Op zoek naar de klepel

bij dezen en genen

Dawkins en Gould

Ongeveer twee maanden geleden is er aan de Vrije Universiteit van Amsterdam een proefschrift verdedigd over seksuele reproductie en natuurlijke selectie. Natuurlijke selectie zoals gedefinieerd door Dawkins, Monod en Williams zou nooit tot de evolutie van seksuele reproductie geleid kunnen hebben.

Er is daarna veel kritiek op het proefschrift geweest door verschillend evolutiebiologen. De discussie waar ik hier naar verwijs is gaande op het blog van Gert Korthof. De inmiddels gepromoveerde Joris van Rossum stelt dat de verschillende biologen en met name Richard Dawkins uitgaan van het idee dat natuurlijke selectie op het gen inwerkt. Maar Dawkins stelt juist dat niet het gen maar het fenotype door natuurlijke selectie geselecteerd wordt; het gen is daarentegen de eenheid van selectie. Dawkins geeft in zijn boek ‘The Selfish Gene’ het voorbeeld van roeiers en een boot. De roeiers zijn de genen, ofwel de uniteiten van selectie en de boten zijn het fenotype (de eiwitten, de cellen, de organismen). De beste roeiers winnen de race, maar doen dat niet afzonderlijk. Het is de boot die wint en de roeiers krijgen allemaal een medaille (= worden doorgegeven aan de volgende generatie). Dit voorbeeld wordt door Dawkins nog verder uitgebreid maar heeft voor de discussie verder geen zin. Aangezien het proefschrift uitgaat van een fout gegeven is haar stelling ongefundeerd.

Naar aanleiding van de commentaren en discussies onder dit blogbericht van Gert Korthof is het wellicht interessant om er wat dieper op in te gaan. Er wordt daar bijvoorbeeld beweerd dat bepaalde veel voorkomende sequenties in ons genoom (ALU) geselecteerd zijn (selectie van een sequentie, is dat wel mogelijk ?) omdat ze veel voorkomen. Dit is een cirkelredenering: omdat een bepaalde eigenschap veel voorkomt is hij blijkbaar succesvol en dus geselecteerd. Op zich kan dit wel gezegd worden van alle fenotypen die we in de natuur vinden, maar dan gaat het inderdaad om fenotypen, terwijl veelvuldig voorkomende sequenties in het DNA bij het genotype horen. Eerst moet het bijbehorende fenotype van de succesvolle sequenties gevonden worden om te kunnen stellen dat ze geselecteerd zijn. Op dit punt wordt het belangrijk onderscheid te maken tussen wat er eerst komt: genotype, fenotype of selectie.

Zowel Richard Dawkins als Stephen Jay Gould zijn het er over eens dat het genotype het fenotype voortbrengt en dat dit laatste geselecteerd wordt, waarbij, zoals eerder gezegd, het gen de uniteit van selectie is en het fenotype aan selectie onderhevig is. Een verschil tussen beiden is, zoals Dawkins zelf zegt, dat hijzelf genen als de veroorzakers van evolutie ziet, terwijl Gould het genoom als passief register ziet van wat beter werkte en wat niet. Het lijkt er op dat Gould het genoom ziet als een opslagplaats voor hetgeen na natuurlijke selectie via het fenotype overblijft. Dawkins ziet het genoom of genotype daarentegen als de oorsprong van een fenotype waarop vervolgens selectie ingrijpt. Je kunt stellen dat beiden gelijk hebben en dat er een cirkel bestaat die steeds bij het genoom uitkomt. Dawkins vertrekt van het punt 0 ofwel het genotype (eerste generatie) dat vervolgens tot expressie komt en een fenotype voortbrengt dat eventueel (weg)geselecteerd wordt. Dit nieuwe fenotype is de drager van dit nieuwe genotype (0 +1; tweede generatie) enzovoorts. Het genoom is op deze wijze het passieve register van natuurlijke selectie. Zo wordt het mogelijk evolutie als een wenteltrap te beschouwen. Elke slag komt via het (veranderde) fenotype weer terug bij het (veranderde) genotype (0 + n). De wenteltrap heeft slechts een richting, laten we zeggen omhoog. Deze loopt gelijk aan het verstrijken van de tijd. Evolutie loopt dus van genotype naar fenotype en naar selectie van dit fenotype om en via een volgende slag van de wenteltrap weer naar het genotype.

Een andere discussie is die waar de oorsprong van evolutie gezocht moet worden. Wat is het nulpunt van Dawkins. Dit ligt waarschijnlijk in de zogenaamde RNA-wereld waar natuurlijke selectie plaatsvindt en ingrijpt op het fenotype van de RNA-moleculen. Zoals Schuster* beweert heeft het RNA zowel een genotype als een fenotype waarbij het genotype de sequentie is en het fenotype de structuur. Over wat er precies onder de structuur verstaan moet worden kan natuurlijk gediscussieerd worden.

Uit Wikipedia, Evolutieblog van Gert Korthof, *Schuster (pdf)

53 Reacties op “Dawkins en Gould

  1. harry pinxteren februari 10, 2013 om 14:22

    Marleen,

    `Je kunt stellen dat …er een cirkel bestaat die steeds bij het genoom uitkomt’.

    Dat is volgens mij dus precies wat Schuster (2011) zegt in dat citaat dat ik eerder gaf(blog gert), en dat het probleem volgens mij allemaal precies samenvat: ´Modeling evolution of molecules by means of chemical kinetics solves one vital problem of the theory of evolution: fitness can be determined independently of the evolutionary process by measuring the rate parameters of replication and the sometimes raised argument that survival of the fittest is nothing but a tautology, because there is no other way to measure fitness except running evolution, is obsolete.

    Ofwel: je redeneert in de biologie altijd terug, want ´there is no other way to measure fitness except running evolution´, dus je gaat van een resultaat (fenotype) naar een onbekende oorzaak (het genoom). Selectie is per definitie ex post facto. Met die roeiboten van Dawkins is het daarom hetzelfde gesteld als met verkiezingsuitslagen: de vertellen je ook precies dat degene met de meeste stemmen wint. Maar geen idee hoe dat werkt, de meeste stemmen halen! Zoiets als ´natuurlijke selectie´, zeg maar. De overlevers overleven.

    Kortom, om die cirkel te doorbreken waar jij het over hebt, dus om een eind temaken aan die tautologieen, heb je ‘chemical kinetics’ nodig: want je wil ook een keer echt vooruit kunnen voorspellen in plaats van alleen achteraf, je wil geen analogieen maar experimenten. Geen evolutie in metaforen, maar in het echt!

    Maar dat blijkt dus nog een hele toer: A full understanding of evolution, however, is confronted with enormous complexity even in the simple case of nucleic acid molecules in the test tube. How does the fitness of a molecule change in response to mutation? This question is tantamount to asking for the prediction of molecular function from known biopolymer sequences, which is a notoriously hard problem.

    Het kan nog iets korter denk ik nu: de vraag is hoe kom je – hoe kwam de natuur- van sequenties naar functies, dwz van chemie naar biologie, van ´molecule to man´. Dat is de (ham)vraag. De rest is detail, voetnoot, en vooral ‘semantiek’. Denk ik.

    • Marleen februari 10, 2013 om 16:40

      Harry,

      Bedankt voor de uitgebreide citaten. Misschien had ik nog duidelijker moeten schrijven dat mijn verhaal niet zozeer gaat om echte cirkels alswel om een wenteltrap. Punt 0: Een genoom ondergaat een mutatie. Het gemuteerd genotype produceert een fenotype dat onder natuurlijke selectie staat. Wordt dit fenotype ‘doorgelaten’ dan komt dit gemuteerde genotype terug bij Punt 0 +1 om eventueel een volgende mutatie te ondergaan. En zo schuift het telkens verder op. Zo heb je met dit modelletje geen last van cirkels !

      Ik ben het overigens niet eens met hoe je het citaat van Schuster leest. (Wat hij daar schrijft geldt overigens voor moleculaire evolutie). Maar goed, wat hij schrijft bevestigt alleen maar dat fitness heel goed te meten is, nl. door de ‘rate of replication’ te meten.
      Bovendien zegt hij juist het tegenovergestelde van wat jij zegt: “the sometimes raised argument that survival of the fittest is nothing but a tautology, because there is no other way to measure fitness except running evolution, is obsolete”. Hij zegt juist dat het idee dat fitness alleen te meten zou zijn door evolutie haar gang te laten gaan, dat dat verouderd is !

      Een antwoord op je (ham)vraag hoe je van sequenties naar functie komt is vooralsnog niet duidelijk. Maar met ‘Life’s Ratchet’ van Peter M. Hoffmann kom je daar aardig in de buurt.

      https://ascendenza.wordpress.com/2013/01/21/de-ratel-van-het-leven/

    • harry pinxteren februari 10, 2013 om 18:23

      marleen,

      schuster beweert volgens mij twee dingen die het blije gevolg zijn van wat hij voor die dubbele punt zegt:

      Modeling evolution of molecules by means of chemical kinetics solves one vital problem of the theory of evolution: dubbele punt dus.
      -fitness can be determined * independently * etc
      -and ………., komma, is obsolete

      kortom, er is nu een alternatief voor het runnen van de evolutie: nl modeling evolution met moleculen etc..

      zo lees ik dat. Natuurlijk gaat de analogie met verkiezingen mank. Gelukkig maar: we krijgen we steeds meer zicht op de ‘kiezer zelf, op zijn stemgedrag en hoe dat werkt (i.e. hoe chemische sequenties leiden tot biologische functies en dus fitnnes)

      er is dus een steeds beter alternatief voor achteraf redeneren.

      Er is hier een goede analogie: met de psychometrie en IQ. We hebben het dan over operationalisme.

      Ik weet dat het een oude kritiek is, maar daarmee is hij nog niet minder waar
      en ik moet jullie exegese van de canon nog maar eens goed lezen, want ik zie niet hoe Dawkins het probleem oplost met al dat verbaal geweld.

      Overigens zegt Schuster, geen wonder, bijna letterlijk hetzelfde als Eigen in 1971.

      Het lijkt onderhand wel scholastiek!

    • Marleen februari 10, 2013 om 18:55

      Harry, Wat is volgens jou “obsolete” in de zin van Schuster ?

      Als je de passage van sequentie naar functie kunt verklaren, dan weet ik niet of je dan ook evolutie in actie kunt ‘zien’, of dat je natuurlijke selectie aan het werk kunt ‘zien’.

    • harry pinxteren februari 10, 2013 om 20:46

      marleen,

      obsolete slaat op the sometimes raised argument (over die tautologie etc) en dat dat achterhaald is komt omdat je nu fitness onafhankelijk kunt bepalen door rate pars te meten.

      Schuster – en hij niet alleen, zie ENCODE- wil graag zien hoe je van sequentie naar functie komt… naar de ‘prediction of molecular function from known biopolymer sequences..’

      which is a notoriously hard problem, voegt hij er nog aan toe.

      De analogie met de psychometrie en het intelligentiedebat is bijna volledig. Waarover desgewenst meer.

  2. Pingback:Natuurlijke Selectie « Tsjok's blog

  3. gert korthof februari 10, 2013 om 15:34

    Het phenotype van ALU:
    The resulting elements successfully propagated in diverging primate lineages until about approximately 20 Myr ago, conserving similar sequence features and essentially the same Alu RNA secondary structure. We suggest that until that time the same “retropositional niche”, molecular machinery making possible the proliferation by retroposition, constrained the evolution of Alu elements in extant primate species. (‘Monophyletic origin of Alu elements in primates‘).
    Dus: ALU is een dna sequence met de Alu RNA secondary structure als phenotype, wat het mogelijk maakt zich te vermenigvuldigen. De “retropositional niche” is het milieu (de germline cellen van primaten) waarin ALU zich kan vermenigvuldigen. Het is parasitair, selfish dna omdat het zich vermenigvuldigd binnen het genome van de gastheer zonder bij te dragen aan de fitness van de gastheer, net als virussen.

    • Marleen februari 10, 2013 om 16:44

      Dankjewel Gert voor de speurtocht. Het is nu wel duidelijk. Wat ik me wel afvraag is wat de auteurs precies bedoelen met de secondary structure of ALU-RNA. Net zoals bij Schuster het fenotype van RNA de structuur van het RNA is ?

      Dit blog is niet bedoeld om de discussie te verplaatsen. Het is eerder een samenvatting van wat ik al lezende tegenkwam naar aanleiding van jouw blog. Dit was moeilijk in een reactie te verwerken geweest.

    • Rob van der Vlugt februari 11, 2013 om 09:48

      Een kleine ‘terzijde’ Gert.
      Je schrijft “Het [ALU] is parasitair, selfish dna omdat het zich vermenigvuldigd binnen het genome van de gastheer zonder bij te dragen aan de fitness van de gastheer,”

      Op Wiki lees ik echter
      The ACE gene, encoding angiotensin-converting enzyme, has 2 common variants, one with an Alu insertion (ACE-I) and one with the Alu deleted (ACE-D). This variation has been linked to changes in sporting ability: the presence of the Alu element is associated with better performance in endurance-oriented events (e.g. triathlons), whereas its absence is associated with strength- and power-oriented performance.
      The opsin gene duplication which resulted in the re-gaining of trichromacy in Old World primates (including humans) is flanked by an Alu element, implicating the role of Alu in the evolution of three colour vision.

      Alle nadelen die de verstekeling ook met zich meebrengt ten spijt is dit toch wel zeer verheugend.

    • gert korthof februari 12, 2013 om 11:19

      Rob van der Vlugt februari 11, 2013 om 09:48
      interessant voorbeeld. Dat zijn de baten van een miljoen ALU copies?

    • Rob van der Vlugt februari 12, 2013 om 11:34

      Zeker Gert, je moet de winst natturlijk wel doorrekenen naar gouden marathon-medailles op de Olympische Spelen en het verzamelde werk van Vincent van Gogh. (extended phenotype)

    • Maureen Janice februari 12, 2013 om 11:44

      😀

  4. gert korthof februari 10, 2013 om 16:16

    Volgens Nico van Stralen Facebookgroep ‘Wetenschap’ (tsjok45):
    “Van Rossum voegt een nieuw element toe aan de discussie over de evolutie van seksualiteit namelijk dat het te beschouwen is als een premisse en niet als een uitkomst van de evolutietheorie. Daar kun je over discussieren.”
    Niet waar, Dawkins had het al opgemerkt in THE SELFISH GENE p.47: “…since the existence of sexuality is a precondition for the whole chain of reasoning which leads to the gene being regarded as the unit of selection. I believe there are ways of escaping from the circularity, but this book is not the place to pursue the question. Sex exists.”

  5. gert korthof februari 10, 2013 om 16:22

    Marleen, hoe Dawkins ALU (surplus DNA) zou verklaren zie p.47 TSG:

    “But from the point of view of the selfish genes themselves, there is no paradox. The true ‘purpose’ of DNA is to survive, … The simplest way to explain the surplus DNA is to suppose that it is a parasite, or at best a harmless but useless passenger…”

    • Marleen februari 10, 2013 om 16:51

      Ook dit is dan duidelijk. Het is dan een parasiet of (toch) een meelifter.

    • gert korthof februari 11, 2013 om 10:03

      Marleen schreef “Het is dan een parasiet of (toch) een meelifter.”
      Ok, maar dat is niet echt compatibel met de roeiboot metafoor van Dawkins. Als je het hele team aan het testen bent en je haalt er niet de miljoen ALU meelifters uit, dan ben je niet echt efficient aan het testen! ALU elements are the most successful Transposable Elements in the human genome. Vergeet niet dat plm 45% van het menselijke genome in beslag wordt genomen door jumping genes, Transposable Elements (TEs), retrotransposons of mobile elements. Over team spirit gesproken🙂

    • Marleen februari 11, 2013 om 10:36

      Gert,

      Ik kan me goed voorstellen dat er enorme schepen zijn zoals die van de Egyptenaren met een groot aantal roeiers. Daar kunnen zich makkelijk verstekelingen verstoppen die zich ongehinderd voortplanten en op die manier meeliften met de boot.

    • gert korthof februari 12, 2013 om 11:25

      Marleen schreef: “Ik kan me goed voorstellen dat er enorme schepen zijn zoals die van de Egyptenaren met een groot aantal roeiers.” Geweldig! Je hebt het roeiboot voorbeeld van Dawkins opgeschaald! Je behandelt het probleem kwalitatief net als Dawkins! Maar echte wetenschap is kwantitatief! Bovendien, een percentage blijft een percentage: 45% blijft 45% ! Nog een prettige verjaardag van Darwin toegewenst! Neem een gebakje bij de koffie!

    • Marleen februari 12, 2013 om 13:11

      Gert, het is niet alleen een kwestie van opschalen, het gaat om de verstekelingen.
      Dat er 45%, 40% of 50% mobile elements zouden zijn maakt toch niet veel uit. Of er veel verstekelingen zijn of niet maakt toch niet uit ? Het gaat erom of je deze elementen als meelifters beschouwt of niet. Dat was het punt van de discussie.

      Zoals Rob laat zien hebben ze in enkele gevallen positief bijgedragen aan ons geno/fenotype. Dat is een bijverschijnsel van het willekeurig rondspringen van deze elementen. Er zijn wat dat betreft wel meer interessante voorbeelden zoals die van het overblijfsel van een virus dat syncitine aanmaakt dat essentieel is voor de vorming van de placenta.

      http://blogs.discovermagazine.com/loom/2012/02/14/mammals-made-by-viruses/#.URov9KWcMrU

      Hoe dan ook, ook jij een fijne verjaardag van Darwin gewenst !

  6. gerdien februari 10, 2013 om 16:29

    Dawkins vs Gould is een “kip of ei” discussie.
    Wat is belangrijker, de kip of het ei?
    Dawkins zet in op het ei: ‘de kip is de manier van het ei om een ei te maken’ – het moet wel een goede kip zijn, natuurlijk.
    Gould zet in op de kip: ‘het ei is de manier van een kip om een kip te maken’ – het moet wel een goed ei zijn, natuurlijk.

    Er zijn interessantere discussie over ‘niveaus van selectie’

    Het is juist dat Van Rossum denkt een nieuw element toe te voegen aan de discussie over de evolutie van seksualiteit namelijk dat seksualiteit bij Darwin te beschouwen is als een premisse en niet als een uitkomst van de evolutietheorie. Jammer genoeg voor Van Rossum is er niet zo’n premisse. De premisse die Gert Korthof aanhaalt is de voorwaarde voor ‘het gen als eenheid van selectie’ – niet de voorwaarde voor het voorkomen van evolutie. Bij Darwin maakt het niet uit hoe voortplanting werkt.

    • Marleen februari 10, 2013 om 17:16

      Gerdien,
      Het hele verhaal over Dawkins, Gould en het idee van de wenteltrap was bedoeld om Harry te laten zien dat het niet echt een cirkel is en dat er ook geen cirkelredenering hoeft te bestaan wanneer je het hebt over natuurlijke selectie. Zijn idee dat je alleen achteraf kunt redeneren is dus eigenlijk niet waar. Of dat zo duidelijk is, is natuurlijk de vraag.

    • gerdien februari 10, 2013 om 17:25

      De bedoeling is dat je niet achteraf redeneert maar selectie binnen een generatie en de selectierespons tussen generaties onafhankelijk van elkaar kunt meten. En dat is natuurlijk zoals de veeteelt en plantenveredeling werkt.

  7. gert korthof februari 10, 2013 om 16:45

    Marleen schrijft: (TSG p. 40) dawkins boat race metaphore:
    ” het voorbeeld van roeiers en een boot. De roeiers zijn de genen, ofwel de uniteiten van selectie en de boten zijn het fenotype (de eiwitten, de cellen, de organismen). De beste roeiers winnen de race, maar doen dat niet afzonderlijk. Het is de boot die wint en de roeiers krijgen allemaal een medaille ”
    Dawkins heeft het over:
    – 8 roeiers in 1 boot.
    – many good genes are in bad company
    – the pool of alternative candidates is the gene pool
    Goede genen worden continue getest in het team van 8 genen.
    Gemiddeld zullen de goede genen in winnende boten zitten.
    Maar hier is mijn probleem:
    Nu zijn er in de mens plm 30.000 roeiers (eiwit coderende en rna coderende genen) + een hele hoop nietsnutten (junk DNA).
    Je zou oneindig veel wedstrijden moeten houden waarbij iedere alternatieve kandidaat roeier aan de beurt komt om getest te worden tegen alle andere roeiers.
    Dit gaat mijn wiskundig talent te boven! Ik hoop dat een wiskundig genie heeft uitgerekend hoeveel westrijden je moet houden om al de 30.000 roeiers te testen en hoe lang dat duurt rekeninghoudend met het feit dat er gedurende al die wedstrijden zich nieuwe roeiers aanmelden (=do novo mutaties) en hoe effectief goede roeiers geselecteerd en slechte roeiers geëlimineerd kunnen worden.

    • Marleen februari 10, 2013 om 17:07

      Gert,
      Als ik het goed begrepen heb is de boot het fenotype. Je hebt het over de genen van de mens. Als we er van uitgaan dat selectie plaatsvindt op niveau van het organisme dan zitten er 30.000 roeiers in de boot. Een ander mens/dier heeft er ook 30.000 of daaromtrent. Ook dit organisme is op zijn beurt onderhevig aan dezelde selectie. De beste van de twee zal winnen. Als een ‘slechte’ mutatie in organisme A tot een zwakkere ploeg leidt zal organisme B winnen. De ‘slechte’ mutatie is daarmee geelimineerd. Dus niet iedere roeier wordt een voor een getest, maar de hele ploeg wordt getest.

    • gert korthof februari 11, 2013 om 09:11

      Marleen, je bent een echte optimist! Als je THE SELFISH GENE (1977 OUP hardback) in huis hebt lees dan pag 41 vanaf boven. Daar legt Dawkins uit dat we hier met een statistisch probleem te maken hebben. “Many copies of good genes are dragged under because they happen to share a body with bad genes … … ” etc etc (als je TSG niet hebt probeer google books of anders geef ik meer uitleg). Dawkins beperkt zich tot 8 roeiers. Ik dacht dat het evident was dat het selecteren van goede of slechte genen in een team van 30.000 vele malen lastiger is dan in een team van 8 waartoe Dawkins zich beperkt. (intuitief: denk aan het selecteren van een nieuw zangtalent in een talentenjacht: die laat men solo zingen, niet in een koor van 30.000 of aan het horen van een slecht spelende violist in een groot symfonie orkest… )

    • Marleen februari 11, 2013 om 10:06

      Gert,

      Ik ben een optimist dat klopt. Ook omdat er in een soort talloze individuen zijn die goede genen bezitten zonder die ene slechte. En daarom voortleven. Net voor jouw citaat staat namelijk het volgende:
      “Many a good gene gets into bad company, and finds itself sharing a body with a lethal gene, which kills the body off in childhood. Then the good gene is destroyed with the rest. But this is only one body, and replicas of the same good gene live on in other bodies which lack the lethal gene.”

      Het probleem is dat je een goed gen wil selecteren. Een goed gen wordt nooit op zichzelf geselecteerd, maar altijd in de context waarin het tot uitdrukking komt. Selectie haalt geen goed gen naar voren want dat kan het niet beoordelen. Maar het goede gen blijft eventueel over. Zo zie ik het tenminste en Richard Dawkins ook als je doorleest na jouw citaat.

  8. Maureen Janice februari 10, 2013 om 17:49

    Ha Marleen, even een korte opmerking. Je noemt junk DNA ‘nietsnutten’, maar dat is een achterhaald concept. Zie o.a. hier: http://eoswetenschap.eu/artikel/junk-dna-krijgt-eerherstel
    en hier: http://www.scientificamerican.com/article.cfm?id=hidden-treasures-in-junk-dna
    Dat terzijde. Als ik tijd heb, meng ik me nog wel even in de discussie hierboven😉 Maar poeh: wel een hoop getheoretiseer en geciteer en helaas, naar mijn mening, weinig ‘eigen’ denkbeelden/zienswijzen. ’t Is natuurlijk ook een heel complex onderwerp…

    • Marleen februari 10, 2013 om 18:05

      Ha Maureen,

      Ik noemde junk geen nietsnutten hoor, dat was Gert😉

      Helemaal met je eens dat er heel wat te vinden is in het junk. Maar ik denk dat Gert dat voor het gemak zei, om de 30.000 genen in zijn voorbeeld te kunnen gebruiken.

      Het probleem hier is naar wat ik begrepen heb dat de promovendus Dawkins’ definities niet goed gevolgd heeft. Daarom wordt de man voortdurend geciteerd. Maar alle eigen meningen zijn van harte welkom.

  9. Maureen Janice februari 10, 2013 om 18:23

    Ah Marleen, ik zie het, excuus. Dan is die opmerking aan Gert gericht😉 Hmmm, maar om dat nou ‘voor het gemak’ te zeggen als het eigenlijk niet klopt… dan zit je natuurlijk sowieso al op een verkeerd gedachtespoor. Waar moet dat heen? (hoor de wanhoop)😉

    Is het probleem dat de promovendus Dawkins’ definities niet goed gevolgd heeft, of dat hij vraagtekens zet bij die definities?

    • Marleen februari 10, 2013 om 18:34

      Maureen, dat is mijn interpretatie van waarom Gert het junk DNA nietsnutten noemt. Dus dat moet hij dan eventueel zelf maar toelichten.

      De inmiddels gepromoveerde promovendus ging er van uit dat Dawkins het gen of genotype beschouwde als dat wat onderhevig is aan selectie, terwijl Dawkins, vooral met zijn roeiboten voorbeeld, laat zien dat het het fenotype is dat geselecteerd wordt. Hij heeft Dawkins dus verkeerd geinterpreteerd. Dit is een fundamentele fout aangezien zijn stelling dat seksuele reproductie niet kan voortkomen uit natuurlijke selectie daarop gebaseerd is.

    • Maureen Janice februari 11, 2013 om 11:20

      Ha Marleen, dank voor je toelichting, maar dat wist ik🙂 De vraag die ik stelde blijft wat mij betreft openstaan. Waarom? Omdat ik het niet zeker acht dat Van Rossum Dawkins inderdaad verkeerd geïnterpreteerd heeft. Het kan ook zijn dat zijn proefschrift op dat vlak niet goed geïnterpreteerd is. Dat stelt hij zelf in zijn reactie op het artikel in Bionieuws (ziehier: http://advalvas.vu.nl/achtergrond/reactie-joris-van-rossum-op-de-kritiek-op-zijn-proefschrift). Heb jij het proefschrift helemaal gelezen? Ik niet, en daarom onthoud ik me vooralsnog van welke conclusie daarover dan ook. Alle overige vragen over evolutie – en alles wat daarmee gepaard gaat – die naar aanleiding van deze discussie naar boven komen, zijn zeker interessant en ik zal erop reageren zodra het artikel waar ik op het moment de laatste hand aan leg, af is.

      Seksuele voortplanting veroorzaakt een heleboel opwinding, dat is een ding dat zeker is😉

    • Marleen februari 11, 2013 om 13:07

      Maureen,

      Dat van Rossum Dawkins verkeerd heeft geinterpreteerd is duidelijk, dat beweert zowel Gerdien de Jong (zie haar artikel in Bionieuws) als Nico van Straalen. (Zie zijn commentaar in de groep Wetenschap op Facebook).
      Ik heb het proefschrift nog niet helemaal gelezen maar wel enkele belangrijke stukken daaruit en ben er van overtuigd dat het uitgangspunt van het proefschrift helemaal fout is.
      Als je beweert dat natuurlijke selectie het gen betreft dan zit je behoorlijk fout. Het is ook uiterst irritant als hij daarmee de grote biologen probeert te weerspreken.
      Het is zo verdomd pretentieus !

    • gert korthof februari 11, 2013 om 09:23

      Maureen Janice, hallo! je verwijzingen naar artikelen over junk DNA kloppen. Ik heb nu al spijt dat ik junk dna in dit verband genoemd heb, want het leidt af van wat ik wilde zeggen: nl. dat selectie van goede of slechte genen een statisch fenomeen is (zie mijn comment van februari 11, 2013 om 09:11). En dat punt dreigt nu helemaal de mist in te gaan.

      als je het toch over junk wilt hebben: wat is jouw verklaring waarom ALU dna een miljoen maal gecopieerd is in ons genoom? Wat is het nut? ‘meeliften’ volgens Marleen is ook geen nut… dat suggereert eerder dat het nutteloze ballast is ….

    • Maureen Janice februari 11, 2013 om 12:02

      Dag Gert, aangenaam kennis te maken! Laten we het junk DNA maar even terzijde schuiven. Zoals ik Marleen net al schreef: zodra ik de laatste hand gelegd heb aan het artikel dat ik aan het schrijven ben, kom ik terug op de rest van jouw (jullie) opmerkingen! Verder zal ik mijn hersenen op de achtergrond pijnigen met de vraag waar dat opdringerige ALU-DNA toch goed voor is. Wordt vervolgd…

  10. harry pinxteren februari 10, 2013 om 20:51

    Maureen Janice,

    ik voel me wel aangesproken door je opmerking over dat geciteer. Maar ‘wie de geschiedenis niet kent is gedoemd hem te herhalen!

    dat geldt dus ook voor wetenschap. Daarom liever proberen ‘op de schouders van reuzen’ te klimmen dan er zelf wat los op los te filosoferen.

    En zie je dat het werkt: in twee citaten even een gigantisch ingewikkeld probleem duidelijk gemaakt😉

    • Maureen Janice februari 11, 2013 om 12:17

      Dag Harry, ook (ik refereer aan mijn bericht van net aan Gert) aangenaam met jou kennis te maken!

      Natuurlijk is het van groot belang de tot nu toe verworven wetenschappelijke inzichten op het vlak waarover je discussieert/nadenkt, te kennen, maar nog belangrijker is het om die inzichten – die bijna altijd voor verbetering vatbaar zijn – kritisch te benaderen, want anders kom je geen steek verder. Soms blijkt een reus een dwerg te zijn.

      Wordt vervolgd zodra ik tijd heb!

    • harry pinxteren februari 11, 2013 om 15:34

      dag maureen janice, ook aangenaam.

      Ik ben maar een geinteresseerde leek. Dat betekent dat ik niet echt gehinderd word door enige kennis, maar ook niet door enig dogma!
      (daarom vind ik het extra belangrijk om zoveel mogelijk in de woorden van mensen die wel weten waar ze het over hebben, aan proberen te geven wat ik bedoel).

      En natuurlijk zijn er een hoop dwergen: je struikelt er bijkans over als je niet goed uitkijkt😉

    • Marleen februari 11, 2013 om 12:35

      Harry,

      Nu niet naast je schoenen gaan lopen. Het probleem dat je stelt en denkt op te lossen is een probleem dat je zelf opwerpt. Het is jouw probleem. Dat je niet wilt inzien dat selectie geen post hoc redenering is blijft dan ook jouw probleem. Ik heb er een heel blog aan gewijd om jou duidelijk te maken dat er geen cirkel is. En toch blijf je daar op hameren (zie jouw eerste reactie onder het blog waar je doorgaat over de cirkel). Er is een helica, een wenteltrap die evolutie ‘vooruit’ stuwt.

      Dat er een punt moet zijn waarop het genotype in fenotype overgaat heeft Schuster heel duidelijk aangegeven. Dat bevindt zich op niveau van het RNA. Je verwijzingen naar Schuster waren dus inderdaad erg nuttig in deze discussie wat mij betreft. En ook de vraag of fitness achteraf geredeneer is heeft hij weerlegd, en dat was jouw probleem.

    • harry pinxteren februari 11, 2013 om 15:22

      marleen,

      we praten volgens mij toch wat langs mekaar heen, toch ik weet bijna zeker dat jij dit ook interessant zult vinden, als je het al niet gezien had:
      Systematic Identification of Signal-Activated Stochastic Gene Regulation
      Science 1 February 2013: Vol. 339 no. 6119 pp. 584-587DOI:10.1126/science.1231456

      dit is volgens mij ook het soort onderzoek dat Schuster (cs) bedoelt. Het maakt volgens mij meer duidelijk dan wat dat metaforen achteraf over roeiboten en roeiers.

      En ik loop niet naast mijn schoenen. Al was het alleen maar omdat ik mijn punt niet duidelijk kan maken. En dat is mijn probleem!

      Ik snap – denk ik -echt- wel wat je bedoelt met wenteltrappen en zo, maar ik zie het licht nog niet. Maar ik doe mijn best.

    • Marleen februari 11, 2013 om 16:27

      Harry,

      Mijn opmerking over je schoenen was eigenlijk een grapje. Sorry !

      Je komt vaak met referenties waar je verder zelf weinig aan toevoegt. Het zou wel helpen als je er bij schreef wat je er precies zelf van denkt en waarom het interessant zou kunnen zijn.

      Dit artikel van A. van Oudenaarden gaat over systeembiologie. Ik begrijp dat de onderzoekers met hun model kunnen voorspellen wanneer en welke genen transcriptie ondergaan en dat is heel interessant op zich. Het is vooralsnog een model. Ik zie het verband met fitness, selectie en evolutie niet echt.
      Ik begrijp dat het je interesseert hoe men van sequentie naar functie komt, maar dat er transcriptie van DNA (sequentie) plaatsvindt om RNA (functie) te produceren is al bekend zoals je weet.

      Van de wenteltrap ga ik een tekening proberen te maken…

    • harry pinxteren februari 11, 2013 om 16:47

      ok, marleen

      ik dacht eerlijk gezegd dat jij echt een beetje pissig aan het worden was vanwege mijn gedram. Niet dus!

      Ha, dus ik kan rustig doorgaan.

      ok, dan vraag ik me af wat al die metaforen en wenteltrappen nou eigenlijk duidelijk kunnen maken als je het over een concreet voorbeeld hebt. Pakweg: bipedaliteit- om maar een leuke stap op de wenteltrap van de evolutie te noemen.

      ..en ja, ‘predictive models of transcription’,ook al is het ‘vooralsnog een model’- dat klinkt nogal denigrerend, zeker van een celbioloog!😉

    • Marleen februari 11, 2013 om 17:15

      Nee Harry,

      Ik bedoel het niet denigrerend. Modellen zijn prachtig, zeker als ze met levende cellen getoetst zijn zoals in dit geval. Maar het geeft niet veel informatie als ze slechts weergeven hoe en wanneer er transcriptie plaatsvindt terwijl we toch willen weten hoe het zo geevolueerd is.

    • Marleen februari 11, 2013 om 17:16

      Je kunt op dit blog tot 6 keer nesten, dat heb ik zo ingesteld. Dus onderaan verder…

  11. peter borger februari 11, 2013 om 10:31

    Mensen die mijn boek hebben gelezen, weten waar en waarom de biologie zoals we haar waarnemen NOOIT door een selectiemechanisme tot stand kan zijn gekomen. Ik sluit me daarom volledig aan bij Van Rossum.

    Leven is gebaseerd op holistische systemen die als hierarchische netwerken functioneren. Binnen zulke netwerken ondervinden de knooppunten geen selectiedruk. Alleen de netwerken als geheel ondervinden selectiedruk. Dat verklaart dan meteen de waarnemingen van de no-fenotye knockouts en genetische redundantie.

    Lees mijn boek nog eens. Dat geldt met name voor Gerdien de Jong en Gert Korthof.

    Groet,
    PB

    PS: Ik heb al een kleine discussie met Prof de Jong achter de rug, maar ze komt niet verder dan mijn spelfouten eruit halen.

    • Marleen februari 11, 2013 om 12:38

      Peter Borger je spreekt jezelf tegen. Je zegt dat de biologie NOOIT door selectiemechanismen tot stand heeft kunnen komen. Meteen daarna zeg je dat het de netwerken zijn die aan selectiedruk blootstaan. Hoe zit dat ?

    • gerdien februari 11, 2013 om 15:57

      Peter Borger maakt weer een spelfout, nu op het blog van Gert korthof: Dyctiostelium inplaats van Dictyostelium. Spelfouten geven altijd zo prettig gebrek aan zaken nakijken aan. Net als in het proefschrift van Van Rossum: ‘Fischer’ in plaats van ‘Fisher’.

  12. harry pinxteren februari 11, 2013 om 11:16

    peter,

    en die ‘holistische systemen’, die zijn geschapen? In zes dagen?

  13. harry pinxteren februari 11, 2013 om 15:38

    marleen,

    ik begin maar weer hier, want met al dat nesten, raak je de draad soms kwijt.

    Bedoel je dat ik er met mijn reatie van februari 10, 2013 om 20:46 helemaal naast zit?

    Heb ik dat dan weer een beetje gecompenseerd met die ref van februari 11, 2013 om 15:22 ?

    😉

    • Marleen februari 11, 2013 om 16:37

      Harry,

      Ik weet het niet hoe je van sequentie naar functie komt in de zin van leven uit niet-leven. Hoe je uit de sequentie van het DNA of RNA (Schuster) naar functionerende eiwitten komt. Dat is een vraag die je aan iemand als Peter Hoffmann zou moeten voorleggen. Die heeft daar theorien over. Zodra ik er wat over vind zal ik het melden.

      Hoe dan ook dank voor de links.

  14. harry pinxteren februari 11, 2013 om 18:51

    kom op marleen,

    het antwoord heeft natuurlijk niemand, dus jij zeker niet😉

    maar dat vroeg ik dus ook niet, dat was ook het punt niet: we hadden het er over wat er nou eigenlijk in die tekst van schuster stond- exegese dus, maar het gaat natuurlijk wel ergens over. Wacht maar!😉

  15. Marleen februari 11, 2013 om 19:03

    Harry,

    Je bedoelt natuurlijk ‘dus jij ook niet’. Of niet soms ?
    Heb je het nog steeds over die ene zin van Schuster of heb je wat nieuws ? Ik hoop het want wat jij uit die zin haalt daar ben ik het nog steeds niet mee eens.

    Hier is de wenteltrap te zien, het is geen cirkel:

  16. harry pinxteren februari 12, 2013 om 17:29

    ja marleen,

    grapje vandaar die smiley- of maak jij nu weer een grap?😉

    we zullen hem een keer zowel taal- als redekundig ontleden, die zin,
    mooie tekening, maar
    maakt die wenteltrap de evolutie van bipedaliteit inzichtelijker ?

    en misschien iets nieuws, of voor als je een blog onderwerp zoekt:
    PZ Meyers heeft het even helemaal gehad. Jammer.

    http://freethoughtblogs.com/pharyngula/2013/02/11/kate-clancy-tackles-evolutionary-psychology/

Praat mee en laat hier uw reactie achter

Vul je gegevens in of klik op een icoon om in te loggen.

WordPress.com logo

Je reageert onder je WordPress.com account. Log uit / Bijwerken )

Twitter-afbeelding

Je reageert onder je Twitter account. Log uit / Bijwerken )

Facebook foto

Je reageert onder je Facebook account. Log uit / Bijwerken )

Google+ photo

Je reageert onder je Google+ account. Log uit / Bijwerken )

Verbinden met %s

Zwervende gedachten

Een filosoof over argumentatie, biologie, handelingstheorie en wat hem verder invalt

Jonas Bruyneel

Literatuur/Journalistiek/Muziek

per amanti della vera musica

SangueVivo

Ancora solo un battito in più

Microplastics

INTERREG MICRO PROJECT

Scientia Salon

Philosophy, Science, and all interesting things in between

Infinite forme bellissime e meravigliose

si sono evolute e continuano a evolversi

Vita da simbionte

perché collaborare è talvolta meglio che combattere

Meneer Opinie

Altijd een mening, maar niet altijd gehinderd door kennis van zaken

The Cambrian Mammal

An evo-devo geek's scientific meanderings

Evolutie blog

bij dezen en genen

The Finch and Pea

The Public House for Science...

voelsprieten

* wonder van het alledaagse *

the aphid room

All about aphids... not simply bugs|

kuifjesimon

Just another WordPress.com site

The Amazing Comics Men

Comics by Dutch cartoonists Jan the Stripman & Wim the Mysterious Helpman

Barbara Jansma

Prenten, spotprenten en schilderijen

%d bloggers op de volgende wijze: