Op zoek naar de klepel

bij dezen en genen

Terugkeer van junk DNA

junk-dna-header-600x200

Carl Zimmer heeft met zijn artikel in de New York Times over junk DNA weer veel stof op doen waaien. Er ontstaan daarom opnieuw interessante discussies over of het zogenaamde junk DNA, dat niet codeert voor eiwitten, toch een functie zou kunnen hebben. Deze discussies laaien zo af en toe op, en waren erg fel ten tijde van de publicatie van ENCODE (waarover ik eerder blogde 1, 2, 3, 4, 5).

Er werd, voordat het ENCODE project nu bijna 3 jaar geleden haar resultaten publiceerde, vanuit gegaan dat het genoom voor 2 procent functioneel is. 98 procent zou gevormd worden door junk DNA. Nu toonde het ENCODE project aan dat met de bestudering van affiniteit van transcriptiefactoren voor het DNA, wel zo’n 80 procent van het genoom functioneel zou zijn. Er laaide enorm veel verontwaardiging op – niet alleen omdat alle schoolboeken veranderd zouden moeten worden, maar ook omdat de methodes die gebruikt werden om dit resultaat te verkrijgen niet adequaat waren, zowel de methode zelf als de interpretatie ervan (zie ook een voorgaand blog). Het ging in veel gevallen om aspecifieke binding van transcriptiefactoren, kortom het ging volgens Mike White om ruis. Omdat ik zelf van mening ben dat in de intracellulaire biochemie en biologie een overdreven idee gegeven wordt van perfecte afstemming op elkaar van de verschillende macromoleculen en de verschillende chemische processen kon ik me goed vinden in het idee van ruis. ENCODE was een enorme mediahype. Het project werd uitgevoerd in een groot samenwerkingsverband met enorm veel wetenschappers en moet handen vol geld gekost hebben.

onionEen ander argument, behalve dat van ruis in het ENCODE-experiment, is de onion test van T. Ryan Gregory, die stelt dat het genoom van een simpele ui zo enorm groot is tegenover het genoom van een mens dat het wel heel veel junk moet bevatten.

Het idee dat het hele genoom vol zou zitten met ‘knoppen’ die de expressie van de genen regelt, en dat het dus in zijn geheel functioneel is, is een argument dat door creationisten gebruikt wordt en dat zou moeten bevestigen dat de schepping perfect is, waarin alles een functie heeft. Het is eigenaardig dat het hoofd van het N.I.H, Francis Collins, beweert dat het junk DNA zeer waarschijnlijk veel functies heeft, die we nog moeten ontdekken. Hij wil af van de term ‘junk DNA’.

Een interessant gegeven is wel dat er sinds kort RNA’s in cellen gevonden zijn die een belangrijke rol lijken te spelen in het onderdrukken van de expressie van bepaalde genen. Maar T. Ryan Gregory blijft sceptisch. Behalve deze specifieke RNA-moleculen, verwacht hij dat er veel andere RNA’s gevonden zullen worden die niets anders zijn dan aspecifieke transcriptie van het junk DNA. Het zou dus ook in deze gevallen gaan om ruis.

Uit: Carl Zimmer, Is most of our DNA garbage?, New York Times

137 Reacties op “Terugkeer van junk DNA

  1. gert korthof maart 23, 2015 om 09:43

    Marleen, dank voor de tip.
    een korte reactie op dit moment vanwege de tijd.
    “met enorm veel wetenschappers en moet handen vol geld gekost hebben.”
    Vind je het weggegooid geld? Ik niet. Het onderzoek is noodzakelijk net zoals indertijd het sequencen van het menselijk genoom. De problemen ontstaan pas bij de interpretatie en de conclusies. Maar dan moet het onderzoek wel eerst gedaan worden!

    Collins:
    Most of the DNA that scientists once thought was just taking up space in the genome, Collins said, “turns out to be doing stuff.”
    Ik heb indertijd Collins’ boek The language of God gereviewed, en daar zie je al de desatreuze invloed van het christelijke geloof op de zuiverheid van het wetenschappelijk denken.
    Nu, na al die jaren heeft de man er nog steeds last van.

  2. Marleen maart 23, 2015 om 14:03

    Gert,

    Ik kan niet overzien wat voor een gegevens uit het onderzoek voortgekomen zijn. Maar het is duidelijk dat de grootste claim, dat 80,4% van het genoom tenminste ooit in een celtype functioneel is, afgeleid is van de constatering dat zich daar transcriptie-factoren binden. Als deze binding echt aspecifiek blijkt te zijn, dan is het inderdaad weggegooid geld.

    Enkele auteurs van het artikel hebben naderhand de claim afgezwakt tot 20%, ook dat geeft te denken. Het is toch geen beurs waar men lager of hoger biedt totdat de ‘geboden’ hoeveelheid geaccepteerd wordt door collega-wetenschappers.

    Voor wat betreft Francis Collins ben ik het helemaal met je eens. Hij is een theïstisch evolutionist en verwacht dat alles wat selectie heeft doorstaan ook functioneel is.

    Het was indertijd in een bepaalde hoek onder zekere wetenschappers een schandaal dat hij door Obama aangesteld werd als hoofd van het NIH

  3. gert korthof maart 23, 2015 om 16:39

    Marleen, heeft Zimmer nog nieuwe data naar voren gebracht?

    Ik zou het ENCODE onderzoek niet gauw weggegooid geld durven noemen: je weet toch nooit van te voren waar er uit het onderzoek komt? Als je het al weet dan hoef je het onderzoek niet te doen!
    Achteraf is het makkelijk oordelen. Duidelijk toch?
    ZELFS als het aspecifieke binding is, dan nog vind ik dat evolutionair gezien interessant. Is aspecifieke binding niet een prachtig uitgangspunt voor evolutie? Zijn enzymen zo niet ontstaan: door selectie op specifiekere binding? Kan selectie op zwakke binding op een DNA sequence niet het uitgangspunt van evolutie zijn om nieuwe genexperessie te creeeren? Hoe komen wij uberhaupt aan genexpressie die anders is dan bij andere dieren? Stel je voor dat je een stuk random DNA hebt etc etc etc zo kun je een totaal nieuw gen + genexpressie evolueren… Tis maar een hypothese….

  4. jeroenj maart 23, 2015 om 20:52

    Ik vind dat de term “junk DNA”, maar ook de term “ruis” onterecht vooruitloopt op onderzoek dat die conclusie zou kunnen billijken. Ga je de termen wetenschappelijk verdedigen, dan loop je het gevaar beschuldigd te worden van het bagatelliseren van zaken die je niet begrijpt. Een soort argument ad ignorantiam van het kamp dat toch verdorie geen drogredenen nodig heeft om op de kaart te blijven? Ik vind de termen junk en ruis in deze context niet wetenschappelijk.

    Mochten we onomstreden nutteloos ballast-DNA tegenkomen (…succes!…), dan is daar fantastisch biologisch onderzoek aan te verrichten. Waarom welke organismen wel, en andere niet? Welke voorwaarden, mechanismen, trade-offs, (etc?) zijn er voor ophoping, behoud, controle, verwijdering, functionalisering (etc?) van de troep?

    (Mening Alert:) Allemaal vet gave, echte biologie, die van mij best wat mag kosten.

    En, @Gert, me lijkt dat ook voor het ook voor heidenen en pastafarianisten zaak is om vooraanname, resultaat en conclusie netjes gescheiden te houden. Ik hoop dat we in die zin aan deze kant van de ploemp de discussie kunnen beperken tot wetenschappelijk vs. niet-wetenschappelijk.

    Hoe is ondertussen de score voor de aangetoonde functionaliteit van eiwitcoderend DNA?
    Is dat voor H. sapiens de 50% al voorbij?

  5. Marleen maart 23, 2015 om 22:24

    Gert,

    Carl Zimmer heeft een mooi overzicht geschreven. Hij voegt uiteindelijk de laatste gegevens over RNA moleculen toe (hotair en firre als voorbeelden die essentieel zijn voor de ontwikkeling van muis), die gecodeerde worden door junk DNA, waarover sinds 2007 door Rinne gepubliceerd wordt.

    Wat misschien niet nieuw, maar wel van belang is, is het feit dat hij het probleem van ruis uiteindelijk flink benadrukt en terecht. Het lijkt me wat naïef te denken dat alle bindingen van transscriptiefactoren specifiek zijn.

    Het lijkt me dat je op goedkopere manieren kunt vaststellen dat transscriptiefactoren wel of niet specifiek binden. Zie je dan dat ze niet specifiek binden dan zou dat betekenen dat je een ander experiment moet bedenken om te vast te kunnen stellen in hoeverre junk DNA nu wel of geen junk is.

    Dat aspecifieke binding een begin kan zijn van de ontwikkeling of evolutie naar een steeds specifiekere binding is zeker een mogelijk scenario voor het ontstaan van transcriptiefactoren, receptors, hormonen en enzymen. Dat neemt niet weg dat wanneer je aspecifieke binding hebt of ruis dat je in dat geval niets kunt zeggen over de functie van de desbetreffende DNA-sequentie.

  6. pluri bara maart 24, 2015 om 10:12

    Ja, de terugkeer van de JUNK….

    Ik neem nog een keer de moeite om aan te tonen dat mijn boek zijn tijd vooruit was:

    http://www.nature.com/ncomms/2014/141216/ncomms6495/full/ncomms6495.html

    Ze schirjven hetzelfde als ik in mijn boek in 2009:

    “Adaptation requires genetic variation, but founder populations are generally genetically depleted. Here we sequence two populations of an inbred ant that diverge in phenotype to determine how variability is generated. Cardiocondyla obscurior has the smallest of the sequenced ant genomes and its structure suggests a fundamental role of transposable elements (TEs) in adaptive evolution.”

    TEs zijn eigenlijk variation-inducing genetic elements …

    JUNK DNA? The science stopper of the century…kon u in mijn boek lezen.

    PB

  7. pluri bara maart 24, 2015 om 10:16

    Een interessant gegeven is wel dat er sinds kort RNA’s in cellen gevonden zijn die een belangrijke rol lijken te spelen in het onderdrukken van de expressie van bepaalde genen.

    Wat bedoel je, Marleen? XIST, Hotair? Of andere door “JUNK” gecodeerde lncRNA’s. piwiRNAs die het TE systeem reguleren?

    Ik doe er onderzoek naar en gaf er net een lezing over aan de Uni van Zürich. Dus vraag maar raak. Ik ben hier de enige wetlab onderzoeker.

    PB

  8. pluri bara maart 24, 2015 om 10:21

    Encode van naiviteit beschuldigen is wat alle atheisten op internet doen, Marleen. Zwaktebod.

    Junk DNA is de grootste misser van eeuw. Na het ontkennen van Mendels wetten en McClintocks tranposons de zoveels ernstige Darwinistische misser.

  9. pluri bara maart 24, 2015 om 10:30

    “ENCODE was een enorme mediahype. ”

    Encode was geen mediahype. De hype die er onstond werd uitgelokt door de Junk-DNA aanbidders, de atheisten-Darwinsten, die 99% junk DNA nodig hebben voor hun theoretische modellen.

    Encode maakte een eind aan hun modellene en maakt creatie een stuk aannnemelijker. Dat moets natuurlijk door de atheisten worden gebombardeerd. De stakkers.

  10. pluri bara maart 24, 2015 om 10:35

    “Marleen, heeft Zimmer nog nieuwe data naar voren gebracht?”

    Zimmer is journalist, jongens. Hoe kan die ooit nieuwe data naar voren brengen?

    De nieuwe data worden door mensen als ik, de wetlab-onderzoekers, gegenereerd.

    Ik heb net afgelopen maand drie nieuwe lncRNAs ontdekt…

    Is het moeilijk? Nee, isoleer gewoon wat RNA en run een RNAseq, ipv hier over junk DNA te jeremieren.

    Junk DNA is de science stopper van de Darwinisten. Kap er mee!

  11. pluri bara maart 24, 2015 om 10:43

    Marleen zegt:

    “Ik kan niet overzien wat voor een gegevens uit het onderzoek voortgekomen zijn. Maar het is duidelijk dat de grootste claim, dat 80,4% van het genoom tenminste ooit in een celtype functioneel is, afgeleid is van de constatering dat zich daar transcriptie-factoren binden.”

    Marleen zou gelijk kunnen hebben als in alle celtypen die werden bestudeerd dezelfde aspecifieke binding werd gevonden, maar dat is niet het geval. De bindingen verschillen per celtype en daarmee zijn ze specifiek. Opgeteld leidde dit tot ruim 80% specifieke bindingen.

    Hoe lang gaan jullie de biologische kennis nog tegenhouden met dit soort desinformatie, Darwinsten?

    Hoe lang nog?

  12. pluri bara maart 24, 2015 om 10:47

    Marleen, weet je hoeveel celtypen en cellen er zijn binnen het menselijke systeem? 80 biljoen cellen, duizenden specialsimen, 300 duizend onderdelen per cel die je moet reguleren.

    Zou het kunnen dat 80% van het genoom daarin betrokken is??

    Zou dat kunnen …of mag het niet op basis van Darwinistische modellen?

  13. pluri bara maart 24, 2015 om 11:10

    Lees ook effe dit:

    http://onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1002/bies.20747/pdf

    De tijd heeft je achterhaald, Marleen en andere Darwinisten.

  14. pluri bara maart 24, 2015 om 11:26

    “Het was indertijd in een bepaalde hoek onder zekere wetenschappers een schandaal dat hij door Obama aangesteld werd als hoofd van het NIH.”

    Dat was allen maar vanuit de atheistenhoek inderdaad een groot probleem, mn de atheistenheld PJ Myers schold zoals gewoonlijk als hardste.

    Alsof je geen goed onderzoek kunt doen als je christen bent. Walgelijke atheistenarrogantie. Bwaah. Zum kotsen.

  15. Marleen maart 24, 2015 om 13:24

    PB, ik wil je vriendelijk doch dringend verzoeken je reacties beter te structureren en er één van de te maken zodat we er ook beter op kunnen reageren.

    Zou je je publicatie over de lncRNA’s hier kunnen linken?

    Je link naar de PDF geeft geen PDF maar een paywall

    Zou je alsjeblieft willen aantonen dat 80% van het genoom functioneel is, want zolang het geen duidelijke functie heeft is het beter er vanuit te gaan dat het geen functie heeft. Dat laatste leidt alleen maar tot wilde speculaties.

    Over de specificiteit van de transscriptiefactors lees ook dit korte blog van Mike White

    The truly provocative and disturbing stuff in ENCODE

    • pluri bara maart 24, 2015 om 15:50

      Wat een enorm onwetenschappelijk houding….aannemen dat er geen functie is voor non-coding DNA (junk DNA) is de grootste misser van de wetenschap. Het was gebaseerd op Darwinistische vooronderstellingen en de grootste achterlijke blunder allertijden.

      De ENCODE onderzoekers zijn tenmisnte echte unbiased wetenschappers en durven de Darwinos te challengen, met als gevolg een stroom van verdachtmakinmgen in de atheistenblogosfeer.

      Jullie leven echt in de omgekeerde wereld.

      …en verder zie ik hier ook geen enkele link naar science journals. Alleen maar weer galspugende atheistenblogs.

      darwinisme is op sterven na dood. En daarmee de religie van de atheist.

    • pluri bara maart 24, 2015 om 16:15

      En nog even voor de duidelijkheid….de link naar het plaatje in Nature noemt TFs als drivers voor chromatine-toegankelijkheid, maar het is nu duidelijk dat dat niet door TFs wordt bepaald maar door TEs die de nucleosomen phasen en als spacers dienen voor DNA verpakkingen in eu- en heterochromatine. Dat verklaart ook het patroon dat je in de figuur ziet.

      Eukaryotische genregulatie is wel effe wat anders dan de bacteriele operons die men in de uni leert. En laat eukaryotische genregulatie nou net mijn vakgebied zijn…. Een eukaryoot gen heeft vaak 20-50 TFs nodig en een juiste phasing van de nucleosomen door TEs. Ja, dat kost wat aan regulerend vermogen. Encode dus, en liever geen Darwinistische lariekoekverhalen meer.

  16. Marleen maart 24, 2015 om 13:28

    Jeroen,

    Tot voor de publicatie van de resultaten van ENCODE werd 98% van het genoom als junk beschouwd. Dat was en is nog steeds de wetenschappelijke term voor dit DNA dat voornamelijk uit transposable elements bestaat.

    Ook ‘ruis’ is een zeer wetenschappelijke term. Het toekennen van de term ‘ruis’ aan de resultaten die ENCODE opleverde werd gedaan op wetenschappelijke interpretaties. (Zie ook het mijn blog daarover en het blog van Mike White op Finch and Pea)
    De ruis die in het ENCODE experiment zichtbaar is, door de aspecifieke binding van transscriptiefactoren, had ook op eenvoudiger wijze vastgesteld kunnen worden.

    Je schrijft:

    “Waarom welke organismen wel, en andere niet? Welke voorwaarden, mechanismen, trade-offs, (etc?) zijn er voor ophoping, behoud, controle, verwijdering, functionalisering (etc?) van de troep?”

    Als ik me goed herinner zijn er organismen en planten zoals het blaasjeskruid die praktisch geen junk DNA in hun genoom hebben, terwijl er ook zijn die er een honderdvoud van dat van de mens bevatten. Het zou inderdaad de moeite waard zijn uit te zoeken waarom sommige wel en andere geen junk bevatten.

    • harry pinxteren maart 24, 2015 om 14:44

      hier hebben we het op facebook ook over gehad, want de verschillen zijn inderdaad opvallend groot en voor niks gaat alleen de zon op. Zover ik me herinner merkte Nico (van Straalen) toen op dat er helemaal geen peil op was te trekken- ook noemde hij toen een of ander plantje waarvan toen pas was ontdekt dat het 0 junk had. Zo best dat blaasjeskruid geweest kunnen zijn.

      Als inderdaad alleen de zon voor niks op gaat, dat is het toch wel vreemd dat er zoveel junk is. Of niet?

    • jeroenj maart 24, 2015 om 19:31

      Met wat vluchtig naleeswerk kan ik de term ‘ruis’ denk ik inderdaad wel wat beter duiden (als minder relevant geachte activiteit in het genoom die onderzoek aan duidelijker functionele activiteit -‘signaal’- bemoeilijkt). Dank je, Marleen.

  17. pluri bara maart 24, 2015 om 15:54

    Afgelopen weekend heb ik een lezing gehouden over dit zogenaamde junk DNA. Daar had je bij kunnen zijn. Dan had je geweten dat TEs een belangrijke strukture functie vervullen in vrijwel alle eukaryotische genen als promoter, enhancer, en als epigenetische schakelaars voor het bepalen van de toegankelijkheid van chromatine, en als variatie-inducerende genetisch elementen in founder populaties (zoals ik reeds in mijn boek schreef).

  18. nand braam maart 24, 2015 om 21:19

    @ Marleen

    Soms kan het verhelderend werken als de zaak wordt omgedraaid.
    Stel we hebben een mens met uitsluitend functioneel DNA, dus zonder junk-DNA. Functioneert die (hypothetische) mens, volgend jou, zoals de gewone mens?? De vraag geldt voor niet alleen voor momentaan, maar ook op de lange termijn??

  19. Marleen maart 24, 2015 om 21:22

    PB,

    Je schrijft:

    “het is nu duidelijk dat dat niet door TFs wordt bepaald maar door TEs die de nucleosomen phasen en als spacers dienen voor DNA verpakkingen in eu- en heterochromatine.”

    Heb je misschien een wetenschappelijke (!) referentie naar een artikel over TE’s als spacers?

  20. Marleen maart 24, 2015 om 21:42

    Harry en Nand,

    De verschillen in de grootte van het genoom zijn enorm. Hoe kan dat zegt Harry, want voor niets gaat de zon op. Nand stelt zich een mens voor zonder junk.

    Ik denk niet dat een genoom zonder junk levensvatbaar is met uitzondering van de genomen die gewoonlijk al zonder junk zijn.

    Je kunt van alles bedenken waarom junk goed uitkomt, bijvoorbeeld als buffer voor mutaties, of als ‘spons’ voor een teveel aan transcriptiefactoren tot een regulering van de lengte van de S-phase van de cel cyclus.

    Het schijnt dat elke nieuwgeborene 100 mutaties in zijn genoom heeft. Dit is erg veel als deze geconcentreerd zouden liggen in het coderende deel van het genoom. Worden deze mutaties uitgesmeerd over het hele genoom waarvan 98% junk, dan is de impact veel kleiner.

    De regulering van de S-fase: het zou kunnen dat de lengte van het junk bepaalt hoe snel het genoom gerepliceerd wordt. Daarmee duurt de S-fase korter of langer naar gelang er minder of meer junk is en kan de cell cyclus gereguleerd worden. Maar dit is allemaal pure speculatie.

    Een ander punt is dat de vele transposable elements (TE’s) die in het genoom zitten veel overeenkomsten vertonen met hoe retrovirussen zich gedragen. Het wordt wel aangenomen dat in een van de laatste gemeenschappelijke voorouders (LUCA) zich een retrovirus genesteld heeft dat sindsdien als onderdeel van het genoom meegelift is, zich talloze keren vermenigvuldigd heeft tot in de verschillende huidige organismen.

    Zo zijn er vast nog wel meer ‘voordelen’ voor junk DNA.

    • pluri bara maart 25, 2015 om 14:45

      Dit is dus waarom de Darwinistische theoretici JUNK DNA bedachten. Het probleem is echter niet de 100 (SNP) mutaties, waar Marleen over schrijft, maar de 1400 large deletion die de 1000 genomes project vond: tussen verschillende mensenpopulaties vond men tot 360 miljoen bp verschil. Ooit iets van gehoord in de media?

      Vast niet, want het is de ultieme doodsteek voor het selectie-geleuter van de Darwinsten-media. die alle touwtjes in handen willen houden.

      Marleen, zoalng je alleen maar in voordelen (dwz selectionisme) kunt denken, zul je nooit verder komen met het begrijpen van de biologie.

      Dat blijkt ook over jouw referentie naar LUCA, die 10 jaar geleden reeds wetenschappelijke ten grave werd gedragen als een onmogelijke genetische abberatie. Heb je mijn boek eigenlijk wel gelezen, want daarin beschreef ik dit uitvoerig.

      Net als TEs overigens, die zeer zeker geen oeroude invasies zijn van RNA-virusen. OOk hier hebben jullie de boel omgedraaid: RNA virusen zijn biogenetisch gezien zeer zeer jong en het is daarom waarschijnlijker dat RNA virusen voortkwamen uit TE (staat ook in mijn boek uitvoerig beschreven).

      Je bent hier slechts de mainstream, achterhaalde praatjes aan het herkauwen. Heb je geen tijd of zin om je verder te ontwikkelen, te psychovolueren .

  21. nand braam maart 24, 2015 om 21:55

    @ Marleen

    Je zegt aan het begin van je toelichting : “Ik denk niet dat een genoom zonder junk levensvatbaar is met uitzondering van de genomen die gewoonlijk al zonder junk zijn.”

    Je zegt op het einde van je toelichting: “’Zo zijn er vast nog wel meer ‘voordelen’ voor junk DNA.”

    Dan kan ik toch niet goed begrijpen, als niet-bioloog, waarom hier de term junk-DNA gebruikt wordt. Het klinkt erg negatief, terwijl het dat in werkelijkheid wellicht niet is, als ik je toelichting tenminste goed begrepen heb. Niet vooraf zo hard oordelen zou ik zeggen. Alle kaarten liggen nog niet open op tafel, toch?

    • pluri bara maart 25, 2015 om 14:55

      Er is wel degelijk JUNK DNA, namelijk kapotte genen en neutrale duplicaties van repeterende sequenties. Elk mens is de drager van honderden 100 kapotte genen (heterozygoot) en van vele tientallen homozygoot toonde ook het 1000 genomes project (waar je nooit iets over hoort), maar dat geheel en al in overeenstemming is met wat ik verwacht voor het genoom over langere tijd als het overgeleverd is aan genetic entropy.

  22. leonardo maart 25, 2015 om 08:19

    Er is dus junk-DNA.

    Ik laat nu maar even in het midden wat ik van het gebruik van het woordje “junk” vind in deze context – het is bekend, het taalgebruik binnen de evolutiebiologie is wat mij betreft hoognodig aan evaluatie toe.
    Maar een mens vraagt zich toch vooral af: heeft de evolutiebiologie haar concepten wel op orde.

    Er is ook SOP: self organization principle. En, als ik Wagner moet geloven – en volgens jullie mag ik hem geloven – dan geldt dat niet alleen op kosmologisch niveau, maar ook op het microscopische niveau (Self-organization creates the microscopic symmetry of a snowflake …)

    Wel, het lijkt mij dat junk-DNA zich niet verdraagt met SOP. Pure desorganisatie zou ik zeggen.
    En het argument valt ook. Na de zorg van Gert Korthof dat het universum tijd verspilde met de evolutie, komt Harry nu met de zorg van verspilling van middelen: wie gaat dat betalen?

    Harry, ik begrijp je opmerking Als inderdaad alleen de zon voor niks op gaat, dat is het toch wel vreemd dat er zoveel junk is. niet zo goed.
    Ik heb dus grote hoeveelheden junk-DNA. Prachtig. Heb ik geen last van. Voor zover ik weet heeft mijn omgeving daar ook geen last van (heb ik even gechecked in wijdere omgeving).
    Ik zal nu even zo wijs zijn om geen bal voor open doel te leggen, dus niet vragen of jij last hebt van mijn overtolligheid.
    Maar, Harry, ik kan jou in positieve zin melden: ik heb ook geen problemen met het feit dat jij vol zit met junk-DNA. Voor zover jouw functioneren mijn functioneren raakt, kan ik je melden: niets aan de hand.

    Dus, wat moet hier betaald worden Harry, en wie moet er dan betalen?

  23. Marleen maart 25, 2015 om 11:01

    Nand,

    De term junk DNA komt niet van mij, maar wordt al sinds de jaren 70 gebruikt om dat deel van het genoom aan te duiden dat geen genen bevat en waarvan men de functie niet kent, er zelfs het vermoeden van heeft dat het geen functie heeft (zie onion test).
    Dus ik oordeel niet, het is gewoon een naam, net zoals genoom en gen namen zijn binnen de biologie.

    Natuurlijk staat het open of aan het junk wel of geen functie verbonden is, maar er zijn vele aanwijzingen dat het geen functie heeft (onion test, repeterende sequenties die niets anders dan parasiterend DNA lijken te zijn enz.). Je moet in dat geval je experimenten wel heel zorgvuldig opzetten om niet het risico te lopen zoiets als ruis te registreren.

  24. harry pinxteren maart 25, 2015 om 12:54

    Marleen et al

    je zegt: ‘bijvoorbeeld als buffer voor mutaties” Dat is begrijp ik het gangbare idee van Gregory cs. Maar dat verklaart toch niet de enorme verschillen, of hebben uien zoveel meer schadelijke mutaties dan mensen, omdat ze tig keer meer junk hebben, en hebben die bloemetjes van Nico (zie boven) helemaal geen schadelijke mutaties omdat ze helemaal geen junk hebben, alleen functioneel dna?

    zover ik me herinner, baseert N. Lane (je weet wel die van ‘nothing in biology makes sense except in the light of bioenergetics’) een theorie over de evolutie van eukaryoten op het idee dat dna zo duur is. Misschien heeft hij ook wel berekeningen/schattingen gemaakt.

    Maar hoge kosten, impliceren veel voordelen, en waar komen dan die grote verschillen vandaan (zie die figuur in dat Plos artikel, waar ze 10.000 organismen hebben bekeken)?

    Misschien dat de enige onderzoeker/wetenschapper in het gezelschap ons hier verder kan helpen.

    • pluri bara maart 25, 2015 om 14:58

      Het is heel simpel: normaalgesproken wordt ook het variatie-inducerende deel van het genoom stringent gecontroleerd en gereguleerd (door siRNA en piwiRNA pathways). Door genetisch entropy (willekeurige mutaties) worden dit soort cvontrole en regulatioemechanismen verstoord en er kunnen indel-mutaties optreden. Zolang ze de reproductie niet in gevaar brengen, kun je dus een stapeling of verlies verwachten van deze variatie-inducerende genetische elementen.

  25. harry pinxteren maart 25, 2015 om 13:07

    Leonardo

    je zegt: Harry, ik begrijp je opmerking Als inderdaad alleen de zon voor niks op gaat, dat is het toch wel vreemd dat er zoveel junk is. niet zo goed.

    Als , dan .. dat is de redenering die ik weergeef (bijv die van N. Lane). Het is niet mijn idee. Zeker niet als het gaat om mijn vak, de zielkunde en al die aanpalende zaken waar die evolutiepsychologen zich mee bezighouden. Voorbeeldje. de MPI. Ofwel de male parental investment theory. Puur kosten- baten redeneren, biologische boekhoudkunde , o.a. bedoeld om te verklaren waarom mannetjes van sommige soorten bij hun vrouwtje blijven met het risico dat ze hun genen verspillen. Dat werk dus. Ik geloof dat er zelfs rekening wordt gehouden met zoiets als discounted cashflow.

    Ik heb ook geen last van eventueel overtollig dna. waar ik – af en toe- wel last van heb is van onzin zoals Epers die spuien. Evolutie als boekhouding.

    Ik moet ze wel toegeven dat er inderdaad bestaat zoiets als een ‘least effort principe’ in de natuur. En ik denk zelfs dat onze hersens soms ook zo werken😉

    • pluri bara maart 25, 2015 om 15:04

      Evoltiepsychologen is verder niks dan achterhaald Darwinistisch-selectionisme. Heel domme verhaaltjes vaak. Ik denk dat het TE onderzoek hier veelbelovend is

      Lees dit maar eens:Trends Neurosci 2010, 33:345.

      Uit mijn presentatie van afgelopen weekend: Somatic mosaicism in CNS between different brain regions due to L1 retrotransposition.Retrotransposition produced greater genetic and neuronal diversity and plasticity, resulting in greater variety of cognitive and behaviorial phenotypes.

  26. Marleen maart 25, 2015 om 13:59

    Harry,

    Het blaasjeskruid heeft inderdaad een zeer hoge mutation rate en bestaat uit een enorme variatie aan soorten. Maar of het kleine genoom daar de oorzaak of juist het gevolg van is, is me niet duidelijk.

    En of uien inderdaad meer mutaties hebben en om die reden meer junk zouden moeten bezitten lijkt me een foute redenering. Dat junk DNA als buffer op kan treden, is niet echt een functie, je zou het als een ‘spandrel’ kunnen beschouwen.

    Welke bewering van Nick Lane bedoel je en welk artikel in PLOS heb je het over? En welke enige onderzoeker/wetenschapper doel je op? PB?? Die laat sinds ik mijn vragen aan hem stelde niet meer van zich horen. Erg laf, ik concludeer dat hij geen antwoord op mijn vragen heeft. Dus zijn verhaaltjes zuigt hij weer eens uit zijn duim.

    • pluri bara maart 25, 2015 om 15:06

      Het vangmechanisme van blaasjeskruid toont op en top ID.

      Mutation rate heeft overigens niks te maken met junk of geen junk, Marleen. Het zegt eerder iets over falende reparatie systemen.

  27. Rob van der Vlugt maart 25, 2015 om 15:12

    PB,

    Als het vangmechanisme van blaasjeskruid ID toont (op en top) waarop duidt het gebrek eraan bij de ui dan ?

  28. pluri bara maart 25, 2015 om 15:20

    Een ui heeft weer andere ID kenmerken…het ene sluit het andere niet uit, Rob. Het is een kwestie van willen herkennen.

    • Rob van der Vlugt maart 25, 2015 om 16:50

      PB,

      Excuus Peter, toen je het had over het vangmechanisme van blaasjeskruid dacht ik dat je doelde op het mechanisme dat pseudogenen en aanverwante rommel in het genoom opruimt. Vandaar de vraag over het ontbreken van een dergelijk mechanisme bij uien.

  29. Marleen maart 25, 2015 om 16:01

    Leuk filmpje PB, het zegt niets over ID, wat zie jij dat ik niet zie?

    Je maakt er weer een potje van. Genetic entropy pfff…gelukkig dat je het voor ons vertaalt in ‘willekeurige mutaties’.

    • pluri bara maart 25, 2015 om 16:37

      Voor mensen die iets over genetische organisatie en bauplannen weten, en die weten dat selectie geen bauplan kan maken, slechts stabiliseren, is dit gewoon een prachtig voorbeeld van ID…physica toegepaste biologie. Ja, dat doet een mens beseffen….

      Willekeurige mutaties kunnen hier slechts degeneratief zijn….

  30. pluri bara maart 25, 2015 om 16:33

    Je moet meer lezen, Marleen, dan snap je meteen wat ik bedoel…maar zoals je weet, want je hebt mijn boek van mij gekregen, leg ik graag uit…nu nog willen begrijpen. Maar ja, daar kan ik je niet bij helpen…

  31. harry pinxteren maart 25, 2015 om 21:16

    pb

    Lees dit maar eens:Trends Neurosci 2010, 33:345.
    klopt er is pas een hele conferentie aan gewijd. http://epigenie.com/conferences/neuroepigenetics-2015/

    en wat EP betreft, ben ik het helemaal met je eens.
    Meer dan 150 jaar na dato wordt nog steeds dit soort ongein geproduceerd, en dat onder de naam ‘new science of mind’. Zoiets heet volgens mij gotspe.

  32. harry pinxteren maart 25, 2015 om 21:27

    Marleen,

    wat die kosten baten betreft (voor leonardo, om nog nieuwe misverstanden te voorkomen:, dat is dus een favoriete manier van denken bij darwinisten, en het betekent dus niet dat ik het daar zonder meer meer eens ben) doelde ik op een artikel van Lane plus nog iemand een paar jaar geleden in Nature.
    Daarin hebben ze een theorie over de evolutie van eukaryoten, verklaren ze de drempel, sprong of hoe je het ook noemen wil van pro- naar eukaryoot door de scheiding van energie(centrale) na de assimulatie van mitochondrien en reproductie van genetisch materiaal die dus veel energie zou kosten. Ik vat het nu even slordig samen.

    Ik bedoelde de paragraaf Genetic load in het artikel van Gregory waarnaar verwezen werd door Moran. Palazzo AF, Gregory TR (2014) The Case for Junk DNA. PLoS Genet 10(5): e1004351. doi:10.1371/journal.pgen.1004351
    Dat verhaal riep bij mij de vraag op hoe het zit met die grote verschillen en of bijvoorbeeld uien dan zoveel (meer) mutaties hebben dan wij, want meer ‘junk’ dan wij.

    PB noemde hierboven zich zelf als enige onderzoeker/wetenschapper. De rest kwaakt alleen maar na.

  33. harry pinxteren maart 25, 2015 om 21:44

    PB

    ik hoop dat je nu eens een keer wil antwoorden op mijn vraag

    ik ben het met je eens als je bouwplan als metafoor neemt, en niet als uitdrukking of nog erger als bewijs van ID,

    en ik kan dat dan ook niet rijmen met onderzoek dat ik ken, en vooral niet met je bewering:

    ‘Willekeurige mutaties kunnen hier slechts degeneratief zijn….

    zo lees ik bijvoorbeeld dat placozoan opsinen ‘ cannot bind retinal, because they lack the amino acid to which binds retinal. Het blijkt te gaan om ‘lysine-296′. Dus één aminozuur, ofwel één mutatie of ´variation´, zoals Darwin het noemt, maakt het verschil in functionaliteit. In dit geval een zeer groot verschil, noem het voor mijn part een voordeel: Er zij licht
    Ofwel zonder dat ene aminozuur blijft het donker.

    Hoezo zijn ‘willekeurige’ mutaties ‘degeneratief’? Bouwplannen of hoe je het ook noemen wil, blijken zeer robuust. Dat blijkt uit allerlei onderzoek. En wat is trouwens een willekeurige mutatie? het rollen van dobbelstenen of van rouletteballetjes is willekeurig. En nog een paar van die dingen. Maar het rijgen van aminozuren ook?

    En ja, inderdaad, robuustheid, en het daarmee het vermogen tot innovatie, dat is iets wat natuurlijke selectie niet kan verklaren. Ns kan ueberhaupt niks verklaren. Alleen beschrijven: achteraf.

    • pluri bara maart 26, 2015 om 14:56

      Die ene mutatie is ook echt niet wat je nodig hebt om opsines te maken/coderen. Het is lysine-296 in de contect van het eiwt zelf. Het is een functioneel systeem, niet een additie van afzonderlijke aminozuren, zaols de Darwinistch reductionisme het wil hebben.

      Darwinistische verhaaltjes kun je natuurlijk achteraf altijd wel bedenken. Dat is het sterke (maar tevens extreem zwakke) van Darwins principe (wat overigens niet Darwins bedenksel was).

      Dus als je me de referentie geeft, zal ik het even voor je duidelijk maken.

  34. Arno Wouters maart 26, 2015 om 01:22

    Deze blogbijdrage is helaas aan mijn aandacht ontsnapt, anders had ik wel eerder gereageerd. Ik verdiep me al enige jaren in het junk DNA debat omdat het een discussie is die geplaagd wordt door onzorgvuldig taalgebruik, gebrekkige definities en conceptuele onduidelijkheden. Zoiets is voer voor filosofen. Voor mij zeker, daar ik meerdere publicaties over functiebegrippen in de biologie geproduceerd heb.

    De beste poging om conceptuele helderheid in deze te brengen is volgens mij het artikel van Germain, Ratti & Boem Junk or functional DNA? ENCODE and the function controversy in Biology and Philosophy verleden jaar. Een aanrader! Het artikel is helaas geen open access, maar als je toegang heb tot een universiteitsbibliotheek gemakkelijk te achterhalen. Ik neem aan dat de auteurs je op verzoek graag een reprint sturen.

    In de bovenstaande post en de commentaren daarop komen volgens mij een aantal misvattingen naar voren.

    Ten eerste: ENCODE heeft in haar wetenschappelijke publicaties nooit beweerd dat ten hoogste 20% van het menselijk genoom junk is, noch dat 80% van het menselijk DNA functioneel is. Wat ze wel hebben beweerd is letterlijk is dat ze in staat geweest zijn ‘‘to assign biochemical functions for 80 % of the human genome” (nadruk van mij).

    Volgens mij komen deze drie beweringen niet op hetzelfde neer.

    Zoals Germain et al. aantonen geeft ENCODE een duidelijke definitie van wat ze met ‘biochemische functie’ bedoelen, nl. biochemische activiteiten die waarschijnlijk interessant zijn ivm biochemisch en biomedisch onderzoek’.

    Als we zeggen dat 80% van het menselijk genoom “functioneel” is hebben we het echter meestal niet over biochemische functies die voor menselijke onderzoekers mogelijk interessant zijn, maar over wat ik ‘functie als biologische rol’ noem: de rol van het genoom in de groei, de ontwikkeling, het onderhoud en de reproductie van het organisme. Functioneel DNA is daarmee een subset van DNA met een biochemische functie in ENCODE’s zin. Het is heel goed mogelijk dat 80% van het menselijk DNA een biochemische functie heeft (in ENCODE’s zin van ‘biochemische functie’), terwijl maar 2% van het DNA functioneel is in de alledaagsere zin van het woord ‘functioneel’.

    De gebruikelijke definitie van junk DNA is DNA waarvan de volgorde niet van belang is voor de groei, ontwikkeling, onderhoud en reproductie.

    Germain et al. concluderen volgens mij dan ook terecht dat ENCODEs claims nogal irrelevant zijn in het kader van het junk DNA debat.

    Ten tweede: de term ‘junk DNA’ is nooit gedefineerd geweest als “DNA dat niet voor eiwitten codeert”, noch als ‘non-coding DNA’ noch als “DNA dat voornamelijk uit transposable elements bestaat”, noch als “dat deel van het genoom dat geen genen bevat en waarvan men de functie niet kent.” De term ‘junk DNA’ verwijst anders dan termen als ‘gen’, ‘non-coding DNA’, ‘transcription binding factor’ niet naar een bepaald soort DNA, maar naar de hypothese dat het grootste deel van het DNA geen biologische rol heeft. Het staat dus geenszins “open of aan het junk wel of geen functie verbonden is”. Junk DNA is per definitie DNA dat geen functie als biologische rol heeft. Wat wel open staat is de vraag of het DNA waarvan veel biologen nu menen dat het junk is ook werkelijk junk is. Als zou blijken dat transposable elementen een belangrijke biologische rol vervullen is daarmee aangetoond dat transposable elementen geen junk zijn, niet dat junk DNA een functie heeft.

    Ten derde: ik begrijp niet goed wat jullie met ‘Darwinisten’ bedoelen, maar als die term synoniem is met ‘adaptationisten’ dan is het bepaald niet zo dat Darwinisten dolenthousiast zijn over het bestaan van junk DNA. Integendeel, junk DNA is vooral een boost geweest voor de neutrale theorie. Adaptationisten stonden nogal sceptisch tegenover junk DNA.

    Ten derde: wie meent dat het bij de functies die ENCODE identificeerde “in veel gevallen om aspecifieke binding van transcriptiefactoren” ging, heeft waarschijnlijk niet veel meer van ENCODE gelezen dan dat ene inleidende artikel met die beruchte zin over 80% biochemische functie. De echte publicaties laten volgens Germain et al. een heel ander beeld zien (als voorbeeld bespreken ze het open access Architecture of the human regulatory network derived from ENCODE data).

    • pluri bara maart 26, 2015 om 15:16

      Waar het echt om gaat in de internet-discussies over junk DNA, is dat genomen verklaart moeten worden middels selectie. Daar komt het hele idee van junk DNA vandaan.

      Wat ik een beetje in het verhaal van Germain et al mis, is het geven dat junk DNA reeds veel eerder werd aangenomen door de NeoDarwinisten om schadelijke random mutaties in te laten verdwijnen (in junk DNA hebben ze geen effect, dacht men, nadat inde jaren 1950 duidelijk was geworden dat mutaties veel meer voorkomen dan gedacht en ze altijd degeneratief zijn).

      Het is dus bedacht door de selectionisten, ook wel bekend als Darwinisten. Het zijn de enige echte science stoppers.

    • Arno Wouters maart 27, 2015 om 15:28

      Ik zie net dat Dan Grauer in ruil voor een laaghartige persoonlijke aanval op Germain, Ratti en Boem hun artikel via zijn persoonlijke dropbox site gratis ter beschikking stelt.

  35. Arno Wouters maart 26, 2015 om 01:33

    Marleen maart 24, 2015 om 21:42″ Ik denk niet dat een genoom zonder junk levensvatbaar is met uitzondering van de genomen die gewoonlijk al zonder junk zijn. Je kunt van alles bedenken waarom junk goed uitkomt, bijvoorbeeld als buffer voor mutaties, of als ‘spons’ voor een teveel aan transcriptiefactoren tot een regulering van de lengte van de S-phase van de cel cyclus.”

    Zie hier de adaptationist die niet in junk gelooft!

    Waar haal je overigens het idee vandaan dat junk DNA als buffer verkeerd of kan fungeren?

  36. Marleen maart 26, 2015 om 01:38

    Arno, het is laat, maar even dit: junk DNA werd in eerste instantie door Ohno, de ‘uitvinder’ van junk DNA, gedefinieerd als redundante (gedupliceerde) genen die hun functie verloren waren als gevolg van mutaties.

    Een citaat uit: Ohno 1973: Evolutional reason for having so much junk DNA. In Modern Aspects of Cytogenetics: Constitutive Heterochromatin in Man (ed. R.A. Pfeiffer), pp. 169-173. F.K. Schattauer Verlag, Stuttgart, Germany.

    1) Natural selection is an extremely conservative force. So long as a particular function is assigned to a single gene locus in the genome, natural selection only permits trivial mutations of that locus to accompany evolution. 2) Only a redundant copy of a gene can escape from natural selection and while being ignored by natural selection can accumulate meaningful mutation to emerge as a new gene locus with a new function. Thus, evolution has been heavily dependent upon the mechanism of gene duplication. 3) The probability of a redundant copy of an old gene emerging as a new gene, however, is quite small. The more likely fate of a base sequence which is not policed by natural selection is to become degenerate. My estimate is that for every new gene locus created about 10 redundant copies must join the ranks of functionless DNA base sequence. 4) As a consequence, the mammalian genome is loaded with functionless DNA.

    • Arno Wouters maart 26, 2015 om 02:45

      Marleen, hoewel Ohno’s ““So much ‘junk’ DNA in our genome” (1972) vaak genoemd wordt in discussies over junk DNA, is er geen enkele reden om Ohno als de uitvinder van die term te zien. Hijzelf pretendeert dat ook niet. De term was al in de 60-er jaren in gebruik. Misschien nog wel eerder.

      In Ohno’s artikel (dat ik hier voor me heb liggen) komt die term overigens alleen in de titel voor. Verder heeft hij het over ‘degeneracy’, hetgeen hij contrasteert met ‘DNA that is utilized in genes’. In het artikel dat jij hier citeert heeft hij het over ‘functionless DNA’. Junk DNA is bij hem dus, zoals ik zei, per definitie DNA dat niet gebruikt wordt c.q. geen “positive functie” heeft.

    • pluri bara maart 26, 2015 om 15:18

      Klopt, het was reeds eerder in omgang. Het is een uitvinding van de NeoDarwinistische theoretici.

      Waar het echt om gaat in de internet-discussies over junk DNA, is dat genomen verklaart moeten worden middels selectie. Daar komt het hele idee van junk DNA vandaan.

      Wat ik een beetje in het verhaal van Germain et al mis, is het geven dat junk DNA reeds veel eerder werd aangenomen door de NeoDarwinisten om schadelijke random mutaties in te laten verdwijnen (in junk DNA hebben ze geen effect, dacht men, nadat inde jaren 1950 duidelijk was geworden dat mutaties veel meer voorkomen dan gedacht en ze altijd degeneratief zijn).

      Het is dus bedacht door de selectionisten, ook wel bekend als Darwinisten. Het zijn de enige echte science stoppers.

  37. Marleen maart 26, 2015 om 01:45

    Arno,

    Met betrekking tot de ‘rol’ die junk DNA zou kunnen vervullen als buffer, ‘spons’, of regulator van de S-phase, dat kunnen heel goed bijverschijnselen van het junk zijn die verder niets met adaptation te maken hebben.

    Ik begrijp je opmerking daarom niet. Ik ben geen Darwinist, of adaptionist, ik ben gewoon Marleen. En mocht junk een van deze rollen vervullen dan blijft het nog steeds junk.

    • Arno Wouters maart 26, 2015 om 02:51

      “mocht junk een van deze rollen vervullen dan blijft het nog steeds junk.”

      Het blijft junk zoals Marleen junk definieert, maar het blijft geen junk volgens de gebruikelijke definitie van junk als DNA dat geen biologische rol heeft.

      Maar veel belangrijker was mijn vraag: “Waar haal je overigens het idee vandaan dat junk DNA als buffer fungeert of kan fungeren?” Dat lijkt me namelijk zo onwaarschijnlijk dat ik als dat het geval blijkt te zijn ID een stuk serieuzer zou gaan nemen dan ik nu doe.

    • pluri bara maart 26, 2015 om 15:20

      En maar om de hete brei heendraaien. Marleen, waarom kun je niet gewoon toegeven dat er veel minder junk is dan de Darwinsten beweerden en nodig hadden voor hun theoretische modellen? Ben je atheist?

  38. Marleen maart 26, 2015 om 01:54

    Arno, het is nu nog later, maar mag ik je attent maken op hoe de pers er een hype van maakte en de belangrijkste woordvoerder van het ENCODE project Ewan Birney, de 80% claim, “At least 80 percent of this DNA is active and needed.” stelde in de NYT.

    Far from junk DNA…

    • Arno Wouters maart 26, 2015 om 02:12

      Marleen, dit alles is mij bekend.

      Mag ik jou vragen nogmaals te lezen wat ik schreef?

      Wacht, ik zal het even voor je citeren:

      NCODE heeft in haar wetenschappelijke publicaties nooit beweerd dat ten hoogste 20% van het menselijk genoom junk is, noch dat 80% van het menselijk DNA functioneel is.

    • Arno Wouters maart 26, 2015 om 11:31

      Marleen, in aanvulling op wat ik vannacht schreef:

      Inderdaad er is een enorme hype gemaakt van het idee dat ENCODE het bestaan van junk DNA zou ontkrachten en sommige leiders van ENCODE hebben die hype lekker aangewakkerd, terwijl veel overige betrokkenen zich het lekker lieten aanleunen.

      Allemaal fout. Hardstikke fout (mijn waardeoordeel!).

      Maar daar uit volgt natuurlijk geenszins dat ENCODE zelf een hype was zoals jij suggereert. Noch rechtvaardigt het de in de bio-blog-o-sphere routinematige associate van ENCODE met fiasco..

      Het was zeker niet zo dat ENCODE’s grootste claim in de 30 papers met eindresultaten de claim is dat het genomen voor niet meer dan 20% junk is. Integendeel die claim is in geen van deze papers terug te vinden.

      Ook de claim die er wel in voorkomt (‘‘These data enabled us to assign biochemical functions for 80% of the genome, in particular outside of the well-studied protein-coding regions”) is meer een uiting van trots na jaren hard werken (kijk eens dit hebben we gedaan, we hebben van maar liefst 80% van het menselijk genoom kunnen vast stellen wat het doet, dat is nog niemand eerder gelukt!), dan een centrale inhoudelijke claim. Buiten die eerste alinea van het samenvattende paper krijgt die claim in die 30 papers geen aandacht.

      Het is volgens mij (waardeoordeel!) dan ook volkomen idioot om op die claim te focussen als je het hebt over de waarde van ENCODE.

      Ik ben het dus geheel eens met gert korthof maart 23, 2015 om 09:43:

      Het onderzoek is noodzakelijk net zoals indertijd het sequencen van het menselijk genoom. De problemen ontstaan pas bij de interpretatie en de conclusies. Maar dan moet het onderzoek wel eerst gedaan worden!

      en met gert korthof maart 23, 2015 om 16:39

      Ik zou het ENCODE onderzoek niet gauw weggegooid geld durven noemen: je weet toch nooit van te voren waar er uit het onderzoek komt? Als je het al weet dan hoef je het onderzoek niet te doen! Achteraf is het makkelijk oordelen.

      Goed gezegd Gert!

  39. Arno Wouters maart 26, 2015 om 01:55

    Marleen heeft het in haar post over “de onion test van T. Ryan Gregory, die stelt dat het genoom van een simpele ui zo enorm groot is tegenover het genoom van een mens dat het wel heel veel junk moet bevatten.”

    Over welk artikel van Ryan Gregory heb je het hier?

    Ik ken alleen zijn blogbijdrage van 25 April 2007: The Onion Test

    Hierin presenteert hij de onion test niet als een algemeen argument voor de stelling dat het genoom van de ui heel veel junk moet bevatten, maar als een test voor een bepaald soort theorieën, nl. theorieën die een universele functie voor wat volgens hem junk is poneren:

    The onion test is a simple reality check for anyone who thinks they have come up with a universal function for junk DNA. Whatever your proposed function, ask yourself this question: Can I explain why an onion needs about five times more non-coding DNA for this function than a human?

  40. Marleen maart 26, 2015 om 01:58

    Klopt Arno, jij en Gregory zeggen het beter dan ik.

  41. Marleen maart 26, 2015 om 03:10

    Arno, ik hou niet zo van nesten, dus schrijf mijn reacties op je laatste comment hier.

    Je vroeg: “Maar veel belangrijker was mijn vraag: “Waar haal je overigens het idee vandaan dat junk DNA als buffer fungeert of kan fungeren?” Dat lijkt me namelijk zo onwaarschijnlijk dat ik als dat het geval blijkt te zijn ID een stuk serieuzer zou gaan nemen dan ik nu doe.”

    Voor de duidelijkheid, ik doel niet op fysieke bescherming van het DNA voor fysische of chemische ‘agents’ die het DNA zouden kunnen altereren.
    Het is eenvoudigweg een kwestie van kansberekening. Heb je een genoom dat voor 100Gb een vaststaand aantal mutaties kan absorberen vergeleken met een functioneel (!) genoom van 2Gb (ik noem maar een getal) dan worden deze mutaties in het eerste geval gedistribueerd over 100Gb (het totale genoom) en in het tweede geval over slechts 2 Gb (het coderende deel van het genoom) die ook nog eens functioneel zijn. Mutaties in zo een kleine en bovendien essentieel deel van het genoom zouden desastreus zijn.

    Vreemd dat je dat vraagt, het is geen onbekend argument. De verlenging van de S-phase wordt daarentegen veel minder aangevoerd als mogelijke ‘rol’ voor junk DNA.

    • pluri bara maart 26, 2015 om 15:25

      Kansbereking? Daar doen evologen niet aan, dacht ik, want het sluit elke vorm van NON-FRONTLOADED evolutie uit.

      Zie je, dat het junk DNA argument gebaseerd is op theoretische overwegingen…de NeoDarwinos hebben het bedacht (zoals ik boven aangaf).

  42. Arno Wouters maart 26, 2015 om 04:47

    Marleen maart 26, 2015 om 3:10 schrijft:

    Heb je een genoom dat voor 100Gb een vaststaand aantal mutaties kan absorberen vergeleken met een functioneel (!) genoom van 2Gb (ik noem maar een getal) dan worden deze mutaties in het eerste geval gedistribueerd over 100Gb (het totale genoom) en in het tweede geval over slechts 2 Gb (het coderende deel van het genoom) die ook nog eens functioneel zijn. Mutaties in zo een kleine en bovendien essentieel deel van het genoom zouden desastreus zijn.

    Marlee, je doet alsof er een kabouter A is die pakweg 10 mutaties creëert, terwijl kabouter B die 10 mutaties zo onschadelijk mogelijk wil houden en zijn functionele genoom van 2 Gb daarom uitbreid tot 100 Gb. Daardoor komen die 10 mutaties voor het grootste deel van in een ongevaarlijke zone terecht en is het genoom gered.

    Om zoiets te verzinnen moet je niet alleen ultra-adaptationistisch aangelegd zijn, maar ook nog eens in kabouters geloven!

    Als je niet in kabouters gelooft ziet de kansberekening er heel anders uit:

    Als we even aannemen dat er 10 mutaties per 100 Gb per generatie optreden en het functionele gedeelte van het genoom 2Gb is, dan treden er in het functionele deel van genoom van 2Gb (geheel functioneel) in een generatie gemiddeld (10/100)*2=0,2 mutaties op. In het functionele gedeelte van een genoom van 100Gb (2Gb functioneel plus 98Gb Junk) treden onder dezelfde aannamen in een generatie ‘daarentegen’ gemiddeld (10/100)*2=0.2 mutaties op.

    Al die junk heeft je dus geen spat geholpen!!!

    • harry pinxteren maart 26, 2015 om 11:33

      we gaan weer op de bekende toer…..

      arno je vraag die je moet herhalen omdat marleen hem niet beantwoordt, heb ik ook al gesteld. En met verwijzing naar het PLOS artikel van Palazzo en Gregory maart 25, 2015 om 21:27 en de bewuste paragraaf paragraaf Genetic load

      ik herhaal hem ook maar weer even, want ik krijg ook geen antwoord. Terwijl ik nb antwoord op haar eigen vraag maart 25, 2015 om 13:59

      die paragraaf in het PLOS verhaal riep bij mij de vraag op hoe het zit met die grote verschillen in dna (zie fig 1, overzicht van 10,000 organismen) en of bijvoorbeeld uien dan zoveel (meer) mutaties hebben dan wij, want ze hebben veel meer ‘junk’ dan wij.

      En dan heb je nog dat plantje van Nico natuurlijk. Helemaal geen junk, alleen functioneel dna.

      Ik denk niet dat ‘sommetjes’ hier veel duidelijk maken, laat staan aannames bij het schatten van kansen op mutaties.

      Ben benieuwd

    • pluri bara maart 26, 2015 om 15:27

      Helemaal goed gezien, Arno. We hebben te maken met een ultraselectionistisch adaptionisme.

      We weten dat het genoom niet zo kan worden verklaard. Genetic redundancy, Kimura, etc.

  43. Arno Wouters maart 26, 2015 om 11:37

    Marleen maart 26, 2015 om 03:10: “ik hou niet zo van nesten”

    Ik ook niet. Ik raak er nogal eens van in de war. Omdat de meningen hierover echter verdeeld zijn, ga ik er meestal van uit dat de blogeigenaar een voorkeur heeft voor nesten als hij of zij het nesten aan heeft staan. Goed om te weten dat jij er anders over denkt!

    Misschien is het handig om het nesten uit te zetten?

  44. Arno Wouters maart 26, 2015 om 13:16

    Harry, Marleen, Nand:

    nand braam maart 24, 2015 om 21:19:

    Stel we hebben een mens met uitsluitend functioneel DNA, dus zonder junk-DNA. Functioneert die (hypothetische) mens, volgend jou, zoals de gewone mens?? De vraag geldt voor niet alleen voor momentaan, maar ook op de lange termijn??

    Marleen maart 24, 2015 om 21:42:

    Ik denk niet dat een genoom zonder junk levensvatbaar is met uitzondering van de genomen die gewoonlijk al zonder junk zijn.

    Anders dan Marleen meent, moet Nands vraag volgens mij als het om individuele levensvatbaarheid gaat (en je allerlei kennis die we aan junk DNA ontlenen niet meetelt) per definitie min of meer met ‘ja’ beantwoord worden, zowel momentaan als op lange termijn.

    ‘min of meer’ omdat ‘junk’ meestal gedefinieerd wordt als DNA dat geen basevolgorde gebonden biologische rol heeft. DNA kan echter ook niet volgorde gebonden rollen hebben (dit worden doorgaans ‘structureel DNA’ of ‘spacing DNA’ genoemd). Zo moet er bijvoorbeeld voldoende ruimte tussen twee genen zitten om ze apart te kunnen overschrijven. ‘min of meer’ moet je dus lezen als ‘mits er voldoende structureel dna is’.

    De empirische kwestie is: hoeveel van het menselijk DNA is junk? Hierover verschillen de ter zake kundigen voor zover ik weet van mening. Echte junkies (zoals Harry’s held Larry Moran) houden het op minder dan 2%.

    harry pinxteren maart 25, 2015 om 21:27

    Dat verhaal [Palazzo & Gregory 2014] riep bij mij de vraag op hoe het zit met die grote verschillen en of bijvoorbeeld uien dan zoveel (meer) mutaties hebben dan wij, want meer ‘junk’ dan wij.

    De mutatierate is voorzover ik weet voor alle organismen die van het DNA polymerase III replisome gebruik maken ongeveer 10 tot de macht -10 per nucleotidepaar (per replicatie). Uien hebben veel meer DNA dan mensen dus, ja, uien hebben zoveel meer mutaties dan wij.

    Hoe het met dat blaasjeskruid zit weet ik niet.

    • pluri bara maart 26, 2015 om 15:44

      Laten we nu eens eerlijk naar het genoom kijken.

      Eerst was er alleen maar mRNA voortbrengende genen.

      De rest was junk.

      Toen werden tRNA en rRNA ontdekt.

      Toen werden de nucleare sncRNA ontdekt (snRNA, TERC, U-RNA, RMRP, RNAP, piRNA) en de cytoplasmatische sncRNA (SRP RNA, miRNA, siRNA) en de lncRNA.

      Toen ontdekten we de betekenis van TEs (variatie-inducerende genetische elementen) .

      Toen kwam ENCODE 1(2007: 98% van het genoom wordt in RNA omgezet) enENCODE 2(2012: 80% van het genoom heeft een of meer biochemische affiniteiten).

      Er komt wel degelijk steeds minder minder junk en meer functie.

      Het percentage junk neemt dus echt af.

      Kunnen de Darwino’s dat toegeven?

  45. Marleen maart 26, 2015 om 14:27

    Arno,

    Ik schreef: een vaststaand aantal mutaties. Dat betekent dat je die niet 10/100 als uitgangspunt neemt. Hetgeen ik schreef komt voort uit een historische context. Men schijnt te weten dat er elke generatie nieuwgeborenen 100 mutaties in het genoom zitten. Zou het hele genoom functioneel zijn, dan zou dit de boel danig in de war sturen.

    Dat snapte je vast wel.

  46. Marleen maart 26, 2015 om 14:28

    Harry,

    Hoe kom je erbij dat ik Arno niet antwoord. Bovendien zou dat een probleem zijn tussen hem en mij, denk je niet? Iets waar jij niets mee te maken hebt.

    Nu jouw vraag. Laat ik nog eens kijken. Je vraag luidt: hoe zit het nou met die enorme verschillen in junk DNA die je observeert in de verschillende soorten. Dat is toch geen vraag. Iedereen mag vragen, Vragen is niet dom. Maar dit is echt geen vraag.

    De paragraaf ‘Genetic load’ gaat precies over datgene waar ik met Arno over discussieer. Het lijkt me duidelijk dat het idee van junk DNA als buffer voor mutaties hier goed verwoord wordt.

    Verder, dat artikel kun je zelf lezen, daar heb je mij niet voor nodig.

  47. Marleen maart 26, 2015 om 14:34

    Harry en Arno,

    Waarom telt de mening van Larry Moran zo zwaar eigenlijk? Hij schrijft zelf nauwelijks, citeert vooral. Hij is een biochemicus. Waarom wordt de man er voortdurend bijgehaald. Jerry Coyne begrijp ik, en PZMyers ook, maar Larry Moran, niet.

  48. nand braam maart 26, 2015 om 14:34

    @ Arno

    Voor mijn goede begrip nog wat vragen.

    We kunnen het DNA dus opdelen in functioneel DNA, structureel DNA /spacing DNA en junk-DNA. Is dat juist?

    Functioneel DNA vervult een biologische/biochemische functie én is basevolgorde gebonden. Is dat juist?

    Structureel/spacing DNA is DNA dat wel een rol/functie heeft ,maar niet basevolgorde gebonden. Is dat juist?

    Junk-DNA is DNA dat én niet basevolgorde gebonden is én geen biologische functie/rol heeft. Is da

    • pluri bara maart 26, 2015 om 15:49

      Ik heb in mijn boek het DNA opgedeeld in drie katagorien:

      1) essentieel
      2) non-essentiel
      3) redundant

      Dit zegt iets over functionaliteit, niet over selecteerbaarheid (Want dat is een onzinne Darwinistische indeling).

      Functie en redundantie (niet-selecteerbaarheid) gaan heel goed samen en deze observatie deed mij overgaan tot het opstellen van een nieuwe non-seectionisistche biologie inclusief een nieuwe evolutietheorie (preformationisme).

      Mijn boek werd en wordt grootdeels genegeerd door the Darwinsitsche establischment (die er overigens altijd naast zi, leert de gschiedenis).

  49. Arno Wouters maart 26, 2015 om 14:50

    Marleen maart 26, 2015 om 14:27:

    Ik schreef: een vaststaand aantal mutaties. … Dat snapte je vast wel.

    Dat snapte ik inderdaad. Mijn punt was dan ook precies dat een foute veronderstelling is. De kans dat een nucleotide muteert is onafhankelijk van de genoomsize en dus neemt het aantal mutaties toe als de genoomsize toeneemt.

  50. Marleen maart 26, 2015 om 14:58

    Arno, wat je hierboven schrijft is wat hier de laatste tijd ook wel een open deur genoemd wordt. Waar het om gaat is dat een genoom dat 100% functioneel is teveel zou muteren om nog viable te zijn.

    Bovendien laat het echte functionele DNA een hoge conservering van de sequentie zien in tegenstelling tot het junk.

    • pluri bara maart 26, 2015 om 16:05

      Dat is dan ook een heel sterk argument voor YECs. Lees ook eens iets buiten de box, neem Sanfords boek Genetic Entropy eens om te beginnen.

      Heb ik Korthof 100 jaar geleden ook al een aangeraden.

  51. Arno Wouters maart 26, 2015 om 15:14

    Marleen maart 26, 2015 om 14:27:

    Ik schreef: een vaststaand aantal mutaties. … Dat snapte je vast wel.

    Dat snapte ik zeker! Mijn punt was dan ook precies dat dat een foute veronderstelling is. De kans dat een nucleotide muteert is onafhankelijk van de genoomsize en dus neemt het aantal mutaties toe als de genoomsize toeneemt.

    Men schijnt te weten dat er elke generatie nieuwgeborenen 100 mutaties in het genoom zitten.

    Dat soort berekeningen is afhankelijk van veronderstellingen betreffende de grootte van het genoom!

    Anders dan de base mutation rate van 10 tot de macht -10 mutaties per nucleotide per replicatie die voor een groot deel van de organismen geldt, is het aantal mutaties per persoon per generatie afhankelijk van de genoomsize en dus van de species.

    Zou het hele genoom functioneel zijn, dan zou dit de boel danig in de war sturen.

    Hoe kom je daar bij? Volgens mij zouden er als het hele genoom functioneel zou zijn minder mutaties per generatie zijn.

    Je bufferfunctie-argument tegen junk kan dus de prullenbak in!

    Dan hebben we nog het genetic load argument voor junk. Heel ruw samengevat verloopt dit argument ongeveer zo. Het begint met de observatie dat er 130 mutaties per nieuwgeboren mens zijn. Stel dat al die mutaties zich in het functionele deel van het genoom zouden bevinden dan zouden de meeste nieuwgeborenen niet levensvatbaar zijn (het functionele genoom kan niet meer dan 3 mutaties verdragen). Daar de meeste nieuwgeborenen wel levensvatbaar zijn vindt het overgrote deel van de mutaties dus in het junk deel plaats. Daar de mutaties random verdeelt zijn over het genoom moet dat junk deel dus erg groot zijn.

    Marleen, heb je het genetic load argument voor junk en het bufferfunctie argument tegen junk door soms per ongeluk door elkaar gehaald?

  52. Marleen maart 26, 2015 om 15:24

    Nee Arno,

    Jij ziet niet dat het hetzelfde is en nu spreek je dus jezelf tegen door het in de prullenbak te gooien

  53. Arno Wouters maart 26, 2015 om 15:24

    Marleen maart 26, 2015 om 14:58

    Waar het om gaat is dat een genoom dat 100% functioneel is teveel zou muteren om nog viable te zijn.

    Wat is je evidentie voor die stelling?

    Het artikel dat het genoom van blaasjeskruid (Utricularia gibba) beschrijf beweert precies het tegenovergestelde:

    The compressed architecture of the U. gibba genome indicates that a small fraction of intergenic DNA, with few or no active retrotransposons, is sufficient to regulate and integrate all the processes required for the development and reproduction of a complex organism.

  54. Arno Wouters maart 26, 2015 om 15:29

    @nand braam maart 26, 2015 om 14:34: interessante vragen, ik kom er op terug, maar dat kan een paar dagen duren. Ik moet nu zorgen dat ik eten krijg en de komende dagen zal ik ook niet veel tijd hebben (maar wie weet schiet een of andere slapeloze nacht je te hulp😉 )

  55. Arno Wouters maart 26, 2015 om 15:32

    Marleen, kennelijk breekt mijn slaapgebrek me op, maar ik kan je niet volgen. Help me even alsjeblieft: hoe kan het buffer-argument tegen junk precies hetzelfde zijn als het genetic load argument voor junk???

    • pluri bara maart 26, 2015 om 16:13

      Je bent goed op weg Arno…

      Dit deed ik ook op verschillende blokjes…ban, ban, ban.

      je mag niet te veel vragen, hoor…want het moet wel geheim blijven dat er geen bal van evolutionisme, en dan met name de onzin van de Neodarwinos, klopt.

  56. Marleen maart 26, 2015 om 15:34

    ik kom er later op terug Arno, moet nu weg

  57. leonardo maart 26, 2015 om 15:34

    Marleen

    Er is dus dat artikel van Zimmer.

    Het was voor mij niet zo moeilijk om een “tegen”-artikel te vinden: Bits of Mystery DNA, Far From ‘Junk,’ Play Crucial Role van ene Gina Kolata – een zeer jong artikel ook, gezien de tijdslijnen in de wetenschap.

    Wetenschap.
    Hoe moeilijk is weten?
    Ik hoop dat de analogie die volgt duidelijk genoeg is.

    In een betrekkelijk korte periode zijn er 3 vliegtuigen neergestort.

    Eentje boven de Indische Oceaan.
    De Amerikanen zeiden onmiddellijk dat ze alles wisten.
    Er is nog niets duidelijk.

    Eentje boven Ukraine.
    De Amerikaanse President vertelde een verhaaltje. Alle Amerikanen en NL-ers geloven hem.
    De Russische Poetin vertelde een verhaaltje. Alle Russen geloven hem.
    Er is nog niets duidelijk.

    En er is een vliegtuig boven de Alpen neergestort.
    Zeer dichtbij, alles waarneembaar, resten zichtbaar.
    Nu wordt de copiloot beschuldigd.
    Met recht – of uit gemakzucht? (J kent inmiddels de wijze raad: : any social scientist who cannot think of at least three equally valid separate theoretical explanations for any single empirical fact should consider changing career.)

    Wat ik bedoel is: met die vliegtuigen hebben we materie in de hand die we zelf gecreëerd hebben en weten niks.
    Bij DNA zien we een computerplaatje = gemodelleerde interpretatie van materie, die we wel verzameld hebben, maar waarvan we verder niet weten hoe of wat.
    En twee zienswijzen.

    Ik hoop niet dat je dit een poging vindt tot nodeloos verwarring stichten, maar, mocht je er verward van worden, dan ga ik me daar verder niet druk om maken.

  58. Arno Wouters maart 26, 2015 om 15:37

    Marleen, wat is je bron voor je stelling dat het aantal mutaties per generatie onafhankelijk is van de genoomsize?

    • harry pinxteren maart 26, 2015 om 16:56

      Marleen

      ik weet het even niet meer

      De paragraaf ‘Genetic load’ gaat precies over datgene waar ik met Arno over discussieer. Het lijkt me duidelijk dat het idee van junk DNA als buffer voor mutaties hier goed verwoord wordt.

      Die paragraaf heb ik je gegeven als antwoord op jouw vraag (zie boven) omdat dit het laatste artikel is dat over het punt van discussie hier gaat.

      Ik kan het artikel verder lezen, maar mijn vraag was gericht aan jou, nav jouw interpretatie en opmerken over die uientest

      Je kunt mijn vraag als dom afdoen, maar dan houdt elke discussie op- voorzover dat nog niet het geval was.

      Misschien kun je me nog even aangeven waarom die vraag dom is en waarom hij nergens op slaat
      trouwens, waarom zouden discussies hier bilateraal gevoerd moeten worden. Staat dat in je statuten of zo?

  59. Marleen maart 26, 2015 om 17:40

    Nee, Harry, je vraag was niet dom. Ik zei dat het geen vraag was. Je stelde: “hoe zit het met…enz.” Dat is geen gerichte vraag.

    Het (eenvoudige) antwoord heb je van Arno gehad vanmiddag maart 26, 2015 om 13:16 en dat luidde:

    “De mutatierate is voorzover ik weet voor alle organismen die van het DNA polymerase III replisome gebruik maken ongeveer 10 tot de macht -10 per nucleotidepaar (per replicatie). Uien hebben veel meer DNA dan mensen dus, ja, uien hebben zoveel meer mutaties dan wij.
    Hoe het met dat blaasjeskruid zit weet ik niet.”

    Ik ben het daar helemaal mee eens, behalve dat de mutation rate per soort kan verschillen. Niet veel, maar hij kan verschillen.

  60. Marleen maart 26, 2015 om 18:40

    Leonardo,

    Ik ben niet zeker of ik de analogie begrijp. Het zou kunnen dat ik nu als een verward persoon overkom, maar daar maak je je niet druk om zeg je.
    Mag ik de analogie dan gebruiken om af te schilderen hoe je makkelijk tot drie verklaringen komt voor junk DNA. Hier volgen drie verklaringen als poging om at least three equally valid separate theoretical explanations te geven. Het probleem is alleen dat ze niet equally valid zijn vanuit mijn optie. De wijze raad is mooi, maar iedere wetenschapper heeft een bepaalde achtergrond en zal theoretische verklaringen nooit als gelijkwaardig beschouwen. Er zijn altijd meer of minder waarschijnlijke verklaringen.

    1 de creationisten beweren dat junk voor 100% functioneel is.
    (Dat is een mogelijkheid, maar gezien de onion test erg onwaarschijnlijk)

    2 de darwinisten beweren dat het junk DNA geen functie heeft

    3 de groep van ENCODE beweert dat het voor 80% functioneel is
    Deze laatsten hebben er met hun neus bovenop gezeten, maar hun woordvoerders maken er naar de pers een potje van, waardoor het hele experiment nu met achterdocht wordt bekeken.

    We hebben het er al eens eerder over gehad, laat je niet afleiden door het computerplaatje. Dat is zo reëel als het maar zijn kan. De verschillende sequenties van DNA, worden wel degelijk fysiek gescheiden op polyacrylammide of ander poreus materiaal, en de verzamelde gegevens worden eenvoudigweg aan de computer doorgegeven, die er een overzichtelijk plaatje van maakt.

  61. Arno Wouters maart 26, 2015 om 18:44

    Nand, volgens mij is het antwoord op als ‘je is het juist?’ vragen van maart 26, 2015 om 14:34 ‘ja, zo ongeveer’.

    Een paar puntjes op de i:

    We kunnen het DNA dus opdelen in functioneel DNA, structureel DNA /spacing DNA en junk-DNA. Is dat juist?

    Het is gebruikelijk om DNA op te delen in functioneel DNA en junk DNA. Een deel van het junk DNA heeft een structurele/spacing rol.

    Persoonlijk vind ik dat echter niet de meest duidelijke indeling. Ik zou het structurele DNA liever als subcategorie binnen ‘functioneel DNA’ classificeren.

    Maar de indeling functioneel vs. junk waarbij junk gesplitst wordt in junk met een structurele rol en junk zonder structurele rol is naar mijn eigen indruk zowel als volgens de studie van Germain, Ratti & Boem (waar ik eerder naar verwees) de gebruikelijke.

    Ik ben er zoals gezegd niet gelukkig mee en zou jouw simpele driedeling of mijn hiërarchische driedeling prefereren.

    Functioneel DNA vervult een biologische/biochemische functie én is basevolgorde gebonden. Is dat juist?

    De term functie wordt volgens mij in de biologie op een aantal verschillende manieren gebruikt. ik heb daar ooit een artikel over geschreven: Four notions of biological function (helaas achter een pay wall, maar ik heb waarschijnlijk nog wel een reprint die ik je mag sturen).

    Voor deze discussie zijn er twee van de vier van belang: functie als activiteit en functie als biologische rol. Bij functie als activiteit gaat het om activiteitskenmerken die beschreven worden onafhankelijk van hun effect op hun omgeving, een standaardvoorbeeld is de hartslag of de biochemische affiniteit, de activeringsenergie etc. Dit is het soort functie waar ENCODE het over had toen ze voltrots beweerde de functie van 80% van het genoom vastgesteld te hebben.

    Als het om junk DNA gaat wordt de term ‘functioneel’ echter op een andere manier gebruikt. Dan gaat het over functie als biologische rol: de bijdrage aan het in leven houden van het organisme (waarbij ik in leven houden zo definieer dat niet alleen survival, maar ook groei, ontwikkeling en reproductie er onder vallen).

    Functioneel DNA (in deze zin van ‘functioneel’) is DNA dat een functie als biologische rol vervult die nucleotidenvolgorde gebonden is.

    Structureel/spacing DNA is DNA dat wel een rol/functie heeft, maar niet basevolgorde gebonden. Is dat juist?

    Ja (mits je rol/functie leest als biologische rol).

    En met de enigszins pedante kanttekening dat het de rol is die al dan niet basevolgorde gebonden is, niet het DNA.

    Junk-DNA is DNA dat én niet basevolgorde gebonden is én geen biologische functie/rol heeft. Is dat

    Ik zou junk DNA het liefst definiëren als DNA dat geen biologische rol heeft.

    Zoals gezegd is dat echter niet gebruikelijk. Gebruikelijk is: junk DNA is DNA dat geen nucleotiden volgorde gebonden biologische rol heeft.

    Hope this helps!

  62. Arno Wouters maart 26, 2015 om 19:19

    Marleen maart 26 om 17:40: ”de mutation rate per soort kan verschillen. Niet veel, maar hij kan verschillen.”

    Interessant! Daar zou ik graag wat meer over horen! Waar heb je dat gelezen? Gaat het inderdaad om de base mutation rate bij het DNAPolymerase III replisome? Voorbeelden?

  63. jeroenj maart 26, 2015 om 21:32

    @all: Wie weet er ergens een langer lijstje dan mens, kogelvis, longvis, blaasjeskruid, ui?

  64. nand braam maart 26, 2015 om 22:49

    @ Arno

    Bedankt voor je uitleg. Ik ben zeker geïnteresseerd in de reprint van jouw artikel . Marleen heeft mijn e-mail-adres. Als je het naar haar opstuurt, stuurt zij het wel door neem ik aan. Maar ik wil het niet op mijn geweten hebben dat je er veel moeite voor moet doen (je hebt het druk) en/of het eigenlijk niet mag (auteursrecht/copyrights moeten we eerbiedigen).

    • Arno Wouters maart 27, 2015 om 09:35

      Nand en andere belangstellenden, mijn Four notions of biological function is op dit moment vrij toegankelijk en vrij downloadbaar. Misschien is het een vergissing van de bank in uw voordeel die over tien minuten hersteld wordt, misschien is het een aanbieding, misschien blijft het zo. Ik zou het niet weten, maar ik zou zeggen: grijp je kans voor het te laat is.

      Ongelukje? Ingreep van de intelligent designer? Natuurlijke selectie? Een hopefull monster? Doelgerichte actie? Stom toeval? Vraag niet hoe het kan, maar profiteer er van!

      Voor het begrip van de biologie is sectie 2 van belang, sectie 3 bevat voornamelijk filosofisch geleuter dat je beter kunt overslaan als je niet op de hoogte bent van het functie-debat in de filosofie van de tijd waarin het geschreven is.

    • jeroenj maart 27, 2015 om 12:19

      Toch maar even nesten, omdat het zo’n zijweg is.
      Ik kom niet verder dan de samenvatting. Projecteer ik als ik de vier vragen van Tinbergen herken?

    • Arno Wouters maart 27, 2015 om 12:57

      “Ik kom niet verder dan de samenvatting.”

      Hm, hier is iets vreemds aan de hand. Ik ontdekte na mijn vorige post dat ik niet alleen gratis toegang heb tot mijn eigen artikel maar tot vrijwel alle tijdschriften van Elsevier! Ik zit thuis op dezelfde computer waarmee ik gisteren bij mijn eigen artikel op een pay wall stuitte en ben ook niet ingelogd op een universitaire computer via VPN. Bij Springer stuit ik daarentegen wel op de gebruikelijke pay walls.

      Zou Elsevier een cookie bij mij geïnstalleerd hebben dat mij gratis toegang geeft???

      Heb je al geprobeerd om de cache van je browser te legen?

    • Arno Wouters maart 27, 2015 om 13:12

      “Projecteer ik als ik de vier vragen van Tinbergen herken?”

      Nee, je projecteert niet. In mijn The Functional Perspective of Organismal Biology ga ik uitgebreider in op de relatie tussen mijn ideeën en Tinbergen’s four why’s. Ik beargumenteer daar bovendien dat het onjuist is Mayrs proximate causation gelijk te stellen met Tinbergens causes en development en Mayrs ultimate causation met Tinbergens evolutie en survival value en ook dat Tinbergens four why’s de voorkeur verdienen boven Mayrs proximate en ultimate causations. De sectie over Dennett kun je beter overslaan. Ik ben nog steeds boos op de referee die me ‘dwong’ me door Darwin’s Dangerous Idea te worstelen.😉.

    • Arno Wouters maart 27, 2015 om 17:45

      Nu kan ik ook niet meer bij mijn artikel. Ik heb kennelijk zeldzaam geluk gehad en anderhalf uur lang allerlei artikelen kunnen downloaden waar ik normaal niet bij kan🙂

  65. Marleen maart 27, 2015 om 00:28

    morgen (of eigenlijk vandaag 27 maart) heb ik geen computer ter beschikking en kan dus niet reageren.

  66. Arno Wouters maart 27, 2015 om 14:45

    Marleen maart 26, 2015 om 14:28 over Pallazo & Gregory (2014):

    De paragraaf ‘Genetic load’ gaat precies over datgene waar ik met Arno over discussieer. Het lijkt me duidelijk dat het idee van junk DNA als buffer voor mutaties hier goed verwoord wordt.

    Ik kan in die paragraaf geen woord over junk DNA als buffer tegen mutaties vinden.

    Wel vond ik in mijn database een blogpost waarin Gregory zich uiterst kritisch uitlaat over het idee van junk DNA als buffer voor mutaties: Does junk DNA protect against mutation?

    Dan Grauer heeft het in dit verband over een pre-refuted hypothesis:

    The protection-from-mutation hypothesis is a beautiful hypothesis. The only problem is that it comes pre-refuted.

    Grauer verdedigde elders het genetic load argument.

    En hoe zou de buffer-functie hypothese scoren op de onion test?

  67. nand braam maart 28, 2015 om 14:27

    @ beroepsbiologen

    Ik begrijp inmiddels dat er diverse omschrijvingen in omloop zijn van wat “junk-DNA” is. Persoonlijk lijkt me de omschrijving van Arno de meest logische. Toch wel verwarrend zo. Bestaan er in “biologenland” geen internationale commissies om daarover bindend uitsluitsel te geven. In de chemische wereld heb je de IUPAC, die o.a. gaat over de systematische naamgeving van chemische stoffen.

    http://nl.wikipedia.org/wiki/IUPAC

  68. gerdien maart 28, 2015 om 20:55

    Het idee ‘junk DNA’ is niet afkomstig uit de evolutiebiologie maar is een uitvloeisel van de metingen van de hoeveelheid DNA per cel, al uitgevoerd voor 1970. De hoeveelheid DNA per haploied genoom bleek toen geen relatie te hebben met de complexiteit van het organisme. Dit staat bekend als de C-value paradox.
    Voor evolutiebiologie is het onbelangrijk of alle DNA functioneel is of slechts deels functioneel is. Niet-functioneel DNA is evolutiebiologisch een te verklaren fenomeen, niet een fenomeen dat zelf iets verklaart.
    No-coding DNA is een veel wijdere categorie dan junk DNA.
    Voor een bespreking van de turn-around snelheid in functionaliteit zie:
    http://journals.plos.org/plosgenetics/article?id=10.1371/journal.pgen.1004525#abstract1

  69. Lucas Blijdschap maart 29, 2015 om 08:21

    Gerdien: ‘Niet-functioneel DNA is evolutiebiologisch een te verklaren fenomeen’.

    Functioneel DNA ook

    Heerlijk zo’n theorie die alles verklaren kan.

    • leonardo maart 29, 2015 om 10:13

      Lucas,

      Volgens mij bedoelt Gerdien iets anders (ik weet haast wel zeker dat ze iets anders moet bedoelen).

      Niet hunctioneel DNA is evolutiebiologisch een te verklaren fenomeen.
      Of het ook verklaard kan worden is een tweede.

    • gerdien maart 29, 2015 om 17:38

      @Lucas
      Niet ‘een fenomeen dat verklaard is’, maar ‘een fenomeen waarvoor een verklaring gezocht moet worden’.

  70. Lucas Blijdschap maart 29, 2015 om 18:44

    Leonardo en Gerdien, ik denk dat het nu nóg onduidelijker voor me is.

    Iets wat onbelangrijk is, waarom moet daarvoor een verklaring gezocht worden?

    • gerdien maart 30, 2015 om 11:00

      Natuurlijk moet daar een verklaring voor gezocht worden. Zodra er een verschil tussen soorten optreedt wordt je toch nieuwsgierig?. Waarom hebben sommige orgamismen zoveel extra DNA en andere niet? Is dit alleen maar het gevolg van lage populatiegrootte die maakt dat selectie nauwelijks greep kan krijgen? Is efficiëntie belangrijker voor bv vleermuizen dan voor bv longvissen?

  71. jeroenj maart 30, 2015 om 10:03

    @Lucas. Ik dring maar even voor: Omdat het iets is dat zich niet eenvoudig laat verklaren met wat we begrijpen van evolutie. We hopen dus met het uitvogelen iets te leren over evolutie dat we nog niet wisten.

  72. Arno Wouters maart 30, 2015 om 10:38

    Gerdien, bedankt voor de link!

    Lucas Blijdschap maart 29, 2015 om 18:44: “Iets wat onbelangrijk is, waarom moet daarvoor een verklaring gezocht worden?”

    Lucas, scroll even terug naar Marleen maart 26, 2015 om 18:40. Daar zie je dat Marleen drie mogelijke verklaringen voor junk DNA poneert:

    1 de creationisten beweren dat junk voor 100% functioneel is.
    2 de darwinisten beweren dat het junk DNA geen functie heeft
    3 de groep van ENCODE beweert dat het voor 80% functioneel is

    Ik lees Gerdiens “Voor evolutiebiologie is het onbelangrijk of alle DNA functioneel is of slechts deels functioneel is. Niet-functioneel DNA is evolutiebiologisch een te verklaren fenomeen, niet een fenomeen dat zelf iets verklaart.” als een reactie op die opmerking.

    Ze zegt als ik het goed heb (heb ik dat Gerdien?) dus niet ‘niet-functioneel DNA is evolutiebiologisch onbelangrijk’, maar ‘Als het om het evolutionair verklaren van het soort DNA dat Marleen ‘junk DNA’ noemt gaat, is de vraag of dat DNA al dan niet functioneel is, niet van belang.”

    • gerdien maart 30, 2015 om 11:04

      Niet ‘niet-functioneel DNA is evolutiebiologisch onbelangrijk’, maar
      ‘Als het om het evolutionair verklaren van het soort DNA dat Marleen ‘junk DNA’ noemt gaat, is de vraag of hoe je dan wel aan dat DNA komt’.

  73. Lucas Blijdschap maart 30, 2015 om 11:09

    Jeroen/arno/gerdien dank voor de respons. Kun je zeggen dat zodra je aan ‘dat (junk) dna’ komt het al niet meer onbelangrijk is, maw was Gerdiens ‘onbelangrijk’ eigenlijk een silp of the tongue?

  74. Arno Wouters maart 30, 2015 om 11:21

    Marleen, wat is je evidentie voor je stelling dat de creationisten beweren dat junk voor 100% functioneel is. Ik heb er niet zoveel plezier in om creationistische sites af te struinen, dus ik heb me beperkt tot een vluchtige blik op ‘Evolution news en views’. Daaruit krijg ik de indruk dat ze best tevreden zijn met een beetje junk. Tenslotte kan de uitschakeling van een deel van het DNA verklaren waarom er zoveel minder soorten op de ark zaten dan we nu op aarde vinden. Heb je wat links voor me waaruit het tegendeel blijkt?

    Zelf-verklaard young earth creationist Pluri Bara / Peer Terborg / Peter Borger schreef op maart 25, 2015 om 14:55 (ruim een dag voor jij de bewering deed dat creationisten van mening zijn dat DNA voor 100% junk is) nog op dit blog “Er is wel degelijk JUNK DNA, namelijk kapotte genen en neutrale duplicaties van repeterende sequenties.” Is zijn standpunt atypisch?

    Neem je de wetenschappelijke pretenties van de creationisten niet veel te serieus? Naar mijn indruk interesseert de vraag ‘is er junk DNA of niet?’ de meeste creationisten geen moer. Dat ze zo enthousiast zijn over ENCODEs vermeende ontmaskering van het junk DNA heeft meer mee te maken met de mogelijkheden die dit biedt om de evolutiebiologie tegenover hun doelgroep te kakken te zetten dan met een theorie over de functionaliteit van DNA. Creationisme is een religieus-politieke beweging, geen wetenschappelijke theorie!

    Oh, en hoe definieer je ‘darwinisten’?

  75. leonardo maart 30, 2015 om 12:49

    Lucas,

    Het probleem zit hem natuurlijk in de menselijke hybris.

    We hebben ons best gedaan om een formule te bedenken, waar iets meer in gestopt was dan hersengewicht en hersenpanvolume, zodat we “rationeel” vast kunnen stellen dat we toch het meest intelligente wezen zijn.

    Uiteraard zijn wij ook het meest complexe wezen.
    Kan niet anders.
    Maar daar komt dat kleine probleempje: the C-value paradox – ook wel: the C-value enigma.

    DNA is allesbepalend voor wat en hoe we zijn.
    Ons DNA is behoorlijk complex.
    Dus is ons een zeer complex wezen.

    Helaas, nu zijn er complexere DNA’s, bij planten en bij dieren.
    Rara hoe kan dat – enigma.
    Dat kan natuurlijk niet bestaan – paradox.

    Het probleem is: complex is geen property. Complex is eigenlijk niet gedefinieerd. Er is geen meetlat voor complexiteit.
    Wat er over te zeggen valt zijn allemaal woorden, gedachtenspinsels.
    DNA was natuurlijk een prima maatstaf voor complexiteit. Maar ja …

    Een tussenoplossing is: er is “kennelijk” niet-functioneel DNA.
    Helaas, dan heb je weer iets anders wat (nog) niet begrepen is.
    Wie bepaalt dat eigenlijk of DNA functioneel was, is, of zal zijn? de Gregories of de Wagners van deze wereld, of de goden.
    Als iets zich niet waarneembaar manifesteert, wat kun je dan nog zeggen, behalve dan: het manifesteert zich niet waarneembaar.

    En … nu nog even een formule bedenken die zegt dat ons functionele DNA het meest gecompliceerde functionele DNA is wat er op de aarde te vinden is.

    Moeten wij het meest gecompliceerde wezen zijn?
    Da’s een rare. Voor zover ik weet is het geen compliment als iemand tegen je zegt: wat ben jij gecompliceerd.
    Ongelukkigerwijs, als een olifant gecompliceerder in elkaar steekt, omdat daar veel meer bestuurd moet worden, of een kauriboom, omdat de route van besturing veel langer is, zijn er een paar wezens die daar geen vrede mee hebben.
    En de gecompliceerdheid van die wezens gebiedt dan als het ware dat ook het non-functionele begrepen moet worden.

  76. Lucas Blijdschap maart 30, 2015 om 13:03

    Leonardo, Ja, dat heb je mooi gezegd: ‘Wie bepaalt dat eigenlijk of DNA functioneel was, is, of zal zijn? de Gregories of de Wagners van deze wereld, of de goden.’

    Ik heb soms de indruk dat men defensief formuleert om de creationitsen de wind uit de zeilen te houden. Terwijl alleen kwetsbaar formuleren je verder helpt.

    Maar technisch gesproken begrijp ik er geen bal van dus ik trek me maar weer terug in mijn lekengrot.

  77. Marleen maart 30, 2015 om 14:41

    Arno,

    Je doet geen enkele moeite er ook maar iets van te snappen. Je hebt over het algemeen de gewoonte je eigen gedachtelijn te volgen en luistert absoluut niet naar anderen, of althans niet naar mij.

    Over de buffer functie van DNA stelt Gregory een heel ander probleem aan de orde dan ik.
    Hij heeft het over het argument dat het ‘overtollige’ DNA op fysieke e chemische wijze zou beschermen tegen mutaties:

    “One of the most common hypotheses that I hear with regard to possible non-coding DNA function is that it serves to protect genes against mutation. Junk DNA, according to this proposal, is there to provide a defensive shield against mutagens (usually this includes UV, ionizing radiation, chemical mutagens, viruses, and/or oxygen radicals).”

    Uit Does junk DNA protect against mutation?

    De bufferfunctie waar ik het over heb, afgezien van het feit dat deze juist is of niet, betreft het idee dat het ‘overtollige’ DNA mutaties kan absorberen. Jijzelf stelt dat de mutation rate in alle organismen gelijk is. In het geval van een 100% of voor mijn part een 80% functioneel genoom zou al dat functionele DNA (bijna) alle mutaties moeten absorberen, wat betekent dat er vrijwel zeker verlies van deze (essentiële) functies zal zijn. Terwijl wanneer het DNA voor 98% niet functioneel is, kan praktisch dezelfde hoeveelheid aan mutaties eenvoudigweg zonder consequenties voor de viability geabsorbeerd worden.

  78. Marleen maart 30, 2015 om 14:44

    Arno,

    Je schrijft: “Tenslotte kan de uitschakeling van een deel van het DNA verklaren waarom er zoveel minder soorten op de ark zaten dan we nu op aarde vinden.”

    Zou je je nader willen verklaren?

    Dat creationisme een religieus-politieke beweging is ben ik met je eens, maar creationisten menen dat hun wereldbeeld wel degelijk wetenschappelijk is. Ik weet er alles van want behalve wat er bij Rene Fransen allemaal voorbijkomt aan ‘creationistenwetenschap’, ben ik ooit naar een creationistencongres in Almere geweest. Dat was echt heel erg interessant. Featured speaker was Peter Borger. Je weet hoe sterk zijn pretentie is dat zijn theorieën wetenschappelijk onderlegd zijn.

    Ik heb in drie punten en in drie regels een schets gegeven van drie opvattingen betreffende het junk DNA. Nu ga je me toch niet op elk woord vastpinnen of wel? Je begrijpt perfect wat er met Darwinisten bedoeld wordt. Ik gebruik het woord nooit, al mijn reageerders (vooral Harry) hier gebruiken het en je bent er nog nooit over gevallen, ik zou het eerder over neo-darwinisme hebben, maar heb het in contrast gebruikt met creationisten en mensen van het ENCODE project. Laat je me weten als je nog niet tevreden bent?

    Je weet dat zodra je een schets maakt er vele lijntjes langs de contouren lopen die bij benadering aangeven wat het afgebeelde object is. Je verwacht onder een blog toch geen compleet schilderij hoop ik.

  79. Marleen maart 30, 2015 om 14:45

    Arno,

    Het lijkt erop dat verschillen in mutation rate bij verschillende taxa bestaan, hoewel ik de indruk krijg dat er verwarring bestaat tussen mutation rate als eigenschap van de polymerase, mutation rate als resultaat van selectie en evolutionary rate enz.

    Een en ander wordt hier gereviewed.

    Mutation rate variation in multicellular eukaryotes: causes and consequences

  80. Arno Wouters maart 30, 2015 om 17:32

    Ik schreef: “Tenslotte kan de uitschakeling van een deel van het DNA verklaren waarom er zoveel minder soorten op de ark zaten dan we nu op aarde vinden.”

    Marleen maart 30, 2015 om 14:44 vraagt: “Zou je je nader willen verklaren?”

    Ik kwam dit idee ergens tegen op een creationistische site. Ik denk ‘evolution news and views”. Heb de referentie niet bewaard. Creationisme boeit me niet zo. Het idee was ongeveer dat de kinds op de ark niet helemaal overeen komen met de soorten die biologen onderscheiden. Ik stelde me voor dat je een kind ‘hert’ zou hebben met bijvoorbeeld 10 genen die het tot een oerhert maken. Als je een van die genen uitschakelt krijg je een ree, als je een andere uitschakelt een damhert als je er 3 uitschakelt dan krijg je een kantjil. Die uitgeschakelde genen vormen dan het junk DNA. Zo iets. Allemaal dikke onzin natuurlijk. Maar ik vond het wel een grappig verhaal.

  81. Arno Wouters maart 30, 2015 om 17:50

    Marleen maart 30, 2015 om 14:44:

    Je begrijpt perfect wat er met Darwinisten bedoeld wordt. Ik gebruik het woord nooit, al mijn reageerders (vooral Harry) hier gebruiken het en je bent er nog nooit over gevallen, ik zou het eerder over neo-darwinisme hebben, maar heb het in contrast gebruikt met creationisten en mensen van het ENCODE project.

    Ik meen te begrijpen wat Harry er mee bedoeld, nl. adaptationisme en als ik hem goed begrijp gebruikt hij dat begrip in contrast met ‘mutationisten.’ Ik had niet begrepen wat jij er mee bedoeld, maar ik vermoedde dat je het anders bedoelde dan Harry. Eerlijk gezegd begrijp ik nog steeds niet wat je er mee bedoeld. Neo-darwinisme zegt me ook niet zoveel. Ik ken die term vooral als scheldwoord dat door zogenaamde vernieuwers van de evolutiebiologie gebruikt wordt om de huidige evolutiebiologie te miskarakteriseren. Ik ben op dit moment een recensie aan het schrijven over een boek waarin de meest gekke dingen beweert worden over neo-darwinisme. Ik kan me niet voorstellen dat er biologen zijn die zich met die stroman identificeren.

    Maar laat verder maar, het is niet zo belangrijk.

  82. Arno Wouters maart 30, 2015 om 17:53

    Marleen maart 30, 2015 om 14:44 over mij: “Je doet geen enkele moeite er ook maar iets van te snappen. Je hebt over het algemeen de gewoonte je eigen gedachtelijn te volgen en luistert absoluut niet naar anderen, of althans niet naar mij.”

    Wat geeft je de indruk dat ik niet naar je luister en niet probeer je te snappen? Wat zou de indruk gewekt hebben dat ik me verdiept heb in wat je schreef en meende het begrepen te hebben en het er niet mee eens ben om de redenen die ik aangaf?

  83. Marleen maart 31, 2015 om 09:51

    Arno,

    Darwinist wordt door Peter Borger gewoonlijk als schimpwoord gebruikt. Dat klopt. Lewontin gebruikt de term samen met evolutionist en bijna als equivalenten in een interview waarin hij beweert dat niet alles aanpassingen zijn. Iets dat ‘Darwinisten’, ‘neo-Darwinisten’ en evolutionisten in het algemeen al veel langer weten.

    Maar, ik zal me aan jouw vocabulaire conformeren.
    Er zijn creationisten en daarvan weten we wat dat zijn, goed? Voor zover ik weet verwachten ze dat alles door God geschapen is en dat dus het DNA 100% functioneel is. Vraag me niet naar de logica, het schijnt zo te zijn.

    Dan zijn er mensen die in het ENCODE project een geweldig resultaat ontdekken en dus aannemen dat 80% van het DNA geen junk is.

    Dan zijn er mensen die denken dat 98% van het DNA junk is.

    En dan zijn er nog mensen die helemaal nergens wat van denken.

  84. Marleen maart 31, 2015 om 09:53

    Arno,

    Met het feit dat je niet leest/luistert bedoel ik dat ik maart 26, 2015 om 03:10 al schreef:

    “Voor de duidelijkheid, ik doel niet op fysieke bescherming van het DNA voor fysische of chemische ‘agents’ die het DNA zouden kunnen altereren.”
    Ik doelde inderdaad op de werkelijke buffer functie ofwel het genetic load argument dat hetzelfde is.

    Jij schreef daarop dat mijn buffer argument de prullenbak in kon. Je schreef heel stellig en overtuigd van je gelijk:

    Je bufferfunctie-argument tegen junk kan dus de prullenbak in!

    Dan hebben we nog het genetic load argument voor junk. Heel ruw samengevat verloopt dit argument ongeveer zo. Het begint met de observatie dat er 130 mutaties per nieuwgeboren mens zijn. Stel dat al die mutaties zich in het functionele deel van het genoom zouden bevinden dan zouden de meeste nieuwgeborenen niet levensvatbaar zijn (het functionele genoom kan niet meer dan 3 mutaties verdragen). Daar de meeste nieuwgeborenen wel levensvatbaar zijn vindt het overgrote deel van de mutaties dus in het junk deel plaats. Daar de mutaties random verdeelt zijn over het genoom moet dat junk deel dus erg groot zijn.

    Marleen, heb je het genetic load argument voor junk en het bufferfunctie argument tegen junk door soms per ongeluk door elkaar gehaald?

    Lees alles nog eens rustig door zou ik zeggen en je zult zien dat mijn buffer argument precies hetzelfde is als het genetic load argument.
    Het lijkt erop dat je je laat verwarren door namen in plaats van het concept of de inhoud.

  85. Arno Wouters maart 31, 2015 om 11:45

    Dank voor je reactie Marleen. Ik had begrepen dat jouw bufferfunctie niet op fysieke bescherming duidde (mijn tegenargument heeft het dan ook niet over fysieke bescherming), maar ik had inderdaad over het hoofd gezien dat Gregory het wel over fysieke bescherming had.

    Maar waarom geeft deze vergissing mijnerzijds je de indruk dat ik “ik geen enkele moeite doe er ook maar iets van te snappen”? (Dit is niet als retorische vraag bedoeld, ik wil echt graag weten waarom ik zo heel anders op jou overkom dan ik op mezelf overkom).

    Ik had er behoorlijk wat tijd ingestoken, je argumenten gelezen en overwogen en herlezen, het artikel van Gregory & Palazzo er op nageslagen (waar ik zoals ik zei niks over een bufferfunctie kan vinden), m’n database doorzocht of ik daar wel iets over een bufferfunctie kon vinden (het enige wat ik vond waren drie artikelen waarin de bufferfunctie afgewezen werd maar inderdaad ik zag over het hoofd dat die het wel over fysieke bescherming hadden), en mijn en jouw redenering voorgelegd aan iemand die er meer verstand van heeft dan ik (maar we kwamen er niet uit wat je zou kunnen bedoelen). Kortom naar m’n eigen beleving heb ik hard gewerkt om je te begrijpen. De enige manier waarop ik chocola kon maken van wat jij zei was dat je het bufferfunctie argument en het genetic load argument door elkaar haalde en die hypothese heb ik je voorgelegd. Met een vraagteken.

    Na de hoeveelheid tijd, lezen en overweging die ik er ingestoken had kwam je “Je doet geen enkele moeite er ook maar iets van te snappen” hard aan. Net als de suggestie van gebrek aan integriteit die ik voelde uit “Je begrijpt perfect wat er met Darwinisten bedoeld wordt.” En ook nu weer voel ik die suggestie uit “Maar, ik zal me aan jouw vocabulaire conformeren. Er zijn creationisten en daarvan weten we wat dat zijn, goed? Voor zover ik weet verwachten ze dat alles door God geschapen is en dat dus het DNA 100% functioneel is.”

    Maar misschien zie ik spoken en zit die suggestie er niet in?

    Er lijkt iets goed mis te zijn met m’n toon, dat is me duidelijk (en misschien ook wel met mijn aanpak, maar dat is me niet duidelijk) maar het is me niet duidelijk wat er mis mee is. Je zegt “Je schreef heel stellig en overtuigd van je gelijk.” Is dat het probleem? Zo ja, wat is daar mis mee?

    Ik durf het haast niet te zeggen, maar ik zie nog steeds niet hoe een argument tegen de functionaliteit van junk DNA tevens een argument voor de functionaliteit van junk DNA kan zijn. Maar laten we het daar verder maar niet over hebben.

  86. Marleen maart 31, 2015 om 12:58

    Arno,

    Ik heb soms inderdaad wat moeite met je toon, maar dat kan een kwestie van wennen zijn. Het is wel goed zo. Laten we gewoon verder discussiëren. Mijn punt was genetic load, door Comings 1972 mutational load genoemd, noem ik het bufferen van mutaties. Maar laten we het bij genetic load houden.

    Het is niet echt een argument voor of tegen junk DNA, het is eerder een conclusie die men in de jaren 70 trok, namelijk dat het merendeel van het DNA wel junk moest zijn wilden de organismen overleven.

Praat mee en laat hier uw reactie achter

Vul je gegevens in of klik op een icoon om in te loggen.

WordPress.com logo

Je reageert onder je WordPress.com account. Log uit / Bijwerken )

Twitter-afbeelding

Je reageert onder je Twitter account. Log uit / Bijwerken )

Facebook foto

Je reageert onder je Facebook account. Log uit / Bijwerken )

Google+ photo

Je reageert onder je Google+ account. Log uit / Bijwerken )

Verbinden met %s

Zwervende gedachten

Een filosoof over argumentatie, biologie, handelingstheorie en wat hem verder invalt

Jonas Bruyneel

Literatuur/Journalistiek/Muziek

mjusicamanti.wordpress.com/

per amanti della vera musica

SangueVivo

Ancora solo un battito in più

Microplastics

INTERREG MICRO PROJECT

Scientia Salon

Philosophy, Science, and all interesting things in between

Infinite forme bellissime e meravigliose

si sono evolute e continuano a evolversi

Vita da simbionte

perché collaborare è talvolta meglio che combattere

Meneer Opinie

Altijd een mening, maar niet altijd gehinderd door kennis van zaken

The Cambrian Mammal

An evo-devo geek's scientific meanderings

Evolutie blog

bij dezen en genen

The Finch and Pea

The Public House for Science...

voelsprieten

* wonder van het alledaagse *

the aphid room

All about aphids... not simply bugs|

kuifjesimon

Just another WordPress.com site

The Amazing Comics Men

Comics by Dutch cartoonists Jan the Stripman & Wim the Mysterious Helpman

Barbara Jansma

Prenten, spotprenten en schilderijen

%d bloggers op de volgende wijze: