode soorten- zouden alle beestjes exact hetzelfde zijn, zeker in een omgeving die ´de hoofdrol´ speelt. Er zijn dan ook soorten die miljoenen jaren niet veranderen, terwijl andere beesten in hun omgeving wel veranderen. En soms heel snel, zoals wij. Grote veranderingen in pakweg 6 my.

    Neandertalers en onze voorouders hebben duizenden jaren in dezelfde omgeving rondgelopen. Ze hebben zelfs samen gepaard. Toch zijn die neandertal verdwenen. Niemand heeft nog enig idee waarom. Dat wil niet zeggen dat er niet iets was in de ´omgeving´. Maar dat is precies het hele punt: die omgeving was hetzelfde, dus het verschil kon alleen gemaakt worden door hun genoom. S. Paaboo en S. Fisher zijn hard bezig ze te vinden door dna te vergelijken. Ze vinden dus uiteindelijk een verschil: het verschil in het genoom dat het verschil maakte tussen tussen leven en dood. In gelijke omstandigheden dus – ceteris paribus!- want zo mag je de omgeving waarin ze met elkaar paren, toch wel noemen, lijkt me. Maar er was érgens een verschil 🙂

    • Rob van der Vlugt april 20, 2015 om 14:47

      “Hoe komt het dat er zoveel verschillende levensvormen in een klein stukje ´omgeving´ bij mekaar leven?”
      In de natuur blijft niets onbenut. Leemtes raken opgevuld. Als soorten elkaar echt in de weg zitten is de kans groot dat er één verdwijnt. En inderdaad ziet elke omgeving er voor de ene soort totaal anders uit dan voor de andere soort.

  63. Harry Pinxteren april 20, 2015 om 14:13

    leonardo

    heb jij Smolin gelezen???

  64. Harry Pinxteren april 20, 2015 om 14:53

    leonardo en andere eventueel belangstellenden

    over Rabblebits en polar threshers en mutaties en selectie en andere zaken- zo kort mogelijk!

    even bij het begin beginnen: als ik Wagner moet geloven dan zit er een enorme potentie in dat genoom. Iets wat nog verbazingwekkender is: het leven zoals wij het kennen, werkt met 28 elementen. Borium is als laatste vorig jaar ontdekt. Misschien komen er nog een of twee onmisbaar elementjes bij, maakt niet uit. Het is een fractie van het totaal, van alles wat er aan elementen na die supernova explosie is geproduceerd.

    En van dat handjevol elementen maken ze dan alle eiwitten waaruit wij bestaan. Een fractie van het aantal mogelijke eiwitten als ik G. Church moet geloven. En als er een is die het kan weten, dan is hij het wel. En die eiwitten maken ze dan door op verschillende manieren aan mekaar rijgen van in totaal 20 verschillende aminozuren. Ik las laatst dat een gemiddeld eiwit pakweg zo´n 5000 aminozuren heeft. Maar dat een paar van die molecuultjes ook al iets ´kan´. Biologisch dus. Gigantische mogelijkheden kortom, allemaal gecodeerd in een redundante code van 4x4x4 ís 64 – recepten om te stoppen, meegeteld. Duizelingwekkend. Wat ik je maar wil zeggen: het mag een onderhand een wonder heten dat jouw fabeldieren er nog NIET zijn!

    Overigens zijn er ook geen muggen zo groot als een olifant en omgekeerd. Net zo min als er bomen zijn hoger dan 122 mtr. Niet omdat die zijn weggeselecteerd, maar omdat natuurwetten die verbieden. Soms kun je de term natuurlijke selectie dus letterlijk nemen. Bijna: er is niks dat hier ´selecteert´ natuurlijk. Wel iets dat verbiedt. De zwaartekracht bijvoorbeeld.

    Je vroeg je boven hardop af of we misschien door onze natuurlijke taal misleid worden. Ik denk wel door onze metaforen. Ik denk zelfs dat natuurlijke selectie een van de slechtste metaforen is die er in de wetenschap ooit zijn bedacht. Daarom moeten er ook zoveel boeken geschreven worden over het feit dat die toch écht wel ´bestaat´. Daarom vallen ook zoveel mensen over de term darwinisme. (wie de schoen past, trekke hem aan)

    Het gaat niet om het al dan niet relatieve belang van mutaties en selectie etc. Het gaat om de vraag waar al die complexiteit vandaan komt. En vooral, wat mij betreft, hoe het kan dat die alsmaar groter wordt. Tenminste hier, locaal, en dus voor zover we kunnen kijken natuurlijk, en dat is niet zo ver..

    Dus de vraag is: wie heeft die parameters van jou gezet. Of waar komen die vandaan? Zag jij ze misschien toen je Plato´s grot verliet? En weet je wel zeker dat je niet werd verblind zoals de man in het verhaal bijna? Trouwens, zoals de ´breedgeschouderde´ in zijn allegorie ook al opmerkte: het probleem begint pas echt, als je weer terug in die grot komt. Niemand van die armzalig gekluisterden je wil geloven. Niemand kán geloven dat jij het échte licht hebt gezien. Waarom niet? Omdat ze hun hele leven alleen maar naar schaduwen hebben zitten kijken…

    Mooie allegorie: want, uiteindelijk lukt het ons om, net als Plato, BUITEN die grot te kijken, verder dan onze neus lang is. Het licht te zien, in plaats van alleen die schaduwen op het behang. Nou, als DAT geen voorbeeld van natuurlijke selectie is, mag ik hangen! Maar niet heus. Elementen, nucleotiden, aminozuren, eiwitten, de hele chemische mispoge, die iets doet wat ze dan ook nog ´dénken´ noemen! All life is physics. How come? we are nowhere near.. we zitten nog diep onder de grond en het is hier heel duister.

    De rest van je punt komt volgens mij hier en daar in de antwoorden aan Marleen en Rob aan de orde. Dus laat me maar weten waar je het lulkoek vindt.

  65. Harry Pinxteren april 20, 2015 om 15:10

    Rob

    `Als ze al niet waren opgegeten zouden ze anders erg veel op die rare pinguïns lijken.`

    Dat is nou precies het bezwaar tegen dit soort redeneringen. Je kunt altijd voorbeelden verzinnen om het kloppend te maken. Korter en duidelijker dan Woese en Goldenfeld kan ik het niet samenvatten. Beter en uitgebreider toelichten dan ik nu heb gedaan, kan ik ook niet.

    Maar één vraag. Ga nou eens in op mijn argumenten in plaats van weer een nieuwe diersoort te verzinnen die uiteindelijk toch niet blijkt te bestaan, maar die van alles had kunnen doen, als…

    Nicht einmal falsch. Dat is geen wetenschap, Rob.

  66. Harry Pinxteren april 20, 2015 om 15:17

    Rob

    `En inderdaad ziet elke omgeving er voor de ene soort totaal anders uit dan voor de andere soort.`

    hoe zou dat nou komen denk je? Het organisme- het genoom- definieert de omgeving, in sommige gevallen máákt het zelfs die de omgeving, Dawkins noemde dat de extended phenotype. Wat heet extendend? Bijvoorbeeld, in het geval van die paar toevallige mutaties die ons taal gaven- of beter: die bij ons bijdroegen aan onze taalvaardigheid, gegeven de rest van onze genen uiteraard, en die daarom, als je ze bijvoorbeeld in muizen stopt, wat gedaan is, geen gepraat bij muizen opleveren.

  67. leonardo april 20, 2015 om 18:47

    Harry,

    Ik zou het woord “lulkoek” niet in mijn mond durven nemen voor wat jij allemaal te berde brengt. Maar dat ter zijde.

    Eerst even dit.

    Er is één ding waarvan ik heilig overtuigd ben: de tijd achter mij was een eeuwigheid (is de verleden tijd hier op zijn plaats?) en de tijd voor mij is een eeuwigheid.
    Langzaam telt de oude boer zijn kloten, zei Cees Buddingh.
    En het bejaarde, maar bedaarde, universum kan het aantal rondjes dat het gedraaid heeft niet meer bijhouden.

    Van de big bang als fenomeen ben ik niet zeker.
    Dat is niet zo erg. De leeftijd van de aarde wordt, volgens voor mij betrouwbare metingen, eindig geacht. Dus of de aarde uit een big bang is ontstaan, of uit een ander kosmisch ongeluk is niet zo belangrijk.
    De materie die tot de aarde heeft geleid, en dus tot ons, mag je gerecyclede materie noemen. Gerecyclede materie heeft nu eenmaal een geheugen, net als een telefoondraad (van de oude telefoons op je bureau).

    Waar ik heel erg bang voor ben is dat we geologisch, archeologisch en historisch niet door de muur kunnen stappen waarachter dat kosmische ongeluk gebeurde. Dat gaat ons niet lukken.
    De vraag: wie heeft die parameters gezet – kan ik dus niet beantwoorden.
    Betere vraag dunkt mij overigens: hoe zijn de parameters gezet. Ik geloof niet in een “wie”. Hoe dan ook, het zou van hybris getuigen als ik daar over zou gaan speculeren.

    Maar, mijn opmerkingen daarover hebben wel een serieuze bedoeling. We zouden dus moeten accepteren dat er veel meer tijd is geweest dan we denken. Dat betekent dat er minder uitgesloten moet worden dan gewoonlijk gedaan wordt.
    Horatio Pinxteren, herhaal ik nu mijzelf, there’s more than …

    Dat betekent evolutionair gesproken een oproep tot een andere vorm van bescheidenheid: we zullen moeten accepteren dat er grenzen zijn aan ons inzicht. Maar, voor zover we de aarde tot onze beschikking hebben, hebben we tijd zat voor onderzoek, en hoeven we ons niet in te houden.
    We hoeven ons, naar mijn bescheiden mening, ook niet te laten frustreren door de enorme hoeveelheid permutaties van wat voor kleine eenheden dan ook. Ze blijven telbaar, dus als er patroon in zit, zullen we het zeker ontdekken.

    Ik denk dat het impliciete van het verhaal van Plato is dat je die grot niet kunt verlaten. Plato gebruikte de metafoor om aan te geven dat wij, gevangen in dat kleien universum dat wij ons heelal noemen, niet verder kunnen kijken dan onze neus lang is. Dus hij kon niet anders dan in zijn eigen metafoor stappen toen hij er uit stapte, als je begrijpt wat ik bedoel.

    Ten slotte. Het laatste wat ik hiermee wel wil zeggen, is dat ik het grote licht zou hebben gezien. (Ik zeg het voor de zekerheid, maar ik geloof niet dat jij echt wou suggereren dat ik dat beweerd heb.)

  68. Harry Pinxteren april 20, 2015 om 21:54

    leonardo

    nee, suggereerde ik niet, het was ook maar een vraag om je tot verdere gedachten te zetten

    maar. kan ik als tussenstand van onze discussie het zo samenvatten?

    als we kijken naar de big history, ik bedoel BIG, Big bang of niet, we hebben het over BIG, dan is die natuural history bijzaak. En vooral, we hebben al helemaal geen analogieën met kippenhokken en duivenfokkers nodig. Dus biologen terug naar je hok!
    De sterren spreken. natuurlijke selectie? Dat kun je niet serieus menen

    (met excpliciete verwijzing naar de opmerking van Marleen ‘Dat zegt alles”. van april 19, 2015 om 19:08. En mijn reactie ” Als ik goed begrijp wat je hier echt bedoelt, val ik alsnog van mijn stoel.dd april 20, 2015 om 11:54

    Wat ik bedoel, kan ik op nog een andere manier uitleggen- met dank aan al die semantische verwarring en al dat verbale gedoe over ‘natuurlijke selectie’, want het gaat maar door:

    Rob luister je ook even mee, al citeer ik nu Coyne, speciaal voor Marleen:

    ….. Although we evolutionary biologists might describe the polar bear scenario as “natural selection acting on coat color,” that’s only our shorthand for the longer description given above. There is no agency, no external force of nature that “acts” on individuals. There is only differential replication of genes, with the winners behaving as if they were selfish (that’s shorthand, too).
    http://www.thenation.com/article/improbability-pump?page=full

    shorthand. Prima, kan. Maar wie nu nog serieus gelooft dat evolutie niet meer is dan ‘differential replication of genes, with the winners behaving as if they were selfish’ of voor mijn part, genen die zich verspreiden dankzij hun voordeel oid ( de wet van vraag en aanbod zoiets, zie de opmerking van Leonardo over de grabbelton), die moet toch eens wat andere boekjes lezen, zou ik zeggen.

    Big history dat is wat we nodig hebben, geen natte his, laat staan analogieën met kippen- en duivenfokken (Darwin had de analogie trouwens al van Sir John Sebright die hem in 1809 al had opgeschreven).

    Het is wat Leonardo al vaker zei: waarom worden er boeken geschreven als WEIT (Coyne) Dat , zegt genoeg, zou ik zeggen. Dat er in de VS miljoenen creationisten wonen en andere IDiots zoals Moran ze pleegt te noemen,kan en mag geen verklaring zijn.

    Leonardo

    Ik interpreteerde allegorie van de breedgeschouderde (Plato was ook een verdienstelijk amateur worstelaar) optimistischer dan jij. Maat misschien ben ik in het diepst van mijn gedachten eigenlijk wel een platonist,: een ‘crypto platonist’. Net als Wagner😉

    Ja, hoe zijn de parameters gezet? (Grappig dat het enige argument tegen, zich baseert op een kosmisch casino, toeval van multiversionele proporties. String theoretici zeggen dat hun resultaat van 10^500 universa noodzakelijk volgt uit de wiskunde. Hoor ik daar geen Plato!?)😉

    • leonardo april 21, 2015 om 13:10

      Harry, hierboven schrijf je
      De sterren spreken. natuurlijke selectie? Dat kun je niet serieus menen
      Iemand zou de indruk kunnen krijgen dat jij in mijn tekst impliciet of expliciet leest dat de sterren iets over de evolutie zeggen, en dat daarmee astrologen iets over de uitkomst van het proces kunnen voorspellen.
      Ik verzeker graag iedereen: dat is wel het laatste wat ik zou willen, beweren dat dingen in de sterren geschreven staan.

  69. Marleen april 20, 2015 om 23:09

    Dat artikel van Coyne ken ik Harry.

    Voor jou (en leonardo) van dezelfde auteur uit hetzelfde artikel:

    While biologists agree that natural selection is not the only cause of genetic change in populations, the evidence is strong that it’s the only one that can produce the remarkable adaptations of animals and plants to their environment–the elephant’s trunk, the cactus’s spines, the tiger’s fangs and so on–the designlike quality of organisms that, as Darwin put it, “most justly excites our admiration

    Misschien val je alsnog van je stoel:

    As Dawkins observes, “Artificial selection is not just an analogy for natural selection. Artificial selection constitutes a true experimental–as opposed to observational–test of the hypothesis that selection causes evolutionary change.” That’s because both processes inexorably result from genetic variation that is adaptive in the current environment, with the “environment” in one case dominated by humans who decide which individuals get to live and breed…. the kinds of adaptations that we find–and don’t find–in nature are precisely what we’d expect if they were built by natural selection

    Verder:

    All reputable biologists go on to agree that natural selection is one of [evolution’s] most important driving forces, although–as some biologists insist more than others–not the only one.”

    Alleen filosofen die niets van biologie begrijpen (F&P) kunnen beweren dat natuurlijke selectie gewoon fout of onjuist is.

    Bovendien is het vreemd Harry, dat je bijna al je reacties wijdt aan wel mutatie en geen selectie, om dan te concluderen dat het niet om het relatieve belang van mutatie en selectie gaat, maar om hoe complexiteit toeneemt.

    Ook daar geeft Coyne antwoord op:

    natural selection remains the only explanation for the wondrous adaptive complexity of organisms

    Maar Jerry Coyne heeft vast nog niet het licht gezien en gelooft jullie en F&P niet, die wel het licht gezien zouden hebben. Het kan natuurlijk ook net zo goed andersom zijn. Zolang je niet alleen bent in je geloof is er niets aan de hand.

    Neem me de zure toon niet kwalijk, maar Jerry Coyne heeft werkelijk een geweldig artikel geschreven. Het citaat dat je er uithaalt, Harry, heeft niets met mutatie te maken maar met differential reproduction. Wil je daarmee misschien aantonen dat selectie geen rol speelt?

  70. leonardo april 21, 2015 om 13:00

    In een comment aan Marleen (20/4 – 13:40) schreef ik, n.a.v. mijn boude stelling … hoe minder natuurlijke selectie, hoe meer evolutie. het volgende:

    Ik weet, daar is zelfs discussie over in de evolutionist community: zou er zonder natuurlijke selectie meer of minder evolutie/verscheidenheid zijn. Wat op zich een gotspe is.

    Een boude stelling: minder selection, meer evolution. Nee, zegt de theorie.
    Daarover straks.

    Maar dat het een gotspe is dat de evolution community daarover discussieert – dat is zwaar aangezet door mij. Te zwaar, vind ik nu.
    Dat ga ik nuanceren.

    Gotspe suggereert dat de ene helft van de community met de andere helft over straat rolt, of dat het een zware discussie is.
    De feiten zijn:
    – de stelling wordt ontkend in de evolutietheorie, dus: als er geen natuurlijke selectie is, is er ook geen opstapeling van adaptations – volgt logisch uit de stelling dat all adaptation is caused by natural selection
    – er zijn enkele papers die de stelling wel positief behandelen
    – daar is een beetje discussie over
    Een marginaal gebeuren dus.
    Niet iets om van een gotspe te spreken.

    Ik ken de stelling all adaptation is caused by natural selection. Dus hoe kon ik schrijven hoe minder natuurlijke selectie hoe meer evolutie?.
    Wel, die stelling neem ik met een grote schep zout.
    Niet vanwege die paar papers die ik gevonden heb en die anders beweren.

    De ontkenning van de mogelijkheid van evolutie zonder natuurlijke selectie, bevestigt allereerst dat natuurlijke selectie geen metafoor is, maar inderdaad als agent gezien wordt. Immers, het is niet alleen een allesomvattend verschijnsel dat opgevoerd wordt als verklarende beschrijving van ontwikkeling van soorten, nee, het is nu een conditio sine qua non geworden. En dat is toch echt iets anders dan een metafoor.

    Ten tweede levert het een welhaast ondenkbare paradox. Door de struggle overleven de organismes die plezierige aanpassingen hebben, zonder struggle delven die het onderspit.
    Da’s wel een hele rare.

    Ik kan logisch niet verklaren welke wet verhindert dat in een rust uitstralende wereld aanpassingen te voorschijn komen, die bij onrust wel te voorschijn mogen komen, of ten ondergaan in die rust, terwijl ze bij onrust boven komen drijven.

    Het Panglossian Paradigm moet nog maar eens opgepoetst worden. Immers alle nood die de diverse biotopen treft aan onderlinge struggle en externe rampspoed zijn alleen maar goed voor ze, want dank zij dat kan er geëvolueerd worden, en zonder dat is er stilstand.

    Dus, ja: hoe minder natuurlijke selectie, hoe meer evolutie.

    • Harry Pinxteren april 21, 2015 om 13:40

      leonardo,

      ja bedoelde ik. Hij heeft er zelf een samenvatting van geschreven zag ik: http://www.leif.org/EOS/PT-Lee-Smolin-2014.pdf

      evolutie zonder selectie heeft drift. Drift krijg je alleen van mutaties. Zonder slag of stoot. Ze kunnen zich onder de radar van wat in de wandeling ‘natuurlijke selectie’ wordt genoemd in het genoom ophopen en zo voor een nieuw effect zorgen dat zich vanwege zijn voordeel alsnog snel, met een sweep, verspreidt in een populatie, dus een uitgesteld effect, ‘time lag’ noemt Dawkins dat, bijvoorbeeld vanwege verandering van context, in het genoom zelf, of in de omgeving. etc. De discussie in de populatie genetica gaat over het relatieve belang van die twee neutrale evolutie vs natuurlijke selectie. En volgens de voorstanders van beide posities hebben ze allebei gewonnen! Hoe meer strijd, hoe meer wetenschap! ;

    • leonardo april 21, 2015 om 14:42

      dank voor het document, Harry

  71. Harry Pinxteren april 21, 2015 om 13:28

    Marleen

    als het je niet duidelijk is wat dat citaat van Coyne zegt, moet je het héle artikel nog eens goed lezen, dan lees je ook:

    “natural selection’… that’s only our shorthand for the longer description given above’.

    Steno dus. En wat is die langere beschrijving? Dat is Coyne’s uitleg over wat je onder natuurlijke selectie dient te verstaan (en waar we het ook al vaker over hebben gehad):
    It is neither a “law” nor a “mechanism.” It is, instead, a “process”–a process that is inevitable if two common conditions are met. Namelijk: 1. variatie/mutatie en 2. verschil in replicatiesucces (wat het verschil tussen die twee is zegt Coyne er typisch niet bij)

    En Coyne legt het allemaal nog eens uit door te benadrukken wat natuurlijke selectie vooral NIET is in de passage die ik juist daarom citeerde: ‘There is no agency, no external force of nature that “acts” on individuals. There is only differential replication of genes’.

    Die opmerking haal ik aan omdat wij, en mn Leonardo, het namelijk al blogs lang hebben over dat punt van ‘agency’ en over vermeende ‘external forces’. Rob heeft het zelfs over de “omgeving die de centrale rol speelt”.

    Natuurlijk ziet Coyne evolutie als een populatiefenomeen, als een proces, dat je krijgt als er aan twee condities is voldaan. Natural selection is the differential survival of succesful genes rather than alternative, less succesful genes in gene pools Dawkins, Greatest show on earth, 209,248. Ik ken de mantra’s, ik Marleen, de standpunten, ik volg Coyne en Dawkins al jaren, dus die moeite kun je je besparen.

    Daarom in plaats van autoriteiten te citeren, en te melden dat Coyne een geweldig artikel heeft geschreven 1), zou je misschien beter eens kunnen proberen te argumenteren, Bijvoorbeeld, door in te gaan op mijn vragen en op mijn voorbeelden. Dwz in te gaan op mijn antwoorden op jouw vragen zoals over de neandertalers. Of leg me uit wat er nou niet klopt aan die kritiek van Woese. Of neem een ander punt. Keus genoeg.

    Wat die stoel en verdere punten betreft. Eerst deze maar, zou ik zeggen,

    1) zullen we eens ingaan op de repliek van FP en van anderen, die laat zien dat Coyne’s artikel niet zo geweldig is als jij denkt en dat hij hier en daar te zeer de retorische trukendoos opentrekt?

  72. leonardo april 21, 2015 om 14:48

    Marleen, Harry

    Harry zegt hierboven: evolutie zonder selectie = drift en komt alleen van mutaties.
    Maar, voor zover ik het begrijp, adaptations zijn van een hogere orde dan mutaties, en evolutie wordt vooral door adaptations “gekleurd” of “opgeleukt”.
    Ik ben er van overtuigd dat er ook zonder natural selection adaptations komen.

    Correct me if I’m wrong.

  73. Marleen april 21, 2015 om 18:01

    Leonardo,

    jeroen gebruikte het woord metafoor, misschien omdat Darwin in zijn tijd veel minder evidence voor evolutie had dan wij nu. Nu hebben we experimenteel bewijs voor evolutie de processen die daaraan ten grondslag liggen.

    Jeroen zei:

    Er valt, volgens mij, goed te verdedigen dat de selectie in “natuurlijke selectie” door Darwin als metafoor bedoeld was om het proces te verhelderen dat in de natuur de rol speelt van selectie door een rassenkweker.

    Dan schrijf je:

    Door de struggle overleven de organismes die plezierige aanpassingen hebben, zonder struggle delven die het onderspit.

    Ik begrijp niet wat je hier bedoelt. Aanpassingen zijn altijd ‘plezierig’ precies omdat ze door het proces van natuurlijke selectie gegaan zijn. Zonder struggle (zonder ns?) hoeven deze aanpassingen toch niet per se het onderspit te delven? Zonder ns, zouden er geen aanpassingen zijn, er zou alleen variatie zijn, in het wilde weg. Alles dat je maar kunt bedenken. Het ‘plezierige’ aan deze aanpassingen komt voort uit selectie. Het bijvoeglijk voornaamwoord, plezierig of voordelig kun je alleen gebruiken dankzij selectie.

    Maar je hebt gelijk dat spandrels voordelen kunnen bieden. Misschien zijn ze wel neutraal en zou je er op statistische wijze naar moeten kijken. Af en toe blijken ze een voordeel op te leveren en andere keren waarschijnlijk niet.

    Een aanpassing is zoals het woord zelf zegt een gevolg van natuurlijke selectie, want waar past het organisme zich anders aan aan. Een spandrel is een ‘soort’ bijwerking van andere aanpassingen en kan voordelig uitpakken

  74. Rob van der Vlugt april 21, 2015 om 18:37

    “It is neither a “law” nor a “mechanism.” It is, instead, a “process”–a process that is inevitable if two common conditions are met. Namelijk: 1. variatie/mutatie en 2. verschil in replicatiesucces (wat het verschil tussen die twee is zegt Coyne er typisch niet bij)”

    Nee, het verschil zegt Coyne er niet bij.
    Hij zet de punten wel in de juiste chronologische volgorde. Variatie onstaat namelijk aan de lopende band, elke geboorte vergroot de variatie immers. Slechts als een variant beter in staat is tot voortbrengen van nageslacht dan de soortgenoten zou je kunnen gaan denken aan het startpunt van een selecteerbare eigenschap.

    En als ik denk aan een ijsbeer, een dolfijn, een blauwe vinvis, een vleermuis of een mol denk ik inderdaad dat de omgeving een sleutelrol speelt in het proces dat deze dieren hun uiterlijk en tal van andere eigenschappen heeft bezorgd. Ik neem in mijn overweging dan mee dat deze dieren allen één gemeenschappelijke voorouder hebben die 100 miljoen jaar geleden rond struinde en voortdurend op zijn hoede moest zijn voor een akelig fitte dinosaurus wiens menu uit kleine knaagdierachtigen bestond.
    Natuurlijke selectie verklaart niet alles, maar wel elke verandering die soorten voor uitsterven hebben behoed.

  75. Marleen april 21, 2015 om 22:24

    Harry,

    Lijkt het je niet dat jij met citaten aankwam? Daarom antwoordde ik met citaten
    Ik kan niet op al je opmerkingen ingaan over wie wat gezegd zou hebben. Je zult zo onderhand, net als ik, ook inzien dat iedere bioloog, evolutiebioloog, EPer, filosoof er een heel eigen mening op nahoudt voor wat betreft de mechanismen en wetten van de evolutietheorie.

    Allereerst, de ‘omgeving’ is alles rond het genoom, dus: niet alleen land, lucht en water, maar ook de andere organismen, (de biotoop), andere cellen, en de hele moleculaire fabriek in de cel.

    Nu heb je het weer over genetic drift waar mutaties aan ten grondslag liggen die variatie oplevert die vervolgens door de populatie sweept. Dat is niets nieuws, is een open deur, waarvan ik al tien keer zei dat dat geen punt is voor mij, en dat ik het daar mee eens ben. Denk je soms daarmee origineel te zijn? Denk je dat dat zo onderhand ook niet een mantra geworden is? Genetic drift is vast heel belangrijk. Het punt is dat jij het in die context hebt over voordelige variatie of voordelige genen.

    Je schrijft immers:

    Ze kunnen zich onder de radar van wat in de wandeling ‘natuurlijke selectie’ wordt genoemd in het genoom ophopen en zo voor een nieuw effect zorgen dat zich vanwege zijn voordeel alsnog snel, met een sweep, verspreidt in een populatie, dus een uitgesteld effect, ‘time lag’ noemt Dawkins dat, bijvoorbeeld vanwege verandering van context, in het genoom zelf, of in de omgeving.

    Waar blijkt dat voordeel uit. Wat noem jij voordelig. Een gen of allel dat de survival bevordert? Dan heb je het toch over natural selection? Dat proces bepaalt welke organismen overleven. Van die organismen kunnen wij het DNA bekijken en zeggen, ja dat is een voordelige mutatie geweest, want zorgde er voor, bijvoorbeeld dat de nieren van stekelbaarsjes veranderden terwijl zij in brak water terecht kwamen. Ook het voorbeeld van Coyne van de mutatie voor een witte vacht bij de beer is heel duidelijk een voordeel gebleken. Inderdaad achteraf. Maar dat is nu eenmaal hoe we naar evolutie kijken, ook die van het heelal waar we ook terug in de tijd kijken.

    In dat verband lijkt het me interessant om in te zoomen op de passage mutatie, variatie, differential reproduction waar Coyne het over heeft:

    “First, some genes must harbor variation because of mutation; and second, some of those mutant genes must be better at replicating than others–usually because they improve the survival and reproduction of their carriers. Suppose, for instance, that the brown-colored ancestors of the polar bear included some carrying mutations in “pigment genes” that gave them lighter coats. These mutant bears would have an advantage: being more camouflaged in the snow than their darker confreres, they’d be able to sneak up on seals more easily and so get more to eat. Because well-fed individuals leave more offspring, over time the bear gene pool would become increasingly enriched in light-color genes. Eventually the species would evolve the familiar white polar bear coat. And this is the way, we think, that all organisms acquire that appearance of “design” that, before Darwin, was attributed to God.”

    Ik zou zeggen lees jij het artikel nog eens goed.

    Because they improve the survival and reproduction. Dat ‘improve’ is total afhankelijk van de omgeving. Want ook hier krijg je te maken met wat differential reproduction precies inhoudt. Het betekent dat een aantal organismen binnen een populatie een erfelijk kenmerk (fenotype) heeft dat er voor zorgt dat ze een voordeel hebben over andere organismen. Ook hier is het de omgeving die bepaalt wat het voordeel is. Dus opnieuw natural selection ook wanneer het gaat om differential reproduction. Maar dat wist je blijkbaar al.

  76. Marleen april 21, 2015 om 22:50

    Harry,

    als je over F&P wilt discussiëren, laat dan even weten over welke kritiek van hen op Coyne het gaat.

  77. leonardo april 22, 2015 om 10:48

    with NS no evolution

    Ik denk dat als dat essay over perception of natural selection er moet komen, dit wel eens de titel zou kunnen worden. Het kan in ieder geval als werktitel dienen, om bij de les te blijven bedoel ik, voor het work in progress. Zo moet ik het wel zien, want eenvoudig wordt het niet.

    Dit is geen provocatie, en ook geen fout statement in een developmental biology program:
    : IF NATURAL_SELECTION
    : THEN NOT EVOLUTION
    Maar vanmorgen vroeg, in mijn bedje, realiseerde ik me dat ik het beste argument tegen NS vergeten was.

    Ik had wel vier andere argumenten. Helaas, Marleen herhaalt wel wat Jeroen zegt over metafoor, maar schuift terzijde dat het een conditio sine qua non is. Ze laat de paradox, dat een aanpassing, sterk genoeg om de struggle aan te gaan met alles en iedereen, in een rustige tijd ten onder gaat, voor wat ie is. En ik hoor niet welke wet, of welk proces, dat bewerkstelligt. Als ik het panglossian paradigm wil proeven komt Marleen met spandrels.

    Dat werkt dus niet.
    Behalve dan dat ik hoor: zonder NS geen aanpassingen.

    Wat NS is wordt mij niet meegedeeld. Dat ligt niet aan Marleen, dat ligt aan de paradigmatische achtergrond.
    Barton c.s. – ik zal maar verklappen welk handboek ik (o.a.) hanteer – zegt in de glossary: the process by which genotypes with higher fitness increase in frequency in a population.
    De inhoudsopgave zegt dat er ook een definitie is, die als volgt gaat: the gradual accumulation of variations that arise by chance and that are preserved because they aid the survival and reproduction of their carriers.

    Dat is geen definitie. Dat is op zijn best een resultaatbeschrijving.
    Ik heb een beetje rondgeneusd – ik ga verder neuzen hoor, dit blijft allemaal nog falsifieerbaar – of er een inventarisatie van fenomenen is die dat proces tot stand brengen en in stand houden – dus de kenmerken van wat “proces” genoemd wordt die de metafoor handjes en voetjes geven, zeg maar.
    Niente.

    Wel, zeg ik op mijn beurt dan: met NS geen evolutie. Want waar kan het eerste Eukaryootje, en het tweede en het derde vandaan gekomen zijn. Als ik die gastbijdrage ga afleveren, zal ik de logica van dit statement nader uitwerken, maar ik neem aan dat die zich wel opdringt: er is nog geen biotoop die selectiedruk veroorzaakt, en er is nog niks geaccumuleerd, dus er is nog niks dat de survival and reproduction of the carriers support.
    Om maar niet te spreken van de struggle for life die volkomen afwezig is: geen haantjes de voorste die wegdrukken, geen predators. Geen adaptation die de mogelijkheid geopend hebben om de voorste te kunnen of te willen zijn, of om te kunnen of te willen jagen.

    Sorry Rob, maar ik schrijf NS nu met hoofdletters. Puur om te refereren aan YHWH, de kapitalen die de Israëlieten gebruikten om verder onbegrepen natuurverschijnselen aan te duiden.
    De wegen van YHWH waren ondoorgrondelijk (en zelden aangenaam, voegt Bob den Uyl daar aan toe).
    De wegen van NS zijn, voor mij althans, ook (nog) ondoorgrondelijk. Marleen (e.a.) heeft daar nog geen licht op doen schijnen. (Dat kan aan mij liggen hoor!)
    Volgens mij zijn die wegen dan ook heel onaangenaam. Zoals de uitverkiezende genade van YHWH helemaal geen pretje is.

    Vertrouw maar op God, zeiden de mij opvoedende zusjes, als ik weer eens een moeilijke vraag stelde. (Mijn vader zei daar niks over, mocht ik het in mijn hoofd halen om niet op God te vertrouwen, dan deed zijn harde hand het werk.)
    Maar de catechese, die ik als iets groter jongetje plichtsgetrouw moest ondergaan, leerde mij wel wat.
    Wat verstaat gij door de voorzienigheid Gods
    De almachtige en alomtegenwoordige kracht Gods, door welke Hij hemel en aarde, mitsgaders alle schepselen, gelijk als met Zijn hand nog onderhoudt, en alzo regeert, dat loof en gras, regen en droogte, vruchtbare en onvruchtbare jaren, spijze en drank, gezondheid en krankheid, rijkdom en armoede, en alle dingen, niet bij geval, maar van Zijn Vaderlijke hand ons toekomen

    Zoiets zou er ook moeten zijn voor NS denk ik dan.
    “De almachtige en alomtegenwoordige kracht van NS door welke het gebeuren alzo onderhouden en geregeerd wordt dat archaea en bacteria, wat vliegt en zwemt, wat op twee benen en op vier poten gaat, wat groen zoekt en vlees jaagt, zuurstof en koolzuur, en alle dingen, steeds bij geval, uit zijn scheppende kracht ons toekomen.”

  78. Marleen april 22, 2015 om 17:36

    Leonardo,

    Je schrijft hierboven het volgende over mij:

    “Ze laat de paradox, dat een aanpassing, sterk genoeg om de struggle aan te gaan met alles en iedereen, in een rustige tijd ten onder gaat, voor wat ie is. En ik hoor niet welke wet, of welk proces, dat bewerkstelligt. Als ik het panglossian paradigm wil proeven komt Marleen met spandrels.”

    Eerlijk gezegd zie ik de paradox niet. Als er geen ‘struggle’ of ns is (en dat heb ik nu al tig keren herhaald), iets dat niet voor te stellen is, maar we doen ons best, dan is er hooguit variatie, eventueel meer variatie, maar wat zal ontbreken zijn aanpassingen, er zal ook geen toename van complexiteit zijn. Meer variatie betekent niet meer evolutie. Meer evolutie betekent toename van complexiteit.

    De redenering betreffende de spandrels is dat niet alles dat deel uitmaakt van een fenotype ook een aanpassing is. En dat was nu precies het punt van het panglossian paradigm.
    Dan schrijf je:

    Wel, zeg ik op mijn beurt dan: met NS geen evolutie. Want waar kan het eerste Eukaryootje, en het tweede en het derde vandaan gekomen zijn. Als ik die gastbijdrage ga afleveren, zal ik de logica van dit statement nader uitwerken, maar ik neem aan dat die zich wel opdringt: er is nog geen biotoop die selectiedruk veroorzaakt, en er is nog niks geaccumuleerd, dus er is nog niks dat de survival and reproduction of the carriers support.
    Om maar niet te spreken van de struggle for life die volkomen afwezig is: geen haantjes de voorste die wegdrukken, geen predators. Geen adaptation die de mogelijkheid geopend hebben om de voorste te kunnen of te willen zijn, of om te kunnen of te willen jagen.

    Ook het volgende heb ik hier al verschillende keren moeten schrijven. Er is wel degelijke competitie en dus selectie nog voordat er überhaupt cellen zijn. Men gaat er van uit dat de eerste macromoleculen competitie met elkaar aan gingen als gevolg van verschillen in replicatiesnelheid en stabiliteit. Deze verschillen kunnen inherent geweest zijn aan de code zelf of kunnen te maken hebben gehad met pH en T van de omgeving, of het voorhanden zijn van precursoren. En dan, voor dat er een cel is, laat staan een eukaryoot, is er heel wat geselecteerd, de lipiden voor de membranen, de eerste eiwitten, en ga zo maar door.

  79. leonardo april 23, 2015 om 09:45

    Marleen,

    “Ongemerkt” – niet onopgemerkt – is de discussie verschoven van mutabiliteit naar natural selection. En daar zou ik een stuk over schrijven. Laat ik dat eerst doen, want zo wordt het toch een beetje heen-en-weer-praat.
    Ik herhaal graag mijn uitnodiging aan jou om mee te denken. So wie so ben je toch betrokken, want ik zal het met genoegen op jouw blog zetten. Ik zal je het work in progress graag voorleggen.
    NB Die uitnodiging geldt ook (nog steeds) voor de anderen.

    Ter afsluiting, een paar kleine opmerkingen nog.

    Uiteraard werkt de paradox niet, is onnavolgbaar voor hen die er heilig van overtuigd zijn dat natural selection dé scheppende kracht achter adaptations zijn.

    Spandrels zijn als architectonische elementen de metafoor voor de functie van (sommige) bouwstenen van de evolutie. The panglossian paradigm zegt iets over de manier waarop die bouwstenen geïnterpreteerd worden.
    Ik bedoelde je gedachten naar het interpreteren te leiden, niet naar de bouwstenen zelf.

    Beweren dat alleen natural selection adaptations kan bewerkstelligen is ongeveer analoog, en wetenschappelijk gesproken net zo gevaarlijk, als beweren dat er geen zwarte zwanen zijn, omdat je alleen maar witte zwanen hebt gezien.

  80. Harry Pinxteren april 23, 2015 om 13:33

    marleen en verder iedereen

    Je kunt niet op al mijn opmerkingen ingaan, over wie wat gezegd zou hebben, maar je kunt me wel antwoorden met weer méér citaten.

    Ik voer bijv 13, 13:45, april 20, 11:54 en april 20, 14:10 inderdaad ook een paar citaten op. Maar die zijn dus bedoeld om aan te geven hoe ànderen – dan Coyne cs- er over denken/dachten. Ze zijn name ook bedoeld om te laten zien dat ik hier geen potje doe-het-zelf-filosofie probeer te verkopen, zoals je suggereerde. Maar ze zijn vooral bedoeld om je te laten zien dat ik onderhand wel begrijp wat jij bedoelt, zodat je jezelf niet steeds hoeft te herhalen,

    Zo blijf je bijvoorbeeld maar herhalen dat drift iets triviaals is, een open deur. Tegelijk zeg je april 21, 2015 om 22:24.: “Because they improve the survival and reproduction. Dat ‘improve’ is total afhankelijk van de omgeving.” Precies. Onafhankelijk. (Dat punt van onafhankelijkheid dat Gould met name zo benadrukte, heb je eerder bestreden als niet relevant, of als ik me goed herinner als onzin).

    En ja, dat een verbetering een verbetering is, betwist hier niemand. Dus dat die zich daarom in een populatie zal verspreiden, ook niet. Spencer zei dat al (maar dat citaat heb je kennelijk niet gelezen. Ik bedoel maar). Zelfs betwist niemand het dat dat verspreiden dan sneller gebeurt dan wanneer mutaties neutraal zijn. ‘Een gen of allel dat de survival bevordert? Dan heb je het toch over natural selection?’ Inderdaad, dan hebben we het over ‘Short hand’, zoals Coyne zegt. Want het draait om die onafhankelijke verbetering(en). ofwel om 1. variatie/mutatie en 2. verschil in replicatiesucces, de condities voor wat je met steno natuurlijke selectie kunt noemen’

    Zover ik weet is er buiten Lenski geen voorbeeld dat daar zo grootschalig mee experimenteert. Lenski, weet het ook allemaal niet zeker. Maar desgevraagd merkt hij over zijn resultaten op-

    “It must have been like the colonization of land by proto-tetrapods,” letterlijk een geval van arrival vóór survival. http://www.nature.com/news/2010/100217/full/463864a.html :

    Er waren drie mutaties vóór de laatste, die de grote doorbraak gaf. Het effect van een mutatie is dus volgens hem vooral afhankelijk van epistase. De genetische makeup van het organisme is belangrijk, wil er een effect kúnnen zijn. Eén mutatie is geen mutatie, zou PZ Meyers zeggen. Het gaat om de context. Mutaties kunnen daarom ‘ongezien’ accumuleren zonder dat ze een ‘zichtbaar’ voordeel hebben, en zo kan uiteindelijk één kleine mutatie een groot effect hebben. Dus, nieuwe functionaliteit die de richting bepaalt van de selectie, in plaats van andersom. Non-randomness komt dus niet uit die ‘external force of nature that “acts” on individuals, zoals Coyne het ook nog eens uitlegt. Die komt vooral uit het organisme: op de een of andere manier lukt dat- sommige organismen wel, en sommigen niet.

    “En inderdaad ziet elke omgeving er voor de ene soort totaal anders uit dan voor de andere soort.” Klopt Rob! Een voorbeeld heb ik al eerder gegeven: de neandertal. Wat was nou het verschil in omgeving met die van onze vooruoders? Ze hebben nb nog samen gepaard. Wat zorgde dan voor de selectie? Wat kon natuurlijke selectie hier ‘zien’ – dat wij het verschil niet zien, wil niet zeggen dat het niet bestaat, alleen wat het verschil (‘in de omgeving’) maakte, zal door genetische verschillen zijn bepaald. En niet andersom. En dat maakt een heel groot verschil.

    Een ander voorbeeld is die kolonie van Lenski. Interessant punt- in verband met zijn uitgebreid verwijzen naar Dawkins. Voor Coyne bewijst Lenski niet dat er zo nieuwe soorten ontstaan. Het begrip soort is namelijk nogal diffuus, en dat zou volgens Coyne vooral gelden in het geval van bacteriën. Maar geldt dat argument dan ook niet in het geval van de fokkers van Dawkins? Waarom leveren die wel het experimentele bewijs van macroevolutie en Lenski niet? Is het begrip soort voor honden en katten, etc zoveel duidelijker, maken fokkers nieuwe soorten, in plaats van alleen de genetische variaties binnen een soort ‘zichtbaar’ te maken? In a Fisher model, this would amount to teleportation to a new adaptive sphere, zo vatte Nature de conclusie van Lenski samen. Voor Coyne cs onverteerbaar, want vergelijkbaar met de terugkeer van het ‘hopeful monster’.

    Leonardo (en Marleen en Rob)

    “Ik ben er van overtuigd dat er ook zonder natural selection adaptations komen.Correct me if I’m wrong.”

    Mutationisten en neutralisten zullen je vast niet corrigeren. Alleen gradualisten. Maar gradualisme is niet het primaire mechanisme van evolutie: Zelfs point mutaties kunnen grote fenotypische effecten hebben. Ook daar kennen we intussen voorbeelden van. Zie bijv het muizenonderzoek van Schreiweis et al (ook al eerder genoemd).

  81. Harry Pinxteren april 23, 2015 om 13:41

    leonardo

    “Iemand zou de indruk kunnen krijgen dat jij in mijn tekst impliciet of expliciet leest dat de sterren iets over de evolutie zeggen, en dat daarmee astrologen iets over de uitkomst van het proces kunnen voorspellen”.

    zo lees ik je tekst niet hoor, niet impliciet en niet expliciet. Maar je had het over die parameters en andere grote zaken, sterren en zo, waar de Big History ook over gaat. Min opmerking dat sterren spreken, moet je lezen als ‘sterrenstof spreekt’. Wij zijn immers (sterren)stof.. en de vraag blijft wat natuurlijke selectie daar duidelijk over kan maken, een vraag die al door Huxley- Thomas- werd gesteld- in iets andere woorden: hoe kan het dat materie gevoelens kan produceren? Of inzicht in de afstelling van bepaalde parameters… of.. nou ja vul maar aan.

  82. Marleen april 24, 2015 om 16:12

    Leonardo,

    Je leidde mijn gedachten wel degelijk naar de interpretatie van het panglossian paradigm. Het komt erop neer dat niet alle kenmerken van een organisme adaptaties zijn. Er is zeker geen scherpe lijn te trekken tussen wat wel adaptaties zijn en wat niet. Maar je kunt niet ontkennen dat er erg veel aanpassingen geweest moeten zijn in de geschiedenis van de evolutie. Dit doet niets af aan feit dat van die kenmerken die werkelijke aanpassingen zijn, als gevolg van natuurlijke selectie tot stand zijn gekomen.

    Ik zou willen voorstellen dat je in je nieuwe post laat zien hoe adaptaties tot stand kunnen komen zonder selectie, daarbij rekening houdend met het feit dat ‘aanpassing’ betekent dat het organisme zich aangepast heeft. Waaraan heeft het zich volgens jou aangepast, rekening houdend met het feit dat de omgeving niet slechts de biotoop maar ook land, lucht en water, andere organismen, andere cellen, en de hele moleculaire fabriek in de cel is.

  83. Marleen april 24, 2015 om 16:29

    Harry,

    je schrijft:

    Inderdaad, dan hebben we het over ‘Short hand’, zoals Coyne zegt. Want het draait om die onafhankelijke verbetering(en). ofwel om 1. variatie/mutatie en 2. verschil in replicatiesucces, de condities voor wat je met steno natuurlijke selectie kunt noemen’

    Vat je nu alleen samen wat Coyne zegt of ben je het daar ook mee eens. Dan zijn we het ook eens. Want als jij akkoord gaat met de stelling dat het verschil in replicatiesucces bepaald wordt door natuurlijk selectie, dan zijn we eruit.

    Ik ga je link nog lezen. (Ik heb wat last van tijdgebrek). En kom eventueel terug.

    Tot slot een citaat uit OOS, de introductie, waarin natuurlijke selectie wordt samengevat en betrekking heeft op het individu.

    As many more individuals of each species are born than can possibly survive; and as, consequently, there is a frequently recurring struggle for existence, it follows that any being, if it vary however slightly in any manner profitable to itself, under the complex and sometimes varying conditions of life, will have a better chance of surviving, and thus be naturally selected. From the strong principle of inheritance, any selected variety will tend to propagate its new and modified form.”

  84. Harry Pinxteren april 24, 2015 om 18:30

    Marleen,

    Dat voordelen onafhankelijk ontstaan, is cruciaal, anders krijg je een cirkel (zie discussie over Gould, zie ook de commentaren van Arno).

    Dat natuurlijke selectie een soort steno is, een naam, dat heb ik al eerder beweerd. Zoiets als ‘warmte’, zie de opmerkingen van Fisher (boven). Nu noemen we zoiets een emergentie.

    Dat ns daarmee is bepaalt, dat het iets doet, een mechanisme is of een proces, dat is iets wat Leonardo en ik al lang betwist hebben

    En nog zo een paar van die dingen

    Jij gebruikte voor ns ooit de metafoor ‘zichtbaar maken’. Prima. Maar dat zichtbaar maken dat is geen aparte instantie, zelfs al gebeurt het door een aanwijsbare factor- wat zelden het geval is. Zie voorbeelden boven.

    Nick Lane gebruikt trouwens bij voorkeur de metafoor van testen. Maar zoals bij IQ tests- en andere tests- wordt de score niet bepaald door het resultaat (dat is een circulaire ofwel operationele definitie), maar door datgene wat er aan voorafgaat, waardoor je ueberhaupt een score = het aantal goede antwoorden= haalt. Dus door iets (vaags) wat we in de wandeling ‘intelligentie’ noemen. Psychometrici hebben het dan ook over ‘latente trek’. Die kun je niet direct waarnemen. We kunnen nog te weinig zien als we in het hoofd van iemand kijken terwijl hij een testitem beantwoordt, dus maken we een schatting van wat daar gebeurt op basis van wat er uitkomt, de output. Maar die output zegt niks over wat er in dat hoofd feitelijk gebeurde. Reverse engineering werkt hier niet. Ook niet moet ik zeggen, want zoals Leonardo niet moe wordt te benadrukken, het werkt ook niet als het gaat om evolutie door ns.

    In het geval van IQ bepaalde de ‘latente trek’ de score op de test, en niet andersom. Dat is de omkering die ik steeds zie als het gaat om ns: de output bepaalt niet het voordeel, maar het voordeel – dat dus onafhankelijk is ontstaan, door random mutaties, dat bepaalt het resultaat, de score in nageslacht oid. Een goeie analogie laat (niet alleen) volgens mij, ook altijd zien waar hij níet meer opgaat. In een woord: we kunnen veel beter in het genoom kijken dan in hersens. En we kunnen veel beter experimenten doen met het genoom dan met hersens.

    Dat onderzoek van Schreiweis dat ik al een paar keer noemde, is een voorbeeld- overigens gaat dat over genmanipulatie én over hersens (leren). Het gaat de goeie kant uit!😉

  85. Marleen april 25, 2015 om 15:03

    Harry,

    Een heel interessant artikel uit Nature. Dankjewel voor het plaatsen

    Ik vind je conclusie naar aanleiding van dit artikel wat overdreven.
    Je schrijft naar aanleiding van deze zin uit het artikel.

    “It must have been like the colonization of land by proto-tetrapods,” letterlijk een geval van arrival vóór survival.

    Sinds wanneer is de kolonisatie van land door de proto-tetrapods een geval van arrival voor survival? Ik denk dat Lenski eenvoudigweg wilde stellen dat de mutatie naar Cit+ een heel onwaarschijnlijk en uniek gebeuren is.

    Dan:

    ‘Nieuwe functionaliteit die de richting bepaalt van selectie’, …..
    Non-randomness komt dus niet uit die ‘external force of nature that “acts” on individuals, zoals Coyne het ook nog eens uitlegt. Die komt vooral uit het organisme: op de een of andere manier lukt dat- sommige organismen wel, en sommigen niet.

    Doel je soms op de organismen in dit artikel die veelal mutatie vertonen van dezelfde genen? Dat lijkt te maken te hebben met een voorkeur van transposonen voor bepaalde regulatiegenen. Dat zou ik willen weten, hoe transposonen een voorkeur kunnen hebben voor bepaalde sequenties.
    Het mooiste stukje uit dit artikel lijkt me de volgende alinea:

    Ara-3 now essentially had biodiversity. As the new Cit+ clique gorged itself with citrate, it became less interested in glucose, leaving space for a 1% minority of Cit− glucose experts, which now discretely coexist in the same vial. This is remarkable, Lenski says, because the total absence of sexual reproduction, or any form of horizontal DNA transfer, in his experiment normally leads to a no-prisoners-taken mode of evolution, in which the best genome of the moment forces all others to extinction — a phenomenon called clonal interference. From the moment they stop competing for the same resources, however, species can coexist, a principle thought to force the tree of life to fan out1.

    (Je laatste reactie beschouw ik als een overdenking van een en ander en ik hoef daar geen commentaar op te geven.)

  86. Harry Pinxteren april 27, 2015 om 12:29

    Marleen,

    letterlijk of figuurlijk, die voorlopers van vierpotigen (net als dat visje waar je ook over geblogd hebt) moesten wel eerst aan land wilden ze ueberhaupt in hun nieuwe habitat kunnen overleven. Toch? En die genen die ze daar voor nodig hadden, waren duidelijk niet geselecteerd aan, nou ja aan land dus. Maar in het water. Dus wat was nou de natuurlijke selectie?

    Ok steno.

    Daar zijn we het intussen wel over eens denk ik. Maar dan mag je ns nooit meer een kracht noemen, of suggeren dat er ´iets´ aan het zeven is- of dat er een andere analogon van de kippenfokker aan het werk is. Enfin, ik begrijp dat Leonardo er nog over gaat bloggen

    De discussie blijft maar spelen. De laatste tijd ook weer als het over ons gaat. Wat was het verschil in ´omstandigheden´ tussen onze voorouders, Cro Magnon en de Neandertaler? Ze hebben nota bene nog samen gepaard. Het verschil zat hem duidelijk alleen in het DNA. Zelfs al ´veranderde de omgeving plots, voor onze voorouders maakte dat kennelijk geen verschil. Voor de Neandertalers wel. Paaboo cs zullen het tzt vinden, ze zullen het weten aan te wijzen waar het in hun dna zat. Maar voor mijn part noem je het natuurlijke selectie!

    Hoe dan ook: vast staat nu al dat het verschil in dna heel klein moet zijn geweest. Maar de gevolgen waren gigantisch. Want zo kun je het wel noemen. Een klein verschil kan grote gevolgen hebben. Daar zijn zeker in het geval van onze soort veel meer voorbeelden van.

    En het verschil tussen dodelijke competitie en co-existentie zit bij bacteria kennelijk ook in een klein dna hoekje.

    Ik zag net dat Lane het 48 keer over mutaties heeft, en 49 keer over natural selection. Ook short hand? -)

  87. Rob van der Vlugt april 27, 2015 om 16:13

    Harry,

    Zou je mij kunnen vertellen in welke termen mensen, die natuurlijke selectie zien als belangrijke factor in het tot stand komen van de grote diversiteit van het leven op aarde, zich wel mogen uitdrukken als zij de effecten van natuurlijke selectie willen beschrijven ?

  88. Marleen april 27, 2015 om 23:02

    Harry,

    Nick Lane, niet zomaar de eerste de beste, is (tot nu toe) een echte ‘selectionist’.
    Hij gebruikt natural selection voortdurend in zijn verhaal als verantwoordelijk voor de verschillende kenmerken.

    Hij schrijft bijvoorbeeld:

    Selection of the best-adapted traits means loss of the less well-adapted traits, so selection continuously eliminates intermediates.

    De vissen die aan land gaan doen dat natuurlijk heel gradueel. Eerst vinden ze voedsel op laag water, het tij zorgt ervoor dat het water daar af en toe lager staat, enz. je weet het vast wel wat daar de verklaringen voor zijn.
    Zo ook met de stekelbaarsjes in brak water. Hoe wil je het anders verklaren? Dat er een genetische verandering is, waarna de genetisch veranderde stekelbaarsjes zich plots in zoet water bevinden en daar toevallig ook nog eens de juiste ‘aanpssingen’ bezitten. Dat kan toch niet. Het kan niet anders dan een samenspel zijn van mutatie en selectie.

    Natuurlijk kan een kleine mutatie grote gevolgen hebben. Er is niemand die daar aan twijfelt.

  89. leonardo april 28, 2015 om 11:58

    Marleen, als ik even in mag breken.

    Nick Lane, niet zomaar de eerste de beste …
    ’t Zal best.
    Je laat hem, als selectionist, iets zeggen over selection. Dat zegt Nick Lane natuurlijk niet, hij schrijft hier de handboeken over.
    Dus, als de evolutietheorie gevangen zit in het paradigma van natural selection, dan is Nick Lane niet alleen niet “niet zomaar de eerste de beste”, nee, dan is hij gewoon een wetenschapper in een gevangenis, evenals alle evolutionisten.

    Je komt dan zelf met vissen en met je stekelbaarsje – en houdt daar een verhaal bij. Jij bent daar niet bij geweest, niemand van ons is daar bij geweest … en die poeltjes zijn nergens meer te vinden. Maar je schrijft dan Hoe wil je het anders verklaren? En even later roep je – ik zou haast zeggen: wanhopig – uit Dat kan toch niet.

    Ik heb deze uitspraken maar even bold gezet. Want, ik ben zo heel erg bang dat het vooral dit soort uitroepen in het verleden zijn geweest die mede het paradigma van de evolutietheorie hebben bepaald.

    Er staat een prachtige zin in dat artikel dat Harry linkte. Large effect or small, evolution begins to look like an endless list of special cases […] One reason is the general lack of knowledge about how changes in genes contribute to function and how this affects fitness.
    Hoe uitzonderlijk … een eindeloze lijst van uitzonderingen.

  90. Marleen april 28, 2015 om 14:00

    Leonardo,

    Je zou wat ik schrijf niet in stukjes moeten citeren. De redenering is dat als mutatie inderdaad relatief zo belangrijk is als sommigen hier willen geloven en er worden vraagtekens gezet bij natuurlijke selectie dan moet je je dus een voorstellen dat zo’n visje een mutatie ondergaat, plotseling alle kenmerken van het zoetwaterbaarsje heeft en plotseling ook in zoet water zwemt. Daarvan zeg ik dat dat niet kan.

    Als er iemand is die geen handboeken overschrijft is het Nick Lane wel. Zijn hele verhaal staat met natuurlijke selectie als fundament.

    Ik weet niet wat je precies bedoelt met “evolutionsten”. Je beschouwt jezelf duidelijk niet als evolutionist, terwijl je in voorgaande reacties duidelijk maakte ‘fundamenteel’ te weten dat evolutie waar is.

    Natuurlijke selectie vormt de sleutel tot interpretatie van de evolutie van leven en de verklaring voor het ontstaan van leven tot aan de hedendaagse verschijnselen in de natuur.

    Nick Lane’s boek is een prachtige interpretatie van de evolutie van leven vanaf de oorsprong daarvan. Er staan zinnen in als deze, waar je zeker niets in ziet, maar die ik hier toch citeer:

    If each of these traits arose by natural selection – which they undoubtedly did – and all of the adaptive steps offered some small advantage – which they undoubtedly did – then we should see multiple origins of eukaryotic traits in bacteria…

    Mutatie is niets anders dan een bron van variatie. Daar kun je in gaan graven en proberen patronen in te ontdekken. Maar zoals je eigen citaat al uitwijst is elk organisme een geval apart. Dat is zoeken binnen een bibliotheek van hyperastronomische dimensies.

  91. Harry Pinxteren april 28, 2015 om 14:58

    marleen

    Marleen

    “Het kan niet anders dan een samenspel zijn van mutatie en selectie.”

    “Samenspel”. Sorry, maar het kan niet vager. En vreemd dat je je zo tevreden stelt met dit soort handwaving als het gaat om evolutie en niet als het gaat om je eigen vak. Maar atomen en moleculen spelen toch ook samen? Waarom vind je het nodig daar wel een beetje specifieker en nauwkeuriger te zijn? En waarom veeg je het punt van het verschil dat het verschil maakte tussen neandertalers en onze voorouders weer eens gewoon van tafel?

    “Selection of the best-adapted traits means loss of the less well-adapted traits, so selection continuously eliminates intermediates. …?”

    Natuurlijk zijn de best adapted traits best adapted- wat niet meer is dan een ander woord voor selectie of geselecteerd, en omgekeerd.

    Trouwens ben je die veren-genen van Zimmer vergeten? Your inner feather.. of die antivries, of dat onderzoek van Trotter. etc etc?

    “Natuurlijk kan een kleine mutatie grote gevolgen hebben. Er is niemand die daar aan twijfelt.”
    Alle gradualisten twijfelen daar aan ,nog sterker ze ontkennen het. Het is taboe, want het haalt een directe poot onder hun verhaal uit: dat gevolg is alleen te begrijpen in termen van de rest van het genoom. Voorbeelden te over bijv de ene ‘letter” van een enkel gen. ACVR1. Dat defect triggert een cascade aan effecten.

    “De vissen die aan land gaan doen dat natuurlijk heel gradueel.” Natuurlijk Het voordeel was kennelijk niet groot genoeg de eerste keer om het ineens goed te doen! Maar hoe dan ook: de mutaties die ze in het water hadden ondergaan, die gaven hier – letterlijk- richting aan deze evolutie.

    Maar de orthodoxie wil de omgeving als de grote demiurg. Natuurlijk (zie boven). En om dat idee te kunnen redden, mogen mutaties alleen maar een infinitesimaal effect hebben- niet te groot in ieder geval: dus gradueel..

    Ik heb gezien dat Lane zelfs de term ‘sculpted’ gebruikt: de ns beeldhouwt. Het genoom levert alleen het ruwe materiaal, de klei, voor de pottenbakker of de beeldhouwer. De analogie met de fokker is hardnekkig.

    Maar goed, ik ben zeer benieuwd naar het boek, want Lane heeft zeer interessante ideeën en zijn adage ‘nothing makse sense in biology except in the light of bioenergetics’, klinkt mij beter in de oren dan al die ‘semantiek’ en al die handwaving over natuurlijke selectie.

  92. Harry Pinxteren april 28, 2015 om 15:35

    Rob
    (en marleen en leaonardo)

    “Zou je mij kunnen vertellen in welke termen mensen, die natuurlijke selectie zien als belangrijke factor in het tot stand komen van de grote diversiteit van het leven op aarde, zich wel mogen uitdrukken als zij de effecten van natuurlijke selectie willen beschrijven ?”

    alsof we het daar al niet uitgebreid over gehad hebben zie bijv april 20, 2015 om 11:54 of april 20, 2015 om 21:54 ‘Rob luister je ook even mee, al citeer ik nu Coyne, speciaal voor Marleen’.

    Maar goed, anders dan:

    welke effecten, rob? Van dat visje? Van het uitsterven van de neandertaler? Van onze veren-genen? Het is inderdaad zeer interessant om na te gaan waarom die bij ons niet zo, althans heel anders, tot expressie komen dan bij, pakweg kippen. En ja, maakte iets in de omgeving het verschil tussen onze voorouders en die neandertalers? Wat het ook mag zijn, het verschil zat uiteindelijk ergens in hun genoom- en wie weet vinden Paaboo cs het, zodat we tenminste enig idee hebben waar we het in die omgeving moeten zoeken.

    Dennett zegt ergens dat elk organisme in zijn fenotype de geschiedenis van zijn ecologie meedraagt of dat het fenotype een soort archief is van de omgeving waar het in leeft- oid. Ga je gang, zou ik zeggen. Met je ´termen´.

    Ns is geen instantie die iets doet, ook geen externe kracht’ etc. welke invloeden, effecten, van buiten een organisme beïnvloeden, hangt helemaal af van zijn interne organisatie, zijn genoom. Sommige organismen overleven daarom zelfs calamiteiten, epidemieën, ebola- noem maar op. Beweren dat er een ´samenspel´ is of ´interactie´ met de omgeving is, is op zijn zachtst gezegd uiterst vaag. Het zegt helemaal niks. Alles is een samenspel van van alles.

    Zelfs evolutiepsychologen hoef je dat niet meer uit te leggen https://edge.org/response-detail/25337 .

    Er is een interessante analogie hier: hersenonderzoek laat zien dan élk neuron ánders reageert op dezélfde prikkel. Een neuron kan één-op-één reageren op een externe prikkel- de neurale code ‘pulst’ dan gelijk op (en neer) met de prikkel. Maar neuronen produceren ook volledig hun eigen neurale code, hun eigen reeks pulsen- lees: informatie. Doordat onze hersens hun eigen informatie genereren, kunnen ze juist zo robuust reageren op (veranderingen in) de omgeving- Nou ja, op datgene wat neuronen er dan van weten te bakken (want het begint allemaal met wat Minsky (2006) (ook niet zomaar de eerste de beste!) de moeder aller illusies noemt: de immanence illusion.)

  93. Harry Pinxteren april 28, 2015 om 15:55

    marleen

    Mutatie is niets anders dan een bron van variatie. Daar kun je in gaan graven en proberen patronen in te ontdekken. Maar zoals je eigen citaat al uitwijst is elk organisme een geval apart. Dat is zoeken binnen een bibliotheek van hyperastronomische dimensies.

    We zijn nog maar pas begonnen met die dat graven en met het ontdekken van die patronen

    Zo is pas ontdekt dat een ´single “letter” of a single gene, called ACVR1 de oorzaak is van de vreselijke ziekte fibrodysplasia ossificans progressiva. The protein encoded by the gene doesn’t work properly, triggering a wave of changes in people’s bodies, with the result that when they heal from a bruise, they replace entire chunks of muscle with new bone.

    Om een lang verhaal kort te maken. het is al héél lang geleden dat iemand als Fisher kon schrijven:

    “It will be noticed that the fundamental theorem (zijn beroemde theoreem) proved above bears some remarkable resemblances to the second law of thermodynamics. Both are properties of populations, or aggregates, true irrespective of the nature of the units which compose them; both are statistical laws;

    Binnenkort is dat écht geschiedenis, wetenschapsgeschiedenis, inclusief alle gedoe over effectieve populatiegrootte, mutation rate en al die andere ´fenomenologische parameters´ om wijlen C. Woese even te citeren.

    En ja Lane bewijst dat zelfs mavericks als hij soms ´handboeken overschrijven´- om die andere maverick, Leonardo te citeren. Maar bewijst dat dat het klopt wat daar staat?

    Differentiele reproductie, daar kunnen we het allemaal wel over eens zijn, denk ik. Maar de vraag is, en blijft, differentiele reproductie van wat eigenlijk?

    Jouw antwoord: van variatie….. ! : -)

    Ik ben nu nog benieuwder naar het boek- heb het nog steeds niet- al was het maar om de context van dat prachtige citaat eens te bekijken. !

  94. leonardo april 29, 2015 om 07:07

    Marleen,

    Ik zeg niet dat Lane boeken overschrijft. Ik gaf alleen aan dat wat jij citeert een standaard dogma is, door Lane kennelijk op zijn voor jou typische manier verwoord, maar die ik zo herken uit anders geformuleerde regels ter zake. Een Haydn variatie van Brahms, zeg maar.

    Waar ik over val zijn woorden als undoubtedly in je volgende citaat, in één zin zelfs twee keer. Dat woord staat daar niet in de zin van “evident”, of “feitelijk vaststaand”, maar in de zin van “ongetwijfeld”. Of, ook geen slecht woord, “gewoonlijk” zoals in het rijmpje van Kees Stip

    een biefstuk is gewoonlijk
    afkomstig van een koe
    als men een biefstuk pijn doet
    dan zegt een biefstuk boe

    maar, let op, vervolgt het rijmpje dan

    maar … wanneer een biefstuk hinnikt
    bij onverwachte pijn
    dan …

    Evolutionist gebruik ik hier in de Anglo-Amerikaanse zin: member of the academic evolutionist community. In die zin ben ik geen evolutionist.
    Van Dale zegt van “evolutionist”: aanhanger van de evolutieleer, aanhanger van het evolutionisme. In die zin ben ik ook geen evolutionist.
    Ik hang niks aan.
    Zoals gezegd, ik ben er heilig van overtuigd (heilig is eigenlijk geen leonardiaans woord, maar vooruit) dat de evolutie gegaan is zoals dat globaal gesproken door de evolutietheorie geleerd wordt.
    En, zoals je mij inmiddels wel kent, iets, waarvoor ik geen reden heb om dat logisch te verwerpen, zal ik als mogelijkheid openhouden.

    Jij verzint, met je stekelbaarsje, een verhaal dat volgens jou niet kan kloppen – en of dat niet kan kloppen moet ook nog maar blijken. Maar je zou, als onderzoeker – en dat ben je toch, je hebt in ieder geval een onderzoekende geest – indachtig het adagium, minstens drie plausibele verhalen moeten bedenken bij de aanwezigheid van zoutwater- en zoetwater-baarsjes. En geen van die drie verwerpen, voordat je op één regel geen enkele uitzondering meer hebt gevonden.

    Maar daar ga je niet op in: an endless list op special cases.

  95. Harry Pinxteren april 29, 2015 om 14:16

    Leonardo

    (en marleen en Rob)

    .. an endless list of special cases…?

    Our findings suggest that the repertoire of human miRNAs is far more extensive than currently
    represented by public repositories and that thereis a significant number
    of lineage- and/or tissue-specific miRNAs that are uncharacterized.

    een significant aantal lineage – specifiek miRNA! http://www.pnas.org/content/112/10/E1106.full.pdf

    het is maar dat ik dit toevallig tegenkwam

    maar graag eerst antwoord op eerdere punten.

    • leonardo april 29, 2015 om 18:09

      Harry, ik moet dat artikel even goed proeven. Gelukkig zeg je: maar eerst antwoord op andere punten.
      Mijn naam staat niet tussen haakjes, maar ik ben me er niet van bewust dat er nog iets open staat tussen ons. Zo ja, help me even herinneren.

  96. Arno Wouters april 29, 2015 om 22:25

    Marleen april 12, 2015 om 22:39:

    Ik hoop dat Arno nog een blog zal wijden aan het moderne mutationisme, als dat bestaat.

    Het heeft even geduurd maar ik heb zojuist een dergelijk blog gepost: Een ‘curious disconnect’ in de hedendaagse evolutiebiologie?

  97. Harry Pinxteren april 30, 2015 om 15:41

    leonardo

    dacht het niet. herhaling parafrasering van standpunten waar wij het wel over eens zijn

    ben benieuwd wat je van dat artikel vindt

  98. Pingback:Over de misvatting dat natuurlijke selectie selecteert | Zwervende gedachten

Praat mee en laat hier uw reactie achter

Vul je gegevens in of klik op een icoon om in te loggen.

WordPress.com logo

Je reageert onder je WordPress.com account. Log uit / Bijwerken )

Twitter-afbeelding

Je reageert onder je Twitter account. Log uit / Bijwerken )

Facebook foto

Je reageert onder je Facebook account. Log uit / Bijwerken )

Google+ photo

Je reageert onder je Google+ account. Log uit / Bijwerken )

Verbinden met %s

Zwervende gedachten

Een filosoof over argumentatie, biologie, handelingstheorie en wat hem verder invalt

Jonas Bruyneel

Literatuur/Journalistiek/Muziek

mjusicamanti.wordpress.com/

per amanti della vera musica

SangueVivo

Ancora solo un battito in più

Microplastics

INTERREG MICRO PROJECT

Scientia Salon

Philosophy, Science, and all interesting things in between

Infinite forme bellissime e meravigliose

si sono evolute e continuano a evolversi

Vita da simbionte

perché collaborare è talvolta meglio che combattere

Meneer Opinie

Altijd een mening, maar niet altijd gehinderd door kennis van zaken

The Cambrian Mammal

An evo-devo geek's scientific meanderings

Evolutie blog

bij dezen en genen

The Finch and Pea

The Public House for Science...

voelsprieten

* wonder van het alledaagse *

the aphid room

All about aphids... not simply bugs|

kuifjesimon

Just another WordPress.com site

The Amazing Comics Men

Comics by Dutch cartoonists Jan the Stripman & Wim the Mysterious Helpman

Barbara Jansma

Prenten, spotprenten en schilderijen

%d bloggers op de volgende wijze: