Op zoek naar de klepel

bij dezen en genen

Stilstaande evolutie, de nulhypothese

Evolutie van leven veronderstelt een ontwikkeling van organismen. De evolutietheorie van Darwin stelt dat soorten ontstaan door natuurlijke selectie. Het is moeilijk te testen of er bij afwezigheid van selectie toch evolutie plaatsvindt. Bijna elke omgeving of niche betekent competitie voor schaarse voedselbronnen en daaruit volgt een survival of the fittest. Nu heeft een groep onderzoekers organismen gevonden die al meer dan 2 miljard jaar niet geëvolueerd zijn. Het gaat hierbij om zwavel bacteriën.

Zij bestudeerden met speciale instrumenten zoals Raman spectrografie en confocale laser scan microscopie fossiele gesteenten van de zeebodem en vonden daarin fossiele filamenten van zwavel bacteriën. Wanneer ze deze vergeleken met de huidige zwavel bacteriën die op andere locaties leven zagen ze duidelijke overeenkomsten in de vorm en lengte van de filamenten. Zie de onderstaande figuur.

A

Hedendaagse en precambriaanse filamenteuze zwavelcyclerende micro-organismen. A en E Hedendaagse microben 7 – 9 micrometer in diameter vergeleken met fossielen van het 2,3 miljard jaar oude Turee Creek gesteente (B en F) en het 1,8 miljard jaar oude Duree Creek gesteente (C,D,G en H)

 

De gesteenten, die in het Australische Turee Creek en Duck Creek gevonden werden, dateren van resp. ca. 2,3 miljard jaar en 1,8 miljard jaar geleden. Deze perioden volgen op de Great Oxidation Event (GEO) en de ontwikkeling van deze zwavel bacteriën wordt gezien als een antwoord op de langzame toename van zuurstof in de atmosfeer. Daardoor konden deze bacteriën sulfaat (SO42-) en nitraat (NO3-) metaboliseren, stoffen die alleen na oxidatie van zwavel en stikstof beschikbaar zijn. De tegenwoordige zwavel bacteriën, die zoveel op hun fossiele voorouders lijken, bevinden zich in de bodem in een relatief zuurstofloze omgeving, maar profiteren van het sulfaat en nitraat uit de iets hoger gelegen diepten. Zij nemen deel aan de zwavelcyclus waarin bacteriën het sulfaat reduceren tot waterstofsulfide, dat opnieuw geoxideerd kan worden tot het element zwavel met behulp van zuurstof uit de bovenliggende lagen. Het zwavel kan dan weer geoxideerd worden tot sulfaat door andere bacteriën.

De betreffende zwavel bacteriën worden gekenmerkt door hypobradytelic lifetyles ofwel, een leefstijl die niet veranderd is gedurende meer dan 2 miljard jaar. Deze onveranderde leefstijl vindt men ook bij de cyanobacteriën, die zeer competitief waren door de productie van het toenmalige voor veel organismen giftige zuurstof. Voor de zwavel bacteriën geldt dat er, sinds het ontstaan van de eerste microbiële groepen, weinig tot geen stimulering was tot aanpassing aan veranderende condities. Het zijn bewoners van relatief koude, rustige, zuurstofvrije sedimenten, waar geen dagelijks licht doordringt. Deze condities zijn hetzelfde sinds de vroege geschiedenis van de Aarde. Een omgeving die dus niet veranderde.

Het is daarom verleidelijk deze zwavel bacterie gemeenschappen als bewijs te zien van de “negatieve” nulhypothese van Darwiniaanse evolutie: als er geen verandering plaatsvindt in de biofysische omgeving van een goed aangepast ecosysteem, dan zou er geen soortvorming, geen evolutie van de vorm, de functie of de metabolische eisen van biotische componenten zijn. Maar er moet rekening gehouden worden met het feit dat de morfologie van de bacteriën uit convergente evolutie voortkomt en dat het metabolisme en de genomen van de precambriaanse bacteriën wellicht anders was. Het DNA kan helaas niet vergeleken worden. Er zijn bovendien relatief weinig fossielen gevonden, waardoor er ‘missing links’ lijken te bestaan. Mochten er meer van dergelijke fossielen gevonden worden die dit gat wat kunnen dichten dan zal het mogelijk zijn de nulhypothese voor Darwiniaanse evolutie te bevestigen.

Eerdere hier verschenen berichten behandelen zwavel bacteriën die elektriciteit in de zeebodem genereren en geven wat extra informatie over hun metabolisme en leefwijze (1, 2) .

 

Uit:  J. W. Schopf, A. B. Kudryavtsev, M. R. Walter, M. J. Van Kranendonk, K. H. Williforde, R. Kozdone, J. W. Valleye, V. A. Gallardol, C. Espinozal, D. T. Flannery; Sulfur-cycling fossil bacteria from the 1.8-Ga Duck Creek Formation provide promising evidence of evolution’s null hypothesis; PNAS 5 january 2015 J. William Schopf, doi: 10.1073/pnas.1419241112

643 Reacties op “Stilstaande evolutie, de nulhypothese

  1. nand braam februari 7, 2015 om 22:00

    @ Marleen

    Wat is er in te brengen tegen de volgende redenering?

    Als er in het verre verleden waar jij het over hebt maar één soort chemo-autotrofe anaerobe sulfaatreducerende bakterie was, lijkt de nulhypothese waar.

    Als er in dat verre verleden al meerdere soorten chemo-autotrofe anaerobe sulfaatreducerende bakterieën waren, komt de nulhypothese op losse schroeven te staan. Immers het ging om relatief koude, rustige, zuurstofvrije sedimenten, waar geen dagelijks licht in doordrong. Geen aanleiding voor soortvorming zou men denken.

    Volgende vraag:

    Waren er in dat verre verleden meerdere soorten chemoautotrofe anaerobe sulfaatreducerende bacteriën of is er maar één soort bekend?

    Zoals je weet ben ik geen bioloog, dus wellicht/waarschijnlijk denk ik nu te simpel.

  2. gerdien februari 7, 2015 om 22:26

    Die zwavelbacterien, zie: https://whyevolutionistrue.wordpress.com/2015/02/04/a-new-paper-claims-that-evolution-has-stopped-in-a-bacterial-species-is-it-true/
    en
    https://whyevolutionistrue.wordpress.com/2015/02/07/unchanging-bacteria-revisited-dreadful-science-reporting-in-the-washington-post/
    over wat er fout gaat in de hype. Vooral als de persvoorlichters van de universiteiten aan de haal gaan met werk. Vooral als het om organismen met een minimum aan uiterlijke kenmerken gaat.

    • Arno Wouters februari 7, 2015 om 23:24

      Dank voor de links Gerdien! Ik zag jouw commentaar pas nadat ik mijn commentaren plaatste. WordPress geeft geen waarschuwing als er nieuw commentaar is geplaatst nadat je begonnen bent een commentaar te schrijven.

  3. Arno Wouters februari 7, 2015 om 23:11

    Marleen, hartelijk dank voor je verwijzing naar dit interessante artikel.

    Een paar pedante/kritische (doorhalen wat naar eigen inzicht niet van toepassing is) opmerkingen:

    1) Je schrijft:

    Zij bestudeerden met speciale instrumenten zoals Raman spectrografie en confocale laser scan microscopie fossiele gesteenten van de zeebodem en vonden daarin fossiele filamenten van zwavel bacteriën. Wanneer ze deze vergeleken met de huidige zwavel bacteriën die op andere locaties leven zagen ze duidelijke overeenkomsten in de vorm en lengte van de filamenten.

    Volgens mij is het net iets anders: ze bestudeerden de ongeveer 1.8 miljard jaar oude fossiele resten uit de Duck Creek formatie in Australië en zagen overeenkomsten tussen de lengte en breedte van de filamenten daarin en de lengte en breedte van de cellen van moderne zwavelbacteriën. Hieruit trekken ze de conclusie dat de fossiele resten uit de Duck Creek formatie anders dan tot nu toe aangenomen werd niet gedomineerd wordt door cyanobacteriën, noch door ijzerbacteriën (zoals JP Wilson in 2010 betoogde) maar door zwavelbacteriën.

    (2) Het is me niet duidelijk wat de nulhypothesen van Schopf et al. met jouw “Het is moeilijk te testen of er bij afwezigheid van selectie toch evolutie plaatsvindt” te maken hebben. Hoe zie jij die link?

  4. Arno Wouters februari 7, 2015 om 23:19

    Shopf et al. belangrijkste argumenten voor hun stelling dat de ongeveer 1.8 miljard jaar oude fossiele micro-organismen uit de Duck Creek formatie in Australië anders dan tot nu toe aangenomen werd niet gedomineerd wordt door cyanobacteriën, noch door ijzerbacteriën (zoals in 2010 door JP Wilson betoogd werd) maar door zwavelbacteriën.

    (1) de geologische setting van Duck Creek is heel anders dan die waarin fossiele cyanobacteriën doorgaans gevonden worden

    (2) de lengte en breedte van de in Duck Creek gevonden filamenten komt meer overeen met de filamenten van de fossiele micro-organismen van de 2,3 miljard jaar oude Turee Creek formatie (die dezelfde groep in 2012 als zwavelbacterie-gedomineerd identificeerde) en met de cellen van moderne zwavelbacteriën dan met cyanobacteriën.

    (3) Massaspectrometrie toont een bepaalde δ34S waarde voor pyriet aan (geen idee wat dat is). Deze waarde zou verklaart kunnen worden door de aanname dat het pyriet ontstaan is door sulfaat-reducerende bacteriën in een zeewater met zeer lage concentraties sulfaat (een omgeving die ook blijkt uit andere vondsten uit de tijd).

    (4) Paleo-ecologische aanwijzingen zoals ecologische modellen die er op wijzen dat grote watermassa’s in die tijd zuurstofloos waren en in sommige regio’s sulfiet bevatten en de de aan of afwezigheid van drie typen organismen die lijken op organismen die in hedendaagse gemeenschappen gedomineerd door zwavelbacteriën doorgaans aan of afwezig zijn.

    Ik weet niets van de paleontologie van micro-organismen maar de evidentie lijkt mij in het geval van de zwavelbacteriën, anders dan in het geval van cyanobacteriën flinterdun:

    * in het geval van cyanobacteriën zijn er overeenkomsten geconstateerd m.b.t zo’n 120 fossiele soorten en zo’n 25 moderne genera m.b.t. tot een groot aantal morfologische kenmerken, op honderden plaatsen; hier gaat het om overeenkomsten m.b.t. tot 2 simpele morfologische kenmerken (lengte en breedte van filamenten) op 2 plekken

    De Darwinistische nulhypothese lijkt me er met de haren bijgesleept. Alsof een of andere reviewer geroepen heeft ‘wel leuk dat jullie aanwijzingen vinden voor 2 miljard jaar oude zwavelbacteriën maar dit is meer iets voor een paleontologisch tijdschrift dan voor PNAS”. Waarop ze een zin toegevoegd hebben en een titel die de indruk moet wekken dat hun bevinding cruciaal is voor de evolutietheorie.

    Zijn er deskundigen die hier iets meer over kunnen zeggen?

    • Arno Wouters februari 7, 2015 om 23:55

      O jé, ik heb zitten knoeien en maar de helft van wat ik in het klad geschreven had geplaatst. Hier is het volledige commentaar zoals ik het in eerste instantie schreef:

      William Schopf (de eerste auteur van het artikel) heeft in 1987 de term ‘hypobradytely’ voorgesteld ter verwijzing naar het volgens hem uiterst trage tempo van morfologische verandering (dat wil hier zeggen: door de mens waarneembare veranderingen in uiterlijke vorm) in de evolutie van cyanobacteriën (“blauwalgen”).

      Zijn idee dat het tempo van evolutie van cyanobacteriën laag is, berust in eerste instantie op morfologische overeenkomsten tussen fossiele en moderne cyanobacteriën. Zo bleken bijvoorbeeld allerlei door paleontologen onderscheiden fossiele taxa overeen te komen met taxa die door moderne taxonomen zonder kennis van fossielen onderscheiden waren.

      Schopf verklaart dit trage tempo als het gevolg van een combinatie van aseksuele voortplanting (→weinig variatie) en G.G. Simpson’s (1940) “rule of the survival of the unspecialized” (er zijn grote locale populaties, er is een hoog voortplantingstempo, de individuen verspreiden zich gemakkelijk over grote afstanden en kunnen in een grote variatie van milieus overleven).

      Zie J. William Schopf Disparate rates, differing fates (1994)

      In het artikel waar dit blog over gaat, beargumenteren Schopf et al. dat de ongeveer 1.8 miljard jaar oude fossiele micro-organismen uit de Duck Creek formatie in Australië anders dan tot nu toe aangenomen werd niet gedomineerd wordt door cyanobacteriën, noch door ijzerbacteriën (zoals in 2010 door JP Wilson betoogd werd) maar door zwavelbacteriën.

      Hun belangrijkste argumenten:

      (1) de geologische setting van Duck Creek is heel anders dan die waarin fossiele cyanobacteriën doorgaans gevonden worden

      (2) de lengte en breedte van de in Duck Creek gevonden filamenten komt meer overeen met de filamenten van de fossiele micro-organismen van de 2,3 miljard jaar oude Turee Creek formatie (die dezelfde groep in 2012 als zwavelbacterie-gedomineerd identificeerde) en met de cellen van moderne zwavelbacteriën dan met cyanobacteriën.

      (3) Massaspectrometrie toont een bepaalde δ34S waarde voor pyriet aan (geen idee wat dat is). Deze waarde zou verklaart kunnen worden door de aanname dat het pyriet ontstaan is door sulfaat-reducerende bacteriën in een zeewater met zeer lage concentraties sulfaat (een omgeving die ook blijkt uit andere vondsten uit de tijd).

      (4) Paleo-ecologische bevindingen die er op duiden dat de nu fossiele microorganismen in een sulfaat bevattende anaerobe omgeving leefden

      Ik weet niets van de paleontologie van micro-organismen maar de evidentie lijkt mij in het geval van de zwavelbacteriën, anders dan in het geval van cyanobacteriën flinterdun:

      * in het geval van cyanobacteriën zijn er overeenkomsten geconstateerd m.b.t zo’n 120 fossiele soorten en zo’n 25 moderne genera m.b.t. tot een groot aantal morfologische kenmerken, op honderden plaatsen; hier gaat het om overeenkomsten m.b.t. tot 2 simpele morfologische kenmerken (lengte en breedte van filamenten) op 2 plekken

      De zogenaamde Darwinistische nulhypothese lijkt me er met de haren bijgesleept. Alsof een of andere reviewer geroepen heeft ‘wel leuk dat jullie aanwijzingen vinden voor 2 miljard jaar oude zwavelbacteriën maar dit is meer iets voor een paleontologisch tijdschrift dan voor PNAS” en de auteurs toen een zin toegevoegd hebben en het artikel een titel gaven die de indruk moeten wekken dat hun bevinding cruciaal is voor de evolutietheorie.

      Zijn er deskundigen die hier iets meer over kunnen zeggen?

  5. Arno Wouters februari 7, 2015 om 23:20

    Oeps, ik zie dat Gerdien en Coyne me voor geweest zijn …

  6. Arno Wouters februari 8, 2015 om 00:19

    Nand vraagt:

    Waren er in dat verre verleden meerdere soorten chemoautotrofe anaerobe sulfaatreducerende bacteriën of is er maar één soort bekend?

    Als ik dit artikel en een aantal anderen uit Schopfs onderzoeksgroep goed begrepen heb is er niets bekend over het aantal soorten chemoautotrofe anaerobe sulfaatreducerende bacteriën.

    Er zijn 2 formaties gevonden waarin volgens Schopfs groep sulfaatreducerende bacteriën domineren. De eerste beschreven ze in 2012, de tweede in dit artikel. Voordien had nog niemand van fossiele zwavelbacteriën gehoord. Hun belangrijkste argument is een overeenkomst tussen de lengte en breedte van de fossiele filamenten en moderne cyanobacteriën. Maar ze zeggen niets over soorten. Gezien de nieuwheid van het vermoeden en de flinterdunne evidentie is het voor ons leken nog even afwachten of de gemeenschap van deskundigen zich zal laten overtuigen dat het hier inderdaad om zwavelbacteriën gaat.

    Het is voor zover ik weet überhaupt de vraag of je, als het om bacteriën gaat over soorten kunt spreken.

    • Arno Wouters februari 8, 2015 om 00:22

      Arno Wouters, leer nu eens dat je na tienen te moe bent om blogcommentaren te schrijven!

      Nand (en anderen),

      * “niets bekend over het aantal soorten chemoautotrofe anaerobe sulfaatreducerende bacteriën.” moet zijn “niets bekend over het aantal soorten fossiele chemoautotrofe anaerobe sulfaatreducerende bacteriën.”

      * “Hun belangrijkste argument is een overeenkomst tussen de lengte en breedte van de fossiele filamenten en moderne cyanobacteriën.” moet zijn “Hun belangrijkste argument is een overeenkomst tussen de lengte en breedte van de fossiele filamenten en moderne zwavelbacteriën.

  7. leonardo februari 8, 2015 om 09:25

    over wat er fout gaat in de hype. Vooral als de persvoorlichters van de universiteiten aan de haal gaan met werk. Vooral als het om organismen met een minimum aan uiterlijke kenmerken gaat.
    Zegt Gerdien.

    “In a world in which science is becoming ever more important, and in which vital political decisions demand scientific literacy (e.g., vaccinations, global warming, and so on), it’s shameful that newspapers are simply pruning the science out of their columns. Or, in the case of the Post, publishing fluff that will produce a serious misunderstanding of what evolutionary theory says.
    Zegt Coyne daarover.

    De leugen regeert zegt een mediaprogramma over andere media.

    De boodschapper heeft het gedaan
    Dat is ook wel eens zo, ik zal het niet ontkennen. (Al zou ik wel weer graag willen weten waar dit soort persvoorlichters die blijmoedige optimistische levenshouding vandaan hebben.)
    Maar …

    Dat wij weten dat er eerst een fittest moest arriven voordat er survival van datzelfde beestje mogelijk was, weten wij dankzij de publiciteitsdrift van een wetenschapper, die daarbij zijn naam nog eens herbevestigd, en uiteraard de geldkraan opengehouden heeft. Dat daar nog wel behoorlijk wat slagen om de arm aan vast zitten staat in de kleine lettertjes.

    Dat wij weten dat er een foto is gemaakt van de effecten van de eerste gravitational waves, nog voordat de wereld geboren was, weten wij dankzij de publiciteitsdrift van het Harvardteam. Dat dat inmiddels is tegengesproken, met goedkeuring van het team zelf is alleen van belang voor de statistiek

    Dat ik daar nog wel eens als stoorzender doorheen wil fietsen is, naast dat ik daar zelf veel plezier aan beleef, enkel en alleen omdat knappe koppen inderdaad niet zelden graag boosten over de prestaties van de wetenschap, en zich uiterst defensief – en gekwetst! – opstellen als anderen daar vraagtekens bij zetten.

  8. leonardo februari 8, 2015 om 09:26

    eer de bergen geboren waren

    Marleen, ik heb niet zoveel met die nulhypothese – al dan niet van Darwin zelf. Er ligt een rare suggestie in – of jij die bedoelt door te geven, of dat ik die alleen maar lees hoor ik graag: de suggestie dat de levende bewegende wereld, zeg maar fauna, afhankelijk is van de dynamiek van haar omgeving om zelf dynamisch te zijn.

    We weten allemaal van de erosie op de heuvels van Java (domme Javanen) van de platgebrande bossen in West Europa (slimme blanken, heel goed – in tegenstelling tot het weggekapte regenwoud in Zuid Amerika wat weer heel slecht is – stomme Indianen, nou ja, Indianen???).
    We dumpen onze rotzooi in de oceanen en in de atmosfeer. En dat verandert daar behoorlijk.

    De kop van deze reactie refereert aan een psalmtekst. De voorchristelijke (joodse) mens nam het scheppingsverhaal vermoedelijk niet zo serieus als de Christen van die joodse worteltjes. Overigens niet alleen de Joodse, de teksten uit die en andere streken lijken, ook in dit opzicht, veel op elkaar. De notie dat naast flora en fauna ook de “hardere” natuur zich ontwikkelt – wellicht aanpast, wie zal het zeggen.

    We zijn heel druk met het bestuderen van het uitdijende heelal. Of we net zo druk zijn met het meten van de groeiende bergen weet ik niet, maar het blijft natuurlijk behelpen, met dat meten bedoel ik. Dan is het weer mis met de ozonlaag, dan is er weer niks aan de hand.
    En of H2O straks nog H2O is – en of de vissen zich aan de nieuwe formule aanpassen – moet ook nog maar blijken.

    Nullhypothesis, ik citeer Wiki maar even (die de businessdictonary citeert – whatever that may be): in statistical inference on observational data, the null hypothesis refers to a general statement or default position that there is no relationship between two measured phenomena.
    Ik weet niet wat er allemaal gemeten wordt aan dat bacterietje, maar je zou je dus af kunnen vragen: staat het bacterietje stil omdat het ecosysteem stilstaat, of staat het ecosysteem stil omdat het bacterietje stil staat.

    Laat ik maar even in het midden dat de veranderingen ook nog zo langzaam kunnen gaan dat we er minder over kunnen zeggen dan over het uitdijende heelal. Gelukkig maar, want daar wordt al genoeg over gekletst.

  9. Marleen februari 8, 2015 om 10:14

    Nand,

    Waarschijnlijk is het onmogelijk te achterhalen of er zo lang geleden al verschillende soorten zwavel bacteriën waren. Zoals Arno duidelijk stelt, kunnen deze bacteriën uitsluitend getypeerd worden door hun morfologie en het pyriet waarin ze ingebed liggen. Dat zullen we dus niet weten.

  10. Marleen februari 8, 2015 om 10:15

    Gerdien,

    Dank voor de links. Als ik dit eerder gezien had, had ik er waarschijnlijk niet over geblogd. Niet omdat het artikel of de claims daarin niet goed zouden zijn, maar omdat Coyne er al zoveel over zegt dat we het eenvoudigweg bij hem hadden kunnen lezen. De auteurs nemen overigens zelf wel enige reserve ten aanzien van hun claims.

    De eerste reden waarom ik hierover blog is onder andere om te weten wat anderen hier van vinden, want de titels in de populaire wetenschapsartikelen zoals in Phys.org, riepen bij mij meteen al ongeloof op in de stelling die daarin geponeerd werd, de zogenaamde nulhypothese.
    De tweede reden is dat het artikel wel erg mooie foto’s bevat die werkelijk de moeite van het goed bekijken waard zijn.
    Ten derde, het artikel is erg goed en duidelijk geschreven. Zelfs results en methods zijn goed te volgen.
    Ten vierde ben ik al een tijdje geïnteresseerd in zwavel bacteriën omdat het organismen zijn die rond de alkaline hydrothermale bronnen gevonden worden, een mogelijke site voor de oorsprong van leven.

    • Arno Wouters februari 9, 2015 om 09:53

      Marleen, ben ik even blijk dat je Coyne’s artikelen niet gezien had! Als je niet over dit artikel geblogd had, had ik een leuk avondje lezen over cyanobacteriën, zwavelbacteriën en hypobradytely gemist. Coyne’s blog volg ik allang niet meer. Teveel werk om de evolutionaire krenten uit de brei van kattengejank, religie-bashing en vrije wil onzin te vissen.

  11. Marleen februari 8, 2015 om 10:17

    Arno,

    Dankjewel voor je reacties, met de zeer interessante context en de lijst met argumenten van dit onderzoek.

    Over je eerste reactie:
    Je schrijft: “Hieruit trekken ze de conclusie dat de fossiele resten uit de Duck Creek formatie anders dan tot nu toe aangenomen werd niet gedomineerd wordt door cyanobacteriën, noch door ijzerbacteriën (zoals JP Wilson in 2010 betoogde) maar door zwavelbacteriën.”
    Dat is inderdaad een belangrijk gegeven dat in het artikel beschreven wordt, maar dat ik, om de tekst niet al te lang te maken, wegliet.

    Over de nulhypothese en mijn opmerking over de afwezigheid van selectie en evolutie: daar had beter kunnen staan de afwezigheid van selectiedruk door een veranderende omgeving.

    Over de nulhypothese zelf: de auteurs wekken inderdaad de indruk alsof bevestiging van de nulhypothese eindelijk zal kunnen bewijzen dat Darwins theorie klopt. Hoewel niet essentieel, lijkt het me wel een mooie ondersteuning van de evolutietheorie.

    De claims van de auteurs worden door hen zelf wel degelijk gerelativeerd. Ze beweren zelf dat hun bewijs puur morfologisch.

    Voor wat betreft de soorten zwavel bacteriën wordt er in de introductie van het artikel verwezen naar Thioploca en Beggiatoa, maar waarom deze genoemd worden is me niet helemaal duidelijk.
    Het zijn allemaal flinterdunne aanwijzingen en speculaties, maar daarom niet minder interessant.

  12. Marleen februari 8, 2015 om 10:20

    Leonardo,

    De persvoorlichters zouden toch minstens het artikel goed hebben kunnen lezen in plaats van schreeuwende koppen van elkaar overnemen. De auteurs van het artikel relativeren hun vondsten wel degelijk, zowel voor wat betreft de claim van de nulhypothese als die van de correctheid van hun observaties.

    Het is kenmerkend van de wetenschap dat haar conclusies en bevindingen voortdurend getoetst en bijgesteld worden. Het is daarom niet verbazend dat sommige bevindingen niet juist blijken te zijn. Maar de enorme claims van BICEP2 en het schandaal rond de arsenicum bacterie brengen de wetenschap wel veel schade toe.

    Zoals Coyne ook opmerkt, kan er in deze zwavel bacteriën wel degelijk evolutie plaats hebben gevonden die in hun morfologie niet zichtbaar is zoals een snellere celdeling of een efficiënter metabolisme. Het is dus mogelijk dat de bacteriën wel geëvolueerd zijn zonder dat de omgeving veranderde. Er was vast en zeker competitie binnen de soort. Maar het zou ook kunnen dat ze niet geëvolueerd zijn. Dit alles zal hoogstwaarschijnlijk nooit aangetoond kunnen worden.

    Het is waar dat een veranderende omgeving grotere eisen stelt aan de daarin levende organismen en dat dat om enige plasticiteit vraagt. Je kunt dan inderdaad stellen dat de dynamica van de omgeving bepaalt in hoeverre de fauna dynamisch is.

    De nulhypothese die je citeert uit wikipedia is die van de statistiek en heeft niets te maken met de zogenaamde nulhypothese zoals gebruikt in dit artikel. De nulhypothese betekent in deze context dat er in afwezigheid van veranderingen in de omgeving geen evolutie plaatsvindt.

  13. nand braam februari 8, 2015 om 11:19

    @ Marleen

    Je zegt:”De nulhypothese zal hoogstwaarschijnlijk nooit aangetoond kunnen worden”.

    In dit onderzoek in ieder geval niet, begrijp ik, vanwege:

    1.Praktisch argumenten (Coyne):

    “And it’s impossible to sequence the DNA of the fossil bacteria or grow them in the lab, so we can’t see how genetically and metabolically different they are”

    2.Principiële argumenten (Coyne):

    “Even in an unchanging environment, organisms can still evolve in significant ways. If new mutations arise that adapt the species better to that unchanging environment, then we will have evolution. For example, the bacteria could evolve more efficient metabolism of sulfur. Alternatively, one could have mutations that simply allow the bacteria to divide faster, giving them a selective advantage over others. Neither of these would be a response to a changing environment, but could still cause evolution.”

    Als buitenstaander denk ik dan: moet het begrip “nulhypothese” in de biologie dan niet a. veel beter gedefinieerd worden (zoals jij nu doet door te zeggen: “de nulhypothese betekent in deze context dat er in afwezigheid van veranderingen in de omgeving geen evolutie plaatsvindt” of gewoon doorgestreept worden of althans zeer sterk gerelativeerd?

  14. gerdien februari 8, 2015 om 12:15

    @Nand
    Er bestaat geen nulhypothese van de vorm die Schopf et al kennelijk willen hebben.

  15. harry pinxteren februari 8, 2015 om 17:25

    vraag:

    hoe zit het nou met dat punt van Maarten ’t Hart.

    ‘Met Piet Sevenster ben ik het eens dat het reuze merkwaardig is dat je vele organismen vindt die miljoenen jaren onveranderd zijn gebleven terwijl organismen die in datzelfde milieu vertoefden wel evolueerden’ Gids, mei, 2009. p 435

    iemand?

  16. Marleen februari 8, 2015 om 17:59

    Harry,

    Het lijkt erop dat evolueren vooral een kwestie is van uitsterven van de minder aangepaste organismen en overleving van de meest aangepaste. Er wordt vaak het getal 99,99 % genoemd voor uitsterving van alle organismen die ooit op Aarde leefden. Sommige organismen zijn ogenschijnlijk zo goed aangepast aan hun omgeving dat ze wel 2 miljard jaar mee kunnen.

    De vraag van Maarten t’Hart is eigenlijk hetzelfde als vragen waarom sommige organismen uitsterven en andere niet. Dat is toch wel duidelijk.

  17. pluri bara februari 9, 2015 om 09:04

    Ook stasis is evolutie. Alles is evolutie. Dat is het mooie aan de theorie. Vooraf waar en achteraf alles verklaard.

    Dat je nog steeds voldoening haalt uit je blog is mij een raadsel.

    PB

  18. pluri bara februari 9, 2015 om 09:15

    Je poneert: Nu heeft een groep onderzoekers organismen gevonden die al meer dan 2 miljard jaar niet geëvolueerd zijn.

    En…

    De betreffende zwavel bacteriën worden gekenmerkt door hypobradytelic lifetyles ofwel, een leefstijl die niet veranderd is gedurende meer dan 2 miljard jaar.

    In principe hoef je dus geen onderzoek meer te doen, want wat je wilt weten weet je al.

    Kunnen we dit soort onwetenschappelijk onderzoek niet gewoon helemaal stoppen en het uitgespaarde geld aan arme, hongerende mensen geven?

    PB

  19. pluri bara februari 9, 2015 om 09:33

    Marleen zegt “De vraag van Maarten t’Hart is eigenlijk hetzelfde als vragen waarom sommige organismen uitsterven en andere niet. Dat is toch wel duidelijk.”

    Neen Marleen, zo is het niet. Jullie, Darwinisten, moeten gewoon eens leren luisteren naar anderen, die een niet Darwinistische biologie voorstaan.

    Maarten bedoelt: “waarom leggen de Darwinsten zoveel nadruk op de niet waargenomen (maar door Darwin vooronderstelde) transmutaties binnen het fossielenverslag, terwijl het gekenmerkt wordt door stasis.”

    Als je de wereld probeert te beschrijven kijkend door een wc rol, zoals de Darwinsten dat doen, kom je noooit een sikkepit verder dan Darwins 19e eeuwse visie.

    De biologie werd niet door Darwin correct beschreven (hij was dan ook geen bioloog), maar door Linnaues 70 jaar voor hem. Daarna door Blyth 30 voor Darwin. Daarna door Mendel. De Vries. Johanson, etc. Door biologen. De NeoDarwinisten waren ook geen biologen.

    Voor mensen die willen weten hoe de biologie functioneert is er in het boek van Borger: Terug naar de oorsprong. Hij is bioloog.

    Pluri

  20. pluri bara februari 9, 2015 om 11:25

    Stilstaande evolutie is overigens geen nulhypothese, maar een oxymoron, een paradox.

    En: Evolutie zonder selectie is de norm, maar dat willen de selectionisten (dwz Darwinisten) niet inzien.

    Het grootste deel van alle genetische informatie is functioneel (lees nog even de ENCODE bevindingen), maar tevens ook redundant (omdat we te maken hebben met hierarchische operationele netwerken, met een enorme bufferende capaciteit en waarbinnen er op verschillenden componenten (genen) geen selectiedruk staat. Op de netwerken als geheel wel, maar we weten niet waar de netwerken beginnen en ophouden, omdat ze als geheel functioneren en niet als afzonderlijke componenten.

    Darwins reductionisme is volstrekt verouderd en dood. Het wordt kunstmatig beademd door mensen, zoals Gerdien de Jong, die er zelf in moeten geloven omdat ze er zoveel over hebben gepubliceerd. Het is een geloof, een mathematisch model dat gebracht wordt als science, maar het is geen science. Want science kun je toetsen aan de werkelijkheid en daar is waar het model faalde.

    De biologie zelf is al veel verder dan het Darwinstische geleuter over genen en selectie op individuele genen.
    Een gen reproduceert niet zelfstandig, en er staat ook geen selectiedruk op alle individuele genen. Er staat selectiedruk op het geheel van samenwerkende genen, op netwerken van functionaliteit. Lees het boek van Borger nog eens rustig door, Darwinisten, en je begrijpt hoe de biologie werkt.Selectie vind plaats op het nivo van het geheel, op organisme nivo, en is verder niks dan een reproduktieverschil. De ene brengt meer kinderen voort dan de andere. Als je dat snapt dan weet je oook hoe evolutie werkt.

    De biologie van de 21e eeuw betkenet het einde van de 19e eeuwse lariekoek van Darwin, alsmede de ultraselectionistische nonsense van de NeoDarwinos met hun selectiecoefficienten.

    Tot slot: Dit stukje is weer kenmerkend voor de onbenullige en onwetenschappelijke karakter van Darwinisme.

  21. pluri bara februari 9, 2015 om 11:47

    Nog een oxymoron:

    “Evolueren is het uitsterven van de minder aangepaste…..”

    Wat je nodig hebt, Marleen, is nieuwe organismen. Het uisterven van organismen kun je als creationist ook wel verklaren.

    Nieuwe informatie, nieuwe programmas, nieuwe netwerken van operationele en geintegreerde bio-informatie. Nieuwe bouwplannen. Heb je daar een verklaring voor? Nee dus.

    Zolang je die niet hebt, is alle evologie (dwz Darwinistische evolutie waarbij nieuwe informatie, nieuwe programmas, nieuwe netwerken van operationele en geintegreerde bio-informatie, nieuwe bouwplannen gewoon ontstaat) verder niks dan loos geleuter.

    PB

  22. harry pinxteren februari 9, 2015 om 11:49

    Marleen, Rob, PB

    Rob jij zei -op de wetenschapspagina van facebook:

    Het ‘gelijk blijven’ dat in dit geval puur slaat op het uiterlijk van het organisme, is evengoed een evolutionaire richting als het ‘veranderen’ van een organisme.

    En

    “Alsof veranderen in een gelijk blijvende omgeving een voorwaarde zou zijn voor het aannemelijk maken van de theorie”

    Inderdaad, zo is alles evolutie. Ook stasis.

    Ik heb helemaal geen probleem met stasis of met evolutie, of met soorten die gelijkblijven of die veranderen, van mij mogen ze. Ik heb alleen problemen met verklaringen die altijd kloppen (en trouwens ook, zoals jij ook deed, met suggereren/speculeren dat anderen het niet goed begrepen hebben, zoals ic Piet Sevester) . Nog sterker: Volgens dit soort redeneringen maakt het helemaal niet meer uit of die omgeving 2 miljard jaar onveranderd is gebleven of niet!

    En ja, natuurlijk, zoals Marleen zegt kan het ook zomaar zijn dat sommige organismen zo goed aan gepast zijn aan hun omgeving dat ze wel 2 miljard jaar mee kunnen.

    Het past allemaal moeiteloos in de mantra van ‘non-random selectie van random mutaties’. Nicht einmal falsch. Dat is het grote probleem: het klopt altijd.

    “Unless favorable variations occur, natural selection can do nothing”. En natuurlijk: alleen ‘favorable variations’ worden geselecteerd, want anders zouden ze niet favorable zijn. Het klopt allemaal, per definitie. Maar biologie is geen wiskunde.

    • Rob van der Vlugt februari 9, 2015 om 12:20

      Harry,

      Naast verklaringen die altijd kloppen bestaan er natuurlijk ook verklaringen die soms kloppen en verklaringen die meestal kloppen. Bovendien zijn er nog verklaringen die niet kloppen.
      De verklaringen die soms of meestal kloppen zijn het leukst omdat die uitnodigen de tanden er nog eens goed in te zetten. Daar kun je nog mee aan de gang als het gaat om de kwaliteit van het waarnemen, van de accuratesse van de experimenten, van de feilbaarheid van de gevolgde logica.
      Kloppende verklaringen zijn inderdaad saai. Ze kunnen niet eens kloppend gemaakt worden. Ze kloppen al.

  23. pluri bara februari 9, 2015 om 12:27

    Precies, jongens, ik ben het helemaal eens:

    Evologie (Darwins evolutie) is het axioma en de verklaring.

    Daarmee is het geen science.

    PB

  24. pluri bara februari 9, 2015 om 12:35

    Ik dacht overigens dat de discussie, na ENCODE, nu wel eens voorbij zou zijn.

    Maar Darwinisten-selectionisten zijn hardnekkig en zullen nooit hun geloof opgeven, blijkbaar.

    Om het even kort samen te vatten:

    Theorie: >95% van het genoom moet niet-functioneel (“junk”) zijn om het theoretische model der Darwinisten overeind te houden.

    Praktijk: >80% van het genoom is functioneel (ENDCODE).

    Ergo: Darwin go home.

    Voor mensen die echt in de biologie geinteresseerd zijn en willen weten hoe evolutie werkt: lees Borgers Terug naar de Oorsprong. Of Shapiros Evolution, A View from the 21st Century. Of Andreas Wagners Arrival of the fittest.

    Deze boeken poneren alle drie –impliciet dan wel expliciet– een frontloading mechanisme voor organismale evolutie.

    Lang leve de nieuwe biologie.

    PB

  25. Marleen februari 9, 2015 om 16:06

    Kloppende verklaringen zijn inderdaad saai Rob, maar zolang er mensen zijn die denken dat de verklaringen niet kloppen, blijft het een leuke discussie.

  26. Marleen februari 9, 2015 om 16:07

    Overigens, Harry, deze studie gaat niet specifiek over non random selectie en random mutatie, dat maak jij er van. Het gaat over evolutie en daarin kan er ook géén selectie plaatsvinden (naar mijn idee alleen) op relatief korte termijn. Het gaat hier over het wel of niet evolueren van de eerste levensvormen. Kijkend naar de morfologie en naar het pyriet waarin de fossielen gevonden worden, moet het wel om zwavel bacteriën gaan die na 2 miljard jaar nog precies hetzelfde aspect hebben en te beoordelen naar het pyriet van zwavel leven. De verklaring daarvoor is dat hun omgeving hetzelfde gebleven is en dat er dus eenzelfde selectiedruk bestaat. Er moet wel selectie plaatsgevonden hebben, want hoe kunnen ze met genetic drift zo constant blijven in hun morfologie? Misschien heb jij een andere verklaring in plaats van de onderstrepen dat Maarten t’Harts vraag overeind blijft staan.

  27. Marleen februari 9, 2015 om 16:10

    PB,

    je vraagt je af waarom ik nog lol heb in het onderhouden van dit blog. Dat komt omdat er voortdurend nieuwe studies uitkomen die steeds wat interessants toevoegen aan de evolutietheorie die zodoende steeds verfijnder wordt.

    Jouw ‘Terug naar de oorsprong’ begint zo langzamerhand een fossiel te worden dat niet evolueert. Er is niemand die de moeite neemt je aan te vechten, want we weten nog steeds niet wat dat frontloading inhoudt. Het boek begint oud te worden en jouw eeuwige reclame voor je eigen boek begint zo onderhand een ritueel te worden, en ik hou wel van rituelen.

    Overigens, ik heb ook wat blogs gewijd aan ENCODE, die kun je makkelijk terugvinden door te zoeken op de juiste sleutelwoorden. De belangrijkste conclusie daaruit was dat de transscriptiefactors, die de sites waar zij aan hechten beschermen tegen digestie met DNA-ase, een aspecifieke binding aan de dag kunnen leggen, waardoor ze over het hele genoom verspreid affiniteit kunnen vertonen voor aspecifieke sites. Het lijkt dan alsof het hele genoom functioneel is.

    Het zou je wellicht goed doen eens wat te relativeren. Lees, leer, en lach : Maarten t’Hart over evolutie:

    “Mij leek het destijds ook een geweldige opdracht om een weergaloos, alomvattend, scherp polemisch meesterwerk tegen de evolutietheorie te concipiëren. Reeds op de lagere school had mijn hoofdonderwijzer, de gereformeerd vrijgemaakte meester Cordia, ons op het hart gebonden dat die evolutietheorie een van de meest verfoeilijke uitvindingen van Satan was om ons ‘af te trekken van de Here en zijn Dienst’.”

    Uit De Gids 2009
    Hier kun je de rest lezen, erg goed geschreven al ben ik bang een parel voor een spreekwoordelijk zwijn te gooien:
    http://www.dbnl.org/tekst/_gid001200901_01/_gid001200901_01_0069.php

    (met dank voor deze referentie aan Harry en Rob)

  28. jeroenj februari 9, 2015 om 16:33

    In het kader van prokaryoten, of nog erger: de fossiele sporen die ze achterlaten, lijkt het mij absurd om betekenisvolle conclusies proberen te trekken over soortvorming, morfologische evolutie of evolutionaire dynamiek.

  29. leonardo februari 9, 2015 om 16:46

    Marleen,

    Er is nu eenmaal een zekere distantie tussen de bestuurder van de universiteit die spektakel moet maken om serieus genomen te worden, en de onderzoeker die graag opgesloten wil worden in zijn lab, met een gleufje waardoor iedere maand wat geld geschoven wordt, zodat ie mag geloven dat hij serieus genomen wordt, waardoor ie kan presteren. Zo steekt de wereld nu eenmaal in elkaar.
    Daarbij worden wel eens fouten gemaakt, of doen zich toestanden voor waarvan je, als minister of kamerlid, heel erg geschokt kunt raken. Ach, een kniesoor die daar op let.

    Overigens, ik vermaak me er kostelijk mee. Wat dat betreft zitten ze bij het goede ministerie: de evolutiebiologie en kosmologie als vermaakindustrie. Cultuur dus. Maar, opnieuw, zonde dat die wel geld krijgen en dat in orkesten en toneelgezelschappen gesneden wordt.

    Dus nogmaals: laat Andreas Wagner en Joep Schaye et al. – met nadruk: et al, zonder puntje! – hun eigen broek maar ophouden. Dan mag ik er een beetje in geloven dat mijn belastingcenten naar Rob van der Vlugt cum suis -met nadruk: al de zijnen – gaan.

    Wat betreft die nulhypothese. Er is geen verschil tussen een nulhypothese bij Darwin, of bijv. in de rechtbank. Overigens, de term is (mede) gemunt door Ronald Fisher, evolutionair bioloog, volgens Dawkins the greatest biologist since Darwin.

    Wel, in de rechtbank is de nulhypothese: de man tegenover mij is onschuldig – op de probleemstelling: moet deze man veroordeeld worden.
    Leuke bijkomstigheid: ik heb hier een boekje – van de Raad voor de Rechtspraak! – over kansrekening en rechtspraak. Ook die moeten besluiten om te geloven, of niet te geloven, onder onzekerheid.

    Bij Darwin kennelijk, simpel gezegd: in een stilstaande omgeving vindt geen evolutie plaats – op de vraag: is binnen een stilstaande omgeving, zonder druk om te ontwikkelen, evolutie denkbaar.

    Ooit was de aarde woest en ledig. Niks geen dynamiek. Was er iets levend geweest dan had het zich zeer, zeer eenzaam gevoeld; het zou onmiddellijk zelfmoord gepleegd hebben. Er vliegt een beetje stof op, van winden, en er dwarrelt stof neer, van vulkaanerupties.
    Verder leegte, stilte, eenzaamheid.
    En ineens steekt daar de eerste beweger de kop op. Ik doel nu niet op de schepper aller dingen, ik bedoel: het eerste prokaryootje. Geen enkele reden om tevoorschijn te komen. Heeft misschien wel dagen of jaren moeten wachten voor er een prokaryootje bij kwam om mee te spelen, en nog heel veel langer voor er een leuker speelkameraadje kwam, een eukaryootje, dat het ook al niet gezellig gevonden kan hebben.
    En toch ontwikkelde het zich. Allebei.
    Waarom?
    Zouden ze misschien geen eigen willetje hebben gehad?

  30. Arno Wouters februari 10, 2015 om 02:24

    Leonardo, de term ‘nulhypothese’ is volgens mij enigszins ambigu. Bij Fisher ging het om hypothesen over wat er in de wereld gebeurd als er niets bijzonders aan de hand is. Dergelijke hypothesen vertellen ons bijvoorbeeld wat er gebeurd als er geen krachten op een lichaam inwerken (tweede wet van Newton), als er geen evolutionaire processen werkzaam zijn (wet van Hardy-Weinberg) of als er geen omgevingsverandering plaats vindt (Schopfs ‘Darwinistische nulhypothese’). De hypothese dat de man tegenover mij onschuldig is gaat daarentegen niet over de wereld zelf maar over wat wij onder bepaalde omstandigheden moeten, kunnen of mogen geloven over die wereld (de hypothese zegt strict genomen niet dat mensen die voor de rechtbank verschijnen onschuldig *zijn*, maar dat wij er *van uit moeten gaan* dat zij onschuldig zijn zolang het tegenovergestelde niet bewezen is). Het dagelijks leven barst van dergelijke ‘nulhypothesen’. Ik denk dat het duidelijker zou zijn als we hier van epdefaukthypothesen zouden spreken, inplaats van van nulhypoypthesen. Ze komen in de wetenschap soms ook voor en er wordt soms eindeloos over geruzied. Denk aan discussies over de vraag of je moet veronderstellen dat een eigenschap neutraal is tenzij bewezen is dat ie adaptief is, of dat je er van uit moet gaan dat een eigenschap adaptief is tenzij er sterke aanwijzingen zijn voor neutraliteit.. Persoonlijk stel ik ik mij in zulke gevallen, liever sceptisch op: zolang er geen evidentie voor het een of het ander is mag je er noch vanuit gaan dat het een het geval is, noch dat het ander het geval is.

  31. Marleen februari 10, 2015 om 14:52

    Leonardo,

    Arno heeft al het een en ander gezegd over de nulhypothese, waar ik het wel mee eens ben.
    Ik zou wat willen zeggen over waar het eerste leven mogelijk ontstaan is. Dat was waarschijnlijk niet op de stoffige Aarde, op het land, maar eerder in de zee. Het is erg waarschijnlijk dat het leven ontstond in de hydrothermale bronnen op de zeebodem waar de eerste macromoleculen zich verzamelden en concentreerden in de poriën van de schoorsteen die zich vormt rond deze bronnen (Nick Lane). Dat is een omgeving die globaal genomen erg constant blijft. Maar er bestaat een gradiënt van protonen in de wand van deze schoorstenen waar een zekere dynamiek te vinden is. Hier bestaat geen evenwicht en dat is precies wat kenmerkend is voor het leven.

    Bij een prokaryootje met een eigen willetje kan ik me moeilijk een voorstelling maken. Het is waar dat ze in staat zijn zich van schadelijke stoffen af te keren en juist op voedingsstoffen af te gaan, maar een eigen willetje vereist op zijn minst een zenuwstelsel.

    Maar misschien heeft het leven zelf wel een eigen willetje. Dat zou iets te maken kunnen hebben met de cognitieve demons. De eerste eiwitten die in staat zijn een substraat te ‘herkennen’ en als gevolg van deze binding een verandering in conformatie ondergaan die het eiwit er toe aanzet een specifieke taak uit te voeren, zouden verantwoordelijk kunnen zijn voor de zogenaamde teleonomie die zo kenmerkend is voor leven (Monod).

  32. Marleen februari 10, 2015 om 15:16

    Jeroen,

    Er zijn biologen als Arjen Mulder die samen met Lynn Margulis er van uitgaan dat bacteriën geen soorten kennen aangezien zij lukraak genen uitwisselen en dat de evolutietheorie niet opgaat voor deze organismen.

    Ik ben geen microbioloog, maar wat bedoelen we als we spreken van het bacterie dat een bepaalde ziekte veroorzaakt, zoals Yersinis pestis, die de pest veroorzaakt. Zijn dat geen soorten? En E. coli moet zeer duidelijk gedefinieerd zijn, want het is het studieobject bij uitstek, ook voor de dynamiek van evolutie (Lenski).

    In Wikipedia staat dat bacteriën voornamelijk worden onderscheiden naar vorm en voedsel, want het determineren van verwantschap is niet mogelijk door de veelvuldige uitwisseling van plasmiden.

    Het is mij nog niet zo duidelijk of je nu wel of niet over evolutie kunt praten wanneer je bacteriën in beschouwing neemt.

  33. leonardo februari 10, 2015 om 17:23

    Arno – die null hypothesis

    Ik kan je helemaal volgen.
    Ik ga ook helemaal met je mee.

    PS er volgt nog een ander bericht, waarin ik je aanspreek

  34. harry pinxteren februari 10, 2015 om 17:24

    marleen,

    even voor de duidelijkheid:

    `Overigens, Harry, deze studie gaat niet specifiek over non random selectie en random mutatie, dat maak jij er van. Het gaat over evolutie en daarin kan er ook géén selectie plaatsvinden`

    Maar het onderzoek van Raman cs laat toch juist zien dat er wel selectie plaatsvindt, al is het dan via een constante selectiedruk en dat juist daardoor alleen bepaalde (random) mutaties een kans krijgen en andere niet, want de morfologie is al die tijd niet veranderd.

    Noem het even stabiliserende selectie. Die past toch prima in het stramien van random mutaties en non random selectie? En daar gaat het toch helemaal en alleen om bij ns en bij de NS, bij het idee van differentiële reproductie en de natuur/omgeving als grote demiurg?

    Verder, om terug te komen op Maarten en zijn verhaal

    Ik denk dat dit onderzoek zeer uniek is, al was het alleen maar vanwege het feit dat ze maar liefst twee miljard jaar terug hebben kunnen kijken. Maar het lijkt me vooral uniek als inderdaad al die tijd de selectiedruk ( lees: omstandigheden) exact hetzelfde zijn gebleven. Ik kan het niet beoordelen en het klinkt zeer aannemelijk, maar ik weet ook dat het niet altijd het geval is! En dat is een probleem

    Ik denk dat dit soort onderzoek een stuk lastiger wordt als jet het hebt over wat complexere beesten en complexere omgevingen zoals eukaryoten. Ik denk dat Maarten en vriend Piet daar aan dachten, als bioloog: hoe zit het met de omstandigheden van die lamprij die al zo´n 600 miljoen jaar zowat hetzelfde is, of met die van haaien die al 200 miljoen jaar hetzelfde zijn en met al die andere levende fossielen?

    Als je die omstandigheden niet zo makkelijk kunt bedenken, laat staan specificeren, wil dat natuurlijk niet zeggen dat ze er ook niet zijn. Maar het betekent ook dat de mantra van random mutaties en non random selectie, lastig te toetsen is. En omdat die altijd kloppend te maken is, is de vraag volgens mij: wat is het niveau van resolutie – detail, grain, dat nodig is, wil die mantra inderdaad geen louter mantra blijven. (zie onze discussies over Wagner, Moran, en de brief van Darwin aan Duke of Argyll)

    De vraag geldt uiteraard bij uitstek voor de evolutiepsychologen en hun verhalen die altijd kloppen omdat ze altijd wel omstandigheden weten te verzinnen, zeg evolutionaire voordelen bedenken. De resolutie van surveys (vragenlijsten) lijkt mij in ieder geval te hoog: stimuli van 500 μs blijken al ´marked neural responses´ op te roepen (Human Brain Mapping PMID:25487054)

    Hoe uniek is eigenlijk dat onderzoek van Raman en hoe aannemelijk is het onvoorstelbare? 2 miljard jaar is erg lang hoor!

  35. leonardo februari 10, 2015 om 17:26

    Marleen,

    De essentie is uiteraard niet het stof. De aarde was onherbergzaam, niet alleen het land. Hoe de zee er toen uitzag zullen we niet weten.

    Dit was uiteraard mijn punt: de (ogenschijnlijke) doelloosheid, zinloosheid van de ontwikkeling. Het eerste prokaryootje had geen enkele reden om te verschijnen. Er gebeurt kennelijk wat er gebeurt, er komt uit wat er in zit – en er blijft een residu over. (Ik had enige hoop, Arno, toen ik je comment zag, dat je daar ook wat over zou zeggen.)

    Verder lijkt het mij heel speculatief om te veronderstellen dat het leven in het water begon. Het heeft wel iets vertederends, zoals ook de oude Grieken in het water de bron van veel dingen zagen.

    Veronderstellen dat een eukaryootje geen eigen/vrije wil heeft, leidt volgens mij (ad absurdum?) tot de acceptatie dat de mens geen vrije wil heeft.

  36. harry pinxteren februari 10, 2015 om 17:56

    raman? nee Schopf cs natuurlijk!

  37. Marleen februari 10, 2015 om 19:04

    Harry,

    Ik denk dat je wel gelijk hebt, dat het artikel inderdaad gaat over random mutatie en non random selectie. Het wordt alleen niet expliciet genoemd. Er wordt daarin alleen beweerd dat de resultaten Darwiniaanse evolutie ondersteunen. De discussie van of er nu wel of geen selectie plaatsvindt is eigenlijk niet aan de orde, het is impliciet aan Darwiniaanse evolutie.

    Maar voor wat betreft de bacteriën zelf als onderwerp van onderzoek over evolutie, zal niet iedereen het eens zijn want zoals ik hierboven ergens zei, hebben Arjen Mulder en Lynn Margulis daar een andere mening over. In De Gids staat het volgende (geschreven door Arjen Mulder)

    “Lynn Margulis …..verbaasde ons met het inzicht dat de evolutietheorie niet opgaat voor de bacteriën, die anderhalf miljard jaar over de aarde hebben geheerst voordat er planten en dieren ontstonden. Dat zij niet-darwiniaans evolueren komt omdat bacteriën geen soorten kennen, maar lukraak genen uitwisselen, zonder geslachtelijke voortplanting en zonder al dan niet vruchtbare nakomelingen. De individuele bacteriën van vandaag de dag zijn in feite een paar miljard jaar oud.”

    http://www.dbnl.org/tekst/_gid001200901_01/_gid001200901_01_0060.php

    Ik meen dat de degenkrabben ook heel succesvol zijn en al erg lang meegaan. Wil je weten waarom dat zo is, dan kom je in een cirkelredenering terecht, namelijk dat ze overleven omdat ze zo goed aangepast zijn en ze zijn goed aangepast omdat ze overleven. Misschien heeft het wel te maken met fenotypische plasticiteit, d.w.z. dat de dieren meer of minder opgewassen zijn tegen veranderende milieus. Daar hebben we het al eerder over gehad, over fenotypische plasticiteit.
    Koraal is bijvoorbeeld ook erg oud, maar schijnt zich redelijk goed te kunnen aanpassen aan de verzuring van de oceanen.

  38. Marleen februari 10, 2015 om 19:05

    Leonardo,

    Hoe de oceanen en zeeën er ooit uitzagen, weten we niet, er waren hoogstwaarschijnlijk veel vulkaanuitbarstingen op de bodem van de zee. Het water dat uit de hydrothermale bronnen komt, is in aanraking geweest met het magma van de Aarde. Ze zullen overvloedig aanwezig zijn geweest.

    Het is inderdaad speculatief om te stellen dat het leven op de zeebodem begon, maar het is een hypothese die al vrij lang geleden geopperd is en die steeds meer bijval krijgt. Eigenlijk gaat mijn hele blog daarover, over de oorsprong van leven in hydrothermale bronnen, en binnenkort blog ik opnieuw over een onderwerp dat erg goed past in deze hypothese. Je mag het vertederend noemen, maar het is keiharde wetenschap.

    Je had het eerder over de prokaryoot die tevoorschijn kwam in een zinloze wereld. Je opperde dat deze prokaryoot een eigen willetje zou hebben. Wat veel interessanter is, lijkt mij, is dat het leven zelf een eigen willetje heeft. Zodra er eiwitten zijn die in staat zijn moleculen te ziften, zit er een richting in het proces naar leven.

  39. gerdien februari 10, 2015 om 19:06

    Schopf et al vergelijken moderne levensgemeenschappen van mariene zwavelreducerende anaërobe bacterien met fossielen afkomstig uit vrij diep anoxisch zeewater. Deze moderne levensgemeenschappen bevatten voornamelijk vier typen draadvormende bacteriën;
    1 relatively large diameter (∼7- to 9-μm-broad) elongate-celled filaments
    2 smaller diameter (∼1- to 4-μm-wide) filaments composed of bead-shaped cells
    3 very narrow (≤1-μmdiameter) thread-like cellular filaments
    4 “bead-celled” filaments contain sulfur granules
    Diezelfde vormen worden ook gezien in de fossielen.

    Zijn de fossielen overeenkomstig met huidige vormen?
    Het gesteente van de fossielen kan als anoxisch beschouwd worden.
    Er is pyriet FeS2 aanwezig in associatie met de fossiele filamenten, wat wijst op sulfaatreductie tot sulfide.
    Dit pyriet bevat relatief veel van de 34S isotoop van zwavel. Biologische chemische reacties gaan sneller met 32S dan met 34S, zodat 34S eerder neerslaat als FeS. Een overschot aan 34S betekent dat er sulfaatreductie gaande is geweest.
    Dat betekent dat aangenomen kan worden dat het om fossielen van sulfaatreducerende bacteriën gaat.

    Met welke huidige bacteriën wordt er vergeleken?
    Figuur 2 verwijst naar referenties 9 en 10, tekst verwijst naar referentie 46. Ref 9 is in te zien via internet, ref 10 kan ik niet te pakken krijgen, ref 46 gooit de zaak in de war.
    Tabel 2 in ref 46 waarnaar verwezen wordt bevat alleen aërobe bacteriën, geen anaërobe, en het lijkt over sulfide-oxiderende niet over sulfaatreducerende bacterien te gaan; al hebben ze kennelijk wel dezelfde vorm. Blz 5, rechtsboven: “the two modern sulfur bacterial taxa of similar dimensions being aerobes”! Dat is wel gek als je evolutionaire stasis wilt betogen …
    Ref 9 geeft geen enkele naam, alleen foto’s. Enig gegrabbel in Web of Science (bv in welke context ref 9 wordt aangehaald, en wat er aan ‘pyrite sulfate reduction bacteria’ te vinden is) levert op dat het mogelijk zou gaan om kleurloze zwavelbacteriën die bij de Deltaproteobacteria horen. Dan krijgen we:

    http://en.wikipedia.org/wiki/Sulfate-reducing_bacteria#Phylogeny

    “The sulfate-reducing bacteria have been treated as a phenotypic group, together with the other sulfur-reducing bacteria, for identification purposes. They are found in several different phylogenetic lines.[8] As of 2009, 60 genera containing 220 species of sulfate-reducing bacteria were known.[2]
    Among the Deltaproteobacteria the orders of sulfate-reducing bacteria include: Desulfobacterales, Desulfovibrionales and Syntrophobacterales. This accounts for the largest group of sulfate-reducing bacteria, about 23 genera.[5]
    The second largest group of sulfate-reducing bacteria is found among the Firmicutes, including the genera Desulfotomaculum, Desulfosporomusa, and Desulfosporosinus.”

    Die bacteriën zijn lang niet allemaal filamentvormig. Desulfovibrionales zijn duidelijk kommavormig of met een zweepstaart, gegeven hun naam.

    Wat hebben we dan?
    Morfologische overeenkomst in overeenkomstige ecologische omstandigheden. Is er enige aanwijzing dat deze fossielen meer te maken hebben met de in ref 9 gefotografeerde moderne bacteriën dan met enige andere sulfaatreducerende bacteriën? Nee. Is er enige aanwijzing voor evolutionaire stasis? Nee, omdat er totaal niets te zeggen valt over hoe de verwantschap mag zijn. Is er enige aanwijzing voor gebrek aan soortvorming? Nee, want we hebben nogal wat sulfaatreduceerders, met allerlei vormen.

    @Marleen
    Die fractionering van zwavelisotopen is de eerste werkelijke aanwijzing voor levende organismen, omstreeks 3.3Ga.

  40. leonardo februari 10, 2015 om 20:38

    Marleen,

    Er zit enige afstand tussen “Het is inderdaad speculatief om te stellen dat …” en “… het is keiharde wetenschap.”
    Ik hoor graag van je wat het nu echt is: speculatie of keihard bewijs.

    Ik citeer: “… dat het leven zelf een eigen willetje heeft.”
    Geloof me, ik ben me er van bewust dat ik nu op eieren loop – ik ben blij dat je “leven” niet met een hoofdletter geschreven hebt – maar toch: hoor ik hier nou een echo van Jan Auke, die ook zijn eigen God verzonnen heeft en ons daarover met genoegen bepreekt en wil bepreken?
    Het leven is, ook bij jou mag ik hopen, de naam van de verzameling voor alles dat de geaccepteerde kenmerken van wat leven is heeft, zeg maar, naar de woorden van de Psalmist: alles wat adem heeft, poept, en de Heere looft.
    Heeft dat een eigen wil?
    En bestiert dat mijn doen en laten?
    Sorry Marleen, ik hoop dat ik je verkeerd begrijp, want het komt bij mij een beetje te alternatief over.

  41. leonardo februari 10, 2015 om 21:07

    Ik beschouw Jeroen als goed ingevoerd op dit gebied, en ik zie hem een stevig vraagteken zetten bij de conclusies van Schopf, beter gezegd: bij het trekken van die conclusies.
    Arno, een deskundige toch, roept dan: hear hear.

    Gerdien, de specialist bij uitstek, zei het hiervoor eigenlijk nog steviger: er bestaat geen null hypothesis zoals Schopf die wil. Het is nog net niet haar reprimande aan Joris van Rossum – dom en fout – maar de echo klinkt door. Vervolgens komt ze nog eens met een lijstje van wat er allemaal mankeert, of, voorzichtiger uitgedrukt, aan vraagtekens te zetten is bij het artikel van Schopf et al.

    Wat dat betreft is Coyne positiever. Hij schrijft, aan het begin What Schopf et al. did, which is good stuff … en aan het eind The paper by Schopf et al. does show an intriguing case …

    Als hier wordt gezegd Schopf et al. dan staat dat voor een rijtje indrukwekkende namen: Schopf, J. W., A. B. Kudryavtsev, M. R. Walter, M. J. Van Kranendonk, K. H. Williford, R. Kozdon, J. W. Valley, V. A. Gallardo, C. Espinoza, and D. T. Flannery – s.g. (scholarship guaranteed).

    En dan komen er een paar andere deskundigen (bloggers en commenters NL in dit geval, maar ook commenters bij Coyne) en die gaan er eens even flink tegen aan.

    Los van dat het allemaal heel vermakelijk is, kunt U begrijpen dat ik zeg: I’m still confused, but at a higher level.

  42. gerdien februari 10, 2015 om 21:31

    @Leonardo
    Schopf geeft een net betoog dat dit sulfaatreducerende bacteriën zijn. Ik kwam bij het gezoek meer artikelen over zeer oude kennelijk sulfaat reducerende bacterién tegen (die deze schrijvers niet aanhalen). Dan heb je een aardig stukje in een paleontologie of microbiologie tijdschrift, maar geen stuk in PNAS. Maak onderscheid tussen het werkelijke werk – identificatie van wat dit zijn – en alle bijkomende interpretatie van hypobradytelic. Het werk is goed, de interpretatie gaat te ver.

    @Leonardo, Marleen
    Het leven is, ook bij jou mag ik hopen, de naam van de verzameling voor alles dat de geaccepteerde kenmerken van wat leven is heeft, zeg maar, naar de woorden van de Psalmist: alles wat adem heeft, poept, en de Heere looft.. Hier vallen de planten wat uit, maar ik heb een letterlijk hoofd.
    Life is the harnessing of chemical energy in such away that the energy-harnessing
    device makes a copy of itself.
    Lane, Martin et al Phil Tr RSB 2013
    Life is about redox chemistry, so the site and environment of life’s origin should be replete with redox reactions. Martin Biology direct 2011

  43. jeroenj februari 10, 2015 om 22:33

    De vaardigheid van biologen in het zinvol jongleren met lekke definities begint al bij “leven”.

  44. leonardo februari 10, 2015 om 23:04

    Gerdien,

    Ik heb al eens bij een eerdere gelegenheid gezegd: (op het blog van GK, tegen JAR) ik denk dat ze (GdJ) me heel vrolijk kan maken.

    Wel, je hebt mijn avond helemaal goed gemaakt.
    Dankjewel.

  45. Marleen februari 11, 2015 om 12:22

    Leonardo,

    Wanneer je de tussenliggende tekst weglaat dan gebeuren er rare dingen. Dat het leven op de zeebodem begonnen zou zijn is puur speculatief. Hoe men denkt dat het leven ontstaan is in de poriën van de schoorstenen is pure wetenschap, dat wil zeggen, dat men kijkt naar hoe cellen nu functioneren en daar dan de beginselen van probeert terug te vinden in deze schoorstenen. Het volgende blog zal hier dieper op ingaan.

    Het prediken laten we aan Riemersma over. Ik verzin niets, want alles is terug te voeren naar mijn eigen blogs die op hun beurt gebaseerd zijn op wetenschappelijke artikelen. Wees gerust Leonardo en kijk nog eens naar de definities van leven van Lane en Martin die Gerdien hierboven weergeeft. Daar is niets alternatiefs aan.

    Leuk dat je de discussie nog even aanzwengelt door op de definitie van leven terug te komen. Dank daarvoor, want dat geeft Gerdien weer de gelegenheid Lane en Martin te citeren.

  46. Marleen februari 11, 2015 om 12:24

    Gerdien,

    Hartelijk dank voor de citaten van Lane en Martin. Het is natuurlijk interessant wat anderen van deze publicatie denken, dat is de bedoeling van het bloggen. Het zou ook erg interessant zijn te weten wat Nick Lane denkt van dit werk van Schopf.

    In Life Ascending vertelt Lane over het mooie werk dat Schopf verrichtte maar ook over hoe Schopf zijn hypothesen forceerde en hoe een student van hem gedwongen zou zijn gedurfde conclusies te trekken. Hij heeft blijkbaar de reputatie van een wetenschapper die zijn ideeën doordrukt.

  47. harry pinxteren februari 11, 2015 om 15:25

    Marleen

    dank je voor de link, maar ik had dit speciale nummer van de Gids al. Daar citeerde ik Maarten dus uit.

    En wie weet misschien dacht hij niet alleen aan de beesten die ik al noemde, maar ook nog aan degen krabben die ook al lang meer gaan omdat ze zo succesvol zijn. Dus zo kwam hij dis helemaal in een cirkelredenering uit! Dus vroeg hij zich af hoe het nou eigenlijk zat

    Maakt niet uit wat Maarten allemaal dacht, zijn vraag is zeer illustratief. Want het antwoord is dus allerminst duidelijk.

    Het onderzoek van Schopf brengt ons ook niet veel verder: “Wat hebben we dan? Morfologische overeenkomst in overeenkomstige ecologische omstandigheden.” (Gerdien)

    it’s circles all the way down?

    .

  48. Marleen februari 11, 2015 om 15:44

    Harry,

    Ik wist dat je het nummer had, omdat je er uit citeerde (cirkelredenering?). Ik heb je daar ook voor bedankt zoals je kunt lezen. Nu denk ik altijd dat er mensen meelezen, gezien de statistieken, en in zo’n geval is een link na eruit geciteerd te hebben zeer handig voor het lezen van de context. Dat is misschien ook iets voor jou.

    Het onderzoek van Schopf, met zijn overdreven interpretatie, geeft wel aan in welke context zijn onderzoek geplaatst moet worden. Het brengt ons verder in de zin dat het meer specifieke vragen oproept.

  49. leonardo februari 11, 2015 om 17:08

    “Het brengt ons verder in de zin dat het meer specifieke vragen oproept.”

    Ik moest ‘m even proeven.

    Er had ook kunnen staan
    “it stares us in the face ….”
    of
    “het werpt ons terug”
    Maar onze positieve Marleen ziet veel zonlicht (in haar Italia).
    Bravo Marleen!

    Mankind floundered on, from uncertainty to uncertainty.
    Ik parafraseer nu, heel positief – dat is uitsluitend en alleen Marleen’s invloed! – de Schotse filosoof Hamilton.
    Hij zei het iets anders: they floundered on from blunder to blunder.

  50. pluri bara februari 12, 2015 om 10:00

    Echt lachwekkend, al dat gespeculeer hier over niks.
    pb

  51. jeroenj februari 12, 2015 om 13:33

    @pb Eerst observeren en induceren (en daar zijn we mee bezig) en dan de hypothese (veronderstelling, of zo je wilt “speculatie”) toetsen. Ik fluit Schopf terug op voorbarige conclusies, en jou op de voorbarige conclusie dat er hier niets leerzaams of toetsbaars valt te speculeren.
    Een wetenschappelijke toets kan ook het controleren van de voorspellende of verklarende waarde van een hypothese zijn en het gaat in evolutieonderzoek vaak wat moeilijk met experimenten. Gillen om een experiment vind ik in deze context dus ook wat overtrokken. Ik ben heel benieuwd wat de australische creekbugs ons gaan opleveren.

    Schopf suggereert dat zijn bevindingen zo’n toets zijn voor de malle nulhypothese, maar het is natuurlijk (verder terug in de empirische cyclus) een waarneming die hopelijk goede vragen oproept, die we in toetsbare veronderstellingen kunnen proberen te vangen.

    De nulhypothese vind ik een weinig veelbelovende. Net als Maarten ’t Hart zien we om ons heen zat voorbeelden van: soms wel, soms niet. Dus als we een gevalletje van één van tweeën mochten concluderen uit 2 miljard jaar oud gesteente zijn we niet veel opgeschoten.

    Ik hoop op betere vragen.

  52. pluri bara februari 12, 2015 om 16:21

    Om biologische waarnemingen te begrijpen in het licht van selectie en universele gemeenschappelijke afstamming te bediscussieren is een hopeloze onderneming gebleken.

    Laat staan waarnemingen aan fossielen en versteningen. H-o-p-e-l-o-o-s geleuter in de ruimte waar niemand iets aan heeft.

  53. harry pinxteren februari 12, 2015 om 17:28

    marleen

    “Het brengt ons verder in de zin dat het meer specifieke vragen oproept”.

    Gelukkig wel!

    Maar om er toch nog een keer op terug te komen: de vraag van ’t Hart die staat dus nog steeds. Meer dan ooit. Dus ook in jouw variant: sommige soorten sterven uit als er grote rampen gebeuren. Maar andere soorten niet. Inderdaad! De overlevers overleven.

    Prima om dat verder te onderzoeken. Ik vind het idee van de onderzoekers dat er zoiets zou kunnen bestaan als een null hypothese heel illustratief. Want dat suggereert dat ze denken dat de natuur ‘experimenten’ zou doen, of liever, dat uit de theorie van darwin eenduidige tegenvoorbeelden af te leiden zouden zijn. Niet dus, zoals Gerdien al opgemerkt dat er niet zoiets bestaat, maar het feit dat deze onderzoekers denken dat dat wel zo is, spreekt volgens mij boekdelen. Herinner je je de uitgebreide discussies over counterfactuals en Fodor cs nog?

    februari 10, 2015 om 19:04 schreef je `De discussie van of er nu wel of geen selectie plaatsvindt is eigenlijk niet aan de orde, het is impliciet aan Darwiniaanse evolutie`.

    Ik denk dat dat dus juist het hele probleem is. Of liever, het is de zoveelste parafrase van het probleem! : -)

  54. harry pinxteren februari 12, 2015 om 17:53

    pluri bara

    `Om biologische waarnemingen te begrijpen in het licht van selectie en universele gemeenschappelijke afstamming te bediscussieren is een hopeloze onderneming gebleken.`

    Dat geldt inderdaad in ieder geval voor de zogenaamde evolutiepsychologie (EP). Tot nu toe in ieder geval. Na alles wat ik er over gelezen heb, durf ik intussen de stelling te verdedigen, zelfs in een academisch proefschrift, dat die een voorbeeld is van een ´reductio ad ridiculum´ van Darwins beroemde idee-hoop-wens-voorspelling ‘In the distant future I see open fields for more important researches. Psychology will be based on a new foundation.

    Hoe het dan wel zit, is een lang verhaal. Maar het echec van de EP betekent niet dat de gezamenlijke uitgave van een aantal losse (zeer) oude teksten die o.a. zwaar ideologisch bevochten is op het concilie van Nicea, en die we sindsdien beter kennen als ´de bijbel´, dan wel de waarheid over ons en voor ons zou bevatten – althans méér waarheid dan de common sense psychologie en wijsheden die je ook vindt in vergelijkbare oude geschriften, zoals bijvoorbeeld Herodotus en Homerus.

    Ik vind het jammer dat jij, als een van de weinige deskundigen hier, niet mee discussieert en je beperkt tot reclame voor je boek.

  55. leonardo februari 12, 2015 om 18:25

    Peter,

    Je prijst hier je boek aan Terug naar de oorsprong
    Ik begrijp uit je laatste reactie dat je “speculatief hypothetiseren” geleuter vindt.
    Ik hou ook niet van geleuter – dus we moeten elkaar in het volgende kunnen vinden.

    Kun jij enig licht laten schijnen op tot welke “oorsprong” jouw boek terug gaat (voordat ik besluit het wel of niet aan te schaffen) gegeven dat je een broertje dood aan geleuter hebt?

    Ik meen verder begrepen te mogen hebben dat een (belangrijk) element in jouw denken is common design: overeenkomsten tussen organismen zijn niet het resultaat van gemeenschappelijke afkomst, maar van een gemeenschappelijk plan, een ontwerp.
    Heb ik dat goed begrepen?
    Zo ja, kun je aangeven waar en in hoeverre dit zich onderscheidt van geleuter?

  56. pluri bara februari 13, 2015 om 09:23

    Het boek gaat over de oorsprong der soorten. Iets dat door Darwin en de Darwinisten nooit ergens is behandeld. Soortenvorming is een fenomeen dat door de Darwinsten volkomen niet wordt begrepen, omdat ze het verkeerde model hanteren. Mijn boek schreef ik destijds om te tonen dat een Darwinjaar volstrekte overbodig is, omdat hij werkelijk niks aan de biologie heeft toegevoegd. Dat hij een van de grooste biologen is, is een mythe bedacht door zijn aanbidders. De inhoud van mijn boek wordt door Darwinsten, die een machtsbolwerk hebben gecreeerd, ontkent.

    De review die erover in de media verscheen, door René Fransen, een Darwinist in de trend van Gerdien de Jong, zat vol leugens en misrepresentaties. En die werden door GdeJ bejubeld op zijn weblog, waar je niks tegen Darwins onzinnige biologie mag verkondigen.

    Toch is mijn boek actueleren dan ooit en er worden nu soorgelijke mechanismen door de evolutiebiologen voorgesteld, zoals Shapiro en Wagner. Beiden schreven onlangs interessante boeken, waarin ze impliciet frontloading-mechanismen voorstellen. Precies zoals ik dat voorstelde in 2009.

    Common design is het enige alternatief voor universele common descent (het concept van de Darwinisten dat door de moderne biologie is weerlegd). Het is net als universeel common descent per definitie niet wetenschappelijk te bewijzen, maar er is veel biologische evidentie. Ik staaf mijn beweringen het met harde biologische feiten. Ik houd namelijke niet van geleuter.

    PB

  57. pluri bara februari 13, 2015 om 09:32

    “Ik vind het jammer dat jij, als een van de weinige deskundigen hier, niet mee discussieert en je beperkt tot reclame voor je boek.”

    Discussies doe ik niet meer aan mee. Bovendien is het voor een wetenschapper zeer gevaarlijk om je tegen de Darwinisten te positioneren (heb ik aan den lijve ondervonden).

    Als je mijn boek leest, weet je wat hier verkondigd en bediscussieerd wordt volstrekt dwalende dwaasheid is. Het is geen wetenschap, maar filosofie zonder experimentele onderbouwing. Geleuter in de ruimte, dus.

  58. Eelco van Kampen februari 13, 2015 om 11:28

    Marleen, je schrijft aan het einde:
    “Mochten er meer van dergelijke fossielen gevonden worden die dit gat wat kunnen dichten dan zal het mogelijk zijn de nulhypothese voor Darwiniaanse evolutie te bevestigen.”

    Is het duidelijk waar je die zou moeten proberen te zoeken ? De zeebodem is geen eenvoudig onderzoeksterrein, lijkt me. Zijn er makkelijkere plekken te bedenken ?

  59. Marleen februari 13, 2015 om 12:03

    Peter,

    De evolutiebiologie als een machtsbolwerk zien is absoluut onjuist. Het is niet wetenschappelijk om met frontloading de oorsprong van de soorten te verklaren. Je kunt dat niet wetenschappelijk aantonen dus lukt het niet mensen te overtuigen. Zo simpel is dat.

    Kun je misschien aangeven waar Andreas Wagner over soortgelijke mechanismen schreef? We hebben zijn boek in november 2014 uitvoerig bediscussieerd. Bedoel je met soortgelijke mechanismen jouw zogenaamde frontloading? Je hebt in je boek nooit een mechanisme voor frontloading beschreven. Je schrijft in je boek: ‘…GOD verkoos het leven te scheppen als baramins’. Dit is geen naturalistische verklaring en zal dus in de wetenschap niet geaccepteerd worden.

  60. Marleen februari 13, 2015 om 12:03

    Eelco,

    Jammer genoeg weet ik niets af van geologie. Als de bacteriën op de zeebodem leefden dan kunnen ze wellicht in modern gesteente op het land en in bergen teruggevonden worden in sedimentair gesteente. Je zou dan misschien specifiek op zoek kunnen gaan naar pyriet. We zouden het aan een paleontoloog moeten vragen.

    • Eelco van Kampen februari 13, 2015 om 12:12

      Dank, Marleen … een eerlijk antwoord !

      Weet jij wel iets meer over de “modern microbial biotas discovered off the coast of South America in 2007”, zoals in het abstract van Schopf et al. staat ?
      Ik kan het artikel zelf niet lezen (achter een betaalmuur, of ik moet iets missen).

  61. harry pinxteren februari 13, 2015 om 12:38

    marleen

    misschien een idee om Wagner en Burger te vergelijken?

    ‘veel biologische evidentie’ is nooit weg, zou ik zeggen.

    En ja, Mutationisme dat is wel zoiets als ID frontloading, (en misschien zelfs ook een beetje ID, denk aan Wagners allerlaatste zin waar jij je zo aan stoorde! ).

    Maar dan wel toetsbaar.

  62. Marleen februari 13, 2015 om 12:51

    Harry,

    Als jij Wagners mutationisme gelijkstelt aan Borgers frontloading, dan is er toch echt iets mis. Maar het doet me plezier dat je inspringt omdat ik wel vermoedde dat er bij jou een eigenaardig idee (iets waar ik geen vinger achter krijg) zat achter de lof voor Wagners boek.

  63. leonardo februari 13, 2015 om 13:07

    Peter,

    Je schrijft: Discussies doe ik niet meer aan mee. Ik hoop dat je voor mij de tegenspraak nog even volhoudt, want ik ben er nog niet helemaal uit met je.

    Overigens heb je in zekere zin gelijk dat je niet meedoet aan de discussie. Het zijn meer kanonschoten die je lost, ook in je verder alleszins redelijke comment dat een begin zou kunnen zijn van een antwoord aan mij. Het lijkt me dat dat een handicap is bij je pogen om je ideeën ingevoerd te krijgen.
    Hoe dan ook, mijn vraagtekens heb je nog niet opgelost.

    Je bevestigt dat common design, gemeenschappelijk plan, een belangrijk begrip is in jouw denkwereld. Je ziet overeenkomst tussen de voorkomende soorten, en jij weet dat daar een design achter zit.
    Ik gebruik hier “weet” omdat je wars bent van nietszeggende hypotheses, van speculaties. Ik vraag mij af: hoe kun je dat weten?
    Design, plan, veronderstelt een planner, een designer. Ik zal nu niet zo flauw doen om je onmiddellijk bij de ID’ers in te delen – van mij mag plan of design ook opgesloten zitten in een natuurwet, of in een mechanistische wereldbeschouwing, maar ik hoop toch wel antwoord te krijgen op de vraag: waar zie je dat aan, hoe kun je dat testen.
    Wie of wat is het dat jou dat plan doet kennen -én, ook niet onbelangrijk, voor anderen verborgen houdt.

    Wat je boek betreft, de titel lijkt me een vreemde voor iemand die zich aan harde feiten houdt. Waarnemingen aan fossielen en versteningen leidt tot h-o-p-e-l-o-o-s geleuter (jouw nadrukstreepjes) . Dat betekent dat je, om iets te zeggen over de oorsprong, bij de kleitabletten moet beginnen (en hopen dat die niet, als de Telegraaf of Volkskrant, sociale wenselijkheden of regelrechte leugens bevatten). Dan zou een betere titel van je boek zijn Weg van de oorsprong.
    Weer, ik kan me niet voorstellen hoe je iets zeker kunt weten van de oorsprong, hetzij in negatieve, hetzij in positieve zin, als je met materiaal moet beginnen uit de tijd dat de tweebenige mens al lang en breed rond liep, en vervuld was van denken waarvan wij gewend zijn te veronderstellen dat dat niet verlicht was.

    Je begrijpt, ik blijf er toch een beetje mee zitten: hoe doet Peter dat, zonder speculatief, hypothetisch denken?
    Zonder geleuter, om je eigen woord te gebruiken.

  64. Marleen februari 13, 2015 om 13:29

    Eelco,
    Gaat het om deze artikelen?

    http://onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1111/j.1574-6941.2009.00659.x/pdf

    http://www.im.microbios.org/1002/1002097.pdf

    Goed dat je me op deze referenties wees, want het is me nu duidelijk dat de betreffende draadvormige (moderne) bacteriën, waarvan de vergelijkbare fossielen hier besproken worden, onderscheiden moeten worden van zogenaamde eveneens meercellige megabacteria Thioploca en Beggiatoa, iets dat niet duidelijk was in het artikel van Schopf.

    • Eelco van Kampen februari 13, 2015 om 13:37

      Marleen, dat zou heel goed kunnen ! Ik kan Schopf et al. sowieso niet lezen, alleen het abstract, en daar staan geen referenties in. Maar deze artikelen zullen het wel zijn !

  65. pluri bara februari 13, 2015 om 13:30

    “De evolutiebiologie als een machtsbolwerk zien is absoluut onjuist.”

    Zoals gewoonlijk wordt evolutiebiologie weer eens gelijkgeschakeld met Darwinisme.

    Had ik het over evolutiebiologie, Marleen? Nee dus.

    Ik ben denk ik de enige die onderscheid maakt en definieert.

    PB

  66. pluri bara februari 13, 2015 om 13:33

    Leonardo,

    Lees gewoon mijn boek.

    PB

  67. pluri bara februari 13, 2015 om 13:37

    Kijk Marleen, ik schrijf dit:

    “De inhoud van mijn boek wordt door Darwinsten, die een machtsbolwerk hebben gecreeerd, ontkent.”

    En jij maakt er dit van:

    “De evolutiebiologie als een machtsbolwerk zien is absoluut onjuist. ”

    Je hebt dus hetzelfde probleem als de rest van de Darwinsten: je kunt geen onderscheid maken en definieren.

    En met zulke mensen kunnen wetenschappers niet discussieren.

    PB

  68. leonardo februari 13, 2015 om 13:39

    nee Peter, hier kom je niet mee weg.
    Ik stel een paar simpele vragen.
    Die moet je, als een goed wetenschapper betaamt, in een paar zinnen kunnen beantwoorden.
    Goed voor je image ook. Kun je eens een keer iets anders doen dan met de term “geleuter” smijten.

  69. Marleen februari 13, 2015 om 13:49

    PB,

    Het is net of je verzuipt en als laatste woorden roept. ‘lees mijn boek’. Hoe durf je mensen en vooral leonardo op deze manier te antwoorden, nadat hij je zo uitvoerig te woord stond.

    Als jij de enige bent die dit onderscheid maakt tussen evolutiebiologie en Darwinisme, dan is het niet verbazend dat niemand met jou wil discussiëren. Hier wordt door sommigen nog pogingen gedaan je in de discussie te betrekken, maar je doet niet mee en zwaait met een oud boek. Schrijf een nieuw boek en integreer het met Wagner en Shapiro, dat zal goed gelezen worden, als je dat lukt.

  70. Marleen februari 13, 2015 om 14:18

    Eelco,

    Misschien kan PB daar toch bij helpen😉

  71. pluri bara februari 13, 2015 om 14:43

    Wagner en Shapiro zeggen beide impliciet hetzelfde als PB in TndO. En dat impliciete impliceert nogal wat. Met name voor de atheisten onder de Darwinisten en dat zijn er nogal een hoop. Want ze geloven dat Darwin hun geloof een fundament gaf.

    Vandaar de aversie tegen Wagner en Shapiro. En natuurlijk tegen PB.

  72. leonardo februari 13, 2015 om 15:38

    Peter, ik wil best even duidelijk zijn.

    Toen jij gisteren de term “leuteren” introduceerde, dacht ik: wie zou die bedoelen. Als wetenschapper zul je, neem ik aan, niet zo onwetenschappelijk zijn om te generaliseren.

    Dus ik dacht, heel beleefd, eerst dat je op mij doelde.
    Dat mag, het kan mij zeker overkomen, de boog kan niet altijd gespannen staan. Bovendien hou ik wel van bij tijd en wijle leuteren – kan ontspanning brengen.
    Maar dit keer ben ik me er niet van bewust.

    Van de andere leden van het gezelschap zou ik niet durven denken dat ze leuteren.

    Dus dacht ik: zou PB op zichzelf doelen.
    Wel, Peter, dat ik niet onmiddellijk van deze mogelijke dwalingen mijns weegs ben teruggekeerd, heeft te maken met de titel van jouw boek – het lijkt me moeilijk om zonder speculatief te zijn over welke oorsprong dan ook, terug er naar toe of weg er vandaan is mij om het even, na te denken.
    En bovenal met je opvatting over common design.

    Dus, wat ben ik aan het doen: ik probeer na te gaan of jij degene bent die leutert.
    Tot nu toe heb je niks gepresteerd dat mij van mogelijk te hypothetiseren dwalingen in dezen afvoert.

    PS Marleen, Je spreekt PB aan m.b.t. mijn persoon. Het is jouw blog, dus het is aan jou om de regels te stellen. Maar voor mij hoeft het niet, ik kan wel tegen een stootje.

  73. jeroenj februari 13, 2015 om 15:50

    @pb Wagner heeft het expliciet over “half literate and wholly ignorant” (p. 9). Dat is lomp taalgebruik dat je gezien de context persoonlijk moet opvatten. Het leek mij rijkelijk ruim afdoende om te voorkomen dat hij, hoe misplaatst ook, voor bepaalde karretjes gespannen zou worden, maar ik vergiste me: ’t is ‘m niet gelukt!

    • Eelco van Kampen februari 13, 2015 om 15:54

      Daar zijn mensen als Wagner wel aan gewend … naar eigen zeggen:

      “I do believe that natural selection is essential for evolutionary adaptation. I also believe that we can understand the diversity of life through entirely natural causes, natural selection being an important one of them. I therefore do not espouse young earth creationist or intelligent design creationist views. As in any active research field where progress is fueled by new data, there may be reasonable disagreement within a community. That creationists try to use such disagreement to drive a wedge into the community is unfortunately not new, but merely a cheap ploy which reveals that their agenda is built on a weak foundation.

      Regards,
      Andreas Wagner”

      (zie https://whyevolutionistrue.wordpress.com/2012/12/11/a-marshall-mcluhan-moment-with-creationist-paul-nelson/ )

  74. harry pinxteren februari 13, 2015 om 16:35

    Marleen

    vergelijken is héél iets anders dan gelijkstellen.

    http://rationalwiki.org/wiki/Intelligent_design#Front_Loading

    ofwel waar Wagner serieus onderzoek doet, daar roepen creationisten alleen maar. Dus er is een zekere overeenkomst, ja.

    Maar verder snap ik het verschil tussen religie en serieus onderzoek vrij goed. Denk ik.

    En om je er even aan te herinneren: jij was nb degene die wagner van ‘crypto-creationisme’ verdacht. Niet ik.

    Over het vermoeden dat er bij mij een eigenaardig idee achter mijn lof zit voor het soort onderzoek van Wagner. Dat klopt. Dat eigenaardig idee is dat ik inderdaad denk dat het mutationisme méér is dan een aanvulling of een cortrectie op het idee van natuurlijke selectie als de grote demiurg omdat het geen nieuwigheid, omdat het niet de arrival of the fittest kan verklaren. Dat is nogal een probleem voor een theorie die een theorie van evolutie wil zijn.

    Maar goed, zelfs Philip Ball heeft het je kennelijk ook niet uit kunnen leggen!

  75. harry pinxteren februari 13, 2015 om 16:43

    marleen

    En Wagner vindt dat zelf ook, in ieder geval als het gaat om zijn metabolisme onderzoek (waar we het ook al een paar keer over gehad hebben). Dit kwalificeert zijn opmerking in het blog van Jerry Coyne (zie boven Eelco’s bijdrage) ook enigszins, lijkt mij:

    “What conclusions can you draw from your simulations of metabolic networks?

    Wagner: This opens a huge can of worms for evolutionary biologists because it becomes very hard to distinguish adaptation from exaptation. If exaptations are pervasive, then natural selection—which few doubt is critical for the preservation and spreading of traits—may not be that important for the origin of innovations in life’s history.’

    Overigens noemt Wagner daar verder ook veren als een van zijn favoriete voorbeelden van exaptaties.

    http://www.the-scientist.com/?articles.view/articleNo/36508/title/Q—A–Evolution-Makes-Do/

    Ik ga nu eerst eens zijn verhaal over die latente fenotypes eindelijk eens lezen, al heb ik dit weekend weinig of geen tijd. Payne and Wagner BMC Systems Biology 2014, 8:64
    http://www.biomedcentral.com/1752-0509/8/64

  76. Marleen februari 13, 2015 om 17:06

    Harry,

    Dat klopt wat je zegt over het ‘crypto-creationisme’. Dat heb ik gezegd, want zijn berekeningen in de introductie laten zien dat hij geen biologisch concept lijkt te hebben van mogelijke variatie binnen eiwitten. Hij rekent alle mogelijke combinaties voor en zegt dan dat er hyperastronomisch (?) veel mogelijkheden zijn. Vervolgens dat het toch ongelooflijk is dat evolutie in zo’n korte tijd heeft plaatsgevonden. Dat zijn creationistische argumenten. Zijn boek bouwt op dit argument, maakt daar gebruik van om voorbeelden te geven waardoor het blijkbaar makkelijker zou zijn voor organismen te evolueren binnen zo’n korte tijd. Ik ben het niet eens met zijn uitgangspunt.

    Hartelijk dank voor je verwijzing met link,

    Een prettig weekend

    • Arno Wouters februari 13, 2015 om 17:21

      Marleen over Wagner’s op random combinatie gebaseerde berekeningen ‘Dat zijn creationistische argumenten.’

      Wat een onzin!

      Dat is een traditionele manier om uit te leggen waarom je selectie nodig hebt. Zie bijvoorbeeld het bij de biologieopleiding in Utrecht gebruikte *evolution* van Barton er al. Pagina 466. Ik heb die redenering nooit begrepen en ook bij Wagner snap ik hem niet, maar het is volslagen idioot om hem in het ene geval wetenschappelijk te noemen en in het andere crypto-creationistische. Zeker als het gaat om een boek dat je naar eigen zeggen half gelezen en niet begrepen hebt!

  77. Marleen februari 13, 2015 om 17:41

    Arno,

    Wat gek, ik begrijp de redenering van Wagner perfect, maar ik ben het er niet mee eens om de zaken zo voor te stellen.

    Als jij naar eigen zeggen de redenering niet begrijpt dan ben ik blijkbaar niet de enige die iets ontgaat.

    De betreffende pagina’s openen niet in Google books, ze worden daarin niet weergegeven. Ik zou ze graag gelezen hebben om te weten hoe het verhaal in dit boek wordt gepresenteerd. Maar goed..

    • Arno Wouters februari 13, 2015 om 21:02

      Marleen, als je die redenering zo goed begrijpt kun je mij dan uitleggen waarom de hyperastronomische mogelijkheden tot combinatie relevant zijn voor het berekenen van de snelheid van evolutie? Daar zit ik al een jaar of tien mee, dus ik zou er erg blij mee zijn!

      Overigens meen ik mij te herinneren dat jij in de discussie over *Arrival* de eerste was die aangaf de relevantie van het argument niet te snappen en dat je er tegenover Harry iedere keer weer over begon, dat evolutie geen kwestie van random combinatie is.

      Afgezien daarvan blijf ik het beledigende onzin vinden om op grond van een argument dat aantoont dat random combinatie niet zou werken en een hoogdravende slotzin die, in tegenstelling tot de slotzin van Darwins *Origin* niet eens naar een schepper verwijst, van crypto-creationisme te spreken.

  78. jeroenj februari 13, 2015 om 17:59

    Ik zie een essentieel verschil tussen een creationistisch argument (ik bedoel dan een argument vóór bovennatuurlijke creatie) en zaken die aangevoerd worden door creationisten om discussieruimte te forceren, wat een legitieme (maar) debatteertechniek is.

    • Arno Wouters februari 13, 2015 om 21:44

      En ik zie een essentieel verschil tussen het niet eens zijn met een argument dat iemand naar voren brengt (c.q. het niet begrijpen van waarom die iemand dat argument naar voren brengt) en hem van crypto-creationisme beschuldigen, alleen omdat het je vaag doet denken aan een argument dat creationisten ook gebruiken.

  79. Marleen februari 13, 2015 om 22:33

    Arno,

    Ik weet niet of ik je bepaalde dingen uit zou moeten leggen. Naar mijn idee zijn deze hyper astronomische mogelijkheden tot combinatie voor het berekenen van evolutie niet relevant, want evolutie vertrekt vanuit zeer korte sequenties (nucleotiden of aminozuren, dat maakt niet uit). Niet elke mutatie wordt uitgeprobeerd om te zien of zij in de ‘juiste’ richting gaat. Er vinden random mutaties plaats die het organisme of de populatie wel of niet in staat stellen te overleven. Daarmee hoeft niet elke mogelijkheid één voor één uitgeprobeerd te worden. Integendeel, een bepaalde mutatie, of dit een point mutation is of een deletie of duplicatie, brengt een fenotype voort dat meer of minder goed overleeft. De volgende ‘mutatieronde’ heeft dit nieuwe fittere genotype als uitgangspunt om nieuwe mutaties op te experimenteren. Zo gaan we elke keer een stapje verder zonder alle mogelijkheden uit te proberen alvorens een mutatie door te voeren. Als ik mij baseer op de figuur van Barton (dank daarvoor) dan is ‘Engels’ de selectievoorwaarde (zoals een anaerobische omgeving dat zou zijn voor de zwavel bacteriën) en wordt evolutie een stuk sneller en efficiënter dan deze zou zijn als eerst alle mogelijkheden een voor een uitgeprobeerd moesten worden. Dat is blijkbaar de kracht van natuurlijke selectie. Kortom, ik kan mij heel goed vinden in Barton’s redenering.

    Hij illustreert een en ander door het voorbeeld van de ‘library of Babel’ te noemen, een verhaal van Jorge Luis Borges en zegt daarvan dat het absurd is het idee te hebben dat selectie het fitste genotype pikt uit alle mogelijke genotypes.

    De redenering van Wagner zou precies de laatste redenering zijn. Hij zegt: kijk eens hoeveel mogelijkheden er zijn, en zie dan eens hoe wonderbaarlijk snel evolutie zich voltrekt. Wat een wonderlijke wereld en wat een pracht. Hij zegt vervolgens dat natuurlijke selectie van belang is (dat moet hij toegeven!) en dan legt hij in de rest van zijn boek uit met zeer vernuftige, maar ook erg ingewikkelde voorbeelden wat de rol van mutaties is. Dat laatste brengt naar mijn idee niet veel nieuws en Barton legt dit in drie pagina’s perfect uit.

    Misschien begrijpen we elkaar niet en is dit van geen enkel nut voor je. In dat geval is deze reactie geheel overbodig. Dit is wat ik van de twee schrijvers begrijp.

  80. Marleen februari 13, 2015 om 23:01

    Nu publiceer ik een volgend blog. Dat neemt niet weg dat de discussie hier gewoon voortgezet kan worden.

  81. Arno Wouters februari 14, 2015 om 00:22

    ‘Naar mijn idee zijn deze hyper astronomische mogelijkheden tot combinatie voor het berekenen van evolutie niet relevant, want evolutie vertrekt vanuit een zeer korte sequenties (nucleotiden of aminozuren, dat maakt niet uit). Niet elke mutatie wordt uitgeprobeerd om te zien of zij in de ‘juiste’ richting gaat’

    Precies! Hier zijn we het dus over eens, altijd geweest volgend mij.

    ‘Als ik mij baseer op de figuur van Barton (dank daarvoor) dan is ‘Engels’ de selectievoorwaarde (zoals een anaerobische omgeving dat zou zijn voor de zwavel bacteriën) en wordt evolutie een stuk sneller en efficiënter dan deze zou zijn als eerst alle mogelijkheden een voor een uitgeprobeerd moesten worden. Dat is blijkbaar de kracht van natuurlijke selectie”

    Precies! Barton legt eerst uit dat random combinatie niet werkt en vervolgens legt hij dat dankzij selectie de evolutie sneller gaat dan met random combinatie.

    Over naar Wagner.

    Wagner legt eerst uit dat random combinatie niet werkt, vervolgens doet hij onderzoek waaruit blijkt dat genotype-netwerken een andere structuur hebben dan we dachten (er is een veel groter percentage van de mogelijke mutaties is levensvatbaar en er zijn veel minder mutatiestappen nodig om van een willekeurig levensvatbaar genotype te komen bij een genotype dat lenensvatbaar is een een omgeving waarin het oorspronkelijke genotype dat niet was). Vervolgens concludeert hij dat dankzij deze structuur de evolutie sneller gaat dan met random combinatie.

    De structuur van beide uiteenzettingen is hetzelfde. Beide beginnen met de constatering dat random combinatie niet werkt en zoeken vervolgens naar iets dat de evolutie versnelt. Jij ziet Wagners oplossing niet zitten en die van Barton wel.

    De door jou opgegeven reden om Wagner voor cryptocreationist uit te maken is echter niet dat je het niet met hem eens bent, maar dat hij met random combinatie begint. Net zoals Barton. Dus Barton is volgens jou ook een cryptocreationist?

    ‘De redenering van Wagner zou precies de laatste redenering zijn. Hij zegt: kijk eens hoeveel mogelijkheden er zijn, en zie dan eens hoe wonderbaarlijk snel evolutie zich voltrekt. Wat een wonderlijke wereld en wat een pracht’

    Nee, dat is Wagners redenering helemaal niet. Wagner redeneert op precies dezelfde manier als Barton: hij zegt kijk eens hoeveel mogelijkheden er zijn, evolutie door random combinatie zou niet snel genoeg gaan; laten we eens onderzoeken hoe het komt dat evolutie veel sneller gaat dan bij random combinatie het geval zou zijn. Het antwoord van Barton is: de evolutie wordt versneld door selectie. Het antwoord van Wagner is de evolutie wordt versneld door de manier waarop genotype-netwerken in elkaar zitten. Die antwoorden sluiten elkaar geenszins uit, zoals Wagner benadrukt.

    ‘Hij zegt vervolgens dat natuurlijke selectie van belang is (dat moet hij toegeven!) en dan legt hij in de rest van zijn boek uit met zeer vernuftige, maar ook erg ingewikkelde voorbeelden wat de rol van mutaties is. Dat laatste brengt naar mijn idee niet veel nieuws en Barton legt dit in drie pagina’s perfect uit.,

    Hoe zo ‘dat moet hij toegeven’ en niet ‘dat is echter niet het onderwerp van dit boek’???

    Inderdaad Barton legt de rol van selectie in drie pagina’s uit, Wegner heeft een heel boek nodig. Darwin had voor zijn theorie nog veel meer bladzijden nodig dan Wagner.

    Blijkt daaruit dat Darwin en Wagner crypto-creationist zijn? Blijkt daaruit dat Darwin en Wagner onnodig moeilijk dien? Natuurlijk niet!

    Barton legt een gevestigde theorie uit aan biologie-studenten. Wagner doet verslag van zijn onderzoek aan een breed publiek. Natuurlijk heb je voor het laatste veel meer bladzijden nodig dan voor het eerste!

    En Wagners opzienbarende ontdekkingen met betrekking tot de structuur van genotype-netwerken dat noem jij ‘niet veel nieuws’??? Kom op zeg! Wist jij dat zo’n 20% van de mutaties die het metabolisme van E. coli beïnvloeden levensvatbaar is? Wist jij dat er maar een paar van dergelijke mutaties nodig zijn voor een willekeurige levensvatbare E.coli op een voedingsbodem kan leven waar hij voordien niet op kon leven? Etc. etc. Je hebt je kans om beroemd te worden gemist, Marleen!

  82. jeroenj februari 14, 2015 om 00:46

    Toch is het jammer: Wagner schrijft naast zijn wetenschappelijke publicaties een boek om een breder publiek mee te krijgen. Iemand als Marleen die donders gedreven is om evolutiebiologie beter te begrijpen krijgt het niet mee. Iemand als pb begrijpt het ook niet goed en meent dat het boek impliceert dat er vanalles is gefrontload (of dat rexundantie

    • jeroenj februari 14, 2015 om 00:53

      …(sorry) redundantie niet onder selectie kan evolueren, dus geschapen moet zijn en afkalft door selectie, ofzo; pb is er niet zo duidelijk over). Moeten we dan niet concluderen dat Wagner zijn boek slecht heeft toegesneden op zijn doelgroep?

    • Arno Wouters februari 14, 2015 om 01:44

      ‘Moeten we dan niet concluderen dat Wagner zijn boek slecht heeft toegesneden op zijn doelgroep?’

      Ja, ik neig tot die conclusie.

      Zelf vond ik het boek echter goed leesbaar en snap ik niet zo goed dat anderen er zoveel problemen mee hebben. In het geval van Marleen ben ik geneigd te denken dat ze door de associaties met het creationisme die het begin en slot kennelijk bij haar oproepen naar het boek is gaan kijken op een manier die het haar onmogelijk maakt de waarde er van in te zien.

  83. Marleen februari 14, 2015 om 09:00

    Arno,

    Het volgende stukje heb ik overgetypt uit Barton, want het lijkt me dat er wel degelijk een hemelsbreed verschil is tussen wat Barton schrijft en wat Wagner schrijft.

    Jorge Luis Borges’ story The library of Babel well illustrates the absurdity of viewing selection as simply picking the fittest genotype out of all possible genotypes. He tells of a vast library whose volumes contain all possible sequences of letters, and hence all possible books. This library contains every truth but also every falsehood, both immersed in an ocean of nonsense. Picking out some particular book from the incomprehensibly large space of possibilities is essentially impossible….Of course, we do not imagine that a book is written by an author who merely chooses a sequence of words from all possible sequences. Rather, he or she is seen as creating something new. This creation is achieved by building on previous cultural traditions, using ideas and styles generated by others before. Natural selection works in the same way by assembling separate variations into a sequence of bases in the DNA that allows the organism to reproduce efficiently. The power of natural selection is its ability to accumulate a series of changes eventually leading to a highly improbable outcome. This argument of course requires that there is a series of simple changes, each of which increases fitness, so that selection is able to act cumulatively.

    Allereerst gebruikt hij ‘the absurdity’ of viewing…. Als het zo absurd is, waarom neemt Wagner dan toch deze ‘view’ aan?

    Vervolgens spreekt Barton uitsluitend over selectie, dat deze essentieel is om te komen tot ogenschijnlijke ‘improbable outcomes’.

    Dat is heel wat anders dan wat Wagner zegt. Deze stelt dat natuurlijke selectie belangrijk is, maar…. dat het niet duidelijk is waar de ‘fittest’ vandaan komt, waar de ‘innovatie’ vandaan komt. (Ik kan het niet eens opschrijven, want het komt me nog steeds absurd over.) Hij gaat vervolgens uitleggen waar de innovatie vandaan komt en gebruikt daarvoor de pluridimensionale libraries. Het is volgens mij niet waar dat Wagner zijn hele boek wijdt aan natuurlijke selectie. Als dat zo is dan mag je concluderen dat ik er inderdaad niets van gesnapt heb.

    Je schrijft: “er is een veel groter percentage van de mogelijke mutaties is levensvatbaar en er zijn veel minder mutatiestappen nodig om van een willekeurig levensvatbaar genotype te komen bij een genotype dat lenensvatbaar is een een omgeving waarin het oorspronkelijke genotype dat niet was). Vervolgens concludeert hij dat dankzij deze structuur de evolutie sneller gaat dan met random combinatie.”

    Ik herken dit natuurlijk uit Wagners boek, maar het overtuigt mij niet. Wat is ‘deze structuur’ en in hoeverre is die anders dan ‘random combinatie’? Hoe ziet volgens jou een genotype netwerk eruit? Ik kan me eenvoudig een world wide web voorstellen waarin, wanneer er servers uitvallen, deze opgevangen worden door andere servers, zodat er niemand zonder verbinding zit en, waardoor het web blijft functioneren. Maar dat moet een te simplistisch plaatje zijn, want als er sprake is van pluridimensionale libraries, een behoorlijk ingewikkeld begrip, dan kan het natuurlijk niet zo eenvoudig zijn als ik hierboven aangeef.

    • Arno Wouters februari 14, 2015 om 23:23

      ‘Het volgende stukje heb ik overgetypt uit Barton, want het lijkt me dat er wel degelijk een hemelsbreed verschil is tussen wat Barton schrijft en wat Wagner schrijft.’

      Ik kan me niet herinneren gezegd te hebben dat er geen hemelsbreed verschil is tussen Bartons opvatting en die van Wagner. Wat ik wel gezegd heb is dit

      1a) zowel Barton als Wagner beginnen met berekeningen waar uit blijkt dat evolutie als random combinatie absurd is
      1b) dus ofwel deze berekeningen duiden anders dan jij suggereert, niet op crypto-creationisme, ofwel zowel Barton als Wagner moeten als crypto-creationist gekarakteriseerd worden
      2) de opvatting van Barton dat selectie het evolutieproces sneller maakt dan random combinatie is niet in strijd met Wagners opvatting dat de structuur van genotypen netwerken het evolutieproces sneller maakt dan random combinatie.

      Zijn we het hier overeens? Zo nee, op welke punten ben je het niet met me eens. Zo ja, kies jij bij 1B voor Barton en Wagner zijn beide cryptocreationisten?

    • Arno Wouters februari 14, 2015 om 23:40

      Marleen, je citeert Barton “Jorge Luis Borges’ story The library of Babel well illustrates the absurdity of viewing selection as simply picking the fittest genotype out of all possible genotypes.”

      Vervolgens vraag je “Als het zo absurd is, waarom neemt Wagner dan toch deze ‘view’ aan?”

      Waar haal je het vandaan dat Wagner selectie ziet als ‘simply picking the fittest genotype out of all possible genotypes’? Ik kan dat nergens vinden. Ik kan überhaupt heel weinig over selectie in het boek van Wagner vinden. Dus nee, Wagner’s boek is zeker niet in z’n geheel aan selectie gewijd.

      Ik zou eerder zeggen het is in z’n geheel niet aan selectie gewijd.

      Dat is een van de dingen waar ik je op wilde wijzen toen ik in reactie op jouw ‘‘Hij [Wagner] zegt vervolgens dat natuurlijke selectie van belang is (dat moet hij toegeven!)” vroeg: “Hoezo ‘dat moet hij toegeven’ en niet ‘dat is echter niet het onderwerp van dit boek’???”

      Ik heb op dit moment geen tijd om op je laatste punt in te gaan, wellicht komt dat in de loop van de volgende week.

  84. harry pinxteren februari 14, 2015 om 13:01

    marleen

    ‘Dat neemt niet weg dat de discussie hier gewoon voortgezet kan worden’

    mooi, want het kan niet anders om terug te komen op jouw interpretatie van Wagner. Het verhaal van Philip Ball blijkt toch niet zo duidelijk als je suggereerde.

    “evolutie vertrekt vanuit zeer korte sequenties (nucleotiden of aminozuren, dat maakt niet uit). Niet elke mutatie wordt uitgeprobeerd om te zien of zij in de ‘juiste’ richting gaat. Er vinden random mutaties plaats die het organisme of de populatie wel of niet in staat stellen te overleven. Daarmee hoeft niet elke mogelijkheid één voor één uitgeprobeerd te worden.”

    Beweert Wagner dan zoiets?

    “To get from a snake to a human, you don’t need a bunch of completely different genes, but just a different pattern of wiring in essentially the same kind of Hox gene circuit. For these two vertebrates there are around 40 genes in the circuit. If you take account of the different ways that these genes might regulate one another (for example, by activation or suppression), you find that the number of possible circuits is more than 10700. That’s a lot, lot more than the number of fundamental particles in the observable universe. What, then, are the chances of evolution finding its way blindly to the viable “snake” or “human” traits (or phenotypes) for the Hox gene circuit? ”

    wat klopt hier allemaal niet aan, volgens jou?

    pw

  85. leonardo februari 14, 2015 om 14:17

    Peter,

    Je hebt niet geleverd.

    Omdat dit niet zo’n postgebonden discussie is, maar de uitkomst wel in de actualiteit moet blijven (vind ik) heb ik mijn reactie op dat niet leveren onder de volgende post van Marleen: DNA en vulkanische rotsen geplaatst. Zeg maar als experiment. Heb jij het experiment waar je om gevraagd hebt, en kun je tegelijkertijd ook haar “nieuwe geleuter” nog even observeren.

  86. Marleen februari 14, 2015 om 15:31

    Harry,

    Ten eerste genetische netwerken zijn niets nieuws. Daar wordt al vele jaren over geschreven en gesproken. De HOX-genen zijn ook al lang geleden beschreven.

    Naar mijn idee is het niet juist om uit te rekenen wat de mogelijke combinaties zijn voor een netwerk van 40 genen. Dat netwerk bestaat nu, maar was niet ‘het doel’ van evolutie. Dat netwerk ontstond met tenminste twee genen en is via evolutie uitgegroeid tot een netwerk van 40 genen. De evolutie daarvan houdt niet in dat alle mogelijke combinaties uitgeprobeerd worden alvorens er een nieuw netwerk ontstaat of een extra gen toegevoegd wordt. Dus wat is er nu zo verbazend aan dat er een netwerk van 40 genen ontstaat, vraag ik aan jou. Het is op zich prachtig dat het allemaal zo complex heeft kunnen worden, maar zoals Barton laat zien aan de hand van mutaties, zorgt natuurlijke selectie ervoor dat mutaties stap voor stap accumuleren in de fitste genotypen. Dit geldt ook voor netwerken.

    • Arno Wouters februari 14, 2015 om 23:58

      Marleen, Harry vroeg wat er mis is met een door hem geciteerde redenering van Wagner. jij antwoordt “genetische netwerken zijn niets nieuws”. Dat klopt maar of iets wat in een redenering genoemd wordt al dan niet nieuw is, zegt natuurlijk niks over het al dan niet juist zijn van die redenering.

      Waar beweert Wagner overigens dat genetische netwerken nieuws zijn?

      Vervolgens betoog je dat een bepaald netwerk van 40 genen niet het doel van evolutie is. Ook dat klopt, maar wat heeft dat met Wagner te maken? Waar zegt Wagner dat evolutie doelen heeft? Ik kan het niet vinden.

      Hebben we het eigenlijk wel over het zelfde boek?

  87. gerdien februari 14, 2015 om 20:23

    @Harry Pinxteren
    “If you take account of the different ways that these genes might regulate one another (for example, by activation or suppression), you find that the number of possible circuits is more than 10700”

    Welke b\lz in Wagner is dat citaat?

  88. Marleen februari 15, 2015 om 09:22

    Gerdien,

    Omdat ook Arno denkt dat het citaat van Harry uit Wagner komt, en men blijkbaar de zaken niet duidelijk heeft, zal ik je vraag beantwoorden. Het citaat komt uit een artikel van Philip Ball over Wagners’ boek.

    Het is hier te vinden:

    http://nautil.us/issue/20/creativity/the-strange-inevitability-of-evolution

    • gerdien februari 15, 2015 om 10:12

      Bedankt, Marleen. Philip Ball schijnt van beroep ‘science writer te zin, maar met Hox gaat hij wat de mist in. “How on earth did evolution manage to rewire the Hox network of a Cambrian fish to create us”? Gezien de grote overeenkomst in het HOX netwerk in alle huidige vertebraten, heel weinig.

  89. Marleen februari 15, 2015 om 09:41

    Arno,

    De berekeningen zoals die door Wagner in de introductie gedaan worden met betrekking tot het 200 aminozuren lange eiwit, zouden ons met verbazing moeten vullen over hoe evolutie het gelukt is om in zo’n korte tijd precies die keten aminozuren te vormen. Dat is mijn hele punt. Die eiwitketen was niet het doel van de evolutie van die keten.

    Hij redeneert vanuit het nu, en veronderstelt dat evolutie naar deze combinatie aminozuren toegewerkt heeft. Dat is dus niet zo. Evolutie moet je bottom-up bekijken, van eenvoudig naar complex, van simpel naar ingewikkeld, en niet top-down of andersom. Het ontvouwt zich zoals het zich ontvouwt, maar het had ook anders kunnen gaan, waren de omstandigheden (weinig) anders geweest. Het lijkt mij dus fout om deze redenering te hanteren ook al is die alleen maar als illustratie bedoelt.

    Zie ook mijn reactie aan Gerdien: het citaat van Harry komt niet uit Wagners boek.

    • gerdien februari 15, 2015 om 10:15

      Zo te lezen geeft Andreas Wagner hier de standaard evolutiebiologie opvatting weer. (‘Hij’ in “Hij redeneert vanuit het nu” is toch de redenering? Niet Wagner?)

    • Arno Wouters februari 15, 2015 om 23:40

      Waar in jouw boek zegt Wagner dat de eiwitketen het doel van de evolutie was? In mijn boek staat dat niet. In de kopie van het boek dat jij aan het lezen was kan ik het evenmin vinden. De indeling en nummering van de bladzijden in dat boek wijkt af van mijn eigen exemplaar, maar ik heb de indruk dat de tekst hetzelfde is. Ik heb het slechts steekproefsgewijs gecontroleerd, dus wellicht heb ik nogal wat verschillen over het hoofd gezien.

      Of heb ik je verkeerd begrepen en wil je juist zeggen dat Wagner betoogt dat die eiwitketen niet het doel van evolutie was? Maar ook dat kan ik niet in het boek vinden. Ik kan in het hele boek eigenlijk helemaal niks vinden over doelen in de evolutie.

    • Arno Wouters februari 16, 2015 om 08:54

      Voor alle duidelijkheid: de vraag “Waar in jouw boek zegt Wagner dat de eiwitketen het doel van de evolutie was?” is aan Marleen gericht niet aan Gerdien.

  90. leonardo februari 15, 2015 om 11:38

    Ik heb helemaal geen moeite met 10^700 – en ik ben er ook niet van onder de indruk.

    Evolutie als proces veronderstelt een ontwikkeling, het gaan van een lager plan naar een hoger plan (met, verdomd, een planningscontroleur a la Gert Korthof aan de knoppen, die meende dat het universum tijd verspilt met al die mass extinctions.)
    Evolutie is voor mij daarom geen proces, maar een methode om onze werkelijkheid te beschrijven, en de evolutietheorie heeft een aantal begrippen geijkt die die methode hanteerbaar maakt (ook wel eens onnavolgbaar).

    Het universum is vol dynamiek. Of dat logisch is weet ik niet – en of het logische dynamiek is weet ik al helemaal niet – maar we moeten het er mee doen.
    Is de wereld zoals we die kennen het beste wat er te voorschijn had kunnen komen, het voorlopige eindpunt van een prachtige ontwikkeling. Was het aeonen en aeonen geleden allemaal veel minder? Is dat oog van ons inderdaad een teken van natuurlijk vernuft?
    Was het de bedoeling?
    Ik waag dat te betwijfelen.

    Ik denk dat de big bang als natuurlijk fenomeen wel bestaat, zoals je ook regenbuien of tornado’s hebt, maar niet als essentiële en eenmalige happening: het absolute begin – waar we, omdat wij die maar eenmalig “beleefd” hebben, het wel vaak over hebben, zoals de Italianen over het weer, maar verder weinig mee kunnen.
    Niet ondenkbaar dus (voor mij) dat in die uiteenspattende klomp de kiemen waren gelegd, waaruit de wereld zoals wij die nu kennen, als resultaat van een dynamisch proces tevoorschijn is gekomen.
    En, nogmaals, niet ondenkbaar dus dat er daarvoor – in de tijd! – meer big bangs waren die ieder zo hun zaadjes mee kregen, en dat er na ons ook big bangs zullen zijn waarvoor de kiemen nog opgebouwd en neergelegd moeten worden – en dat levert dan iedere keer weer een andere werkelijkheid op.
    De dynamiek van een oneindig groot en eeuwig durend universum.

    Helpt me dat bij het beschrijven en/of begrijpen van de werkelijkheid?
    Uh …. hier en daar een beetje.
    Maar, de evolutie als beschrijvende wetenschap zou dus niet op mogen houden bij het ontstaan van het leven, zelfs niet bij de big bang.
    ’t Is lastig, ik weet het, maar ’t is niet anders.
    In die big bang van ons waren de werkbare ingrediënten uit die 10^700 mogelijkheden al uitgesorteerd.
    Wie daarin evolutie wil zien, lees ontwikkeling, prima.
    Ik zat er als mogelijkheid in, en ik ben er uitgekomen.
    Ik denk dat dat dynamische proces de boel gewoon regelmatig opschudt, heen en weer van plus naar min langs de oneindige assen x y z en in de tijd.

    Dus ik heb helemaal geen moeite met 10^700 mogelijkheden. Sterker, ’t lijkt me nog weinig. ’t Zal een deeltje van de hooiberg zijn. Wat te denken van (10^700)^(10^700) mogelijkheden?
    Het universum heeft er de ruimte voor.
    En alle tijd van de wereld.

    Obendrein für die ewige Wiederkehr!

  91. Marleen februari 15, 2015 om 11:53

    Gerdien,

    Met ‘Hij’ bedoelde ik inderdaad Wagner.

    Het verbaast mij zeer dat dit de standaard redenering/opvatting is van de evolutiebiologie.

    Voor de duidelijkheid: Wagner presenteert evolutie als een ‘keuze’ uit een hyperastonomische hoeveelheid mogelijke combinaties van een 200 aminozuren lang eiwitketen. We zouden ons dus moeten verbazen dat evolutie relatief snel gegaan is. Dit is volgens Barton toe te schrijven aan natuurlijke selectie, waarvan Wagner zegt dat die belangrijk is, maar….dat ‘innovatie’ eigenlijk veel belangrijker is.

    Wagner kijkt dus naar het eiwit zoals dat vandaag de dag bestaat en doet voorkomen alsof evolutie uit alle mogelijke combinaties aminozuren zou hebben moeten kiezen om tot dit eiwit te komen. Ik kan me niet voorstellen dat dit de opvatting van de evolutiebiologie is.

    Barton stelt dat veel beter en duidelijker voor. Ik herhaal nog even wat hij schrijft:

    Jorge Luis Borges’ story The library of Babel well illustrates the absurdity of viewing selection as simply picking the fittest genotype out of all possible genotypes. He tells of a vast library whose volumes contain all possible sequences of letters, and hence all possible books. This library contains every truth but also every falsehood, both immersed in an ocean of nonsense. Picking out some particular book from the incomprehensibly large space of possibilities is essentially impossible….Of course, we do not imagine that a book is written by an author who merely chooses a sequence of words from all possible sequences. Rather, he or she is seen as creating something new. This creation is achieved by building on previous cultural traditions, using ideas and styles generated by others before. Natural selection works in the same way by assembling separate variations into a sequence of bases in the DNA that allows the organism to reproduce efficiently. The power of natural selection is its ability to accumulate a series of changes eventually leading to a highly improbable outcome. This argument of course requires that there is a series of simple changes, each of which increases fitness, so that selection is able to act cumulatively.

    Barton bekijkt evolutie vanuit het startpunt, terwijl Wagner het vanuit het eindpunt bekijkt.

    • gerdien februari 15, 2015 om 12:44

      Sorry, ik dacht dat de positie van Wagner was “Evolutie moet je bottom-up bekijken, van eenvoudig naar complex, van simpel naar ingewikkeld, en niet top-down of andersom. Het ontvouwt zich zoals het zich ontvouwt, maar het had ook anders kunnen gaan, waren de omstandigheden (weinig) anders geweest. Het lijkt mij dus fout om deze redenering te hanteren ook al is die alleen maar als illustratie bedoelt”. Dat is de standaardevolutiepositie. Ik heb het laatste boek van Wagner niet maar het verbaast me totaal dat een redenering over alle mogelijke eiwitten van 200 aminozuren lang er in zou staan. Het heeft geen enkele zin om het over alle mogelijke eiwitten van 200 aminozuren lang te hebben.
      Er bestaat moleculair werk over de oorsprong van eiwitten in strengen van 6 aminozuren glycine / 6 aminozuren alanine, met een oorspronkelijke duplet code. En over de volgorde waarin de aminozuren aan het eiwit vocabulair werden toegevoegd. Zie E.N. Trifonov, 2009.
      The origin of the genetic code and of the earliest oligopeptides. Research in Microbiology
      160: 481–486.

    • Arno Wouters februari 15, 2015 om 22:50

      Marleen zegt “Wagner presenteert evolutie als een ‘keuze’ uit een hyperastonomische hoeveelheid mogelijke combinaties van een 200 aminozuren lang eiwitketen.”

      Dat doet ie helemaal niet. De hyperastronomische mogelijkheden moeten juist aantonen dat evolutie *niet* een keus is uit alle mogelijke combinaties van een 200 aminozuren lange eiwitketen Harry heeft dat je al tig keer uitgelegd. Ik leg dat hierboven ook een keer uit. En toch blijf je dit zonder blikken of blozen herhalen. Gisteren beloofde ik in de loop van de komende week die genotypen netwerken nog eens uit te leggen, maar ik merk dat ik er helemaal geen zin in meer in heb omdat ik tegen dovemansoren lijkt te praten. Je zou toch minstens de beleefdheid kunnen hebben om tegen Gerdien te zeggen Volgens mijn presenteert Wagner evolutie als een ‘keuze’ uit een hyperastronomische hoeveelheid mogelijke combinaties van een 200 aminozuren lange eiwitketen, maar Harry en Arno denken daar anders over. Het zou ook netjes zijn als je bij zou vertellen dat Harry en Arno het boek grondig bestudeert hebben en jij een poging gedaan hebt om het grondig te bestuderen, maar dat het boek je zo tegenstond dat je niet verder dan tot hoofdstuk …. gekomen bent

      “Wagner kijkt dus naar het eiwit zoals dat vandaag de dag bestaat en doet voorkomen alsof evolutie uit alle mogelijke combinaties aminozuren zou hebben moeten kiezen om tot dit eiwit te komen.”

      Onzin, onzin, onzin!

      “Barton bekijkt evolutie vanuit het startpunt, terwijl Wagner het vanuit het eindpunt bekijkt.”

      Onzin onzin onzin!

    • Arno Wouters februari 15, 2015 om 23:32

      “Dit is volgens Barton toe te schrijven aan natuurlijke selectie, waarvan Wagner zegt dat die belangrijk is, maar….dat ‘innovatie’ eigenlijk veel belangrijker is.”

      Waar zegt Wagner dat? Ik kan het niet vinden? Hebben we het wel over hetzelfde boek?

      Ik heb nergens gelezen dat Wagner innovatie en selectie tegenover elkaar stelt. Wel zegt hij op het eind van de proloog (p. 5), dat als je evolutionaire innovatie wilt begrijpen je niet alleen aandacht aan selectie moet besteden, maar ook aan de beginselen die innovatie versnellen. Om te eindigen met “these principles are the subject of this book”. Is dat de tekst waar je op doelt?

      Ik denk dat natuurlijke selectie een van de beginselen van innovatie is, naast de beginselen die Wagner ontdekt heeft, maar daar heb ik het hier niet over. Mijn punt hier is dat je Wagner tekort doet/verdraaid/niet begrijpt: zeggen dat als je A wilt begrijpen je behalve B ook C nodig hebt, is niet hetzelfde als zeggen dat A belangrijker is dan B!!!!

      En nogmaals: het feit dat Wagner een boek over het belang van de structuur van genotype-netwerken voor evolutie schrijft, zonder uitgebreid op selectie in te gaan, is geen goede reden voor denigrerende opmerkingen van het type “selectie is belangrijk (dat moet hij toegeven)! De correcte formulering is: ‘selectie is belangrijk, maar daar gaat hij in dit boek niet op in, dit boek gaat over de structuur van genotype-netwerken’.

  92. leonardo februari 15, 2015 om 13:00

    Ik had hierboven iets preciezer moeten formuleren.

    Ik schrijf: Ik denk dat de big bang als natuurlijk fenomeen wel bestaat …
    Ik had moeten schrijven: ik houd het voor mogelijk dat de er zoiets als een big bang is geweest.

    Uiteraard zijn er andere verklaringen denkbaar voor het schommelen van het voor ons waarneembare deel van het universum.

    • gerdien februari 15, 2015 om 13:32

      Het fascinerendst is dat er universum buiten onze waarnemingshorizon is.

    • Marleen februari 15, 2015 om 14:20

      leonardo,

      Hartelijk dank voor je mooie bijdrage.
      Je gaat er van uit dat het door ons waarneembare deel van het universum schommelt. Heb je daar, behalve de aanname dat het universum dynamisch is, misschien andere verklaringen voor?

  93. Marleen februari 15, 2015 om 13:34

    Gerdien,

    Dank voor deze bevestiging. Ik zal je voor de zekerheid het boek toesturen (dat ik van Harry ontving), dan kun je het eventueel zelf controleren, want ik sluit natuurlijk niet uit dat ik het verkeerd begrijp.

  94. harry pinxteren februari 15, 2015 om 14:00

    Gerdien Marleen en Arno ook!
    ad februari 14, 2015 om 20:23 februari 15, 2015 om 09:22 februari 15, 2015 om 10:12

    Ball heeft goed zijn huiswerk gedaan en ik heb het goed gelezen.

    Wagner noemt 10^700 twee keer in zijn boek:

    p 159 en nog een keer op p163

  95. harry pinxteren februari 15, 2015 om 14:03

    Marleen,

    ik heb nu verder weinig tijd, maar je bent zoals wel vaker weer erg snel met je conclusies!

    maandag verder

  96. Marleen februari 15, 2015 om 14:07

    Harry,

    Noem je dat snel? We hebben het sinds november 2014 voortdurend hier over gehad.
    Prettige zondag.

  97. leonardo februari 15, 2015 om 16:04

    Marleen,

    Allereerst, ik denk niet dat ik moet geloven dat het heelal dynamisch is. Ik neem één ding graag aan van onze kosmologen: dat het universum er gisteren anders uitzag dan vandaag, en er morgen ook weer anders zal uitzien, niet alleen wat afstanden betreft.

    Wagner noemt dat overigens self-organization, en ik kan me niet aan de indruk onttrekken dat hij daarmee een (positief) waardeoordeel uitspreekt: immers … it [the earth] acquired a moon, oceans, and an atmosphere … en dat heb je in zijn ogen nodig om dé evolutie zoals we die kennen vorm te geven.

    Ik zeg “in zijn ogen”. In mijn ogen was er ook sprake geweest van dynamiek als de aarde geen maan had verkregen – dan hadden we een ander wereldbeeld gehad.
    Dus of het universum van morgen, dankzij al die dynamiek, een beter universum is dan dat van gisteren, onttrekt zich aan mijn waarneming.

    Overigens, dat we van observable universe spreken suggereert dat we van dat stukje universum dan ook alles afweten.
    Ik wil de kosmologen graag geloven op hun woord – eigenlijk niet natuurlijk, helemaal niet sinds die foto van the effects of gravitational waves from the first second – maar ik zou toch wel eens willen weten hoe het met betrouwbaarheid en ijking van al die meetapparatuur staat. Je kunt een standaardmeter opbergen in Parijs, en af en toe langs alle in gebruik zijnde meetlatten en rolmeters leggen.
    Maar hoe krijg je nou geijkt dat je de waarnemingen die je doet, op een groot aantal lichtjaren afstand, goed interpreteert?

    Dat schommelen.
    Ik gebruikte dat woord, omdat ik het woord uitdijen niet wil gebruiken. Uitdijen veronderstelt één richting, en daarmee toch wel een big bang.
    Maar onze waarneming van het heelal berust, relatief gesproken, nog niet op een yoctoseconde, dus als het heelal “morgen” weer gaat inkrimpen zal niemand van ons dat meemaken.
    Ik geloof de kosmoloog James Bullock niet als hij schrijft dat er een laatste dag zal komen, omdat Dark matter is doomed to lose its cosmic arm wrestling match in a big way. The wrestling match met dark energy.
    Dus ik hou zeer wel voor mogelijk dat op dit moment afstotende krachten aan het werk zijn, maar dat als de boel genoeg uit elkaar ligt de aantrekkende krachten weer gaan functioneren.
    Dan heb je niet direct een schommel. Denk maar aan een trekharmonica – zoals ik al bij een eerdere gelegenheid gezegd heb.
    En dat is ook een mogelijkheid.

    Zoals een wijze onderzoeker zei: Any […] scientist who cannot think of at least three equally valid separate theoretical explanations for any single empirical fact should consider changing career.
    Tussen die haakjes, op die puntjes, hoort social te staan – maar ik denk dat de uitspraak bij elke onderzoeker boven zijn/haar bed moet hangen.

  98. harry pinxteren februari 15, 2015 om 17:16

    marleen even tussendoor

    let wel: de paginering van die pdf file die je gerdien gaat sturen en het boek komen dus niet overeen.

    en inderdaad we hebben het er al sinds vorig jaar over, maar we vallen in herhaling. Eerdere vragen heb je niet echt beantwoord, zie ook Arno’s opmerking van februari 14, 2015 om 23:58 en ik maak uit je antwoord aan Gerdien op dat je nog steeds Wagner interpreteert alsof het een heel ander boek is dan ik gelezen heb!

    Vraag: Waarop baseer je
    “Wagner kijkt dus naar het eiwit zoals dat vandaag de dag bestaat en doet voorkomen alsof evolutie uit alle mogelijke combinaties aminozuren zou hebben moeten kiezen om tot dit eiwit te komen” ?

    De crux van het verhaal van Wagner is namelijk dat hij laat zien dat er veel oplossingen mogelijk zijn – zoveel dat er een hele hoop ‘vandaag de dag’ niet eens bestaan! Wagner laat m.a.w zien dat er zoveel redundantie in de zoekruimte van eiwitten en gennetwerken is dat ns kan randomiseren (random walk). Er zitten een hoop spelden in de hooiberg, je vindt en makkelijk eentje die genoeg prikt.

    Volgens Wagner zitten dus minstens twee dingen heel anders zijn dan jij suggereert: ns hoeft juist NIET alle mogelijkheden af te gaan- hoeft juist niet uitputtend, stap voor stap, te zoeken. En ns hoeft dat stap voor stap zoeken zeker niet te doen om ‘tot een eiwit te komen’. – wie zou zoiets wel beweren? antwoord: jij beweert dat Wagner zulks zou beweren.

    Volgens Ball is dat idee van redundantie niks nieuws, zoals ook de RNA onderzoeken van Schuster en het ATP onderzoek van Szostak laten zien. Redundantie all the way down, zeg maar. Wagner zegt dus niks nieuws. Maar dat is natuurlijk geen argument tegen zijn verhaal zoals jij niet alleen hierboven maar ook in de vorige discussie vaak suggereert. (Arno en ik zijn de enige die dat argument niet begrijpen!)

    Ik kan niet controleren of Ball de twee onderzoeken van Schuster en Szostak goed weer geeft, maar ik heb geen reden aan te nemen dat hij zijn huiswerk niet goed gedaan zou hebben- jullie kennelijk wel.

    Als randomiseren inderdaad werkt omdat er zoveel bruikbare alternatieven bestaan in de ‘universele bibliotheek’, in de zoekruimte, dan betekent dat dat je heel anders tegen ns aan moet kijken. En daar wringt uiteraard uiteindelijk de schoen, zoals ik al eerder heb opgemerkt. Maar dat is voor later. Eerst dit.

    Overigens heb ik Larry Moran, mutationist in hart en nieren, bewonderaar van Nei en facebookvriend van mij, indertijd getipt, maar tot nu toe heeft hij het boek niet besproken, dat van Nei trouwens ook niet, al had hij dat wel aangekondigd. Jammer. Maar wie weet, kan gerdien ons verder helpen.

  99. leonardo februari 15, 2015 om 18:35

    Gerdien,

    Er is nog iets veel fascinerenders aan het observable universe.

    De inhoud van het observable universe is 4x(10^83) liter. Heb ik niet verzonnen, staat in Wiki. Voor wat het waard is.

    Een mens kan 24 beeldjes per seconde waarnemen. Laten we een ijverige, toegewijde cosmologist community veronderstellen. Ze kijken (luisteren) 10 uur per dag, hebben een zesdaagse werkweek, en vier weken vakantie per jaar. In hun vrije tijd doen ze nog wat, dus 300 dagen per jaar.
    Hebben we het alleen over waarnemen.

    Laten we de cosmologist community … vooruit … op 1 miljoen stellen.
    Jij mag zeggen wat de inhoud van een interessant object is. Ik neem nu even 10^23 liter.

    Wat betekent dat?
    2,6x(10^14) waarnemingen per jaar, ofwel gedurende hun werkzame leeftijd 10x(10^15) waarnemingen in een community life cycle op 4x(10^60) liter aan beschikbare ruimte voor interessante objecten.

    Dat relativeert het begrip observable universe wel een beetje, niet?
    En dan hebben we alleen nog maar waargenomen, op maximum snelheid.

  100. Marleen februari 15, 2015 om 22:34

    Harry,

    Als ik Gerdien de PDF stuur die ik zelf heb en die ik van jou kreeg, dan is bladzijde 7 bij mij hetzelfde als bladzijde 7 bij jou en bij haar!

    Ik ben bang dat wij elkaar niet helemaal of helemaal niet begrijpen. De hyperastronomische en pluridimensonale libraries bestaan niet. Het is een concept. Dus ook het verhaal van de random walk door deze library bestaat niet. Evolutie of natuurlijke selectie loopt niet alle mogelijkheden af. Het stap voor stap waar ik naar verwees betekent niet de random walk, integendeel, dat verwees naar het langzaam accumuleren van veranderingen, mutaties, generatie na generatie. Lees je wel wat Gerdien en ik hierboven schreven? Over de bibliotheek van Jorge Luis Borges? Over het feit dat evolutie begint met extreem korte peptiden, over het ontstaan van de genetische code. Daar komt geen library en geen random walk aan te pas.

    Wagner doet precies hetzelfde als J.L. Borges en heeft het over libraries waarin alle mogelijke combinaties bestaan. (Zie citaat hierboven in antwoord aan Gerdien, een citaat uit het boek ‘Evolution’ van Barton et al.). Deze manier van de zaken voorstellen wordt door Barton afgekeurd en niet relevant geacht voor de manier waarop evolutie te werk gaat.

    Wil je het hebben over de filosofische kwestie zoals leonardo die aankaart, waarin alle mogelijkheden bij het ontstaan van het universum daarin besloten liggen, dan wordt het een ander verhaal. Maar ik dacht dat wij ons tot nu toe beperkten tot de evolutie van netwerken, van het fenotypen van organismen.

    Eerlijk gezegd ben ik wat moe geworden om dit toch vrij eenvoudige probleem dat ik met Wagner heb, steeds opnieuw te moeten herhalen. Ik verzoek je dan ook pagina 7 van de PDF van Wagner nog eens kritisch te lezen.

    • Arno Wouters februari 15, 2015 om 22:58

      “Eerlijk gezegd ben ik wat moe geworden om dit toch vrij eenvoudige probleem dat ik met Wagner heb, steeds opnieuw te moeten herhalen. ”

      , je hoeft helemaal niets te herhalen, niemand verplicht je daartoe, niemand vraagt je erom. Integendeel we zouden veel liever hebben dat je nu eens op onze uitleg van Wagner ingaat, inplaats van er niet op te reageren of er ‘dank je’ of ‘helder’ onder te zetten en een volgende keer zonder blikken of blozen je oude mening te herhalen.

      Ik moet er nog eens goed over denken of ik wel zin heb om die genotype netwerken nogmaals uit te leggen. Je merkt het wel.

    • Arno Wouters februari 16, 2015 om 09:17

      Marleen vraagt aan Harry: “Lees je wel wat Gerdien en ik hierboven schreven? Over de bibliotheek van Jorge Luis Borges? ”

      Ik zie hierboven alleen dat Gerdien wat zegt over de standaardopvatting in de evolutiebiologie. Waar heeft zij het over de bibliotheek van Jorge Luis Borges?

      “Wagner doet precies hetzelfde als J.L. Borges.”

      Borges is een schrijver met een verhaal over een bibiiotheek die alle mogelijke teksten van de wereld bevat. Barton gebruik het beeld van die bibliotheek om “the absurdity of viewing selection as simply picking the fittest genotype out of all possible genotypes” te illustreren. Wagner gebruikt het beeld van die bibliotheek om zijn studie naar genotype-netwerken voor de niet in informatica geschoolde lezer duidelijk te maken. Marleen concludeert dat Wagner “precies hetzelfde” doet als Borges. En dat hij dus een cryptocreationist is.

      Klopt deze redenering? Van geen kanten!

      Waarom dan niet?

      1) Borges schreef geen evolutionaire verhandeling
      2) Nergens blijkt dat Borges de mening toegedaan is dat selection is “picking the fittest genotype out of all possible genotypes”
      3) Nergens blijkt dat Borges een creationist is
      4) uit het feit dat persoon A (bijvoorbeeld Barton) beeld P (Borges’ bibliotheek) gebruikt om uit te leggen dat idee X (“viewing selection as simply as picking the fittest genotype out of all possible genotypes”) absurd is, terwijl persoon B (Wagner) beeld P (Borges’ bibliotheek) gebruikt om idee Y (genotype-netwerken) uit te leggen volgt niet dat B idee X aanhangt.

      In de hetorica heet deze redeneervorm ‘Guilt by association’, in de argumentatietheorie noemen we het een drogredenering.

    • Arno Wouters februari 16, 2015 om 09:34

      Overigens, Margreet, als je je zou beperken tot de bewering dat Wagners bibliotheek-metafoor zijn punt eerder verduisterd dan verhelderd, zou ik het met je eens zijn. Om die reden heb ik in de samenvatting van het boek als reactie op jouw blog-post Arrival or Survival het woord bibliotheek niet gebruikt. Die metafoor is dus niet essentieel voor Wagners verhaal.

    • Arno Wouters februari 16, 2015 om 09:37

      “Overigens, Margreet, als je ….” moet natuurlijk “Overigens, Marleen, als je …” zijn. Sorry!

    • Arno Wouters februari 16, 2015 om 10:08

      Marleen schrijft “Lees je wel wat Gerdien en ik hierboven schreven? Over de bibliotheek van Jorge Luis Borges? Over het feit dat evolutie begint met extreem korte peptiden, over het ontstaan van de genetische code. Daar komt geen library en geen random walk aan te pas.”

      Marleen, lees je wel wat Harry hierboven schrijft? Ik zal het even herhalen:

      De crux van het verhaal van Wagner is namelijk dat hij laat zien dat er veel oplossingen mogelijk zijn – zoveel dat er een hele hoop ‘vandaag de dag’ niet eens bestaan! Wagner laat m.a.w zien dat er zoveel redundantie in de zoekruimte van eiwitten en gennetwerken is dat ns kan randomiseren (random walk). Er zitten een hoop spelden in de hooiberg, je vindt en makkelijk eentje die genoeg prikt.

      Harry is hier heel precies over de random walk (eerder was hij weleens wat minder precies, maar hij lijkt zich mijn opmerking dat random walk een onderzoeksmethode is en geen evolutionairproces aangetrokken te hebben). Hij zegt hier niet dat evolutie een random walk is, hij zegt dat wat ik ‘genotype-netwerk’ noem en hij ‘zoekruimte’ zo in elkaar zit dat je deze met random walks in kaart te brengen is. “Er zitten een hoop spelden in de hooiberg, je vindt en makkelijk eentje die genoeg prikt.”

      Overigens is jouw neiging om bij het gebruik van de term ‘random walk’ uit je vel te springen ook een vorm van ‘guilt by association’.

      Wagners boek is aan jou duidelijk niet besteed. Dat kan ik me voorstellen.

      Maar alsjeblieft beperk je tot uitspraken als ‘het staat me tegen,’ ‘ik kwam er niet door heen’, ‘ik snap er niets van’, of ‘Wagner is onduidelijk’ in plaats van eindeloos herhaalde onjuiste beweringen over de inhoud van het boek te vergezellen van beledigingen als ‘crypotcreationisme’ en denigrerende opmerkingen als ‘dat moet hij toegeven’.

  101. nand braam februari 16, 2015 om 00:07

    @ Arno

    Je zegt:“Volgens Marleen presenteert Wagner evolutie als een ‘keuze’ uit een hyperastronomische hoeveelheid mogelijke combinaties van een 200 aminozuren lange eiwitketen, maar Harry en Arno denken daar anders over.”

    Het zal weinig indruk maken, maar je mag mijn naam gerust toevoegen aan die van jou en Harry.

  102. Rob van der Vlugt februari 16, 2015 om 09:31

    Zou de wrijving die er wellicht bestaat tussen theorie en praktijk de één meer parten kunnen spelen dan de ander ? Of, om met Donald Rumsfeld te spreken, hoe gaan we om met de unkown unknowns ? Wat betekent ‘viability’ immers in de praktijk.
    Het zou mij enorm benieuwen hoe de ideeën en conclusies van Wagner zouden uitpakken als ze getoetst konden worden aan het grote Lenski-experiment. In de inmiddels imposante databank van Lenski zouden toch op zijn minst aanwijzingen gevonden moeten kunnen worden die Wagners idee al of niet ondersteunen.

  103. Marleen februari 16, 2015 om 10:27

    Arno, Harry en Nand,

    Nu had ik mijn hieronder volgende reactie al klaarstaan. Maar voeg daar eerst aan toe dat ik het zeer waardeer dat jullie me willen laten inzien dat Wagners boek van waarde is. Maar tegelijkertijd is het nu ook weer niet nodig mij van beledigen te beschuldigen. Wagner is een publiek figuur en zijn boek is publiek, ik mag daarover rustig mijn mening geven, ook als deze zeer gekleurd is. Ik begrijp ook precies wat Harry zegt en wat Arno herhaalt. Het punt is dat natuurlijke selectie in de werkelijke wereld helemaal niet door een hooiberg hoeft (zie hieronder). Ik krijg soms de indruk dat Harry denkt dat evolutie echt met bibliotheken en random walks te werk gaat, maar dat is naar mijn idee dus niet zo.

    Nu mijn reactie:

    Zoals we doorgaans aannemen begint het leven met het ontstaan van een genetische code, korte peptiden, van enkele aminozuren. Waar is in dit geval de bibliotheek, waar zijn de hyperastronomische mogelijkheden?

    Waarschijnlijk heeft Rob gelijk en is er een probleem tussen wie evolutie vanuit de praktische kant bekijkt en wie evolutie vanuit een puur theoretisch framewerk bekijkt.

    Wagner neemt op blz 7 (PDF) als voorbeeld een eiwit van 200 aminozuren en vertrekt dus vanuit een punt in evolutie dat er al een eiwit van 200 aminozuren bestaat en rekent ons voor dat er hyperastronomisch veel mogelijke combinaties zijn voor een eiwit van 200 aminozuren. Hij stelt daarmee dat het ongelooflijk onwaarschijnlijk is dat er precies dat ene eiwit uitkomt. Dat zoiets enorm veel tijd zou kosten als dit allemaal uitgeprobeerd moest worden tot de juiste sequentie bereikt wordt. Deze redenering laat zien dat hij vertrekt van een eiwit met een bepaalde sequentie, hij vertrekt dus van het eindpunt. Dit mag je naar mijn idee helemaal niet doen. Dit wordt ook door Barton gezegd, zie citaat hierboven.

    Vervolgens zet hij het concept van hyperdimensionale libraries op die ook uitgaan van alle mogelijke denkbare of berekenbare combinaties. Dat allemaal om te zeggen dat in de praktijk evolutie veel sneller gaat dan je zou verwachten, en dat dat te danken is aan de random walks die er in de verschillende netwerken mogelijk zijn zonder dat het fenotype verandert. Maar mijn punt is nu dat evolutie helemaal niet sneller gaat dan je zou verwachten. Het werkt, zoals Barton ook zegt, door het accumuleren van mutaties in de opeenvolgende generaties, waarbij door natuurlijke selectie steeds de fittest overblijven. Hij baseert daardoor zijn boek op een veronderstelling die niet klopt. Evolutie gaat niet sneller dan je zou verwachten en dat komt door natuurlijke selectie.

    Dus de bibliotheken bestaan niet en de random walks ook niet. Die zitten uitsluitend in zijn modellen. Nu heb ik niets tegen modellen, maar ik geef de voorkeur aan modellen die de werkelijkheid simuleren.

    Ik besef ook wel dat ik tegen alle zeer positieve reviews inga. Maar ik kan er niets aan doen, dit is hoe ik het zie en waarom het boek mij tegenstaat.

    Het is leuk om erover te discussiëren, maar het is niet nodig elkaar te overtuigen of partij te kiezen. Dat lijkt me nogal kinderachtig..

    • Arno Wouters februari 16, 2015 om 11:52

      Marleen, opnieuw beperk je je tot het herhalen van wat je al eerder gezegd hebt nl. dat Wagner’s aminozuren berekening “laat zien dat hij [Wagner] vertrekt van een eiwit met een bepaalde sequentie, hij vertrekt dus van het eindpunt. ” Dat Wagner dat niet doet en dat het aminozurenvoorbeeld dat ook niet laat zien dat heb ik hierboven betoogt (februari 14, 2015 om 23:4; februari 14, 2015 om 23:58; februari 15, 2015 om 23:32; februari 15, 2015 om 23:40, februari 16, 2015 om 09:17). Op dat betoog ga je niet in.

      En opnieuw verander je van onderwerp. Ik zeg dat het combinatievoorbeeld (zowel bij Barton als bij Wagner moet aantonen) dat evolutie door mutatie sneller gaat dan evolutie door random combinatie en jij begint over de vraag of evolutie al dan net sneller gaat dan we zouden verwachten. Die laatste vraag is niet aan de orde. De vraag die aan de orde is, is of de waargenomen snelheid van evolutie in overeenstemming is met de theorie (met name met de opvatting dat mutatie de enige oorspronkelijke bron van variatie is). Het antwoord van Barton is ‘ja mits je selectie in aanmerking neemt’, het antwoord van Wagner is ‘ja mits je de structuur van het genotypenetwerk in aanmerking neemt’. Die antwoorden sluiten elkaar niet uit, zoals ik minstens drie keer gezegd heb.

      En terwijl mijn punt is ‘Wagner zegt iets anders dan wat jij denkt dat hij zegt’ is jouw antwoord telkens ‘Datgene waarvan ik denk dat Wagner dat zegt is onjuist’. Dat laatste ben ik geheel met je eens.

      Ik ben het niet geheel eens met wat Wagner volgens mij wel zegt, maar daar kom ik hier niet aan toe vanwege alle misverstanden hier, plus dat het teveel woorden vergt voor een blogcommentaar. Dat bewaar ik dus maar voor het essay review dat ik ooit hoop te schrijven (mijn lijst met ooit te schrijven stukken is lang en dus zal ‘ooit’ wel ‘nooit’ betekenen😦 ).

      Wat ik hier probeer te betogen is dat er geen enkele reden is om Wagner van cryptocreationisme te betichten. Je zegt dat het niet nodig is om jouw van beledigen te beschuldigen. Als je bedoelt te zeggen dat je het er niet mee eens bent dat dat een belediging is dan hoor ik dat graag. Dan kunnen we daar verder discussie over voeren.

      Je schrijft “Wagner is een publiek figuur en zijn boek is publiek, ik mag daarover rustig mijn mening geven, ook als deze zeer gekleurd is.”

      Natuurlijk mag dat. Ik geloof niet dat iemand je dat verboden heeft. Ik in ieder geval niet. Wel heb ik me geïrriteerd getoond over het zonder of blikken en blozen herhalen van meningen die wij omstreden hebben zonder er blijk van te geven dat je dat commentaar gelezen en begrepen hebt en zonder dat je op dat commentaar ingaat. Maar dat ik geïrriteerd over iets ben, betekent natuurlijk niet dat ik van mening ben dat het niet mag (stel je voor zeg!).

      Toen ik je “Noem je dat snel? We hebben het sinds november 2014 voortdurend hier over gehad.” las brak er iets bij mij.

      En nu ik bovenstaande reactie lees op mijn en Harry’s commentaar is alle lust om je vraag van februari 14, 2015 om 09:00 (Wat is ‘deze structuur’ en in hoeverre is die anders dan ‘random combinatie’? Hoe ziet volgens jou een genotype netwerk eruit?) me vergaan.

      Ik blijf op deze draad geabonneerd dus mocht je alsnog op mijn vragen en argumenten in gaan dan zie ik dat waarschijnlijk wel. Als de lust weergekeerd is zal ik vast reageren.

    • Arno Wouters februari 16, 2015 om 12:52

      Marleen, ik gaf in reactie op de discussie onder jouw Arrival or Survial een samenvatting van het boek van Wagner zonder het woord ‘bibliotheek’ ook maar een keer te gebruiken. En toch begin je iedere keer weer over die bibliotheken. Dat geeft niet bepaald de indruk dat je mijn samenvatting gelezen en begrepen hebt.

    • Marleen februari 16, 2015 om 12:58

      Arno, mijn bezwaar tegen het boek van Wagner is niet specifiek een antwoord op jouw uiteenzetting van November. Het is en was samen met de titel mijn bezwaar tegen het boek.

    • Arno Wouters februari 16, 2015 om 13:23

      “Arno, mijn bezwaar tegen het boek van Wagner is niet specifiek een antwoord op jouw uiteenzetting van November. ”

      Precies! Dat is ook de reden dat ik het gevoel krijg tegen dovemansoren te praten. Ik laat zien dat die bibliotheken niet essentieel zijn om Wagners bevindingen te begrijpen. Jij gaat daar niet op in, maar blijft die bibliotheken noemen als bezwaar tegen het boek en als reden om hem van cryptocreationisme te betichten. Zoals gezegd geeft mij dat niet de indruk dat je mijn uiteenzetting gelezen en begrepen hebt.

  104. jeroenj februari 16, 2015 om 10:55

    Weet ik niet, Rob; of Wagner Lenski nodig heeft om zijn ideeën te toetsen. Wagner rekent met een aantal voorbeelden voor dat er zoiets bestaat als zonder functieverlies (onder dwingende selectie op wat er al is) in de buurt, rakelings langs of bovenop een onvermoede speld in een hooiberg te kunnen stuiten. Die speld mag ook een punaise, paperclip of puntenslijper zijn; het gaat hem immers om innovaties. Dáár mist Marleen de kruks; zij redeneert, zo lijkt het, nog steeds: “maar als je een speld hebt, weten we toch al hoe natuurlijke selectie die scherp genoeg houdt of scherper krijgt.”

    Waarschijnlijk komt dat door de titel: De interpretatie “Hoe arriveert iets dat fitter is dan wat er al was” tegenover “hoe arriveert iets nieuws waar überhaupt een fitness (mate van aangepastheid) aan toegekend kan worden.”

    Van Lenski kunnen we denk ik moeilijker leren hoe logisch of voordehandliggend een nieuw fenotype, dat zich in zijn buizen voordoet, geweest is. Bij Wagners (weliswaar meer hypothetische systemen) krijgen we daar eerder een idee van. Hoeveel routes zijn er? Hoe lang zijn ze? Hadden we dat verwacht? Ondertussen doet Wagner keurig zijn best om zijn hypothetische systemen biologisch relevant, en voor biologen aansprekend te houden.

    Bovendien creëert Lenski doelbewust een open niche (dagelijkse periode van glucosehonger met volop citraat). Zijn bacteriën hebben een opdracht: vind de speld. Hij wil daar natuurlijk vervolgens dicht mee in de buurt komen van “soortsvorming” in het lab. Citraatmetabolisme is namelijk een bepalende eigenschap om Coli’s te determineren. Wagner zoiets ook wel (Kun je zwalkend van fenotype A naar fenotype B komen?), maar Wagner is minder afhankelijk van het toeval om te kunnen concluderen of het mogelijk is.

  105. Rob van der Vlugt februari 16, 2015 om 11:28

    Ik begrijp je antwoord Jeroen. De vraag echter of E.coli in zijn nieuwe niche ook met een puntenslijper of een paperclip uit de voeten had gekund houdt mij wel degelijk bezig. Of was het toch die ene toevallige kans uit ontelbare waar Lenski’s bacterie tegenaan liep ? Vond die bacterie dat ene smalle paadje of zijn er een heel stel zwalkend op hetzelfde resultaat uitgekomen ?
    Wagner heeft zo’n bevestiging wellicht niet nodig, maar of zijn hypothetische systemen biologisch relevant zijn hangt voor mij af van of er iets van terug te vinden is in de levende wereld om ons heen.

  106. leonardo februari 16, 2015 om 11:38

    Marleen,

    Ik had het even over het hoofd gezien, maar je noemt mijn naam in een reactie op Harry, en een filosofische kwestie die ik aan zou kaarten.
    Om elk misverstand te voorkomen: dat is geen filosofie die ik daar bedrijf. Dat is gewoon, in jouw termen, keihard redeneren, ook nog logisch, en als zodanig niet van wetenschap te onderscheiden.

    Dus Wagner loopt tegen een muur op. De muur van de veelheid, of de massa, of de hyperastronomical numbers.
    Of het belangrijk voor hem is, weet ik niet, maar het moet pijn hebben gedaan. Zodanig, dat ie er nogal behoorlijk metaforisch tegenaan gaat.
    Met multidimensionale libraries. De vergelijking met the number of hydrogen atoms in the universe wordt een aantal keren van stal gehaald, op uiteenlopende plaatsen. Maar de mooiste vind ik wel deze: a needle in a haystack many times the size of the universe (komt maar liefst 2 keer aan bod). Ik hou van beeldspraak, en ik kan veel metafoor verdragen, maar deze slaat toch echt alles.

    Welnu, als je tegen een muur aanbotst, moet je er doorheen – of omheen, afhankelijk van wat je doel is. En Wagner heeft een weg gevonden. Een weg die hij beëindigt met de conclusie dat wat we er over weten helemaal niks is vergeleken met wat we nog moeten leren – bescheidenheid die ik wel kan waarderen, maar, aan het einde van een dikke pil vol geleerdheid met enig wantrouwen bezie – om dan over te gaan naar zweverigheid en te besluiten met we learn that life’s creativity draws from a source that is older than life, and perhaps older than time.
    Dat kan ik niet zo waarderen.

    Hij is natuurlijk aangelopen tegen de muur van de big bang, met twee effecten: alles moest nog uitgevonden worden (a) en er is veel te weinig tijd geweest (b).
    En dan komt leonardo met zijn idee dat ze die gefixeerdheid van de big bang nou eindelijk eens los moeten laten.
    Maar ja, wetenschappers die meer dan één nieuw idee aankunnen in hun werkzame leven zie je niet zo veel. Dus die vastigheid van de big bang staat nog wel even, als de onwrikb’re vastigheden van de psalmdichter.
    Alhoewel, inmiddels lijkt het dat een paar quantumjongens wel willen geloven dat er voor de big bang ook universum was. Dat ze daar quantummechanica voor nodig hebben is wat mij betreft een gotspe, maar vooruit, ’t is een stapje op weg naar het grotere licht. Nu nog erkennen dat er dynamiek was, en dus tijd … en dan zijn we waar ik iedereen wil hebben.

    En dan weten we dus ook dat die ijsklomp die daar uit elkaar spatte er niet vanzelf is gekomen, maar dat daarin een brok historie is opgeborgen van vroegere dynamiek van het universum. En dat de historie van die dynamiek dat, wat op het moment van uiteenspatten nog toekomstmuziek is, conditioneert.
    Let wel: conditioneert, niet determineert.

    Dat kun je de bibliotheek van Wagner noemen, maar als je aan deze tekst refereert mag dat niet van mij, want ik vind multidimensionale libraries grote flauwekul. N-dimensionale zaken voor n>4 zijn leuke wiskundige en logische speeltjes, maar hebben praktisch geen enkele waarde, en ik wil daar niet mee in verband worden gebracht.
    Maar het is natuurlijk een soort boek (opnieuw, pas op: niet het boek van God waarin al onze namen staan geschreven – ik zeg het maar expliciet) waarop gebouwd kan worden, waardoor er geen 10^700 mogelijkheden afgelopen moeten worden.

    Wel, de big bang is een hypothese – en wordt als zodanig zeer wetenschappelijk geacht.
    Wagner’s multidimensionale library is een hypothese – en wordt als zodanig ook als wetenschap gezien.
    Deze redenering van leonardo is ook een hypothese. Een hypothese waar ik me beter bij voel dan bij andere.
    À propos, ik daag iedereen uit om hem omver te kegelen.

  107. Marleen februari 16, 2015 om 13:01

    Arno,
    Je schrijft:

    En terwijl mijn punt is ‘Wagner zegt iets anders dan wat jij denkt dat hij zegt’ is jouw antwoord telkens ‘Datgene waarvan ik denk dat Wagner dat zegt is onjuist’. Dat laatste ben ik geheel met je eens.

    Het is prima zo. Ik kan mijn punt niet duidelijker maken. Misschien zit ik er helemaal naast. Het is niet echt van belang. Dank je zeer voor de uitgebreide bijdragen.

    Ik hoop van harte dat je dat essay zult schrijven, ooit. En vooral dat je het ons laat weten als het klaar is. Daarmee wil ik je niet wegbonjouren, maar je gewoon bedanken. Dus blijf vooral reageren als je daar nog zin in hebt.

  108. Marleen februari 16, 2015 om 13:03

    Jeroen,

    Dank voor je duidelijke reactie.

    Je schrijft: “Dáár mist Marleen de kruks; zij redeneert, zo lijkt het, nog steeds: “maar als je een speld hebt, weten we toch al hoe natuurlijke selectie die scherp genoeg houdt of scherper krijgt.””

    Die speld heb je inderdaad en start met het ontstaan van de eerste peptiden.

    Je schrijft: “De interpretatie “Hoe arriveert iets dat fitter is dan wat er al was” tegenover “hoe arriveert iets nieuws waar überhaupt een fitness (mate van aangepastheid) aan toegekend kan worden.”

    Eigenlijk hebben we daar al eerder over gediscussieerd en ik heb niet echt de behoefte daar meer over te zeggen. Mijn idee was dat iets dat fitter is dan er al was, iets nieuws is dat van natuurlijke selectie groen licht krijgt. Ik geef het toe, het is niet origineel, zeker niet zo origineel als de ideeën van Wagner.

    Misschien moet ik Mount Improbable eens goed lezen.

  109. Marleen februari 16, 2015 om 13:04

    Leonardo,

    Dank voor de mooie uiteenzetting. Ik neem de uitdaging niet aan. Maar misschien zijn er andere gegadigden.

  110. harry pinxteren februari 16, 2015 om 13:48

    Marleen

    volgens mij zijn we hier nog gewoon bezig te begrijpen wat Wagner beweert, en dat dat een hoop discussie geeft, is prima. Soms gaat het er ook hard aan toe, maar het gaat wat mij betreft altijd om de bal en niet om de man, al zijn die soms lastig te scheiden. Het komt regelmatig voor dat ik het niet eens ben met mezelf😉

    Dus soms is het inderdaad lastig, want neem nou jou:

    “Wagner neemt op blz 7 (PDF) als voorbeeld een eiwit van 200 aminozuren en vertrekt dus vanuit een punt in evolutie dat er al een eiwit van 200 aminozuren bestaat en rekent ons voor dat er hyperastronomisch veel mogelijke combinaties zijn voor een eiwit van 200 aminozuren. Hij stelt daarmee dat het ongelooflijk onwaarschijnlijk is dat er precies dat ene eiwit uitkomt. ”

    Ik denk dat je de inleiding bedoelt, want in het boek geeft hij dit voorbeeld op pg 4. Het gaat ook niet om een eiwit van 200, maar van 100 aminozuren, maar dat maakt niet uit. Het gaat er om dat hij NIET zegt wat jij denkt dat hij zegt.

    Misschien ligt het aan het Engels.

    Th number of potential proteins is not merely astronomical, it is hyperastronomical… To find a specific sequence like that is not just just less likeley than winning the jackpot in the lottery.

    Hier staat nérgens dat het er om gaat om precies ‘dat ene eiwit’. Hier staat- volgens mij- dat het onwaarschijnlijk is dat er op deze manier ueberhaupt een of ander eiwit uit komt. Wagner redeneert helemaal niet naar een doel, naar een specifiek eiwit, Like that. Dat is op welke manier? Wagner bedoelt hier- dat volgit uit heel de rest van zijn boek! – op de manier van uitputtend zoeken, opde manier van non random selection van random variations, ofwel de op manier van one damn mutation after another, op de manier van de steady accumulation of profitable variations- wat is trouwens een profitable variation op dit niveau van het maken een eiwit: dat een sequentie meer nakomelingen krijgt? Of dat een eiwit meer nakomelingen krijgt? Maar dan héb je dus al een sequentie dan héb je al een eiwit.

    Wagner redeneert helemaal niet naar een eindpunt toe. Het is precies andersom: hij laat zien hoe lastig het is om te laten zien hoe evolutie ueberhaupt tot een eiwit komt als je uitgaan van ns die stap voor stap zijn werk moet doen.

    Dawkins zegt in The Greatest Show on Eurth dat ns een improbability pump is: er komen inderdaad zeer onwaarschijnlijke dingen uit.

    Om even geen biologisch jargon te gebruiken: wat Wagner laat zien- met rmodellen en met onderzoek – is dat ns geen backtracker is, omdat randomizatie werkt vanwege de redundantie is een betrekkelijk simpele generate & test voldoende. Met andere woorden, waarom heeft een toetsbaar idee hoe ns die ‘improbability’ ueberhaupt kan pompen.

    Jammer dat je, zoals Arno heeft gedocumenteerd, inderdaad niet of nauwelijks ingaat op vragen of opmerkingen, zoals bijv in mijn vorige reactie op de onderzoeken van Schuster en Szostak

    Wat Wagner in het door jouw gewraakte voorbeeld doet is volgens mij exact hetzelfde- tenminste als Bell het goed samengevat heeft, iets wat ik niet kan controleren.

    Schuster rekende dus uit dat er ‘For an RNA of 100 bases, there are around 10^23 possible shapes of this (i,e simplest hp) sort.

    En Szostak and Keefe used a chemical method to assemble 80-amino-acid proteins at random from their component parts, and were able to sift through all the variants that they made to find ones that happened to be aptly shaped to bind ATP.2 They couldn’t make anything like the total number of possible permutations of this number of amino acids. But among the tiny fraction (6 trillion) that they did produce, they found four ATP binders. That doesn’t sound like a lot, but if there are already four solutions in this incredibly small sampling of the sequence space, there must be an immense number in the rest of the space—about 10^93 of them.

    Dus wat is er mis met dat ‘concept’ van Wagner waar jij steeds op terug komt? Of wat is het verschil met het soort onderzoek dat Schuster en Szostak doen? Is het verschil day Wagner (ook) metaforen gebruikt om uit te leggen wat hij bedoelt, zoals met de bibliotheek (van Borges)? Dat doet Bonner toch ook? En bij iemand als Dawkins vliegen de metaforen je om de oren. –

    Het misverstand is groot- en dat intrigeert me. Neem bijv de opmerking van Gerdien, al heeft die het boek misschien nog niet helemaal uit:

    “How on earth did evolution manage to rewire the Hox network of a Cambrian fish to create us”? Gezien de grote overeenkomst in het HOX netwerk in alle huidige vertebraten, heel weinig.”
    zegt Gerdien februari 15, 2015 om 10:12

    Dat is dus precies wat Wagner in zijn boek uit probeert te leggen, waarom dat “heel weinig’ “.

    Ik hoop, samen met Arno, dat je nu mijn vragen eens beantwoordt en niet met herhaling van standpunten, zoals:

    “evolutie vertrekt vanuit zeer korte sequenties (nucleotiden of aminozuren, dat maakt niet uit). Niet elke mutatie wordt uitgeprobeerd om te zien of zij in de ‘juiste’ richting gaat. . Daarmee hoeft niet elke mogelijkheid één voor één uitgeprobeerd te worden.”

    Denk je dat Wagner niet weet dat evolutie vertrekt vanuit zeer korte sequenties?! Denk je dat Schuster en Szostak dat ook niet weten?! Denk je werkelijk dat Wagner het tegendeel beweert en dat volgens hem wel elke mutatie moet worden uitgeprobeerd? Ik bedoel dit niet persoonlijk, maar Wagner, beweert, nogmaals precies het omgekeerde. Beweert dat niet alleen, maar laat ook zien hoe het kan werken, en toetst dat met experimenten.

    en dan deze: “Er vinden random mutaties plaats die het organisme of de populatie wel of niet in staat stellen te overleven”

    Daar gaat dus het hele boek van Wagner over: hoe dat zou kunnen werken, inclusief sommen, inclusief modellen, inclusief onderzoek. Wagner laat zien dat het klopt: Unless profitable variations occur natural selection can do nothing’ Je kunt het niet omdraaien. Ns zorgt niet voor die gunstige variaties, die pikt ze er gewoon uit, en verspreidt ze, zoals de fokker de veren niet maakt, maar selecteert om mee verder te fokken. Zonder zulke veren, begint hij inderdaad niks.

    Volgens mij is Wagner meer Darwinist dan jij denkt. Maar dat had ik al eens eerder opgemerkt.

    Ik kan nog wel even doorgaan want er is veel gezegd in een paar dagen, maar het verhaal is nu al te lang. Toch hoop ik dat je het leest en dat je antwoord geeft op mijn vragen.

  111. harry pinxteren februari 16, 2015 om 13:55

    ps
    excuses voor typefouten
    Met andere woorden, waarom heeft een toetsbaar idee hoe ns die ‘improbability’ ueberhaupt kan pompen.
    Waarom moet Wagner zijn

    door jouw moet zijn door jou

    Bell is Ball

    day is dat

  112. Marleen februari 16, 2015 om 14:00

    Harry,

    Natuurlijk lees ik wat je schrijft. Het zal alleen even duren voor ik kan antwoorden, want ik heb nu een aantal dingen te doen.

  113. nand braam februari 16, 2015 om 14:04

    @ Harry

    Je zegt tegen Marleen: “Wagner redeneert helemaal niet naar een eindpunt toe. Het is precies andersom: hij laat zien hoe lastig het is om te laten zien hoe evolutie ueberhaupt tot een eiwit komt als je uitgaan van ns die stap voor stap zijn werk moet doen.”

    Zo heb ik het dus ook begrepen.

    • Marleen februari 16, 2015 om 14:52

      Precies Nand, dat klopt, dat is wat Wagner doet. Hij redeneert vanaf het eindpunt en kijkt terug (goed lezen mensen, dat zei ik dus eerder), en dat is nu precies mijn probleem\bezwaar.

  114. harry pinxteren februari 16, 2015 om 14:19

    Marleen,

    ok, het was ook nogal een lang verhaal. Maar ik vind het allemaal nog steeds leerzaam en zeer de moeite waard. Ik hoop jij ook.

  115. harry pinxteren februari 16, 2015 om 14:27

    Nand,

    dan zijn we het al over heel wat eens!.

    Opvallend dat er zoveel weerstand tegen is, zelfs al zijn mutationisten hier roomser dan de paus.: unless profitable variations….. Precies: net zoals de fokker begint ns zonder die variaties niks. Je kúnt het niet omkeren. Wagner rekent het uit (trouwens Schuster en Zsotak ook!)

    Maar ik snap wel waar de schoen wringt, want dit roept weer allerlei vragen op over de grote demiurg. De allerlaatste zin van het boek van Wagner werd niet voor niks geassocieerd met ‘crypto-creationisme’.

  116. harry pinxteren februari 16, 2015 om 14:51

    jeroenj en marleen of Nand, want die is chemicus, dacht ik:

    een vraag over jullie discussie

    “(het) start met het ontstaan van de eerste peptiden”. Wat veranderen peptides aan het argument, aan de berekeningen van Wagner?

    Similarly, there are 20 × 20 × 20, or 8,000, texts of
    three amino acids, 160,000 texts of four amino acids, and so on. Short texts like this are called
    peptides, but most proteins comprise much longer texts—polypeptides—and the number of
    possible amino acid texts explodes with their length, such that the number of proteins with merely
    a hundred amino acids is already greater than a 1 with 130 trailing zeroes. But the library is larger
    than even this unimaginably large number, because proteins like sucrase have more than a
    thousand amino acids, and some human proteins are many times longer. (Among them is a
    behemoth called titin, a 30,000-amino-acid-long protein spring in our muscles.)Pdf 75

  117. Rob van der Vlugt februari 16, 2015 om 15:11

    Ik ga het boek nog eens van begin tot eind lezen, van titel tot achterflap.
    Eén vraagje vooraf om me meteen op het goede been te zetten: Waaraan herken je ‘the fittest’ bij zijn of haar arriveren ?

  118. Arno Wouters februari 16, 2015 om 15:28

    Harry en Nand beweren:

    “Wagner redeneert helemaal niet naar een eindpunt toe. Het is precies andersom: hij laat zien hoe lastig het is om te laten zien hoe evolutie ueberhaupt tot een eiwit komt als je uitgaan van ns die stap voor stap zijn werk moet doen.”

    Ja zo heb ik het ook begrepen.

    Echter in aanmerking nemende dat het boek het woord ‘selectie’ nauwelijks gebruikt, zou ik het zelf net iets anders formuleren:

    Wagner redeneert helemaal niet naar een eindpunt toe. Het is precies andersom, hij laat zien hoe lastig het is om te begrijpen hoe evolutie überhaupt complexe eiwitten kan ontwikkelen als het zo zou zijn dat de kans dat een mutatie levensvatbaar is erg laag is en er heel veel mutatiestappen nodig zijn voor uit de eerste organismen een organisme dat dergelijke complexe eiwitten produceert kan evolueren.

    Het komt op hetzelfde neer, maar misschien is mijn formulering minder verwarrend voor Marleen dan die van Harry😉

    Barton, houdt zich met precies dezelfde vraag bezig. Zijn antwoord: dat is mogelijk dankzij selectie. Barton veronderstelt daarbij expliciet dat levensvatbare mutaties in de goede richting geselecteerd worden en levensvatbare mutaties in de verkeerde richting niet. Mijn probleem: hoe realistisch is die veronderstelling?

    Wagner pakt het anders aan. Hij start met de vraag: welk percentage mutaties is eigenlijk levensvatbaar en hoeveel mutatiestappen zijn er eigenlijk nodig voordat uit een eenvoudig begin de complexe vormen die we heden ten dage kennen ontstaan kunnen zijn. Onze huidige kennis (data, modellen, technieken en concepten) schiet te kort om deze vraag in z’n algemeenheid te beantwoorden, daarom probeert hij aan de hand van een drietal voorbeeldstudies een indruk te krijgen. Uiteraard kies hij voorbeelden waar al veel over bekend is (hij kon Marleens ‘hij zegt niets nieuws’ (alsof belangrijke wetenschappelijke inzichten alleen van waarde zijn als ze volledig op nog niet eerder bekende bevindingen gebaseerd zijn) tenslotte niet voorzien😉 ): namelijk E. coli metabolismen, eiwitten en genetische regulatie. In alle gevallen wijst zijn onderzoek hetzelfde uit: zo’n 20% van de relevante mutaties is levensvatbaar, het minimum aantal mutaties tussen twee willekeurige gekozen levensvatbare genotypen via een levensvatbare weg is niet zo heel groot en er zijn behoorlijk wat levensvatbare wegen tussen twee willekeurig gekozen levensvatbare genotypen.

    In het boek gaat Wagner nauwelijks in op wat dit over selectie zegt. Wel vraagt hij zich af hoe deze (empirisch vastgestelde) structuur verklaard kan worden. Zijn suggestie: het is het mathematisch gevolg van het feit dat genotypen bestaan uit een een beperkt aantal typen elementen die op een beperkt aantal manieren gekoppeld kunnen worden. Niks geen creationisme dus, maar wel een mathematische verklaring en dus een bron die ouder is dan het leven zelf en wellicht ouder dan de tijd (zoals de laatste zin van het boek stelt).

  119. nand braam februari 16, 2015 om 15:52

    @ Marleen

    Wagner laat zien hoe lastig het is om te laten zien hoe evolutie ueberhaupt tot een eiwit komt als je uitgaat van ns die stap voor stap zijn werk moet doen.”

    Dat is, volgens mij, toch anders dan wat jij zegt: “Hij redeneert vanaf het eindpunt en kijkt terug (goed lezen mensen, dat zei ik dus eerder), en dat is nu precies mijn probleem\bezwaar.”

    Ik ga doen wat Rob doet, opnieuw lezen.

  120. nand braam februari 16, 2015 om 16:00

    @ Arno

    Hartelijk dank voor je post van 15:28.
    Je hebt daar, volgens mij, een heel goed werkstuk afgeleverd. Langzaam maar zeker, trekt de mist op.

  121. Arno Wouters februari 16, 2015 om 16:11

    Marleen, Harry, Nand,

    Wacht eens even. Marleen beweert iedere keer dat Wagner bij het eindpunt begint. Dat slaat nergens op. Zoals ik hierboven schreef gaan zijn conclusies over de relatie tussen willekeurige levensvatbare genotypen. Dus het maakt niet uit waar je vertrekt.

    Maar …. terwijl ik dit schreef viel me het volgende in.

    Marleen schrijft “Zoals we doorgaans aannemen begint het leven met het ontstaan van een genetische code, korte peptiden, van enkele aminozuren.”

    Wagner beschrijft genotypen met behulp van series cijfers of getallen. In het geval van eiwitten staat op elke plaats in die serie het getal 0, het getal 20 of een van de tussenliggende getallen. De 1 t/m 20 staan elk voor een aminozuur, de 0 wordt gebruikt voor de karakterisering van series die korter zijn dan de lengte van het langste bestudeerde eiwit. Voor het gemak noem ik een cijfer op een bepaalde plaats even een gen (dat heeft dus niks met een stukje DNA te maken).

    Wagner geneert vervolgens een graph waarin alle mogelijke combinaties van genen (dat wil dus zeggen alle mogelijke genotypen) verbonden zijn via de relatie ‘een mutatie verschil’ Deze graph waarin alle mogelijke genotypen verbonden zijn via de relatie ‘een mutatie verschil’, die graph dus, dat is Wagner’s bibliotheek.

    Vervolgens genereert hij uit deze bibliotheek een genotype-netwerk door uit deze ‘bibliotheek’ de niet levensvatbare genotypen te schrappen (of een genotype al dan niet levensvatbaar is blijkt uit empirische studies en empirische modellen).

    Hij onderzoekt de structuur van deze laatste graph (het genotype-netwerk) met behulp van een computertechniek die random walk genoemd wordt. Dat onderzoek levert de resultaten op die ik in mijn vorige commentaar beschreef.

    Marleen, denk jij soms dat die korte peptiden van enkele aminozuren waar jij het over hebt in het genotype-netwerk ontbreken? Is dat de reden dat je zegt dat hij bij het eindpunt begint?

    Zo ja, dan vergis je je hoor! Die eerste korte peptiden worden weergegeven als een genotype dat met (pakweg) vijf getallen begint en verder uit allemaal nullen bestaat.

    Zo nee, wat bedoel je dan als je zegt dat Wagner met het eindpunt begint? Bedoel je dat de ‘bibliotheek’ gegenereerd wordt op basis van alle mogelijke combinaties van elementen van een hedendaags eiwit?

    Zo ja wat is daar mis mee?

    • harry pinxteren februari 16, 2015 om 17:34

      arno,

      Ik denk dat probleem van dat eindpuntredeneren waar Marleen steeds over begint, te verklaren is: februari 16, 2015 om 13:48

      en ja, verder kan Wagner er natuurlijk ook niks aan doen dat onze evolutie hier eiwitten heeft geproduceerd die bestaan uit TIG mogelijke combinaties van 20 aminozuren.

      Aardig detail in dit verband. G. Church en zijn club (Harvard) willen er om te beginnen één aan toe voegen. ‘Eéntje maar? ” vroeg de interviewer, ‘om te beginnen?’ “Boy, je hebt géén idéé hoeveel meer mogelijkheden eentje erbij al niet oplevert. (mensen hebben inderdaad een slechte intuïtie voor exponentiële explosies). En nou werkt zijn MAGE technologie al TIG keer sneller dan de evolutie, en veel gerichter, naar een gewenst resultaat/functie. En op zeer snelle computers, Toch heeft ie rekentijd tekort, kan ie maar een fractie testen.

  122. nand braam februari 16, 2015 om 16:41

    @ Harry

    Aminozuren kunnen maar op één manier een peptide-binding vormen. De amino-groep van het ene aminozuur reageert met de carboxyl -groep van het andere aminozuur.

    http://nl.wikipedia.org/wiki/Aminozuur

    In menselijke eiwitten komen 20 verschillende aminozuren voor.
    Bij 20 verschillende aminozuren is de berekening van Wagner voor een tripeptide kennelijk:
    Similarly, there are 20 × 20 × 20, or 8,000, texts of
    three amino acids.
    Dat klopt dan toch?
    In het echte boek staat dit niet op blz 75. Waar staat het wel? Ik kan het zo snel niet vinden. Komt wel.

  123. harry pinxteren februari 16, 2015 om 17:13

    Nand, en uiteraard Marleen en Arno etc ook!

    het staat in het boek op pg 115.

    het gaat mij overigens niet alleen om de chemie, maar om het argument, het model, om de redenering zo je wil van Wagner en, uiteraard om de kritiek daarop.

    mijn vraag is daarom: wat veranderen korte aminozuur sequenties, die chemici peptiden noemen, aan het hele idee? Als voormalig cognitief-psycholoog en AI-er kan ik me er wel iets voorstellen: nl zoiets als ‘tussenresultaten’. Die kunnen namelijk het zoeken in gigantische zoekruimte ontzettens beperken- je hoeft bijv niet steeds te backtracken, zeg maar, iedere keer weer bij ‘nul te beginnen’, maar backracht steeds maar halverwege, je pakt gewoon de volgende peptide, of triptide. sequentie van zeg 3?, 4? of..? aminozuren. Dat scheelt aardig wat.

    Neemt niet weg het punt dat ik ook al eerder aankaartte: ook voor een peptide of een triptide of voor welke volgorde aminozuren je ook, je moet hem wel éérst hebben vóór je er verder mee kunt! Maar 8000 mogelijke combinaties bij 3 aminozuren, dat is te doen natuurlijk!

    Vraag van de chemische leek: kan ik me daar dan ook al een functionaliteit bij voorstellen? ‘Doet’ zoiets biologisch al wat, kun je dan al spreken van een selectievoordeel, zodat je er daar dan meer van krijgt (dan andere), etc, zodat je zo dus weer sneller bij een eiwit uit komt.

    de AI term ‘tussenresultaat’ (zoals bijv in bepaalde compilers voor productieregelsystemen) heeft dan enige biologische relevantie, inhoud, betekenis, realiseer ik me nu.

    Maar aan het argument van Wagner verandert het volgens mij niks: ook op dit niveau van detail, dus een paar aminozuren, moet je ueberhaupt éérst een voordeel hebben, ueberhaupt eerst biologische functionaliteit, wil ns die ueberhaupt kunnen selecteren en vervolgens verspreiden. (de analogie van de fokker!)

    Nav het onderzoek van Schopf waar deze blog mee begon, vroeg ik me al eerder (februari 10, 2015 om 17:24) hardop af, welke ‘resolutie een theorie over evolutie eigenlijk moet hebben.

    Het voorbeeld van het onderzoek van Schuster was ik toen even vergeten. Ik citeer Ball , want hier gaat de hele discussie uiteindelijk om volgens mij, of we het nu over Schopf cs hebben of over Wagner:

    “in the 1970s Schuster began to explore what RNAs could do. To act as a catalyst, an RNA molecule needs to fold into the right shape. As with a protein, this shape is determined by the molecule’s sequence of building blocks. In effect this is a genotype-to-phenotype question, with the genotype being the RNA’s sequence and the phenotype its folded shape. The phenotype determines how equipped an organism is for its environment, and it is where selection acts. That selection is ultimately registered in the genotype—the genes that allow a trait to be passed to offspring—but the connection between phenotype and genotype retains many mysteries. Arguably it is the biggest mystery of the post-genomic era we are now entering, in which it is proving unexpectedly hard to identify where many inherited phenotypic traits are encoded in the genotype…In the 1990s Schuster and his colleagues devised a computer program that could predict the simplest features of an RNA’s shape (its secondary structure, which is how parts of the chain stick to other parts by pairing-up of bases) from its sequence. For an RNA of 100 bases, there are around 10^23 possible shapes of this sort. But what was remarkable was the way these shapes and their sequences were related. Sic.

    Ofwel zoals altijd: the devil is in the detail!

  124. harry pinxteren februari 16, 2015 om 17:21

    nand

    ad je post van februari 16, 2015 om 16:00

    niet alleen marleen valt in herhaling, arno en ik soms ook, want wat Arno Wouters februari 16, 2015 om 15:28 schreef, schreef hij in de record blog van Marleen ook al een aantal keer!.
    We hebben het hier ook over NIKS NIEUWS!🙂

    Maar de mist klaart inderdaad steeds meer op. Alhoewel, niet te snel. We hebben Gerdien nog nauwelijks gezien! : -)

    • Arno Wouters februari 18, 2015 om 00:30

      “wat Arno Wouters februari 16, 2015 om 15:28 schreef, schreef hij in de record blog van Marleen ook al een aantal keer!. We hebben het hier ook over NIKS NIEUWS!”

      Yep🙂

  125. leonardo februari 16, 2015 om 17:46

    Arno,

    Wat is dat voor fenomeen: “een mathematisch gevolg”

    • Arno Wouters februari 16, 2015 om 17:50

      Goeie vraag, kom ik op terug. Maar dat duurt nog even (even is naar ik hoop een paar dagen – ik heb zoveel andere dingen te doen, maar waarschijnlijk vanavond😉 )

    • Arno Wouters februari 16, 2015 om 18:43

      Ach, waarom tot vanavond gewacht als het ook nu kan?

      Ik sprak van een mathematisch gevolg (i.t.t. logisch gevolg en natuurkundig gevolg) omdat Wagner zijn beginsel (in genotype netwerken (in Wagner’s wiskundige zin) die samengesteld zijn uit een redelijk (maar niet al te groot) aantal elementen van een beperkt aantal typen die op een beperkt aantal manieren gecombineerd kunnen worden, zijn de afstanden tussen 2 betekenisvolle knopen kort) presenteert als wiskundig in de volgende zin:

      (1) het effect treed (net als in het geval van natuurkundige wetten en i.t.t. een logisch gevolg) niet in iedere coherent beschrijfbare wereld op

      (2) het effect is in onze wereld zonder uitzondering (idem voor natuurkundige wetten)

      (3) het effect met wiskundige eigenschappen samenhangt (dit i.t.t. effecten die met natuurkundige eigenschappen samenhangen) – het is dus ook van toepassing op mogelijke werelden die andere natuurkundige eigenschappen hebben dan de onze

      Een ander voorbeeld van een dergelijk beginsel is het beginsel van natuurlijke selectie (systematische erfelijke verschillen in fitness tussen varianten in een populatie, resulteren naar verwachting in een verschuiving van de samenstelling van de populatie in de richting van de fittere variant).

      Ik heb trouwens geen zin hier in deze draad uitgebreid op in te gaan, daar ik de relevantie voor de discussie over Wagners vermeende cryptocreationisme niet zie, ik maar matig in dit onderwerp geïnteresseerd ben (meer dan in de big bang, veel minder dan in evolutie) en de kennis die nodig is om die discussie hier zinvol te kunnen voeren bij de meeste lezers van dit blog (mijzelf niet uitgezonderd) zal ontbreken (wat is een object? wat is een natuurkundige eigenschap? wat een wiskundige? etc. etc.)

  126. Arno Wouters februari 16, 2015 om 17:46

    Vooruit, ik heb nu zoveel over genotype-netwerken gezegd dat ik ook nog wel even op de vraag van Marleen die ik liet liggen in kan gaan:

    Wat is ‘deze structuur’ en in hoeverre is die anders dan ‘random combinatie’? Hoe ziet volgens jou een genotype netwerk eruit? Ik kan me eenvoudig een world wide web voorstellen waarin, wanneer er servers uitvallen, deze opgevangen worden door andere servers, zodat er niemand zonder verbinding zit en, waardoor het web blijft functioneren. Maar dat moet een te simplistisch plaatje zijn, want als er sprake is van pluridimensionale libraries, een behoorlijk ingewikkeld begrip, dan kan het natuurlijk niet zo eenvoudig zijn als ik hierboven aangeef.

    De meeste van deze vragen heb ik inmiddels beantwoord, maar voor de duidelijkheid zal ik die antwoorden waar nodig herhalen.

    1) “Wat is ‘deze structuur’ en in hoeverre is die anders dan ‘random combinatie’?”

    Om te beginnen, random combinatie is een activiteit geen structuur. Die activiteit ‘random combinatie’ wordt door Wagner gebruikt om een bibliotheek te genereren, die hij vervolgens (in combinatie met empirisch onderzoek en empirische modellen) gebruikt om een genotype-netwerk te generen, dat hij vervolgens onderzoekt met de random walk techniek. Hieruit concludeert hij dat dat genotype-netwerk de volgende structuur heeft:

    zo’n 20% van de relevante mutaties is levensvatbaar, het minimum aantal mutaties tussen twee willekeurige gekozen levensvatbare genotypen via een levensvatbare weg is niet zo heel groot en er zijn behoorlijk wat levensvatbare wegen tussen twee willekeurig gekozen levensvatbare genotypen.

    Merk op dat Wagner random combinatie dus niet als een evolutionair proces ziet, net zo min als random walk.

    2) “Hoe ziet volgens jou een genotype netwerk eruit?”

    Een genotype netwerk is volgens mij een graph waarin levensvatbare genotypen verbonden zijn via de relatie ‘een mutatie verschil’.

    3) “Ik kan me eenvoudig een world wide web voorstellen waarin, wanneer er servers uitvallen, deze opgevangen worden door andere servers, zodat er niemand zonder verbinding zit en, waardoor het web blijft functioneren.”

    Zo’n web kan ik ook eenvoudig voorstellen, maar het levert geen goed beeld van een genotype netwerk op.

    De relatie die de computers op het world wide web met elkaar verbind is in eerste instantie fysiek van aard: de computers moeten fysiek verbonden zijn (door draden of golven) en er moeten programma’s op draaien die volgens de relevante protocollen met elkaar communiceren. Behalve de notie ‘computer a is verbonden met b’ hebben ook de noties ‘computer x valt uit’ en ‘het web functioneert’ betekenis en zijn zelfs redelijk goed gedefinieerd.

    De knopen in een genotype netwerk zijn verbonden door de relatie ‘een mutatie verschil’. Dit is een wiskundige relatie, geen fysieke. De noties ‘genotype x valt uit’ en ‘het genotype netwerk valt uit’ hebben echter geen betekenis en het zou in strijd met de evolutietheorie en cryptocreationistisch zijn om aan deze noties betekenis toe te kennen. Van protocollen is helemaal geen sprake.

    Ik stel me bij een genotype-netwerk zoiets voor als dit plaatje:

    ABC – AAC
    | | \
    BBC – ABC \
    |________ BAC

    Het zou hier kunnen gaan om een netwerk van genotypen met 3 plaatsen en 3 ‘genen’ die alleen levensvatbaar zijn als er een C op de derde plaats staat en er verder geen C in voorkomt en waarin mutatie neerkomt op vervanging van een van de drie ‘genen’ door een andere.

    In de bibliotheek die met bovenstaand genotype netwerk correspondeert komen naast deze vijf genotypen ook nog AAA, AAB, ABA, ABB, ACA, ACB, ACC, BAA, BAB, BBA, BBB, BCA. BCB, CAA, CAB, CAC, CBA, CBC, CCA, CCB en CCC voor.

    4) ” Maar dat [computers op het world wide web] moet een te simplistisch plaatje zijn, want als er sprake is van pluridimensionale libraries, een behoorlijk ingewikkeld begrip, dan kan het natuurlijk niet zo eenvoudig zijn als ik hierboven aangeef.”

    In feite is het een te ingewikkeld plaatje: doordat de noties ‘genotype x valt uit’ en ‘het genotype netwerk valt uit’ geen betekenis hebben zijn genotype netwerken wiskundig gezien een stuk eenvoudiger dan netwerken van computers op het world wide web.

    Pluridimensionale libraries zijn wiskundig gezien iets ingewikkelder dan genotype-netwerken, maar lang niet zo ingewikkeld als het world wide web. Het enige verschil tussen een bibliotheek en een genotype netwerk is dat in de eerste het begrip ‘x valt uit’ wel een zinvolle definitie heeft (nl. x is niet levensvatbaar) en in het genotype-netwerk niet. De notie ‘de bibliotheek functioneert’ is niet gedefineerd en er zijn geen protocollen.

    That’s all.

    Marleen, ik hoop van harte dat je nu ik al jouw vragen beantwoord heb, de moeite zult nemen om tenminste een deel van mijn vragen te beantwoorden.

    • Arno Wouters februari 16, 2015 om 18:03

      Oops ik vergat even dat in het relevant web protocol (HTML) spaties niet afgebeeld worden. Een treffende illustratie van het feit dat genotype netwerken mathematisch eenvoudiger in elkaar zitten dan het world wide web😉

      In het onderstaande plaatje heb ik de spaties door punten vervangen (die puntjes hebben dus geen betekenis, ze dienen alleen om de streepjes die wel betekenis hebben op de goede plek te krijgen).

      ABC – AAC
      |…………..|… \
      BBC – ABC ..\
      |__________BAC

    • Arno Wouters februari 16, 2015 om 18:06

      Ik ga net zolang door tot het gelukt is!

      ABC – AAC
      |………..|… \
      BBC – ABC ..\
      |__________BAC

  127. harry pinxteren februari 16, 2015 om 18:21

    Arno

    we zijn het te lang eens geweest, vrees ik!😉

    “De knopen in een genotype netwerk zijn verbonden door de relatie ‘een mutatie verschil’. Dit is een wiskundige relatie, geen fysieke. De noties ‘genotype x valt uit’ en ‘het genotype netwerk valt uit’ hebben echter geen betekenis en het zou in strijd met de evolutietheorie en cryptocreationistisch zijn om aan deze noties betekenis toe te kenne”.

    lang verhaal, maar alvast:

    “Dit is een wiskundige relatie, geen fysieke”. zeg je

    Gaat het bij (” realistische’) modellen van knopen en netwerken niet om fysieke relaties, verhoudingen, zaken, kortom, dingen?? Chemie bijvoorbeeld. Nog sterker: ik kan een netwerkje van drie genen A B en C alleen een beetje waarheidsgetrouw modelleren als ik weet wat de chemische (fysieke) reacties zijn tussen die drie elementen: A en B kunnen bijv samen C onderdrukken, of juist stimuleren, of juist niet natuurllijk. Zo heb ik dankzij die chemie al heel wat meer mogelijkheden te modelleren dan alle (wiskundige) permutaties. Ik moet ze allemaal weten, dus moet ik de chemie kennen (wij maakte vroeger modellen met o.a met ijzer, rails en zo, of met auto’s, stukken makkelijker)

    of begrijp ik je verkeerd?

    Overigens denk ik dat Marleen met haar voorbeeld van het web de robuustheid van een netwerk bedoelde. Dat is wat anders dan alleen ‘wiskundige relaties’. Robuustheid is ook een fysiek fenomeen, het bestaat- en het is juist niet makkelijk te begrijpen als resultaat van natuurlijke selectie. Daarom gaat Wagner er uitvoerig op in.

    Selectie van wát?, vroeg een wiskundige ooit. Precies. Korter kan ik de hele discussie hier eigenlijk niet samenvatten..

    wordt vervolgd😉

    • Arno Wouters februari 16, 2015 om 19:01

      Harry, ik denk dat we het op één punt na eens zijn en dat de overige verschillen te maken hebben met slordige formuleringen van mijn kant (ik ben me van een aantal slordigheden bewust, maar als ik hier net zo precies zou zijn als ik in filosofische artikelen probeer te zijn worden mijn verhalen onbegrijpelijk).

      Het enige waar we het mogelijk niet over eens zijn is robuustheid. Ik kan me bij robuustheid van computernetwerken veel voorstellen (het netwerk blijft functioneren als er een computer uitvalt), ik kan bij robuustheid van genetische netwerken veel voorstellen (het netwerk blijft functioneren na mutatie), ik kan me bij Wagners definitie van robuustheid van organismen (het phenotype blijft onveranderd na mutatie) het een en ander voorstellen, maar ik kan me niets voorstellen bij het al dan niet functioneren van genotype netwerken, laat staan bij het uitvallen van een genotype en dus ook niet bij robuustheid van genotype-netwerken.

      Voorzover Wagner het in het boek over robuustheid heeft gaat het volgens mij over de robuustheid van metabolismen, van genetische regulatie, van genetische netwerken en van organismen (inderdaad Marleen we wisten al dat sommige netwerken robuust zijn – dat is niets nieuws😉 ), niet over robuustheid van genotype-netwerken. Wel zegt hij dat robuustheid van organismen een noodzakelijke voorwaarde is voor het bestaan van genotype-netwerken. Maar dat is wat anders, daarvoor heb je geen notie van goed functioneren van genotype-netwerken nodig, je kunt volstaan met een notie van levensvatbaarheid van organismen.

      Als hij het wel over robuustheid van genotype-netwerken zou hebben, zou ik beginnen hem te verdenken van cryptocreationisme😉

    • Arno Wouters februari 16, 2015 om 19:13

      “Overigens denk ik dat Marleen met haar voorbeeld van het web de robuustheid van een netwerk bedoelde.”

      Dat denk ik ook, maar dat onderstreept alleen maar dat het niet goed is om genotype-netwerken als een soort world wide web te zien. Je kunt immers niet spreken over robuustheid van genotype-netwerken.

      Wagner heeft het consequent over ‘robuustheid van organismen in genotype-netwerken’ niet over robuustheid van genotype-netwerken!

  128. Arno Wouters februari 16, 2015 om 19:07

    “Ik kan een netwerkje van drie genen A B en C alleen een beetje waarheidsgetrouw modelleren als ik weet wat de chemische (fysieke) reacties zijn tussen die drie elementen: A en B kunnen bijv samen C onderdrukken, of juist stimuleren, of juist niet natuurllijk. ”

    Voor alle duidelijkheid: het netwerkje tussen A, B en C is geen genotype-netwerk maar een genetisch netwerk. Het gaat daarbij inderdaad om fysische relaties tussen A, B en C. Natuurlijk gaat het om fysische relaties!

    Bij genotype-netwerken gaat het echter niet om relaties tussen A,B en C maar om één heel bepaald type relatie tussen AAB, AAC, ABC etc. nl. de relatie ‘verschilt een letter met’ of iets exacter uitgedrukt ‘kan door één mutatie ontstaan uit’. Dat kan ik geen fysische relatie noemen. Bij gebrek aan beter heb ik het daarom maar een wiskundige relatie genoemd.

  129. leonardo februari 16, 2015 om 19:29

    Arno,

    Een heel uitgebreid antwoord – voor wat ik een verschrijving noem. Ik zie Wagner nergens spreken van mathematical consequence, of mathematical effect.

    Wij kunnen de relatie tussen oorzaak en gevolg met logisch redeneren verklaren. Logisch redeneren doen we met behulp van rekenen, wiskunde en soms taal – de moeilijkste omdat die zoveel ruimte laat voor misverstanden.
    Maar dat maakt een gevolg nog niet rekenkundig, of wiskundig, of taalkundig. Er bestaan ook geen logische gevolgen.
    Er bestaan wel logische verklaringen voor de wetmatige, of chemische of familiaire of anderszins relatie tussen oorzaak en gevolg.

    Ik begrijp ook wel dat je geen zin hebt om op van alles en nog wat in te gaan – het leven is al moeilijk genoeg zo – maar wat dat nou weer met cryptocreationisme te maken heeft is mij een raadsel. Ik heb daar in ieder geval niet naar gevraagd.

    • Arno Wouters februari 16, 2015 om 22:08

      “Een heel uitgebreid antwoord – voor wat ik een verschrijving noem.”
      😉

      Okay, het was een verschrijving. Daar zit wat in! Dank voor je correctie!

  130. jeroenj februari 16, 2015 om 19:45

    Wagner noemt dat ook een wiskundige relatie. Anders snap ik zijn slotregel niet. Enerzijds is het de manier om het hyperastronomische aantal combinaties op te vouwen tot de onterecht omstreden hyperbiep en er hanteerbaar mee te kunnen rekenen, anderzijds weerspiegelen de korte lijntjes de “one damn mutation at a time” die de natuur vermag te gebruiken om er in te zwalken.

    Het hyperastronomische aantal is geen knikkerzak om in te graaien, het is geen rij om af te moeten lopen, het is geen bibliotheek met op onderwerp gesorteerde planken om de weg in kwijt te raken. Het zijn “genotype” netwerken (rasters) met alle één-stap-anders-buren ook echt naast de deur. Dat je een beetje duizelig wordt van het netjes sorteren in veel dimensies mag je niet het inzicht ontnemen dat het voor de natuur wél zo gesorteerd is.

    Hoe je het wiskundig sorteert om er mee te kunnen rekenen wordt niet ingegeven door de natuur.
    Hoe de natuur er in kan zwalken wordt volgt wél de netste wiskundige sortering: ouder dan de tijd, waarder dan echt.

  131. harry pinxteren februari 16, 2015 om 21:25

    Arno, slordig zijn we allemaal, ik niet het minst!
    we komen er nog op terug, want we komen steeds verder!

    ik heb geen tijd meer, was begonnen in het artikel van Payne en Wagner (ref zie boven)
    kan ik iedereen aanbevelen, jeroenj ook (genotype netwerken: actueel!)
    ben een paar dagen weg, dus neemt allende tijd met de reactie op mijn verdere vragen en punten.
    geldt ook voor marleen en anderen. benieuwd naar de reactie van gerdien die het boek nu heeft

    hoop niet dat ik te veel achter lig als ik terug kom, want het gaat snel nu . Nieuw record marleen? dat wordt het vast als ik ook nog op de uitdaging van leonardo in ga : -)

  132. Marleen februari 16, 2015 om 22:15

    Beste mensen, ik kan niet op alle reacties en vragen ingaan. Het is teveel werk. Discussieer rustig onder elkaar door. Ondertussen vond ik dit verhaaltje.

    In het labyrint

    Mag ik eens vragen? Als je in een labyrint terecht komt en naar de uitgang moet, hoe doe je dat dan? Is dit een zoektocht die op toeval berust of wordt de zoektocht zo ondernomen dat men alle uithoeken van het labyrint bezoekt, er een kaart (bibliotheek) van maakt en dan naar de uitgang loopt met de kaart in de hand.

    Nu zit ik bij de uitgang en zie krokoviaan A, B en C op verschillende momenten uit het labyrint komen. Krokoviaan A heeft alle uithoeken van het labyrint bezocht, tekende een kaart en liep uiteindelijk naar de uitgang. Krokoviaan B (zonder kaart) komt veel eerder bij de ingang dan krokoviaan A en krokoviaan C. Krokoviaan C (ook zonder kaart) komt later dan B, maar ook eerder dan A. B heeft gewonnen. Maar hoe deed die krokoviaan B dat. Ik denk dat hij of zij toevallig wat eerder aankwam dan krokoviaan C, die er toevallig wat langer over deed omdat hij of zij vastzat in een doodlopend gedeelte van het labyrint. Krokoviaan A bezocht al tekenend alle uithoeken van het labyrint en verloor daardoor veel tijd, maar stevende, zeker van zijn zaak, uiteindelijk recht op de uitgang af. Krokoviaan B krijgt natuurlijk een aai over zijn bolletje.

    Volgens Wagner is het logisch dat krokoviaan A moest verliezen, want al dat tekenen kost veel tijd. Dus, zegt hij, de beste oplossing is die van B en C. Hij noemt dit systeem ‘random walk’ en de winnaar is de ‘fittest’. Hij noemt het spelletje ‘Arrival of the fittest’.

    Het gekke is dat het lijkt of ik dat spelletje al ken. Het heette vroeger ‘survival of the fittest’. Het was een veel wreder spelletje want de krokovianen aten elkaar op en ze werkten niet met tekeningen. Laten we zeggen dat het nieuwe spelletje een geciviliseerde vorm is van het oude. Veel intelligenter en zonder kannibalisme, maar uiteindelijk is het hetzelfde spel. Aan de basis van dit oudere spel staat random mutation, niet random walk, maar het principe blijft hetzelfde.

    • Arno Wouters februari 17, 2015 om 23:19

      Marleen, ik ben zeer gecharmeerd van je idee om in onze gezamenlijke inspaning om de klepel van Wagner te vinden zijn bibiliotheken te vervangen door een labyrint met krokovianen. Ik doe mee!

      De random walk is volgens mij in geen spelletje dat krokovianen spelen. Het is een spelletje dat Andreas Wagner en zijn medewerkers spelen. Dat spelletje geeft hen inzicht in het labyrint waarin krokovianen leven en daardoor in het tempo waarin krokovianen uit het labyrint komen. Dit in tegenstelling tot mutatie en survival of the fittest. Dat zijn spelletjes die de krokovianen spelen.

      Uitgebreider:

      1) De spelletjes die evolutiebiologen spelen (zoals het uitvoeren van een random walk, maken van een kaart en het uitvoeren van een random walk) moeten duidelijk onderscheiden worden van de spelletjes die de krokovianen spelen.

      2) De spelletjes die evolutiebiologen spelen mogen geen invloed hebben op de spelletjes die de krokovianen spelen. Er worden dus geen bolletjes geaaid (je weet toch dat krokovianen geen lieverdjes zijn? Ze hebben giftanden en bijten naar alles wat maar in de buurt komt!) en geen knikkers uitgedeeld.

      3) De krokovianen zijn niet op zoek naar de uitgang en hebben er geen kaart van. Ze komen er uit zonder er enige besef van te hebben dat ze in een labyrint zitten en dat er zoiets als een uitgang bestaat. Ze spelen hun spelletjes en na verloop van tijd staan ze soms buiten (natuurlijk hebben ze ook daar geen weet van). Het beest dat jij ‘A’ noemt is geen krokoviaan, maar een kabouter die zich als krokoviaan vermomd heeft. We laten haar dus verder buiten beschouwing. Het verhaal gaat tenslotte over krokovianen, niet over kabouters.

      4) De spelletjes die de krokovianen volgens Wagner en zijn medewerkers spelen zijn precies de spelletjes die de krokovianen volgens jou en Darwin spelen: random mutatie en survival of the fittest.

      5) De conclusies die Wagner en zijn medewerkers trekken uit de spelletjes die zij spelen gaan over de structuur van het labyrint (er blijken heel veel uitgangen te zijn!), niet over de spelletjes die de krokovianen spelen.

      5) Die structuur verklaart het tempo waarmee er krokovianen uit het labyrint komen, maar niet waarom krokoviaan B eerder bij de uitgang is dan krokoviaan C, noch waarom. B uit de uitgang links van jou opduikt en C uit die recht tegenover jou. Dat soort vragen laat Wagner aan jou en Darwin over!

      Hope this helps!

    • Arno Wouters februari 17, 2015 om 23:56

      “Aan de basis van dit oudere spel staat random mutation, niet random walk, maar het principe blijft hetzelfde.”

      Niet dus (zie boven)!

    • Arno Wouters februari 18, 2015 om 00:22

      En om het maar even helemaal uit te spellen:

      Marleen,

      (4) verklaart dat het lijkt alsof jij het spelletje al kent

      (5) laat zien dat Wagner desondanks iets nieuws in te brengen heeft

    • Arno Wouters februari 18, 2015 om 00:26

      Oh, en de tweede ‘5)’ moet natuurlijk ‘6)’ zijn :-

  133. Marleen februari 16, 2015 om 22:43

    jeroen, ik kan je niet goed volgen. Wat bedoel je?

  134. jeroenj februari 17, 2015 om 08:52

    @Marleen: sorry, ik leg niets uit, maar geef een te samengebalde lezing van waar Wagner mee bezig is.

  135. harry pinxteren februari 17, 2015 om 09:00

    ben nu weg
    marleen kom graag terug op dat oude spelletje van je- we hebben het er in onze recordreeks ook al uitvoerig over gehad trouwens.

    misschien dat ze hier nog iets aan de discussie hier toe voegen
    http://sandwalk.blogspot.ca/2015/02/the-null-htpothesis-of-darwinian.html

  136. pluri bara februari 17, 2015 om 15:01

    “De crux van het verhaal van Wagner is namelijk dat hij laat zien dat er veel oplossingen mogelijk zijn – zoveel dat er een hele hoop ‘vandaag de dag’ niet eens bestaan! Wagner laat m.a.w zien dat er zoveel redundantie in de zoekruimte van eiwitten en gennetwerken is dat ns kan randomiseren (random walk). Er zitten een hoop spelden in de hooiberg, je vindt en makkelijk eentje die genoeg prikt.”

    Precies zoals ik beschreef in TndO in 2009, het altijd actuele, maar door de Darwinitwits verguisde
    boek.

    Wagner’s evolutie (dwz reassortment van reeds aanwezige metabolismen) is verder niks dan het postuleren van een baranoom, waarbinnen recombinatie van reeds bestaande genetische programmas voor adaptatie en speciatie zorgen..

    IK had dit alles al bedacht tijdens mijn bio-studie-reis om de wereld (2001-20013) en destijds op diverse evo-crea fora bediscusieerd. Het is de enige logische oplossing voor evologische vraagstukken en problemen. In 2007 heb ik Gert Korthof gevraagd om mijn ideen af te schieten, maar dat kon hij niet. Shapiro en Wagner en ik trekken dezelfde conclusies uit dezelde waarnemingen.

    Er zijn heel wat mensen die zich bij mij zouden moeten verontschuldigen.
    PB

  137. Eelco van Kampen februari 17, 2015 om 15:19

    Hé ! Vooruitgang !

    pluri bara februari 9, 2015 om 09:33 :
    Voor mensen die willen weten hoe de biologie functioneert is er in het boek van Borger: Terug naar de oorsprong. Hij is bioloog.

    pluri bara februari 17, 2015 om 15:01 :
    Precies zoals ik beschreef in TndO in 2009.

    Van de derde naar de eerste persoon enkelvoud. Hij kent zichzelf weer !

  138. pluri bara februari 17, 2015 om 15:21

    “Het gekke is dat het lijkt of ik dat spelletje al ken. Het heette vroeger ‘survival of the fittest’. Het was een veel wreder spelletje want de krokovianen aten elkaar op en ze werkten niet met tekeningen.”

    Marleen, je hebt het niet gesnapt. Bij survival of the fittest zou er maar èèn krokoviaan uit het labyrinth komen. Selectie speelt echter geen rol van betekenis binnen de wereld van krokovianen. Ze komen alledrie uit jet labyrinth op verschillende manieren.

    De Schepper wil zijn planeet graag laten bewonen, niet door één survivor, maar door een hele reeks verschillende die alle mogelijke niches gaan bezetten door ze uit te rusten met in netwerken operende redundante programmas, recombinatie en adaptatiemechanismen (zoals transposons (lees nog eens mijn boek)).

    Zo ook bacterien/ microben (NB: Wagner’s achtergrond is evolutie van microorganismen). Ze recombineren programmas die als gegeven worden aangenomen (volgens Wagner zijn er ongeveer 500 metabolismen) en van daaruit kun je een vrijwel oneindig aantal soorten recombineren. Recombinatie van reeds bestaande metabolismen behoeft vrijwel geen selectie om een niche te bezetten, tenzij die niche natuurlijk al bezet is (selectie is immers verder niks dan reproductieverschil).

    In de wereld van Shapiro, Wagner en Borger is selectie een bijzaak. Selectie is de god van de Darwinsten en ze denken dat hij alles vermag. Dat dat niet zo is is wetenschappelijk bewezen feit met wiskundige onderbouwing.

    Voor wetenschappelijke redenen werd Darwin niet op een voetstuk geplaatst. Dat is nu wel duidelijk.

    pb

  139. pluri bara februari 17, 2015 om 15:27

    Ik wist wel dat deze tijd zou komen. In 2009 wist ik dat de evobiologie deze kant op zou gaan. De ergste Darwinisten, de Dawkins’s, de Dennet’s en DeJong’s, zijn namelijk met pensioen en daarmee komt er een einde aan de hegomonie van de Darwino’s.

    Een nieuwe lichting bio-informatologogen is klaar voor de nieuwe biologie.

    Lange leve de nieuwe biologie!

    PB

  140. pluri bara februari 17, 2015 om 15:47

    “Aan de basis van dit oudere spel staat random mutation, niet random walk, maar het principe blijft hetzelfde.”

    Ook dit heb je niet gesnapt, Marleen Aan de basis van dit spel staat recombinatie of reassortment van reeds bestaande biologische informatie (Wagners 500 metabolismen). Met de random walk bedoelt Wagner een random recombinatie van deze metabolismen. In mijn boek toonde/beargumenteerde ik dat het wellicht niet alleen maar random is. Transposable en transposed elements (TE; zie mijn boek) vergemakkelijken/versnellen zulke processen door recombinaties te faciliteren.

    Een random mutatie proces vernietigt juist deze informatie in het genoom.

  141. gerdien februari 17, 2015 om 15:49

    Wagner’s evolutie (dwz reassortment van reeds aanwezige metabolismen) is verder niks dan het postuleren van een baranoom, waarbinnen recombinatie van reeds bestaande genetische programmas voor adaptatie en speciatie zorgen.
    Het wordt tijd dat Pluri de boeken van Wagner leest. Begin maar met “The origins of evolutionary innovations”, van 2011.

  142. Eelco van Kampen februari 17, 2015 om 15:57

    Gerdien, da’s een duur boek …

    Maar dit is een goede samenvatting ervan: http://www.ieu.uzh.ch/wagner/papers/Wagner_TIGS_2011.pdf
    (volgens Wagner zelf: “Material in this review is a condensed version of a broad theory of innovation presented elsewhere [109].”)

  143. pluri bara februari 17, 2015 om 15:57

    Waar de boeken van Wagner, Shapiro en Borger op neer komen is dat selectie geen rol van betekenis speelt in het fenoom dat algemeen bekend staat als “evolutie”, en daarmee is dat fenoom niet Darwinistisch.

    Darwinisme is een mathematisch model dat met de biologie niet veel van doen heeft. Met de oorsprong van de biologie al helemaal niet en met soortenvorming ook niet.

    Dat is wat ik als moleculair bioloog al 10 jaar betoog en nu beginnen ook de evolutiebiologen het te betogen.

    Dat is voor mij een overwinning.

    Mijn boek is nog steeds superactueel. Het zou wat meer gelezen moeten worden.

    PB

  144. pluri bara februari 17, 2015 om 15:58

    Het wordt tijd dat Pluri de boeken van Wagner leest. Begin maar met “The origins of evolutionary innovations”, van 2011.

    2011? Ik schreef mijn werk reeds in 2009.
    PB

  145. gerdien februari 17, 2015 om 16:10

    Noch voor 2009 noch na 2009 heeft Pluri enige kennis genomen van wat er in evolutiebiologie omgaat. Dat wil hij ook niet. dan kun je niet met ‘baranomen’ op de proppen komen. Geschapen immers? Totaal anders dan Wagner en zelfs Shapiro zeggen.
    Nu mag Pluri raden: wie zei: “Both natural selection and self-organization are equally necessary in evolution.”
    Niet Pluri (die geen Engels schreef), maar ook ‘zelf-organisatie’ niet opnam in de woordenlijst van zijn boe.
    Pluri: vergeet je boek. Accepteer de flop.

  146. pluri bara februari 17, 2015 om 16:35

    “The history of life is a history of evolutionary innovations, qualitatively new phenotypic traits that endow their bearers with new, often game-changing abilities. We know many individual examples of innovations and their natural history, but we know little about the fundamental principles of phenotypic variability that permit new phenotypes to arise.”

    Dat zegt wagner. Een van de fundamentele innovaties in eukaryota zijn de kinesine-motoreiwitten:

    Als de info voor deze nanobotjes niet in al het genoom van een bacterie zit, wordt het ook nooit iets in een eukaryoot.

  147. leonardo februari 17, 2015 om 17:22

    Gerdien,

    “Niet Pluri [die] ‘zelf-organisatie’ niet opnam in de woordenlijst van zijn boe.”
    Of PB terecht of niet terecht self-organization heeft opgenomen in zijn boek, weet ik niet, het zal me verder een zorg zijn.
    NB ik vind het wel grappig dat je boe zegt tegen PB.

    Wagner zegt er o.a. dit van (er zijn meer voorbeelden, bij Wagner en bij anderen, maar het gaat hier nu over zijn boek) how the earth […] acquired a moon, oceans, and an atmosphere … Alsof de aarde naar de hardware store is gegaan en zichzelf een mooi maantje heeft uitgezocht en ook nog een zee.

    Ik kan daar niet mee uit de voeten. Het is een waardeoordeel, in dit geval een positief waardeoordeel, over wat zich allemaal heeft afgespeeld in de afgelopen aeonen. Het suggereert dus ook dat we daar een waardeoordeel over kunnen hebben.
    Ik waag dat te betwijfelen.

    Het is waar, wij kunnen niet meer zonder maan. Als er een paar maanden geen volle maan meer zou komen, zouden we maanzieker worden dan de man in het verhaal van Pirandello Male di luna.
    Maar dat betekent niet dat we er zonder maan niet geweest waren.
    Ik zou daar graag een bewijs van zien.

    Dus wat mij betreft had de aarde kunnen volstaan met het kopen van een atmosfeertje, of één oceaantje, naar de mode van de tijd – en als we dan nu hier hadden zitten bloggen, hadden we de afwezigheid van een maan niet als probleem onderkend.

  148. Arno Wouters februari 17, 2015 om 23:31

    Voor de liefhebbers van krokovianen die dit blog niet via RSS of een e-mail abonnement volgen: kijk even onder Marleens “In het labyrint” (februari 16, 2015 om 22:15) voor het commentaar van een ervaren stroper). Hij ziet uit naar jullie reacties (en natuurlijk met extra belangstelling naar die van Marleen!).

  149. nand braam februari 18, 2015 om 08:37

    @ Arno

    Je uitleg van 17 februari 23:19 is voor mij zeer herkenbaar. Ik ben geen bioloog en kan dat dan ook niet onder woorden brengen zoals jij dat doet. Ik ga jouw verhaal wel zorgvuldig bewaren (evenals dat van Marleen) in mijn opbergmappen. Zo’n verhaal over krokovianen in een labyrint maakt de probleemstelling voor buitenstaanders, zoals ik, toch meteen begrijpelijk zonder het risico snel te verdrinken in de details.

  150. gerdien februari 18, 2015 om 09:29

    “The history of life is a history of evolutionary innovations, qualitatively new phenotypic traits that endow their bearers with new, often game-changing abilities. We know many individual examples of innovations and their natural history, but we know little about the fundamental principles of phenotypic variability that permit new phenotypes to arise.”
    Precies: iets waar elke evolutiebioloog het mee eens zal wezen.

    Pluri kan het hiet net mee eens wezen, want hij gelooft in afzonderlijke creatie van baranomen en verwerpt evolutie.

    • Rob van der Vlugt februari 18, 2015 om 10:00

      Precies Gerdien. Ik moest aan hem denken toen ik gisteren onderstaand bericht las. Bij een zin als “By looking at closely related finches that have different beak shapes, the researchers were able to pinpoint the genes responsible for beak morphology.” oreert hij graag, tussen de verwijzingen naar zijn boek door, naar ‘uitwaaierende baranomen’.
      Op vragen over de volgende zin: “One of those genes, ALX1, is involved in the facial development of vertebrates, including fish and mammals. In humans, for example, loss of ALX1 leads to severe facial deformities.” volgt van zijn kant altijd een doodse stilte.
      Pluri ziet alleen verschillen, aan overeenkomsten heeft hij een broertje dood. Het is dan ook slechts in het land der blinden dat PB zich koning kan voelen.

      http://www.nature.com/news/darwin-s-iconic-finches-join-genome-club-1.16896?WT.mc_id=TWT_NatureNews

  151. leonardo februari 18, 2015 om 10:57

    Arno,

    Je hebt me vannacht behoorlijk bezig gehouden.
    Toen ik je bijdrage over de krokoviaantjes las moest ik me even realiseren dat je hoofdstiel toch filosofie is, en dat je vast bekend zult zijn met wat Shakespeare mij via Hamlet nu in de mond gelegd heeft: Horatio Wouters, there’s more between earth and heaven …

    Dus daar is Marleen, met haar krokovianen. Ik zou liegen als ik zeg dat ik het met eigen ogen heb waargenomen – tot eergisteren had ik nog nooit van krokoviaantjes gehoord – maar ik heb mijn binnenoog even op het vrolijke tafereeltje laten rusten. Marleen die daar op een bankje voor de ingang van een labyrint zit en kijkt wat haar krokoviaantjes er van bakken. Ik zie mezelf ook in dat labyrint en verrast worden door die wezentjes. En terwijl ik zo uit het labyrint tevoorschijn kom zie ik Marleen weglopen, aan iedere hand een krokoviaan, en de krokoviaan die ze geknuffeld heeft is op haar schouder gesprongen.

    Ik zei, nooit van gehoord, Maar Marleen weet er zoveel van af dat ze dit beeld bij mij heeft kunnen oproepen. Ze is in ieder geval de enige van ons die er iets vanaf weet.

    En dan kom jij. Weet er ook niks van af. Dat durf ik zeggen want dat is wat me vannacht heeft bezig gehouden, terwijl jij sliep. Ik heb je site bezocht en je publicaties en documenten doorgeploegd. Niets, maar dan ook helemaal niets over krokovianen. En vertel me niet dat jij daar niet in verwondering over geschreven zou hebben, als je ze evenals Marleen ontmoet zou hebben, want zo’n kansje laat geen wetenschapper aan zijn neus voorbij gaan.

    En wat doe je. Je suggereert niet alleen dat Marleen er niks van begrepen heeft, nee, sterker, je deelt ons klip en klaar mee dat jij de beestjes begrijpt, hun doen en laten kent en weet hoe ze reageren.
    Een design explanation van iets voordat je het zelfs maar gezien hebt. (A)

    Daar komt iets bij.
    We zijn nu inmiddels aan een tweede ronde bezig over Wagner. En na zo’ 750 comments (bij elkaar opgeteld) wordt er hier en daar verzucht: we zijn er bijna. Maar ook wel: we zijn er nog lang niet. En inmiddels heeft iemand van ons, Rob, besloten om het boek nog maar eens helemaal opnieuw te lezen.
    Maar in diezelfde, bovengenoemde reactie geef je ook aan precies te weten wat Wagner doet, inclusief zijn medewerkers, en hoe dat groepje de laatste jaren met elkaar is opgetrokken. Zelfs dat ze met krokoviaantjes bezig zijn geweest.(B)

    Het mag eigenlijk niet – maar er mag zoveel niet, zoals je mededebaters toeroepen “onzin” – dus ik doe het lekker toch: uit B leid ik af dat ik des te meer recht van spreken heb om A aan de orde te stellen.

    En omgekeerd.
    Beh … dat is een cirkelredenering.
    Nou ja, om maar eens met een heel andere psalmist, Randy Newman, te spreken:
    here we are
    lost in the wind
    round in circles sailing

    All of us, Arno, pazienza.
    All of us.

  152. Marleen februari 18, 2015 om 10:58

    Arno,

    Erg leuk dat we dit spelletje even spelen, dank voor de analyse en voor het meedoen.

    Wagner constateert volgens jou dat er in het labyrint vele uitgangen zijn. Vele uitgangen betekent dat de krokovianen makkelijker naar buiten komen waardoor het minder lang duurt voordat we ze zien. Is dat wat ik moet begrijpen?

    Wat mij verbaasde aan Wagners afschildering van het probleem, is dat hij een hyperastronomisch labyrint afschildert, door alle hoeken en doodlopende straatjes mee te rekenen. Hij stelt dat daar eiwitten uit tevoorschijn komen in relatief korte tijd. Nu zegt hij, hoe is het toch mogelijk dat precies deze eiwitten zo snel naar de uitgang gekomen zijn, want, zegt hij, er zijn tenslotte enorm veel straatjes en zijstraatjes, en maar één uitgang.

    Nu bestaat er volgens mij en misschien ook wel volgens Darwin, in het labyrint een mechanisme. Er zitten schuifdeuren in. Wanneer een krokoviaan een doodlopend straatje ingelopen is, en dus weer terug moet, gaat daar een schuifdeurtje achter zijn rug dicht wanneer hij dat straatje bezocht heeft. Dat zijstraatje zullen de krokovianen dus nooit meer nemen. Nu zegt Wagner dat dat mechanisme inderdaad bestaat, maar dat het niet genoeg is om de snelheid waarmee de juiste eiwitten zich vormen mee te verklaren.

    Waar ik mij aan stoorde was dat Wagner alle uithoeken van het labyrint in beschouwing neemt, en rekent ons voor hoe onwaarschijnlijk het is dat precies dat eiwit eruit komt. Het is alsof ik de krokovianen zonder schuifdeuren door het labyrint laat lopen, en me vervolgens moet verbazen dat de krokovianen al buiten staan, terwijl het heel lang had moeten duren zo zonder schuifdeuren. Tja, dat is toch logisch! Hij weet dondersgoed dat er schuifdeuren zijn, maar toch stelt hij ons het labyrint zonder schuifdeuren voor. Hij zegt vervolgens dat deze vernuftige schuifdeuren wel bestaan, maar dat het niet genoeg is om de snelheid waarmee de eiwitten ontstaan te verklaren. Dit wordt zomaar beweerd, maar niet onderbouwd.

    Omdat de krokovianen in mijn experiment dit hele grote labyrint door moeten, worden ze als kleuters daar ingezet. Deze jonge krokovianen die bij de ingang aan hun tocht beginnen, hebben relatief weinig zijstraatjes, deze worden er steeds meer, naarmate de tijd verstrijkt en de krokovianen groeien. Naarmate ze groeien en de straatjes in aantal toenemen, nemen ze zo af en toe een doodlopende, maar die wordt daarna door de schuifdeuren gedicht. Het labyrint krijgt dus, als gevolg van het feit dat de krokovianen er doorheen gaan, de vorm van een boom. Het is daarom niet nodig alle uithoeken van het labyrint te bezoeken en/of er een kaart van te maken alvorens de uitgang te vinden. Volgens mij is dat genoeg om te verklaren waarom ze zo snel naar buiten komen.

    Dat Wagner aantoont dat er meerdere uitgangen zijn en dat daardoor evolutie sneller gaat heb ik gemist, maar het is goed mogelijk dat hij dat inderdaad aantoont.

  153. Arno Wouters februari 18, 2015 om 12:55

    Dank voor je reactie Marleen,

    Wagner constateert volgens jou dat er in het labyrint vele uitgangen zijn. Vele uitgangen betekent dat de krokovianen makkelijker naar buiten komen waardoor het minder lang duurt voordat we ze zien. Is dat wat ik moet begrijpen?

    Ja. Ik had de metafoor op dit punt overigens nog niet helemaal uitgespeld: hij constateert ook dat er veel wegen naar die uitgangen zijn en weinig doodlopende paadjes. Dat alles zorgt ervoor dat ze er sneller uitkomen.

    Wat mij verbaasde aan Wagners afschildering van het probleem, is dat hij een hyperastronomisch labyrint afschildert, door alle hoeken en doodlopende straatjes mee te rekenen. Hij stelt dat daar eiwitten uit tevoorschijn komen in relatief korte tijd. Nu zegt hij, hoe is het toch mogelijk dat precies deze eiwitten zo snel naar de uitgang gekomen zijn, want, zegt hij, er zijn tenslotte enorm veel straatjes en zijstraatjes, en maar één uitgang.

    Dat laatste (“er zijn tenslotte enorm veel straatjes en zijstraatjes, en maar één uitgang.”) zegt hij niet. Hij zegt: als er veel straatjes en zijstraatjes zouden zijn en maar één uitgang dan is het onwaarschijnlijk dat de eiwitten er uit komen in het tempo waarin ze er uitkomen. Laten we daarom eens gaan onderzoeken hoe het labyrinth in elkaar zit.

    Dat Wagner aantoont dat er meerdere uitgangen zijn en dat daardoor evolutie sneller gaat heb ik gemist, maar het is goed mogelijk dat hij dat inderdaad aantoont.

    Dan heb je dus de crux van zijn onderzoek gemist. Geen wonder dat je denkt dat ie niet nieuws zegt!

    Hij zegt vervolgens dat deze vernuftige schuifdeuren wel bestaan, maar dat het niet genoeg is om de snelheid waarmee de eiwitten ontstaan te verklaren. Dit wordt zomaar beweerd, maar niet onderbouwd.

    Ik denk niet dat die schuifdeuren een goede manier zijn om selectie te representeren. Selectie is immers een van de spelletjes van de krokovianen, niet een eigenschap van het labyrint.

    Om een of andere reden lijk jij te denken dat Wagner zijn aanpak tegenover selectie zet. Ik zie dat niet. Hij heeft het nauwelijks over selectie.

    Vandaar mijn punt 4:

    4) De spelletjes die de krokovianen volgens Wagner en zijn medewerkers spelen zijn precies de spelletjes die de krokovianen volgens jou en Darwin spelen: random mutatie en survival of the fittest.

    Vandaar mijn vraag: waar zegt Wagner volgens jou dat selectie de snelheid waarmee de eiwitten ontstaan niet kan verklaren?

    Het is daarom niet nodig alle uithoeken van het labyrint te bezoeken en/of er een kaart van te maken alvorens de uitgang te vinden

    Inderdaad de krokovianen zonder kaart door de uitgang, daar zijn we het over eens. Zie mijn punt 3):

    3) De krokovianen zijn niet op zoek naar de uitgang en hebben er geen kaart van. Ze komen er uit zonder er enige besef van te hebben dat ze in een labyrint zitten en dat er zoiets als een uitgang bestaat. Ze spelen hun spelletjes en na verloop van tijd staan ze soms buiten (natuurlijk hebben ze ook daar geen weet van).

    De vraag is dan ook niet ‘hebben de krokovianen een kaart?’ en ook niet ‘zouden de krokovianen wat aan een kaart hebben?’ maar ‘hoe kan het dat de krokovianen er zonder kaart uitkomen in het tempo waarin ze er uit komen?’

    Een antwoord is: het proces wordt versneld door selectie.

    Een ander antwoord is: het is helemaal niet zo moeilijk om uit het labyrint te komen.

    Beide antwoorden sluiten elkaar niet uit.

    Zoals ik net al zei jij lijkt te denken dat Wagner antwoord 1 bestrijdt. Maar ik zie nergens dat hij dat doet.

    In feite is dat een van de problemen die ik met het boek heb: dat het nergens duidelijk wordt hoe die twee (selectie en genotype-netwerken) zich verhouden.

  154. Arno Wouters februari 18, 2015 om 12:57

    Nu zegt Wagner dat dat mechanisme inderdaad bestaat, maar dat het niet genoeg is om de snelheid waarmee de juiste eiwitten zich vormen mee te verklaren.

    Let op: Wagner heeft het niet over de juiste eiwitten. Het gaat hem om de snelheid waarmee nieuwe eiwitten zich vormen. Een essentieel verschil. Het eerste is cryptocreationistisch, het tweede niet.

    • Arno Wouters februari 18, 2015 om 13:14

      Zie mijn punt 6:

      6) Die structuur verklaart het tempo waarmee er krokovianen uit het labyrint komen, maar niet waarom krokoviaan B eerder bij de uitgang is dan krokoviaan C, noch waarom. B uit de uitgang links van jou opduikt en C uit die recht tegenover jou. Dat soort vragen laat Wagner aan jou en Darwin over!

  155. jeroenj februari 18, 2015 om 13:29

    De metaforen worden er niet helderder op. Wat is een Krokoviaan (Wagners “lezer”? Waarom een nieuwe metafoor?) Wat is het labyrint? (Een genotype-netwerk, binnen de biep? Waarom een nieuwe metafoor?) Wat is “uit het labyrint komen”? (Innoveren? Waarom een nieuwe metafoor?)

    Waarom is het erg als er deuren achter je dicht zouden gaan als er zo 4999 nieuwe voor je neus staan waarvan er vele open zijn? Als er deuren, al zwalkend, open en dichtgaan, mag je het netwerk waarop gezwalkt mag wordt dan nog wel een genotype netwerk noemen?; je regels voor viabilty veranderen dan immers voortdurend (wat weliswaar een reeële eis kan zijn aan je model, of interessant onderzoek oproepen).

    Ik zie nieuwe mist opdoemen, waar ik omheen ga navigeren.

  156. Arno Wouters februari 18, 2015 om 13:31

    Leonardo, inderdaad sla ik regelmatig een toon aan alsof ik de wijsheid in pacht heb. Dat zit me niet lekker, maar ik weet niet zo goed hoe ik dat kan vermijden zonder omslachtig of doodsaai te worden.

    ‘k Kan me natuurlijk vergissen maar ik zelf vind het nogal irritant als mensen continu disclaimers toevoegen aan wat ze beweren zetten, maar dat is mijn gevoel maar en anderen zouden wel eens andere gevoelens kunnen hebben. Het lijkt dan voor mij net alsof ze niet helemaal achter hun mening staan, maar dat is ook maar mijn mening maar hoor. Jij zou daar best anders over kunnen denken. Maar misschien denk je er wel net zo over. Dat zou ook kunnen. Toch? Misschien ook wel niet, hoor.

    • leonardo februari 18, 2015 om 15:02

      Arno, please.
      Denk niet dat ik je toespreek, of wil corrigeren.
      Het zij verre van mij.
      En je hebt gelijk met die disclaimers.
      Ik heb juist plezier beleefd aan je wijze van reageren op Marleen haar krokovianen.
      Dus ik heb naar een passende reactie gezocht … en geschreven wat ik geschreven heb.

    • Arno Wouters februari 18, 2015 om 18:59

      Dank je Leonardo! Je antwoord doet me goed. Blij dat je plezier beleeft hebt aan mijn reactie op Marleens krokovianen! Ik vond het het een leuk idee en was blij dat ze zo toch een poging deed haar worsteling met Wagner duidelijk te maken. Vandaar dat ik er zo uitgebreid op inging. Ik kan nu wel zien dat je naar een passende reactie gezocht hebt en voel me vereerd!

    • Arno Wouters februari 18, 2015 om 19:02

      En als je tips hebt voor het verbeteren van mijn toon dan zou ik daar zeer blij mee zijn! Liever per e-mail dan zo hier in het openbaar overigens. Je hebt mijn adres.

  157. Marleen februari 18, 2015 om 13:51

    Arno,

    Wagner over de juiste eiwitten:

    The number of potential proteins is not merely astronomical, it
    is hyperastronomical, much greater than the number of hydrogen atoms in the universe.11 To find a specific sequence like that is not just less likely than winning the jackpot in the lottery, it is less
    likely than winning a jackpot every year since the Big Bang . In fact, it’s countless billions of times less likely. If a trillion different organisms had tried an amino acid string every second since
    life began, they might have tried a tiny fraction of the 10130 potential ones. They would never have found the one opsin string. There are a lot of different ways to arrange molecules. And not nearly
    enough time.

    (p. 7-8 PDF)

    Wagner over natuurlijke selectie:

    The power of natural selection is beyond dispute, but this power has limits. Natural selection
    can preserve innovations, but it cannot create them. And calling the change that creates them
    random is just another way of admitting our ignorance about it. Nature’s many innovations—some
    uncannily perfect—call for natural principles that accelerate life’s ability to innovate, its
    innovability.

    (p. 8 PDF)

    Geen commentaar, behalve dan dat iemand die zo schrijft vertrouw ik niet helemaal. Sterker nog, die geloof ik niet.

    • Arno Wouters februari 18, 2015 om 16:05

      Dank je Marleen, voor het beantwoorden van 2 van mijn vragen. Het maakt veel duidelijk. Jeroen heeft je al geantwoord, wat hij zegt zou ik ook gezegd zou hebben. Ik heb nog wel een aanvulling die ga ik nu schrijven en voeg hem dan toe aan het eind van de draad.

    • gerdien februari 18, 2015 om 17:37

      <iThe power of natural selection is beyond dispute, but this power has limits. Natural selection
      can preserve innovations, but it cannot create them
      Hier is iedereen het over eens, nooit anders geweest.

      And calling the change that creates them random is just another way of admitting our ignorance about it.
      Als Andreas Wagner dit hard wil maken moet hij de juiste experimenten citeren. Die zijn er niet. Waarbij ik aanneem dat Wagner weet dat ‘random’ betekent ongericht, zonder op adaptatie gericht te zijn. Het zou toch wel erg dom zijn als hij ‘random’ als ‘volgens een toevalsverdeling’ of iets dergelijks liet betekenen.

      Nature’s many innovations—some uncannily perfect—call for natural principles that accelerate life’s ability to innovate, its innovability.
      Dit lijkt me een slag in de lucht want niemand weet iets met enige zinnigheid te zeggen over de snelheid waarmee innovaties optreden.

  158. jeroenj februari 18, 2015 om 14:40

    De bovenste quote is Wagners representatie van het misconcept dat je de verzameling mogelijkheden moet bezien als een soort knikkerzak waar het leven complexe eiwitten één voor één uit kan trekken om er de eigenschappen van te testen.

    Voor de tweede quote ben ik héél benieuwd wat je er niet aan bevalt.

  159. leonardo februari 18, 2015 om 15:37

    Gerdien,

    Principle of self organization, dus.
    Je gaat niet in op de suggestie dat je iets anders zou kunnen kijken naar self organization. Dat hoeft ook niet, maar bij gebrek aan echo zal ik het beeld maar scherpstellen.

    Ik kan helemaal niks met dat concept. Daar zijn wel meer redenen voor maar de belangrijkste is deze. De suggestie ligt er in besloten dat de wetenschap, dat wetenschappers, dat Wagner, dat jij, Gerdien de Jong, een waardeoordeel kunt afgeven over de dynamiek die in deine Vorjenseitszeit heeft plaats gevonden. Het was morgen geweest en avond geweest, de achtste dag, en G. zag dat het goed was. GdJ wel te verstaan.

    Ik zou nu kunnen verwijzen naar iets dat we niet voor niks het aardse tranendal noemen. Of naar: wie lacht niet wie de mens beziet. Maar ik geloof niet dat ik die clichés van stal moet halen. Ik heb immers jouw trouwe strijdmakker Gert Korthof in dezen naast mij staan, die de “evolutie” verweet tijd te verliezen met al die mass extinctions.
    En zo is het toch. Als we die kraterinslag in Yucatan enigszins mogen kwalificeren in onze nederigheid, dan is het toch wel dat de universele dynamiek er op dat moment een rotzooitje van gemaakt heeft – en ik zou niet durven beweren dat dat allemaal een hoger doel diende, als ik kijk naar wat er uit Noord Amerika over de wereld wordt uitgestort, van drugs tot drones, heden ten dage.

    Dus als de natuur daar al iets aan self organization deed dan is het dat dankzij dat soort hevig natuurgeweld het geloof in een God in onze genen stevig verankerd is.

    Als de cosmologist community gelijk heeft – ik weet niet hoe representatief Bullock is – dat dark energy de big wrestling match met dark matter zal winnen en dat het dan afgelopen is – wel, ik denk niet dat degene die dat meemaakt zal zeggen dat de natuur weer prima bezig is.

    En als er een big bang is geweest, dan heeft de dynamiek daaraan voorafgaand dus voor zodanige inklontering gezorgd, dat de boel wel uit elkaar moest spatten. Ik neem aan dat de soort die zich toentertijd uniek waande in het universum dat niet beschouwd heeft als de boel netjes achterlaten.

    Dus nee, ik kan self organization niet anders dan als een misconcept zien. En daarmee heb je, onbedoeld denk ik, Peter Borger en zijn boek Terug naar de oorsprong een prachtig pluspunt gegeven, het enige pluspunt misschien wel dat het heeft: dat ie zijn mond houdt over self organization.
    Een compliment van een gevestigde, erkende en zeer gerespecteerde autoriteit.

  160. Marleen februari 18, 2015 om 15:49

    Jeroen,

    Arno stelde het volgende, naar aanleiding van mijn laatste reactie hierboven:

    Wagner heeft het niet over de juiste eiwitten. Het gaat hem om de snelheid waarmee nieuwe eiwitten zich vormen. Een essentieel verschil. Het eerste is cryptocreationistisch, het tweede niet.

    Lees dan eens goed wat Wagner in het eerste citaat schrijft. Lees eventueel de context ook. Hij bekijkt opsine vanuit het heden om te zeggen hoe onwaarschijnlijk het is dat een dergelijke proteïne zich vormt. Je kunt de zaak niet bekijken vanuit het eindproduct, je moet kijken naar hoe het begonnen is, de eerste moleculen. Selectie zorgt er voor dat er uiteindelijk ontstaat wat wij nu aantreffen. Daar is niets onwaarschijnlijks aan. Dat is de reden dat ik crypto-creationisme riep. De term komt van leonardo.

    In het tweede citaat zegt Wagner dat natuurlijke selectie niet genoeg is om het leven te vormen zoals we dat nu kennen in die korte tijd. Daar moet iets anders aan ten grondslag liggen. Namelijk innovatie. Dit wordt niet onderbouwd.

    Dan innovatie zelf. Het is wat mij betreft een overbodige term. Wagner stelt zelf dat de term erg lastig te definiëren is in de review die Eelco linkte.
    In The arrival of the fittest zegt hij:

    Nature’s many innovations—some uncannily perfect—call for natural principles that accelerate life’s ability to innovate, its innovability.

    Het is voor mij een loze term. Wagner draait rondjes. Nature’s innovations….call for natural principles that accelerate life’s ability to innovate, its innovability.

  161. jeroenj februari 18, 2015 om 16:11

    Marleen, je zegt: “Selectie zorgt er voor dat er uiteindelijk ontstaat wat wij nu aantreffen”. Daar ben ik je kwijt. Selectie selecteert in wat er is, maar het laat niets nieuws ontstaan.

  162. Marleen februari 18, 2015 om 16:14

    Dat ben ik met je eens, maar gewone ouderwetse random mutatie zorgt wel degelijk voor heel wat nieuws.

    • Arno Wouters februari 18, 2015 om 18:19

      Klopt. Wagner zal het geheel met je eens zijn.

      Zoals gezegd: Wagner heeft het volgens mij over de condities waarin mutatie en selectie zich afspelen, hij pretendeert geen alternatief voor mutatie en selectie te bieden, maar een aanvulling daarop. Zie mijn punt (4):

      4) De spelletjes die de krokovianen volgens Wagner en zijn medewerkers spelen zijn precies de spelletjes die de krokovianen volgens jou en Darwin spelen: random mutatie en survival of the fittest.

      Random walk is een onderzoeksmethode, geen alternatief voor mutatie en selectie. Zie punt (1):

      1) De spelletjes die evolutiebiologen spelen (zoals het maken van een kaart en het uitvoeren van een random walk) moeten duidelijk onderscheiden worden van de spelletjes die de krokovianen spelen.

      Ben je dit met mijn eens Marleen? Zo nee, hoe denk jij dat Wagner het ziet? En waar lees je dat?

  163. pluri bara februari 18, 2015 om 16:34

    “Dus nee, ik kan self organization niet anders dan als een misconcept zien. En daarmee heb je, onbedoeld denk ik, Peter Borger en zijn boek Terug naar de oorsprong een prachtig pluspunt gegeven, het enige pluspunt misschien wel dat het heeft: dat ie zijn mond houdt over self organization.
    Een compliment van een gevestigde, erkende en zeer gerespecteerde autoriteit.”

    Daar heb ik dus mijn mond ook niet over gehouden. Ik schreef er een artikel over voor de Weet.

    Zelf.-organisatie is het nieuwe toverwoord van de naturalisten. in de biologie is zelforganisatie voorgeprogrammeerd in het DNA. Het is geprogrammeerde zelf-organisatie. Er bestaat bijna geen beter argument voor ID.

    Alleen gevestigede, niet-beter-geinformeerde Neo-Darwinisten zullen dat ontkennen.
    PB

    • Eelco van Kampen februari 18, 2015 om 16:41

      De eerste paar regels van m’n eerder gegeven link:

      “Self-organization is a process where some form of overall order or coordination arises out of the local interactions between the components of an initially disordered system. This process is spontaneous: it is not necessarily directed or controlled by any agent or subsystem inside or outside of the system. It is often triggered by random fluctuations that are amplified by positive feedback.”

  164. jeroenj februari 18, 2015 om 16:57

    Nu komt Wagner die voorrekent hoe door robuustheid het “genotype” stapje voor stapje enorm kan uitwaaieren zonder een ander “fenotype” (vatbaar voor negatieve selectie) op te leveren. Selectie werkt op fenotype niveau, dus die krijgt daar niks van mee. Wat er wel gebeurt is dat de kansen enorm vergroot worden om ergens ooit met één veranderstapje een nieuw fenotype te bewerkstelligen dat vatbaar is voor pósitieve selectie. Ik vind dat wel overtuigend en gaaf dat hij er aan rekent en rommelt. Jij bent daar blijkbaar minder van onder de indruk, of snapte het al zonder je een “space” of bibliotheek voor te stellen waar die éénstapsveranderingen allemaal hun plaats in hebben.

    Robuustheid en neutrale mutaties worden nog wel eens van stal gehaald om ónwaarschijnlijkheid van “progressieve” evolutionaire verandering te ondersteunen. Wagner veegt daar in mijn ogen in elk geval mooi de vloer mee aan.

    • Arno Wouters februari 18, 2015 om 18:40

      Jeroen, ik had dit nog niet gelezen toen ik mijn bijdrage van februari 18, 2015 om 17:54 plaatste maar jij zegt het hier duidelijker dan ik daar doe. Dank!

  165. Arno Wouters februari 18, 2015 om 17:54

    Ik kan het eerste citaat in de context van wat Wagner verder in het boek zegt (bedenk dat het citaat uit de proloog van een populair-wetenschappelijk boek komt – niet uit de inleiding van een wetenschappelijk artikel) niet anders zien dan als een onhandige (je mag van mij ook ‘mislukte’ zeggen) poging om “het misconcept dat je de verzameling mogelijkheden moet bezien als een soort knikkerzak waar het leven complexe eiwitten één voor één uit kan trekken om er de eigenschappen van te testen” duidelijk te maken.

    Het gaat Wagner immers om algemene principes en zijn conclusies betreffen zoals ik eerder zij afstanden tussen willekeurige genotypen in een genotype-netwerk, niet specifieke uitkomsten.

    Twee alinea’s na het citaat over de eiwitten lezen we:

    our goal is not to discover individual innovations, but to find the wellsprings of all biological innovations [p. 5, nadruk van mij]

    Laten we bijvoorbeeld eens kijken naar hoofdstuk 4 – het hoofdstuk over eiwitten. Hier zegt Wagner op het eind heel duidelijk:

    Science can explain general principles of innovation even if it cannot predict any individual innovation [p. 135, nadruk van Wagner]

    Maar veel interessanter zijn de twee experimenten van zijn medewerker Eric Hayden waarover Wagner op p. 132–134 rapporteert.

    Het gaat om een laboratoriumexperiment met een ribozyme, een eiwit van ongeveer 200 aminozuren dat bepaalde RNA moleculen in tweeën kan knippen.

    Experiment 1:

    Hayden begint met één ribozyme (ik noem hem even ‘jopi’) dat instaat is een bepaald RNA molecuul (dat ik voor het gemak ‘joepi’ zal noemen) in tweeën te knippen. Hayden maakt aanvankelijk meer dan een miljard identieke kopieën van dit enzym (de uitgangspopulatie).

    Vervolgens maakt hij van ieder molecuul in de uitgangspopulatie een kopie op een manier die met opzet niet helemaal secuur is: in een deel van de kopieën is precies één aminozuur vervangen door een ander aminozuur of helemaal weggelaten. De zo verkregen populatie vormt de eerste generatie.

    Uit deze eerste generatie selecteert Hayden de ribozymen die in staat zijn joepi in tweeën te knippen. Met deze slectie herhaald hij het enigszins onnauwkeurige kopieerproces en selecteert de ribozymen die nog steeds in staat zijn joepi te splijten. En zo voorts, 10 generaties lang.

    De aminozuurvolgorde van de tiende generatie blijkt in gemiddeld vijf en maximaal tien aminozuren te verschillen van de aminozurenvolgorde van jopi,

    Dit experiment toont volgens Wagner aan dat er een verzameling van van elkaar verschillende aminozuur-volgorden (genotypen) bestaat van ribozymen die (1) joepi splijten, en (2) geordend kunnen worden in een netwerk volgens de relatie ‘een mutatie verschil’. Met andere woorden dat er een genotype-netwerk van ribozymen die joepi splijten bestaat.

    Hoor ik daar ‘we wisten al van het bestaan van genotype-netwerken roepen’? Even geduld alstublieft! Het nieuwe komt zo.

    Experiment 2:

    Een overeenkomstig experiment wordt nu uitgevoerd met 2 uitgangspopulaties, met als belangrijkste verschil dat er nu geselecteerd wordt op binding met een RNA molecuul (soepi) dat Hayden speciaal voor dit experiment gecreëerd heeft en niet in de natuur voorkomt.

    Jopi kan soepi in tweeën splijten maar heeft daar heel veel moeite mee.

    De ene uitgangspopulatie bestaat uit een miljard kopieën van jopi, de andere uitgangspopulatie is gelijk aan de tiende generatie van het vorige experiment.

    In elke ronde worden de moleculen die de minste moeite hebben om soepi te splijten geselecteerd.

    De vraag is nu in welk van de twee lineages ontstaat het eerst een ribozyme dat soepi net zo goed splijt als jopi joepi splijt.

    Het blijkt dat de tweede populatie 8x zo snel is als de eerste.

    Wagner ziet dit als experimentele ondersteuning dat het genotype-netwerk het evolutieproces versnelt.

    Bekijkt Wagner hier het verleden vanuit het heden? Geenszins! Hij laat zien (of liever: hij beweert te laten zien) dat met een genotype netwerk zich vanuit het heden sneller een innovatie kan ontwikkelen dan zonder zo’n netwerk.

    Ik heb er mijn twijfels over of hij dat werkelijk laat zien, maar daar hebben we het hier niet over. Hier gaat het over de vraag of het hem om de juiste eiwitten of nieuwe eiwitten gaat.

  166. Arno Wouters februari 18, 2015 om 18:11

    Ook dit is een reactie op Marleen februari 18, 2015 om 15:49, alles wat er sindsdien geplaatst is heb ik nog niet gezien en nog niet gelezen.

    In het tweede citaat zegt Wagner dat natuurlijke selectie niet genoeg is om het leven te vormen zoals we dat nu kennen in die korte tijd. Daar moet iets anders aan ten grondslag liggen. Namelijk innovatie.

    Ik zie niet dat Wagner in het tweede citaat zegt dat selectie niet genoeg is om het leven te vormen zoals we dat nu kennen, laat staan dat hij zou zeggen dat innovatie en niet selectie aan het tempo van evolutie ten grondslag ligt.

    Hij zegt “Natural selection can preserve innovations, but it cannot create them.” ofwel: om innovatie te begrijpen moeten we niet alleen naar selectie kijken.

    Uit de rest van het boek blijkt dat innovatie volgens Wagner het resultaat is van mutatie en selectie in genotype-netwerken.

    • Arno Wouters februari 18, 2015 om 18:25

      Om het anders te zeggen: innovatie is het te verklaren verschijnsel, niet een verklaring. De verklaring ligt in de combinatie van mutatie, selectie en genotype-netwerken,

  167. leonardo februari 18, 2015 om 20:26

    Jeroen,
    Als jij tegen je partner zegt dat zij/hij heel goed is in het uit zich zelf organiseren van de huishouding – is dat een waardeoordeel of is dat iets anders?

    Eelco,
    Als iets gebeurt wat er gebeurt wordt er niet georganiseerd, dan gaan de dingen zoals ze gaan.

    Gerdien,
    Allereerst, ik had het effect voorzien dat meervoudige baard (Pluri Barba) er met mijn opmerking vandoor zou gaan. Het spijt me, maar that’s all in the game.

    Patroonvorming is iets anders dan zelf-organisatie. Zelf-organisatie veronderstelt een bezig zijn, een overwegen en keuze maken.

    Eelco, Gerdien, Jeroen,
    Graag zou ik dit via de Socratische methode oplossen. Helaas, we kunnen niet chatten op Marleen’s blog.
    Dus ik breng twee argumenten, die ik liever volgtijdiglijk gebracht had in één comment.

    Wagner stelt: the earth acquired a moon. Ofwel, het self organization principle wordt als kosmisch gezien.

    Begrijp ik nu goed dat jullie de kraterinslag in Yucatan, waarbij de dinosaurussen uitgeroeid werden, als self organizing principle zien?
    De tsunami van nu 10 jaar geleden heeft de natuur weer wat meer op orde gebracht?

    Order is created out of chaos?

    • gerdien februari 18, 2015 om 21:46

      Zelf-organisatie veronderstelt een bezig zijn, een overwegen en keuze maken.

      Eh, nee. Niet in de biologie of in de scheikunde. Zie door Eelco gegeven omschrijving.

      Wagner stelt: the earth acquired a moon. Ofwel, het self organization principle wordt als kosmisch gezien.
      Hier wordt geen actie van de aarde verondersteld. De vertaling is niet ‘de aarde zorgde ervoor dat er een maan kwam’ maar ‘de aarde kreeg een maan’, zonder iets over intentie of actie in de bewoordingen te impliceren.

    • leonardo februari 18, 2015 om 22:26

      Gerdien,
      zeg dan: er kwam toevallig een maan bij
      dat is duidelijke, niet verhullende taal

      ik zou niet weten waarom daar staat: the earth acquired a moon
      als dat een toevallige gebeurtenis is die net zo goed niet had kunnen plaats vinden

      dat assurantie-agents verhullende taal gebruiken is tot daar aan toe
      maar dat hoogleraren biologie dat doen …. een schande!
      weg die subsudie … lang leve de orkesten

  168. jeroenj februari 18, 2015 om 21:05

    Ah! Jij leest: Organiseren: zorgen dat dingen op rolletjes lopen. Ik lees: Organiseren: Een samenhangend geheel vormen.
    Sorry, niet zo filosofisch.

  169. leonardo februari 18, 2015 om 21:08

    Eelco,

    Het heeft niet zo veel zin om genuanceerd te zijn.
    Dus ik heb niet zoveel zin om genuanceerd te zijn.
    Jij speelt PB volkomen in de kaart.

    Prachtig citaat hoor, wat je daar laat zien.
    Is het mogelijk dat je iets van je eigen gedachten laat zien?
    Kun je aangeven wat the overall order, of, the coordination inhoudt?
    Wie, wat, waar?

    Kun je aangeven hoe de random fluctuations zich laten versterken door positive feedback?
    Waar komt die positive feedback vandaan? Is daar over vergaderd?

    Waar komen kankercellen vandaan?
    Principle of self organization?

  170. nand braam februari 18, 2015 om 21:45

    @ Leonardo

    Misschien heb je hier wat aan?

    VWO
    examenprogramma biologie
    vanaf 2016
    Domein C. Zelforganisatie

    http://www.bioplek.org/6ath/COCO%20eindtermen%20examen%20vwo%202016/6vwo_eindtermen_2016_domein_C.html

    • leonardo februari 18, 2015 om 22:18

      nee Nand,

      Daar heb ik niks aan.
      Maar misschien dat je je eigen gedachten kunt formuleren.
      Daar wil ik graag iets van leren.
      Heel graag!

  171. nand braam februari 18, 2015 om 22:27

    @ Leonardo

    Als je er niets aan hebt, ligt dat toch echt aan jou. Als de VWO-scholieren het straks maar begrijpen dat is belangrijker. Wat begrijp je er niet aan?

    • leonardo februari 18, 2015 om 22:42

      ik vroeg of je je eigen gedachten kunt formuleren Nand, dan weet ik wat je voelt en dan kan ik je antwoorden
      op standaards hoef ik niet te antwoorden
      die ken je al

  172. nand braam februari 18, 2015 om 22:57

    @ Leonardo

    Nee, leonardo, dat is niet de bedoeling. Dit is het officiële examen programma VWO, biologie, vanaf 2016. Daar ga ik niet mijn eigen interpretatie aangeven. Ik kijk wel uit. Zo’n programma wordt opgesteld door een zware landelijke commissie met daarin verschillende biologie-bobo’s. Daar ga ik, als niet-bioloog, niet eens even mijn eigen interpretatie aan geven.

    Ik denk dat jij dat vaak veel te snel doet (eigen interpretaties/speculaties), waardoor je verhalen op mij vaak overkomen als “elegante borrelpraat”, excusez le mot.

    • leonardo februari 18, 2015 om 23:45

      dat lijkt me een ijzersterk argument Nand
      “elegante borrelpraat”

      of het ad hominem is weet ik niet
      maar ’t is vast wel wat

      mag ik nu je eigen opvatting horen
      dan kan ik reageren

  173. Marleen februari 19, 2015 om 11:12

    Arno,

    Hartelijk dank voor je uitleg over de ribozymen in het experiment van Hayden. Je zou daar uit op kunnen maken dat jopi geen of weinig genotype-netwerken heeft en de 10de generatie daar meer van heeft. Dit is wat ik uit je uitleg distilleer. Je schrijft immers: “Het blijkt dat de tweede populatie 8x zo snel is als de eerste.” Kun je toelichten?

    Je schrijft: “Hij (Wagner) zegt: “Natural selection can preserve innovations, but it cannot create them.” ofwel: om innovatie te begrijpen moeten we niet alleen naar selectie kijken.”

    Er moet zeker ook naar mutatie gekeken worden. Maar dat ligt voor de hand en ik ontken dat natuurlijk niet. Dat mutaties, zowel nadelige, neutrale als voordelige, zich kunnen ophopen binnen de genotypische netwerken wisten we ook al. Zo ook dat ze daardoor eventueel van een fenotype naar een ander kunnen overstappen.

    Wat me ook niet duidelijk is, is dat er gesproken wordt van genotype-netwerken, terwijl de mutaties en de ‘stappen’ op niveau van het eiwit gezet worden in plaats van op de sequentie van DNA. Maar dat zou gewoon een kwestie van conventies kunnen zijn.

  174. leonardo februari 19, 2015 om 11:14

    Peter,

    Je schreef Er zijn heel wat mensen die zich bij mij zouden moeten verontschuldigen. En ik vroeg mij af: zou die mij ook bedoelen. Ik heb per slot het woord “gekleuter” in de mond genomen met betrekking tot jouw persoon.
    Maar nee, ik hoef me op je lijst niet thuis te voelen. Ik vind nu eenmaal dat je in een discussie niet met woorden als “geleuter” moet smijten. Zo ook niet met “onzin”.

    Overigens hoor ik jou liever “geleuter” roepen – dat is ten minste recht toe recht aan – dan dat er gezegd wordt “elegante borrelpraat” – alsof iemand je een vergiftigd compliment wil geven maar daarvoor (gelukkig) de taal niet voldoende beheerst.

    Maar, sinds gisteravond kan ik iets begrijpen van de gevoelens die je overvallen als je in aanraking komt met de evolutionist community.
    Iets, zeg ik met nadruk.
    Ik heb de kerk van binnen gezien, en kerkenraden van nabij meegemaakt – en ik kan je staaltjes vertellen.
    Ik heb de kroeg van binnen gezien, Malle Babbe inbegrepen.
    En ik heb het kapitaal van heel nabij mogen proeven.
    Als je denk dat er nu volgt: dus ik weet waar ik het over heb … nee. Iedere keer lukt het ze weer om mij vrolijk te maken – of te verbazen. Misschien moet ik, in de nieuwe taal, zeggen: lukt het mijzelf om me in de verbazingsstand te zetten. Zeg maar SAP (self astounding principle).

    Dus ik begin iets te begrijpen van wat er achter de uitroep “geleuter” heeft moeten schuilen.
    Nee, ik zal je boek nu niet gaan kopen. Er is iemand die denkt dat hij met een boek teruggegaan is naar oorsprong van alle ellende bij Dé Bank – maar, hoe kort de geschiedenis ook, dat vertelt lang niet het hele verhaal. Dus terug naar de oorsprong van de (evolutie-) biologie, of van dat wat de biologie bestudeert: ik ben er van overtuigd dat je dat niet zonder speculatief denken kunt bereiken.

    Maar, ik vind nu dat ik mijn voorlaatste bericht aan jou best met een positieve wens had kunnen afsluiten.
    Sta mij toe dat ik dat verzuim dan alsnog goedmaak.

    Dus ik zou zeggen: Peter, kop op, laat je niet kisten.

  175. Marleen februari 19, 2015 om 12:56

    Arno, ik dacht dat ribozyme een RNA – molecuul was. Ik weet niet of dat een probleem is voor de beschrijving van je experiment.

    • Arno Wouters februari 19, 2015 om 13:17

      Natuurlijk! Stom van me. Verschrijving zullen we maar zeggen. Mijn fout, niet die van Wagner. Maar het maakt niet uit voor het verhaal, behalve dat ‘aminozuur’ door ‘nucleotide’ vervangen moet worden.

  176. jeroenj februari 19, 2015 om 13:57

    Marleen februari 19, 2015 om 11:12
    “Je zou daar uit op kunnen maken dat jopi geen of weinig genotype-netwerken heeft en de 10de generatie daar meer van heeft.”
    -Niet helemaal. Generatie één is nog niet uitgewaaierd over het genotype netwerk, generatie 10 al wel.

    “Dat mutaties, zowel nadelige, neutrale als voordelige, zich kunnen ophopen binnen de genotypische netwerken wisten we ook al.”
    -Niet helemaal. Met nadelige en voordelige mutaties verandert je fenotype en kukel je uit je genotype netwerk.

    “Wat me ook niet duidelijk is, is dat er gesproken wordt van genotype-netwerken”
    -Dat is Wagners gebruik van genotype. Hij bedoelt daar veelal de laatste vertaalslag vóór een fenotype (verschijningsvorm) mee.

    Wij zeggen meestal: je hebt een genotype (DNA code) en een fenotype (hoe ziet een organisme eruit)

    Wagner zegt: je hebt een genotype (DNA code) dat resulteert in een fenotype (aminozuurvolgorde).
    Maar ook een genotype (aminozuurvolgorde) die resulteert in een fenotype (eiwit met een bepaald gedrag),
    en een genotype (set metabolische deelreacties) dat resulteert in een fenotype (metabolisch netwerk met bepaalde kenmerken).

    Van alle drie kun je genotype netwerken onderzoeken in de éénstapsbibliotheken.

  177. Arno Wouters februari 19, 2015 om 14:02

    Dit is een reactie op Marleen februari 19, 2015 om 11:12hetgeen weer een reactie is op Arno Wouters februari 18, 2015 om 17:54

    Je schrijft immers: “Het blijkt dat de tweede populatie 8x zo snel is als de eerste.”

    Even een slordigheidje van mijn kant corrigeren: “populatie” moet natuurlijk zijn “lineage”

    Als ik Wagner goed begrepen heb concludeert hij uit het feit dat in het 2e experiment in de tweede lineage (startend met de 10e generatie van experiment 1) sneller dan de eerste lineage (startend met een miljard identieke kopieën van jopi) een gemuteerd ribozyme optreed dat soepi zonder problemen splijt aantonen dat genotype-netwerken het innovatieproces versnellen.

    Ik heb daar zoals ik zei wat twijfels over en die hebben te maken met wat jij zegt;

    Je zou daar uit op kunnen maken dat jopi geen of weinig genotype-netwerken heeft en de 10de generatie daar meer van heeft.

    Inderdaad lijkt de conclusie die Wagner uit de uitkomst van het experiment trekt te suggereren dat hij een situatie met een genotype-netwerk vergelijkt met een zonder genotype-netwerk.

    Maar dit is volgens mij niet het geval: een genotype-netwerk is immers geen populatie-eigenschap maar een eigenschap van een verzameling mogelijke genotypen in een bepaalde omgeving. Het genotype-netwerk van jopi is precies hetzelfde als dat van alle kopieën van jopi die door mutatie uit jopi zouden kunnen ontstaan (zolang er op hetzelfde kenmerk geselecteerd wordt). Er kan dus geen sprake van zijn dat de uitgangspopulatie in het eerste experiment meer of minder genotype-netwerken heeft dan de volgende generaties, evenmin kan er sprake van zijn dat het genotype-netwerk van de eerste lineage in het tweede experiment anders is dan van de tweede lineage.

    Ik ben absoluut niet deskundig op dit gebied (en bovendien heb ik het artikel waarin de resultaten gepubliceerd werden niet gelezen), maar mijn leken-indruk is dat het vergelijken van de eerste en tweede lineage in dit experiment een acceptabele benadering is en dus een indruk geeft van wat er zou gebeuren als er geen genotype-netwerk was en dat het resultaat er dus inderdaad op wijst dat Wagner gelijk heeft dat innovatie sneller gaat dankzij genotype-netwerken.

    • Arno Wouters februari 19, 2015 om 15:20

      Ik dacht dat ik eindigde met ‘hoe denk jij daarover, Marleen?’ maar dat is kennelijk weggevallen. Natuurlijk ben ik niet alleen in Marleens reactie geïnteresseerd maar ook in die van anderen die beter als ik kunnen beoordelen hoe plausibel de benaderingen van Wagner zijn!

  178. leonardo februari 19, 2015 om 15:24

    how the moon herself acquired an earth

    Once upon a time …

    … ik ga nu spreken van een tijd dat er wel tijd was, dus the first mover had … pardon: the self starting principle had zojuist de tijd opgestart, maar er was nog niemand om tijd te tellen …

    … verder: misschien moet de titel van dit verhaaltje wel zijn how the moon acquired herself an earth; in ieder geval, ze is vrouwelijk – vandaar dat er meestal verhaald wordt van maanzieke knapen, een iets minder erge straf dan de bliksem als je bepaalde dingen doet …

    … nou ja, in een tijd dat er nog geen bliksems insloegen, en er grote stilte heerste, andere bronnen spreken van woeste ledigheid, zwierf er iets door die grote stilte. Zeg maar an undefined flying object. Ik bedoel, er was nog niemand om het als komeet of planeet of ster te boekstaven. En voor er überhaupt gesproken zou worden van UFO’s zou er nog heel veel tijd verloren gaan.
    Maar, omdat het zichzelf iets kon aanschaffen, was het zich ook bewust van wat er om zich heen gebeurde. En zo zag het – het wordt pas een ze als we daar zijn, waar we weten dat ze wat aangeschaft heeft – andere objecten. En die leken bij elkaar te horen. Want die bleven bij elkaar. En het zwierf daar in z’n dooie eentje. Dat was vervelend.

    Zodat het op een dag bij zo’n groepje bleef hangen. En om daadwerkelijk gezelschap te hebben drong het ook de kring van spelende objecten in, zag daar een object dat wel beviel en koppelde zich daaraan. En omdat dat uitverkoren object veel groter was, wist ons object opeens: ik ben een ze, en sloot ze voor eens en voor altijd een samenlevingscontract, en draaide trouw haar rondjes om de ander, die dat gelaten accepteerde want het had er weliswaar geen gemak van, maar ook geen last. Later, heel veel later, zijn de namen van de contractanten ingevuld: Moon, ook wel Luna, ook wel Maan en Earth, ook wel Terra, ook wel Aarde. Sorry, ik zet de namen in de verkeerde volgorde – een bekend probleem bij geschiedschrijving – het moet natuurlijk Aarde en Maan zijn.

    Maar zulke dingen komen nooit zonder prijs, er moet altijd afgerekend worden. En zo gebeurde het dat een ander object, dat ze lang geleden tegengekomen was, en ook alleen was, en haar, op veilige, heel veilige afstand gevolgd had, ook het groepje binnendrong. Helaas, veel te klein om mee te kunnen doen. Dus toen dat in de buurt van het nieuwe paar kwam, voelde het ineens dat het sneller ging … om even later te pletter te slaan op Aarde.

    Dat ging van au, dat begrijpt U. Dus Aarde schreeuwde het uit van pijn en riep: wie heeft dat ding besteld, daar heb ik nooit om gevraagd.
    Maan, die wel wist hoe de vork in de steel zat, hield zich angstvallig stil. Je wist maar nooit of Aarde haar zou verstoten. En ze heeft zich altijd stil gehouden, bang als ze was, en keurig haar rondjes om haar Aarde gedraaid.

    En omdat Maan nooit wat gezegd heeft is het nooit op een kleitablet terecht gekomen. Vandaar dat het altijd is Aarde, en Maan komt daar achter aan.
    En dat er in de boeken staat earth acquired a moon.

  179. Arno Wouters februari 19, 2015 om 15:33

    Nog iets over het gebruik van de termen ‘genotype’, ‘fenotype’ en ‘innovatie’

    jeroenj februari 19, 2015 om 13:57:

    Wij zeggen meestal: je hebt een genotype (DNA code) en een fenotype (hoe ziet een organisme eruit)

    Het meest recente genetica boek dat ik in huis heb dateert uit 1999. Daarin wordt een genotype gedefineerd als een karakterisering van een variant (type organisme) in termen van erfelijke factoren en een fenotype als een karakterisering van een variant in termen van een fysiologische, ethologische of morfologische eigenschap.

    Merk op dat het onderscheid dus relatief is tot de varianten waar je onderzoek naar doet/in geïnteresseerd bent.

    In die zin is deze definite in overeenstemming met Johanssen’s oorspronkelijke onderscheid uit 1903. Het is al heel lang geleden dat ik dat stuk las en heb het niet bij de hand, dus de kans dat ik het verkeerd onthouden heb is behoorlijk groot. Als ik me goed herinner wilde Johanssen met dit onderscheid duidelijk maken dat niet alle gevonden variatie ook erfelijk was. De uitdrukking die hij daarvoor gebruikte was iets als ‘eenzelfde genotype kan met verschillende fenotypen overeen komen’. Het genotype zo merkte hij op is een norm of reaction. Genotypische verschillen zijn dus onafhankelijk van het milieu, fenotypische niet.

    Naar mijn indruk gebruikt Wagner de termen ‘genotype’ en ‘fenotype’ als volgt. Een genotype is een karakterisering van een object of systeem (organisme, eiwit, metabolisme etc.) in termen van erfelijke factoren die relatief onafhankelijk van het milieu zijn, een fenotype is een karakterisering die de levensvatbaarheid in een bepaald milieu indiceert. Een innovatie is een object of systeem dat levensvatbaar is in een omgeving waarin zijn voorouders dat niet zijn.

    Het viel me op dat in de discussie onder ‘Arrival or Survival’ dat de term ‘genotype’ als synoniem met ‘DNA volgorde’ gezien werd en ‘fenotype’ als verwijzende naar eigenschappen die door selectie gezien kunnen worden, maar ik was dat nog niet eerder zo tegengekomen (zoals ik toen ook al liet blijken weet ik niet wat met ‘door selectie gezien kunnen worden’ bedoelt wordt – dit in tegenstelling tot ‘aan selectie onderhevig zijn’, maar dit terzijde).

    • Arno Wouters februari 19, 2015 om 16:22

      Marleen februari 19, 2015 om 11:12:

      Je schrijft: “Hij (Wagner) zegt: “Natural selection can preserve innovations, but it cannot create them.” ofwel: om innovatie te begrijpen moeten we niet alleen naar selectie kijken.” Er moet zeker ook naar mutatie gekeken worden. Maar dat ligt voor de hand en ik ontken dat natuurlijk niet.

      In aanvulling op jeroenj februari 19, 2015 om 13:57

      Wat er voor mij nieuw aan was, is niet dat Wagner het over mutaties heeft, maar dat hij systematisch onderzoek doet naar de vraag hoe de genotype-netwerken (zeg maar het levensvatbaarheidslandschap waarin mutatie plaats vind) in elkaar zitten (net zoals andere evolutiebiologen systematisch onderzoek doen naar het adaptatieve landschap waarin selectie plaats vind).

      Voorzover ik weet heeft nog niemand dat gedaan. Als je wat referenties naar eerder onderzoek op dit gebied heb zou ik daar blij mee zijn.

      Dat mutaties, zowel nadelige, neutrale als voordelige, zich kunnen ophopen binnen de genotypische netwerken wisten we ook al. Zo ook dat ze daardoor eventueel van een fenotype naar een ander kunnen overstappen.

      Marleen, ik snap niet goed wat je hier wilt zeggen.

      Ik zou niet weten wat je bedoelt met ‘het ophopen van mutaties binnen genotypische netwerken’. Ik kan die uitdrukking bij Wagner niet zo een twee drie vinden en zou het raar vinden als hij die uitdrukking zou gebruiken. Genotypische netwerken zijn niet het soort dingen waarin zich mutaties kunnen ophopen.

      Ik snap evenmin wie die ‘ze’ zijn die in de daarop volgende zin overstappen. Grammaticaal gezien slaat dat ‘ze’ op ‘mutaties’, maar als ik dat invul staat er mutaties kunnen doordat zij zich in genotypische netwerken ophopen van het ene fenotype naar het andere overstappen. Maar ik zou niet weten wat ik me bij mutaties die van het ene fenotype naar het andere overstappen moet voorstellen, dus dat zal je wel niet bedoelen.

      Bedoel je soms ‘genetische netwerken’ waar je ‘genotype netwerken schrijft?’ Dan snap ik dat je niet ziet wat er nieuw is aan Wagners onderzoek. Dat onderzoek gaat immers over genotype-netwerken niet over genetische netwerken.

  180. Marleen februari 19, 2015 om 15:58

    Jeroen, dankjewel voor je reactie.

    Alles duidelijk behalve dit:

    Je schrijft: “Met nadelige en voordelige mutaties verandert je fenotype en kukel je uit je genotype netwerk.”

    Dus je definieert een nadelige of voordelige mutatie hier als een mutatie die het fenotype resp. verarmt of verrijkt. In dat geval moet je blijkbaar wachten tot selectie daar een effect op gehad heeft om te kunnen vaststellen dat de mutatie nadelig of voordelig was.

    Of wil je zeggen dat de walk binnen het genotype netwerk behorende bij een bepaald fenotype alleen neutrale mutaties toelaat? Want voordelige of nadelige veranderen immers dit fenotype.

    Misschien had ik moeten zeggen potentieel nadelig en voordelige mutaties. Ook die worden door het netwerk ‘gebuffered’ als ik dat zo kan zeggen en kunnen accumuleren. Of zijn alle mutaties per definitie neutraal zolang ze binnen het genotype netwerk van een bepaald fenotype vallen?

    • jeroenj februari 19, 2015 om 17:34

      Me lijkt dat Wagner omwille van de duidelijkheid en overtuigendheid van zijn model zal zeggen: “nadelige mutatie: dood, niet levensvatbaar, hoort niet bij het genotypenetwerk, en hebben we ook niet nodig om de dichtheid en uitgestrektheid ervan te onderstrepen” en “voordelige mutatie: kijk daar heb je nou precies zo’n innovatie die je zonder genotypenetwerk nooit gevonden zou hebben”

  181. Marleen februari 19, 2015 om 16:00

    Arno,

    Je schreef:

    Als ik Wagner goed begrepen heb concludeert hij uit het feit dat in het 2e experiment in de tweede lineage (startend met de 10e generatie van experiment 1) sneller dan de eerste lineage (startend met een miljard identieke kopieën van jopi) een gemuteerd ribozyme optreed dat soepi zonder problemen splijt aantonen dat genotype-netwerken het innovatieproces versnellen.”

    Op dit punt moet ik je geloven, want blijkbaar ontgaat mij iets. Waarom zouden mutaties sneller moeten gaan met de 10de generatie vergeleken met de oorspronkelijke. Je zegt zelf dat het aantal netwerken constant blijft in de verschillende lineages. Bovendien stamt lineage 1 af van een generatie -10 (min tien) als je snapt wat ik bedoel. Kortom, het uitwaaieren, waar Jeroen het over heeft is mij niet duidelijk. Alle generaties, of het nu 1 is of 10, zijn op hun beurt weer afstammelingen van eerdere generaties.

    • jeroenj februari 19, 2015 om 16:19

      (@Arno, ga je gang, neem je tijd, ik zeg niks! @Marleen, zonder ironie of betutteling: goed zo, doorvragen!)

    • Arno Wouters februari 19, 2015 om 17:25

      jeroen, ik begin er nu aan.

      marleen en jeroen: ‘goed zo, doorvragen’ inderdaad, dat helpt ons waarschijnlijk verder en in ieder geval maakt het mij duidelijk dat ik niet voor dovemansoren praat!

  182. Marleen februari 19, 2015 om 17:31

    Arno en jeroen,

    Dank voor de uitleg en het geduld. Ik denk dat we/ik er te weinig van weten om het duidelijk te krijgen. Mijn vragen zijn voorlopig op, maar misschien komen er later meer.
    Over de neutraliteit binnen het genotype netwerk, schijft Wagner het volgende in een PLOS artikel.

    http://journals.plos.org/plosone/article?id=10.1371/journal.pone.0099424

    Although genotype networks have also been referred to as neutral networks [14], [15], we here prefer to use the term genotype networks, because we do not have any information on the phenotype of the sequences we study (the individuals of the 1000 Genomes dataset are anonymous), and we do not know whether all the nodes in a network are effectively neutral with respect to fitness.

    In daarop volgende passage, wat meer of benificial and neutral mutations.

    Genotype networks are also at the base of a model proposed to reconcile the two neutralist and selectionist schools of thoughts in evolutionary biology [16]. According to this model, evolution is characterized by cycles of “neutral” evolution, in which populations accumulate neutral or even slightly deleterious mutations, followed by beneficial mutations, which can sweep through a population and thus allow a new repertoire of genotypes to accumulate in the population

    In het eerste geval spreekt hij van wel of niet neutrale ‘nodes’. En in het tweede geval spreekt hij van neutrale ‘mutations’. Lastig.

    Ook de tekst daaronder verheldert veel.

    Ik krijg inderdaad het idee dat Wagner de enige is die dit soort werk doet. Ik weet niet of dat zo’n goede zaak is.

    • jeroenj februari 19, 2015 om 18:37

      Dall’Olio haalt eerst “genotype space” en “genotype network” door elkaar. Hij lijkt zich bewust van de incompleetheid van zijn sample, maar heeft het verderop toch over de dataset als het network. Hij is een beetje in de olie, of vindt nauwkeurig wetenschappelijk taalgebruik niet zo belangrijk.

    • Arno Wouters februari 19, 2015 om 19:40

      Ik heb het artikel even snel doorgekeken. Op het eerste gezicht gebruiken ze hier de term ‘genotype-netwerk’ veel ruimer dan Wagner in zijn Arrival doet. Hier betekent ‘genotype-netwerk’ elke graph waarin genotypen verbonden zijn door de relatie ‘een mutatie verschil’. Ze hebben het vooral over het genotype-netwerk van een populatie die dus de verschillende genotypen in een populatie weergeeft. Dat is een heel ander soort genotype-netwerk dan waar Wagner het in Arrival over heeft. Dit artikel is naar mijn idee daarom irrelevant als het erom gaat het boek te begrijpen of de betekenis daarvan voor de evolutiebiologie

    • Arno Wouters februari 19, 2015 om 20:04

      Overigens een vraag aan de deskundige: persoonlijk heb ik de neiging om PLOS One (i.t.t. PLOS Biology) niet serieus te nemen omdat het niet serieus gerefereerd wordt van te voren. Is dat een afwijking van mij of heb ik daar gelijk in?

  183. Arno Wouters februari 19, 2015 om 18:56

    Marleen februari 19, 2015 om 16:00:

    Waarom zouden mutaties sneller moeten gaan met de 10de generatie vergeleken met de oorspronkelijke.?

    Het zijn niet de mutaties die sneller gaan, het mutatietempo is constant. Ondanks die gelijke mutatiesnelheid en de gelijke selectie duikt er in de tweede lineage sneller een ribozyme dat soepi aankan op dan in eerste. Wat verschilt is dus het tempo waarin innovaties opduiken, niet het tempo van mutatie.

    Let op: innovatie is niet hetzelfde als mutatie en de innovatiesnelheid is niet gelijk aan de mutatiesnelheid. Innovatie is het ontstaan van genotypen die levensvatbaar zijn in een omgeving waarin hun voorouders dat niet waren.

    De indicator voor levensvatbaarheid is in deze experimenten het gemak waarmee de in de omgeving aanwezige RNA strengen in tweeën geknipt worden.

    Je zegt zelf dat het aantal netwerken constant blijft in de verschillende lineages. Bovendien stamt lineage 1 af van een generatie -10 (min tien) als je snapt wat ik bedoel. Kortom, het uitwaaieren, waar Jeroen het over heeft is mij niet duidelijk. Alle generaties, of het nu 1 is of 10, zijn op hun beurt weer afstammelingen van eerdere generaties.

    Hm, ik heb niet bedoeld te zeggen dat het aantal netwerken constant blijft, het ging mij erop dat het relevante genotype-netwerk hetzelfde is. Met ‘hetzelfde” bedoelde ik “identiek” niet “evenveel.”

    (zie Arno Wouters februari 18, 2015 om 17:54 voor een beschrijving van de experimenten).

    Even herhalen: een genotype-netwerk voor een bepaald genotype (hier: jopi) in een bepaalde omgeving is een geordende verzameling van genotypen die in die omgeving levensvatbaar zijn. Die verzameling bevat alle genotypen die vanuit jopi via een levensvatbaar mutatiepad te bereiken zijn en de ordenende relatie is ‘een mutatie verschil’. (In de wiskunde heet een dergelijke geordende verzameling een graph.)

    Dat betekent dus dat er voor een bepaald genotype per omgeving precies één genotype-netwerk is.

    Laten we het genotype-netwerk in joepi voor het gemak ‘jet’ noemen.

    In het eerste experiment hebben alle ribozymen in de oorsprongspopulatie alle hetzelfde genotype (jopi) en bevinden ze zich dus op dezelfde plaats in jet. In de eerste generatie zijn er een aantal nieuwe genotypes (noem ze bijvoorbeeld ‘popi’ en ‘jobi’) bijgekomen. Die types zitten op afstand 1 van jopi. In de tweede generaties zijn er misschien nog wat andere genotypes op afstand 1 van jopi bijgekomen (‘japi’ en ‘jopa’?) en mogelijk ook op afstand 2 (‘pipi’?).

    Dit is wat Jeroen bedoelt met uitwaaieren over het netwerk. Dat betekent dus niet: er komen genotype-netwerken bij, maar: de verspreiding van de genotypen over het relevante genotype-netwerk is groter.

    Na tien generaties blijken de ribozymen in gemiddeld vijf en maximaal tien nucleotiden te verschillen van de oorspronkelijke volgorde.

    Waarom is dit belangrijk?

    Nou omdat het een aanwijzing is dat de levensvatbare genotypen in omgeving joepi inderdaad een netwerk vormen. Het toont nl. aan dat er een pad van levensvatbare mutanten is tussen jopi en genotypen die 5-10 stappen van jopi verwijdert zijn. Ik zou niet weten of dit te verwachten was, maar als ik Wagner goed begrijp was dit nog niet eerder daadwerkelijk onderzocht.

    Nu het tweede experiment.

    In dit experiment hebben we 2 lineages met een verschillende aanvangspopulatie. In de eerste lineage zijn alle genotypen identiek en bevinden zich dus in alle genotypen-netwerken waar zij in voorkomen op dezelfde plek. In de aanvangspopulatie van het tweede experiment zijn er verschillende genotypen die dus in elk genotypen-netwerk waar zij in voorkomen over dat netwerk verspreid zijn.

    Verder zijn er geen verschillen: de mutatiesnelheid en het selectieregime zijn gelijk.

    De oorspronkelijke populatie in beide lineages in het tweede experiment kan niet goed met soepi overweg. In de loop van de tijd ontstaan er in beide lineages ribozymen die soepi makkelijk in tweeën knippen (net zo gemakkelijk als jopi joepi knipt). Het blijkt dat dergelijke mutanten in de tweede lineage gemiddeld 8x zo snel ontstaan als in de eerste. Het innovatietempo is dus 8x zo hoog.

    Het punt is dat ondanks die gelijke mutatiesnelheid en de gelijke selectie er in de tweede lineage sneller een ribozyme dat soepi gemakkelijk spluit opduikt dan in eerste.

    Het enige verschil is dat de eerste lineage start op een punt waarin alle ribozymen zich op dezelfde plaats in willekeurig welk genotype-netwerk bevinden terwijl de tweede lineage start met een populatie waarin de ribozymen over elk genotype-netwerk waar ze deel van uitmaken verspreid zijn.

    Dus daar (in dat verschil) moet de verklaring voor het snellere tempo van innovatie te vinden zijn.

    Zoals gezegd je vergelijkt hier niet selectie zonder genotype-netwerk met selectie in een situatie met genotype-netwerk, maar selectie in een lineage die op een plek in het netwerk start, met selectie in een lineage die verspreid op een genotype-netwerk start.

    Het feit dat innovatie in het laatste geval sneller gaat lijkt mij een aanwijzing dat het bestaan van genotype-netwerken het innovatieproces versneld.

    • Arno Wouters februari 19, 2015 om 19:10

      Marleen en Jeroen,

      Volgens mij is het een misverstand om een genotype-netwerk als een neutraal netwerk te zien.

      Volgens mij zegt een genotype-netwerk helemaal niets over voordelig-, nadelig- of neutraal. Een levensvatbare mutatie kan immers alle drie zijn?

      Dit een van de moeilijkheden die ik met Wagner’s gelijkstelling van ‘veel levensvatbare paden’ met ‘sneller’ heb. Dat hangt er volgens mij nogal van af hoe voordelig de verschillende genotypen in het netwerk zijn.

      Wat je nodig zou hebben is een fitness-landschap bovenop een genotype-netwerk. Dus net zoiets als een mutational landscape, maar dan met het hele genotype-netwerk inplaats van met alleen de genotypen op afstand 1.

  184. jeroenj februari 19, 2015 om 19:59

    Ik denk dat je gelijk hebt Arno, maar ik heb het idee dat het concept het helderst naar voren komt in een neutrale variant.

    Slappe selectie zou genetische erosie toelaten, strenge selectie de variatie verminderen. Als het regent kun je je dak niet repareren en als het droog is is het niet nodig. Volgens mij presenteert Wagner een systeem dat met innovaties kan komen als de omgeving ze eist. Dat gaat het best als het ook prima werkt onder venijnige selectiedruk; elke verbetering is een innovatie te noemen, en elke verslechtering is dodelijk.

  185. Marleen februari 19, 2015 om 21:11

    Jeroen en Arno,

    Het lijkt alsof jullie alles dat ik zwart op wit laat zien gewoon ontkennen. Eerst het citaat van Wagner betreffende de eiwitten, de opsine, waarop hij zijn hyperastronomische bibliotheek baseert. Jullie zeggen dat dat een onhandige manier is om dit specifieke punt te illustreren. Volgens mij is het zeer belangrijk dat je niet ‘onhandig’ bent als je de fundamenten legt voor de bibliotheken en de random walks, kortom de rest van je boek.

    Nu kom ik met een artikel in PLOS dat onder andere van Wagner is. Het zou me werkelijk zeer verbazen als hij verschillende definities van genotype-netwerk hanteerde. Dit is een artikel uit juni 2014, vlak voordat zijn boek verscheen. Dan komt Arno met kritiek op het blad zelf.

    Als je zo bevooroordeeld bent, dan heeft het nog maar weinig zin te discussiëren.

    • Arno Wouters februari 19, 2015 om 21:43

      Als je zo bevooroordeeld bent, dan heeft het nog maar weinig zin te discussiëren.

      Nou zeg, als je me niet gelooft zou je het boek van Wagner zelfs een in z’n geheel kunnen lezen …..

      Hier heb ik geen zin in. Tjuus!

    • Arno Wouters februari 19, 2015 om 22:15

      Ik geef geen kritiek op het blad. Ik zei dat ik de neiging heb het niet al te serieus te nemen en vroeg me af of dat wel terecht was.

  186. Marleen februari 19, 2015 om 21:13

    Arno,
    Wat bedoel je met ‘serieus gerefereerd van te voren’?
    Je schrijft:

    “Innovatie is het ontstaan van genotypen die levensvatbaar zijn in een omgeving waarin hun voorouders dat niet waren.”

    Dat is eigenlijk een gewone ordinaire mutatie, waarbij selectie bepaalt welk van de verschillende mutaties voordelig is of niet. Ik begrijp niet waar de innovatie in schuilt. De term is overbodig.

    • Arno Wouters februari 19, 2015 om 21:46

      Je ziet kabouters Marleen!

    • Arno Wouters februari 19, 2015 om 22:03

      “Each submission will be assessed by a member of the PLOS ONE Editorial Board before publication. This pre-publication peer review will concentrate on technical rather than subjective concerns and may involve discussion with other members of the Editorial Board and/or the solicitation of formal reports from independent referees.”

    • Arno Wouters februari 19, 2015 om 22:24

      Wat bedoel je met ‘serieus gerefereerd van te voren’?

      Goeie vraag, ga ik verder niet meer op in. Heb geen zin verder te discussiëren met iemand die allerlei onzin beweerd over een boek dat ze niet gelezen heeft en zonder de definitie in een artikel met die in het boek te vergelijken mij zo bevooroordeeld noemt dat het weinig zin heeft om nog met mij te discussiëren als ik zeg dat die definities verschillend zijn.

      Nou je bekijkt het maar. Ga jij maar lekker dat artikel lezen in de hoop dat je het boek dat je daardoor het boek dat je niet wilt lezen beter begrijpt. Verloren tijd maar dat zul je wel merken (merk op dat ik niet zeg dat het artikel niet interessant of fout is, ik zeg alleen dat het irrelevant is voor het boek).

  187. Marleen februari 19, 2015 om 21:14

    Jeroen,

    Je zegt: “Volgens mij presenteert Wagner een systeem dat met innovaties kan komen als de omgeving ze eist. Dat gaat het best als het ook prima werkt onder venijnige selectiedruk; elke verbetering is een innovatie te noemen, en elke verslechtering is dodelijk.”

    Hoe denk je dat deze feedback zich voltrekt tussen de omgeving die eist en de daarop volgende innovaties die zich aandienen. Ik kan daar geen mechanisme voor bedenken. Elke verbetering kan ik niet zomaar een innovatie noemen, het is eerder een voordelige mutatie waarop eventueel venijnige selectiedruk staat.

    Jullie moeten ook niet vergeten dat Wagner en PIgliucci blijkbaar veel samenwerken en wellicht dezelfde mening hebben betreffende de EES ofwel de Evolutionary Extended Synthesis die, volgens hen, de MS ofwel Modern Synthesis zou moeten vervangen.

    • Arno Wouters februari 19, 2015 om 21:48

      Jullie moeten ook niet vergeten dat Wagner en PIgliucci blijkbaar veel samenwerken en wellicht dezelfde mening hebben betreffende de EES ofwel de Evolutionary Extended Synthesis die, volgens hen, de MS ofwel Modern Synthesis zou moeten vervangen.

      Hoe kan ik nou vergeten wat ik niet weet? En wat zegt dit nu weer over *Arrival*?

      Goed ik smeer hem. tabé!

    • Arno Wouters februari 19, 2015 om 22:33

      dezelfde mening hebben betreffende de EES ofwel de Evolutionary Extended Synthesis die, volgens hen, de MS ofwel Modern Synthesis zou moeten vervangen.

      Hartelijk dank voor dit staaltje verdachtmakerij, dat ik goed kan gebruiken in een cursus argumentatietheorie.

    • Arno Wouters februari 19, 2015 om 22:35

      En als je de overige bloglezers wilt overtuigen helpt het misschien om een lijstje te geven van papers die Andreas Wagner en Massimo Pigliucci samen gepubliceerd hebben.

  188. Arno Wouters februari 19, 2015 om 22:38

    Over bevooroordeeld gesproken ……

  189. Arno Wouters februari 19, 2015 om 22:39

    En laat al die antwoorden op mijn vragen die je nu aan het intikken bent ook maar zitten ….

  190. Marleen februari 19, 2015 om 22:49

    Arno,

    Toen ik aan Wagners boek begon dacht ik eindelijk iets te leren over evolvability. Helaas, het is niet gelukt. Bovendien groeide er enige scepsis ten aanzien van het begrip innovatie.

    Ik schrijf geen antwoorden op je vragen. Ik denk dat ik ook maar niets meer schrijf. We worden het toch nooit eens. En dat hoeft ook niet.

    Veel dank voor de inspanningen.

  191. Marleen februari 19, 2015 om 23:49

    Voor wie wil weten, waar dit nu allemaal over ging. Een interview met Andreas Wagner

  192. jeroenj februari 20, 2015 om 08:40

    Mwah, ik vond het boek beter!

    Wagner vat in zijn boek zelf samen (noot 29 bij hoofdstuk 6):

    The general principle is this: If all individuals in a population are confined to exploring new phenotypes from one place in genotype space, their chances of uncovering a superior phenotype are slim, incomparably slimmer than if they can explore many different neighborhoods, as permitted by the existence of genotype networks.

    En daarmee wil ik het er ook maar bij laten.

  193. nand braam februari 20, 2015 om 09:38

    We laten het rusten, mee eens.

    Ik blijf een dubbele Wagneriaan. Andreas Wagner heeft een fascinerend boek geschreven dat ook voor een niet-bioloog zoals ik in hoofdlijnen te volgen is (knap geschreven voor een breed publiek). De details kan ik bestuderen aan de hand van de discussies hier gevoerd, waarvoor dank. Arno, a.u.b niet boos blijven en wegblijven. Je inbreng was voor mij zeer nuttig. Zoals de muziek (en het libretto) van Richard Wagner fascinerend zijn voor mij, zo is dat voor mij ook met het evolutie-biologisch gedachtegoed van Andreas Wagner.

  194. Marleen februari 20, 2015 om 10:10

    Dat er met deuren geslagen wordt omdat ik niet zou geloven wat iemand beweert is ook een mooi staaltje argumentatietheorie.

    Maar goed,

    Jeroen, de video is van 2012, en het lijkt erop dat Wagner zijn ideeën zoals ze in ‘the arrival’ staan nog moest uitwerken. Dat je het boek beter vindt is dan eigenlijk niet zo verbazend.
    Bedankt voor het citaat.

  195. harry pinxteren februari 20, 2015 om 22:33

    Marleen,

    ga je nog antwoorden op mjn reactie van februari 16, 2015 om 13:48
    of een beetje moe ?🙂

  196. Marleen februari 21, 2015 om 14:00

    Harry,

    Ik begin inderdaad moe te worden en ga daarom niet overal op in. Vertel de volgende keer wat de auteurs in hun artikelen schrijven, graag met een link naar het artikel. Dan wordt alles eenvoudiger. Laat dat voor nu maar zitten, want ik heb de komende week erg weinig tijd.

    Het komt niet door het Engels, ik begrijp heus wel wat daar staat.

    Je citeert Wagner: “The number of potential proteins is not merely astronomical, it is hyperastronomical… To find a specific sequence like that is not just just less likeley than winning the jackpot in the lottery.”

    Dan kom jij en zegt:
    Wagner redeneert helemaal niet naar een doel, naar een specifiek eiwit, like that, terwijl daar toch echt ‘specific sequence’ staat. Dan vraag ik me af wie er niet goed leest.

    Lees het hele citaat en lees hoe hij uitgaat van de opsines:

    The number of potential proteins is not merely astronomical, it
    is hyperastronomical, much greater than the number of hydrogen atoms in the universe.11 To find a specific sequence like that is not just less likely than winning the jackpot in the lottery, it is less
    likely than winning a jackpot every year since the Big Bang . In fact, it’s countless billions of times less likely. If a trillion different organisms had tried an amino acid string every second since
    life began, they might have tried a tiny fraction of the 10130 potential ones. They would never have found the one opsin string. There are a lot of different ways to arrange molecules. And not nearly enough time.

    Hij redeneert inderdaad niet naar een eindpunt toe. Ik zei (je mag misschien ook wel wat beter lezen), hij redeneert vanaf het eindpunt (de opsines van vandaag, helemaal verkeerd om dus) en kijkt naar de onwaarschijnlijkheid van het tot stand komen van een dergelijk eiwit. In plaats van te beginnen bij het beginpunt. Het gaat mij om de berekeningen van Wagner, die niet met de werkelijkheid te maken hebben. Zie je, nu herhaal ik me toch, want dat is mijn belangrijkste bezwaar.

    De ‘dingen die uit NS komen’ (jouw woorden) zijn veel minder onwaarschijnlijk dan Wagner voorrekent als je kijkt hoe eiwitten ontstaan zijn, als je kijkt naar wat NS doet. Ik denk nog steeds dat een profitable variation pas zo genoemd kan worden als NS groen licht geeft.

    • jeroenj februari 21, 2015 om 15:28

      Waar wordt je moe van Marleen? Van rondjes draaien in een misrepresentatie waar jij, Wagner, Arno, Harry en ik het al láng roerend over eens zijn dat het echt een misrepresentatie is?

      Van Arno hebben we al láng geleerd dat je een denkfout begaat als je fitness (of voordeel) als een apart concept naast selectie gebruikt.

  197. harry pinxteren februari 21, 2015 om 15:52

    Marleen

    we vallen inderdaad in herhaling, dus misschien word je nu heel erg moe:

    “Ik denk nog steeds dat een profitable variation pas zo genoemd kan worden als NS groen licht geeft”.

    Zelfs Wagner zal het roerend met je eens zijn: ns kan pas het groene licht geven als er ueberhaupt een profitable variation is. Of zoals Darwin het formuleerde:..Unless profitable variatons. etc. Kortom: zonder arrival geen survival.

    Of bedoelde je het toch weer anders?

    “als je kijkt hoe eiwitten ontstaan zijn, als je kijkt naar wat NS doet”.
    Doet ns dan wat bij het ontstaan van eiwitten (profitable variations)? Of geeft ns alleen het groen licht aan profitable variations?

    Een groot verschil. Daar gaat het hele boek over. Volgens mij.

  198. Marleen februari 22, 2015 om 09:48

    Harry en Jeroen,

    Het is nu al vaak genoeg door me gezegd. Naar mijn idee, is een profitable variation alleen als zodanig te onderscheiden, nadat Natuurlijke Selectie heeft laten zien dat deze profitable was. Er kan dus niet zomaar een profitable variation onstaan. Dat moet nog blijken dat hij profitable was. Hij is blijkbaar profitable want NS heeft hem ‘doorgelaten’.

    Dat is mijn idee, dat mag je best aanvechten, en aantonen dat dat niet klopt. Maar bekeren doen we hier niet aan.

  199. harry pinxteren februari 22, 2015 om 15:03

    marleen

    ik weet dat het al vaak genoeg door je is gezegd!

    Maar je geeft- weer – geen antwoord op mijn vraag: of je het toch weer niet anders bedoelde:

    Ook nu weer is het niet duidelijk wat je zegt:

    ‘Er kan dus niet zomaar een profitable variation ontstaan. Dat moet nog blijken dat hij profitable was. ‘

    Je zegt hier twee verschillende dingen, tenzij ns óók een profitable variation kan laten ‘ontstaan’. Dus bijvoorbeeld een opsine laten ontstaan die fotonen van een bepaalde golflengte kan omzetten in electrische pulsen en van een andere golflengte juist niet. de vraag is dan: hóe doet ns dat? aminozuur voor aminozuur? Dus is ns een soort backtracker, zoals ik je februari 16, 2015 om 13:48 al vroeg? Of kan er gebruik worden gemaakt van ‘tussenresultaten’? En hoe werkt dat dan?

    Toen gaf je me geen antwoord. Nu herhaal je ook alleen maar

    Trouwens hoe zit het nou met die RNA van Schuster en die ATP’s van Szostak? Voorbeelden in de lijn van Wagner waar je ook nooit op reageerde.

    Een interessant recent voorbeeld is trouwens die FZD8 Enhancer DOI: 10.1016/j.cub.2015.01.041

    Met name deze variation blijkt zeer profitable. Achteraf dus. De vraag is daarom juist: hoe kon die zo ontstaan? Door ns? Hoe moet je je dat voorstellen: het gaat om een gen dat “een cascade aan processen in de vroege ontwikkeling van de hersenschors” activeert.

  200. Marleen februari 22, 2015 om 15:35

    Harry, hoe weet jij wat een profitable variation is. Waar herken je die aan? Hoe kun je die onderscheiden van de non-profitable? Daar ben ik erg benieuwd naar.

  201. harry pinxteren februari 23, 2015 om 12:42

    marleen

    gaat er, om te beginnen, om dat er ueberhaupt ‘profitable variations’ zijn. kúnnen zijn en dat ns je niet vertelt hóe dat kan. ns ‘maakt’ die variations niet, tenzij het zo is dat ns stap voor stap een functioneel eiwit kan bouwen oid. (maar dan nof is de functionaliteit van een opsine bijvoorbeeld een kwestie van fotonen en fysica en chemie: en leren mantras over ns je daar verder niks over)

    En wij kunnen profitable variations alleen achteraf herkennen. Net zoals natuurlijke selectie ze pas herkent, kan verspreiden als ze er ueberhaupt al zijn en profitable blijken. Het is: het voordeel bepaalt de verspreiding. Niet: de verspreiding bepaalt het voordeel. (Darwin)

    En dat voordeel hangt dan bovendien, zoals in het geval van die enhancer, weer af van een hoop andere voordelige variations (zo zal die FZD8 alleen voordeel bieden bij een grotere schedel, en omgekeerd is een grotere schedel alleen profitable als je die ook op kunt vullen. Etc Er zijn talloze voorbeelden en er is inmiddels al veel over bekend ook als het om hersens gaat: ns ‘maakte’ niet die ´variations´, maar de variations maakten ´ns´. ns is geen oorzakelijk verband.

    Toevallig komt het punt op de blog van Larry ook ter sprake (hij maakte zich weer druk om IDiots) waar ook het onderzoek van Szostak wordt aangehaald http://sandwalk.blogspot.ca/2015/02/the-top-ten-problems-with-evolution.html

    Korter kun je volgens mij de kern van Wagner niet samenvatten- en hij blijkt dus niet de enige te zijn die er verstand van heeft:

    ” ATP binding is a biologically extremely important and useful function without which living cells as we know them would stop working. The Szostak lab made, to see how rare “function” was in phenotypical space of proteins, random proteins that were about 80 amino acids in length. Billions and billions of them, random in sequence, no particular order of amino acids.

    Random sequence proteins, 80 amino acids in length. Only tested against a single function. They could have tested their starting pool against millions of additional functions, massively increasing the amount of potentially functional proteins in sequence space.

    What they also found is that the proteins that could bind ATP that they found, were not related to any biological protein in structure or sequence. So since we already know ATP binding exists in nature, it turns out that there is even more function in sequence space than the function discovered and used in life.

    (They also later did more experiments with these newly discovered, novel functional proteins, found simply by making random sequences, and found out that they could further enhance them with in vitro selection to strongly discriminate between ATP, ADP and AMP). So there was an additional function closeby in sequence space, the ability to discriminate between two three very similar substrates).

    (grappig detail in de discussie van Larry: er is een IDiot die ooit juist aan probeerde te tonen dat zoiets dus niet kon, ergo onherleidbare complexiteit, dus god!’

    Wagner (en Szostak en Schuster) in één woord redundantie.

    Die wiskundige die ik laatst aanhaalde sloeg de spijker op zijn kop met zijn vraag. evolutie van wat?

  202. harry pinxteren februari 23, 2015 om 12:47

    ps marleen

    it turns out that there is even more function in sequence space than the function discovered and used in life.

    hoe kun je zoiets cursiveren of zo, want dit is het hele punt waar we nu al bijna twee records op hebben gevestigd.

    (Szostak kreeg trouwens zijn Nobelprijs niet voor dit onderzoek!)

  203. gerdien februari 23, 2015 om 13:34

    Dus bijvoorbeeld een opsine laten ontstaan die fotonen van een bepaalde golflengte kan omzetten in electrische pulsen en van een andere golflengte juist niet. De vraag is dan: hóe doet ns dat? aminozuur voor aminozuur?
    Eerst genduplicatie dan verandering.
    Surridge et al, 2003. Evolution and selection of trichromatic vision in primates. TRENDS in Ecology and Evolution 18 : 198-205.
    “In all primates, the S photopigment is encoded by an autosomal gene, whereas the L photopigment is encoded by the X chromosome. In OldWorld ANTHROPOID primates (CATARRHINES) and the New World howler monkeys Alouatta spp., trichromacy arose following a duplication of the L photopigment gene on the X chromosome. This resulted in divergent genes encoding a separate L photopigment and an additional photopigment of shorter middle-wavelength (M) Their vision is therefore based on three photopigments (S, L and M) and is referred to as ‘ROUTINE’ TRICHROMACY .”
    “Cone opsin proteins generally comprise 364 amino acids and just a few amino acid changes underlie the variation in spectral sensitivity of the pigments, or their ‘spectral tuning’. For example, in the catarrhines, substitution with hydroxyl-bearing amino acids at sites 180, 277 and 285 shifts the spectral sensitivity to longer wavelengths by ,5, 8 and 15 nm respectively [15,16].”

  204. gerdien februari 23, 2015 om 13:35

    Vorige comment is naar aanleiding van harry pinxteren februari 22, 2015 om 15:03

  205. Marleen februari 23, 2015 om 14:02

    Harry, je schrijft:

    “En wij kunnen profitable variations alleen achteraf herkennen. Net zoals natuurlijke selectie ze pas herkent, kan verspreiden als ze er ueberhaupt al zijn en profitable blijken. Het is: het voordeel bepaalt de verspreiding. Niet: de verspreiding bepaalt het voordeel. (Darwin)”.

    Hoe bedoel je dat je profitable variations alleen achteraf kunt herkennen. Ik vroeg je hoe je ze kunt herkennen, hoe je ze kunt onderscheiden, hoe je kunt bepalen dat ze profitable zijn. Hoe doe je dat. Niet door te zeggen “wij kunnen profitable variations alleen achteraf herkennen.” Daarmee ontwijk je mijn vraag. De vraag is hoe je profitable variations kunt herkennen.

    Als je hier een antwoord op kunt geven dan kan ik misschien wat zinnigs zeggen over Szostak.

  206. harry pinxteren februari 23, 2015 om 14:38

    gerdien

    `Eerst genduplicatie dan verandering`.

    Dat er genduplicatie en verandering is, is mij inmiddels ook bekend. Maar de vraag was, wat heeft ns daar verder mee van doen, met die ‘duplicatie en die verandering’? Dus met die ‘paar aminozuurveranderingen die ten grondslag liggen aan de variatie in spectrale sensitiviteit van de pigmenten’? Ging dat één voor één, via trial and error, en wat waren dan de (tussenliggende) voordelen (van één of van een paar aminozuur veranderingen) zodat er daar méér van konden komen en verder mee worden ‘geselecteerd’.

    Of werkte het meer op de manier die Wagner en Schuster en Szostak met hun modellen vinden en waarmee ze vooral ook de redundantie verklaren, dus die overvloed aan functionaliteit, in ieder geval méér functionaliteit dan ns kennelijk kon ‘zien’ om maar een van de bekendere metaforen te gebruiken, i.e. méér dan ns kon verspreiden – als dat laatste trouwens niet gewoon door drift gebeurde?(er zijn tetrachromaten bekend, ze leven onder ons, dus wie weet!)

    De context van mijn vraag is je inmiddels wel duidelijk, hoop ik, al gaat die ver terug (vorige blog): tot Gould’s punt van de tautologie en zijn oplossing van ‘good design’, en uiteindelijk zelfs tot de bron: unless profitable variations occur, natural selection can do nothing (een Darwincitaat dat Wagner overigens vergeten is te ‘minen!)

    Heb je zijn boek al uit?

    • gerdien februari 23, 2015 om 17:21

      Eerst genduplicatie, zonder selectie. Dan mutatie. Dan aminozuursubstitutie, met selectie.
      Het verschil in maximale gevoeligheid van LW opsine en MW opsime is ongeveer 30 nm. Verschil L en M:
      Exon 3 site 180 serine vs alanine 7 nm (1 base verschil, eerste base in triplet)
      Exon 5 site 277 tyrosine vs fenylalanine 10 nm (1 base verschil, tweedebase in triplet)
      Exon 5 site 285 threonine vs alanine 16 nm (1 base verschil, eerste base in triplet)
      Voor zover ik kan vinden hebben alle oude wereld apen dezelfde drie aminozuur substituties in L naar M opsien die van belang zijn voor driekleuren zien, en nog wat andere aminozuursubstituties her en der waarin de apen of L en M opsine verschillen.
      Bij sommige nieuwe wereld apen komt ook driekleurenzien voor, met dezelfde drie aminozuursubstituties, en ander systeem (polymorfie ipv duplicatie). Het idee is dat het om onafhankelijke convergente evolutie in oude en nieuwe wereld apen gaat.
      Omdat de drie belangrijke aminozuursubstituties voor zover nagegaan voorkomen bij alle oude wereld apen is er geen volgorde van het optreden van de substituties bekend. Hunt et al (Vision Research 38 (1998) 3299–3306) noemt eerder onderzoek dat elk van de drie aminozuursubstituties effect heeft, op grond van gemaakte opsines. Dat gaf de genoemde effecten per mutatie.
      Als het idee dat rode / orange vruchten vinden beter gaat met driekleurenzien klopt, zouden elk van de drie aminozuursubstituties op zich enige verbetering in het zien van rijp fruit opleveren. Rode / oranje vruchten: vogels (die meer kleur en scherper zien dan zoogdieren). Beter zien van rijp fruit – meer te eten – hogere overleving – selectie.

  207. harry pinxteren februari 23, 2015 om 15:21

    marleen

    “Ik vroeg je hoe je ze kunt herkennen, hoe je ze kunt onderscheiden, hoe je kunt bepalen dat ze profitable zijn”

    Ik kan je vraag makkelijk terugspelen, want de hamvraag is natuurlijk hóe ns dat dan kan.

    Tot voor kort konden wij het alleen achteraf. Maar mensen als Wagner en Szostak kunnen het nu ook vooraf. Szostak vindt een hoop (ATP) variations, die kennelijk kunnen werken. Trouwens psychologen hebben pas ook een leuke variatie gevonden die werkt: er is iemand op deze wereld die tetrachromaat is en dat heeft volgens haar een hoop voordelen!

    In een heleboel gevallen kunnen we het nog steeds alleen achteraf. En in een heleboel gevallen lukt het helemaal niet- zie de discussie(s) op Morans blog: je zult ns altijd moeten specificeren, kwalificeren, in termen van ‘omstandigheden’, factoren, oid. Anders valt zelfs 9/11 onder je definitie van natuurlijke selectie. Maar die mogelijke omstandigheden zijn eindeloos aftelbaar. (zie mijn vraag naar de resolutie, in het begin van dit blog, nav het onderzoek van Schopf et al)

    Natuurlijk wil het niet zeggen dat als wij het niet kunnen, ns het ook niet kan. Maar ns kan het- laut Darwin- hoe dan ook, óók alleen maar achteraf. ex post facto. Hoe zou het anders kunnen? Ns heeft toch geen foresight? Ns heeft ueberhaupt maar beperkt ‘zicht’, gezien al die redundantie die kennelijk ‘onzichtbaar’ is gebleven: voor ns dan, niet voor Wagner en Schuster en Szostak.

    Niet toevallig worden er voor ns alleen maar metaforen gebruikt: ‘zien’, ‘zichtbaar maken’. ‘wannen’ (de favoriete metafoor van Coyne), ‘testen’. ‘goedkeuren’ ‘herkennen’ etc, (Op de blog van Moran is ‘lead to’ nu een populaire). Darwin gebruikte zelf de term ‘scrutinzing’ en merkt daarbij (in de tweede druk) expliciet op dat het een metafoor is. Het grappige is dat in het geval van onze soort, de mens, dit steeds minder metaforen worden- zie het werk van Church en Venter en andere synthetische biologen: die proberen profitable variations te vinden die ns nooit heeft ‘gevonden’, of zelfs ooit zou kunnen ‘vinden’ (Church en zijn mirror molecules ( anders draaiende eiwitten), laat staan ‘maken’ of ‘designen’ of ‘beeldhouwen’.

    Een analoge vraag is volgens mij: hoe maken die pop gen modellen onderscheid tussen ns en drift? Het is niet alles ns wat de klok slaat!

  208. Marleen februari 23, 2015 om 16:17

    Harry, je citeert me wanneer ik schrijf:

    “Ik vroeg je hoe je ze kunt herkennen, hoe je ze kunt onderscheiden, hoe je kunt bepalen dat ze profitable zijn”

    Dan schrijf jij: “Ik kan je vraag makkelijk terugspelen, want de hamvraag is natuurlijk hóe ns dat dan kan.”

    Volgens mij begrijpen wij elkaar niet. Ik vroeg hoe jij of Szostak het gedaan heeft. Natuurlijke selectie hoeft niks te onderscheiden. Dat wat overleeft plant zich voort, dat is alles. En alles dat overleeft is blijkbaar een profitable variation. In die zin kun je in de natuur zien wat de profitable variations zijn. Dat betekent duidelijk niet dat alle mogelijke profitable variations in de natuur terug te vinden zijn.

    Szostak is in staat eiwitten te onderscheiden van ‘de rest’ die ATP kunnen binden. In dat geval is dat zijn criterium voor een soort selectie. Hij haalt deze proteïnen eruit waarbij Szostak bepaalt dat ze ‘fit’ zijn wanneer ze ATP binden (met een bepaalde bindingscoefficiet). (De analogie met natuurlijke selectie gaat hier verder mank want er bestaat geen reproductie.)

    Als hij andere aminozurensequenties vindt die net zo goed ATP binden, maar die in de natuur nooit gevonden worden, dan zou dat betekenen dat die weg nooit bewandeld is. En dat die in de natuur waarschijnlijk ook nooit voor zullen komen, ze vallen als het ware buiten ‘de boom’.

  209. harry pinxteren februari 23, 2015 om 17:47

    Marleen

    antwoord op je vraag. In één woord: kennis.

    In het geval van ns gebruiken we metaforen, in het geval van Szostak cs en zo, hebben we het steeds minder over metaforen. zij kunnen echt ‘in de natuur zien wat een profitable variations zijn en vooral welke niet in de natuur terug te vinden zijn. En ze kunnen die precies tellen en zo. Dankzij hun kennis.

    Zo (en niet anders) vindt Szostak ATP variaties: op basis van zijn (chemische) kennis. Church kan met zijn computermodellen berekenen hoe hij eiwitten moet maken die homoloog zijn aan bestaande eiwitten maar die anders gedraaid zijn, zodat ze niet meer door virussen aangevallen kunnen worden. Church maakt ‘aliens’. !

    Hoe hij dat precies doet, weet ik natuurlijk ook niet. Ik kan niet in zijn hoofd kijken. Maar vat het samen met: kennis. En we krijgen steeds meer kennis van de enorme redundantie in alle bestaande en alle mogelijke biologische functionaliteit. Die kennis groeit zelfs exponentieel.

    Maar misschien begrijp ik je nog steeds verkeerd.

    “wat overleeft plant zich voort, dat is alles. En alles dat overleeft is blijkbaar een profitable variation”. Dat begrijp ik wel! En het klopt als een bus (al moet je drift niet vergeten: soms overleven zelfs niet profitable dingen).

  210. harry pinxteren februari 23, 2015 om 18:41

    Gerdien

    hartelijk dank voor je uitleg.

    ‘Dan aminozuursubstitutie, met selectie’, zeg je.

    Maar ‘het feit dat elke aminozuursubstitutie op zich enige verbetering op zou leveren’, is toch nog het te toetsen punt, of lees ik dat verkeerd? Dus met selectie is een hypothese. Toch?

    Misschien dat ze straks onderzoek kunnen doen bij de (ik dacht) enige tetrachromaat die we kennen. Kijken om hoeveel substituties het bij haar gaat. Dat ze een voordeel hebben, staat voor haar vast, al weet ze natuurlijk nooit hoe de wereld er voor trichromaten uit ziet! (Idem voor de bekende r-g verschuiving (in de wandeling ‘kleurenblindheid’ genoemd).)

    Evolutie op het laagste nivo van resolutie en psychologisch relevant!

    Volgens jou een voorbeeld van de het ‘nabuurschap’ van Wagner die 3 substituties? Zo weinig.

    (Het record (relevant voor de evolutiepsychologie), zo ver ik weet, is nog altijd FOXP2. Daar gaat het – in vergelijking met chimps- maar om 2 substituties. Interessant onderzoek overigens: Schreiweis et al http://www.pnas.org/cgi/doi/10.1073/pnas.1414542111.)

    En ook een mooi voorbeeld dat ‘een voordeel voordelig is’. Dat geldt niet alleen voor rijp fruit!

    • gerdien februari 23, 2015 om 23:05

      Maar ‘het feit dat elke aminozuursubstitutie op zich enige verbetering op zou leveren’, is toch nog het te toetsen punt, of lees ik dat verkeerd? Dus met selectie is een hypothese. Toch?
      De verandering in gevoeligheid voor licht is te toetsen voor alle mogelijke varianten van het L/M eiwit. Selectieverschillen vinden zou alleen mogelijk zijn als er kleurenblindheid bij apen optreedt. Hoe groot het verschil in levenskans / aantal kinderen is tussen kleurenblinde en niet kleurernblinde apen die rode vruchten eten is niet bekend – ik kan zelfs geen onderzoek naar het voorkomen van kleurenblindheid in vruchtenetende apen vinden. Wel lijkt me selectie hiet dudelijk.
      Vogels zijn ook tetrachromaat. .

  211. harry pinxteren februari 24, 2015 om 15:49

    Gerdien

    een paar dingen,

    “Wel lijkt me selectie hiet dudelijk.”

    ‘Selectie’ is hier aannemelijk. Dwz, het verhaal past in de mantra: random mutaties, non random selectie. Maar dat is het punt niet. Het punt is: hoe toets je dat?

    Om te beginnen ben ik zeer benieuwd waar jij dit op baseert:

    `De verandering in gevoeligheid voor licht is te toetsen voor alle mogelijke varianten van het L/M eiwit.

    Zover ik weet varieert de ratio van photoreceptoren nogal dramatisch over individuen- met dezelfde mutaties- terwijl die ratio bepaalt wat we uiteindelijk wel en niet zien. Het is, kortom, lastig verschillen in lichtgevoeligheid te meten in hun effecten op ppn (en hun hersens, niet te vergeten). Zeker als we het proberen in de context van bessen in struiken. (Filosofen hebben het al eeuwen over qualia. Critici ontkennen ze gewoon, Het schiet niet op!)

    Maar we hebben het hier niet over zintuigfysiologie of neuropsychologie, maar over darwinisme.

    De enige verschil dat hier telt is, als ik het goed begrijp, dat van differentiële reproductie, het verschil in nakomelingen: ns gaat niet over méér of beter bessen kunnen zien, maar over de vraag of je daar meer (levensvatbare) kinderen van krijgt. En in dit geval, over de vraag in hoeverre die drie in plaats van maar twee of alleen maar één van die aminozuursubstituties hier een ´voordeel´ opleveren. Dat is natuurlijk niet vast te stellen. Dus het verbaast me niks als je schrijft:

    `Hoe groot het verschil in levenskans / aantal kinderen is tussen kleurenblinde en niet kleurernblinde apen die rode vruchten eten is niet bekend` (nog steeds is plm 7% van alle mannen van onze soort kleurenblind, dus het valt misschien wel mee met die selectie in dit geval!)

    Maar goed, als wij het verschil niet weten te vinden, wil dat natuurlijk niet zeggen dat NS dat verschil ook niet weet te vinden. (geen onbelangrijk punt overigens)

    Maar er is een veel belangrijker punt. Volgens mij is dat in de discussie intussen onder de mat geveegd: je begint je voorbeeld met een duplicatie. Een copie impliceert een origineel. Verschuif je nu niet gewoon het probleem?.
    Of gaat volgens jou voor het origineel, dus die keten van pakweg, 360 aminozuren, hetzelfde verhaal op als voor die drie substituties in het copie- waarvan dus het evolutionaire voordeel lastig, of niet, was vast te stellen (wat, nogmaals, niet per se betekent dat het er niet is).

    Met mijn vraag naar dat ´nabuurschap´ van Wagner, bedoelde ik: zou voor het oorspronkelijke gen niet hetzelfde mechanisme hebben kunnen gelden als voor die drie substituties, namelijk random combinatie, random walk? Een mechanisme dat kan werken en diverse functioneel dezelfde eiwittenop kan leveren omdat er zoveel redundantie blijk te zijn, omdat er veel spelden in de hooiberg zijn- en er dus geen ´hulp´van nat sel nodig is, behalve voor het verspreiden, als dat al niet door drift gebeurt. (wat is eigenlijk het ´voordeel´ van een stukje van een random aan mekaar geregen string aminozuren zodat die non random geselecteerd kan worden om wel verder mee te rijgen)?
    Misschien verschillen die drie substituties in jouw voordeel wel een in lichtgevoeligheid (ook voor het individu, voor zijn perceptie), maar resulteren ze iet in verschillen in fitness, in de uiteindelijke hoeveelheid bessen-suikers, energie, whatever en aantallen nakomelingen.

    Ben nog steeds benieuwd wat je van het boek van Wagner vindt.

  212. pluri bara februari 25, 2015 om 16:39

    Gerdien:

    “Pluri kan het hiet net mee eens wezen, want hij gelooft in afzonderlijke creatie van baranomen en verwerpt evolutie.”

    Dit is misrepresentatie, Mevrouw De Jong. Als u mijn boek had gelezen, en mijn blog had gevolgd, destijds, dan had u nu geweten dat het evolutieproces (dat niet Darwiniaans is) vanuit baranomen plaatsvindt. Alles om te variatie te induceren, te specieren en te evolueren is reeds aanwezig (frontloaded) in het baranoom.

    PB

  213. leonardo februari 25, 2015 om 20:14

    Eigenlijk zou je kunnen zeggen dat Wagner zondigt tegen één van de belangrijkste principes: Ockham’s razor. Nou ja, of Wagner daarop betrapt wordt, of dat Ockham geen zin had om zich om te draaien in zijn graf laat ik nu even in het midden.

    As our reaction universe increased from one to two to three reactions, its metabolic texts occupied the endpoints of a line, a square, or a cube, which exist in a one-, two-, and three-dimensional space. Taking it one step further, we need an object in a four-dimensional space.

    Dit is natuurlijk een onzinzin.
    Natuurlijk! – zeg ik.
    Uiteraard!! – kan ook.
    Spreekt voor zich!!! – is misschien wel het beste.
    Dat dit een onzinzin is spreekt heel erg voor zich. Zo iets.

    A line is niet eendimensionaal in tegenstelling tot a square dat tweedimensionaal zou zijn.
    And taking it a step further vereist geen vierdimensionale ruimte.
    Zou Wagner te druk bezig zijn geweest met eiwitten om kennis te nemen van het bestaan van polyeders?

  214. harry pinxteren februari 26, 2015 om 16:31

    leonardo
    ik heb de vraag al een paar keer gesteld, maar nooit antwoord gekregen, misschien dat jij het uit kunt leggen

    Schuster rekende uit dat er ‘For an RNA of 100 bases, there are around 10^23 possible shapes of this (i,e simplest hp) sort.

    En Szostak and Keefe used a chemical method to assemble 80-amino-acid proteins at random from their component parts, and were able to sift through all the variants that they made to find ones that happened to be aptly shaped to bind ATP.2 They couldn’t make anything like the total number of possible permutations of this number of amino acids. But among the tiny fraction (6 trillion) that they did produce, they found four ATP binders. That doesn’t sound like a lot, but if there are already four solutions in this incredibly small sampling of the sequence space, there must be an immense number in the rest of the space—about 10^93 of them.

    zie verder http://nautil.us/issue/20/creativity/the-strange-inevitability-of-evolution

    Waarom kun je combinatorische explosies niet modelleren als meer- dimensionale zoekruimte (omdat de alternatieven zo dicht bij mekaar liggen) ?
    Wat is er mis met de modellen en experimenten van Wagner. Wat deden Schuster en Szostak anders?

  215. Eelco van Kampen februari 26, 2015 om 16:46

    pluri bara: “Als u mijn boek had gelezen, en mijn blog had gevolgd, destijds, dan had u nu geweten dat het evolutieproces (dat niet Darwiniaans is) vanuit baranomen plaatsvindt.”

    Daar klopt natuurlijk niks van, wat je dan ook van de evolutietheorie mag denken.

    Als je iets opschrijft in een boek, of op een blog, dan is dan nog niet automatisch zo.

    Wat wel zou kloppen (behalve dat Gerdien dat al lang weet):
    “Als u mijn boek had gelezen, en mijn blog had gevolgd, destijds, dan had u nu geweten dat *Peter Borger vindt dat* het evolutieproces (dat niet Darwiniaans is) vanuit baranomen plaatsvindt.”

    En dat mag hij natuurlijk zo vinden.

  216. leonardo februari 26, 2015 om 18:17

    Eelco,

    Ik vind je argument van een schone eenvoud – of een eenvoudige schoonheid – die zijn weerga niet kent.

    Geldt dat nu alleen voor Borger’s boek.
    Of geldt dat ook voor Wagner?
    Weten wij nu hoe het zit met the arrival of the fittest, of weten wij nu hoe Wagner denkt dat de vork in de steel zit met de arrival of the fittest.

    En hoe kan Gerdien weten dat het klopt wat jij hierboven zojuist hebt opgeschreven?

  217. leonardo februari 26, 2015 om 19:20

    Harry,

    Ik ga je antwoorden, maar eerst moeten we het over minimaal één ding eens zijn.

    Er bestaat geen n-dimensionale ruimte voor n>4 (ik tel tijd als dimensie). Ik vind dat wel leuke breinbrekers, maar geen werkbaar hulpmiddel. Als jij dat wel vindt, kan dat, maar dan zitten we op twee heel verschillende levels (gelukkig nog wel 4-dimensionaal) en dan heeft verder praten weinig zin.

    Wat er wel bestaat is veel-“dimensionale” tabellen (geen fysieke dimensies). Tabellen die in een model gehanteerd worden om door te lopen. Ik heb daar zelf veelvuldig mee gewerkt, en ook mee gespeeld om (voor mij) leuke denkexperimenten uit te voeren. Ik heb een hele snelle computer, en ik kan je verzekeren: een tabel van 10 dimensies met per dimensie 10 elementen – kleinigheidje meneer Sonneberg – is al verschrikkelijk om door te lopen.

    Je stelt mij nu als niet-biotechneut een vraag – zeer vereerd, Harry, nou ja, ik word bijna argwanend, gezien mijn reputatie van elegante borrelprater – maar ik ga even door.

    Ik weet niet wat Schuster weet (ik bedoel dit heel respectvol) maar als de keten ABC een andere uitwerking heeft dan de keten ACB – en dat lijkt me wel – dan zijn het er wel iets meer dan 10^23.
    Het lijkt me ook dat je in een 3-dimensionale ruimte moet modelleren. Dus AB->C heeft een andere uitwerking dan AB-^C. (Een mens zou toch heel anders functioneren als hij één arm aan zijn schouder had hangen, en één arm achter aan zijn rug. De design explanation van Arno zou er beslist anders uitzien.) Als dat zo is durf ik hier te beweren dat het aantal mogelijkheden beperkt is geworden door “voorkennis” die ik niet vermag te controleren.

    Ik zal je een analogie voorleggen.
    Schaakcomputers functioneren goed. De algoritmes om een stelling te evalueren zijn voldoende geëvolueerd.
    Iets heel anders is: n schaakstukken (n>2 zijnde de 2 Koningen) op willekeurige plekken op het bord zetten en beoordelen of dat een mogelijke uitkomst van een onderweg zijnde partij kan zijn.
    Ik ben daar als denkexperiment wel eens mee bezig geweest.
    Da’s iets heel anders dan schaken, het evalueren van de stelling is al een onmogelijkheid, laat staan het kwalificeren.
    (De psycholoog Adriaan de Groot is daar, in een ander verband en een ander doel, mee bezig geweest.)

    Het lijkt mij dat de “voorkennis” die Schuster moet hebben (gehad) van speculatieve aard is.
    Ik ga verder met je vraag.

  218. Marleen februari 26, 2015 om 23:49

    Ik ben vanavond teruggekeerd van een korte vakantie.

    Harry,

    om februari 24, 2015 om 15:49 zeg je tussen haakjes: “wat is eigenlijk het ´voordeel´ van een stukje van een random aan mekaar geregen string aminozuren zodat die non random geselecteerd kan worden om wel verder mee te rijgen.”

    Ik begrijp absoluut niet wat je daar mee bedoelt. Misschien refereer je aan iets specifieks, zo niet dan vind ik dat een zeer verontrustende uitspraak.

    Random aan elkaar geregen aminozuren bestaan niet. Die bestaan inderdaad alleen in laboratoria, maar niet in de natuur. Als je niet begrijpt waarom deze niet in de natuur bestaan, kun je je daar misschien eerst op concentreren alvorens met bibliotheken te gaan werken. Hint: zie het citaat van Barton, dat Arno mij stuurde, en dat ik hierboven in de discussie citeerde.

    Wacht ik zet het er nog even bij:

    Natural selection works in the same way by assembling separate variations into a sequence of bases in the DNA that allows the organism to reproduce efficiently. The power of natural selection is its ability to accumulate a series of changes eventually leading to a highly improbable outcome. This argument of course requires that there is a series of simple changes, each of which increases fitness, so that selection is able to act cumulatively.

  219. harry pinxteren februari 27, 2015 om 13:09

    Marleen

    ik hoop dat ik het nu beter kan formuleren

    maar ik had de vraag als eens eerder gesteld in analogie met zoekruimtes: is ns volgens jou een backtracker of werkt die met tussenresultaten?) Nu gebruikte ik een metafoor die jij eerder gebruikte: kralenkettingen en rijgen.

    Ook niet duidelijk. OK weer anders: hoe moet ik me de werking van ns voorstellen op moleculair niveau, het niveau waarop Wagner en Schuster en Szostak hun onderzoek doen?

    Zijn die functionele moleculen die ze vinden en vooral die redundantie het resultaat van ns, van kleine increases in fitness , en van steady accumulation? Natuurlijk bestaan er geen random aan mekaar geregen strings aminozuren/kralen. Ook geen tussenresultaten, denk ik. dus ook geen Backtracken met tussenresultaten, halve oplosisngen oid. En onderzoek suggereert ook juist het omgekeerde zou ik zeggen: ns kán werken, kán alleen selecteren/verspreiden , dankzij die redundantie aan functionaliteit: ns werkt alleen omdat er wat te selecteren vált. Zo niet, dan werkt ns niet. (dixit Darwin).

    Ergens noemde je dit een woordspelletje: arrival of de fittest, dat is gewoon survival of the fittest,

    Ooit gebruikte je zelf de metafoor ‘zichtbaar’. Misschien is dat nog de beste term in dit verband. Selectie maakt alleen zichtbaar wat er al is (net als Michelangelo zijn beeld, weet je nog?😉 ).

    Ik denk dat het onderzoek van Wagner en Schuster en Szostak laat zien dat dat ook al op het allerkleinste niveau geldt. En ik denk zelfs dat de de FZD8 Enhancer en het ARHGAP11B gen laten zien dat dat ook geldt voor de evolutie van onze hersens: eerst moet er iets arriveren, functionaliteit zijn vóór je het ueberhaupt kunt selecteren of verspreiden. Dat laatste kan door drift, dus zonder ‘voordeel’. Had een halve volgorde voor de FDZ8 enhancer al een beetje voordeel? Maar dan nog geldt: het had een voordeel zodat ns het kon verspreiden. Of het had geen voordeel en het drifte een verder door de populatie. (Ns is drift waar je een achteraf een voordeel bij kunt verzinnen, en drift is ns waar je geen voordeel bij kunt verzinnen, zoiets)

    Typisch ook dat in het geval van die hersengenen inderdaad eerst is gevonden wát er dan arriveerde, vóór we hebben gevonden welke omstandigheden dan voor die selectie zorgden (en voor de accumulatie etc). En dat zal ook gelden voor de rest van de genen die ze nog gaan vinden, ‘a total of 56 genes that affect stem cells in the brains of primates, about a quarter of which are unique to humans. http://www.sciencemag.org/content/early/2015/02/25/science.aaa1975

    Ik denk zelfs dat het praktisch ondoenlijk is iets zinnigs over die selectie, die selectiedruk in dit verband te zeggen, – dus hoe die stapje voor stapje voor dat onwaarschijnlijke resultaat zorgde- want we kunnen alleen maar gissen naar die omstandigheden. We kunnen allerlei scenario’s verzinnen, maar hoe toets je die? – er kwam in ieder geval geen eind aan het stenen tijdperk door gebrek aan stenen. We kunnen alleen iets zinnigs zeggen over de voordelen van die nieuwe genen, naarmate we meer weten over wát ze precies doen en hoé ze werken.

    En ja, dat die genen uiteindelijk geselecteerd zijn, lijkt me een waarheid als een koe. Anders waren ze er ueberhaupt niet geweest, en hadden we ze natuurlijk ook nooit gevonden. Misschien vinden we er inderdaad een paar níet bij de neandertal: welke omstandigheden verklaren dat dan, of is het misschien omgekeerd? het feit dat we die genen niet vinden, verklaart dat we geen neandertaler meer vinden. Misschien vinden Paaboo cs binnenkort halfmislukte mutataties oid. Dat zou een fantastisch resultaat zijn, maar hoe dan ook: hún fitness never arrived. En die van ons wel!

    Sorry zo’n citaat van Barton zegt mij dan verder weinig of niks.

  220. harry pinxteren februari 27, 2015 om 14:04

    leonardo

    ik heb eerlijk gezegd al moeite met 4 dimensies

    lengte en breedte lukt nog wel, maar soms kan ik van dingen geen hoogte krijgen- heb bovendien acrofobie, wat dan een geluk bij een ongeluk is in een plat land- en met tijd is het probleem zelfs existentieel, om niet te zeggen, exponentieel: ik heb er in ieder geval steeds meer steeds minder van.

    Ik ben geen chemicus maar ik geloof het onmiddellijk: ‘Nothing in genomics makes sense except in 3D’. En de tijd moeten we daar dan inderdaad niet bij vergeten. folding drives function, maar functie dat is vooral ook een kwestie van timing, – zover ik het begrijp. Enfin, wat ik maar wilde zeggen, afgezien van wat fysiek ongemak dus, heb ik helemaal geen probleem met jouw maximaal aantal dimensies

    Ik moet het nog eens goed laten doordringen, maar Wagner heeft gewoon geen goed model:

    Geen goed chemisch model. Méér dimensies is chemisch kul. Het is uiteraard ook fysiek kul en, analoog, ook psychologische kul (ja hoe onze ziel het doet, hoe ‘het oog van de meester’ werkt (de Groot was een van de weinige Nederlanders die in AI kringen nog wel eens werd geciteerd, althans in mijn tijd, maar goed hoe de hersens van grootmeesters het voor mekaar krijgen (wat die van beginners niet lukt) , het is nog steeds een raadsel- tenminste ik heb niet gehoord dat het probleem intussen is opgelost).

    Toch denk ik dat Wagner een redelijk acceptabele manier heeft gevonden om combinatorische explosies uit te verbeelden- al viel die metafoor van bibliotheek wel slecht. Want combinatorische explosies dat zijn het. Ik zie niet wat het verschil is met het punt dat Schuster e Szostak maken.

    Ik moet er nog eens over denken en even dingen nakijken, want Schuster gaat -uiteraard zou ik zeggen- ook in op dat (ABC) keten punt.

    Overigens vind ik dat we het centrale punt wel een beetje in de gaten moeten houden: werkt die steady accumulation van ‘profitable variations’ wel, en wat zijn dat de voordelen op het niveau van een half eiwit of een half RNA of ATP? En hoe verklaar je die redundantie?

    Los van het rekenwerk, lijken me dat de vragen waar het om gaat. En ja, of die universele bibliotheek van mogelijkheden die ouder is dan het leven, nou ook echt ouder is dan de tijd, dat vragen we dan tzt wel aan de kosmologen. Of anders aan de theologen.

  221. jeroenj februari 27, 2015 om 17:33

    Die meerdimensionale ruimte om variaties in te ordenen is niet door Wagner bedacht. Ik lees er nu ook over in Dawkins’ Mount Improbable (schelpjesvormen voor t gemak discreet gemaakt in een bescheiden drie dimensies) en moet het langs hebben zien komen in Dennett’s Darwin’s dangerous idea, waar ik mij ooit op het tandvlees doorheen sleurde.

  222. leonardo februari 28, 2015 om 14:21

    Harry,

    Ik heb even om de hete brij heen gelopen … en ook even om je link heen gekeuteld, bang als ik was dat ik nu echt heel hard moest gaan werken. Maar ik zag dat je naar het Philip Ball artikel verwees, waar hier al vaker aan gerefereerd is.

    Nee, ik ga niets zeggen over de verhouding/verschillen/benadering van Wagner Schuster Szostak. Zeker niet op basis van een artikel van een wetenschapsjournalist; dan zou ik naar de bron zelf terug moeten. En het lijkt me te heavy om dat in een kort tijdsbestek fijn te kunnen proeven.
    Je zou het geestelijke luiheid kunnen noemen, maar ik acht mij niet competent genoeg om daarover in korte tijd te oordelen.

    Ik heb geen redenen om aan te nemen – tot geautoriseerd tegenbericht volgt -dat Schuster Szostak Wagner geen solide integere scholars zouden zijn. Dus als ze in benadering en methode verschillen dan zegt dat nog niks over de waarde van de een z’n experimenten tegenover die van de andere.

    Je expliciete vraag: wat is er mis met Wagner’s experimenten, kan ik dan ook alleen maar beantwoorden met: ik zou het niet weten.

    Ik heb wel iets tegen de manier waarop er met modellen wordt gewerkt, en vooral met het feit dat de uitkomsten er van fundament (schijnen te mogen) worden = antwoord op je vraag: wat is er mis met de modellen van …

    Als Schuster 4^100 (= 1,6^60) reduceert tot 10^23 zal hij daar wel zijn redenen voor hebben. Er zullen voor hem deelsequensen uitgesloten zijn. De vraag is: hoe weet hij dat. Hoe kan hij weten dat zo’n uitsluitende voorwaarde alle aeonen onder alle omstandigheden uitgesloten is geweest – m.n. tijdens de aeon waarover hij nou juist een uitspraak wil doen.

    Persoonlijk heb ik teveel modellen zien misbruiken. Economen (en politici) hebben er een handje van. Het CPB is het lichtende voorbeeld van vasthouden aan een model ondanks regelrechte flaters – om het dan bij te stellen, niet op basis van voortschrijdend inzicht in de werkelijkheid, maar gestuurd door de flaterbeleving (een klein verschil). En dan hebben we het nog maar over de mens zijn eigen trapveldje – een futiliteit vergeleken met waar we het hier over hebben.

    In modellen ligt een heleboel paradigma opgesloten. Logisch. Maar hoe meer je paradigma rust op hypothesen en denkconstructies, hoe groter de kans dat je de uitkomst conditioneert.
    Eigenlijk het argument van Ronald Meester (ik weet, het is niet verstandig om deze naam hier te laten vallen, maar ik doe het lekker toch). En als hij daar dan, als erkende en gerespecteerde autoriteit een verhandeling over schrijft – inclusief peer-review! – is er niemand uit de wereld die dit soort modellen graag gebruikt die dat oppikt, of op z’n minst langs komt om een vraag te stellen.

    [Ik ben geen echte fan van Rupert Sheldrake’s morphic fields, maar als je het als sturend idee ziet, kun je ook begrijpen dat die modellen van ons veel minder verantwoord zijn dan een kritische onderzoeker toe zou mogen staan – ofwel, niet gestuurd worden door autonoom denken, maar door de manier waarop onze hersens biologisch in elkaar zijn geknutseld.]

    Wagner doet eigenlijk iets heel raars met zijn model. Hij jumpt naar verschrikkelijk veel dimensies, maar in zijn benadering legt ie de knikkers op een rijtje en berekent het aantal mogelijkheden met de formule m over n.
    Wat nu volgt is enigszins intuïtief, maar soit.
    De mens heeft als rechtop gaand wezen hele andere faculteiten ontwikkeld dan de kruipende slang. De olifant in zijn 3-dimensionale robuustheid weer heel andere. Kennelijk maakt het dus wat uit of elementen in bochten, en in welke bochten geketend worden.
    Dus die 100 bases moet je niet op een rijtje leggen, nee, die moet je in een ruimte van 100 X 100 X 100 vangen, met als voorwaarde dat ze aaneengesloten moeten liggen. Wel, dan krijgt m over n een iets andere uitkomst dan 1,6^60, laat staan dat 10^23 uitdrukking zou geven aan het aantal mogelijkheden.

    Ik schreef Gerdien op haar opmerking Het fascinerendst is dat er universum buiten onze waarnemingshorizon is. dat de manier waarop wij met het observable universe omgaan mij veel meer fascineert (met een paar nonsens-slagen om het nog een beetje dragelijk te maken). Over die enorme hooiberg praten we alsof we God zijn, maar als we er een nano-procentje van gezien hebben ben ik erg positief voor de kosmologen. Oceanografen realiseren zich in ieder geval dat er heel weinig verkend is van die enorme watermassa (5% – let wel: verkend, niet bekend). En als er een vliegtuig in dondert hebben we grote moeite om het te vinden.
    En dat is 10^10 keer niks vergeleken bij het observable universe.

    Je zou mijn opmerking over dat observable universe ook als metafoor kunnen zien voor evolutiebiologie. Dat heeft ook een observable universe tegenover het universe daar buiten. Ik kan me niet aan de indruk onttrekken dat de bioloog zijn observable universe wil uitbreiden met die modellen, zoals computers die aan radiotelescopen verbonden zijn plaatjes tekenen van de “werkelijkheid” buiten dat wat we met het oog waar kunnen nemen.

  223. Arno Wouters februari 28, 2015 om 14:24

    Evolution News and Views over Wagners crypto-creationistische Arrival of the Fittest:

    To make the hunt easier for evolution, Wagner imagines a fantasy land with treasures all over the place, right near each other

    Wagners notie van innovatie “makes about as much sense as a wizard telling a pile of rocks, ‘Go forth and innovate!'”

    • Rob van der Vlugt februari 28, 2015 om 15:35

      Arno,

      Het zou misschien geen kwaad kunnen om een hypercube te construeren met alle mogelijke verschijningsvormen van botenmissers, plank-mis-slaanders en andersoortige dwaalgeesten.

  224. leonardo februari 28, 2015 om 15:05

    (addendum bij antwoord aan Harry)

    Eigenlijk ben ik niet helemaal eerlijk als ik zeg: ik zou niet weten wat er mis is met de experimenten van Wagner. Maar, asjeblief, let op mijn woorden: ik wil absoluut niet zeggen dat Wagner niet integer zou zijn.

    Ik doel op dit.
    Wagner heeft, naast zijn werken met modellen, ook experimenten gedaan met (levend) materiaal.
    Kon Wagner in zijn laboratorium de condities nabootsen die golden gedurende het tijdperk waarover hij een uitspraak wou doen.

    Nee, zeg ik.
    (Voor wat ik waard ben.)

    Geschat wordt dat er op aarde sinds zo’n 3,5 billion years leven bestaat.
    Geschat wordt dat de atmosfeer sinds zo’n 2,5 billion years zuurstof heeft.
    Ofwel, tijdens de evolutie van het leven zijn op aarde de omstandigheden atmosferisch gesproken drastisch veranderd.
    Over de drastische veranderingen in de biosfeer kunnen we kort zijn: fenomenaal.
    Hoe kan Wagner weten wat de juiste omstandigheden zijn, in zijn laboratorium, voor zijn proeven.

    Ik zou graag van een gezaghebbend persoon horen of ik hier een denkfout maak.
    En zo ja, vooral,: waarom dan wel.

  225. Marleen februari 28, 2015 om 16:59

    Harry,

    Je schrijft:

    Zijn die functionele moleculen die ze vinden en vooral die redundantie het resultaat van ns, van kleine increases in fitness , en van steady accumulation? Natuurlijk bestaan er geen random aan mekaar geregen strings aminozuren/kralen. Ook geen tussenresultaten, denk ik. dus ook geen Backtracken met tussenresultaten, halve oplosisngen oid. En onderzoek suggereert ook juist het omgekeerde zou ik zeggen: ns kán werken, kán alleen selecteren/verspreiden , dankzij die redundantie aan functionaliteit: ns werkt alleen omdat er wat te selecteren vált. Zo niet, dan werkt ns niet. (dixit Darwin).”

    Er is altijd wat te selecteren. De selectiedruk kan hoger of lager liggen. En de functionaliteit die je vanuit het heden toekent aan oudere en jongere moleculen resulteert inderdaad uit kleine toenamen in fitness, een steady accumulation. Er bestaan geen tussenresultaten, geen halve oplossingen. Alle ‘oplossingen’ zijn functioneel. Zijn ze dat niet, dan is het geen ‘oplossing’ maar een nadelige mutatie die zal verdwijnen of verdwenen is uit de populatie.

    Als je er wat meer van wilt begrijpen zou je Joe Thorntons werk weer eens moeten bekijken. Hij reconstrueert het ontstaan van de eerste en latere receptoren voor hormonen en laat zien dat er weinig voor nodig is om aan een molecuul (receptor) een nieuwe functie toe te voegen (gevoeligheid voor een nieuw hormoon). Hij was ook degene die aantoonde dat evolutie onomkeerbaar is. Met elke mutatie sla je een nieuwe weg in en sluit je bepaalde zijstraten uit. Dat beperkt de ‘keuze’ voor mutaties en zorgt ervoor dat niet alle mogelijkheden uitgeprobeerd hoeven te worden.

    Welke redundantie heb je het over?

  226. harry pinxteren maart 1, 2015 om 16:43

    Marleen

    laat ik even met het makkelijkste punt beginnen, al hebben we het daar ook al tig keer over gehad

    “Welke redundantie heb je het over?”

    Je citeerde zelf een keer, met instemming, dit uit de Wagner bespreking op Panda thumb:

    “Wagner shows that one can step from node to node until the underlying genotype shares only 20% or 25% of its composition with the original ‘home’ node yet is phenotypically the same. That’s the source of robustness.’ http://pandasthumb.org/archives/2014/11/andreas-wagner.html

    Inderdaad, een opmerkelijk resultaat (van onderzoek). En na Wagner en Schuster en Szostak kunnen we nu ook Thornton aan de rij toevogen, begrijp ik. Thornton “laat zien dat er weinig voor nodig is om aan een molecuul (receptor) een nieuwe functie toe te voegen (gevoeligheid voor een nieuw hormoon).” Wagner doet niks anders zou ik zeggen (neighbor

    (Panda’s thumb gaat verder na je quote: “There’s more, of course, and my too-brief summary omits an enormous amount of detail. There are other implications for us. For example, those high-dimensioned interconnected networks with their phenotypically identical neighbors make nonsense of ID creationists’ probability calculations.)

    over je andere opmerkingen moet ik nog eens nadenken: hoe kunnen we zo langs mekaar heen praten.

  227. harry pinxteren maart 1, 2015 om 16:50

    Leonardo

    dat had ik je, om te beginnen, ook willen zeggen, als eerstvolgende commentaar over die kulmodellen van Wagner. Hij doet ook onderzoek. Een aardig voorbeeld vind ik wel het experiment dat hij met Hayden deed. Om de discussie wat dichter te houden wat Wagner in zijn boek allemaal schrikft, hier de passage over dat experiment: geen model, maar een heus experiment.

    Eric studied a ribozyme, an RNA enzyme that helps some bacteria
    express their genes. This enzyme recognizes RNA strings with a specific letter sequence, cleaves
    them, and then attaches one of the string’s fragments to itself.63 (Many organisms harbor molecules that recognize and cleave specific DNA and RNA texts, for purposes as varied as destroying the foreign DNA of infecting viruses and joining shorter snippets of DNA to form larger meaningful texts.)64 I had a simple question for this enzyme: Could genotype networks help transform it to recognize a new RNA molecule?
    To find out, Eric created more than a billion copies of this enzyme—all of them would fit
    comfortably into a teaspoon—and used a molecular copy machine to replicate each molecule in
    this population. This machine is imperfect, because it occasionally makes copying errors, thus
    sprinkling the population’s ribozymes with mutations. Eric then used a chemical trick to let only
    some of those mutants replicate—those that could still react with their RNA target. The trick
    satisfied natural selection’s key requirement that a molecule’s function be preserved for its
    survival to the next generation.
    Eric’s experiment cycled multiple times—think of each cycle as a generation—between this
    error-prone replication and selection. Before the first cycle, all the molecules in his population
    were identical, like a billion readers hunched over the same volume in a library. After the first
    generation, many molecules had already mutated, and only some mutants had survived. The
    survivors mutated further in the second generation, and so on, until after a mere ten generations,
    the molecules in the population differed from the starting RNA by an average of five letters, and
    some by as many as ten letters. The billion readers had spread out in the library.
    This simple observation concluded a first part of Eric’s experiment. The population now
    contained many different RNA molecules, all connected to their parents through a series of singleletter changes. Forced by selection, the molecules in the population had preserved their
    phenotype, even though their genotype had changed. Because the population had spread through the library, Eric’s experiment had shown that a genotype network exists for RNA enzymes with this phenotype.
    The second part of the experiment involved two populations. The first population was the one
    I just described, while the second was like the starting population, with all identical molecules.
    Eric supplied both populations with a new and different RNA string to cleave. In this string he had
    replaced one atom of phosphorus with an atom of sulfur, which makes the enzyme’s job much more difficult. He then evolved both populations separately, through multiple rounds of replication and selection, except that now he selected only molecules that could cleave the new RNA string as well. He then asked which populations got the hang of this new task more quickly, the first, spreadout over a genotype network, or the second, concentrated in one spot.
    If genotype networks help innovation, then the first population should do better, because its
    members can explore more neighborhoods in the RNA library. And this is exactly what Eric
    found. The spread-out population found an RNA molecule that excelled at the new task eight times more rapidly than the highly concentrated population.65
    Eric’s experiment also harbored another surprise. This one occurred when we read the letter
    sequence of the best new molecule that evolution had found, the molecule that was superior to all
    others at the new job.
    Many researchers have studied the RNA enzyme with which we started our experiment. It is a
    short molecule with only some two hundred letters. We know its letter sequence, its fold, what it
    does, and how it does it. We know most of what you might want to know about it. And we
    precisely controlled the environment in which the enzyme evolved, down to the concentration of
    every molecule, for many generations. With this near-perfect knowledge, you might think that we
    should be able to predict how the molecule would change to solve its new task. If you knew a
    machine inside out, every single cog, bolt, lever, and spring, and how they work together, you
    would surely know how best to improve the machine.
    We didn’t. The solution that nature came up with to improve our enzyme was completely
    unexpected. To this date, we do not fully understand why it works best.
    Such surprises occur time and again in laboratory evolution experiments. No matter how well
    a molecule is studied, no matter how simple the experiment, no matter how precisely controlled,
    nature never ceases to surprise. Even simple enzymes are more difficult to understand than most
    human machines.

  228. harry pinxteren maart 1, 2015 om 17:13

    jeroenj februari 27, 2015 om 17:33
    leonardo februari 28, 2015 om 14:21

    jeroen “Die meerdimensionale ruimte om variaties in te ordenen is niet door Wagner bedacht. Ik lees er nu ook over in Dawkins’ Mount Improbable (schelpjesvormen voor t gemak discreet gemaakt in een bescheiden drie dimensies) en moet het langs hebben zien komen in Dennett’s Darwin’s dangerous idea, waar ik mij ooit op het tandvlees doorheen sleurde.”

    Ik heb het geloof ik al vaker gevraagd, maar als chemici inderdaad vinden dat er veel functionaliteit is die dicht bij mekaar ligt (zie Schuster en Szostak die ik eerder noemde, die ook Thorton en zie die 20- 25% ) dan is de meerdimensionale ruimt evolgens mij een legitieme manier om die te modelleren: de oplossingen liggen ahw ´om de hoek´ en aangezien het om veel oplossingen gaat, zijn er dus ook veel hoeken. Veel wegen leiden naar rome. Er is redundantie, kortom. Zo simpel lijkt het mij. Te simpel?

    Neemt niet weg dat ´nothing in genomics makes sense except in 3D: folding drives function. En daar kun je nog een dimensie bij doen, tijd, want timing is alles als het om gen expressie gaat. (4Dnucleome program)

    • jeroenj maart 1, 2015 om 22:29

      Harry, die tijd en ruimte krijg je niet in een éénstaps-hyperbiep. Lekker verwarrend om ze er in deze context bij te halen🙂

  229. harry pinxteren maart 1, 2015 om 17:15

    Arno Wouters februari 28, 2015 om 14:24

    dat krijg je er van als je een crypto creationist bent. Krijg je op je flikker van echte creationisten!

  230. harry pinxteren maart 1, 2015 om 17:21

    gerdien

    is mijn commentaar van februari 24, 2015 om 15:49 op jouw commentaar van februari 23, 2015 om 17:21februari en 23, 2015 om 23:05zo onduidelijk, of zelfs zulke kul, dat je er maar niet op antwoordt. Of heb je het gemist?

  231. Marleen maart 2, 2015 om 12:53

    Harry,

    ik zie nu dat je aan je eennalaatste reactie aan leonardo schrijft:

    “werkt die steady accumulation van ‘profitable variations’ wel, en wat zijn dat de voordelen op het niveau van een half eiwit of een half RNA of ATP?”

    Ik haalde in dat verband Barton aan, die duidelijk maakt hoe natuurlijke selectie the steady accumulation van mutaties bewerkstelligt. En schreef je hierboven al dat er geen half eiwit of half RNA bestaan. Je lijkt verdorie wel een creationist die beweert dat je aan een half oog of een halve vleugel niets hebt.

    Nu probeerde ik, tevergeefs, met Thornton te illustreren hoe verschillende receptoren ontstaan kunnen zijn, door kleine mutaties die grote gevolgen kunnen hebben voor de specificiteit van de receptoren, precies om aan te tonen hoe steady accumulation te werk gaat.
    Je lijkt daar niets van begrepen te hebben en annexeert Thornton zelfs, voegt hem toe aan het rijtje Wagner, Szostak en Schuster, alsof deze allemaal jouw hypothese ondersteunen. Jouw hypothese is nog steeds niet duidelijk. Wil je aantonen dat de ‘juiste’ mutaties zich spontaan aandienen om evolutie in de ‘juiste’ richting te sturen. Ik ben bang dat we inderdaad langs elkaar heen spreken, maar vooral dat je je niet wilt verdiepen in wat ik aandraag.

    Dan komt de enorme lap tekst die je Leonardo voorschotelt over het experiment van Hayden. Een prachtig experiment, behalve dat het niets aantoont over netwerken. Het laat simpelweg zien hoe je met een heterogene populatie sneller een bepaald fenotype ziet verschijnen dan met een homogene populatie. Dat is niet meer dan logisch, er zijn immers meer uitgangspunten van waaruit de steady accumulation kan aanvangen.

    Doorgaans bemoei ik me niet met hoe er op elkaar gereageerd wordt, maar de toon die je tegen Gerdien aanslaat is niet bepaald netjes. Niet iedereen heeft tijd om zich te verdiepen in dit blogje in dit uithoekje van het net. Het is daarom beter af te wachten of zij je nog antwoordt. Of je reacties zinnig zijn of niet, hangt niet af van wat anderen daar over denken. Dat zul je toch echt zelf moeten bepalen.

  232. harry pinxteren maart 2, 2015 om 14:04

    Marleen,

    Ik ben geen chemicus, maar ik had al lang begrepen dat er geen halve eiwitten of halve RNA´s bestaan. Zoveel snapte ik nog wel van de verhalen van Wagner, Schuster en Szostak/ en ook van het onderzoek van Thornton die ´laat zien dat er weinig voor nodig is om aan een molecuul (receptor) een nieuwe functie toe te voegen (gevoeligheid voor een nieuw hormoon).

    Maar goed, jij waagt jij dat te betwijfelen. Maar het probleem is volgens mij omgekeerd, en je zegt het nu ook zelf: `Jouw hypothese is nog steeds niet duidelijk`.

    Dat is mijn fout. Ik heb geen hypothese. Nogmaals, ik ben geen chemicus, maar zoveel snap ik er echt nog wel van, of zoals je het zelf zegt: Er bestaan geen tussenresultaten, geen halve oplossingen. Alle ‘oplossingen’ zijn functioneel. februari 28, 2015 om 16:59

    Mijn punt, het punt zou ik zeggen, zeker als we het over het boek van Wagner hebben, maar ook over het onderzoek van Schopf et al – en al die andere onderzoeken: waar komen die oplossingen dan vandaan? Wat is de rol van ns daarin? Hoe wérkt dat stap voor stap, op dit niveau van moleculen, als er geen tussenresultaten zijn (er zijn meteen hel eogen op dit niveau, hele vleugels die werken)

    Ik ´annexeerde´ Thornton en voegde hem aan het rijtje toe, omdat we het hadden over redundantie – ofwel ´er (is) weinig voor nodig om aan een molecuul (receptor) een nieuwe functie toe te voegen (gevoeligheid voor een nieuw hormoon).´ (goede definitie van redundantie, leek me)

    Ik heb geen hypothese, ik heb alleen vragen: over Wagner en over al die andere onderzoeken die ik probeer te begrijpen, en vooral over wat ik me bij ns in op dit niveau moet voorstellen.

    Misschien is de vraag die ik heb duidelijker zo te stellen: wat doet ns er aan, wat voor selectie is er voor nodig om aan zo´n molecuul van Thornton nieuwe functionaliteit toe te voegen? En, uiteraard, gaat dat stap voor stap en wat is het voordeel van elke stap. Kortom, hoe wérkt die steady accumulation op dit niveau? Dat is mijn vraag. En ik had nog meer vragen: Wat maakt Barton daar over duidelijk? Is dat in zijn boek te lezen, of maakt het citaat dat je me nu al twee keer hebt gegeven dat duidelijk?

    Op je opmerking over mijn vermeende verkeerde toon tegen Gerdien en de ´enorme lap tekst´ aan Leonardo, kom ik hieronder terug. Deze reactie is al weer veel te lang. Daarom ook een aparte reactie over die halve ogen en halve veren.

  233. harry pinxteren maart 2, 2015 om 14:21

    Marleen

    over de toon en de muziek en gerdien

    Er zijn inderdaad nog een paar andere mogelijke redenen waarom Gerdien me nog niet geantwoord heeft. En die noem ik ook niet allemaal. Ik beperk me tot de meest voor de hand liggende.

    `Of je reacties zinnig zijn of niet, hangt niet af van wat anderen daar over denken. Dat zul je toch echt zelf moeten bepalen`. Neemt dat soms weg dat Gerdien het misschien volkomen ballony vindt wat ik zeg en dat dat wel eens de reden zou kunnen zijn dat ze niet reageert?

    En, vooral. waarom zou ik juist niet het recht hebben dat te vragen, vooral als ik denk te kunnen bepalen dat mijn reactie zeer zinnig was?

    Als je valt over de toon waarop ik e.e.a doe, hoor je kennelijk méér dan wat er staat.

    Overigens, het voorbeeld is weliswaar kleurenzien (via opsines) – een hype de laatste dagen, zelfs op het journaal, maar niet minder interessant. En, ook mooi voorbeeld van waar we het hier over hebben.

  234. harry pinxteren maart 2, 2015 om 14:32

    marleen

    over ´de enorme lap tekst die je Leonardo voorschotelt´.

    mag ik je er even op wijzen dat die tekst zelf 774 letters telt. Plus de 61 van mijn toelichting, is dat totaal 835

    De tekst van leonardo waar ik op reageer is 838 letters lang. Hoezo lappen tekst?

    En ik dacht een goede reden te hebben hem een voorbeeld toe te sturen, een concreet voorbeeld van de dingen waar Wagner het over heeft´. Dat mag ik toch zelf bepalen? zie maart 2, 2015 om 12:53

    Dat je het er niet mee eens bent, is een andere zaak.

  235. Arno Wouters maart 2, 2015 om 14:47

    <a href="https://ascendenza.wordpress.com/2015/02/07/stilstaande-evolutie-de-nulhypothese/#comment-8321"Marleen over het experiment van Eric Hayden:

    Een prachtig experiment, behalve dat het niets aantoont over netwerken. Het laat simpelweg zien hoe je met een heterogene populatie sneller een bepaald fenotype ziet verschijnen dan met een homogene populatie.

    Hoe zou de heterogene uitgangspopulatie in een van de twee lijnen in het tweede experiment van Hayden ontstaan kunnen zijn als er geen genotype-netwerk met de door Wagner beschreven structuur (veel korte levensvatbare wegen naar innovatie) zou zijn?

    • jeroenj maart 2, 2015 om 16:54

      @Arno: Fijn dat je je geduld hebt hervonden. Ik vreesde een nieuw tantrum na “…Barton…, die duidelijk maakt hoe natuurlijke selectie the steady accumulation van mutaties bewerkstelligt.”

      @Harry neemt daar terecht ook geen genoegen mee.

      Het idee van Marleen lijkt dat je naast paadjes die begaanbaar zijn dankzij selectie helemaal geen behoefte hebt aan Wagneriaanse paadjes die begaanbaar zijn ondanks selectie.

      Dan moeten we terug naar Arno 17-11-14, 22:30. Kan Nicolien het net zo goed zonder Marjolein?

  236. harry pinxteren maart 2, 2015 om 16:43

    Marleen

    je schreef: `Ik haalde in dat verband Barton aan, die duidelijk maakt hoe natuurlijke selectie the steady accumulation van mutaties bewerkstelligt. En schreef je hierboven al dat er geen half eiwit of half RNA bestaan.`Je lijkt verdorie wel een creationist die beweert dat je aan een half oog of een halve vleugel niets hebt.`

    Dat er geen halve eiwitten bestaan, hebben je inmiddels al vaak genoeg geschreven. Volgens mij is dat dus ook het hele punt van Wagner. Die spelden in de hooiberg. Maar goed, ik val ook in herhaling. Halve ogen en vleugels.

    In het bekende demofilmpje waarin de zeer jonge Dawkins het allemaal uitlegt, http://www.youtube.com/watch?v=eQnMWyZ-nzA begint hij mooi halverwege. Dat doet ook de oudere Dawkins: http://www.youtube.com/watch?v=mb9_x1wgm7E wanneer hij begint met een ´sheet of cells sensitive to light´ om van daaruit zijn verdere´gradual pathway´ toe te lichten. In de discussie over kleurenzien en het feit dat wij primaten trichromaten zijn, zegt Gerdien dat we dat zijn geworden door ´duplicatie´ en door ‘mutatie’. Op drie locaties. Maar de vraag is toch, lijkt me, hoe je om te beginnen, aan dat origineel komt. Net zoals het de vraag is hoe je aan die lichtgevoelige cellen komt. Gaat dat ook met kleine stappen? Welke dan? Halve eiwitten bestaan niet. Beetje functionaliteit toevoegen, stapje voor stapje? Bij drie van die mutaties zie je dan net iets beter kleur dan bij twee, en bij twee weer net wat beter dan bij die ene mutatie?

    Je zult toch bij het begin moeten beginnen, lijkt me. Als op het allerkleinste niveau van detail, zoals dat van opsines en RNA, redundantie (en robuustheid) regel zijn, zoals je kon lezen in die panda’s thumb quote- dan is het toch de vraag,lijkt me: hoe dat kan? Dat heeft niks met crypto-creationisme te maken. In tegendeel. Maar ik vrees eerlijk gezegd, dat het ook weinig met biologie te maken heeft, of liever met ns te maken, maar eerder alles met fysica (en chemie).

    Het gaat mij niet om moleculen, maar om de psychologie die Darwin op een nieuwe grondslag wilde vestigen. Daar hebben we het maar weinig over moleculen en zo. Maar kleurenzien is een van de interessante uitzondering (zi eook de recente hype over de kleren van die jurk). Dat iets een evolutionair voordeel is, of liever, zo genoemd kan worden, en dat het daarom geselecteerd is, verklaart nog niet hoe iets werkt, laat staan wat de functionaliteit ervan is. Het is omgekeerd. We beginnen kleurenzien een beetje te begrijpen. En dan komt het bekende (adaptationistische) verhaal, over het voordeel van die rode bessen in dat groene struweel, er heel anders uit te zien: meer bessen, meer suiker etc, meer kinderen? Trouwens, hoe toets je zoiets?

    Als ik je ook eens een leessuggestie mag doen: misschien is The Mystery of the Sensual Qualities van Erwin Schroedinger, in What is Life?, een goed begin.

  237. leonardo maart 2, 2015 om 16:56

    Marleen,

    Ik wil hier toch wel een lans breken voor Harry, wat betreft zijn opmerking over Gerdien. (Als ik me nu ergens mee bemoei, en wat niet mag, dan moet je er maar een disclaimer op zetten.)

    Ik ben met je eens, behoorlijk met elkaar omgaan is belangrijk in comments. Maar Harry heeft wel een beetje gelijk. Gerdien springt er af en toe bij, heel plezierig, maar dan reageer je zelf en dan hoor je niks meer. Zo blijven we – sorry, laat ik uitsluitend voor mezelf spreken – zo blijf ik met de knagende onzekerheid zitten; ben ik nu heel erg fout of verschrikkelijk dom.

    Gerdien, ergo,

    Ik zou zeggen: laat van je horen meid. Desnoods op de manier zoals bij Joris van Rossum. Ik kan tegen een stootje.

    • harry pinxteren maart 2, 2015 om 17:06

      ik dus ook, maar dat had ik al gezegd, al had marleen het anders begrepen

  238. harry pinxteren maart 2, 2015 om 17:05

    Arno
    leonardo
    marleen

    “Hoe zou de heterogene uitgangspopulatie in een van de twee lijnen in het tweede experiment van Hayden ontstaan kunnen zijn als er geen genotype-netwerk met de door Wagner beschreven structuur (veel korte levensvatbare wegen naar innovatie) zou zijn?”

    Er staat een uitgebreide noot (65) bij deze passage die begint met de opmerking dat de ‘description of serveral aspects of this experiment is simplified for brevity’

    relevant ivm de kritiek van Marleen, lijkt me dat er een hoop ‘cryptic variation’ werd gevonden, ‘variation that one can not normally detect on the level of phenotypes, butthat can become visible in a new environment.. ‘Over de verklaring daarvan door genotype netwerken kunnen de geleerden van mening verschillen, maar je kunt dit resultaat niet wegredeneren. Dat geldt overigens ook voor die ‘andere verrassing’: je vindt meer innovatie (betere oplossingen) dan je denkt te kunnen voorspellen.

  239. Marleen maart 3, 2015 om 13:25

    Arno,

    Je schrijft:

    “Hoe zou de heterogene uitgangspopulatie in een van de twee lijnen in het tweede experiment van Hayden ontstaan kunnen zijn als er geen genotype-netwerk met de door Wagner beschreven structuur (veel korte levensvatbare wegen naar innovatie) zou zijn?”

    Hoe dat zou kunnen? Dat is heel eenvoudige en basic mutaties en selectie. Neem je een homogene populatie en je laat daar een error-prone polymerase op los, dan krijg vanzelf mutatie. Als je daarna ook nog eens selecteert op het fenotype “cleave substrate A”, dan houd je een heterogene populatie over met dat fenotype. Ik zie geen netwerken, ik zie eenvoudig mutatie en selectie.

    Neem je nu een homogene populatie en je vergelijkt die met de hierboven verkregen heterogene populatie, dan lijkt het me niet meer dan logisch dat je sneller het nieuwe fenotype “cleave substrate B” krijgt vanuit de heterogene populatie. De eerste homogene populatie heeft slechts een enkel startpunt van waaruit het nieuwe fenotype bereikt kan worden. De tweede heterogene populatie heeft er meerdere (van 5 to 10 varianten volgens Wagner) die elk een verschillend pad kunnen nemen om tot hetzelfde fenotype te komen.

    Het lijkt me zo voor de hand liggend dat daar geen verhaal over netwerken voor nodig is. Neem een homogene populatie bacteriën, een kloon, en vergelijk deze met een heterogene populatie voor de snelheid waarmee deze resistent zullen worden voor een bepaald antibioticum. Een heterogene populatie zal makkelijker dit fenotype bereiken, dat voel je toch op je klompen aan. Er zijn eenvoudigweg meer mogelijkheden om dit fenotype te bereiken.

  240. Marleen maart 3, 2015 om 13:27

    Harry,

    Het is met evolutie altijd opnieuw de vraag hoe complexiteit tot stand komt. Van de eerste lichtgevoelige cel, teruggaan naar de opsines, is hetzelfde als teruggaan naar de oorsprong van RNA en DNA. Het zogenaamde origin of life probleem.

    Gerdien is dacht ik al duidelijk geweest. Het is voornamelijk duplicatie, mutatie en eventueel selectie. Hoe je mogelijk tot de eerste sequenties RNA en DNA komt, weet niemand. De post die hierop volgt over vulkanische rotsen laat zien hoe DNA mogelijk langere sequenties heeft kunnen bouwen en hoe het dilemma van Spiegelman omzeild kan worden.

  241. harry pinxteren maart 3, 2015 om 16:14

    Marleen..

    “Het is met evolutie altijd opnieuw de vraag hoe complexiteit tot stand komt. ”

    Over die vraag gaat het ook de hele tijd, volgens mij. En die kun je niet beantwoorden met heel eenvoudig en basic: mutaties en selectie? Wat moeten we daar dan mee? Wat verklaar je daar dan wel mee?

    “Gerdien is dacht ik al duidelijk geweest. Het is voornamelijk duplicatie, mutatie en eventueel selectie.”

    Als jij denkt dat Gerdien mijn vragen al beantwoord kan hebben voor ik ze formuleerde, dan kun jij meer antwoorden lezen dan ik. Of dan weet jij meer dan ik.

    Dat je verder niet nodig vindt in te gaan op mijn punten, begrijp ik: het citaat van Barton legt alles uit en mutatie en selectie verklaren alles.

    Behalve natuurlijk hoe complexiteit tot stand komt. Tja.

  242. Arno Wouters maart 3, 2015 om 17:12

    Marleen schreef over het experiment van Eric Hayden:

    Een prachtig experiment, behalve dat het niets aantoont over netwerken. Het laat simpelweg zien hoe je met een heterogene populatie sneller een bepaald fenotype ziet verschijnen dan met een homogene populatie.

    Ik vroeg:

    Hoe zou de heterogene uitgangspopulatie in een van de twee lijnen in het tweede experiment van Hayden ontstaan kunnen zijn als er geen genotype-netwerk met de door Wagner beschreven structuur (veel korte levensvatbare wegen naar innovatie) zou zijn?”

    Marleen antwoordt:

    Neem je een homogene populatie en je laat daar een error-prone polymerase op los, dan krijg vanzelf mutatie. Als je daarna ook nog eens selecteert op het fenotype “cleave substrate A”, dan houd je een heterogene populatie over met dat fenotype.

    Dat laatste gebeurt alleen als er een genotype netwerk is. Is dat er niet dan zijn geen van de mutaties levensvatbaar en houdt je dus de oorspronkelijke homogene mutatie.

    Ik zie geen netwerken, ik zie eenvoudig mutatie en selectie.

    Misschien kijk je niet goed? Roep je bij de traditionele adaptive landscape modellen in de populatiegenetica, ook ‘ik zie geen fitness-landschap, ik zie eenvoudig mutatie en selectie’?

    Mutatie en selectie zijn inderdaad de enige *processen* die hier een rol spelen. Wagner beweert niet anders. Zijn experimenten betreffen de condities waarin een van deze processen (mutatie) zich afspeelt en de invloed daarvan op het ontstaan van nieuwe fenotypen.

    Neem je nu een homogene populatie en je vergelijkt die met de hierboven verkregen heterogene populatie, dan lijkt het me niet meer dan logisch dat je sneller het nieuwe fenotype “cleave substrate B” krijgt vanuit de heterogene populatie. De eerste homogene populatie heeft slechts een enkel startpunt van waaruit het nieuwe fenotype bereikt kan worden. De tweede heterogene populatie heeft er meerdere (van 5 to 10 varianten volgens Wagner) die elk een verschillend pad kunnen nemen om tot hetzelfde fenotype te komen.

    Wat “niet meer dan logisch” is en wat niet hangt natuurlijk af van je premissen. Op basis van alleen de theorie van mutatie en selectie is er niets te zeggen over het verschil in snelheid waarmee het nieuwe fenotype ontstaat, omdat die snelheid afhangt van de structuur van het relevante genotype netwerk. Als er maar een genotype is dat het nieuwe fenotype kan produceren en er maar een levensvatbare weg van het oorspronkelijke genotype naar dat nieuwe fenotype zou zijn, zou het fenotype in de homogene populatie gemiddeld net zo snel moeten opduiken als in de heterogene. Dat het dat niet doet zegt dus iets over de structuur van het genotype-netwerk.

    Overigens: in het boek zegt Wagner niet dat er 5 tot 10 varianten zijn (het kan zijn dat je dit uit het artikel hebt, dat artikel heb ik niet gelezen). Hij zegt “the molecules in the population differed from the starting RNA by an average of five letters, and some by as many as ten letters” (p. 133 – Harry citeerde het hierboven ook al). Dit suggereert dat er véél meer dan 5-10 varianten zijn. Zonder genotype netwerk zouden er nooit zoveel varianten hebben kunnen ontstaan.

    Neem een homogene populatie bacteriën, een kloon, en vergelijk deze met een heterogene populatie voor de snelheid waarmee deze resistent zullen worden voor een bepaald antibioticum.

    Mits de genetisch heterogene populatie uit de genetisch homogene populatie ontstaan is en qua resistentie niet afwijkt van de oorspronkelijke populatie, lijkt dat me een interessant experiment.

    Een heterogene populatie zal makkelijker dit fenotype bereiken.

    Indien dit het geval blijkt te zijn lijkt het me een goede ondersteuning voor Wagners opvatting.

    Er zijn eenvoudigweg meer mogelijkheden om dit fenotype te bereiken.

    Ah, dus jij weet zonder het experiment te doen al dat Wagner gelijk heeft? Of is het experiment al gedaan? In dat geval zou ik zeer geïnteresseerd zijn in referenties!

    Zoals ik al eerder zei: je hebt je kans op de Nobelprijs gemist — de traditionele veronderstelling is immers dat er maar weinig mutaties levensvatbaar zijn en de wegen naar een nieuw fenotype vele generaties lang.

    • Arno Wouters maart 3, 2015 om 17:41

      “Is dat er niet dan zijn geen van de mutaties levensvatbaar en houdt je dus de oorspronkelijke homogene mutatie.”

      moet zijn “Is dat er niet dan zijn geen van de mutaties levensvatbaar en houdt je dus de oorspronkelijke homogene populatie.”

  243. Marleen maart 3, 2015 om 21:28

    Harry,

    Denk je nu werkelijk dat er iemand in staat is jou in een comment onder een blog te laten zien hoe complexiteit ontstaat of toeneemt? Ik vermoed dat daar veel boeken over geschreven zijn. Misschien moet je daar eens wat gaan rondkijken.

    Bovendien kun je dit probleem bekijken op moleculair niveau of op het niveau van organismen. Op niveau van organismen is er sprake van zowel afname als toename van complexiteit en dat hangt af van hoe veeleisend de omgeving is. Toename van complexiteit heeft te maken met co-evolutie en een echte strijd om nutriënten en ruimte tussen de verschillende soorten.

    Maar ik neem aan dat je verwijst naar het moleculaire niveau. De evolutie van opsines en die van kleurenzien is een zeer interessant onderwerp, maar ik kan je daar niet bij helpen. Ik kan alleen hypothesen opwerpen, maar daar heb je niet veel aan. Lucas Brouwers weet er veel meer van:

    Animal vision evolved 700 million years ago

  244. Marleen maart 3, 2015 om 21:32

    Arno,

    Dit begrijp ik niet:

    “Op basis van alleen de theorie van mutatie en selectie is er niets te zeggen over het verschil in snelheid waarmee het nieuwe fenotype ontstaat, omdat die snelheid afhangt van de structuur van het relevante genotype netwerk. Als er maar een genotype is dat het nieuwe fenotype kan produceren en er maar een levensvatbare weg van het oorspronkelijke genotype naar dat nieuwe fenotype zou zijn, zou het fenotype in de homogene populatie gemiddeld net zo snel moeten opduiken als in de heterogene. Dat het dat niet doet zegt dus iets over de structuur van het genotype-netwerk.”

    Mijn idee is het volgende:

    Een homogene populatie bestaat uit één genotype. Wil daaruit een nieuw (=“cleave substrate B”) fenotype ontstaan, dan zullen daar misschien vijf manieren voor bestaan. D.w.z. vijf verschillende volgorden van stappen in mutaties die leiden tot het nieuwe fenotype. Voor vijf nemen we n, want het kunnen er ook zes of vier zijn, dat weten we niet precies.

    De heterogene populatie bestaat uit z genotypen. Elk van deze genotypen heeft rond de n mogelijkheden om tot het nieuwe fenotype te komen. Dat betekent dat er in die populatie z x n mogelijkheden wegen zijn om tot het nieuwe fenotype te komen. De kans is daarmee groter dat er tussen al deze genotypen één of twee zitten die reeds met één kleine mutatie het nieuwe fenotype bereiken. Dat gebeurt dus relatief snel. Daarmee kan het verschil in snelheid verklaard worden. Ook hier kan ik geen netwerken ontdekken.

    • Arno Wouters maart 4, 2015 om 17:17

      Marleen, je beschrijft hier een genotype-netwerk dat het verschil in snelheid zou verklaren. Volgens mij klopt de manier waarop je dat genotype-netwerk beschrijft niet (ik heb geprobeerd om een genotype-netwerk te tekenen van z genotypen die elk n levensvatbare paden hebben naar een nieuw fenotype (waarbij n en z ongeveer 5) terwijl er z x n mogelijkheden zijn om tot dat nieuwe fenotype te komen, maar dat lukt niet)* maar dat is eigenlijk niet van belang voor het punt hier (nl. “op basis van alleen de theorie van mutatie en selectie is er niets te zeggen over het verschil in snelheid waarmee het nieuwe fenotype ontstaat, omdat die snelheid afhangt van de structuur van het relevante genotype netwerk”). Wat wel van belang is: als je gelijk zou hebben zou in het door jouw beschreven genotype-netwerk het snelheidsverschil optreden, in een netwerk waarin er maar één genotype is dat het nieuwe fenotype kan produceren niet. De snelheid van innovatie is dus afhankelijk van de structuur van het genotype-netwerk. Daar lijken we het over eens te zijn. Toch? Zo nee, wat precies ben je dan niet met me eens?

      * graph theorie is wel een stukje moeilijker dan combinatoriek!

    • Arno Wouters maart 4, 2015 om 17:20

      En zo ja, wat bedoel je als je zegt “ook hier kan ik geen netwerken ontdekken”?

  245. jeroenj maart 4, 2015 om 00:09

    @Marleen: Ook hier kan ik geen netwerken ontdekken.

    Je bent er al voorbij.
    De heterogeenste populatie met allemaal hetzelfde fenotype IS het genotypenetwerk.

    Je populatie kan door selectie heterogeen gemaakt zijn (Kan dat, denk je? Ik niet),
    door Arno’s kabouter (Kan dat, denk je? Ik niet)
    of je populatie kan steeds heterogener worden door leden die stapje voor stapje random muteren zonder van fenotype te veranderen. (Dat kan wel, denk ik. Je moest eens weten, zegt Wagner)

    En als er iemand wél van fenotype verandert kukelt ie (per definitie) uit het genotypenetwerk en heet ie óf “dood” óf “innovatie”.

  246. leonardo maart 4, 2015 om 09:29

    Marleen et alii,

    er zijn momenteel een paar heel andere zaken die mij zeer bezig houden

    PER ORA ASSENTE

    perché, Horatio Pinxteren, sono tante cose tra Terra e Luna da guardarsi
    tante belle cose

    • harry pinxteren maart 4, 2015 om 12:58

      leonardo, google vertalingebn worden wel steeds beter, maar of ze helemala kloppen, kan ik niet controleren

      maar zover ik het begrijp: helemaal mee eens.

  247. Marleen maart 4, 2015 om 12:51

    Jeroen,

    Nergens zei ik dat heterogene populaties door selectie gemaakt zijn. Integendeel, selectie zorgt er eventueel voor dat de ‘overlevers’ minder heterogeen zijn dan de oorspronkelijke generaties.

    In het experiment van Hayden wordt een error-prone polymerase gebruikt. Dat enzym zorgt ervoor dat er mutaties plaatsvinden (error-prone is overigens een eigenschap van alle in de natuur voorkomende polymerasen). Daarmee ga je via mutatie van een homogene naar een heterogene populatie. Gedurende deze cycli van error-prone replicatie wordt voortdurend geselecteerd op één fenotype (cleave substrate B). Dat er vervolgens naast elkaar meer dan één sequentie aan opeenvolgende mutaties blijken te zijn die naar dit fenotype leiden, is naar mijn idee niet verrassend.

    Dat er (random) mutaties mogelijk zijn zonder van fenotype te veranderen is ook niet verrassend. Mocht niemand eerder dit soort mutaties aangetoond hebben, dan heeft Wagner zeker iets belangrijks gevonden. Toch heb ik het idee dat we allemaal weten dat er onder één fenotype meerdere genotypen schuil kunnen gaan.

    • jeroenj maart 4, 2015 om 15:46

      Zonde van je tijd dan, het lezen van Wagners boek, en al onze reacties er op.
      Ik heb er best veel aan gehad voor het aanscherpen van ideeën, begrip en inzichten. Bedankt voor de aandacht die je er op vestigde, en de door je blog geboden discussietijd en -ruimte..

    • Arno Wouters maart 4, 2015 om 17:51

      “Toch heb ik het idee dat we allemaal weten dat er onder één fenotype meerdere genotypen schuil kunnen gaan.”

      Ja dat wisten we inderdaad allang. Helaas is dat (achter één fenotype kunnen meerdere genotypen schuil gaan) niet voldoende om het snelheidsverschil te verklaren. Wat ook van belang is, is de ligging van die fenotypen ten opzichte van elkaar (d.w.z. de verspreiding van die fenotypen over het netwerk), de bereikbaarheid via levensvatbare mutatiepaden en de lengte van die paden. En daarover wisten we voorzover ik weet helemaal niets (maar ik laat me graag overtuigen met een paar referenties).

      Iets concreter: we weten sinds het begin van de 60-er jaren dat het overgrote deel van de aminozuursubstituties in eiwitten neutraal zijn (vandaar dat we ze kunnen gebruiken als moleculaire klok). Laten we aannemen dat dit betekent dat ze functioneel gelijk zijn en laten we fenotype definiëren als functioneel gelijk. Dergelijke neutrale substituties liggen echter in een cluster in het genotype netwerk. Wagners onderzoek wijst er op dat er niet een zo’n cluster is maar dat er overal verspreid over het genotype netwerk van dergelijke clusters liggen (er zijn dus eiwitten waarvan de aminozuurvolgorde in niets op elkaar lijkt en die mogelijk een heel andere ruimtelijke vorm hebben die functioneel aan elkaar gelijk zijn).

  248. harry pinxteren maart 4, 2015 om 12:53

    Jeroenj
    (en uiteraard ook Arno
    en niet te vergeten Marleen)

    jeroenj, precies: “je populatie kan steeds heterogener worden door leden die stapje voor stapje random muteren zonder van fenotype te veranderen. (Dat kan wel, denk ik. Je moest eens weten, zegt Wagner)”

    Ofwel: Our observations suggest that latent phenotypes are pervasive in regulatory circuits, and may thus be an important source of evolutionary adaptations and innovations involving gene regulation. Payne and Wagner BMC Systems Biology 2014, 8:64 http://www.biomedcentral.com/1752-0509/8/64

    De crux is volgens mij dat darwinisten (van het type dat o.a door Lynch, Moran, PZ en Stoltzfus om maar eens een paar namen NIET te noemen, zoals C. Woese en N Goldenfeld bijvoorbeeld ( geintje)) impliciet of expliciet denken dat ‘Je populatie(s) door selectie heterogeen gemaakt zijn (Kan dat, denk je? Ik niet)’.

    Met andere woorden, het idee is dat door selectie innovatie kan ontstaan. Het is de kern van de metafoor van ns als beeldhouwer, als demiurg, die werkt door steady accumulation of the slightest variation.

    Hoe klein kan die variation dan zijn? Heel klein hebben we gezien. Maar het maakt niet uit: hij moet hoe dan ook ‘profitable zijn- een voordeel hebben- wil ‘ns er wat mee ´kunnen doen´(Dixit Darwin). En wat ´kan´ ns dan ´doen´? Alleen datgene wat selectie kan natuurlijk: selecteren. Selectie selecteert. De semantiek is glashelder. Lijkt me. ´

    Intrigerend, dat het idee van ns als verklaring zo hardnekkig is. Zie ook de ‘uitleg’ die Gerdien me geeft van de evolutie van trichromaliteit: ze begìnt bij genduplicatie en ja dan heb je natuurlijk mutatie en selectie: in die volgorde. Maar ze begint bij wat je noemt een profitable variation’. De vraag is uiteraard hoe je aan dat origineel komt. Of hoe zat het met de arrival?

    Het belangrijkste punt dat mutationisten als Wagner maken (zie zijn metafoor van universele bibliotheek en zijn vermeende crypto/creationisme) is volgens mij samengevat in de hamvraag die Schuster in 2011 stelde (ref zie diverse blogs van Marleen): hoe kom je van (nucleotide)sequenties op (biologische) functies? Het blijkt al met al niet alleen zeer lastig de associaties te vinden (GWAS), maar associatie is ook nog steeds geen causatie.

    Enfin, ik zie al mijn mutationistische ideeën hier alleen maar bevestigd dankzij de reacties van jeroenj en Arno, maar vooral door de antwoorden van Marleen en Gerdien. Wat hen betreft zal ik dus betere manieren moeten verzinnen om mijn vooroordelen te kunnen weerleggen!

    …..eens even goed nadenken:-)

  249. harry pinxteren maart 4, 2015 om 15:49

    Marleen

    bedankt voor de link. Ik had het verhaal al op een oude stapel liggen, maar een mooie gelegenheid het eens te lezen

    Mooi voorbeeld ook van mutationisme, volgens mij:

    `placozoan opsins cannot bind retinal, because they lack the amino acid to which binds retinal (juist datgene van de opsine dat fotonen kan vangen zeg maar). Het gaat om ‘lysine-296′. Eén aminozuur, een mutatie/´variation´, maakt het verschil tussen wel en geen functionaliteit. En deze lag werkelijk bijna letterlijk om de hoek (vrij naar Wagner).

    Waarom is dit een tegenvoorbeeld volgens jou?

    Voor de belangstellenden: er is een heel thema nr van jeb.biologists.org/content/current gewijd aan de evolutie van neuronen en hersens.

  250. jeroenj maart 4, 2015 om 16:20

    Je ziet misschien iets verraderlijks over het hoofd wat selectie wél kan: soorten laten ontstaan.

  251. Marleen maart 4, 2015 om 21:40

    Jeroen,

    Het boek van Wagner was wat mij betreft zeker geen tijdverspilling en jullie reacties ook niet. Mocht je duiden op het feit dat ik nog steeds niet overtuigd ben en dat het daarom zonde van de tijd was, dan klopt dat niet helemaal. Mocht je het idee hebben dat ik jullie reacties niet lees of niet begrijp, dan is dat ook niet waar.

    Ik vind het heel vaak een interessante discussie, precies omdat ik van mening verschil met de meeste reageerders. Denk niet dat ik gewoon de poot stijf houd, het is eerder het idee dat ik niet inzie wat Wagner nu precies toevoegt behalve een nieuw vocabulaire.

    Heel aardig dat je me bedankt. Ik bedank jou ook en hoop van harte dat je opnieuw van je laat horen.

  252. Marleen maart 4, 2015 om 21:42

    Arno,

    Je schrijft:

    “Helaas is dat (achter één fenotype kunnen meerdere genotypen schuil gaan) niet voldoende om het snelheidsverschil te verklaren.”

    Als we de homogene populatie vergelijken met de heterogene populatie die beide eenzelfde fenotype moeten ontwikkelen, d.w.z. dat is de opzet van het experiment, dan is dat te vergelijken met het kopen van een heleboel dezelfde loten (dat kan in de realiteit niet, maar dat moeten we ons maar even voorstellen; dit is equivalent aan de homogene populatie) en het kopen van een heleboel verschillende loten (de heterogene populatie). Het winnende lot staat voor het te bereiken fenotype.

    Het is eenvoudig te begrijpen dat de aankoop van veel verschillende loten meer kans geeft op het winnende lot. Een grotere kans betekent ook dat het fenotype makkelijker ofwel sneller bereikt zal worden. Er zijn nu eenmaal veel verschillende genotypen waarvan er allicht een aantal zijn waarbij één mutatie genoeg is om het fenotype te bereiken.

    Daarna schrijf je:

    er zijn dus eiwitten waarvan de aminozuurvolgorde in niets op elkaar lijkt en die mogelijk een heel andere ruimtelijke vorm hebben die functioneel aan elkaar gelijk zijn)

    Dat er eiwitten zijn met een ander primaire structuur die dezelfde functie hebben is heel goed mogelijk, maar dat er eiwitten zouden zijn met een totaal andere tertiaire structuur die dezelfde functie hebben, dat betwijfel ik. Daar zou ik wel een voorbeeld van willen zien. Maar dat is een detail en heeft weinig met de discussie te maken.

  253. Marleen maart 4, 2015 om 21:44

    Harry,

    Je vroeg je af hoe opsines konden ontstaan door mutatie en selectie. Ik dacht dat het verhaal van Lucas Brouwers daar een mooie illustratie van was.

    Het feit dat er zich één mutatie voordeed en dat daarmee de functionaliteit veranderde lijkt mij niet bepaald een voorbeeld van mutationisme. Het is een mutatie. De zogenaamde Darwinisten ontkennen toch niet dat mutatie aan de bron staat van variatie? Of wel?
    Een mutationist denkt dat evolutie met sprongen gaat, een Darwinist denkt dat het geleidelijk gaat. De opsine in kwestie is van geen van beide stromingen een voorbeeld. Het is eenvoudig een mutatie. Ik snap niet waarom je per se al het water naar je eigen molen wilt leiden.

  254. nand braam maart 4, 2015 om 22:55

    Misschien zeg ik, als niet-bioloog, nu iets doms, het zij zo. Ik krijg de indruk uit de discussies over het boek van Wagner dat zodra mensen (al of niet professioneel bioloog zijnde) zich verdiept hebben in wiskundige biologie en/of systeembiologie, er bij hen een ander inzicht ontstaat over evolutie dan bij de klassieke bioloog. Of lijkt dat maar zo? Wagner heeft, dacht ik, ook speciaal mensen aangetrokken, die verstand hebben van wiskunde, informatica etc. om de probleemstelling ook langs die weg te benaderen.

    • Arno Wouters maart 4, 2015 om 23:56

      “Ik krijg de indruk uit de discussies over het boek van Wagner dat zodra mensen (al of niet professioneel bioloog zijnde) zich verdiept hebben in wiskundige biologie en/of systeembiologie, er bij hen een ander inzicht ontstaat over evolutie dan bij de klassieke bioloog.”

      Dat zou best eens kunnen!

      Toen ik Marleen maart 3, 2015 om 21:32 las begon ik te vermoeden dat het verschil tussen Marleens lezing van Wagner en de mijne te maken heeft met een verschil in wiskundige achtergrond. En haar vergelijking met een loterij heeft die indruk versterkt.

      Toen ik Marleens “Dat betekent dat er in die populatie z x n mogelijkheden wegen zijn om tot het nieuwe fenotype te komen” las dacht ik ‘hoe kun je dat nu vanzelfsprekend vinden?’. Het is voor mij juist evident dat het in een graph niet noodzakelijk zo is dat als je n genotypen met elk z wegen hebt er dan z x n mogelijke wegen zijn. Sterker nog dat dat alleen in heel uitzonderlijke netwerken het geval is.

      Als je echter in termen van loterijen denkt is de conclusie dat er z x n mogelijkheden zijn wel volkomen vanzelfsprekend.

      Dus ja, het verschil tussen Marleens visie en die van mij zou zeker te maken kunnen hebben met een verschil in kennis van systeemtheorieën.

    • jeroenj maart 5, 2015 om 10:28

      Definiëer “klassiek” en je hebt je antwoord, lijkt me!😉

  255. Arno Wouters maart 4, 2015 om 23:36

    Marleen schrijft

    Als we de homogene populatie vergelijken met de heterogene populatie die beide eenzelfde fenotype moeten ontwikkelen, d.w.z. dat is de opzet van het experiment, dan is dat te vergelijken met het kopen van een heleboel dezelfde loten (dat kan in de realiteit niet, maar dat moeten we ons maar even voorstellen; dit is equivalent aan de homogene populatie) en het kopen van een heleboel verschillende loten (de heterogene populatie). Het winnende lot staat voor het te bereiken fenotype.

    Eh, Marleen mag ik je er even aan herinneren dat evolutie door mutatie en selectie, zoals Wagner met zijn hyperastronomische combinaties tracht uit te leggen en bovenal zoals je zelf herhaaldelijk benadrukt hebt geen kwestie van het uitproberen van willekeurig combinaties is? Dat betekent dus dat een loterij geen goed model is!

    Een graph is daarentegen wel een goed model.

    In een loterij hangt de snelheid af van 1) is het een loting met teruglegging of niet, en 2) de frequentieverdeling.

    In een graph daarentegen hangt de snelheid behalve van de fenotypen-frequentie zoals ik zei ook af van “de ligging van die fenotypen ten opzichte van elkaar (d.w.z. de verspreiding van die fenotypen over het netwerk), de bereikbaarheid via levensvatbare mutatiepaden en de lengte van die paden.”

    In een eerder commentaar zei ik het al: “graph theorie is wel een stukje moeilijker dan combinatoriek!”.

    Ik ben trouwens erg benieuwd naar het antwoord op mijn vragen in dat vorige commentaar: ben je het met me eens dat de snelheid van innovatie is afhankelijk is van de structuur van het genotype-netwerk. Zo nee, wat precies ben je dan niet met me eens? Zo ja, wat bedoel je als je zegt “ook hier kan ik geen netwerken ontdekken”?

  256. Marleen maart 5, 2015 om 08:38

    Arno,

    Alvast een kort antwoord op je laatste vragen. Het is niet dat ik ze probeer te ontwijken, maar ik kan met je vraag niet veel.
    Ik zie nog steeds geen netwerken (hoewel jeroen daar een heel duidelijk beeld van geschetst heeft). Laten we zeggen: ik zie nog steeds de noodzaak niet voor netwerken als uitleg voor het experiment van Hayden.
    Innovatie is voor mij een ongedefinieerde term. Of deze afhankelijk zou zijn van de structuur van het genotype-netwerk is dus niet te beantwoorden voor mij.

    Ik kom later terug op het verhaal over kansberekening en de loterij

  257. Arno Wouters maart 5, 2015 om 13:18

    “Innovatie is voor mij een ongedefinieerde term.”

    Ik heb al een paar keer een definitie van ‘innovatie’ gegeven, hier bijvoorbeeld:

    Innovatie is het ontstaan van genotypen die levensvatbaar zijn in een omgeving waarin hun voorouders dat niet waren

    Jij antwoordde:

    Dat is eigenlijk een gewone ordinaire mutatie, waarbij selectie bepaalt welk van de verschillende mutaties voordelig is of niet. Ik begrijp niet waar de innovatie in schuilt. De term is overbodig.

    Overbodig is niet hetzelfde als ongedefinieerd ….

    De reden waarom de term ‘innovatie’ volgens mij niet overbodig is heb ik ook al genoemd:

    Innovatie is het te verklaren verschijnsel, niet een verklaring. De verklaring ligt in de combinatie van mutatie, selectie en genotype-netwerken

    Als ik naar het leven en haar geschiedenis kijkt zie ik een aantal interessante verschijnselen. Eén daarvan is adaptatie, een andere is soortsvorming, een derde is het ontstaan van een grote verscheidenheid aan complexe vormen die in heel verschillende milieus kunnen leven. Deze lijst is verre van uitputtend natuurlijk. Laten we het laatste verschijnsel aanduiden als ‘innovatie’.

    In de evolutiebiologie worden deze verschijnselen verklaard op basis van mutatie, recombinatie, gene-flow, selectie, drift en de omstandigheden waarin die processen zich afspelen. Wagner doet niet anders.

    Als je zegt dat een innovatie een gewone ordinaire mutatie is dan verwar je dus een veronderstelde verklaring (mutatie) met het te verklaren verschijnsel (@Harry: inderdaad de cirkel is weer eens rond).

    Een belangrijke reden om aparte termen voor het te verklaren verschijnsel en de verklaring te hebben is dit: als de verklaring niet klopt volgt daar niet uit dat het verschijnsel niet bestaat.

    Het grappige is nu dat er voorzover ik weet geen enkele bioloog ooit gedacht heeft dat mutatie afdoende verklaring is voor innovatie. Ook Wagner denkt dat niet. Vandaar dat het extra belangrijk is om de termen ‘mutatie’ en ‘innovatie’ niet aan elkaar gelijk te stellen!

    • harry pinxteren maart 5, 2015 om 13:58

      arno

      inderdaad de cirkel is weer eens rond).

      Wat me interesseert, is dat we er niet in slagen dat Marleen diets te maken. Ik heb het geprobeerd met toelichtingen van Eigen, Schuster, Gould. Het lukt niet.

      Zelfs bij Gerdien lukte het niet, terwijl ze een mooi voorbeeld geeft van hoe cirkels werken: ze verklaart het voordeel van trichomaliteit door te beginnen met een gen duplicatie. Dan heb je mutatie en dan selectie- in die volgorde (zie boven).

      Op mijn vraag waar dat origineel dan vandaan komt en of dat ook simpel een kwestie is van mutatie en selectie, heb ik nog geen antwoord.

      Dit soort redeneringen komen ook veel in de psychologie voor (in het behaviorisme bijvoorbeeld). Fodor noemt dit soort redenering ‘in media res’. Dat is de kleine broer of zus van de cirkel: innovatie als verklaring opvoeren.

      Darwinisme, dat lijkt soms wel zoiets als ‘circles all the way down!’…

      De mantra non random selectie van random variaties, klopt altijd. Dat is het grote probleem, volgens mij. Maar dat hadden we al eens vastgesteld. We zijn intussen nog niet veel verder!

      ps Als het gaat om loterijen en zo, moet je eens kijken naar het werk aan de gene-resolution map of the human genome in 3D” published last week in Cell (DOI: http://dx.doi.org/10.1016/j.cell.2014.11.021),

  258. harry pinxteren maart 5, 2015 om 13:37

    Marleen en verder iedereen

    ‘Je snapt niet waarom ik per se al het water naar mijn eigen molen wilt leiden.’ Maar ik probeer alleen maar of je mijn vooroordelen kunt weerleggen maart 4, 2015 om 12:53

    Tot nu toe lukt dat niet echt. We vallen ook in herhalingen en navenante onduidelijkheden. Neem je opmerking: “De opsine in kwestie is van geen van beide stromingen een voorbeeld. Het is eenvoudig een mutatie.”

    Natuurlijk is het een mutatie, maar hoe kan één aminozuur méér, erbij, zo’n verschil maken. Dat is op geen enkele manier te begrijpen vanuit ns. Dat is de crux van het boek van Wagner en, niet te vergeten, van zijn laatste zinnen waar jij zo over struikelde.

    Daar wringt ook de schoen, want deze manier van denken staat ver af van het denken in termen van stochasten dat kennelijk zó diep ingebakken zit dat je in eerste instantie inderdaad leek toe te geven dat dobbelen en roulette slechte modellen zijn, maar dat je daar nu weer op terugkomt.
    Je hebt, en ik denk daarom, ook een verkeerd beeld van mutationisten.

    Die denken helemaal niet per se dat evolutie met sprongen gaat. Wagner laat juist zien dat evolutie met random walks gaat. Een mutationist is- dat was al vóór Hugo de Vries het geval- vooral geïnteresseerd in ‘life’s innovability’ (Wagner), in de evolutie van nieuwigheid. En het voorbeeld van dat ene aminozuur laat zien dat een klein verschil inderdaad veel nieuwigheid kan produceren, met grote gevolgen. Noem het een sprong, een voordeel, dat mag ook: Er zij licht!

    Het ‘spelletje van Wagner’ zoals je het noemde, probeert daar meer zicht op te krijgen.

    Nou we het daar toch over hebben, hoe zit het met die ‘cryptic variation’ d.w.z. variation that one can not normally detect on the level of phenotypes, but that can become visible in a new environment’ waar Wagner het over heeft in een noot bij zijn bespreking van het Hayden experiment (maart 2, 2015 om 17:05) , en die tweede verrassing die dat experiment opleverde? Geen verrassing?😉

  259. Arno Wouters maart 5, 2015 om 13:44

    Marleen je schreef:

    Een homogene populatie bestaat uit één genotype. Wil daaruit een nieuw (=“cleave substrate B”) fenotype ontstaan, dan zullen daar misschien vijf manieren voor bestaan. D.w.z. vijf verschillende volgorden van stappen in mutaties die leiden tot het nieuwe fenotype. Voor vijf nemen we n, want het kunnen er ook zes of vier zijn, dat weten we niet precies. De heterogene populatie bestaat uit z genotypen. Elk van deze genotypen heeft rond de n mogelijkheden om tot het nieuwe fenotype te komen. Dat betekent dat er in die populatie z x n mogelijkheden wegen zijn om tot het nieuwe fenotype te komen.

    Ik antwoordde dat je hier een genotype-netwerk beschrijft en vroeg:

    ben je het met me eens dat de snelheid van innovatie afhankelijk is van de structuur van het genotype-netwerk. Zo nee, wat precies ben je dan niet met me eens? Zo ja, wat bedoel je als je zegt “ook hier kan ik geen netwerken ontdekken”?

    Jij antwoordt nu:

    Ik zie nog steeds geen netwerken

    Mag hieruit concluderen dat de structuur die jij beschrijft (z genotypen, elk met n begaanbare wegen om tot een bepaalde innovatie te komen en z x n begaanbare mogelijkheden in totaal) niet als een netwerk ziet? Of wil is je bewering algemener bedoelt en wil je beweren dat dergelijke structuren er helemaal niet toe doen?

  260. jeroenj maart 5, 2015 om 13:58

    Terzijde: Ik vermoed dat een definitie van innovatie iets behoudender mag dan die van Arno. De definitie van Arno zou je a, denk ik, een adaptatie kunnen noemen. Het lijkt mij zinniger om innovatie te definiëren als ruwweg: “nieuw voer voor eventueel positieve selectie” zodat er alle fenotypische (nieuwe!) verandering onder mag vallen die reproductie toelaat.

    In Wagners termen: Eén stap naar buiten het genotype-netwerk dat een levensvatbaar nieuw fenotype levert.

  261. harry pinxteren maart 5, 2015 om 14:10

    jeroenj

    het lijkt me dat juist de kern: dat een stapje al genoeg kan zijn, een amnizuur, zoals bijv ‘lysine-296′. maart 4, 2015 om 15:49. Maar: een klein verschil kan grote gevolgen hebben.

    Ik vind het verder allemaal prima zolang je als Arno zegt maar in de gaten hebt dat ‘Innovatie het te verklaren verschijnsel is, niet een verklaring.. “

  262. pluri bara maart 5, 2015 om 16:38

    Goed, nu zijn we twee weken verder en er werd hier werkelijk helemaal niks toegevoegd. Iedereen doet een duit in het zakje maar het zakje blijft gewoon net zo leeg als het was. Veel duplicatie-mutatie geblabla, maar geen enkel experiment of berekening die aantoont dat we te maken hebben met wetenschappelijke scenarios.De creationistische visie is net zo wetenschappelijk als het geblabla hier. Geen van beide visies is toetsbaar. Verhalen achteraf, hoe iets zou kunnen zijn gekomen, kan iedereen voor zich zelf wel bedenken. Story-telling dus.

    Marleen: “Een homogene populatie bestaat uit één genotype ”

    P: IS dit een statement of zo? Want zelf een homogene populatie bestaat uit net zo veel genotypes als er individuen zijn door recombinatie en reshuffling van TEs.

    Marleen: Wil daaruit een nieuw (=“cleave substrate B”) fenotype ontstaan, dan zullen daar misschien vijf manieren voor bestaan.”

    PB: Van de hoeveel mogelijkheden??? En heeft elke mutatie zo’n groot reproductief (selectief) voordeel dat er een nieuw (redundant) enzym ontstaat??? Weet, wel dat elke duplicatie een reundant gen oplevert. En zulke duplicaten verdwijnen gewoon weer door random mutaties. Dit type van evolutie door genduplicatie, voorgesteld door Susomo Ohno, is door de grote genoomprojectectn weerlegd. Geen associatie genduplicatie met genredundantie.

    U allen loopt achter een hersenschim aan. Elk nadenkend mens kan dat inzien, want het is geen rocketscience, maar gewoon logica.

    Marleen: D.w.z. vijf verschillende volgorden van stappen in mutaties die leiden tot het nieuwe fenotype.

    PB: Nee, dus, want er zijn honderden potentiele mutaties en de vijf waar je het over hebt, dienen een voor een te worden geslecteerd(fixeerd). Onmogeijk.

    Marleen: Voor vijf nemen we n, want het kunnen er ook zes of vier zijn, dat weten we niet precies. De heterogene populatie bestaat uit z genotypen. Elk van deze genotypen heeft rond de n mogelijkheden om tot het nieuwe fenotype te komen. Dat betekent dat er in die populatie z x n mogelijkheden wegen zijn om tot het nieuwe fenotype te komen.

    PB: Alleen door recombinatie kun je tot zo’n genotype komen, maar dat duurt miljoenen generaties.

    Alles valt weer keurig binnen het kader geleuter van het “what if type…”

    Ja, wat als evolutie echt was, dan dit en dan dat. Jammer dat het niet kan plaats vinden op de manier die Marleen/de Darwinist zich wenst.

  263. Marleen maart 5, 2015 om 17:43

    Arno,

    Bedankt voor het herhalen van je definitie. Waar het mij echter om gaat is wat Wagner er onder verstaat. Wagner stelt zelf dat het lastig is innovatie rigoreus te definieren, maar….enz. Om een heel artikel en boek te baseren op de term innovatie, zonder dat de term duidelijk gedefinieerd is lijkt mij om het zacht uit te drukken een zwak punt.

    http://www.ieu.uzh.ch/wagner/papers/Wagner_TIGS_2011.pdf

    link van Eelco (deze link download het artikel automatisch)

    Over verklaringen en te verklaren verschijnsels. Mutatie is op haar beurt ook een verschijnsel dat verklaard kan worden.

    Voor wat betreft de loterij zei ik in eerste instantie het volgende (enigszins aangepast):

    “Een homogene populatie bestaat uit één genotype. Wil daaruit een nieuw (=“cleave substrate B”) fenotype ontstaan, dan zullen daar misschien vijf manieren voor bestaan. D.w.z. vijf verschillende volgorden van stappen in mutaties die leiden tot het nieuwe fenotype. Voor vijf nemen we n, want het kunnen er ook zes of vier zijn, dat weten we niet precies.

    De heterogene populatie bestaat uit z genotypen. Elk van deze genotypen heeft rond de n mogelijkheden om tot het nieuwe fenotype te komen. Dat betekent dat er in die populatie z x n mogelijkheden wegen of volgorde van stappen zijn om tot het nieuwe fenotype te komen. De kans is daarmee groter dat er tussen al deze genotypen één of twee zitten die reeds met één kleine mutatie/stap het nieuwe fenotype bereiken. In dat laatste geval kan het fenotype zeer snel bereikt worden. Daarmee kan het verschil in snelheid verklaard worden. Ik heb geen netwerken nodig om dit verschil in snelheid te verklaren”.

    Dat ons verschil in visie hierover te wijten zou zijn aan gebrek aan kennis van systeemtheorie van mijn kant is natuurlijk weer zo’n argument waar we niets mee opschieten. Ik begrijp dat Nand de suggestie wil wekken dat wij of ik wiskundig niet genoeg onderlegd zijn om Wagner te bekritiseren omdat deze laatste beschikt over een groep slimme koppen. Ik begrijp ook dat het verleidelijk is daar in mee te gaan en de ander van gebrek aan kennis te beschuldigen. Ik kan me helaas niet aan de indruk onttrekken dat mijn loterij-voorbeeld als enige tegenargument het bestaan van netwerken opgeworpen krijgt. De netwerken zouden alles verklaren. Bereikt de heterogene populatie B het gezochte fenotype eerder dan de homogene populatie A dan is dat volgens jullie te danken aan de genotypische netwerken. Dat zegt mij helemaal niets.

    Jeroen en Arno stellen dat de homogene populatie nog geen netwerk heeft, en dat alleen de gemuteerde heterogene populatie een netwerk heeft, een genotypisch netwerk, met als fenotype “cleave substrate B”. Ik blijf van mening dat de heterogene populatie bestaat uit een verzameling genotypen die eenzelfde fenotype bepalen. Deze verzameling genotypen is door Wagner of Hayden geselecteerd op de capaciteit een bepaald substraat te knippen. Als jullie die verzameling genotypen een netwerk noemen, dan hebben we slechts een probleem van terminologie.

    • Arno Wouters maart 5, 2015 om 20:03

      Marleen, ik had 2 minuten nadat ik mijn reactie (Arno Wouters maart 4, 2015 om 23:56) op nand braam maart 4, 2015 om 22:55 verstuurd had er al spijt van. Niet omdat wat ik schreef niet zou kloppen, maar (1) omdat ik het niet zo leuk is om over iemand die aan de discussie deelneemt in de derde persoon te praten alsof ie er niet bij is, en (2) ik vreesde dat je mijn opmerking anders zou interpreteren dan bedoeld.

      Vanwege (1) biedt ik hierbij mijn excuses aan.

      Wat (2) betreft: mijn opmerking over kennis-verschil was natuurlijk niet bedoeld als argument. En natuurlijk verwijt ik je niet dat je bepaalde kennis niet hebt. Waarom zou ik? Het is meer zo dat ik in deze discussie heel erg mijn best doe om jou te begrijpen en helaas lukt dat me vaak niet. Het vermoeden dat er hier van kennis/ervarings/achtergronds verschil sprake zou zijn hielp me beter begrijpen wat er aan de hand was. Dat was wat ik tegen Nand probeerde te zeggen.

  264. Marleen maart 5, 2015 om 17:47

    Harry,

    Er is niemand die innovatie als verklaring opvoert. Je weet al langer dan dat we Wagner lazen, dat ik niet met de term overweg kan. Het riekt me teveel naar ‘foresight’ en naar design, waarbij het lijkt of een ‘innovator’ nieuwe soorten of adapties maakt. Als ik dan lees dat Wagner de term voortdurend gebruikt zonder te definiëren wat deze inhoudt dan heb ik er nog meer moeite mee.

    Nu we elkaar toch beginnen te beschuldigen van gebrek aan kennis merk ik hierbij op dat je aanhoudende triomfantelijkheid over het feit dat niemand jou uit kan leggen hoe (moleculaire) evolutie te werk gaat, meer zegt over jouw (on)begrip van evolutie, dan over de evolutietheorie zelf. Ik kan je blijkbaar niet duidelijk maken hoe mutatie en selectie te werk gaan. Vrijwel alle posts van mijn blog behandelen het ontstaan van leven en de abiogenese zoals het ontstaan van de code, replicatie van de eerste macromoleculen. Daar moet je de eerste sequenties zoeken waar mutatie en selectie het begin van evolutie inzetten. Nu weten ze niet precies hoe de macromoleculen ontstaan zijn, maar dat is het niveau tot waar je terug zult moeten gaan om te begrijpen waar ‘dat origineel vandaan komt’.

    Wat onder dit blog staat zou een discussie moeten zijn, en de ruimte is niet bedoeld om elkaar iets ‘diets’ te maken. Omdat ik van mening ben dat Wagner meer een nieuw vocabulaire uitvond dan de puzzel van evolutie op te lossen, probeer ik te laten zien dat bepaalde onderwerpen die hij behandelt heel goed zonder de introductie van netwerken en bibliotheken te verklaren zijn.

  265. Marleen maart 5, 2015 om 17:52

    PB,

    Wel even opletten. Je schrijft:

    P: IS dit een statement of zo? Want zelf een homogene populatie bestaat uit net zo veel genotypes als er individuen zijn door recombinatie en reshuffling van TEs.

    Het gaat in Hayden’s experiment om korte sequenties RNA die allemaal hetzelfde zijn. Dat is de homogene populatie in dit geval.

    Daarmee is de rest van je reactie ook ongeldig.

  266. leonardo maart 5, 2015 om 20:06

    Arno,

    een beetje in de haast – momenteel molto preoccupato – maar je vroeg me je attent te maken op …

    Je zegt Dus ja, het verschil tussen Marleens visie en die van mij zou zeker te maken kunnen hebben met een verschil in kennis van systeemtheorieën.

    Ik zou zeggen: dat kan niet kloppen.
    Het kennen van theorie over systemen kan jou niet helpen een visie te ontwikkelen over evolutie. Dan moet je zeker weten dat er systeem in evolutie zit. Ik zal mij aan de afspraak van postponement of judgment houden, dus ik hoor graag: hoe weet jij dat er systeem zit in evolutie? Dat is de voorwaarde om over de idee “evolutie” een visie te ontwikkelen vanuit de theorie van systemen.

    Het feit dat we grote lijnen zien wil niet zeggen dat er systeem is.

  267. jeroenj maart 5, 2015 om 20:33

    Ik heb van Paulien Hogeweg (die we liefkozend ‘Highway to Hell’ noemden, waarschijnlijk omdat haar colleges ‘theoretische biologie’ en ‘patroonanalyse’ met onze haast chronische katers lastig te volgen waren) geleerd:

    We definiëren ‘systeem’ als ‘datgene waar we het over hebben’.

  268. leonardo maart 5, 2015 om 20:48

    jeroen,
    als dat weer het vrijblijvende verhullende nieuwe praten (over evoluite) moet zijn ken ik er nog wel een paar

  269. jeroenj maart 5, 2015 om 22:03

    Op vrijblijvende verhullende praat hoop ik hier niet betrapt te worden.

    Het was een kwinkslag, maar als het niet als zodanig wordt opgevat zal ik serieus proberen uit te leggen wat ik er mee bedoel. Je hebt soms bij complexe zaken waar je verbanden in vermoedt korte termen nodig om het er over te kunnen hebben zonder je focus op je doel kwijt te raken.

    Biologen hebben dus het lef om het bijvoorbeeld over “soort” te hebben bij fossielen of bacteriën, over “populatie” bij epjes met RNA-strengen, of over “systeem” als ze een moeilijk te duiden complex geheel bedoelen waar de (vereiste?) samenhang om het een “systeem” te mogen noemen nog niet aangetoond is, of te wensen overlaat.

    Je loopt daarmee het gevaar dat mensen (met een andere agenda dan grip krijgen op de complexe materie) roepen: “En wat is dat dan? “soort”, “populatie”, “systeem”? Je weet verdorie niet eens waar je het over hebt!”

    Soms is dat prima, om de boel scherp te houden of een redenering te kunnen volgen, soms is het zuigerij, om andermans energie te verspillen.

    Mij lijkt het enorm logisch dat als je wat kennis hebt van “systeemtheorie”, je dat helpt logica, structuren, patronen, trends te helpen vinden en beoordelen in zoiets complex als evolutie. Ik heb géén idee wat je bedoelt met “Het kennen van theorie over systemen kan jou niet helpen een visie te ontwikkelen over evolutie. Dan moet je zeker weten dat er systeem in evolutie zit.”

    Wat ik zoal meekrijg aan theoretische kennis over samenhangende samengestelde gehelen (bijvoorbeeld in de vorm van differentiaalvergelijkingen, cellulaire automaten, interactienetwerken, hierarchische nesting) helpt mij naar mijn idee met mijn “visie” op evolutie.

    Ik ben dan ook heel benieuwd naar de repliek van Arno.

    • Arno Wouters maart 6, 2015 om 13:11

      Goed gezegd, Jeroen, ik heb het helemaal met je eens. Ik ben overigens niet van plan zelf een repliek te schrijven. Ik vind het niet belangrijk genoeg.

  270. Marleen maart 6, 2015 om 08:35

    Arno,

    Excuses geaccepteerd.

  271. Rob van der Vlugt maart 6, 2015 om 09:51

    Als je een boek voor de tweede keer leest zie je altijd weer meer dan de eerste keer. Zeker als tussen de eerste en de tweede lezing veel begeleidende informatie hebt kunnen ontvangen middels de discussie op dit blog.
    Intussen ben ik tot de overtuiging gekomen dat genotype networks een universum aan mogelijkheden biedt om op zijn beurt weer een universum aan fenotypes tevoorschijn te toveren. De latente mogelijkheden zijn zo gigantisch in aantal dat ik me afvraag hoe het toch mogelijk is dat we het hier op onze planeet met die paar soorten die we nu aantreffen moeten doen.
    Je zou bijna een mysterieuze kracht vermoeden die het boeltje vorm geeft, kneedt, beeldhouwt. Gemaakt heeft tot wat we nu zien als het ware.

    • jeroenj maart 6, 2015 om 12:39

      Leuke vraag Rob!
      Het doet me denken aan de bioloog die zich afvroeg: “waarom zijn dieren wakker?” en daarmee de lastige vraag “waarom slapen dieren?” te kakken zette. (Ik zou blij zijn met een oorspronkelijke bron voor die anekdote)

    • Arno Wouters maart 6, 2015 om 13:48

      Jeroen, ik denk dat degene die de vraag ‘waarom slapen dieren’?’ te kakken zetten met de vraag ‘waarom zijn dieren wakker?’ geen bioloog was, maar een filosoof: Daniel Dennett. Het staat o.a. op p. 139 van dat Darwin’s Dangerous Idea (leest niet lekker weg, om het zacht uit te drukken). Ik heb het hem ook een paar keer tijdens een lezing horen vertellen.

    • jeroenj maart 6, 2015 om 14:17

      Hahaha, ik heb blijkbaar toch nog wat meegekregen van dat nare boek! Dank je Arno.

  272. leonardo maart 6, 2015 om 10:16

    Jeroen, ik sta graag positief tegenover je. Inderdaad, ik had je opmerking niet als kwinkslag gezien.

    Ik zie je nieuwe opmerkingen over “andere agenda” en “soms is het zuigerij, om andermans energie te verspillen.” wel als zodanig suggestief, dat ik ze niet onopgemerkt wil laten passeren.
    Dus ik hoor graag heel expliciet of je vindt dat ik met een andere agenda speel, zodat ik weet met welk argument ik dat moet benaderen.
    En ik hoor, andermaal, graag of je vindt dat ik maar wat roep, waar en wanneer, zodat, opnieuw, ik weet met welk argument ik dat moet benaderen.
    Ik zou niet graag zien dat daar een echo van blijft hangen, zelfs geen echootje.

    Okay.

    Mijn eerste punt staat als een paal. Ja, als je iets met een systeemtheorie wil benaderen, dan moet je weten of je een systeem in handen hebt. Dat kun je niet afdoen met gemakkelijk in de mond liggende termen als pars pro toto voor een complex geheel, zeker niet als dat geheel door haar complexiteit onoverzichtelijk is (zie bijv. de moeite met het begrip netwerk, of innovatie).
    En, hoe goed het verhaal ook van de evolutie biologen, Andreas Wagner was niet de eerste, en ook niet de enige, om toe te geven dat we er nog heel weinig vanaf weten.

    Daarnaast gelden er nog twee dingen.
    Het is heel goed denkbaar dat Marleen, met alle kennis die er denkbaar is van systeemtheorie, tot een andere visie komt dan Arno.
    Het is ook heel goed denkbaar dat Marleen, vanuit een heel andere benadering tot dezelfde visie komt als Arno.
    Het is dus noch uitsluitend, noch insluitend.

    • jeroenj maart 6, 2015 om 12:28

      @Leonardo

      Met andere agenda doel ik op de mensen die het vasthouden aan hun overtuiging als deugd beschouwen en het uitdragen ervan ook. Voel je niet aangesproken. Misschien is het dom van mij om er aan te refereren, omdat Marleen haar blog er wonderwel op milde wijze van verschoond weet te houden.

      Ten aanzien van zuigen moet ik soms de hand in eigen boezem steken. Staan mijn vragen over definities van “soort”, “fitness”, “innovatie”, etc. altijd in dienst van het verwerven van beter begrip bij mij of anderen, en leiden ze niet te veel af van (Paulien:) “dat waar we het over hebben”? Ik laat mij daar graag corrigeren of even in de wacht zetten.

      “Mijn eerste punt staat als een paal”, zeg je. Ik betwijfel dat sterk, maar als ik het welwillend van je aanneem heb ik het idee dat je bal er vér langs schiet.

      Ik zou er graag een flinke schop tegen proberen te geven, maar hij ligt nog bij Arno.

      Je twee dingen die daarnaast nog gelden, lijken mij in tegenspraak met je eerste punt.

      Gek genoeg ben ik het wél roerend met die twee dingen eens, dus blijkbaar begrijpen we elkaar héél goed, en lopen we het gevaar elkaars energie onnodig te verspillen.

    • Arno Wouters maart 6, 2015 om 13:21

      “Ik zou er graag een flinke schop tegen proberen te geven, maar hij ligt nog bij Arno.”

      Leonardo’s eerste punt slaat naar mijn idee nergens op, maar ik heb op dit moment geen zin in deze discussie dus schop maar raak! Ik zal met plezier naar jullie trappen kijken.

      En met Leonardo’s twee dingen ben ik het net als jij geheel eens. Net als met je opmerking dat dit blog verassend schoon gebleven is.

  273. harry pinxteren maart 6, 2015 om 11:27

    de ironische bedoelde post van Rob maart 6, 2015 om 09:51
    geeft precies aan wat het grote misverstand is in deze discussie.

    Ja, rob die weet wel wie de grote demiurg is die zorgt voor al dat ‘good design’ (Gould)

    Die zijn wij, ook niet vergeten, hoor rob, ik tenminste niet, maar
    wij vinden niet dat het daarom geen zin meer zou hebben je af te vragen hoe die mysterieuze beeldhouwer zijn werk ueberhaupt kan doen, hoe hij aan zijn materiaal komt, wat dat materiaal is, hoe hij verschillende beelden kan maken van hetzelfde materiaal. We vinden kortom, net als Wagner, dat de beeldhouwer/fokker metafoor niet alles verklaart

    marleen, het kan best dat je je stoort aan mijn’ aanhoudende triomfantelijkheid’ over het feit dat niemand mij uit kan leggen hoe (moleculaire) evolutie te werk gaat’, maar je hebt al vaker heel andere noten gehoord dan ik op mijn zang had, en wat anders gelezen dan wat mijn vraag was.

    Als ik hier al iemand beschuldig, is het mezelf. Bijvoorbeeld dat het me maar niet lukt jou diets te maken wat het punt is, Je begreep de toon van mijn muziek al eerder verkeerd, toen je me de les las nav een vraag aan gerdien.

    Maar nou ik toch aan het beschuldigen ben: ik vind het dus echt jammer dat het me niet lukt je vooringenomenheid tov wagner weg te nemen: “Het riekt me teveel naar ‘foresight’ en naar design” Ik kan je inderdaad, helaas, niet diets maken dat het tegendeel het geval is. Dat hebben die creationisten die Arno aanhaalde, beter begrepen dan jij. Ze probeerden hem helemal af te branden. Logisch, want hij ondergraaft alle argumenten van de IDiots. Jammer dat je dat niet ziet. Misschien lukt het anderen beter.

    En wat mijn triomfantelijkheid en die moleculen betreft: Start small, but think big (met dank aan S. Carroll).

    • Arno Wouters maart 6, 2015 om 14:04

      Rob schreef: “De latente mogelijkheden zijn zo gigantisch in aantal dat ik me afvraag hoe het toch mogelijk is dat we het hier op onze planeet met die paar soorten die we nu aantreffen moeten doen.”

      Harry antwoordt: “Ja, rob die weet wel wie de grote demiurg is die zorgt voor al dat ‘good design’ ”

      Harry, denk je niet dat Rob er wel eens gelijk in zou kunnen hebben dat we als die selectie duivel niet zoveel van weggenomen had er nog nog veel meer schoonheden op deze aarde zouden rondlopen? :-))

  274. Arno Wouters maart 6, 2015 om 13:35

    Marleen maart 5, 2015 om 17:43 schrijft n.a.v. mijn definitie van innovatie als “het ontstaan van genotypen die levensvatbaar zijn in een omgeving waarin hun voorouders dat niet waren”:

    Bedankt voor het herhalen van je definitie. Waar het mij echter om gaat is wat Wagner er onder verstaat.

    O, dan praatten we langs elkaar heen. Waar het mij om gaat is de vraag wat Hayden’s experiment zegt over de invloed van de structuur van genotype netwerken op de snelheid van innovatie (volgens bovenstaande definitie van innovatie en/of Jeroens ‘behoudender’ definitie).

    Is dat laatste een onderwerp waar ook jij in geïnteresseerd bent? Zo ja zullen we daar dan over verder gaan? Over de interpretatie van Wagner zijn we zo’n beetje uitgepraat denk ik.

  275. harry pinxteren maart 6, 2015 om 14:20

    arno

    als ik Wagner goed begrijp: ook wat schoonheden dat betreft nog eindeloos veel opties in die universele bibliotheek. Eiwitten zat! En je vraagt je dus af waar die toch vandaan komen. Maar goed, hoe dan ook: You ain’t seen nothing yet!

  276. leonardo maart 6, 2015 om 14:56

    Jeroen, schop eens. Ik sta altijd open voor iets beters, en ik vind het loslaten van een overtuiging geen ondeugd.
    Jammer dat Arno even zwijgt, maar ik hoop dat ie meeleest.
    Ik heb de indruk dat het in deze discussie wel past, dus het is m.i. geen verloren energie.

    Ik zal ‘m toch even toelichten.

    Allereerst: systeem houdt voor mij ordening in.

    Met een theorie over muziek kun je iets zeggen over muziek. Je kunt niks zeggen over zangvogeltjes. (En, aangezien we als mensen bezig zijn, zelfs niet over het zingen van vogels … wat mij betreft dan.)
    Om die theorie op te kunnen bouwen moet je muziek om je heen hebben.

    Ik denk dat dit voor een theorie over systemen ook geldt. Je moet systemen bekijken en analyseren, en vervolgens kun je met die wijsheid iets over systemen zeggen.
    Maar je kan niks over niet-systemen zeggen.
    Je kan wellicht afspreken dat je vanaf dat moment weet dat je systemen van niet-systemen kunt onderscheiden (lijkt me gevaarlijk, want nader inzicht kan altijd een nieuwe parameter opleveren).
    Maar je hebt niks gepresteerd/gepresenteerd dat je de mogelijkheid geeft om iets over niet-systemen te zeggen.

    Ik zou graag horen hoe het mogelijk is, met de beperkte kennis die wij hebben, te zeggen dat het evolutiegebeuren een (geordend) systeem is, zodat we dat met een theorie over systemen te lijf kunnen gaan.

    Let wel, dat is iets anders dan er systematisch over spreken. Ik geloof dat dat in de tot nu toe gevoerde twee discussies ook niet altijd gebeurt. Persoonlijk kan ik daar heel goed mee leven, het doet me ook wel deugd … en het maakt me eigenlijk een beetje gelukkig.

  277. leonardo maart 6, 2015 om 15:27

    Ik ben weliswaar molto preoccupato, maar ik zit me zo kostelijk te vermaken dat ik niks wil missen.

    Er staat een pannetje op het vuur te pruttelen, en iedereen doet er een ingrediëntje in.

    Wagner is zelf begonnen, met a source that is older than life, and perhaps older than time.
    Rob ziet inmiddels een mysterieuze kracht.
    De Israëlieten gaven dat de naam Jahweh, die ze daarom niet uit mochten spreken.

    Arno ziet een selectieduivel.
    Pluri Bara kan zo als de gevallen Lucifer opgevoerd worden.

    Allemaal termen uit een woord.
    Het woord.
    Nog even en Marleen kan straks het tweede Gods Woord schrijven (en zeggen dat ze de berg is opgegaan en het uit de handen van iets heeft mogen ontvangen). Inclusief de tiende brief van Harry aan de Marleentjes, of de tweede brief van Arno aan de Leonardianen.

    En verdomd, het zal niet lang meer duren, of het spreekwoord gaat luiden: dat gaat er in als Gods woord in een bioloog.

    • Marleen maart 6, 2015 om 18:56

      leonardo,

      perchè sei così preoccupato?

      Eerst zet je ons in een pannetje, dan presenteer je ons als in een fumetto om daarna Gods woord tussen de biologen te laten waren.

      Oscilliamo tra Luna en Terra, che è meglio e più bello

  278. jeroenj maart 6, 2015 om 15:30

    Er is een nogal sterke relatie tussen “systematiek” (de betekenisvolle ordening van organismen in samenhangende groepen) en het duiden van de waargenomen samenhang (visie op evolutie).

  279. Marleen maart 6, 2015 om 17:43

    Arno,

    Je definitie van innovatie luidt:

    “het ontstaan van genotypen die levensvatbaar zijn in een omgeving waarin hun voorouders dat niet waren”

    Ik wil deze definitie van innovatie best accepteren, het ontbreekt me niet aan goodwill, maar ik heb moeite met het idee dat een non-viable voorouder zich kan reproduceren en een viable genotype kan voortbrengen. Dat is in strijd met de definitie van evolutie en erfelijkheid. Voorouders moeten viable zijn om zich te kunnen reproduceren. Het spijt me zeer, maar ik kan er geen wijs uit.

    Waar ik bovendien moeite mee heb is de definitie van genotype network.

    Wagner zegt daarover:

    “And even more surprising was what we found when we started new random walks from these texts—as we had done from E. coli—and walked toward other texts without ever changing viability. We always succeeded in reaching them, no matter how far away they were from our starting point. Every single time. This taught us that a connected network of paths linking texts with the same meaning extends throughout the library. I call this network a genotype network. It might look a bit like the network of straight lines in figure 9, where the large rectangle stands for the metabolic library, and the lines connect neighboring texts (circles) with the same meaning.

    Hier loopt ‘meaning’ van teksten in libraries en werkelijke fenotypen zodanig door elkaar dat ik er geen wijs uit kan.

    De tekst is me niet rigoureus genoeg, ik kan er niets mee.
    Dank je hartelijk voor het aanbod, maar het is hoogstwaarschijnlijk vergeefse moeite.

    • jeroenj maart 6, 2015 om 18:10

      Wonderlijk Marleen! Bij sommige posts dacht ik: je wílt het niet begrijpen. Bij andere dacht ik: Je begrijpt het, maar het begrip levert je geen nieuw of beter inzicht waar je van achterover slaat. En nu denk ik ineens weer: Hee, volgens mij kan er met wat uitleg op maat tóch nog zomaar een kwartje vallen.

  280. Marleen maart 6, 2015 om 17:47

    Harry,

    Mijn probleem is niet vooringenomenheid, zoals je hierboven in mijn antwoord aan Arno kunt lezen. Ik heb het boek gelezen, maar het staat me tegen. Ik heb het over het woord ‘innovatie’ gehad, dat is een woord dat mij niet aanstaat. Ik begrijp wel wat Wagner er mee bedoelt. Hij bedoelt dat er eiwitten ontstaan die voorheen niet bestonden. Het zou synoniem zijn met ‘zich verieuwen’ (wederkerig) alsof die eiwitten iets doen, of alsof er krachten bezig zijn, terwijl het alsmaar om de goed oude evolutie gaat, d.w.z. mutatie (= deletie, duplicatie, en mutatie van nucleotiden) en selectie. Hoe kan Wagner nu weten dat dit laatste niet genoeg zou zijn om de snelheid van evolutie te verklaren. Hoe snel had het volgens hem moeten gaan zonder de zogenaamde ‘innovatie’? Dit is een vraag.

    Nogmaals, Wagner zei er dit over:

    The power of natural selection is beyond dispute, but this power has limits. Natural selection can preserve innovations, but it cannot create them. And calling the change that creates them random is just another way of admitting our ignorance about it. Nature’s many innovations—some uncannily perfect—call for natural principles that accelerate life’s ability to innovate, its innovability.”

    Hij beweert dit en iedereen gelooft hem.

    Mocht je iets willen weten over waar die eiwitten vandaan komen, dan zou je kunnen beginnen met het ontstaan van de genetische code. Daar is geen sprake van libraries.

    • Arno Wouters maart 6, 2015 om 18:26

      “Hoe snel had het volgens hem moeten gaan zonder de zogenaamde ‘innovatie’?”

      Marleen en Harry, ik praat even voor mijn beurt. Dit omdat mijn eerdere opmerking “innovatie is het te verklaren verschijnsel, niet een verklaring” precies sloeg op dit soort vragen.

      Mijn punt is:

      Wagners vraag is niet ‘hoe snel had evolutie gegaan zonder de zogenaamde ‘innovatie’?”, maar ‘hoe snel had innovatie gegaan zonder de aanwezigheid van genotype netwerken met de structuur die ik (Wagner) gevonden meen te hebben?’

    • Arno Wouters maart 6, 2015 om 18:40

      “Het zou synoniem zijn met ‘zich verieuwen’ (wederkerig) alsof die eiwitten iets doen, of alsof er krachten bezig zijn, terwijl het alsmaar om de goed oude evolutie gaat, d.w.z. mutatie (= deletie, duplicatie, en mutatie van nucleotiden) en selectie”

      Ik heb enige sympathie voor je weerstand tegen ‘zich vernieuwen’ en gepraat over ‘krachten’. Die weerstand voel ik ook. Maar eerlijk is eerlijk in vrijwel elk stuk over evolutie wordt zo gepraat. Elke inleiding tot de zoölogie zegt bijvoorbeeld dat de long *zich* tot zwemblaas ontwikkelde, poten tot vleugels, kieuwbogen tot gehoorbeentjes etc.

      Ik probeer dit soort gepraat in stukken voor filosofen doorgaans te vermijden omdat ik het verwarrend vind, maar daardoor worden die stukken moeizamer dan ze anders geweest zouden zijn. In spreektaal is dit soort manier van spreken eigenlijk niet te vermijden.

      Waarom val je er bij Wagner wel over en in standaardteksten niet?

      Bovendien zoals ik al vaker opgemerkt heb je praat zelf regelmatig over selectie alsof dat iets doet …

    • Arno Wouters maart 6, 2015 om 19:07

      “Hoe kan Wagner nu weten dat dit laatste [mutatie en selectie] niet genoeg zou zijn om de snelheid van evolutie te verklaren.”

      Ik herhaal mezelf weer even in de hoop dat het kwartje nu wel valt (om een uitdrukking van Jeroen te lenen):

      Volgens mij zegt Wagner helemaal niet dat mutatie en selectie niet genoeg zijn om de snelheid van innovatie te verklaren. Hij zegt dat de snelheid van innovatie afhangt van de omstandigheden waarin mutatie en selectie plaats vinden. Dat lijkt me een open deur.

      Ik bedoel overigens met ‘de omstandigheden waarin mutatie en selectie plaats vinden’ niet de condities die mutatie en selectie veroorzaken of versnellen, maar de condities die van invloed zijn op de effecten die mutatie en selectie hebben.

      Dat die condities van invloed zijn lijkt me een open deur. Wat geen open deur is is het onderzoek naar die condities en hun effect. In het geval van selectie gaat het dan om onderzoek naar populatiestructuur, fitness-landschappen etc. In het geval van mutatie gaat het om onderzoek naar genotype-netwerken.

      Je zou mutatie en selectie met fietsen (de activiteit, niet de voorwerpen) kunnen vergelijken en die condities met de weg: als je met dezelfde kracht trapt kom je op een asfaltweg sneller vooruit dan op een zandweg.

    • Arno Wouters maart 6, 2015 om 19:20

      Tenslotte, Marleen, het zal je ongetwijfeld opgevallen zijn dat ik hierboven ‘de snelheid van innovatie’ schreef waar jij ‘de snelheid van evolutie’ schreef. Dat heeft een reden: die twee zijn niet synoniem. De snelheid van evolutie kan slaan op de snelheid van adaptatie, de snelheid van soortsvorming en nog wat andere aspecten van evolutie. Allemaal zaken waar Wagner het hier niet over heeft. Hier gaat het specifiek over de snelheid van innovatie.

      Die snelheid van innovatie is overigens niet gelijk aan de snelheid van mutatie, net zo min als de mutatiesnelheid gelijk is aan de substitutiesnelheid (behalve in het geval van neutraliteit). Dit laatste is filosofen altijd heel moeilijk duidelijk te maken, maar dat is verder niet van belang.

  281. Arno Wouters maart 6, 2015 om 18:17

    Marleen je zegt over mijn definitie van innovatie als “het ontstaan van genotypen die levensvatbaar zijn in een omgeving waarin hun voorouders dat niet waren”:

    ik heb moeite met het idee dat een non-viable voorouder zich kan reproduceren en een viable genotype kan voortbrengen.

    Daar heb ik ook moeite mee en niet zo’n beetje ook. Maar ik snap niet waar je die non-viable voorouders vandaan haalt. Stel dat een organisme kan overleven in omgeving B terwijl zijn ouders dat niet konden, dat betekent dat die voorouders niet-levensvatbaar zijn in omgeving B, maar het betekent niet dat ze niet levensvatbaar waren in de omgeving waarin ze leefden. Natuurlijk waren ze dat niet!

    Verder zeg je “Waar ik bovendien moeite mee heb is de definitie van genotype network.” en dan volgt een tekst van Wagner waarin ‘meaning’ van teksten in libraries en werkelijke fenotypen zodanig door elkaar lopen dat je er geen wijs uit kan. Dat snap ik, daarom zou ik willen voorstellen dat we mijn definitie van genotypenetwerk en library gebruiken. Daar komt het woord ‘betekenis’ niet in voor!

    Ik vroeg of je zin had om verder te discussiëren over “de vraag wat Hayden’s experiment zegt over de invloed van de structuur van genotype netwerken op de snelheid van innovatie (volgens bovenstaande definitie van innovatie en/of Jeroens ‘behoudender’ definitie).”

    Je antwoordt “Dank je hartelijk voor het aanbod, maar het is hoogstwaarschijnlijk vergeefse moeite.”

    Dat betekent ‘nee’ begrijp ik?

  282. leonardo maart 6, 2015 om 20:11

    hai ragione, Marleen,

    oscilliamo tra Terra e Luna
    cosi bello

  283. leonardo maart 6, 2015 om 21:09

    Jeroen,

    Er is een nogal sterke relatie tussen “systematiek” (de betekenisvolle ordening van organismen in samenhangende groepen) en het duiden van de waargenomen samenhang (visie op evolutie).

    Dat wij mensen een poging doen om de resultaten van de evolutie te ordenen om er zodoende grip op te krijgen is logisch.
    Dat wij zodoende een samenhang acquiren, onze samenhang, vloeit daaruit logisch voort.
    [Ik begrijp ook dat er nog wel eens discussie is over de categorieën. Om de moeilijkste maar te noemen: wanneer is er nog geen sprake van leven en wanneer wel.]
    Dat wij die acquirede samenhang als samenhang duiden lijkt me een open deur.

    Maar wat zegt dat over de systematiek, over het systematische van het evolutieproces?

  284. jeroenj maart 7, 2015 om 12:10

    We ordenden al vóórdat we het de resultaten van de evolutie achtten. Da’s een saillant detail.
    Het empirisch systeem dat uit het ordenen rolde (“families”, “geslachten”, een boomstructuur met takjes) heeft een opmerkelijk overeenkomstige structuur met wat er uit het theoretisch systeem erfelijkheid, variatie, selectie rolt. Als je de voortschrijdende kennis van de empirische structuren blijft vergelijken met de theoretische vind je óf bevestiging, óf die uitzonderingen waar alle biologen dol op zijn omdat je er over kunt publiceren, je visie aan kunt scherpen, en kunt proberen uit de schaduw van de ayatollah van het vroegdarwinisme te stappen.

    Ook lijkt mij “Maar wat zegt dat over de systematiek, over het systematische van het evolutieproces?” een hele goede vraag. Alleen het stellen ervan laat al geen spaan heel van de stelling “Het kennen van theorie over systemen kan jou niet helpen een visie te ontwikkelen over evolutie. Dan moet je zeker weten dat er systeem in evolutie zit.”

  285. Marleen maart 7, 2015 om 19:20

    Arno, Harry en jeroen

    Ik heb deze dagen niet zoveel tijd ter beschikking om alle reacties die aan mij gericht zijn afzonderlijk te beantwoorden. Dus haal ik de in mijn ogen belangrijkste punten eruit.

    Elk woord wordt tien keer omgedraaid, ik vind het allemaal erg vermoeiend. Het lijkt me dat onze standpunten duidelijk zijn. Ik begrijp wat jullie zeggen, maar ben het er niet mee eens.

    Wagner zegt dat Natuurlijke Selectie niet kan creëren en dat is waar Harry! Dat zegt niemand. Het is mutatie die voor variatie zorgt. Selectie bestaat uit het totaal aan condities en bepaalt welke fietser beter op zand en welke beter op asfalt fietst. Ja Arno, ik leen je beeldspraak en maak er heel iets anders van.

    De beschrijving van een netwerk door Jeroen was eigenlijk nog het duidelijkst. Zonder terug te scrollen herinner ik mij dat hij dat omschreef als genotype netwerk, waarbij neutrale of zelfs (onder andere omstandigheden) nadelige mutaties niet voor uitval van het fenotype zorgen omdat het netwerk robuust is. Daardoor kunnen dit soort mutaties zich ophopen en kunnen ze doorgegeven worden aan de volgende generaties, zonder dat het fenotype er onder lijdt. Het zou overigens interessant zijn te omschrijven wat die andere omstandigheden zouden moeten zijn, aangezien netwerken overal (behalve in het gekloonde RNA uit Hayden’s experiment) bestaan.

    Ik stelde dat netwerken en de implicaties die deze hebben voor de ‘overleving’ van een fenotype mij niet zo nieuw leken. Maar ik begrijp van jullie dat Wagner iets gevonden of tenminste beschreven heeft dat van belang is voor ‘innovatie’ of de snelheid van ‘innovatie’.
    Zoals Wagner zelf stelt:

    Nature’s many innovations—some uncannily perfect—call for natural principles that accelerate life’s ability to innovate, its innovability

    Ook hier wordt in een cirkel gedraaid. Behalve dat deze zin grammaticaal niet klopt, staat er:
    ….innovations – ……- call for natural principles that accelerate life’s ability to innovate….

    Het lijkt mij niet kloppen.

  286. jeroenj maart 8, 2015 om 12:31

    Marleen, misschien vind je dit interessant. Ik probeer er geen punt mee te maken, maar volgens mij licht het vergelijkbare dingen toe als het boek van Wagner, met een iets andere insteek en met een aantal bruikbare definities.

    Dan Tawfik-The robustness and innovability of protein folds

  287. Marleen maart 8, 2015 om 15:11

    jeroen, hartelijk dank. Zo op het eerste gezicht inderdaad duidelijker definities. Ik ga het beter doorlezen. Dat kost wat meer tijd, maar ik zal je laten weten wat ik er van denk.

  288. leonardo maart 8, 2015 om 16:43

    Jeroen,

    Ver na de beginne heeft de mens veren en vacht en kaalheid ontdekt bij wezens.
    En wervels en zo. En ook nog vleugels en sterke benen. En zo heeft ze de wezens netjes gesorteerd.
    Even later kwam er ook nog techniek bij. En jawel, het Nederlands Forensisch Instituut bevestigde dat Darwin c.s. terecht vleugels als vleugels aanwezen, en een gerechtvaardigd onderscheid gemaakt hadden tussen vacht en veren.

    En zeg jij nu: zie je wel, er zit systeem in het evolutionaire gebeuren.

    ???

    Waar zie ik dat aan Jeroen? Aan het feit dat de mens kan sorteren?
    Bij de bakker liggen broodjes, en bij de banketbakker taartjes. Allebei doen ze in koekjes. Op kleine dorpen is de bakker tevens banketbakker.
    Dus jij kunt alle producten van de bakker gaan categoriseren – een werkje dat ik je zeer beslist toe durf te vertrouwen. En zo zul je een aantal productsoorten van de bakker herkennen. Een ander die daarop een technische controle uitvoert zal bevestigen: Jeroen heeft goed werk geleverd.

    Weet je nu van het proces in de bakkerij de hoed en de rand.
    Niks, je weet alleen wat er uit een bakkerswinkel komt.

    Je weet bijv. niet eens waar de bakker z’n grondstoffen weghaalt. Sorry, da’s niet waar, jullie – ik zeg nu even jullie, want jij bent er niet de schuld van dat dat verhaal de wereld in is gekomen – weten van een enorme ontploffing. En toen is er een hoop meel de ruimte in gestoven – en geen stuifmeel, prima bakmeel – zodat alle bakkers tot in alle eeuwigheid genoeg hebben om eeuwig brood te bakken. Ho, wacht even leonardo, totdat de power of dark flour de power of dark heat heeft overwonnen, of omgekeerd, dat weet ik nu even niet meer.

    Ik vraag het nog maar een keer. Je hebt de dingen netjes gesorteerd op leven en geen leven (grote discussie) en wel of geen veren – pas op: je weet niet wanneer de mens zover is en ook vleugels krijgt, onze Rob heeft al veren op z’n kop en om zijn hals, en een snavel.
    Prachtig, wat dat zegt is: Jeroen kan sorteren.
    Maar, wat zegt het over het proces van evolutie. Niet eens dat het lang geduurd heeft. Volgens Pluri Bara e.a. kon het ook in een paar dagen. Niet eens dat het van klein naar groot ging.
    Jij hebt mij in ieder geval geen enkel argument geleverd waarom ik hieruit mag afleiden hoe evolutie te werk gaat.
    Voorlopig zegt het mij niks dus.
    23 x Niks.
    Vooruit dan: 100000000000000000000000 x niks.

    Je tweede vind ik nog mooier. Ik zeg in een paar dagen twee dingen, A en B, die wel in een context passen maar niet zoveel verband met elkaar hebben, en wat zeg je? Zonder enig inleidend argument, zonder ook maar een greintje redenatie, zonder dat er enig werkmiddel als een zaag of als een houtversnipperaar in de verre omtrek te vinden is weet je te vertellen dat leonardo (B) geen spaan heel laat van leonardo (A).
    Knap hoor – van jou bedoel ik.

    Ik denk dat ik dat soort redenaties niet ga overnemen.
    Maar ik ga toch met iets anders experimenteren. Als jij mag zeggen “er blijft geen spaan over van leonardo” en als Arno mag zeggen “wat leonardo zegt slaat nergens op”, zonder enige inleiding of uitleiding, dan mag ik nu wel zeggen, zeer tegen mijn gewoonte van argumentloos redeneren in: de woorden van de heiligen der eerste dagen, en van de heiligen van deze dagen, gaan er bij die jongens in als Gods woord in de ouderling.

  289. jeroenj maart 8, 2015 om 21:09

    Ik raak door je zijwegen en metaforen de draad kwijt, en ben bang het voor iedereen nog erger te maken door er adequaat op proberen te reageren.

    Ter discussie stond:
    “Het kennen van theorie over systemen kan jou niet helpen een visie te ontwikkelen over evolutie. Dan moet je zeker weten dat er systeem in evolutie zit.”

    Ik vind dat grote onzin en voel mij sterk gesteund door wat bekend staat als de empirische cyclus. Kennis van systemen kan helpen een visie te ontwikkelen over evolutie, door in de inductie- en deductiefase op theorie gebaseerde modellen te gebruiken. Die modellen kunnen héél goed ingegeven zijn door kennis van systeemtheorie.

    (Dat is, in algemene vorm, wat ik heb willen illustreren met mijn voorbeeld van dat systematische kennis veel bijdraagt aan kijk op evolutionaire mechanismen.)

    Ik probeer kort en éénduidig te formuleren zodat je hopelijk goed en eenvoudig ons verschil in opvatting kunt blootleggen.

  290. harry pinxteren maart 9, 2015 om 13:41

    marleen

    ik was even uit de lucht, maar niettemin

    ik prakkiseer me suf: waar kan het nou aan liggen dat we er nog steeds in slagen langs mekaar heen te praten. als je het niet erg vindt, neem ik wat extra ruimte.

    neem nou je quote:

    Natural selection can preserve innovations, but it cannot create them. etc etc

    In je vorige blog- die een record vestigde- kwamen we er ook niet uit en we zijn nu zover als toen ik er helemaal aan het begin Gould er bij haalde om te beginnen met mijn uitleg: hoe je de stelling van de mutationisten moet lezen. We zijn nu bijna weer een tweede recordpoging verder.

    Het intrigeert me mateloos, maar Ik weet het even niet. Ik kan herhalen wat ik toen zei. Ik kan weer terugkomen op mijn vraag over dat ene aminozuur dat het verschil maakt voor nieuwe functionaliteit- op de allerkleinste schaal (start small, think big).

    Misschien moest ik het eens omkeren- wat ik ook al gedaan heb, trouwens, maar goed, groot beginnen en klein eindigen:

    wat zijn de evolutionaire voordelen- en vooral, welke selectiedruk was er eigenlijk precies, dus wat zijn de specifieke omstandigheden geweest- waardoor bipedaliteit kon evolueren? Voor de duidelijkheid: dat is een complex van anatomische, fysiologische en ook neurologische veranderingen- noem het vernieuwingen- die stuk voor stuk in elkaar moesten ‘passen’, willen ze ueberhaupt een voordeel opleveren. Er zijn geloof ik intussen al minstens 20 van die vernieuwingen/ veranderingen gevonden. Een ervan is de verplaatsing van het formamen magnum. Bij ons zit dat midden in de schedelbasis, is het een paar cm verschoven tov dat van apen. Maar dat heeft natuurlijk alleen zin als je een ruggengraat hebt die al rechtop staat, zodat die schedel als een bord op een bonenstaak kan balanceren. En omgekeerd: zonder formamen magnum op de juiste plek, loop je met een rechte rug constant met je kop in je nek. Niet echt een voordeel. Zo impliceert een rechte ruggengraat op zijn beurt weer de nodige andere aanpassingen- favorable variations. Je hebt bijvoorbeeld een smaller bekken nodig, en, een niet onbelangrijk detail, vooral een ‘scheef’ bovenbeen (technische term ben ik even kwijt.’ Zo zijn er in totaal zo’n 20 van die variaties (t.ov. apen). Bij mekaar hebben die inderdaad een voordeel. Dat leert biomechanisch onderzoek: twee benen zijn efficienter dan op vier benen, zeker dan knokkellopen. j emaakt handig gebruik van de zwaartekracht- tenminste als je een achillepees hebt zoals wij, plus die lange kuitspier etc etc. Het punt lijkt me tweeledig

    1. die variations zijn niet te begrijpen vanuit ns, achteraf )zoals geen enkel mechanisme of machine te begrijpen is vanuit zijn output). ns maakt alleen zichtbaar wat zich aandient als voordelig. Dient het zich niet aan dan ´kan ns niks doen´. dat geldt van een aminozuur om een lichtgevoelige proteine te krijgen, of voor twee in een transcriptiefactor als foxp2 (muizenexperimenten doen een aantal interessante suggesties over het soort vernieuwing hier: helaas kun je niet op apen en mensen experimenteren) . Het geldt tot aan de verandering van een heel body plan in het geval van bipedaliteit, maar ook oor de snelle ontwikkeling van onze neocortex: de vernieuwing dient zich aan, en die blijkt een voordeel. Uiteindelijk levert dat een orgaan op dat iets nieuws produceert: informatie en dat de omgeving gaat veranderen, in plaats van andersom. Ik weet dat je dit allemaal vage kul vond, of niet relevant als het gaat om eiwtten en zo. Maar misschien heb ik het nu duidelijker geformuleerd

    2. het idee van steady accumultation door ns kan dit alles niet verklaren (Het idee van Gould en zijn ´good design´ draait het om voert als verklaring aan wat verklaard moet worden, en hij moet laten zien dat ns dat goed design dan verklaart). Kortom, evolutie is meer dan het gestaag accumuleren van one profitable variation after another. het geheel is meer dan de som van de delen. Uiteindelijk bestaan we uit 28 elelementen maar de kans dat die zich dmv het optellen van profitable variations assembleren tot een organisme, is heel klein- net zo klein als de kans dat quarks en electronen spontaan assembleren-fluctueren tot boltzmann hersens.

    Ik denk: punt 2 is onacceptabel, want het haalt het hele argument onderuit. Daarom is punt 1 ook niet te accepteren, of moet het worden geneutraliseerd als ouwe koek.

    Het hele probleem waar we het over hebben, is al terug te vinden in H5 van de Origin. Citaten op verzoek te leveren. Het feit dat er inmiddels zo´n 16/17 ´verklaringen´ voor bipedaliteit zijn verzonnen vanuit het idee van ´evolutionair voordeel´ waaronder enkele volstrekt ridicule (sexual display bijvoorbeeld), lijkt me op zich al duidelijk genoeg. En dan hebben we naast bipedaliteit nog een paar van dat soort dingen.

    Ik dacht: wat in het groot geldt moet ook in het klein gelden. Ik denk nu, na Wagner, inderdaad: wat geldt in het klein wat ook in het groot. Het geldt van dat ene aminozuur tot onze hele neo cortex. Unless profitable variations occur, natural selection can do nothing´ en je hebt die ns helemala niet nodig om te vertellen wat dan profitable is. Dan eindig je in cirkels. Maar er is geen mechanisme dat je kunt begrijpen vanuit zijn output. Het idee van reverse engineering ( en good design) klopt niet. (in de natuurkunde zijn ook maar een paar uitzonderingen op het probleem van reverse engineering bekend’)

    Natural selection can preserve innovations, but it cannot create them. And calling the change that creates them random is just another way of admitting our ignorance about it. Nature’s many innovations—some uncannily perfect—call for natural principles that accelerate life’s ability to innovate, its innovability.”

    Aan dat laatste wordt druk gewerkt door mensen als J. England en zo.

    en trouwens, wat heeft ns te vertellen over het ontstaan van de genetische code? !

  291. leonardo maart 9, 2015 om 14:45

    Jeroen,

    Ik ga uiteraard niet proberen jou iets aan te smeren, dat jij als onzin ervaart, zonder dat je de zin er van wilt onderzoeken.
    Dus we houden er over op.

    Ik vind het allemaal prima.
    Jij kent wat output van de evolutie – en lang niet alle! Je kent het proces niet, je kent de ingrediënten niet. Maar je weet zeker dat je dat dus te lijf kunt met een theorie van systemen.
    Wel, ik gun je je zekerheid graag.

    [Wat de empirische cyclus daarmee van doen heeft weet ik niet, dat is gewoon een beschrijving van de manier waarop je kennis uit ervaring kunt putten, ongeacht wat er voor je op de tafel ligt. Een ordentelijke manier van onderzoek uitvoeren dus.]

    Ik vind dat knap. Ik bedoel, ik vind dat niet zomaar. Dat is nu iets waar ik heel zeker van ben: dat is knap van jullie. Ik zeg jullie, want je staat daar niet alleen in.
    Ik wil er ook nog wel bij zeggen: zo knap ben ik zekerlijk niet.

    Ik denk ook iets. Ik vermoed zo – een hypothese van mij – dat dat iets te maken heeft met de menselijke arrogantie. Ik persoonlijk voel me meer thuis bij wat Piet Vroon gezegd zou hebben. Nog een keer dan maar: Ik vind dat een mens onder ogen moet zien […] dat hij eigenlijk van de hele bliksemse bende niets begrijpt.

    Dat wil niet zeggen dat ik tegen kennis verzamelen ben, of tegen hel leren van elkaar en van ervaring. Ik zet zo nu en dan graag een vraagteken, en zal vraagtekens blijven zetten, bij de al te positieve kwalificaties die daarover regelmatig door koppen, knappe en minder knappe om het even, worden rondgestrooid.

  292. harry pinxteren maart 9, 2015 om 16:08

    leonardo

    ik snap wel wat je bedoelt en ik heb me in soortgelijke woorden uitgelaten tegen het idee van reverse engineering en good design, i.c. de termen output en systeem, maar ik moet eerlijk zeggen zo’n opmerking van Piet Vroon, god hebbe zijn ziel, vind ik een beetje gratuit.

    We discussieren hier al over sinds Plato (en Hippocrates). En we weten intussen dat mensen niet alleen met vier parameters een olifant kunnen fitten – with five I can make him wiggle his trunk, (von Neumann). Ze zijn ook in staat systeem in toeval te ontdekken. En sommige mensen menen daar zelfs zeer vreemde conclusies uit te kunnen trekken. Maar te beweren dat je ‘vind(t)dat een mens onder ogen moet zien […] dat hij eigenlijk van de hele bliksemse bende niets begrijpt’. .. wel, laat ik het zo zeggen:….. ik heb betere argumenten van je gehoord!

  293. jeroenj maart 9, 2015 om 18:38

    Leonardo, hoe weinig er te begrijpen valt van de wereld heeft alleen in het ergste geval iets te maken met hoe je je begrip ervan kunt proberen te vergroten. Dat ergste geval wordt daar inderdaad door Vroon gesuggereerd. Ik zie weinig heil in die instelling. Shoot me: een argument ad consequentiam.

    • leonardo maart 9, 2015 om 21:32

      Jeroen, als jij de metafoor van de bakkerswinkel niet wilt proeven is dat jou zaak. Je goeie recht. Maar kom dan niet terug op het argument. Ik gun je je gelijk.
      Met genoegen.

    • jeroenj maart 9, 2015 om 22:33

      O sorry Leonardo, ik was juist blij dat ik op de valreep nog wat toenadering meende te vinden!
      (Ik verdiep me momenteel met groot genoegen in wat ik kan vinden over en van Vroon, waarvoor dank)

  294. Rob van der Vlugt maart 9, 2015 om 20:17

    Harry,

    Ik begreep in zekere zin de bezwaren die je noemt in je reactie van 9 maart 13:41.
    Die bezwaren houden echter in mijn ogen alleen stand als serieus bezwaar, als je vast zou houden aan het idee dat rechtop lopen pas een voordeel biedt als het de vorm heeft gekregen die wij nu bij moderne mensen aantreffen. Voor elk los element in de ontwikkeling kan echter wel degelijk gelden dat een primitievere vorm van een aanpassing een voordeel biedt. Sterker nog, dat ‘halve’ voordeel zou wel eens een veel groter selecteerbaar voordeel kunnen vormen dan de eindvorm. Denk bijvoorbeeld aan het vermogen van hazen of stokstaartjes om door rechtop te staan hun horizon te vergroten terwijl ze juist hun vluchtgedrag baseren op het gebruik van vier poten. Ook de apen die je opvoert staan niet zelden op hun achterste benen, overigens zonder hun hoofd in hun nek te hebben. Ze kijken een stuk verder, ze imponeren, ze kunnen bij het hoger hangende fruit.
    Op deze manier bekeken valt naar mijn smaak elke tussenvorm tussen een strikt viervoetige en ons wel degelijk te beschouwen als een soort die dankzij kleine veranderingen in houding en anatomie een voordeel ondervinden aan die verandering.
    De veranderingen ontstonden random. De omstandigheden deden de rest.

    • leonardo maart 9, 2015 om 21:56

      Rob, misschien kun jij me helpen.

      Je zegt: De veranderingen ontstonden random. De omstandigheden deden de rest.
      Ik neem aan dat je bedoelt dat de veranderingen zowel in tijd als in hoedanigheid random waren – onvoorspelbaar, oncontroleerbaar, ongestuurd.
      Dus ook geen cybernetisch proces.

      [Let wel: ik hou het niet voor onmogelijk dat “random” een aanduiding is voor iets dat wij niet kunnen bevatten, maar wel degelijk aan wetten gebonden is.]

      Mis ik iets, zie ik iets over het hoofd, of zeg je gewoon: er zit geen systeem in.
      Ik denk: er zit geen systeem in.
      Dus, hoe kun je dit vangen onder een theorie van systemen.

  295. Marleen maart 9, 2015 om 21:34

    Harry,

    Je was even weg, maar hebt blijkbaar veel inspiratie opgedaan.

    Alle ‘aanpassingen’ die je opsomt, moeten in elkaar passen zeg je. Zoals je het beschrijft lijkt het alsof je het menselijk lichaam als een robot beschouwt waar alle ‘onderdelen’ goed op elkaar afgestemd dienen te zijn om een functionerend geheel op te leveren. Maar ik begrijp dat dit ter illustratie dient van de vraag hoe deze aanpassingen afzonderlijk voordelen konden betekenen en hoe selectiedruk daar een invloed op had.

    Het zou inderdaad zeer verbazend zijn als de evolutie van de mens bestaan had uit het een voor een aanpassen van alle onderdelen. Dus zo gaat dat in werkelijkheid duidelijk niet. Het klassieke plaatje van evolutie van mensaap tot mens, waarbij de afzonderlijke individuen steeds meer rechtop gaan lopen ligt waarschijnlijk dicht bij de waarheid.

    Het lijkt me wel dat je hier laat zien hoe jij de veranderingen ontleedt in afzonderlijke gebeurtenissen. Het lijkt wat op hoe jij de evolutie op moleculair niveau bekijkt. Daar spreek je ook van ‘one damn mutation after another’.

    Ik lees in het artikel dat jeroen hierboven linkte van Tawfik dat ‘Mutations are rare, and their combinations are extremely rare’ waarachter een referentie die ik niet kan traceren. Omdat ik daar niet bij kan, kunnen we ook niet weten wat die zeldzaamheid van mutaties en hun combinaties inhoudt. Bovendien, wat bedoelt men met combinaties van mutaties in dit verband?
    Mutaties staan aan de basis van alle variatie, dus beweren dat ze zeldzaam zijn lijkt me een zeer subjectieve opmerking.

    Je schrijft:

    “ns maakt alleen zichtbaar wat zich aandient als voordelig. Dient het zich niet aan dan ´kan ns niks doen´. dat geldt van een aminozuur om een lichtgevoelige proteine te krijgen, of voor twee in een transcriptiefactor als foxp2”

    Nu ga ik het heel zwart-wit en basaal formuleren en houd geen rekening met genetic drift op korte termijn.

    Ik begrijp niet hoe je dit zo kunt formuleren. NS haalt weg wat niet ‘voldoet’ aan de eisen van de omgeving. Dat wat er overblijft voldoet wel aan de eisen van de omgeving. Jij zegt (net als Wagner) dat er eerst voordelige variatie moet zijn. Maar dat voordelige hangt nu net af van ns zelf!! Je ziet pas achteraf wat er voordelig is in een bepaalde omgeving of onder bepaalde omstandigheden. Dat is gewoon een feit.

    Het hele idee, zoals ook jeroen in de netwerken beschrijft, dat nadelige en neutrale mutaties ook meegenomen worden in de random walks waarbij het fenotype niet verandert, is een verhaal dat eigenlijk niet overeind staat. Dat een mutatie nadelig of neutraal is, is een gevolg van wat natuurlijke selectie daarover te zeggen heeft. Het blijkt dat een mutatie nadelig of neutraal is uit hoe deze getolereerd wordt door de populatie onder de omstandigheden waarin deze leeft.
    Je kunt dus niet spreken van voordelig, neutraal en nadelig zonder af te wachten wat natuurlijke selectie daarover te zeggen heeft.

    Ik verwees je naar de oorsprong van de genetische code omdat je je voortdurend afvraagt waar die originele sequentie vandaan komt als het gaat om mutatie, deletie en duplicatie. Je zult terug moeten gaan naar dat niveau om te begrijpen waar een eiwit vandaan komt.

    Een en ander kun je vinden in mijn bericht over de evolutie van de genetische code.

  296. leonardo maart 9, 2015 om 21:42

    Harry,

    In zekere zin is je correctie terecht.
    Het was moedeloosheid.
    Als Jeroen de metafoor van de bakkerswinkel niet wil oppikken is dat zijn goeie recht. Maar dan heb ik niet veel meer over.

    Mijn argument is dit.
    Je kunt de rattenwereld niet met inzicht in muziektheorie te lijf gaan.
    Je kunt de muziekwereld niet met de rattenleer te lijf gaan.
    Als je dus vindt dat je jezelf wijsheid kunt verschaffen over de evolutie met de theorie van systemen, zul je er zeker van moeten zijn, of op z’n minst een beredeneerbare hypothese moeten hebben, dat het proces van evolutie te vangen is met de theorie van systemen. Ofwel: aan de vereisten van systemen voldoet.

    Ik zou graag een argument horen waaruit blijkt dat we weten dat evolutie een systematisch, lees geordend en geregeld gebeuren is.
    Ik heb wel gehoord dat ik onzin probeer te verkopen.
    Ik heb nog niets gehoord over hoe we kunnen weten dat het proces van evolutie een rationeel proces is.

    Maar help eens mee wrikken, zou ik zeggen.
    Ik hoor graag meer van je.

  297. harry pinxteren maart 9, 2015 om 22:11

    marleeb rob

    ik ken jullie bezwaren intussen, dus probeerde ik het anders te formuleren. Niet gelukt dus.
    Heb weinig tijd, ben wo weer terug met een nieuwe poging!

    en ja marleen, natuurlijk zie je pas achteraf wat er voordelig is in een bepaalde omgeving onder bepaalde omstandigheden- maar die frase gaat altijd op. Achteraf zijn er altijd voorbeelden te verzinnen. Maar verzin ze dan maar eens voor bipedaliteit. Zodra je het moet gaan specificeren blijkt het lastiger dan je denkt. Het feit dat er zo’n 16/17 verklaringen zijn gegeven is ook een feit. En bovendien staat vast dat tweebenigheid inderdaad een hoop voordelen biedt. Maar goed ik moet het dus nog beter uitleggen.

    ‘je kunt niet spreken van voordelig, neutraal en nadelig zonder af te wachten wat natuurlijke selectie daarover te zeggen heeft.’. Ik zal eens kijken hoe vaak we het daar al over gehad hebben. De twee voorbeelden die ik noemde laten volgens mij het tegendeel zien. Maar die moeten dus ook over, beter.

    En die andere punten die ik noemde ook, want daar gaan jullie helemaal niet op in.

  298. harry pinxteren maart 9, 2015 om 22:18

    leonardo

    ik ben het meer met je eens dat je misschien denkt. Ik heb weinig tijd, ben wo pas terug. Intussen kun je misschien je gedachten eens laten gaan over mijn twee punten, 1 en 2, in mijn reactie op mareleen van maart 9, 2015 om 13:41. Ik heb ze duidelijk niet duidelijk genoeg geformuleerd zo te zien aan haar reactie en aan die van rob. Misschien lukt het me beter, straks, als jij ook eens aan de boom hebt geschud.

  299. Rob van der Vlugt maart 9, 2015 om 22:43

    Harry,

    Punt 1
    “die variations zijn niet te begrijpen vanuit ns”
    Klopt. Dat hoeft ook niet. “Variations” zorgen voor diversiteit. (hoe dat werkt kun je bij Wagner lezen) Geen 2 individuen zijn gelijk. Of selectie daar vervolgens op ingrijpt is afwachten.

    Punt 2
    “het idee van steady accumultation door ns kan dit alles niet verklaren ”
    Ik ken geen idee dat zo geformuleerd is. Steady accumulation is een random proces dat plaatsvindt vanuit reeds geselecteerde individuen. (de vorige generatie). Voor de nieuwe generatie begint het spel weer van voren af aan. Ook die generatie moet namelijk weer overleven en voortplanten maar is niet gelijk aan de vorige generatie. Slechts in de loop van de tijd kan er door voortdurende selectie op een lange reeks van overlevers sprake zijn van beduidende veranderingen van eigenschappen.

  300. leonardo maart 9, 2015 om 22:45

    Laat ik vooropstellen dat ik de correctie van Harry, op mijn moedeloosheid, terecht vind. Maar nu ik toch voortgetrokken/voortgedreven word wil ik wel zeggen waarom ik het citaat van Vroon ophaalde.
    Ik hinkelde op twee metaforen.
    Eén heb ik vermeld.
    De andere was deze.

    Enkele jaren geleden was er hier in Roma een congres over meteorologie. Toppers van de wereld op dit gebied waren hier vergaderd. En op enig moment gebeurde wat la Repubblica zelfs tot een bericht op de voorpagina verleidde.
    In een lezing, en een daaropvolgende discussie gaven de dames en heren meteorologen toe dat ze, naar de woorden van Piet Vroon, “van de hele bliksemse boel eigenlijk geen snars begrepen.”

    Ik zet dit tussen aanhalingstekens. Het is uiteraard mijn vertaling van een in Italiaanse woorden doorgegeven bericht, zodanig dat het fit bij mijn “uitglijder” hierboven.
    Maar het was wel tekenend.

    We praten over weersystemen. We hebben de verschijnselen keurig naam gegeven. Bewolkt, motregen, cats and dogs, hagel, sneeuw, onweer. Maar als ik nu de naam El Niño noem weten we allemaal dat het verdomd moeilijk en verre van doorgrondbaar is. En één van de mooiste metaforen ooit is toch het beeld van de vlinder die in het Amazonegebied opsteeg en die de ramp van 1953 op zijn geweten heeft gehad.
    En als er niet een klein wondertje was gebeurd, analoog aan de beweging van dat vlindertje … ofwel, als het een beetje tegen gezeten had – of mee gezeten, het is maar hoe je het bekijkt – hadden jullie al die onzin die ik hier probeer te verkopen niet aan hoeven te horen, en was ik nooit leonardo geworden, maar als Leentje verzopen in het zich over mijn dorp stortende water van de Oosterschelde.

    Vang dat maar eens in een systeem.
    Met een theorie over systemen.

  301. Rob van der Vlugt maart 10, 2015 om 14:40

    Leonardo,

    Op het gevaar af dat ik me in een valkuil laat lokken (wat is een systeem ?!) het volgende:
    Ik zie het leven als een verzameling discrete pakketjes die allemaal in staat zijn om energie te ontlenen aan hun omgeving. Energie om zichzelf te onderhouden (overleven) en zich voort te planten.
    Op deelgebieden van allerlei processen die hierbij een rol spelen zullen vast wel systemen te ontdekken zijn. Het probleem schuilt hem echter in het leven als geheel. Om biologie te begrijpen schijn je iets te moeten snappen van evolutie, Om evolutie te begrijpen ontkom je niet aan het begrijpen van wat biochemie, die weer haar wortels vindt in de chemie. Als je echter echt wilt begrijpen hoe chemie in elkaar steekt kom je uiteindelijk uit bij deeltjesfysica en dat vak bestaat voorlopig nog uit heel erg veel theorie zonder eperimentele basis. Als er dus al systeem zou zitten in het leven en de ontwikkeling daarvan heb je al gauw je huis vol zitten met mensen die allemaal onbetwistbaar hun eigen gelijk hebben maar bij elkaar genomen meer vragen oproepen dan ze samen kunnen beantwoorden.
    Ik vermoed zelf wel een systeem. Het aantal componenten en variabelen is echter zo groot dat het ontwaren van dat systeem nog heel ver achter de horizon ligt.
    De ontwikkeling van ons denken speelt daarbij ook nog een rol van niet te onderschatten betekenis..

    • leonardo maart 10, 2015 om 23:41

      Rob,

      Ik kan een heel eind met je meegaan.

      Eigenlijk denk ik dat je de boel heel scherp stelt met je opmerking Het probleem schuilt hem echter in het leven als geheel en de uitwerking die daarop volgt. Om het systeem een systeem te kunnen laten zijn moet je heel wat includeren.

      Je hebt het dan bijna over een onbegrensd systeem – wat voor mij eigenlijk ook geen systeem is: de verzameling van alle verzamelingen. Iedere property zit in de zak en zodra er een tot dan toe onbekende property geregistreerd wordt, wordt ie onmiddellijk in die zak gestopt.

      Persoonlijk geloof ik wel in de mogelijkheid van het (deel)systeem evolutie – op voorwaarde dan dat het kantelpunt tussen niet-leven en leven goed omschreven kan worden.
      Mijn probleem is: ik heb tot nu toe nog geen suggestie gezien (ik doel nu niet alleen op deze discussie) noch heb ik zelf iets kunnen ontwaren dat voor mij het geloof in een systematiek, dus in een ordenend principe van de evolutie, enigszins vaste grond zou kunnen bieden.

      Dat is, uit de aard van de zaak, geheel zoals ik het zeg: mijn probleem. Niet minder, maar vooral ook niet meer.

  302. leonardo maart 10, 2015 om 23:19

    Harry,

    Volgens mij moet natural selection gezien worden zoals het is.
    Het staat tegenover selective breeding. Bij selective breeding is er iets/iemand actief. Er wordt daadwerkelijk geselecteerd.
    In het geval van natural selection is er sprake van een enigszins onbeholpen naamgeving: er wordt namelijk niets geselecteerd!
    Er blijft iets hangen.
    En da’s heel wat anders.

    En als je dus wilt denken dat bipedalisme een voordeel bood, en daarom is blijven hangen – en daarvan dan een WDE (Wouters’ design explanation) gaat opstellen, met smaller bekken en scheef bovenbeen etc. – dan zul je toch op z’n minst moeten kunnen verklaren waarom tripedalisme niet is blijven hangen.
    Waarbij ik er zeker van ben dat, wanneer tripedalisme was blijven hangen, er een WDE was opgesteld over het iets bredere bekken met de bijbehorende stand van het bovenbeen die voordeel zou bieden boven alle andere vormen van multi-pedalisme.

    Dit is één van de problemen die ik heb met de design explanations – lees kwalitatieve (voor)oordelen van het denkende wezen dat mens heet.
    Dat wat betreft je eerste punt.
    Wat mij betreft luidt de vraag: kan de vraag waarom er iets blijft hangen beantwoord worden? Dat is toch de kern van het evolutiedenken.
    Wel, je kent mijn idee: ik zou de evolutietheorie liever als een beschrijvende wetenschap dan als een verklarende wetenschap zien.

    Hetgeen mij brengt bij je tweede punt: steady accumulation.
    Steady = persistent or unwavering in resolution.
    Ook wel: moving without deviation from its course.
    Het riekt naar SOP: self organization principle.
    Ik zou het graag geloven.
    Je zou kunnen zeggen dat Rob er gehakt van maakt in zijn antwoord: Steady accumulation is een random proces dat … Steady en random verdragen elkaar heel slecht, lijkt mij.

    Ik weet uiteraard niet of Rob het zo bedoelde zoals ik het lees. Maar ik heb de indruk, als ik jou goed lees, dat jij die richting uitgaat met je gedachten.
    Ik zou er graag op willen amenderen dat het geheel niet zo zeer meer is dan de som van de delen, maar eerder dat het geheel op een merkwaardige manier, ik mag wel zeggen hoogst merkwaardige manier in elkaar geknutseld is. Zo merkwaardig dat ik bijna begin te geloven dat we met drie benen veel gelukkiger zouden zijn geweest.

    Wat je hierboven leest is precies wat je bedoelt: geen antwoord op (je) vragen, maar schudden aan de boom.

  303. harry pinxteren maart 11, 2015 om 17:24

    leonardo
    (en anderen uiteraard ook!)

    ‘als Leentje verzopen in het zich over mijn dorp stortende water van de Oosterschelde.’

    datzelfde water hield vlak voor mijn dorp halt. Toevallig, anders had ik het nu ook niet na kunnen vertellen. Een mens moet een beetje mazzel hebben in zijn leven. ´Start small, think big´, maar betekent dat dat we niet meer dan ‘chemical scum’ zijn in een uithoek van een van die 10^500 universa, een toevallige roll of the dice in een kosmisch universum. – zoiets zou ik geen theory of everything noemen, maar een theory of anything! Er zit weinig ´systeem´ in!

    Mijn dorp lag trouwens in Brabant, afgeschermd door twee Zeeuwse eilanden, maar het scheelde maar een haar. Daarom kon ik de andere dag al meehelpen zandzakken te vullen!

    Even voor de duidelijkheid, alvast, maar ik ga het straks proberen: ik ga niet ´die richting uit met mijn gedachten´ zoals jij denkt. het zijn vragen. Ik vraag me af hoe ns bipedaliteit kan hebben ontworpen. Ik heb een paar kritische vragen bij het darwinistische idee van ns )natuurlijke selectie, voor de duidelijkheid!) als de grote demiurg en als alternatief voor die goddelijke demiurg van de dominee. En dat geldt voor al mijn andere punten die die aanpalende vragen zijn, geen standpunten: steady accumulation, hoe werkt dat, hoe kan dat? Want ik denk juist dat het geheel wel meer is dan de som van de delen!

    Zo is spin bijvoorbeeld, om het maar even te hebben over het allerlaagste niveau dat we kennen, niet simpel een optelsom van de de quarks in een proton, wat betekent dat de notie van een afzondelijk proton verder ook niet zo relevant is.

    Ik ben geen (bio)chemicus, maar ik denk inmiddels zoveel van genen en zo begrepen te hebben dat je kunt zeggen dat ons genoom ook meer is dan een hoop genen, zoals een pyramide ook niet hetzelfde is als een hoop stenen. Sommigen gaan zelfs zover te spreken van de architectuur van het genoom. Wij zijn geen proton, maar we zijn wel een person! (woordgrapje)

    Ik mis deze punten, plus nog meer, in de discussie tot nu toe. Ik denk dat ik ze eens op een rijtje moet zien te krijgen.

    Wordt vervolgd

  304. harry pinxteren maart 11, 2015 om 20:00

    sorry, foutje
    dat betekent dat de notie van een afzonderlijk proton
    =
    afzonderlijke quark natuurlijk.

  305. Marleen maart 11, 2015 om 21:01

    Harry,

    Ik kom er even tussendoor.

    Je schrijft:

    “Ik vraag me af hoe ns bipedaliteit kan hebben ontworpen. Ik heb een paar kritische vragen bij het darwinistische idee van ns )natuurlijke selectie, voor de duidelijkheid!) als de grote demiurg en als alternatief voor die goddelijke demiurg van de dominee. En dat geldt voor al mijn andere punten die die aanpalende vragen zijn, geen standpunten: steady accumulation, hoe werkt dat, hoe kan dat?”

    De eerste zin is misschien wat scherp gesteld om duidelijk te maken wat je wilt zeggen. Maar dat ns bipedaliteit zou hebben kunnen ontwerpen is volgens mij een verkeerde veronderstelling. Rob heeft hierboven duidelijk gesteld dat het mutatie en variatie zijn die ‘ontwerpen’ en natuurlijke selectie keurt deze ‘ontwerpen’ goed of af.

    Hetzelfde geldt voor steady accumulation, ook dat heeft Rob duidelijk geïllustreerd door te vertellen hoe dat in zijn werk gaat:

    “Steady accumulation is een random proces dat plaatsvindt vanuit reeds geselecteerde individuen. (de vorige generatie). Voor de nieuwe generatie begint het spel weer van voren af aan. Ook die generatie moet namelijk weer overleven en voortplanten maar is niet gelijk aan de vorige generatie. Slechts in de loop van de tijd kan er door voortdurende selectie op een lange reeks van overlevers sprake zijn van beduidende veranderingen van eigenschappen.”

    Misschien had je dat gemist, maar hij geeft op elk van je punten duidelijk antwoord.

    Het lijkt alsof je dingen wilt verklaren, maar daar leent zich volgens mij de evolutietheorie niet voor. Het is eerder een beschrijving (zie ook leonardo) van het mechanisme waarmee soorten ontstaan, en ook wel aanpassingen. Het is een mogelijk mechanisme waarlangs evolutie zich voltrekt, maar kan niet verklaren waarom bepaalde structuren ontstaan.

    Het is onwaarschijnlijk dat je precies kunt weten wat een zekere vorm van selectie in een natuurlijke omgeving inhoudt dus zul je niet kunnen voorspellen hoe organismen zullen evolueren.
    Zelfs Wagner, die alle parameters onder controle heeft, waaronder de selectie, kan van het relatief eenvoudige ribozyme niet voorspellen welke mutaties het zal ondergaan en blijft naar eigen zeggen voor verrassingen staan (laastste zinnen Hoofdstuk 4).

  306. leonardo maart 11, 2015 om 22:29

    Marleen, sta mij toe dat ik ook even tussendoor kom.

    Je schrijft dat het mutatie en variatie zijn die ‘ontwerpen’ en natuurlijke selectie keurt deze ‘ontwerpen’ goed of af. (en citeert of interpreteert Rob).

    Dat is nu het taalgebruik van evolutiebiologie waar ik zo’n moeite mee heb.

    Bedoel je het echt zo actief zoals je het hier naar voren brengt.
    Dat betekent dat je moet gruwen van mijn “er blijft iets hangen … en da’s heel wat anders”.

  307. Marleen maart 11, 2015 om 22:56

    Leonardo,

    Het blijft behelpen voor wat betreft het vinden van een benadering voor een beschrijving van wat selectie zou ‘doen’.

    Natuurlijke selectie kun je inderdaad beschrijven zoals Harry en jij ook al deden door te denken aan Michelangelo die een beeld houwt en eruit haalt wat er al in zat. Bij natuurlijke selectie is er weliswaar geen beeldhouwer, geen ‘actie’, maar eerder een soort erosie van het gesteente. Er blijft over (blijft hangen) wat overleeft. De rest valt af.

    Het goed- en afkeuren roept inderdaad het idee van een actie op en dat klopt niet helemaal, dat ben ik met je eens.

    Maar iedereen heeft daar blijkbaar een eigen beeld bij, en ik zou niet durven zeggen dat het mijne beter klopt dan dat van iemand anders.

  308. leonardo maart 11, 2015 om 23:10

    Harry,

    Dat zinnetje was ik nooit leonardo geworden, maar als Leentje verzopen in het zich over mijn dorp stortende water van de Oosterschelde. was minder metaforisch bedoeld dan misschien op het eerste gezicht lijkt.

    Ik ben leonardo geworden. Daarnaast heb ik, eerder en nog Leen zijnde, nageslacht verwekt. Inmiddels is duidelijk (niet iedereen kan dat zien, maar voor de kenner is dat zonneklaar) dat ik een paar piepkleine mutaties heb gerealiseerd, die alle kenmerken van variatie vertonen. Je kunt het nu nog niet met zekerheid zeggen, maar het is niet ondenkbaar dat ik persoonlijk de stilstaande evolutie een duwtje heb gegeven.

    Ik zeg het in alle bescheidenheid, ik hoop dat je dat van me aan wilt nemen.
    Ik kon daar persoonlijk niks aan doen … en ook niks aan toevoegen.

    Dat betekent dat over enkele duizenden jaren een nieuwe horizon zichtbaar kan worden.
    Als dat zo is, dan moeten we vaststellen dat dat vlindertje in het Amazonegebied er alles aan gedaan heeft om dat te verhinderen – en het had eeuwen kunnen duren voor een volgend manlijk persoon zo’n mutatie teweeg had gebracht – en dat een ander klein wondertje – waarover ik hier verder niet wil uitwijden – er voor heeft gezorgd dat de evolutie haar goddelijke gang kon gaan.

    En dat is toch geen kattepies!

    Maar ook geen systeem – althans niet voor zover ik kan herkennen.

  309. Rob van der Vlugt maart 11, 2015 om 23:36

    Op dit moment loopt er ergens in Amerika een kind rond dat in de toekomst president van de Verenigde Staten zal zijn. Alle elementen in de ontwikkeling van dat kind, de tegenvallers en de meevallers, de problemen en de oplossingen, de keuzes, de toevalstreffers, de ontmoetingen en de conflicten zullen uiteindelijk wellicht van invloed blijken te zijn geweest op het feit dat over 30 of 40 jaar de nieuwgekozen president zijn of haar eed zal afleggen.
    De moeder van die president zal zeggen: We hebben altijd wel gedacht dat hij/zij het ver zou schoppen.
    Het is onmogelijk dat kind aan te wijzen. Het bereiken van het presidentschap hangt namelijk slechts voor een deel af van het kind. De omstandigheden spelen de hoofdrol. De omstandigheden maken de president.
    Zo werkt in mijn ogen natuurlijke selectie ongeveer.

  310. harry pinxteren maart 12, 2015 om 12:43

    leonardo

    ik interpreteerde je zin helemaal niet metaforisch. De watersnood is echt gebeurd. Ik was er zelf bij, al was ik heel jong!

  311. harry pinxteren maart 12, 2015 om 14:14

    Rob, marleen

    De omstandigheden maken de president

    De eerste mens die opgroeit zónder omstandigheden, moet nog geboren moet worden, volgens mij. Net als de eerste president die niet door de ´omstandigheden´ president wordt.

    Dat je de verkiezing van een president gebruikt als verduidelijking van het principe van natuurlijke selectie, spreekt me zeer aan. De kandidaat die in de ´omstandigheid´ verkeert dat hij de meeste stemmen krijgt, wint namelijk de verkiezingen. Zo ongeveer werkt, naar mijn idee, natuurlijke selectie inderdaad ook. En dat is precies ook mijn bezwaar. Voor de duidelijkheid: mijn bezwaar is dat deze analogie dus inderdaad op gaat. (Hij gaat nog iets beter op voor parlementaire verkiezingen).

  312. harry pinxteren maart 12, 2015 om 14:43

    marleen
    maart 11, 2015 om 22:56
    zo vreemd is dat niet, zou ik zeggen:

    Natural selection has always been the most contested part of evolutionary theory. Schrijft Coyne,
    http://www.thenation.com/article/improbability-pump?page=full
    Dat isvreemd, want:
    In principle, natural selection is simple. It is neither a “law” nor a “mechanism.” It is, instead, a “process”–a process that is inevitable if two common conditions are met. First, some genes must harbor variation because of mutation; and second, some of those mutant genes must be better at replicating than others–usually because they improve the survival and reproduction of their carriers.

    Typisch. Coyne noemt ns hier een process, maar één waarvan je kennelijk niet de wérking kunt beschrijven, maar alleen de voorwaarden aan kunt geven. Die voorwaarden staan uiteraard buiten kijf. Het zijn omschrijvingen: genen zonder variaties, zijn ondenkbaar. Op deze open deur volgt dan wat de britten ´begging the problem noemen. ´some of those mutant genes must be better at replicating than others´ . En dat kan doorgaans als ´they improve the survival and reproduction of their carriers.´

    Daar heb je het evolutionair voordeel. Nakomelingen.

    Als Coyne hier geen ´proces´ beschrijft, wat doet ie dan wel?

    `While biologists agree that natural selection is not the only cause (sic) of genetic change in populations, the evidence is strong that it’s the only one that can produce the remarkable adaptations of animals and plants to their environment–the elephant’s trunk, the cactus’s spines, the tiger’s fangs and so on–the designlike quality of organisms that, as Darwin put it, “most justly excites our admiration.” For one thing, none of the alternatives seem to work.

    NS is nu een oorzaak, en wel de enige die.. die zorgt voor de designlike quality, van van alles van slurven tot.. nou ja, kleurenzien en bipedaliteit bijvoorbeeld

    Dit soort taalgebruik maakt de discussie er niet makkelijker op. Dat geldt ook voor de discussie hier.

    wordt vervolgd

  313. harry pinxteren maart 12, 2015 om 15:08

    marleen, en rob

    None of the alternatives work, schrijft Coyne verder.

    Afgezien van het feit dat hij – volgens Moran- nooit serieus kennis heeft genomen van mutationisme, klopt het wel wat hij zegt. Het klopt namelijk altijd (iemand had het laatst over een theory of anything): er is altijd wel een associatie te leggen tussen een eigenschap en een ‘kenmerk’ van de omgeving, tussen een of andere eis van de omgeving, ´ns´ die bepaalt welk kenmerk ´voordelig´ is. Voor bipedaliteit staat de teller nu op 16 ongeveer. En rechtop lopen heeft inderdaad veel voordelen.

    Ofwel zoals marleen eerder schreef: `Dat wat er overblijft voldoet wel aan de eisen van de omgeving.” Inderdaad. Want als het niet aan de eisen van de omgeving had voldaan, was het niet overgebleven. En je vervolgt met: `Maar dat voordelige hangt nu net af van ns zelf!! Je ziet pas achteraf wat er voordelig is in een bepaalde omgeving of onder bepaalde omstandigheden.`

    Daar zit ´m de kneep, volgens mij.

    Je zegt hier twee dingen: Dat je pas achteraf iets over dat voordeel kunt zeggen hoef je mij niet uit te leggen. Ik heb het al tig keer gehad over het probleem van dit posthoc redeneren: er zijn niet voor niks meer dan 16 voordelen van bipedaliteit verzonnen. Kennelijk gemist.

    Maar dat is niet het enige probleem dat ik heb. `Maar dat voordelige hangt nu net af van ns zelf!!´ Zeg je. Gaat het voordeel ineens niet meer vooraf aan de selectie? Of bedoel je iets anders met hangt af van? Iets anders dan de tijdvolgorde in Darwins adage, ´unless favorable variations occur.. `? Zo is, bijvoorbeeld zónder onze achillespees rechtoplopen helemaal geen voordeel, want dan kun je niet zo profiteren van de werking van de zwaartekracht zoals wij dat nu kunnen ( soms kun je ns inderdaad letterlijk nemen!).. Tenminste, unless, als je die andere mutaties, ´profitable variations´ ook niet vergeet. Want alleen met een achillispees zoals wij die hebben, kom je er niet. Dan is er eerder sprake van een nadeel dan van een voordeel.

    En verder: beschrijf jij nou iets wat we ziet, het FEIT van onze bipedaliteit bijvoorbeeld, of verklaar je dat nu, heb je het over een proces, over de voorwaarden of over een oorzaak?

    “dat ns bipedaliteit zou hebben kunnen ontwerpen is volgens mij een verkeerde veronderstelling” Beweerde ik dat? Ik vroeg het me hardop af, omdat mensen als Coyne dat juist wel beweren (wat voor slurfen en lange nekken geldt, geldt ook voor tweebenigheid uiteraard).

    overigens Rob, die steady accumulation, komt van darwin, en is natuurlijk de kern van het gradualisme, ofwel de kern van zijn hele verhaal (stelling: zonder gradualisme geen darwinisme- en omgekeerd uiteraard😉 )

    “Whatever the cause may be of each slight difference between the offspring and their parents- and a cause for each must exist- we have reason to believe that it is the steady accumulation of beneficial differences which has given rise to all the more important modifications
    of structure in relation to the habits of each species.” (Origin, H5)

  314. harry pinxteren maart 12, 2015 om 15:51

    marleen, en leonardo
    en rob ook

    “Het lijkt alsof je dingen wilt verklaren, maar daar leent zich volgens mij de evolutietheorie niet voor. Het is eerder een beschrijving (zie ook leonardo) van het mechanisme waarmee soorten ontstaan, en ook wel aanpassingen. Het is een mogelijk mechanisme waarlangs evolutie zich voltrekt, maar kan niet verklaren waarom bepaalde structuren ontstaan.”

    Maar dat is toch juist het probleem? Een mechanisme waarvan je de werking niet kunt beschrijven, laat staan specificeren, waar je alleen ‘condities’ van kunt formuleren, wat is dat voor een mechanisme? Zoiets als het ‘systeem’ waar leonardo en jeroenj over gesoebat hebben?

    (ns) ‘kan niet verklaren waarom bepaalde structuren ontstaan.’
    ook al bombardeert iemand als Coyne in een en hetzelfde verhaal ns van principe tot oorzaak,
    natuurlijke historie, dat is dus niet meer dan mensengeschiedenis, die zoals iemand ooit beweerde, ook niet meer is dan one damn thing after another. (steady accumulation of profitable mutations!)

    Ik ben, kortom, nog steeds niet overtuigd dat Hugo de Vries cs zo eclatant ongelijk hadden. Ik las net over Thornton en zijn ‘permissive mutations’. Interessant. Nei heeft het over ‘constraint breaking mutations’. Hoe belangrijk mutaties zijn, tenminste als je weet wát ze doen, (zie bijv PNAS, DOI:10.1073/PNAS.1414542111), blijkt ook uit de al eerder genoemde onderzoeken van Desai, Trotter, Edwards, Schuster en Zsostak.

    Ik lees ook net dat Lenski’s bacteriën inmiddels toe zijn aan hun 60.000ste generatie. “some mutation or mutations must have happened around the 20,000th generation that set the stage for citrate use to evolve much later’ Ze hebben die mutaties overigens nog niet gevonden. Ter vergelijking; onze soort telt er tot nu misschien zo’n 20.000. En we hebben hier al wel een paar mutaties gevonden die de weg hebben gebaand voor een paar dingen. Allemaal ns natuurlijk.

  315. nand braam maart 12, 2015 om 21:31

    @Rob, Harry

    Jij zegt:“Op dit moment loopt er ergens in Amerika een kind rond dat in de toekomst president van de Verenigde Staten zal zijn. Alle elementen in de ontwikkeling van dat kind, de tegenvallers en de meevallers, de problemen en de oplossingen, de keuzes, de toevalstreffers, de ontmoetingen en de conflicten zullen uiteindelijk wellicht van invloed blijken te zijn geweest op het feit dat over 30 of 40 jaar de nieuwgekozen president zijn of haar eed zal afleggen.
    De moeder van die president zal zeggen: We hebben altijd wel gedacht dat hij/zij het ver zou schoppen.
    Het is onmogelijk dat kind aan te wijzen. Het bereiken van het presidentschap hangt namelijk slechts voor een deel af van het kind. De omstandigheden spelen de hoofdrol. De omstandigheden maken de president.
    Zo werkt in mijn ogen natuurlijke selectie ongeveer.

    Harry zegt: “De omstandigheden maken de president.De eerste mens die opgroeit zónder omstandigheden, moet nog geboren moet worden, volgens mij. Net als de eerste president die niet door de ´omstandigheden´ president wordt.Dat je de verkiezing van een president gebruikt als verduidelijking van het principe van natuurlijke selectie, spreekt me zeer aan. De kandidaat die in de ´omstandigheid´ verkeert dat hij de meeste stemmen krijgt, wint namelijk de verkiezingen. Zo ongeveer werkt, naar mijn idee, natuurlijke selectie inderdaad ook. En dat is precies ook mijn bezwaar. Voor de duidelijkheid: mijn bezwaar is dat deze analogie dus inderdaad op gaat. (Hij gaat nog iets beter op voor parlementaire verkiezingen).”

    Ik zie hier weinig systeemdenken in, terwijl dat wel zou kunnen. Ook hier kunnen we een opsplitsing maken in Survival of the fittest (wie wint over 30 jaar de verkiezingen) en “Arrival of the fittest”.
    Het wordt hier nu gepresenteerd alsof “de omstandigheden” niet te beïnvloeden zijn en of er geen manieren zijn om het systeem te beïnvloeden. Alsof het een natuurverschijnsel is waar we niets aan kunnen doen. Ik geef wat voorbeelden om het systeem doelbewust te beïnvloeden. Men zou er doelbewust naar kunnen streven (gunstig voor de democraten) om de invloed van illegale immigranten uit Zuid-Amerika te vergroten door ze een definitieve verblijfsvergunning te geven en stemrech (zie toelichting onderaan)t. Je beïnvloedt dan het systeem doelbewust en het zal betekenen dat een ander “arriveert” om geselecteerd (gekozen) te worden dan wanneer je dat niet doet. Een ander voorbeeld van systeemdenken is de familie Bush (ik had ook de familie Kennedy of de familie Clinton) kunnen nemen. Men kan als familie besluiten om, vanwege de bekendheid van een voorganger en omdat men zich geroepen voelt, doelbewust te streven naar een nieuw presidentschap binnen de familie. In het Amerikaanse kiessysteem heeft men dan een behoorlijke plus (grote bekendheid waardoor men de voorverkiezingen gemakkelijk overleeft en grote kans op hoge donaties van rijke personen/instellingen om de peperdure verkiezingen te kunnen financieren (zonder veel geld bereikt men daar niets;men krijgt gemakkelijk het predicaat een “lozer”). Dit is ook een voorbeeld van hoe iemand kan “arriveren” om geselecteerd (gekozen ) te worden.
    Laatste voorbeeld: in menig Afrikaans land worden verkiezingen gewoon vervalst door de zittende macht, zodat de zittende macht sowieso “arriveert”. Zogenaamd valt er wat te kiezen maar de keuze heeft in feite vooraf al plaatsgevonden.

    Toelichting bii eerste punt:
    Een groot probleem is het in de hand houden van illegale immigratie. Veel Mexicanen steken illegaal de grens over en riskeren daarmee hun leven. Eenmaal in Amerika kunnen ze vrij gemakkelijk aan werk komen. Bovendien draait een groot deel van de Amerikaanse economie op de spotgoedkope arbeidskrachten van ongeschoolde illegale immigranten. De illegalen het land uitzetten is dan ook geen optie.
    Veel Amerikanen in de grensstaten willen een strengere immigratiewetgeving en betere grenscontroles. Op sommige plaatsen hebben de bewoners zelfs het heft in eigen hand genomen. Dag en nacht patrouilleren gewapende vrijwilligers langs de grens met Mexico. Het aantal illegalen immigranten in Amerika werd vorig jaar geschat op twaalf miljoen.

  316. leonardo maart 12, 2015 om 22:44

    No matter what definition of good is proposed, e.g. what furthers evolution, it can always be asked: but is that good? Good resists definition or analysis; the attempt to pin it down to an invariable, specific content, is the naturalistic fallacy.

    Ik vat nu even een filosofisch argument samen (Moore).

    De vraag is: welk begrip kun je nu vinden, in de plaats van good dat niet vatbaar is voor bovenstaande conclusie, waardoor natural selection zelf geen naturalistic fallacy wordt.

    NB
    Natural denies any attempt to pin it down to an invariable, specific content.
    Waaruit per definitie volgt: dit geldt ook voor selection in de context van natural selection.

    Coyne zegt (geciteerd door Harry) … some of those mutant genes must be better at replicating ….
    Better lijkt me niet aan die voorwaarde te voldoen. Hetgeen bevestigd wordt door de desperate uitroep: must be better.

    Fit ook niet. Bijvoorbeeld in de zin: Fitter organisms contribute more genes to the next generation’s gene pool. (Wagner)

    Die problemen heb je niet als je zegt: er blijft iets hangen.
    Het probleem ontstaat pas als je wilt gaan uitleggen waarom iets blijft hangen.

    De vraag is: waarom zou je willen uitleggen dat …
    En het antwoord daarop: omdat schudden aan de boom der kennis van goed en kwaad een hele leuke bezigheid is.
    Waarop Prediker doelde, toen hij mij deze woorden in de mond legde: wie kennis wil vermeerderen moet een boel smart vergaren.

  317. jeroenj maart 13, 2015 om 01:03

    Sjonge, Leonardo, wat heb jij een hoop woorden nodig om duidelijk proberen te maken dat je vind dat alles nergens op slaat.

    • leonardo maart 13, 2015 om 02:13

      Jeroen,

      Als Wagner, de wetenschapper Wagner bedoel ik, een boek schrijft over arrival of the fittest – en hij verspilt geen woord aan wat the fittest inhoudt – en in dat boek innovability als keywoord presenteert, whose principles are the subject of this book – en hij heeft geen woord over voor wat hij daar onder verstaat, behalve dan bijvoorbeeld de onzinzin Understanding innovability can leave the magic of innovation intact. ….

      ???

      … wel, dan moet toch iemand woorden verspillen. Zal het geen inhoud hebben, geeft het in ieder geval reden voor een discipel om er een gericht comment aan te wijden.

      Kennelijk.

  318. harry pinxteren maart 13, 2015 om 12:03

    nand

    mijn analogie van die verkiezingen, was niet meer en niet minder bedoeld dan het ridiculiseren van het soort van ns redeneringen: je kunt er altijd wel ‘omstandigheden’bij halen. Het punt is dat deze manier van ‘redeneren’altijd klopt. Dat heb ik nu al met tig voorbeelden laten zien.

    Intussen wordt het probleem alleen maar groter door écht onderzoek, zoals dat van T. Ryan Gregory

    twee resultaten tot nu toe:

    Ecological correlation – “An emerging trend from animal (and more specifically, crustacean) genome size studies is the positive relationship between genome size and latitude.”

    No relationship between genome size and animal complexity has ever been found. Researchers have been looking into this for over four decades.

    Zie Zimmer in NYT – Is Most of Our DNA Garbage?. of http://www.homolog.us/blogs/blog/2015/03/11/junk-dna-debate-t-ryan-gregory-versus-francis-collins/

    Zover ik weet is darwinisme een theorie, noem het een populatie genetisch model, over differentiele reproductie van (favorable) genes (drift verpreidt ook ongunstige genen).

    Je kunt de uientest blijven doen, je kunt de mantra’s blijven herhalen, maar íets klopt er volgens mij niet.

  319. harry pinxteren maart 13, 2015 om 12:07

    ps nand

    ik heb ik weet niet hoe vaak hier al beweerd dat omstandigheden oneindig aftelbaar zijn.Ze zijn niet te specificeren en zodra je dat doet, kom je in de problemen- met het hele idee. The devil is in the detail.

    Ik zal voortaan duidelijker zijn en mijn ironisch toontje thuis laten. Er hebben hier meer mensen moeite mee.

  320. nand braam maart 13, 2015 om 12:47

    @ Harry

    Je zegt:”Ik zal voortaan duidelijker zijn en mijn ironisch toontje thuis laten. Er hebben hier meer mensen moeite mee.”

    Dat zou prettig zijn. Mag ik nu aannemen dat je mijn alternatieve verkiezingsverhaal in zijn bedoelde essentie ondersteunt?

  321. harry pinxteren maart 13, 2015 om 12:48

    leonardo en jeroen

    het gaat Wagner volgens mij op de eerste plaats om beter zicht te krijgen op het hoe en waarom van die ‘arrival’. en vooral – volgens mij het belangrijkste punt van het boek dat ook bevestigd wordt in ander onderzoek dat ik boven citeerde, hoe die redundantie in mekaar zit, waar die vandaan komt en of dat misschien niet ene van de te verklaren punten van het leven is: robustheid, evolvability. (Hij had daarbij naar een stoot medestanders kunnen verwijzen, wat hij niet doet). Volgens Darwin was de evolutie niggard (in innovation). Nietzsche had het over de ueppigkeit.

    En ja, de term fittest, fitness definieert zowat de hele kern van het verhaal, het hele probleem, zelfs als je die term niet normatief neemt en niet in de naturalistic fallacy valt. Juist dan, want kijk maar wat er gebeurt als je fitness definieert in termen van nakomelingen. Hoe meer nakomelingen, hoe fitter.

    Operationele definities, werken, alleen ze zeggen niks. Wat is een bestseller? Wie wint de verkiezingen? Wat is IQ?, Wat is fitness?

    • jeroenj maart 13, 2015 om 16:55

      Hoe meer we hier maar blijven rondmalen met de misconcepten die ouderwets redeneren in termen van fitness en selectie blijkbaar oproept (maar die hier, wonderlijk genoeg, volgens mij door niemand verdedigd worden), hoe meer ik de neiging krijg om welwillend tegenover de herformulering en -structurering van de schoolboekjesevolutietheorie te staan.

      Aanvankelijk (en eigenlijk nog steeds) vind ik dat net als Marleen onzinnig.

  322. harry pinxteren maart 13, 2015 om 12:56

    nand

    ja, natuurlijk! Om te beginnen zijn er heel veel omstandigheden! Zoveel dat je ze niet kunt specificeren- om te beginnen wáár begin je? Precopulatief? Postcopulatief? Hoeveel invloeden zijn er al niet via de baarmoeder? etc etc. En als je ze niet specificeert, kkijg je verhalen als over die presidentsverkiezingen. Nog erger dan vallen bijvoorbeeld 9/11 en de strijd tegen isis (ergere voorbeelden durf ik niet te noemen, al zouden die alles helemaal duidelijk maken ook onder je definitie van ns, natuurlijke selectie.

    natuurlijke selectie is niet meer en niet minder dan een beschrijving, of beter een naam van iets wat je kunt waarnemen,namelijk doorgeven van genen/variaties aan de volgende generaties. Het zegt niks over het mechanisme en het begs the problem, zoals Coyne laat zien: variatie

  323. Marleen maart 13, 2015 om 18:33

    Harry,

    Je kunt inderdaad in cirkels blijven redeneren. Zelfs Coyne kun je daar op betrappen. Hij zegt (ik citeer jouw citaat):

    “First, some genes must harbor variation because of mutation; and second, some of those mutant genes must be better at replicating than others–usually because they improve the survival and reproduction of their carriers.”

    Hij zegt dus net als jij (maart 13, 2015 om 12:48),

    “En ja, de term fittest, fitness definieert zowat de hele kern van het verhaal, het hele probleem, zelfs als je die term niet normatief neemt en niet in de naturalistic fallacy valt. Juist dan, want kijk maar wat er gebeurt als je fitness definieert in termen van nakomelingen. Hoe meer nakomelingen, hoe fitter.”

    Ik weet niet zeker of je dat bedoelt met naturalistic fallacy, maar je (niet alleen jij) redeneert op deze manier wel in een cirkel. Want je kunt fitness definiëren als hoe meer nakomelingen hoe fitter, maar ook als hoe fitter hoe meer nakomelingen.

    Coyne zegt dus eigenlijk ook zo iets: de dragers van de ‘beste’ genen zullen makkelijker overleven en reproduceren. Maar het is ook waar dat deze genen makkelijker repliceren omdat hun dragers fitter zijn.

    Kortom, het is een cirkelredenring zou je zeggen. Nu heb ik al verschillende malen voorgesteld om evolutie als een wenteltrap te beschouwen en heb al vaak mijn tekening daarvan laten zien. De wenteltrap gaat omhoog, of naar rechts samen met het verstrijken van de tijd. Elke generatie bestaat uit een wenteling van de wenteltrap. Zo ga je met steady accumulation naar variatie, selectie en het ontstaan van aanpassingen.
    Het is blijkbaar verspilde moeite om dat plaatje steeds te linken, dus dat doe ik niet meer.

    “Whatever the cause may be of each slight difference between the offspring and their parents- and a cause for each must exist- we have reason to believe that it is the steady accumulation of beneficial differences which has given rise to all the more important modifications of structure in relation to the habits of each species.”

    (Origin, H5)

    Darwin laat hier duidelijk zien dat hij geen idee heeft van hoe mutaties plaatsvinden. Maar met de kennis van nu over wat mutaties zijn is deze zin nog net zo goed geldig. En steady accumulation is (zoals Rob al eerder liet zien) net zo goed waar, zowel in het geval van genotypic netwoks als in het geval waarin er geen genotypic networks zijn.

  324. leonardo maart 14, 2015 om 18:51

    Marleen,

    Ik spring even in als je zegt hoe meer nakomelingen hoe fitter […] hoe fitter hoe meer nakomelingen.
    Daar zit meer problematiek dan je denkt.
    (Eigenlijk denk ik dat ik achterop je bagagedrager spring.)

    ik had een vriend. Is heel oud geworden. Zijn leven lang gezond. Fit dus.
    Ook fitting. Kon je zo in welke omgeving dan ook plaatsen. Fysiek, maar ook sociaal. Een echte survivor, ook daar waar aan de poten van zijn stoel werd gezaagd.
    Eén probleem: hij heeft zich geen nakomelingen verworven. We hebben er nooit over gesproken of dat niet ging of dat hij zijn huwelijk niet geconsumeerd heeft, zoals men dat wel zegt.
    Zal dus nooit de fittest heten.

    Laat je nu even niet afleiden door of ik hierboven een drogreden opvoer, of een grapje, of regelrecht provoceer.

    Waar het mij om gaat is dit. Als een scholar, Wagner in dit geval, een boek schrijft over arrival of the fittest, als staande tegenover survival of the fittest, en hij definieert niet eens wat fittest is – zoals hij ook andere kernbegrippen niet definieert – en hij laat daarmee vragen open zoals in bovenstaande alinea zichtbaar (en ik kan er nog wel een paar bedenken), en dat wordt breed geaccepteerd, dan kan ik begrijpen dat “men” (excuses voor de Italiaanse modo di dire) de schrijfsels van Pim Fortuyn ook als “gedachtegoed” bewondert – en dat vond ik ook al heel erg.
    En ik kan begrijpen dat het lijdt tot 2 posts met meer dan 1000 comments.

    Er wordt geen property bevraagd, laat staan aan een fysieke dan wel logische test onderworpen.
    Wat erger is: de non-affirmatieve kant komt niet eens aan de orde.
    Waarom zijn er geen rabblebits?
    Waarom zijn er geen polar threshers?

    Volgens mij moet dat, wetenschappelijk gesproken, een schamele vertoning genoemd worden.

    • Marleen maart 15, 2015 om 23:30

      Leonardo,

      Spring gerust op mijn bagagedrager.

      Zoals eerder gezegd was voor mij het probleem dat Wagner ‘innovation’ niet definieerde. Ook in zijn publicaties kan hij de term niet definiëren en uitsluitend refereren aan voorbeelden.

      Rabblebits en polar treshers zitten waarschijnlijk in de bibliotheken van Wagner, maar zijn er nog niet uitgekomen.

      Voor wat betreft de term de ‘fittest’ moet je tenminste teruggaan naar Darwin waar Wagner de term van leent. Ik weet zo niet of Darwin dit duidelijk definieert of niet.

      Gelukkig kunnen mensen zich onttrekken aan deze ‘wet’ van de natuur (survival of the fittest) en zelf beslissen of ze nageslacht op de wereld willen zetten.

  325. harry pinxteren maart 15, 2015 om 17:41

    marleen

    Wat maakt dat citaat van Darwin waar ik zelf al de nodige keren gegeven heb omdat het volgens mij niks duidelijk maakt, in tegendeel, nu wel iets duidelijk als je de ene metafoor vervangt door de andere: steady accumulation door wenteltrappen? En wat heeft Rob al eerder laten zien?

    Ik wil geen argument from authority opvoeren, maar ik heb alle reden méér te geloven in wat Lynch, cs zeggen, dan in wat Rob heeft laten zien, of wat jij met dat citaat beweert. En het is ook wel duidelijk dat zij het beter kunnen zeggen dan ik:

    Is natural selection a sufficient or even a necessary explanation for the evolution of the complex features of the ribosome, the spliceosome, the nuclear-pore complex, and the Golgi apparatus? Or is a march toward increased, and potentially irreversible, cellular complexity an inevitable
    outcome of mutation pressure and the inefficiencies of selection processes in finite populations?
    The points raised above are not meant to suggest that structures as complex as ribosomes
    or ATP synthase are maladaptive. Certainly, today’s cells cannot survive without such molecular machines. However, the existence of complex cellular features need not imply that each of the myriad of changes that sculpted such structures over evolutionary time was adaptive at the time of establishment. (sic)
    The determination of whether it is even feasible for a cellular innovation to have been promoted by purely adaptive processes cannot be made in the absence of information about the population-genetic environment: i.e., the magnitudes of the power of mutation, recombination, and random genetic drift. All three features vary by orders of magnitude across the Tree of Life and can only roughly be inferred for ancestral species. Uncertainty in this area is a major challenge for evolutionary cell biology.
    Lynch M., Field, M.C., Goodson, H.V., Malik, H.S., Pereira-Leal, J.B., Roos, D.S., Turkewitz, A.P., and Sazer, S. (2014) Evolutionary cell biology: Two origins, one objective. Proc. Natl. Acad. Sci. (USA) 111:16990–16994.

    Zodra je ‘natural selection’ moet gaan specificeren, kom je in de problemen, zoals bijv Moran niet moe wordt te laten zien (en zoals ik maar blijf herhalen). Lynch cs suggereren hier volgens mij zelfs dat dat een probleem is dat je alleen bij benadering op zult kunnen lossen, gezien al die onzekerheden.

    Dezelfde soorten problemen, of we nu kijken naar genen of naar cellen, naar (kleuren)zien of naar bipedaliteit: natural selection a sufficient or even a necessary explanation for the evolution?

  326. Marleen maart 15, 2015 om 22:47

    Harry,

    Je vraagt de mensen hier en vooral mij, om me uit te laten over wat ik denk over natuurlijke selectie en alles dat daaraan vooraf gaat. Als je dan zegt dat je Robs argumenten wegschuift (zonder er op in te gaan) en mijn beweringen gewoon laat liggen om meer in Lynch te geloven, dan is dat je goed recht. Maar dan zijn we uitgepraat.

    Ik geloof overigens geen steek van wat Lynch daar zegt. Dat bepaalde (oude) eiwitten of molecular machines niet adaptive geweest hoeven te zijn. Beweert hij daar dat natuurlijke selectie geen enkele rol speelde in het ontstaan van deze eiwitten en dat ze puur uit mutatie ontstaan zijn? Daar geloof ik dan niets van.

    Dus ieder zijn geloof..

  327. harry pinxteren maart 16, 2015 om 10:22

    Marleen

    ieder zijn geloof inderdaad

    The determination of whether it is even feasible for a cellular innovation to have been promoted by purely adaptive processes cannot be made in the absence of information about the population-genetic environment: i.e., the magnitudes of the power of mutation, recombination, and random genetic drift.

    Zit hier voor geloof aan? Geloof in informatie ja. Meer niet.

    En waar je het vandaan haalt dat ik Robs opmerkingen van maart 9, 2015 om 20:17 en maart 9, 2015 om 22:43 en maart 11, 2015 om 23:36 ‘wegschuif’, is me een raadsel. Tot minstens drie keer toe reageert hij niet op mijn opmerkingen.

    Je mag van mij geloven wat je wil, maar hou je wel aan de feiten svp.

  328. leonardo maart 16, 2015 om 15:51

    Ik heb een onbestemd gevoel dat we de 500 niet, of maar net gaan halen. (Sorry Marleen, ik heb er graag aan meegewerkt.) Voordat het helemaal afgelopen is wil ik toch een (mogelijk) misverstand uit de weg ruimen.

    Ik ben heel blij met het feit dat Charles Darwin op deze aardkloot heeft rondgelopen en geschreven heeft wat hij schreef. Hij was uiteraard een kind van zijn tijd, dit soort denken was al op gang gekomen, dus ik zal hem niet heilig verklaren. Maar de prestatie was, in mijn ogen, fenomenaal.
    Ik ben erg blij dat er in de afgelopen 150 jaar data is gevonden die de theorie ondersteunt, en technieken die op die data losgelaten konden worden om de theorie te kalibreren.
    Wat mij betreft kan het scheppingsverhaal uit de bijbel bij het grof vuil worden gezet.

    Dus ik ben daarover zeer positief.
    Dat wil niet zeggen dat ik alles kan verdragen van evolutionisten. Ik zet zo nu en dan graag vraagtekens.

    Allereerst bij hen die het niet voldoende vinden dat ze zelf het scheppingsverhaal bij het grof vuil kunnen zetten, maar ook willen dat anderen, de gelovigen, hen daarin volgen. Dawkins is daar een voorbeeld van. Maar ook onze eigenste Gert is daar niet mis in: hij voert een ware kruistocht. Onder het mom van de suggestie dat alle ellende op deze wereld te danken is aan die vermaledijde gelovigen.
    Wel, als de ellende op deze wereld al ergens aan te wijten is, is dat aan het proces van de evolutie zelf.
    En waarom? Ik persoonlijk zie niet in waarom creationisten en ID’ers geen recht zouden hebben op hun mening.

    Met de pretenties van (sommige van?) de wetenschappers, en van hen die aan hun lippen hangen, kan ik niet uit de voeten. Marleen zelf, die mij een paar maanden geleden nog bezwoer dat we het met een paar jaar allemaal weten leonardo, dan hebben we alle eindjes aan elkaar geknoopt. Ik geloof dat ze nu een beetje terugtrekkende beweging maakt (mijn slechte invloed?) maar ’t kan ook zijn dat ze alleen maar vindt dat Wagner niet de man is om ons naar het grote licht te voeren.
    En de door de computer getekende plaatjes mogen wellicht een schijn van werkelijkheid verbeelden, ze worden inmiddels gepresenteerd als foto’s en 3D-filmpjes.

    En dan is daar het boek van Wagner, inmiddels ook hoofdonderwerp bij deze post. Wat mij betreft is het een misser van één van de bovenste planken van zijn veeldimensionale bibliotheek (zou er zoiets als “boven” zijn in een veeldimensionale ruimte?). Ik heb her en der al aangegeven waarom.

    Dat is allemaal tot je dienst, en er is niks mis mee. Als iemand zich daarmee wil vermaken moet ie z’n goddelijke gang gaan. Ik vermaak me er op mijn manier ook mee.

    Maar, er zijn net twee projecten opgestart. Om het brein te onderzoeken. Niet om hersentumor of Alzheimer te voorkomen of te genezen. Nee, om de werking van het brein te doorgronden.
    Evolutie en biologie.
    Door de Amerikaanse overheid – dat moeten ze zelf weten.
    En door de Europese overheid. Dat zijn mijn belastingcenten. En daar kan ik niks tegen doen.
    [En ik weet nu al wat er gaat gebeuren.
    De Amerikanen zullen iets publiceren, en de Europeanen zullen roepen dat het allemaal veel te voorbarig is.
    De Europeanen zullen iets publiceren, en de Amerikanen zullen klagen dat het allemaal al lang achterhaald is.]

    Zoals ik er ook helemaal niks tegen kan doen, maar lijdzaam moet toezien dat mijn centen niet meer gebruikt worden voor het subsidiëren van orkesten en toneelgezelschappen. Waarvan er dus een aantal verdwenen zijn – of het hoofd nauwelijks boven water kunnen houden.

    Dus Jeroen mag vinden dat ik soms wel eens een lange tekst maak om duidelijk te maken dat ik het allemaal maar niks vind. Maar zolang er nog veeldimensionale boekenkasten gevuld worden pro evolutiebiologie, kan er niks mis zijn met een tegengeluid.
    Dus ik ga gewoon door, mocht ik bij een nieuwe post van Marleen de behoefte voelen.
    Lekker puh.

  329. jeroenj maart 16, 2015 om 18:28

    Je hebt een raadselachtig podium uitgezocht voor je ongetwijfeld goedbedoelde lobby om onderzoeksgeld om te buigen richting podiumkunsten, Leonardo.

  330. pluri bara maart 17, 2015 om 13:20

    Nu zijn we weer twee weken verder en er is hier nog steeds niks zinvols geschreven.

    Wagner gaat het ook niet halen. Alle oppositie wordt zo snel mogelijk door de Darwinisten begraven.

    Zo houden ze de wetenschap al 100 jaar in een houdgreep.

    Leonardo zegt dan dat hij erg blij dat er in de afgelopen 150 jaar data is gevonden die de theorie ondersteunt, en technieken die op die data losgelaten konden worden om de theorie te kalibreren.

    Leonardo, zoals ik in mijn boek aangaf kun je elke theorie onderbouwen. Waar het om gaat is dat je experimenten bedenkt, en waarnemingen doet, die de theorie (hypothese) weerleggen. Alleen dan is er sprake van een wetenschappelijke theorie. Het feit dat Darwinisme alleen maar wordt bevestigd, en nooit weerlegd, toont juist dat het pseudoscience is.

    Darwin schreef zijn boek met name omdat hij zelf niks van biologie wist en zichzelf probeerde te bevrijden van het pre-christelijke onveranderlijkheid van soorten. Maar de bioloog Linnaues had 70 jaar voor Darwins Origin reeds aangetoond dat soorten niet bestonden als vaststaande entiteiten, maar konden hybridiseren.

    Darwin had nog nooit iets van Linnaues gelezen. Darwin was gewoon een ignoramus mbt biologie. Dat blijkt duidelijk uit zijn boeken.

  331. pluri bara maart 17, 2015 om 13:28

    Ik geloof overigens geen steek van wat Lynch daar zegt. Dat bepaalde (oude) eiwitten of molecular machines niet adaptive geweest hoeven te zijn.

    Het geloof van Marleen, selectionisme = ultradarwinisme, weerhoudt haar ervan de biologie te bergijpen. Natuurlijk heeft Lynch gelijk. Ik beschrijf dit fenomeen (dat we kennen als genetic redundancy) ook uitgebreid in mijn boek. Wat Marleen en consorten niet willen begrijpen is dat de biologie als holistisch systeem bestaat, dat door samenwerkende de genetische netwerken in stand wordt gehouden. Zulke netwerken zijn enorm robuust en er staat geen selectiedruk op individuele eiwitten.

    De ontdekking hiervan betekent het einde van het selectionisme, iets dat maar niet door Darwinsten-atheisten kan worden aanvaard.

    Ipv het wel te aanvaarden en iets nieuws te verzinnen (naturlaistisch), blijven ze liever in de ontkenningsfase. Blijkbaar is er echt niks anders(zoals ik elders meermalen heb beweerd) dan selectie dat als god-substituut kan dienen.

  332. Eelco van Kampen maart 17, 2015 om 13:43

    pluri bara: “Ik geloof overigens geen steek van wat Lynch daar zegt.”

    pluri bara: “Natuurlijk heeft Lynch gelijk.”

    Tja, wat is het nou ?

    En het schijnt dat pluri bara een boek geschreven heeft.

  333. harry pinxteren maart 17, 2015 om 16:54

    Eelco

    ‘wat is het nou?’

    Voor de duidelijkheid: PB verwijst in de quote die jij van hem geeft, naar de reactie van Marleen,maart 15, 2015 om 22:47 op mijn quote van Lynch, Dus zo onduidelijk is het niet, lijkt me

    Er is kennelijk enige discussie. Althans, volgens sommigen is die goed mogelijk, gezien recent onderzoek (voor meer voorbeelden zie boven, passim).

    • Eelco van Kampen maart 17, 2015 om 17:00

      Harry, ik gaf twee quotes die vlak na elkaar gebruikt werden in dezelfde reactie. En elkaar tegenspreken.

    • Arno Wouters maart 17, 2015 om 18:47

      Eelco, Pluri/Peter/Peer Bara/Borger/Terborg citeert Marleen wanneer hij zegt: “Ik geloof overigens geen steek van wat Lynch daar zegt” Hij vergat de quote tussen aanhalingstekens te zetten en er bij te vertellen dat die quote van Marleen afkomstig is. Dat is slordig. Maar om ook nadat Harry je vertelt heeft waar de quote vandaan komt (met verwijzing naar de exacte bron: “de reactie van Marleen,maart 15, 2015 om 22:47 op mijn quote van Lynch”) vol te houden dat die quote PB’s mening weergeeft, komt op mij over als een discutabele vorm van quote mining. Het is duidelijk dat PB van mening is dat Lynch gelijk heeft.

    • Eelco van Kampen maart 18, 2015 om 10:08

      Arno, ik reageerde slechts op wat pluri bara schreef (wat kan ik anders ?), en ik gaf letterlijke quotes, geen mined versions daarvan. Vandaar mijn vraag wat het nu was, daar die uitspraken tegenstrijdig zijn, en zoals het er geschreven stond van dezelfde hand waren.

      Dat blijkt nu slordigheid te zijn van pluri bara: die eerste uitspraak was niet de zijne, ook al staat dat er wel zo. Dus dat is dan nu opgelost: pluri bara vindt dat Lynch ‘natuurlijk’ gelijk heeft. Ik mis de argumentatie daarvoor, maar goed … er is nu duidelijkheid.

    • Arno Wouters maart 18, 2015 om 14:18

      Eelco: “ik reageerde slechts op wat pluri bara schreef (wat kan ik anders )?”

      Eelco, wat je anders kan? Dat lijkt me nogal duidelijk: goed lezen en de context van de bijdrage waarop je reageert (een discussie van bijna 500 bijdragen) in het oog houden, inplaats van die reactie uit z’n context te halen (dat je dat deed maakt het in mijn ogen tot quote mining).

      Als je drie reacties hoger gekeken had, dan had je begrepen dat pluri Marleen citeerde. En ook al is Harry’s:

      Voor de duidelijkheid: PB verwijst in de quote die jij van hem geeft, naar de reactie van Marleen,maart 15, 2015 om 22:47 op mijn quote van Lynch, Dus zo onduidelijk is het niet, lijkt me.

      misschien niet zo duidelijk als mijn latere uitleg, hij noemt een exacte locatie (“de reactie van Marleen,maart 15, 2015 om 22:47 op mijn quote van Lynch”). Als je die nagetrokken had, zou je begrepen hebben wat hij bedoelde.

      Harry, ik sluit me dus aan bij jou karakterisering van het probleem als slecht lezen.

    • Eelco van Kampen maart 18, 2015 om 14:28

      Het probleem lijkt me eerder bij de reactie van pluri bara liggen, die slecht schrijft (géén aanhalingstekens, géén bronvermelding), en dus zelf twee tegenstrijdige dingen lijkt te beweren. Mag ik daar niet van in de war raken, en dan vragen hoe het nu zit ?

    • Arno Wouters maart 18, 2015 om 14:34

      Eelco, dat je van pluri’s slordigheid in de war raakt kan ik me voorstellen (toen ik het las was mijn eerste gedachte ook ‘wat krijgen we nou’). Maar mijn verwijt van quote mining kwam pas nadat jij nadat Harry met duidelijke bronvermelding er op gewezen had dat het om een citaat van Marleen gaat waar pluri zich tegen af zet bleef volhouden dat het de mening van pluri was, kennelijk zonder de vermelde bron na te trekken. Opnieuw een kwestie van slecht lezen dus.

    • Eelco van Kampen maart 18, 2015 om 14:38

      Harry’s reactie was mij niet duidelijk, de jouwe wel.
      Het blijft allereerst een kwestie van slecht schrijven.

    • Arno Wouters maart 18, 2015 om 14:44

      Zullen we je nalatigheid de verwijzing na te trekken die Harry zo behulpzaam gaf dan maar een kwestie van onvoldoende bereidheid je in de discussie te verdiepen noemen?

  334. harry pinxteren maart 17, 2015 om 16:59

    Wagner gaat het ook niet halen.
    waar baseer jij dat op PB?

    op het feit dat er al zo lang pseudowetenschap zou worden bedreven?
    geldt dat ook voor al die voorbeelden die ik genoemd heb, naast Lynch?

  335. leonardo maart 17, 2015 om 19:31

    pluri bara,

    Wat een obligate generalisatie – dat je iedere theorie kunt onderbouwen. Leuk dat je dat in je boek zegt. Wel, je weet: dat ga ik niet kopen. Maar, het gaat je vast wel lukken om deze stelling met een paar zinnen body te geven.

    Anders blijf ik met het idee zitten dat al die wetten die wij voor wet houden pseudowettenschap zijn, omdat er nog nooit experimenten bedacht zijn en waarnemingen zijn gedaan die ze weerleggen.

    Voor mij, als altijd dol op alternatief, wel een interessante van jou: dat een wet pas geldig verklaard kan worden als er een experiment is bedacht dat die wet weerlegt.

    Hmmmmmmmmm …. even proeven.

    En, nu ik je toch aan de lijn heb.
    Inmiddels bijna een evolutietijdperk geleden zei je tegen Marleen Dat je nog steeds voldoening haalt uit je blog is mij een raadsel. Ik begrijp wel dat je jaloers bent op Marleen, dat er nog steeds gediscussieerd wordt op haar blog (en ook als jij dat ouwehoeren noemt zegt de 27ste wet van leonardo dat er hoe dan ook aandacht wordt gegenereerd).
    Maar wat ik niet begrijp is dat jij na zo’n opmerking toch steeds als een duveltje uit een doosje tevoorschijn springt. Het lijkt er op dat je de boel met rooie oortjes volgt.
    Dus ik begrijp het plezier van Marleen wel!

    Pluri Bara, je tegensprekerigheid wordt zo langzamerhand goud waard – ik ga het in ieder geval inlijsten.

  336. harry pinxteren maart 17, 2015 om 19:49

    arno
    en eelco, en nou ja, marleen ook zou ik zeggen

    een discutabele vorm van quote mining

    ik denk dat het probleem ernstiger is, in ieder geval dat het al eerder begint: met slecht lézen.

    een groot probleem hier; Ik kan er meer voorbeelden van noemen

    ik dat ik intussen ook genoeg voorbeelden kan noemen van een ander probleem,

  337. harry pinxteren maart 17, 2015 om 20:02

    eelco maart 17, 2015 om 17:00

    ik weet heel goed wat je deed. Ik heb je zelf gemeld waar je de mist in ging

    wat is dit voor manier van discussiëren?

    ik ben het dus met arno oneens dat dit een ‘discutabele vorm van quote mining’ is

    dat had ik hem al gemeld. En je reactie van maart 17, 2015 om 17:00 geeft mij vooralsnog geen ongelijk.

    Volgens mij kun jij beter.

    • Eelco van Kampen maart 18, 2015 om 10:14

      Harry, jouw reactie was niet duidelijk, die van Arno wel. Dus mijn vraag is beantwoord.

      Het is natuurlijk vrij essentieel dat als je de mening van een ander opschrijft in een reactie, dat het ook duidelijk is dat dat een mening van een ander is. Dat was hier uiteraard niet het geval: geen aanhalingstekens en ook Marleen werd niet genoemd.

  338. Marleen maart 18, 2015 om 12:34

    Harry,
    De citaten die je aanhaalt van Lynch zijn interessant, maar zijn eerder overdenkingen, veronderstellingen of stellingen. In ieder geval is het geen informatie. Deze auteurs zijn vast en zeker autoriteiten, maar hij toont niets aan. Het is ook geen opsomming van feiten. Iedereen kan het er dus mee eens of oneens mee zijn.

    Bovendien zeggen ze: “Uncertainty in this area is a major challenge for evolutionary cell biology.” M.a.w, men weet volgens hen bijzonder weinig af van welke rol mutatie, random genetic drift en recombinatie spelen in het ontstaan van oude moleculair machines en in hoeverre het gaat om adaptaties ‘shaped’ door natuurlijke selectie.

  339. Marleen maart 18, 2015 om 12:37

    Leonardo,

    Het probleem met IDers en creationisten is dat zij hun ideeën graag in het onderwijs zien onder het kopje ‘wetenschap’. Dit is vooral in de VS een groot probleem en nog steeds moet daar af en toe voor rechtbanken beslist worden of creationisme nu wel of niet als vak onderwezen dient te worden.
    Een dergelijke ‘mening’ kan eigenlijk niemand dulden.

    Ook onze eigen Cees Dekker overtuigde zowat de minister Maria van der Hoeven om ID te onderwijzen in de biologieles. Gelukkig kan zoiets in Nederland niet. Maar als in de VS de Republikeinen het voor het zeggen krijgen zou zoiets best kunnen gebeuren. Ik kan me daarom goed voorstellen dat mensen als Dawkins hier hard tegenin gaan.

    Overigens, we hebben zojuist de 500 reacties gehaald.

  340. harry pinxteren maart 18, 2015 om 13:35

    Eelco

    ik kom hier vooral om van alles te leren
    dus mijn vraag is nu

    wat is er zo onduidelijk aan het feit dat ik je vertel dat PB in de quote die jij van hem geeft, verwijst naar de reactie van Marleen,maart 15, 2015 om 22:47 op mijn quote van Lynch?

  341. harry pinxteren maart 18, 2015 om 14:13

    marleen

    “M.a.w, men weet volgens hen bijzonder weinig af van welke rol mutatie, random genetic drift en recombinatie spelen in het ontstaan van oude moleculair machines en in hoeverre het gaat om adaptaties ‘shaped’ door natuurlijke selectie.`

    Is dat volgens jou dan niet het geval, is dat dan geen feit? Wat zijn dan jouw ´overdenkingen, veronderstellingen of stellingen´? Of beschik jij over informatie waarover Lynch cs (en een heleboel anderen) niet beschikken?

    Trouwens, waar zeg ik dat ik Robs argumenten ‘wegschuif’ terwijl ik nog minstens drie keer terugkom op of aan sluit bij zijn opmerkingen?

  342. harry pinxteren maart 18, 2015 om 14:17

    Eelco
    doe me een lol zeg
    ik vertel je expliciet dat je twee dingen verwart, jouw quote van PB en de reactie van marleen. Met datum en plaats er bij.

    Trouwens als je de moeite had genomen wat meer kennis van de context tot je te nemen, had je zelf kunnen zien dat je twee dingen door mekaar gooide.

    • Eelco van Kampen maart 18, 2015 om 14:31

      En waarom zou ik die moeite moeten doen, en niet de slordige schrijver ? Is die slordigheid OK ? De schrijver leek *zelf* twee tegenstrijdige zaken te beweren: dát bracht verwarring bij mij.
      Vandaar mijn vraag, die inmiddels door Arno beantwoord is.

    • Arno Wouters maart 18, 2015 om 14:39

      Eelco: “En waarom zou ik die moeite moeten doen?”

      Dat lijkt me nogal duidelijk: je kunt alleen zinvol aan een discussie deelnemen als je je in die discussie verdiept hebt. En als iemand (Harry dus) de moeite neemt om je wegwijs te maken in die discussie helpt het niet als je inplaats van die verwijzing (“de reactie van Marleen,maart 15, 2015 om 22:47 op mijn quote van Lynch”) na te trekken blijft volhouden dat pluri zich tegenspreekt.

      Eelco: “Is die slordigheid OK?”

      Nee natuurlijk niet.

    • Eelco van Kampen maart 18, 2015 om 14:43

      Nogmaals, de reactie van Harry was mij niet duidelijk.
      Zie m’n reactie van 13:58.

    • Eelco van Kampen maart 18, 2015 om 14:46

      Ik schreef trouwens:
      “En waarom zou ik die moeite moeten doen, en niet de slordige schrijver ?”

      en niet alleen maar:
      “En waarom zou ik die moeite moeten doen ?”

      Quote mine ?🙂
      (de nadruk in mijn volledige quote ligt op de verhouding lezer/schrijver)

    • Arno Wouters maart 18, 2015 om 14:47

      Ik had allang begrepen dat de reactie van Harry voor jou niet duidelijk was. Maar dat vind ik niet terzake. Hij was behulpzaam en gaf een exacte verwijzing en die heb je kennelijk niet nagetrokken. Als het geen slecht lezen was dan toch in ieder geval een gebrek aan bereidheid je te verdiepen in wat Harry zei.

    • Eelco van Kampen maart 18, 2015 om 14:50

      Dat zie ik anders …

      En je hebt de onduidelijkheid toch al uit de wereld geholpen ?

    • Arno Wouters maart 18, 2015 om 14:57

      “de nadruk in mijn volledige quote ligt op de verhouding lezer/schrijver”

      Als een schrijver (Harry) zo vriendelijk is om er op te wijzen dat er bij de lezer van een misverstand sprake is en daarbij een duidelijke bron vermelding geeft, lijkt het mij de verantwoordelijkheid van die lezer (van jou dus) om een kijkje te nemen bij die bron, inplaats van zonder verdere moeite met een enigszins pinnig “Harry, ik gaf twee quotes die vlak na elkaar gebruikt werden in dezelfde reactie” te antwoorden.

    • Eelco van Kampen maart 18, 2015 om 15:03

      De schrijver heeft de verantwoording duidelijk te maken van wie de geschreven uitspraken zijn. Aanhalingstekens en bronvermelding weglaten is niet OK.

  343. Arno Wouters maart 18, 2015 om 15:09

    “De schrijver heeft de verantwoording duidelijk te maken van wie de geschreven uitspraken zijn. Aanhalingstekens en bronvermelding weglaten is niet OK.”

    Dat pluri aanhalings tekens had moeten zetten, daar zijn we het helemaal over eens. Ik had het echter over jou reactie op Harry:

    Als een schrijver (Harry) zo vriendelijk is om er op te wijzen dat er bij de lezer van een misverstand sprake is en daarbij een duidelijke bron vermelding geeft, lijkt het mij de verantwoordelijkheid van die lezer (van jou dus) om een kijkje te nemen bij die bron, inplaats van zonder verdere moeite met een enigszins pinnig “Harry, ik gaf twee quotes die vlak na elkaar gebruikt werden in dezelfde reactie” te antwoorden. [Nadruk toegevoegd]

    Je mag nu kiezen of het probleem ‘slecht lezen’ is of ‘onwil’ 😉

    • Eelco van Kampen maart 18, 2015 om 15:13

      Geen van beiden, uiteraard. Ik begreep Harry niet (die niet duidelijk maakte dat de eerste quote van pluri bara letterlijk van Marleen was).

      Dit blijft nu een beetje in cirkeltjes ronddraaien.

  344. pluri bara maart 18, 2015 om 16:29

    Eelco de Kosmologoog komt ook weer eens een duit in het zakje doen…

    Waarom doe je niks zinvols, kosmo? Ga op zoek naar donkere materie en donkere energie met je teleskoop, of zo. Je vindt vast wel iets want 96% van het universum bestaat er zogenaamd uit.

    Of ga een glaasje beroeten voor de aanstaande zonsverduistering.

  345. pluri bara maart 18, 2015 om 16:35

    Leuk trowuens dat de discussie nu geheel en al over mij gaat…

    Dat gebeurt altijd als de kosmologoog erbij komt, die zielige frust…

  346. Rob van der Vlugt maart 18, 2015 om 17:58

    Ik vind het altijd nog spijtig dat ik nooit heb doorgeleerd. Gelukkig kan ik als leek enorm genieten van een goed gevoerde wetenschappelijke discussie.
    Hoewel ik niet alles tot in detail kan volgen steek ik er veel van op.

  347. nand braam maart 19, 2015 om 09:14

    @ Rob

    Ik gaf eerder een alternatief verkiezingsverhaal (12 maart 21.36) als reactie op jouw verkiezingsverhaal (11 maart 22.36).

    Ik ben nog steeds benieuwd wat je weerwoord daarop is.

    • Rob van der Vlugt maart 19, 2015 om 12:17

      Nand,

      Wat mij juist boeit in de analogie van de president is het element van het boven komen drijven. Wie er president gaat worden is niet te voorspellen, dát er een president zal komen is zeker.
      Op het moment dat je sturing gaat geven aan dit proces verlaat je de vergelijking met natuurlijke selectie.

  348. harry pinxteren maart 19, 2015 om 11:41

    Eelco

    ik wil niet flauw zijn, maar dat je mijn persoon, zoals blijkt uit je discussie met arno, nu óók al verwart met PB, gaat ver. Dat je slecht leest- en context helemaal uit het oog verliest-, a la, dat kan iedereen overkomen. Maar persoonsverwisseling is een ernstige stoornis.

    En nu over tot de orde van de dag.

    Rob wilde graag wat leren- ik ook trouwens.
    eerder had hij het over Lenski (ja, in verband met Wagner). februari 16, 2015 om 09:31

    Lenski: … I was pretty sure we would see the rate of fitness improvement decelerate over time (and it has), and I was also pretty sure we’d see a quasi-step-like dynamic to the early fitness increases (and we did). Nonetheless, these analyses have yielded surprises as well, including evidence (and my new strong conviction) that fitness can increase indefinitely, and essentially without limit, even in a constant environment.
    Verdere discussie zie Moranhttp://sandwalk.blogspot.ca/2015/03/richard-lenski-answers-questions-about.html

    Over ‘stilstaande evolutie’ gesproken..fitness can increase indefinitely, and essentially without limit, even in a constant environment. hoezo ns?

    • harry pinxteren maart 19, 2015 om 11:42

      ps, en rob en arno uiteraard ook, en al die anderen die de discussie hier een beetje hebben proberen te volgen

    • Eelco van Kampen maart 19, 2015 om 11:49

      Uh, Harry, waar verwar ik jou met pluri bara ??? Hoe kom je daar bij ?

    • Rob van der Vlugt maart 19, 2015 om 12:11

      Harry,

      Als het Lenski lukt om het milieu waarin zijn bacteriën vertoeven constant te houden, en ik neem aan dat hij dat kan, dan nog blijft het feit dat als gevolg van mutaties de totale variatie aan eigenschappen binnen de populatie kan en zal veranderen. Daarmee zullen er individuen ontstaan die net zo goed, of ietsje beter of ietsje minder goed in staat zijn hun cyclus te voltooien. Er ontstaat dus hoe dan ook concurrentie. Na voldoende generaties zul je de allelfrequenties binnen de populatie dan ook veranderd zien. Aangepast aan een omgeving betekent voor mij dan ook: aanpassing aan ALLE factoren die van invloed zijn op overleven en voortplanten.

  349. harry pinxteren maart 19, 2015 om 11:45

    PB

    probeer liever antwoord te geven op mijn vraag van maart 17, 2015 om 16:59

  350. harry pinxteren maart 19, 2015 om 13:19

    Eelco,

    dat baseer ik op de hele discussie die jij met Arno gevoerd hebt nav die quotes van PB.

    ‘de schrijver’ in jouw antwoord van 18, 2015 om 15:03 op Arno’s 18, 2015 om 14:57
    kan zowel op PB als op mij slaan.: -)

    Ik gaf in mijn uitleg namelijk ook geen quotes, maar verwees slechts naar plaats delict en en naar tijdstip – wat volgens mij duidelijk genoeg was voor iedereen die de discussie een beetje gevolgd had, zoals Arno.

    • Eelco van Kampen maart 19, 2015 om 13:50

      Ik schreef vanaf maart 18, 2015 om 14:31 al
      “De schrijver leek *zelf* twee tegenstrijdige zaken te beweren.”
      Dat sloeg uiteraard op pluri bara, niet op jou, en met ‘de schrijver’ heb ik daarna consequent diezelfde persoon aangeduid. Niks persoonsverwisseling: zulke stoornissen heb ik (gelukkig) geen last van, dus maak je daar geen zorgen over.

  351. jeroenj maart 19, 2015 om 13:28

    Rob, Harry, ik vermoed dat Lenski waarneemt dat latere generaties áltijd concurrentie experimenten winnen van oudere generaties. Ik ga dat proberen na te zoeken, want dat roept leuke vragen op in het kader van Rob’s 12:11; Dat beter aangepast zijn voor concurreren met je generatiegenoten blijkbaar betekent dat je óók beter aangepast bent voor concurreren met vroegere generaties zou best een opmerkelijk verschijnsel zijn, en -denk ik- niet automatisch volgen uit Rob’s benadering. Misschien zit ik te zwatelen en valt hier niks over te zeggen aan de hand van Lenski’s experiment.

  352. harry pinxteren maart 19, 2015 om 13:48

    Rob

    “Er ontstaat dus hoe dan ook concurrentie” .

    Ondanks een constante omgeving kan de selectiedruk toch opgevoerd worden inderdaad. Het punt dat Lenski maakt, lijkt me dat dat alleen kan door die mutaties waardoor sommigen fitter worden dan anderen. Ofwel, eerst de arrival, dan de survival! De vraag is hoe die fitteren kunnen arriveren, want dat ze overleven, wisten we al: ze zijn namelijk fitter!

    Ofwel: pas op voor cirkels. Voor je het weet zit je er midden in.

    Overigens hebben Lenski cs nog maar een grote mutatie gevonden, las ik laatst (maart 12, 2015 om 15:51) terwijl ze intussen aan hun 60.000ste generatie toe zijn.

    En het gaat, zo blijkt, toch ook om tamelijk speculatieve modellen die lastig te toesten zijn. zie https://telliamedrevisited.wordpress.com/2013/11/14/fifty-thousand-squared/

    De discussie op het blog van moran biedt verder tot nu toe ook niet veel meer aanknopingspunten
    (daar wordt weer gesoebat over creationisten en IDiots. overigens kan ik de lezing van John Lennox aanbevelen http://sandwalk.blogspot.ca/2015/03/are-gods-delusion.html, al was het maar vanwege de dooddoeners waarmee Moran die van tafel probeert te vegen. Het lijkt me wel wat voor Gert! )

    • Rob van der Vlugt maart 19, 2015 om 16:19

      Harry,

      Dat was precies waar ik op doelde toen ik me hier hardop afvroeg hoe Lenski’s experiment gezien moet worden in relatie tot de bevindingen van Wagner. Die ene grote mutatie waar jij het over hebt (miljarden individuen, tienduizenden generaties) steekt wat magertjes af bij wat je zou verwachten van een vertroetelde bacterie die een mensenleven lang de tijd krijgt om een hyperastronomische ruimte te doorzoeken.
      Hoe de fitteren arriveren is geen vraag wat mij betreft. Elke mutant moet maar zien dat ie het redt.

      Jeroen,

      Dat latere generaties de concurrentie zouden kunnen aangaan met sommige eerdere generaties is maar zeer de vraag en volgt niet uit het feit dat binnen een generatie individuen als overlevers uit de strijd komen ten koste van (primitievere) soortgenoten. Net zo goed zou ik het vast en zeker afleggen tegen een Neanderthaler tijdens een weekje survivallen in de Ardennen en zou IS aardig in de piepzak mogen zitten als ze in één keer Marcus Antonius cs. voor hun neus zouden hebben staan.

  353. jeroenj maart 19, 2015 om 17:07

    Rob, precies. En Lenski bepaalt de verhoogde fitness (“fitness can increase indefinitely”) met concurrentie experimenten tegen vroegere generaties.

    De vergelijking met Homo’s van verschillende generaties gaat natuurlijk niet helemaal op. Wie wie het gemakkelijkst dood slaat in directe confrontatie zegt gelukkig weinig over het aandeel van je genen in de volgende generatie.

    Maar dát neemt niet weg dat we het resultaat van Lenski opmerkelijk vinden en graag zouden willen weten hoe hij aan zijn “new strong conviction” komt, dat “Fitness unlimited” is.

    In je aan Harry gerichte reactie hierboven vermoed ik spraakverwarring. Bedoelen jullie met “één grote mutatie” niet “één duidelijk adaptieve innovatie“?

  354. Arno Wouters maart 20, 2015 om 17:04

    Wat ik me afvroeg ivm de vraag hoe het relatief late ontstaan van de citraat-innovatie in Lenski’s experiment gerelateerd is tot Wagners bevindingen: zou het niet zo kunnen zijn dat selectie hier vertragend werkt? Kennelijk zijn er een aantal mutaties nodig voordat citraat-gebruik kan optreden. Als deze mutaties af en toe opgetreden zijn, maar al vrij snel weer weggeselecteerd werden dan heeft selectie een vertragend effect gehad.

    Of is dit een idioot idee?

    • leonardo maart 20, 2015 om 23:26

      Arno,

      ’t Is bijna een open deur waar je om vraagt.
      Ik heb er al eerder op gehint.

      Als je in een selecterend proces gelooft – en dus in een selecterende processor! – of je meent (zoals ik) dat iets wel of niet blijft hangen, dan zijn de processen/wetmatigheden/coïncidenties die maken dat iets niet werd geselecteerd, of niet bleef hangen, remmen op de evolutie.
      Dat er nog geen rabblebits zijn of polar thrashers geeft aan dat de evolutie behoorlijk vertraagd is.

      Het probleem met het woord “vertragend” is dat het een waardeoordeel inhoudt – een waardeoordeel dat wel past in een design explanation, maar niet past in een beschrijving van (een deel van) het evolutionaire proces.
      Kennelijk vind jij dat citraat-gebruik nodig is, of zou ik daarmee aan geven dat de wereld niet zonder rabblebits of polar-thrashers kan.
      Dat komt in de buurt van Gert Korthof die vond dat de evolutie tijd verknoeid heeft.
      Persoonlijk denk ik dat de evolutie niet in dat soort termen bezig is.

  355. harry pinxteren maart 20, 2015 om 17:18

    ja jeroenj, ik wel, althans ik doelde op:

    ´some mutation or mutations must have happened around the 20,000th generation that set the stage for citrate use to evolve much later´`

    ik las het ergens, maar ik kan niet zo snel meer terugvinden. nou ja, het gaat volgens mij dus om de mutatie die steeds weer genoemd wordt als het over Lenski’s experiment gaat dat intussen overigens al 60.000 generaties heeft gehaald.

    ter vergelijking, 60.000 generaties geleden was onze herseninhoud nog maar zo’n 546 cm^3.
    😉

  356. jeroenj maart 20, 2015 om 19:06

    @Arno, relatief laat ten opzichte van wat, bedoel je?
    Een Wagner stap is geen Lenski generatie, en dat heeft impact op je vraag.
    Worden alle buren “uitgeprobeerd” in één Lenski generatie?

    En aeroob citraatmetabolisme schijnt niet iets voordehandliggends bij Coli’s te zijn. Ik meen me uit een eerdere discussie te herinneren dat Peter Borger beweerde dat het wél met een paar mutaties geregeld kan zijn.

    @Harry: Ja, sloompies zijn we. De grootte van een orgaan lijkt me een apart soort innovatie met aparte evolutiedynamiek. Neemt niet weg: Ik zou wel wat meer willen lezen over evolvability verschillen tussen eukaryoten en prokaryoten. Ik krijg het idee dat daar veel beweging in het onderzoek zit en er is misschien een leesbaar overzicht. Iemand?

    • harry pinxteren maart 20, 2015 om 20:46

      jeroenj

      zover ik het kan volgen, komen Lenski en de zijnen er ook niet echt uit (uit de ene mutatie waar we het over hebben)

      misschien is Koonin, Logic of Chance een idee als het gaat om je evolvability en verschillen tussen eukaryoten en prokaryoten…

    • jeroenj maart 20, 2015 om 22:42

      Dank je wel Harry, die Koonin ga ik bestellen.

  357. Arno Wouters maart 21, 2015 om 12:46

    Jeroen vraagt mij:

    @Arno, relatief laat ten opzichte van wat, bedoel je? Een Wagner stap is geen Lenski generatie, en dat heeft impact op je vraag. Worden alle buren “uitgeprobeerd” in één Lenski generatie?

    Oops, allemaal zaken waar ik niet over nagedacht heb en eigenlijk ook niet genoeg van weet. En dat terwijl ik in andere contexten doorgaans de eerste ben die ‘ten opzichte van wat?’ roept als het om versnelling, toename, verbetering etc. gaat. :$

    Ik bedoelde natuurlijk ‘relatief laat in vergelijking met wat je gezien Wagners bevindingen zou verwachten’ Maar inderdaad ik heb bij nader inzien geen idee van wat er gezien Wagners bevindingen te verwachten is. Sterker nog ik zou niet weten of er überhaupt te bepalen is wat je gezien Wagners bevindingen zou verwachten. Ik was mij er van bewust dat Wagner’s mutatiestappen en generaties niet overeenkomen maar dacht vagelijk ‘miljoen bacteriën per generatie, na ruim 30.000 generaties zien we de innovatie optreden, als die (zoals we volgens Wagner mogen verwachten) 3 mutaties van een willekeurig metabolism verwijdert ligt dan zullen die mutaties toch wel een keer opgetreden zijn’, maar inderdaad ik heb geen idee hoe groot de kans is op een relevante mutatie (dat wil zeggen een mutatie die een metabolische reactie toevoegt of weghaalt). Ik weet ook niet wat de gemiddelde afstand is tot een innovatie zoals die uit Wagner’s experimenten bleek. Ik weet evenmin hoe groot de populatieomvang is en zelfs niet hoe Lenski generaties meet.

    Laten we het een verschrijving noemen😉 Dank voor de correctie!

    • harry pinxteren maart 21, 2015 om 12:51

      arno , jeroenJ
      uit wat ik er van gelezen heb, links via de blog van Moran (zie boven) begrijp ik dat Lenski cs er ook niet uitkomen!

    • jeroenj maart 21, 2015 om 14:13

      Jij bedankt Arno. Ik zit heerlijk te hersenknarsen.
      Wagner en Lenski doen in mijn ogen fantastisch werk met het creëren van aanwijsbare en interpreteerbare resultaten, hoe moeilijk ze soms ook zijn te duiden. En alle bedenkingen erbij behelzen een pakket aan nieuwe, vaak specifieke, (onderzoeks!)vragen.

  358. harry pinxteren maart 21, 2015 om 12:48

    jeroenj
    er circuleert een illegaal pdf file van Koonins boek op het net!

    • jeroenj maart 21, 2015 om 13:57

      De Wagner discussie bevestigt voor mij wat ik voor mezelf al wist: papier leest lekkerder en beter. En het drukt lekker op mijn beeldschermuren. Hoewel ik graag betaal voor iemands vakmanschap, heb ik toch maar een tweedehandsje gekozen😉
      Misschien heb ik mazzel en staan er leuke kanttekeningen in, misschien pech en heeft er een student met fluorescerend roze markeerstift in lopen smeren.

  359. harry pinxteren maart 21, 2015 om 12:58

    Wagner heeft het zelf allemaal nog eens even samengevat in het laatste nr van AEON Magazine:
    Possible creatures

  360. leonardo maart 21, 2015 om 14:56

    vooruit, ook een waardeoordeel van mij dan

    God krabde aan zijn kont
    en schiep het water en de vis
    de vis kroop op het land
    daar ging het helemaal mis

  361. harry pinxteren maart 21, 2015 om 15:56

    volgende blog? Moran kondigde op zijn blog een nieuw contyroversieel boek aan:

    http://sandwalk.blogspot.ca/2015/03/how-genome-lost-its-junk-according-to.html

  362. harry pinxteren maart 21, 2015 om 16:08

    arno, jeroenj

    over het boek van Koonin is uitvoerig geblogd en gediscussieerd. Bij Gert, en hier.

    alvast een voorproefje:

    The emergence and evolution of complexity at the levels of the genotype
    and the phenotype, and the relationship between the two, is a
    central (if not the central) problem in biology. Even leaving aside for
    now the problem of the actual origin of the very substantial
    complexity associated with the cellular level of organization (see
    Chapter 11), one cannot help wondering why the evolution of life
    didn’t stop at the stage of the simplest autotrophic prokaryotes, with
    1,000 to 1,500 genes. Why instead did evolution continue, to produce
    complex prokaryotes possessing more than 10,000 genes and, far
    more strikingly, eukaryotes, with their huge, elaborately regulated
    genomes; multiple tissue types; and even ability to develop mathematical
    theories of evolution?

  363. leonardo maart 22, 2015 om 08:34

    (om deze reactie goed in te kunnen intikken, zo vroeg op de zondagmorgen, heb ik mijzelf een kopje thee gemaakt in een beker waarop een huppelend jongetje en een huppelend meisje; niet ondenkbaar dat het de beker van één van de kleinkinderen is)

    Harry meldde iets over de herseninhoud van 60.000 geslachten geleden: 546 cm^3.
    Het trof me gelijk … maar wist niet onmiddellijk waarom.

    We kennen ze allemaal, de lijstjes waarin verschijningen van fenomenen worden opgesomd met belangrijke kenmerken. Van soorten sterren tot Presidenten van USA.
    En zo is er ook een lijstje van voorkomende species of homo habilis till H. sapiens.
    Belangrijke kenmerken (volgens H. sapiens!)
    – adult height
    – adult mass
    – cranial capacity

    Height en mass kan ik begrijpen.
    Maar begrijp ik de cranial capacity?
    Stofwisseling is een belangrijk kenmerk van leven.
    Waarom niet de omvang van bijv. de maag?

    Het schijnt dat er vrouwen zijn, maar in ieder geval heel veel mannen, die de omvang van het geslachtsdeel belangrijk vinden.
    Ik begrijp ook wel, daar heeft nooit een beschermkapje omheen gezeten – vermoedelijk speelden ze 1,5 miljoen jaar geleden nog geen hockey – maar toch … niks over te melden?

    Maakt het feit dat cranial capacity te meten is, en de rest niet, de cranial capacity belangrijker.
    Of zit er toch een vreemd soort waardeoordeel achter – denken dat oordeelt over de eigen denkcapaciteit.
    En, de vraag, (voorlopig) puur retorisch hoor, luidt: maar wat maakt de cranial capacity nou zo belangrijk.
    (Ik herinner jullie even aan een waarschuwing van Michael Corballis, hersenchirurg, die ik in mijn gastbijdrage over het brein citeerde there may be other creatures busily working on formulae to prove that they are the top dogs.

  364. leonardo maart 22, 2015 om 12:58

    nog even retorisch over die elementen die de menselijke evolutie kenmerken

    (ik denk even hardop, maar dat neemt niet weg mannen – en vrouwen natuurlijk – dat jullie gerust mee mogen denken, ik heb dat nooit als opdringerig ervaren; neem een kop thee uit de beker van de kleinkinderen, de homo ludens is niet voor niks uitgevonden)

    Dus height is een belangrijk kenmerk – dat begrijp ik: de vorm en de ontwikkeling daarvan. (Aantal voeten en handen is ook belangrijk, maar dat is al heel lang 2, dus niet kenmerkend.)
    Met hoogte is ook de omvang weergegeven van borstkas, of buikholte, dus ik begrijp dat dat niet apart wordt vermeld.

    Met mass heb ik eigenlijk ook geen problemen, behalve dan dat de weke delen daarin wel een substantieel aandeel hebben, dus weer moeilijk meetbaar.
    Soit.

    Maar als de omvang van de borstkas – en ook de oogkas, bergruimte voor een zeer fijn ontwikkeld instrument – niet apart wordt aangegeven, wat is dan de functie van het apart vermelden van de cranial capacity?
    Het is ook niet kenmerkend voor de menselijke soort. De dieren hebben eveneens een hersenpan, en niet zo klein ook. Michael Corballis heeft er zijn zorg al over uitgesproken dat we een ingewikkelde formule nodig hebben om zeker te weten: wij zijn de knapste van de klas.

    [
    Wat betreft die delen die we even hebben in aantal, armen of oren of lippen, daarover heeft Günter Grass een belangwekkend hoofdstuk gewijd in zijn der Butt, dat de geschiedenis van de mensheid behandeld vanuit een vrouwelijk gezichtspunt. Daarin heeft de oermoeder nog drie borsten, waarvan ze er één in de loop van de geschiedenis kwijt raakt. Zoals Grass het schildert is het zeer plausibel, en zou het een hoofdstuk kunnen zijn in de leerboeken over evolutie.
    ]

    Ofwel: het is niet ondenkbaar dat er belangrijke elementen zijn die niet als kenmerk worden genoemd in het lijstje.
    En er wordt iets genoemd waarvan je je af mag vragen of dat belangrijk genoeg is om kenmerkend te heten.

    Ik denk nog even verder.

  365. harry pinxteren maart 23, 2015 om 13:14

    Leonardo

    om even aan te sluiten bij je allerlaatste opmerking: “En er wordt iets genoemd waarvan je je af mag vragen of dat belangrijk genoeg is om kenmerkend te heten.”

    Dat slaat volgens mij zeker op die 500 cm^3, waar je je overpeinzingen mee begon. Ik noemde dat aantal ook alleen maar omdat grootte inderdaad helemaal niks zegt over, nou ja, laten we zeggen, de inhoud.

    Er zijn ik weet niet hoeveel indexen verzonnen die bedoeld zijn om het verschil tussen de hersen(inhoud) van onze soort en de rest uit te rekenen en te verduidelijken. Er zijn ook de nodige uiterlijke kenmerken genoemd. Zo heeft onze primatoloog, de bekende Frans de Waal, een lijstje van maar twee punten: onze naaktheid en onze tweebenigheid. Die twee zijn volgens hem ‘voldoende’ om ons in een ‘ aparte groep’ te stoppen. Dus niet onze grotere hersens, want volgens Frans zijn die gewoon drie keer méér van hetzelfde. (het argument dat hij voor deze bewering geeft, is een apart blog waard).

    De grap die ik probeerde, was daarom, aan te geven dat we dan wel weten dat er in die 60.000 generaties van ons méér is gebeurd dan in die 60.000 generaties van Lenski’s bacteriën (anders zouden we dat namelijk nooit wéten), maar dat we verder nog niet veel meer weten. Zeker als het over onze hersens gaat (‘Als ik alles weet van E coli, wat weet ik dan van de mens?’, vroeg Manfred Eigen een keer hardop- retorisch- in een interview.) . De discussie werd al gevoerd tussen Darwin, en o.a. Huxley, Wallace en Gregg – en al lang voor the descent of man, waar het probleem levensgroot terugkomt. (lees dat boek, je zult er van opkijken. En niet alleen van Darwins ‘Remarkable conclusion” )

    Eén ding staat in ieder geval wel vast: je heb mensenhersens nodig om op blogs te kunnen reageren.

    Er zijn heel veel ‘Michael Corballissen’. Darwin zelf was de eerste toen hij onze hersens (en hun inhoud, onze opvattingen) vergeleek met die van apen. En natuurlijk: Just as a chimpanzee can’t understand quantum theory, it could be that there are aspects of reality that are beyond the capacity of our brains. Maar van àl die ándere dingen waar wij nog minder van begrijpen dan van quantum mechanica, begrijpen die apen nog veel minder dan wij. Denk ik. Maar dat die beesten stom zijn, zul je mij niet horen zeggen (vlak trouwens bijvoorbeeld die kraaien ook niet uit!)

    We denken verder.

    • Rob van der Vlugt maart 23, 2015 om 14:25

      Harry,

      Realiseer je je wel dat je met je tussenzin “(het argument dat hij voor deze bewering geeft, is een apart blog waard)” solliciteert naar een uitnodiging van Marleen om een gastblog over dit onderwerp te schrijven ? En daarbij je hart eens helemaal uit te storten.
      Ik zou als ik jou was de kans grijpen.

    • leonardo maart 23, 2015 om 18:31

      Rob

      I second that
      eindelijk een volwassen, afgeronde tekst van Harry
      alla a’s bees cees …. ygrecs zetten op een rijtje
      een apologie … of zo

  366. harry pinxteren maart 23, 2015 om 15:01

    Rob

    dat heeft ze al een keer voorgesteld. Maar ik wacht liever nog even wat reacties af op knuppels die ik in het hoenderhok probeer te gooien- want dat is volgens mij toch de enige manier. Meningen goed laten botsen. Werk ook voor elementaire deeltjes. Laten botsen. In Geneve schijnen ze er pas geleden misschien ook weer succes mee te hebben gehad. Groot succes, volgens sommigen.

    • leonardo maart 23, 2015 om 18:52

      Harry,
      Hierboven second ik Rob’s voorstel.
      Wellicht een beetje in baldadige bewoordingen.
      Uiteraard positief bedoeld.

      Knuppels in het hoenderhoek …uhhh … dat is toch ook een beetje van provo.
      Niet?
      Of zal het zijn dat mijn future tijdens het rememberen iets anders gekleurd is geraakt?

      Laat je niet afleiden door mijn woorden.
      Kom op met die tekst.

      (je krijgt hoe dan ook antwoord op je comment)

  367. leonardo maart 23, 2015 om 19:06

    Harry,
    ik suggereer alvast één verbetering

    je schrijft Eén ding staat in ieder geval wel vast: je heb mensenhersens nodig om op blogs te kunnen reageren.

    ik zou zeggen: je hebt mensenhersens nodig om op mensenblogs te reageren

  368. jeroenj maart 23, 2015 om 22:19

    @Leonardo. Welke verbetering levert je specificatie op Harry’s oorspronkelijke bewering?
    Denk je aan caviablogs, botblogs, godenblogs? Zie ik iets over het hoofd?

    • harry pinxteren maart 24, 2015 om 14:00

      goeie vraag, jeroenj
      maar ik vermoed dat er meer achter die verbetering zit dan wij kunnen bevroeden.
      Even verzinnen wat voor knuppels ik in het hok kan gooien om dara achter te komen😉

  369. leonardo maart 24, 2015 om 07:19

    Jeroen,

    Bloggen is uiteraard een soortvorm van communiceren. Ik gebruik vorm als toevoegsel omdat het vooral om de vorm gaat, een vorm die dan weer bepaald wordt door internet. Maar het principe is: iemand wil iets meedelen aan meerdere mensen, en laat het open of en hoe anderen reageren (of is rechtstreeks hoopvol en heel gefrustreerd als er niks gebeurt).

    Of cavia’s, in die zin, bloggen weet ik niet. Dat ze het moeten kunnen, daarvan ben ik heilig overtuigd. Wij hadden er ooit één. Mijn vrouw deed wel duizend keer per dag een keukenlade open. Maar als ze een keukenlade opendeed om een mesje te pakken om een komkommer te schillen, waarvan het beestje dan een paar schillen kreeg, ging dat beestje, al ver voordat de komkommer open lag en directer haar geur kon verspreiden, piepen en als een razende in zijn molentje ronddraaien.

    Wie wel eens op Terschelling heeft gewandeld (of elders ook, vast) weet van vogels die heel stil in een weiland kunnen zitten. Dan laat er eentje wat horen, en ineens kan het een leven als een oordeel worden. Dan wordt het weer stil. Dan komt er weer een vogel. En hup.
    Het gebeurt wel eens dat ze niet stil te krijgen zijn. Vermoedelijk heeft één van de beestjes dan iets gezegd over multidimensionale bibliotheken, of stilstaande evolutie … of zo.

    Ook van vissen weten we dat ze signalen in het water door kunnen geven. Het blijft voor ons onwaarneembaar, dus ik zal niet verder speculeren, maar …

    Niet ondenkbaar dat onze tam tam en onze rooksignalen, op het moment dat die nog helemaal in waren omdat we nog nooit van bloggen hadden gehoord, hopeloos achterliepen bij wat vogels en vissen al heel lang veel beter konden.

    • harry pinxteren maart 24, 2015 om 14:05

      leonardo en jeroenj

      dacht ik het niet!

      weet je wat? Er zijn ook bacterieblogs. Want chemotaxis dat is ook ‘ communicatie’, niet dan?
      wat wij hier zitten te doen dat is gewoon een beetje uit de hand gelopen bacterie-gedoe !

    • leonardo maart 24, 2015 om 15:59

      Harry,

      wat je eerste observatie betreft kan ik je helemaal volgen

      wat de tweede betreft: ik acht het niet ondenkbaar dat bij Marleen op een klein puntje (Wagner) mijn gistende en rottende invloed voelbaar is; maar voor de rest lijkt iedereen immuun voor mijn mooie praatjes, dus … slecht gekopieerd bacterie-gedoe zou ik zeggen – van mijn kant dan, althans

  370. leonardo maart 24, 2015 om 08:08

    Harry,

    Je zegt: er zijn heel veel Michael Corballissen.
    Laat ik nu net een boekje in mijn handen genomen hebben van John Gray, notoire criticus van ons denken dat ons denken verlicht zou zijn, The Silence of Animals dat ie begint met een citaat van Koestler, dat aan duidelijkheid niets te wensen overlaat, en waarin vele Corballissen langskomen, meer in de gedaante van Koestler, dus denker en schrijver, dan neuroloog.
    Bijvoorbeeld Joseph Conrad.

    Corballissen die het niet zozeer over mensenhersens hebben dan wel over het product daarvan … en vooral: hoe dat geconditioneerd werd is wordt door de “vruchten” van de denkarbeid van andere rasgenoten.
    Het is denkbaar dat, zoals jij lijkt te suggereren, de main stream van het evolutionaire bewustzijn wel weet dat we nietig zijn. Of iedere evolutiebioloog daarvan doordrongen is – vooral zij die design explanations af willen geven … ik ben er nog niet van overtuigd.

    Dat die brein-projecten gestart zijn, door de Amerikaanse en Europese overheid, is echt niet te danken aan het lobbyen van de gebroeders Koch, of van de gezamenlijke energiewinningsbedrijven.
    Daar zal in de burelen, waar geld verdeeld wordt tussen projecten die “leuk zijn voor de mensen” de deur wel plat gelopen zijn door de Andreas Wagners en Gerdien de Jongs.
    Of onze eigenste Gert, zie hierboven onder junk DNA, die vindt dat geldgebrek geen a priori argument mag zijn om evolutionair onderzoek stil te leggen of te dwarsbomen. En, omdat je daarover nu eenmaal geen second opinion kunt kopen – je moet immers eerst onderzoek doen voor welke opinion dan ook – beter maar gewoon a priori gefinancierd kunnen worden.

    • harry pinxteren maart 24, 2015 om 14:08

      Leonardo
      niet alleen biologen vinden dat we nietig zijn. Wat dacht je van kosmologen bijvoorbeeld?
      Enfin, hier liggen knuppels genoeg. Ik ga er eens een paar verzamelen!

  371. leonardo maart 24, 2015 om 08:24

    Voor de goede orde, en om ieder misverstand uit de weg te ruimen of te voorkomen.

    Op het moment dat het militair-industrieel project beteugeld is, en in zijn geheel verhuisd is naar de woestijn of naar de Noordpool (40 jaar zwerven binnen de poolcirkels lijkt me ook niet niks) krijgt Gert van mij een aai over de bol, en Gerdien en Andreas ook trouwens, en een zak met geld zonder dat ie zelfs maar een a priori onderzoeksplan op tafel moet leggen.

  372. pluri bara maart 24, 2015 om 10:09

    Ik neem nog een keer de moeite om aan te tonen dat mijn boek zijn tijd vooruit was:

    http://www.nature.com/ncomms/2014/141216/ncomms6495/full/ncomms6495.html

    Ze schirjven hetzelfde als ik in mijn boek in 2009:

    “Adaptation requires genetic variation, but founder populations are generally genetically depleted. Here we sequence two populations of an inbred ant that diverge in phenotype to determine how variability is generated. Cardiocondyla obscurior has the smallest of the sequenced ant genomes and its structure suggests a fundamental role of transposable elements (TEs) in adaptive evolution.”

    TEs zijn eigenlijk variation-inducing genetic elements …kon u in mijn boek lezen.

    QED.

    PB