Marleen
Citaat
Elk levend organisme is tegelijkertijd een fossiel. Het draagt tot in de microscopische structuur van zijn proteïnen, de sporen, zoniet de stigma’s van zijn voorouders.
Jacques Monod: Toeval en onvermijdelijkheid
The poetry of Science
Twee uitblinkende wetenschappers van vandaag, Richard Dawkins (evolutiebioloog) en Neil deGrasse Tyson (astrofysicus), praten over de schoonheid van de wetenschap. Dit gesprek werd opgenomen aan de Howard University van Washington DC, 28 september 2010. Deze conversatie is zo ontspannen dat ze zo plaats gehad zou kunnen hebben voor een haardvuur, ook zonder publiek. Over waarom de wetenschap niet alleen een optie is, maar de enige werkelijkheid is die we bezitten. Het filmpje duurt ongeveer een uur, daarna zijn er vragen van het publiek.
Klik hier om het op Youtube te zien
My Tweets
- RT @gunsnrosesgirl3: Hair rising up as a precursor to lightning Negative ions from a cloud reach down before a lightning strike, in resp… 1 week ago
- RT @BartAafjes68: It’s A Dutch thing, don’t ask ;) https://t.co/uJaWjrvYXY 1 week ago
- Wopke Hoekstra for President! Over stikstof & spanning tussen de provincie en landelijk bestuur | Wopk...… twitter.com/i/web/status/1… 1 week ago
- Fijn om te weten. Kunnen we wat rustiger slapen twitter.com/HoeyberghsJeff… 1 week ago
- Wil je vlees en zuivel duurder maken, betaal de veehouder dan meer zodat hij de dieren een beter leven kan geven twitter.com/janrotmans/sta… 2 weeks ago
- RT @aeonmag: The French American pianist and recent Sophia Club New York artist @tepferdan finds an intersection between music and computer… 2 weeks ago
- Van @j_vollenbroek 's drijfveren en de gevolgen voor de boeren. Een geschiedenis door @KarlMathiesen twitter.com/POLITICOEurope… 2 weeks ago
Meest recente berichten
Archief
Laatste reacties
Populaire berichten & pagina’s
- Het eerste leven ontstond in hydrothermale bronnen
- De fazant en de hond
- Pseudowetenschap en kwakzalverij
- Het protonengradient
- Albino en andere planten
- De rijping van de hersenen
- Over de evolutie van de genetische code
- Meer dan neuronen alleen
- Het denken dat zichzelf (niet) kent
- Vlugge blik op de lablek-hypothesen over SARS CoV-2
Categorieën
Tags
aarde antivries atp bacterie bacterien bijen bijensterfte biodiversiteit biofysica biologie black smokers bloemen carl zimmer co2 cognitie convergentie cyanobacteriën darwin DNA ecosysteem eiwit eiwitten embryo ENCODE epigenetica erfelijkheid eukaryoten evolutie evolutietheorie foto fotografie genduplicatie genoom geslachtscellen hemoglobine hydrothermale bronnen italie jumping genes junk-dna klimaat klimaatverandering koraal koraalriffen koralen kunst kwantumbiologie LUCA methylatie mutatie muziek natuurlijke selectie nick lane nucleotiden oorsprong van leven padua planten plastic pluripotente stamcellen prokaryoten protoeukaryoten RNA rna-wereld selectie symbiose transcriptie translatie transposons vakantie venetie virus vkblog wetenschap zandraket zon zuurstofBlogs I follow
Sites die ik volg
- Klimaatverandering
- Footnotes to Plato
- Zwervende gedachten
- mjusicamanti.wordpress.com/
- aandacht voor de musicus
- SangueVivo
- Microplastics
- Teaching Biology
- Scientia Salon
- Infinite forme bellissime e meravigliose
- Meneer Opinie
- The Cambrian Mammal
- Why Evolution Is True
- Evolution blog
- The Finch and Pea
- voelsprieten
- kuifjesimon
- The Amazing Comics Men
- Barbara Jansma
- Glaswerk
Blogroll
- 100_woorden
- Aad Verbaast
- Antoinette Duijsters
- Barbara Jansma
- blutch
- Discuss
- Gerdien de Jong
- Gert Korthof
- Get Inspired
- Get Polling
- Get Support
- Glaswerk
- kuifjesimon
- Learn WordPress.com
- Leonardo's blog: not a single footnote to plato
- Marnix Medema
- Meneer Opinie
- Ramirezi
- Rokus2000 (rondetijd)
- Sterrenstof
- Terrence
- Tsjok evodisku
- Tsjok45
- WordPress Planet
- WordPress.com News
Op zoek naar de klepel 
Fascinerend!
Aad, dat is het inderdaad. Ik weet zeker dat je het boek zou waarderen.
marleen,
ik dacht al, wat duurt het lang!
Maar je komt sterker terug dan ooit!
geweldig verhaal.
toevallig las ik in verband met het proefschrift van Germs een uitleg/voorbeeld op macroniveau dat precies uit zou leggen waar Germs gebruik van maakt bij zijn uitbating van de brownse beweging: het feit dat toevallige bewegingen niet symmetrisch hoeven te zijn. Het voorbeeld is dat van een are – met van die lange haren. Stop die met die haren naar beneden in je mouw en hij kruipt vanzelf omhoog. De toevallige bewegingen naar boven en beneden zijn niet symmetrisch omdat die haren naar beneden steken.
(daarom kan hij ook vast komen te zitten. Soms werken ratchets te goed!)
Mooi voorbeeld. Alleen hebben die moleculen waar Hoffman het over heeft geen haren, uitsteeksels. Maar misschien is er wel iets anders wat de symmetrie van dat zwaaien verstoort?
In ieder geval klimt hij duidelijk gestaag omhoog.
” Ah! Toujours plus haut vers la culture et le savoir” 😉
Harry, dat van die aar is een mooi voorbeeld. Daarin vormen de toevallige bewegingen van je arm de motor van dit klimmen langs je mouw. Er komt dus wel de energie van je bewegende arm bij kijken. Dat geldt ook voor de zelfopwindbare horloges.
Het zou kunnen dat er in de toekomst een assymmetrie gevonden wordt in de verschillende eiwitten die het skelet van de cel vormen.
Een van de conclusies van Hoffmann is dat ‘chance and necessity’ of toeval en onvermijdelijkheid in evenwicht moeten zijn. Hij heeft het ook nog over ideeen die zich in het brein vormen als gevolg van de randomness van chemische en electrische signalen. Het boek staat bol van interessante inzichten.
Bloggen over boeken gaat natuurlijk wat langzamer, maar het is zeker de moeite waard geweest in dit geval.
interessant, marleen.
benieuwd of Hoffmann ook suggesties heeft over de ‘ratchets’ in ons brein….
Interessant, maar moeilijk voor mij. Wat ik vooral begrijp is je enthousiasme.
Ron, dat heb je goed begrepen. Ik hoop altijd dat het aanstekelijk werkt.
(Trouwens heb je geen koude voeten ? 😉 )
Brava Marleen !
Wat een goed artikel.
En wat een boeiende materie.
Had ik maar het formaat van zo’n myosinemannetje en de scherpzinnigheid van Feynman.
Ik zou heerlijk mijmerend rondstappen in deze nanowereld zonder zwaartekracht en vast en zeker na enige tijd precies kunnen uitleggen hoe de vork in de steel zit.
Maar helaas…
…te groot…te lomp…te dom.
Dankjewel Rob,
Zo’n myosinemannetje heeft wel een zwaar leven. Geplakt aan het actine, moet hij erg voorzichtig zijn dat zijn voeten niet loslaten want met de moleculaire storm die er heerst waait hij zo weg.
Die ene voet die loslaat en rondzwaait is al een groot risico.
Ik zal eens in het boek proberen te vinden hoe snel hij eigenlijk loopt.
Voor zover ik weet heeft de over-all Brownse beweging geen richting.
Peter, Dat klopt. Net zoals de over-all wind op Aarde geen richting heeft. Toch bestaan er grote stormen met enorme krachten die lokaal veel schade aanrichten.
In het geval je refereert aan de netto beweging van deeltjes in suspensie zou je het laatste filmpje moeten bekijken. Daar is duidelijk te zien hoe kleine deeltjes grotere afstanden afleggen dan grotere deeltjes.
Kleinere deeltjes ondervinden minder weerstand dan grotere, lijkt me. En ze hebben meer massa. Logisch dat ze makkelijker verplaatsen. De richtingsvector van een zich random bewegend systeem kan echter in alle gevallen alleen maar 0 zijn. Dwz geen richting. Dat ze zich lijken te verplaatsen in een richting kan alleen maar een (statistisch) artefact zijn.
Peter, het is ook een artefact dat veroorzaakt wordt door het verplaatsen van de vloeistof onder het objectglaasje. Dit neemt niet weg dat op deze manier aangetoond kan worden dat kleinere deeltjes (statistich) grotere ‘sprongen’ maken dan grotere deeltjes.
Beste Marleen,
heb daarnet even de atomic force filmpje bekeken dat meneer Hoffmann toont. Het is een buitengewone opname van een op een draad van actinefilamenten lopend molecuul (myosin V) .
Ik geloof dat deze beste man toch echt de plank misslaat op het volgende punt. Hij vraagt zich af : what makes them [myosin V] move? Daarna antwoordt hij: “the noise/randomness in our cells”.
Maar dat is natuurlijk niet waar. Het is de design van het myosin (motor eiwit) molecuul en de design van de moleculaire draad (actine) die het hele systeem mogelijk maakt. Omdat het de natuurwetten toepast om zich te verplaatsen. Net als een auto met een verbrandingsmoter, waarbij de oxidatiewetten worden toegepast om te bewegen.
Dit nanomachientje is dus, net als een auto, applied physics. Het mag als ID worden geinterpreteerd…
Peter, dat het om actine en myosine V gaat was al duidelijk. Zie ook de screenshot die ik van het filmpje genomen heb.
Deze moleculen maken gerichte stappen dankzij het verbruik van ATP, maar het random zwaaien van de achterste voet is geheel toe te schrijven aan de moleculaire storm ofwel de ‘noise/randomness’. Zonder deze storm en dit in alle richtingen uitzwaaien van de voet had deze nooit af en toe voor de voorste voet terecht kunnen komen. Zie ook de animatie en hoe de losse voet alle kanten op zwaait. Het staat allemaal tot in de fijnste details door Hoffmann beschreven in zijn boek. Het is erg goed geschreven en leest makkelijk weg; je zou het eens kunnen lezen…Het geeft een frisse kijk op de biologie aangezien het beschreven wordt door een fysicus.
Marleen, je begrijpt het niet, denk ik. Deze moleculen kunnen bewegen door het uitgekiende design van de eiwitmoleculen. Ten eerste het actine-looppad met de “energiehobbeltjes” die nodig zijn om het systeemn uit equilibrium te krijgen, en ten tweede het robotje. De volgorde van de aminozuren in de voetjes van het robotje vormt een ATP-ADP exchange pocket motor.
Een frisse kijk op de biologie ….? Ik kreeg dit destijds al bij biofysica onderwezen begin jaren 90. Deze man beschrijft slechts hoe een natuurwet wordt toegepast door bionanomachines, maar dat kan alleen maar door het ontwerp van het systeem.
Het is niet de natuurwet die de machines doet voortbewegen, maar het is het ontwerp van de machines die het mogelijk maken dat ze kunnen worden voortbewogen door toepassing van de natuurwet.
PB
Marleen,
Wat je verder nooit moet vergeten: dit filmpje is een model. Een enorme simplificatie van wat er in de cellen van een organisme gebeurt.
Wat we in dit atomic force filmpje zien is bijvoorbeeld gescand in een cell-free environment waarbij alle andere bio-factoren zijn uitgeschakeld. En myosine V loopt normaal gesproken niet op een actine draad. Dat doet dyneine. Wat je hier dus ziet is een ARTIFICIEEL loopmodel-systeem zoals dat nergens in de natuur voorkomt.
Ze hebben het model zo geprepareerd omdat myosine V aan beide kanten een ATP-ADP exchange pocket moter heeft en die hebben ze nodig om het artificele systeem te laten werken. Geen wonder dat de loopsnelheid afhankelijk wordt van Brownse bewegingen.
De uitleg van de prof impliceert eveneneens dat het vervoer van biomoleculen van de ene kant naar de ander van een cel door Brownse bewegingen wordt gedikteerd. Maar dat is niet het geval. Deze biosystemen zijn vele malen sneller. Ze zijn zo snel omdat andere eiwitten richting geven aan de bewegingen door het design van de weg waarop er wordt gelopen en de interatcies met dyneine (een heel ander motoreiwit dan myosine).
Wat ook niet waar is: de omgekeerde ractie vindt niet plaats als je ATP door ADP zou vervangen, zoals de prof beweert. Dit is onmogelijk, want het zou betekenen dat het molecuul een ATP kan genereren zonder een gradient over een membraan. Maar het is kan het niet. Het zou tegen de eerste thermodynamische hoofdwet ingaan.
De prof had beter Schrödingers woorden in acht kunnen nemen.
En het hele evolutie-verhaal dat hij aan het eind vertelt is gebaseerd op het design van de ATP-ADP exchange pocket motor. Die kun je nu eenmaal niet simpeler maken en dus geeft deze, in gecodeerde vorm, een illusie van evolutie.
PB
Wat me verder opvalt is dan natuurlijke dat deze fysicus in het begin deze qoute van Schrödinger toonde:
“a scientist is supposed to have a complete and thorough knowledge of some subjects [..] and not about topics of which he is not a master […]”
Toch gaat’ie ver zijn boekje te buiten waar het evolutie van deze systemen betreft. Dat vind ik dan weer jammer.
“Once they are there we know how they evolve”…, zegt deze beste man.
Nou, ik ben bioloog, maar ik weet het niet. Ik weet alleen dat er een enorme varieteit is van deze op draden lopende machines en dat ze allemaal afzonderlijk in het DNA worden geprogrammeerd. Je kunt dan natuurlijk zeggen dat ze geevolueerd zijn, maar dat wordt niet door de data ondersteund.
Ik zie een prachtige toepassing van de natuurwetten in al deze bijzondere designs van ATP-driven nanomachines, die allemaal net even iets anders vervoeren, of bewegen.
Peter, myosine en kinesine bevatten veel overeenkomsten in hun motor domein hetgeen een aanwijzing is voor een gemeenschappelijke voorouder proteine. De ‘switch’ domeinen zijn vrijwel hetzelfde en komen overeen met G-proteine dat geen machine maar uitsluitend een switch is. Men gaat er van uit dat de machines en de G-proteinen evolutionair gezien met elkaar verbonden zijn in hun oorsprong.
Het is ook interessant de afstammingsbomen van de verschillende motoreiwitten te bekijken. Het is duidelijk dat zodra er een nieuw trucje ‘uitgevonden’ is daar meteen van geprofiteerd wordt door het organisme.
Het is bekend dat vele eiwitstructuren ontstaan zijn uit eiwitten die een eenvoudiger functie hadden.
Er bestaan ook kinesinen met slechts één ‘been’ die ook hun werk doen zij het wat minder efficient. Een designer zou toch nooit een slechter functionerend molecuul maken ?
Maar goed, ik begrijp dat je zoals gewoonlijk design ziet. Ondertussen gaat de wetenschap door en zoekt het allemaal verder uit. We volgen het met belangstelling.
Overigens, als je dit soort onderwerpen al langs hebt zien komen dan ben ik bang dat jij het niet helemaal gesnapt hebt. Ik denk niet dat er gesproken werd van design en als dat al zo was dan werd dat zeker niet zo letterlijk bedoeld als jij het blijkbaar opgevat hebt.
Actine met ‘energie-hobbeltjes’, daar hebben Hoffmann en ik nog nooit van gehoord. Misschien heb je een linkje ?
Het bekende oeroude Darwin argument voor gemeenschappelijke afstamming wordt hier weer eens aangehaald: gemeenschappelijk design = gemeenschappelijk afstamming.
Alsof functie niets met het ontwerp te maken heeft. Je zegt het heel goed: het feit dat al deze eiwitten dezelfde of soortgelijke functie hebben, namelijk het uitwisselen van nucleotiden dikteert hun ontwerp en daarmee hun code in het DNA.
ATP binding pockets en GTP binding pockets zullen qua struktuur nogal hetzelfde zijn want ATP en GTP zijn dat qua struktuur ook.
Dat ze uit elkaar zijn ontstaan bedenk jullie zelf. Er is geen enkele reden om dat te geloven. Het heeft ook geen wetenschappelijke basis om dat aan te nemen. Het wordt slechts geeist van naturalistische filosofie.
Als jij mij een ander ontwerp kunt tonen van een eiwit dat ook als motor-ATPse kan functioneren, dan heb je een sterk argument voor evolutie. Als je dat niet kunt, dan blijft het gewoon “Form follows function, function dictates form”.
PB
Actine met “energiehobbeltjes”: Actine filamenten vormen een gedraaid, helix-achtige moleculaire draad. Elke stap moet daarom een klein hobbeltje nemen. Je kunt dat in een van je eigen filmpjes zien. Dit hobbeltje moet genomen worden om in de volgende pocket te kunnen ankeren.
Hoffmann heeft het zelf over zulke “hobbeltjes”. Hij toonde het zelfs nog in een figuur.
Peter, weet je nog ? Myosine II loopt of ‘schuift’ langs actine in spierweefsels of langs de actine van het cytoskelet (Myosin V) als transporteiwit. Dyneine en kinesine bewegen zich daarentegen langs microtubulen. Dyneine is specifiek voor de flagellen, de axonemen !
De loopsnelheid is niet per se afhankelijk van de Brownse beweging. Deze laatste doet de achterste voet zwaaien en dat heeft niets te maken met de snelheid van voortbewegen. De snelheid heeft waarschijnlijk meer te maken met de concentratie van ATP. Er is dienaangaande een discussie aan de gang waarbij de rol van ATP besproken wordt. Dient het voor het buigen van de ‘nek’ van het myosine of voor het vastzetten van de voet. Of gaat het om het resetten (zie Maxwell’s demon).
Het is niet onmogelijk dat myosine in een bepaalde conformatie meer energie bevat dan in een relaxte vorm. Bindt een dergelijke molecuul ADP en P dan is het wellicht mogelijk dat de verandering in conformatie zoveel energie oplevert dat er ATP van gemaakt kan worden. Ik ga er vooralsnog vanuit dat Hoffmann gelijk heeft.
Je zegt: “ATP binding pockets en GTP binding pockets zullen qua struktuur nogal hetzelfde zijn want ATP en GTP zijn dat qua struktuur ook.”. Dat staat als een paal boven water. Maar dat zegt niet dat er design aan ten grondslag ligt. Integendeel zou ik zeggen. De pockets hebben zich gevormd naar deze nucleotiden.
Een ander eiwit ? Wat dacht je van de ATPase ?
Het artikel van Toshio Ando is hier te vinden:
http://www.nature.com/nature/journal/v468/n7320/full/nature09450.html
“Maar dat zegt niet dat er design aan ten grondslag ligt. Integendeel zou ik zeggen. De pockets hebben zich gevormd naar deze nucleotiden.”
Dit is een “zo-is-het” verhaal.
Ik zou liever zeggen dat we hier te maken hebben met HAND-IN-GLOVE design.
In de biologie is het credo: “Form follows function, function dicates design.” Dat is de meest eenvoudige oplossing voor homologie. Je hoeft geen vergezochte evolutiescenarios te bedenken. Het is veel simpeler. Een handschoen ziet eruit als een handschoen omdat er een hand in moet passen. Het zegt niks over ontwikkeling of evolutie, maar over ontwerp.
De form van de handschoen wordt gedicteerd door de functie: het moet om de hand passen. Je hebt natuurlijk wel heel veel verschillende adaptaties. Zo heb je handschoenen met en zonder vingers, van leer, van stof, van vilt. Je hebt sporthandschoenen speciaal voor wielrennen, baseball, golf, keeperhandschoenen. En je hebt werkhandschoenen, voor de zware klus, voor in de tuin, plastic handschoenen voor in de keuken, in het lab, nitrilhanschoenen, latex handschoenen, etc. En dan heb je nog wanten, gevoerd en dubbelgevoerd, dikke dunne, alle soorten en maten, en hittebestendige voor in de hoogovens en weer andere voor in de bakkerij.
Waarom zien ze er allemaal zo uit als ze zijn? Waarom is het design zoals het is? Omdat de functie de vorm dikteert en de vorm de functie volgt.
Dat is ook nog eens de meest voor de hand liggende verklaring en dat vind Occham dan weer heel mooi. Er hoeven verder geen moelijke evo-verhalen bedacht te worden die de vorm verklaren. De vorm volgt namelijk de functie. Zo is dat overal in de biologie.
PB
Peter,
Dat we in de natuur design aantreffen is iedereen wel duidelijk inmiddels. Hoe die ontwerpen tot stand zijn gekomen mag een onderwerp van discussie zijn maar het geeft geen pas om maar weer eens door mensen gemaakte gebruiksvoorwerpen als voorbeeld aan te halen. Na de horloges en de vliegtuigen gaan handschoenen jouw ontwerppleidooi ten aanzien van wat we in de natuur aantreffen echt niet winnen. Althans niet bij een publiek dat de basischool inmiddels achter zich heeft gelaten.
De natuurwetenschap heeft inmiddels een degelijk fundament weten te leggen onder de theorie dat het leven zich ontwikkelt via een langzame en vaak moeizame weg van kleine stapjes in een niet vooraf bepaalde richting. Slechts als de uitkomsten van die weg levensvatbaar blijken binnen de actuele omgeving houdt dat leven stand. Het design is derhalve het gevolg van veel vallen en soms opstaan.
Dat is een theorie. En net als het leven zelf is die theorie tot stand gekomen via een lange en moeizame weg met veel vallen en opstaan.
Het probleem met jouw ID-zienswijze zit hem dan ook niet in de D maar in de I. Hoe kun je daar toch telkens maar weer mee op de proppen komen als je zelfs nog niet het begin van een benul hebt van wat je je bij die I moet voorstellen ? Laat staan dat je je de illusie kunt veroorloven dat je een ander zelfs maar het begin van een wetenschappelijk inzicht verschaft.
De vraag die mij ten aanzien van jouw denkwijze dan ook uitsluitend nog boeit is inmiddels al lange tijd niet meer wát je denkt en hóe je denkt maar waaróm je het denkt.
Ik zou je zeer erkentelijk zijn als je je energie op die vraag zou willen richten. Als je het antwoord niet voor publicatie geschikt acht vind je bij mij alle begrip.
“Een ander eiwit ? Wat dacht je van de ATPase ?”
Nee, een ander motoreiwit…met “de ATPase” bedoel je de energiegenerator in een membraan. Dat is ook een motor, inderdaad, maar loopt op een gradient van protonen. Nee, ik bedoelde toch echt een motoreiwit.
Peter,
Ik bergijp dat er hobbeltjes zijn, maar dat zijn geen energiehobbeltjes. De stappen van Myosine V zijn circa 36 nm ofwel één voet verplaatst zich 72 nm. Dat is ongeveer een ‘fase’ van de draaing van actine. Dat myosine zich aan die fase houdt heeft waarschijnlijk meer te maken met de aanwezigheid van tropomyosine en troponine voor elk interval van 35 nm.
Links is pure actine te zien:
Een energy hobbeltje, Marleen, is in de fysica proces dat niet vanzelf verloopt. Er moet een energy hub worden genomen en dat gaat gepaard met hydrolyse van ATP–>ADP. Of er is een enzym voor nodig, die de hub verlaagt. Zo beter?
Ha die Rob,
Ook nog steeds van de partij! Dat doet me goed.
Mensen die de basisschool zijn doorlopen zouden dan minstens een voorbeeld moeten kunnen geven van een proces waarbij er een “handschoen” ontstaat. En dan hebben we het natuurlijk over een biologische handschoen, zoals bijvoorbeeld een ATPase. Ik ken zulke expeimenten niet. Ik ken wel experimenten die een reeds aanwezige functionele “handschoen” kunnen optimaliseren door specifiek en met inzicht aminozuren te vervangen. Maar dat soort expeimenten zijn niet interessant, want ze bevestigen alleen maar wat ik al dacht. Wil je de oorsprong verklaren, en dat willen we toch, dan moet geen eindstrukturen nemen die kunnen worden geoptimaliseerd. Het zou al prachtig zijn als je kunt aantonen dat je een nieuwe soort ATPase kunt maken door at random mutaties aan te brengen en te selecteren op organisme nivo.
Maar dit soort experimenten zijn vrijwel nooit uitgevoerd, en de experimenten die het pogen tonen ons negatieve resultaten. Je moet namelijk door “een dal” selecteren en dat is onmogelijk. Wat wordt hiermee bedoeld? Laten we naar de familie van moteoreiwiten kijken. Alle bestaande motoreiwitten bevinden zich op een locaal functioneel optimum. Op een bergje tussen andere bergjes. Om van de ene naar de andere berg te evolueren moeten ze door suboptimaal dal, maar dat dal bestaat ook uit allemaal bergjes, locale optima en locale minima. Door random mutaties glijdt je steeds verder het dal in… Het vergt vele neutrale en zwak negatieve aminozuurveranderingen om van het ene optimum naar het andere te evolueren. De crux is nu dat selectie je niet uit het dal kan trekken naar een ander locaal optimum, omdat selectie je niet ziet (je bent niet niet optimaal en er valt dan niks te selecteren-evolueren).
Om van de ene berg naar de andere te komen is er slecht een weg: alle veranderingen in één keer accumularen, een non-random gebeuren. Maar dat mag dan weer niet van de filosofie.
Dit vertelden ze je niet op de basisschool?
PB
‘Dit vertelden ze je niet op de basisschool?’
Nee, ik zat op een openbare school.
Ik ook. Ik kreeg dit ook niet onderwezen. Kwam er later pas achter…
Beste Rob,
Je zegt: “De vraag die mij ten aanzien van jouw denkwijze dan ook uitsluitend nog boeit is inmiddels al lange tijd niet meer wát je denkt en hóe je denkt maar waaróm je het denkt.”
Is bovenstaande uitleg bevredigend? Zo niet, waarom niet?
Peter,
Je uitleg is allerminst bevredigend omdat je geen enkele verklaring geeft voor de I in jouw ID-opvatting maar intussen wel meldt dat je experimenten kent die een reeds aanwezige functionele “handschoen” kunnen optimaliseren door specifiek en met inzicht aminozuren te vervangen.
Hoe kom je daarbij ? Welk Inzicht ? Wiens inzicht ?
En natuurlijk mag je ideeën hebben als: ‘Om van de ene berg naar de andere te komen is er slechts één weg: alle veranderingen in één keer accumuleren, een non-random gebeuren.’
Je wordt dan echter wel geacht je gedachten over het hoe en wat zorgvuldig te formuleren, als je serieus genomen wilt worden tenminste. Tot je dat daadwerkelijk doet is de ID-conclusie is namelijk volledig nietszeggend. Let wel, niet verboden maar wel volkomen nietszeggend.
Voorts helpt het je niet met een gepersifleerd selectieverhaaltje aan te komen. Selecteren zonder variatie, random of niet, bestaat niet.
Voor jouw begrip: Alle handschoenen die nu te koop zijn, zijn een selectie, een uitkomst dus, uit een enorme hoeveelheid meer of minder geslaagde ontwerpen uit het verleden.
De handschoenen van nu zijn de handschoenen die nú voldoen.
Het inzicht van de wetenschap. Je kunt niet zo maar hier en daar at random aminozuren vervangen al je van de ene naar de ander berg wilt. Dat moet je heel doelgericht doen. Kijk als je van de ene top naar de ander wilt, dan gaat dat gepaard met >6 aminozuren. Alleen dan valt er iets te selecteren. De afzonderlijke stapjes (door het dal) zijn niet selectief. Snap je het nu?
Een handschoen was altijd al een handschoen. Anders noemen we het een “schoen” of een “trui” of een “sok”. Een ATPase noemen ook niet voor niks zo. We noemen het bijvoorbeeld niet een kinase of een fosfatase. Het ding wordt genoemd naar zijn functie.
Functie dicteert vorm, vorm volgt functie. Zo simpel is het. Niet simpeler, ook niet moeilijker.
Peter, heb even niet veel tijd.
Je kent het verhaal toch wel van Joe Thornton en de ATPase in schimmels.:
http://www.wetenschap24.nl/nieuws/artikelen/2012/januari/Genetische-tijdmachine-verklaart-complexe-evolutie.html
Bovendien, natuurlijke selectie IS non-random. Dat is nu juist de reden waarom de heuvels van het fitness-landscape beklommen kunnen worden.
Later meer…
O dat stuk…nou hier hebben we ook verder niks dan duplicaties vanuit een reeds bestaand gen. Er onstaat nooit iets fundamenteel nieuws in de bio-evo-literatuur. Dat duidt op een oergenoom/oergenomen dat/die kan/kunnen uitwaaieren. Op een pluripotente oergenoom zoals ik in mijn boek besprak en een baranoom heb genoemd. Het duidt niet op het onstaan van nieuwe genomen met fundamenteel nieuwe genen.
Aan de basis van natuurlijke selectie staat oveigens gewoon een stochastisch (random) proces. Het hele NeoDarwinistische idee is gebaseerd op willekeurige veranderingen in genetische code. Men denkt dat er af iets fundamenteels nieuws kan ontstaan, maar er is geen enkel experiment die het toont.
Het Darwinistische evolutie idee is verder niks dan een filosofisch idee zo oud als Democrites. Ik geloof het niet op basis van de biologische waarnemingen.
De moleculaire genetica toont dat het idee niet realistisch is.
P: ‘Dit vertelden ze je niet op de basisschool?’
R: ‘Nee, ik zat op een openbare school.’
P: ‘Ik ook. Ik kreeg dit ook niet onderwezen. Kwam er later pas achter…..…’
Rob: Waar achter precies ?
Achter het hoe-niet en waarom-niet van Darwinistische evolutieleer.
Peter,
Hoe kun je beweren dat er nooit iets nieuws is. Zeker, als je nu om je heen kijkt is alles wat je ziet present. Maar je weet zelf ook dat bepaalde moleculen of organismen duizenden/miljoenen jaren geleden niet aanwezig waren. En nu wel. Je weet dat er ooit geen bloemen waren, maar nu wel. Er was zelfs een tijd dat er geen bladgroen bestond, alleen algen en korstmossen. Je weet dat dat zo was. Dus bijna alles dat je nu om je heen ziet is nieuw.
Hoe denk je dat al deze myosinen ontstaan zijn ? Allemaal tegelijk ? In één klap ? Dat gelooft toch niemand.
Je zegt: “Functie dicteert vorm, vorm volgt functie.”. Als je met zo’n lege bewering aankomt dan ben je echt door je argumenten heen.
Wat over blijft is een nietes en welles van ID want een discussie over de feiten is niet echt mogelijk als men niet goed ingelicht is.
Marleen, dank voor deze blog over Hoffmanns boek en de videos. Ik vraag me af of zijn benadering nog nieuwe inzichten heeft opgeleverd over het ontstaan van het leven?
Inderdaad, Korthof, het ontstaan van het leven benader je met atomic force microscopy…Je maakt een scan en je weet het…
marleen
waarom noem jij de formulering ‘Functie dicteert vorm, vorm volgt functie” een lege bewering. Ik kom er regelmatig voorbeelden en verwijzingen naar tegen, zodat ik juist de indruk begon te krijgen dat het hier bijna een biologische hoofdwet betrof. Niet dus?
Harry,
Dit is de eerste hoofdwet van de biologie:
1) Form follows function, function dictates form.
Daarna krijgen we de tweede hoofdwet:
2) Nothing makes sense in biology but in the light of reproduction.
Deze twee verklaren de hele biologie. Het staat gewoon allemaal in mijn boek Terug naar de Oorsprong (2009), dat al drie jaar wordt genegeerd door de establishment (Darwinisten).
Ik sluit me aan bij Mendel, hij zei: “Meine Zeit word noch kommen.”
Ik groet,
PB
Meine Zeit WIRD noch kommen…
Voor de mensen die willen weten waarom Darwinisme ook dood is:
Zoals ik heirboven opmerkte, de mutaties die je nodig hebt om van het ene naar het andere functionele eiwit te gaan (dwz evolutie) zijn niet selecteerbaar. Er is de laatse jaren wel het een en ander over gepubliceerd:
“Waiting for regulatory sequences to appear” Ann. Appl. Probab. Volume 17, Number 1 (2007), 1-32.
Waiting for Two Mutations: With Applications to Regulatory Sequence Evolution and the Limits of Darwinian Evolution. Genetics 180 (2008), 1501-1509.
De biologie toont gewoon verder niks dan dat Darwinisme compleet werd weerlegd. Ik weet dat al jaren. Publiceerde -jaren geleden alweer- een boek over deze materie.
De weg is dus vrij voor iedereen om weer vrij te denken. Dwz zonder Darwins dogma’s. En ook ID en creation science mogen gewoon weer. Zegt het voort….Dat geldt ook voor Korthof.
Groet,
PB
Gert,
Hoffmann heeft het hier en daar over de RNA-wereld bijvoorbeeld, maar spreekt verder niet over de biologische context waarin leven zou kunnen ontstaan. Waar hij vooral de nadruk op legt, is dat het trillen van de atomen en moleculen aan de basis staan van het leven. Moleculen zouden nooit de energie gevonden hebben om processen te catalyseren (energie-hobbels te nemen) als ze niet zo onderhevig waren aan deze trillingen. Dit betekent dat de natuurkundige kenmerken van de moleculen aan de oorsprong staan van het leven. Maar Hoffmann vertelt het allemaal veel beter dan ik. Waarschijnlijk zou je het boek ook waarderen.
Inderdaad, niet de informatie in de DNA sequentie, maar het trillen van atomen en moleculen staat aan de basis van het leven…
Hebben jullie nu zelf niet door wat een enorme bak pseudoscience jullie verkondigen?
Nog even en aardstralen staan aan de basis van het leven. Lees eens iets buiten de ouwe school is mijn advies.
Informatie staat aan de basis van de biologie.
Moleculaire trillingen….
Hebben jullie ooit in een cel free systeem bioreacties uitgevoerd met enzymetjes…of doen jullie nooit experimentjes?
Hoe lang gaat zo’n cel free systeem mee?
a) Miljoen jaar? b) Een eeuw? c) Een jaar? d) Een dag? e) Enkele uren?
Het antwoord is e)….de moleculen trillen zichzelf namelijk kapot (denatureren). Het in vivo systeem functioneert omdat er een continue input van nieuwe moleculen (enzymen) is die op de juiste manier worden gevouwen. De info is dus aan de basis van de biologie, niet de trillingen van moleculen.
Het is maar even dat je het weet. En laat je niks wijsmaken.
Harry,
We hebben het over motoreiwitten. Er is nooit een situatie geweest waarin de cel ‘dacht’ dat hij die en die functie nodig had om vesikels te transporteren of zichzelf samen te kunnen trekken. Wij zijn het die een functie toekennen aan de moleculen. Wij zien wat hun ‘doel’ is. Maar de moleculen zijn ontstaan zonder enig ‘besef’ van functie.
Nadat we de ‘vorm’ van enkele myosine kenden konden we er een functie aan koppelen (of andersom). Nu we precies kunnen zien (dankzij dit soort vernuftige microscopen) hoe myosinen eruit zien, kunnen we ze aan hun vorm herkennen en meteen weten waar ze voor dienen. Ze hebben allemaal van die karakteristieke voetjes die wij voetjes noemen omdat ze er mee lopen, maar in de biologie heten het hoofden.
Bovendien zijn er -tig moleculen waar je geen functie aan kunt koppelen door op de vorm af te gaan. Kun jij aan een ribosoom zien wat voor functie het heeft alleen door af te gaan op zijn vorm ? Ik niet. Ik vraag me dan ook af waar je dit soort holle retoriek tegenkomt. Kun je dat misschien aangeven ?
Ik kan me voorstellen dat deze zin enigzins betekenis kan hebben op macroscopisch niveau, wanneer je het bijvoorbeeld hebt over een vleugel of een vin. Maar dan nog. De allereerste vleugel die je ziet veraadt niet wat zijn functie is. Je kent die pas nadat je weet/leert dat er mee gevlogen wordt.
Peter, je begint wild om je heen te roepen zonder dat er ook maar iets van klopt.
Je zegt bijvoorbeeld: “de moleculen trillen zichzelf namelijk kapot (denatureren)”.
Dit is klinkklare onzin. Er gaat niets kapot. Een gedenatureerd eiwit kan weer renatureren als de ‘verstorende’ oorzaak weggenomen wordt. Je kletst maar wat.
Renaturatie verloopt niet spontaan, Marleen. Er is een “energy hub” voor nodig. Mijn cell free system gaan NOOIT weer vanzelf lopen. Het is dood. Dood door entropie. Krijg je niet weer aan de praat.
En hoe denk je dat eiwitten enn nucleinezuren eruit zien na 2000 jaar trillen? En na 20000 jaar? Ze gaan echt kapot. Ze vervallen in kleinere deeltjes. Je kunt het beter in je denken integreren, Marleen, want dit is elementair.
Ik klets niet. Er is maar een groep die kletstpraat verspreid. Ze noemen zichzelf abiogenetici, darwinisten, naturalisten, filosofen, etc. Maar het zijn gewoon neo-alchemisten die geen enkele natuurwet respecteren.
Met vriendelijke groet,
PB
Harry, laat je niet van de wijs brengen.
Dit heeft Rob gevonden: http://doyle-scienceteach.blogspot.nl/2009/03/function-follows-form.html
Function follows form? Dus eerst de vorm dan de functie. Je reiste onzin. De vorm van een nucleotide-binding pocket zal wel de vorm moeten hebben van een nucleotide, nietwaar? Daar ging het verhaal over, niet over de kam van de cauaris. Want dan zitten we al weer op het nivo van het organisme…waar differentiele repoductie zich afspeelt.
De binding-casettes voor nucleotiden die we in vele eiwitten aantreffen worden gedicteerd door de vorm van het nucleotide molecuul. De vorm (binding pcocket) volgt dus de functie (er moet een nucleotide in gebonden worden). En de functie (er moet een nucleotide gebonden worden) dicteert dus de vorm (bdining pocket). Want hoe kan de binding-cassette een nucleotide binden? Dat legt nogal wat beperkingen op aan evolutie van binding cassettes, nietwaar?
Als je nu het onderstaande stuk nog even leest dan weet je dat het 217 miljoen jaar kost om slechts twee mutaties in zo’n cassette te fixeren. De functionele cassette bestaat echter uit vele, vele aminozuren. Selectie van zo’n cassette kan, maar dan alleen als je er eentje hebt die reeds een minimale redsiduale cassette functie heeft. Dit is Mivart’s argument en het is nog steeds (al 150 jaar) de doodsteek voor Darwinisme.
“Waiting for Two Mutations: With Applications to Regulatory Sequence Evolution and the Limits of Darwinian Evolution. Genetics 180 (2008), 1501-1509.”
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/18791261
Kan ik er iets aan doen? Neen, het is science die ons dit toont.
Echte science is het einde van Darwinisme.
PB
Peter, bedankt voor je link. Heb maandag pas weer tijd
marleen,
ben niet bang, ik laat me niet van de wijs brengen. Ook niet door jou 😉
Morgen meer als je het niet erg vindt
bedankt voor de link.
marleen,
ik kan je niet verbeteren: natuurlijk zitten er geen ‘functies’ tussen atomen en moleculen, laat staan ‘vitale krachten’, bedoelingen of andere antropomorfismen.
Je vroeg wat voorbeelden van die holle retoriek: Die heb ik toch al vaak gegeven? Tot vervelnds toe zou ik zeggen! Die hele EP ziet overal niks anders dan functies en adaptaties- dus oplossingen op zoek naar evolutionaire problemen. ‘reverse engineering’ noemen ze dat dan (de discussie over de vermeende functies van depressie (‘evolutionair voordeel’) is wel het meest beschamende voorbeeld. Maar er zijn ook ronduit ridicule voorbeelden. En ook biologen kunnen er wat van zoals laatst met dat gedoe over de evolutie van de vorm van de hand en vuisten/vechten. Ik heb ze niet meer geteld, maar er zijn minstens 15 adaptationistische verklaringen voor bipedaliteit, zoals ‘sexual display. De vraag is dus, hoe hoog het gras was op de savanne, want een andere ‘verklaring’ wil dat we rechtop zijn gaan lopen om beter uit te kunnen kijken- op de grond dus! Ik verzin dit dus niet zelf.’
Inderdaad, holle retoriek, post hoc gelul. Nicht einmal falsch.
Het is mooi om in deze discussie weer eens te zien hoe reductionisme wel goed werkt van ‘boven’ naar ‘bedeneden’, zeg maar, maar dat het omgekeerde niet echt lukt. Hoe kom je van molecule, of van ‘machine’ naar ‘man’ , van zombie naar homunculus, zeg maar, om het even kort door de bocht samen te vatten.
Overigens, Pross komt er ook niet helemaal uit volgens mij:
‘Evolution in biology is normally associated with the causal sequence: replication, mutation, slection, evolution. But we now see that an important step in that sequence has been ovelooked. Sic! The missing step is ‘complexification’ . ..
‘It is clear that complexification is the underlying tendency in evolution p 135. En dat is ‘the drive to greater DKS (dynamic kinetic stability): ‘Maximizing fitness = maximizing DKS. In simple language that just means that replicating systems tend to become more successful replicators…. (148)..
The process that started it all off was replication. And what makes that replication reaction special is not * what* it produces, but how *much* (curs door Pross) it produces”… ‘Life then is just the chemical consequences that derive from the power of exponential growth operating on certain replicating chemical systems (164)
No ratchets needed, gewoon differentiele reproductie, de wet van de grote getallen. (kort samengevat althans!)
Harry,
Dankjewel voor de uitgebreide citaten. Ik kan er niet zo diep op ingaan want ik sta op het punt te vertrekken.
Dat David Pross niet spreekt over ratchets hoeft nog niet te betekenen dat deze geen rol hebben in het leven.
Pross is een chemicus of biochemicus en zit al op het niveau van replicatie. Waar komt de energie vandaan voor deze replicatie ? Daar gaat hij wellicht aan voorbij tenzij dat ergens anders in zijn boek vermeld staat.
Het idee van Hoffmann is nu juist dat de energie voor chemische reacties uit de trillingen van de moleculen zelf voortkomt. Kleine energiehobbels kunnen daarmee genomen worden. Voor grotere energiehobbels zijn enzymen nodig.
Ik zal eens opzoeken wat hij er precies over zegt, maar dat wordt na het weekend.
marleen
Pross wel op dat punt van energie in, in H 4 over stability and instability..
je zult begijpen dat ik dat niet even kort voor je samen kan vatten!
Om aan te geven wat ik bedoel. Hoffmann schrijft op p. 69. Life emerges from the random motion of atoms,and ststistical mechanics can capture the essence of this emergence.
Als ik nog zo n mooie zin vind later meer
marleen,
grappig en zeer relevant, variatie op arenharen: bristle-bots..
‘from random swarming to collective motion’
Giomi L, Hawley-Weld N,
Mahadevan L. 2013 Swarming, swirling and
stasis in sequestered bristle-bots. Proc R Soc A
469: 20120637.
http://dx.doi.org/10.1098/rspa.2012.0637
free access
marleen
iets voor een vervolg?
Fa-An Chao, Aleardo Morelli, John C Haugner III, Lewis Churchfield, Leonardo N Hagmann, Lei Shi, Larry R Masterson, Ritimukta Sarangi, Gianluigi Veglia, Burckhard Seelig. Structure and dynamics of a primordial catalytic fold generated by in vitro evolution. Nature Chemical Biology, 2012; 9 (2): 81 DOI: 10.1038/nchembio.1138
“It’s kind of like giving typewriters to monkeys. One monkey and one typewriter won’t produce anything clever. But if you have enough monkeys and typewriters, eventually one of them will write ‘to be or not to be’.” The lottery provides another analogy. “If you buy more tickets, you’re more likely to win,” Seelig says.
Dan bestaan die Boltzman hersens vast ook ! 😉
Harry, dank voor de links. Toevallig kreeg ik het gisteren de laatste onder ogen.
Dat eerste free access artikel ga ik zeker bekijken en ben er heel benieuwd naar. Dit weekend wordt weer druk dus dat zal maandag worden voordat ik er aan toekom.
marleen
doe kalm aan
je bent ook net terug uit de eeuwige stad!
Pingback:Brownse beweging | Op zoek naar de klepel
Pingback:Actomyosine motor | Tsjok's blog
Pingback:Kwantumbiologie | Op zoek naar de klepel