Op zoek naar de klepel

bij dezen en genen

Darwin Day 2014 in Venetië

Darwin Day 2014

Darwin Day 2014; de dia met de genoomgrootte van de ui

Voor deze dag was mooi weer voorspeld en laag water. Het was daardoor een aanlokkelijk vooruitzicht om weer eens naar Venetië te gaan. De lezingen van de Darwin Day werden georganiseerd door de ‘Unione degli Atei e degli Agnostici Razionalisti’ en zouden om kwart over tien beginnen dus dat was rennen richting La Fenice alwaar de Aula Magna van het ‘Ateneo Veneto’ zich tegenover bevindt. De inleiding heb ik gemist, maar begreep later dat de zaal voornamelijk gevuld was met scholieren van de middelbare school.

De volgende overdenkingen betreffen de eerste lezing over het menselijk genoom en het junk DNA. Wat opviel was dat er allereerst gesproken werd over het enorme genoom van de ui. Dit als inleiding naar de geschiedenis van het project ENCODE dat de functionaliteit van het junk DNA onder de loep genomen heeft. De hele lezing was vervolgens gegrond op de bevindingen van ENCODE welk project aangetoond zou hebben dat junk DNA wel degelijk een functie heeft. Ongeveer 80 % van het genoom zou volgens die bevindingen een functie hebben in tegenstelling tot de veronderstelde 1,5 % die gevormd worden door genen, het zogenoemde codificerende deel.

Het project ENCODE bekeek de aanwezigheid van proteïnen op het DNA (transcriptiefactoren), de afgeschreven RNA’s en gemethyleerd DNA. De overvloedige binding van transcriptiefactoren aan het DNA van het zogenaamde junk DNA zou betekenen dat daar transcriptie plaatsvindt. Er werd ook een myriade aan RNA van verschillende lengten gevonden in de cellen. De lezing baseerde zich helemaal op de vondst van deze RNA’s en ging uit van het feit dat deze ook een functie hebben. Zo werd er bijvoorbeeld gesproken over het feit dat lange transcripten (lncRNA’s) de kortere (miRNA’s, siRNA’s, piRNA’s en snoRNA’s) die allemaal een eigen specifieke functie hebben, kan sekwestreren en daarmee een belangrijke regulerende werking kan hebben op de expressie van DNA. Er werd aangegeven hoe belangrijk RNA wel niet is en dat men eigenlijk tegenwoordig niet meer zomaar kan stellen dat onze kenmerken bepaald worden door DNA alleen. De uitdrukking ‘het zit in mijn genen’ zou daarom niet meer gebruikt moeten worden.

Een punt dat niet behandeld werd daarentegen was de binding van transcriptiefactoren. Transcriptiefactoren binden zich aan het DNA daar waar transcriptie gestart moet worden. Als er inderdaad zo’n grote hoeveelheid aan RNA’s afgeschreven wordt dan wordt dit veroorzaakt door deze transcriptiefactoren. Direct na de publicatie van ENCODE waren er bijzonder veel sceptici die niet konden accepteren dat bijna al het junk ineens geen junk meer was. Een argument was dat transcriptiefactoren ook aspecifiek kunnen binden en dat er een soort ruis bestaat omdat deze eiwitten ‘plakkerig’ zijn. Over dit onderwerp verscheen hier een eerder blog. Daarin legt Mike White haarfijn uit dat het er in cellen wellicht heel rommelig aan toe gaat.

De vraag bleef hangen: hoe kan het genoom van de ui zoveel junk bevatten en dat van de mens die zoveel complexer is zoveel minder. Hoe kan het dan toch een functie hebben? Omdat de hele lezing er van uitging dat de bevindingen van ENCODE correct waren heb ik deze vraag niet gesteld. Er waren geen vragen na afloop.

26 Reacties op “Darwin Day 2014 in Venetië

  1. Pluri Bara februari 13, 2014 om 11:18

    Marleen, dat de ENCODE data door Darwinsten nog steeds in twijfel worden getrokken of weggeredeneerd moeten worden is niet alleen belachelijk, het is ronduit een aanfluiting voor de echte biologische wetenschappen.

    We weten nu dat vrijwel het gehele genoom wordt afgeschreven in verschillende soorten RNA moleculen van heel korte tot heel lange. Ze worden ingedeeld in drie typen, al naar gelang waar ze voorkomen: ribosomaal, nuclear en cytoplasmatisch. Ribosimaal is weer onderverdeeld in tRN, rRNA en mRNA (alledrie van belang in de eiwitsynthese). Nuclear RNAs zijn snoRNA, RNAseP, RNAse mRP, piRNA, telomeraseRNA en snRNA, maar wellicht zijn er nog meer ontontdekte types. Ze controleren de gen expressie en stabiliseren het genoom. Cytoplasmatisch RNA zijn siRNA, miRNA, SRP RNA, IncRNA en Y RNA, maar mogelijk ook hier nog meer onontdekte. Ook deze helpen mee het genoom, de genetisch output te reguleren en stabiliseren.

    Je kunt reeds vele verschillende tools commercieel verkrijgen voor de bestudering ervan.

    Het genoom is vrijwel geheel funktioneel, zoals ik in mijn boek reeds opmerkte, maar aan verval onderhevig. Darwins hypotheses zijn alle volledig weerlegd.Dat er nog mensen in geloven is mij een groot raadsel, want met science heeft het niet veel te maken.

    Waarom een uit zoveel DNA heeft? Lees mijn boek…VIGEs…ze hopen zich op en zolang ze geen nadelig effect op reproduktie hebben is alles geoorloofd….een ui kan zich zowel geslachtelijk als ongeslachtelijhk voortplanten…veel DNA dat zich ophoopt, dus.

    Groet,

    PB

    • Marleen februari 13, 2014 om 12:33

      Peter, dank voor je reactie. De vraag is niet waarom een ui zoveel DNA heeft, maar als dat zogenaamde junk zo belangrijk is voor de expressie een regulatie van DNA, waarom heeft een ui er dan zoveel van ? En waarom heeft het blaasjeskruid er zo weinig van (3% van het genoom).

  2. Pluri Bara februari 13, 2014 om 11:27

    Wat Darwinisten niet willen inzien is dat de cel een 3D supercomputer is gebouwd met nanotechnologie waar de mens alleen maar van kan dromen.

    Ze bevestigen wat de mens altijd al heeft vermoedT: ID.

    PB

  3. gert korthof februari 13, 2014 om 12:05

    Marleen: gefeliciteerd met Darwin’s verjaardag!
    Jullie hebben tenminste meerdere festiviteiten in Italië. In ons landje gebeurt er voor zover ik weet helemaal niets!
    Als je hier kijkt zijn er nog meerdere activiteiten in Italie maar Venetie staat er niet bij.
    Je schrijft ” Er waren geen vragen na afloop.”: bedoel je dat er geen GELEGENHEID was tot het stellen van vragen?
    maar als er wel gelegenheid was,
    “Omdat de hele lezing er van uitging dat de bevindingen van ENCODE correct waren heb ik deze vraag niet gesteld.”
    dan had je de vraag JUIST WEL moeten stellen!
    Wetenschap is geen wetenschap zonder peer-review en kritiek!

    • Marleen februari 13, 2014 om 12:23

      Gert, ook jij gefeliciteerd en dank voor je reactie.
      Er waren inderdaad erg veel evenementen in Italië voor Darwin Day die je in onderstaande link kunt lezen. Als je op de evenementen zelf klikt wordt er een PDF gedownload, dus doe dat niet als het je verder niet echt interesseert:
      http://www.pikaia.eu/easyne2/LYT.aspx?Code=Pikaia&IDLYT=425&ST=SQL&SQL=ID_Documento%3D7216
      Ook Bologna was een mogelijkheid geweest.

      Er was wel gelegenheid tot het stellen van vragen en achteraf gezien had ik de vraag moeten stellen, maar de spreker was zo vol van het ENCODE project dat het makkelijk als een provocatie gezien kon worden. In Italië gaat dat soort dingen nu eenmaal anders, je wordt al gauw beschouwd als een ‘polemica’ als je niet oppast.

  4. Eelco februari 13, 2014 om 12:38

    Een interessant blog van een van de ENCODE mensen zelf, en waarom ze voor die 80% kozen:
    http://genomeinformatician.blogspot.co.uk/2012/09/encode-my-own-thoughts.html

  5. Marleen februari 13, 2014 om 13:16

    Mooi Eelco, bedankt voor je link. Ik lees min of meer dat er voor de 80% gekozen is voor de ‘hype’ en dat 20 % realistischer is. Ook lijkt het erop dat er een aantal studies buiten de boot van publicatie zouden vallen als dit percentage niet opgeschroefd werd. Verder is het gedeelte erg interessant over de drempel die gekozen is voor wat een specifieke binding van transcriptiefactoren inhoudt. Daar hebben ze een keuze moeten maken en dat is nu net het hele punt. Leg je de drempel iets hoger dan zit je wellicht op een veel lager percentage. Alles bij elkaar niet zo overtuigend.

    • Eelco februari 13, 2014 om 13:25

      Mee eens – het was beter geweest toch beide percentages te noemen, zeker als je wilt vergelijken met eerdere studies. Dan moet je wel dezelfde definitie (incl. drempel) voor ‘functional’ gebruiken, en kom je dus op hoogstens op 20% uit. Die 80% is voor ‘biologically active’, iets wat voorheen niet zo gebruikt is.

  6. Pluri Bara februari 13, 2014 om 13:28

    “Wetenschap is geen wetenschap zonder peer-review en kritiek!”

    En daarom is Darwinisme geen wetenschap.

  7. Pluri Bara februari 13, 2014 om 13:31

    “In Italië gaat dat soort dingen nu eenmaal anders, je wordt al gauw beschouwd als een ‘polemica’ als je niet oppast.”

    Kortom de man met de grote academische titel bepaalt wat er gezegd mag worden. Wat er gedacht mag worden en wat er uiteindelijk wordt gepubliceerd.

    Zo gaat dat in Darwinland.

  8. Pluri Bara februari 13, 2014 om 13:35

    Marleen, je schrijft: “Direct na de publicatie van ENCODE waren er bijzonder veel sceptici die niet konden accepteren dat bijna al het junk ineens geen junk meer was. ”

    Wie waren al die sceptici? Kun je ze nader identificeren?

    • Pluri Bara februari 13, 2014 om 13:54

      De term Junk DNA, een de science-stopper by uitstek (want het nodigt nu niet bepaald uit tot wetenschappelijk onderzoek), is overigens afkomstig van de Darwinist Susumo Ohno. De bedenker van het evolution by gene duplication verhaal (dat overigens ook reeds werd weerlegd door de waarnemingen aan het genoom: er is geen associatie namelijk tussen redundante genen en genduplicaties).

  9. Marleen februari 13, 2014 om 13:40

    Peter, Als je geen antwoord weet op mijn vraag aan je hierboven dan kun je gewoon niet antwoorden. Het is niet nodig offensief te worden.De man met de grote academische titel is het wat betreft de RNA’s helemaal met je eens. Dus prijs je gelukkig.

    De sceptici waren er veel o.a. Larry Moran, Ryan Gregory, Josh Witten, Mike White en nog veel meer. Wat PZMeyers en Jerry Coyne er van zeiden heb ik niet gevolgd, maar dat is wellicht te achterhalen.

    • Pluri Bara februari 13, 2014 om 14:12

      Marleen, om ENCODE te beginnen met het DNA van de ui betekent dat men het genoom daar bij de Darwin Dag compleet niet begrijpt. Het door ENCODE ontdekte (80% van het menselijke genoom heeft minstens een functie) heeft geen enkele relatie met het DNA van de ui. Als je mijn boek kent, dat heb ik je ooit geschonken, dan kun je eruit opmaken dat variatie-inducerende genetische elementen (zoals ik TEs daarin noemde) best mogen accumuleren. Binnen de biologie geldt namelijk maar een regel, namelijk reproduktie. Zolang een organisme kan reproduceren mag je alles binnen het DNA veranderen. Het is superplastisch en superadaptief.

      De enorme hoeveelheid DNA van de ui hoeft dus ook niet persee een functie te vervullen. Genomen mogen gewoon DNA verzamelen, zolang het de reproduktie niet te zwaar belast. Op een gegeven moment is het genoom echter verzadigd. Zo zijn er ook bacterien die meer DNA dan de mens bezitten. Zulke dingen kun je allemaal verwachten in een gevallen wereld waar reproduktie het enige selectiekriterium is (selectie is immers verder niks dan een reproduktieverschil). Met Evolutie van Darwin heeft het niet veel te maken.

      Lees ook eens dit: http://creation.com/images/pdfs/tj/j23_2/j23_2_110-117.pdf

      pb

    • Marleen februari 13, 2014 om 14:47

      Peter, het gaat er niet om of genomen volgens jou gewoon DNA mogen verzamelen. Dat het genoom verzadigd zou raken zegt mij niets. Ook is een gevallen wereld iets dat je beter uit zou kunnen leggen, want die term ken ik niet. Selectie is veel meer dan een reproductieverschil zeg ik.

  10. Pluri Bara februari 13, 2014 om 14:36

    “De sceptici waren er veel o.a. Larry Moran, Ryan Gregory, Josh Witten, Mike White en nog veel meer.”

    Waaronder natuurlijk ook René Fransen.

    Alle sceptici hadden gemeen dat ze Darwinisten waren. Maar ja ze kunnen er nu echt niet meer omheen, hoewel Fransen het tot vorig jaar volhield en met verwrongen publikaties aan kwam zetten, die ik zo doorzag want de sequenties waren eerst door de repeatmasker gehaald.

    Op dit moment is 80% van het genoom van de mens functioneel. Ze (dwz de ENCODE mensen) hebben nog maar een fractie van de Transcriptiefactoren bestudeerd, en nog maar een handvol cellen. Die 80% gaat in de richting van 95%. Precies zoals ik lang voor de ENCODE data al in mijn boek schreef. (Gert Korthof heeft overigens het allereerste niet gecorrigeerde exemplaar van mijn boek in bezit (nog de engelse versie), dat’ie zou gaan weerleggen, maar dat niet kan en nooit zal kunnen wegens al deze nieuwe ENCODE data die in mijn boek reeds werden voorzegd).

    Ik verwachtte en doe ddat nog steeds niet meer dan 5% junk DNA in het genoom van de mens, dwz kapotte genen zoals GULO, caspase 12, vitellogenine, cobalamine synthase, en een paar honderd andere kapotte “longevity genes” inclusief hun regulatoire overblijfselen.

  11. Pluri Bara februari 13, 2014 om 14:53

    De fout die de Darwinisten-atheisten maken is dat ze zich niet verdiepen in wat hun creationistische opponenten daadwerkelijk denken en geloven.

    De evolutiemodellen van de creationisten (baraminisme) en evolutionisten (Darwinisme) staan enorm dicht bijelkaar. Darwinisme is namelijk verder niks dan universeel baraminisme, waarbij alle baramins middels reproduktie (in het verleden) aan elkaar worden gekoppeld waardoor universele gemeenschappelijke afstamming ontstaat teruggaand op een microbe. Voor deze Darwinistische visie is echter geen enkele wetenschappelijke bewijsvoering aan te dragen…in het bijzonder niet meer omdat de universele genetische code de optimale code bleek voor het bufferen van mutaties en daarmee net zo goed als ID kan worden opgevat.

    De biologische data hebben echter universele gemeenschappelijke afstamming zonder twijfel weerlegd en daarmee staat er nog slechts een model overeind.

    Darwinisten-atheisten moeten dat natuurlijk te allen tijde ontkennen. En ik begrijp dat zeer goed, maar hun foutieve en wetenschappelijk weerlegde visie op de biologie dient te worden bestreden. Vanuit een wetenschappelijk oogpunt.

  12. Marleen februari 13, 2014 om 15:02

    Peter, Nogmaals wat is een ‘gevallen wereld’?

  13. Pluri Bara februari 13, 2014 om 15:03

    “Peter, het gaat er niet om of genomen volgens jou gewoon DNA mogen verzamelen. Dat het genoom verzadigd zou raken zegt mij niets.”

    Daarom had ik ook even dat stukje uit de JoC gelinkt. Daarin wordt een mooi model beschreven van accumulatie van TEs (VIGEs). Je ziet dan dat er naar verloop van tijd verzadging gaat optreden. Dat is het eindstadium van baraminologische evolutie.

    “Ook is een gevallen wereld iets dat je beter uit zou kunnen leggen, want die term ken ik niet. Selectie is veel meer dan een reproductieverschil zeg ik.”

    Is het katholieke Italie nog steeds verboden om in de Bijbel te lezen? Ik zou zeggen: negeer de Paus en verdiep je eens in de cultuur waar je deel van uitmaakt. Begin bij Hoofdstuk 1, dan weet je vandaag nog wat een gevallen wereld betekent.

  14. Pluri Bara februari 13, 2014 om 15:06

    “Peter, het gaat er niet om of genomen volgens jou gewoon DNA mogen verzamelen. Dat het genoom verzadigd zou raken zegt mij niets.”

    Daarom had ik ook even dat stukje uit de JoC gelinkt. Daarin wordt een mooi model beschreven van accumulatie van TEs (VIGEs). Je ziet dan dat er naar verloop van tijd verzadging gaat optreden. Dat is het eindstadium van baraminologische evolutie.

    “Ook is een gevallen wereld iets dat je beter uit zou kunnen leggen, want die term ken ik niet. Selectie is veel meer dan een reproductieverschil zeg ik.”

    Is het katholieke Italie nog steeds verboden om in de Bijbel te lezen? Ik zou zeggen: negeer de Paus en verdiep je eens in de cultuur waar je deel van uitmaakt. Begin bij Hoofdstuk 1, dan weet je vandaag nog wat een gevallen wereld betekent.

    Selectie is de verandering in het gemiddelde van een kenmerk is gelijk aan de genetische variantie in het kenmerk maal de regressiehelling van relatieve fitness. Reproduktie dus.

  15. Pluri Bara februari 13, 2014 om 15:11

    De laatste zin moet zijn: “Selectie is de verandering in het gemiddelde van een kenmerk is gelijk aan de genetische variantie in het kenmerk maal de regressiehelling van relatieve fitness. ReproduktieVERSCHIL dus.”

  16. Marleen februari 13, 2014 om 15:17

    Peter, bedoel je wellicht de zondeval ?

    Voordat er sprake is van reproductie is vindt er al selectie plaats. Niet alle organismen overleven tot aan de reproductieve leeftijd.

    Overigens, je bent al heel bekend op RationalWiki:
    http://rationalwiki.org/wiki/Baraminology#Baraminology_finds_a_first_answer

    • Pluri Bara februari 13, 2014 om 16:00

      Organismen die dood gaan zonder te reproduceren doen sowieso niet mee. Die kunnen we dus meteen uitsluiten van het grote reproduktie-spel.

      Binnen de voortplantende, dus levende, organismen vindt selectie plaats op nivo van reproduktie, dwz hoe beter ze voortplanten, hoe meer nakomelingen, hoe meer ervan zijn in de volgende generatie. Selectie vindt overal en alleen maar plaats op dit nivo. Je mag dus alle genetische make-up verliezen/verdubbelen, die je voortplanting niet direkt in gevaar brengt. Alle redundanties en non-essentials die in het genoom voorkomen kunnen gewoon verdwijnen. er kan dus prima informatie verloren gaan, terwijl de genomen zelf steeds groter worden. Er kunnen prima steeds meer (onder)soorten ontstaan, terwijl er informatie verloren gaat. Het is geheel conform met wat we waarnemen. Vandaar ook dat honderden genen homozygoot mogen missen (ze zijn kapot) in delen van de menselijke populatie zonder dat het hun reproduktie schaadt. Het kan best zijn dat je buurvrouw verschillende genen homozygoot mist en 10 kinderen ter wereld brengt (die daarna het kapotte gen meenemen en verspreiden). Langzaam maar zeker verdwijnt de niet essentiele en redundante info van het genoom. Dat is een bewezen feit.

      De Ratiowiki…effe gekeken…ze zijn daar niet eens in staat een objectief verhaal neer te zetten. De eerste zin zet al meteen de stemming. Het kan dus niet veel meer zijn dan de zoveelste arrogante Darwinsme-is-de-enige-toegestande-science site. Van generlei belang.

  17. Marleen februari 13, 2014 om 16:14

    Peter, hier zit je er toch helemaal naast. Jij gaf een definitie van selectie waarin je alleen reproductie in beschouwing neemt. Selectie is een gevolg van omgevingsfactoren en kan plaatsvinden op niveau van sperma, eicellen, embryo’s, geslachtsonrijpe organismen en volwassen organismen. Alleen de overgebleven geslachtsrijpe individuen kunnen zich reproduceren. Ze kunnen daarbij meer of minder nakomelingen krijgen die op hun beurt ook weer geselecteerd worden op niveau van het sperma, de eicellen, het embryo enz, enz.

    Waarom je nu spreekt van niet essentiële en redundante info is me een raadsel. Daar hadden we het niet over.

    • pluri bara februari 13, 2014 om 18:36

      Ja, selectie vind overal plaats waar gereproduceerd wordt, omdat het inherent met reproductie is verbonden.

      Kankercellen worden steeds “aggressiever”…omdat ze steeds sneller en zonder controle reproduceren…

      Sommige degeneratieziekten (zoals ik beschreef in mijn boek) zijn terug te voeren op sneller reproducerende spermastamcellen.

      En bacterien die AB-resistent worden net zo…ze reproduceren als snelste in een AB omgeving.

      De omgeving bepaalt slechts welk deel van het genoom door selectie wordt bewaard. Selectie is een soort conserverende factor en gaat het verval van het genoom tegen.

  18. Marleen februari 14, 2014 om 13:33

    Peter, uit ‘The Descent of Man’:

    But the time will before long come, when it will be thought wonderful that naturalists, who were well acquainted with the comparative structure and development of man, and other mammals, should have believed that each was the work of a separate act of creation

    .

Praat mee en laat hier uw reactie achter

Vul je gegevens in of klik op een icoon om in te loggen.

WordPress.com logo

Je reageert onder je WordPress.com account. Log uit / Bijwerken )

Twitter-afbeelding

Je reageert onder je Twitter account. Log uit / Bijwerken )

Facebook foto

Je reageert onder je Facebook account. Log uit / Bijwerken )

Google+ photo

Je reageert onder je Google+ account. Log uit / Bijwerken )

Verbinden met %s

Zwervende gedachten

Een filosoof over argumentatie, biologie, handelingstheorie en wat hem verder invalt

Jonas Bruyneel

Literatuur/Journalistiek/Muziek

mjusicamanti.wordpress.com/

per amanti della vera musica

SangueVivo

Ancora solo un battito in più

Microplastics

INTERREG MICRO PROJECT

Scientia Salon

Philosophy, Science, and all interesting things in between

Infinite forme bellissime e meravigliose

si sono evolute e continuano a evolversi

Vita da simbionte

perché collaborare è talvolta meglio che combattere

Meneer Opinie

Altijd een mening, maar niet altijd gehinderd door kennis van zaken

The Cambrian Mammal

An evo-devo geek's scientific meanderings

Evolutie blog

bij dezen en genen

The Finch and Pea

The Public House for Science...

voelsprieten

* wonder van het alledaagse *

the aphid room

All about aphids... not simply bugs|

kuifjesimon

Just another WordPress.com site

The Amazing Comics Men

Comics by Dutch cartoonists Jan the Stripman & Wim the Mysterious Helpman

Barbara Jansma

Prenten, spotprenten en schilderijen

%d bloggers op de volgende wijze: