Op zoek naar de klepel

bij dezen en genen

Hype in de media en blogsfeer

Het ENCODE project, de twee weken geleden gepubliceerde encyclopedie van DNA-elementen, is op het moment een belangrijk onderwerp binnen de wetenschap in Amerika. Tot aan de publicatie van ENCODE ging men er van uit dat ons DNA voor zo’n 1,5% uit coderend DNA bestaat en dat het voor de rest junk is. Nu er zoveel discussie is rond junk DNA wordt dit allemaal erg genuanceerd. Men wist immers allang dat het junk DNA ook functioneel is en dat het regulerende sequenties bevatte, maar soms blijft het onduidlijk wat er nu precies onder junk DNA werd en wordt verstaan. Soms wordt junk DNA gelijk gesteld met niet-coderend DNA en zou het dus 98,5 % van ons genoom zijn. Veel wetenschappers beweren echter dat ze heel goed wisten dat het zogeheten junk DNA functies had en dat het daarbij vaak om regulerende functies gaat. Volgens een tabel van Larry Moran uit 2011 is 8,7% van het junk DNA essentieel ofwel functioneel (wat volgens hem hetzelfde is) waarbij regulerende sequenties voor 0,6% deel uitmaken van het junk DNA. Hij beschouwt junk DNA dus als niet coderend DNA waarvan 8.7% toch een functie heeft en/of essentieel is.

Enkele tweets van Larry Moran waarin hij anderen vraagt om hun opninie ten aanzien van junk DNA

Het ENCODE project, ofwel het project dat de encyclopedie van DNA-elementen in kaart heeft gebracht, liet volgens zijn auteurs zien dat het junk DNA (98,5% van het totale genoom) voor 80% uit functionele DNA-elementen bestaat. (Slechts 1,5% van het genoom bestaat uit genen en codeert voor eiwitten.) Daarop volgde een enorme mediahype. Volgens de pers zouden wetenschappers dit junk DNA altijd als ‘rommel’ beschouwd hebben en de belangrijke functies die het nu blijkt te hebben over het hoofd hebben gezien. Vervolgens kwamen natuurlijk de reacties van wetenschappers waarvan er veel een eigen blog bijhouden. Deze laatsten beweerden dat junk nooit beschouwd is geweest als DNA zonder enige functie ondanks de ongelukkige naam die het ooit ontving. De wetenschapsbloggers stellen dat het junk DNA vast en zeker regulerende functies heeft, maar kunnen de juiste definitie niet vinden en komen dus op verschillende getallen ‘functioneel’ junk DNA uit, van 8,7 tot 20 %.

Het is verrassend te zien hoe zowel de media als de wetenschap een foute voorstelling van zaken geeft. De media hypet dat de wetenschap 98,5 % van het genoom als onnuttig junk beschouwde terwijl het nu voor 80% functioneel blijkt te zijn. Dit argument klopt natuurlijk niet, want diezelfde wetenschap is gaan zoeken naar de mogelijke functies in het junk DNA. Ze moesten dus al een redelijk gefundeerd vermoeden hebben dat er heel wat functies verborgen lagen in dit DNA. Anders zouden ze niet voor meer dan 5 jaar bezig geweest zijn met deze zoektocht.

De wetenschap (de meeste wetenschapsbloggers) daarentegen beweert dat het het junk altijd al functies toedichtte, maar kan niet verder komen dan 20% functioneel DNA en als het aan Larry Moran ligt slechts tot 8,7%. De wetenschappers kunnen dus moeilijk afscheid nemen van hun geliefde junk DNA. Ze houden daarbij zoveel mogelijk vast aan het idee dat tenminste 50-60 % van het DNA junk is. ENCODE laat echter zien dat 80% van het DNA ‘functioneel’ is. Wat er onder ‘functioneel’ verstaan wordt is duidelijk aangegeven. (Zie figuur in mijn 1e en 2e blogbericht over ENCODE). Het is schijnbaar niet mogelijk om junk DNA en ‘functioneel’ DNA met woorden te definiëren. Men is uitsluitend in staat lijsten van functionele en niet-functionele soorten sequenties te produceren.

Het gaat in ENCODE grotendeels om sequenties in het DNA die een regulerende functie hebben, zoals DNA dat transcriptiefactoren bindt en de expressie van genen beïnvloedt. Het valt op hoe weinig er geblogd wordt over de exacte resultaten van ENCODE.

Het zou misschien geen kwaad kunnen junk DNA eens en voor altijd goed te definiëren. Gaat het om DNA dat niet essentieel is (kun je het weghalen zonder dat het organisme er schade van ondervindt ?), is het wel of niet geconserveerd (heeft het de tand des tijds niet doorstaan en heeft het dus geen belangrijke functie) of is het niet ‘functioneel’. Aan dat laatste moeten duidelijke criteria gesteld worden.

Larry Moran, een wetenschapsblogger, heeft naar eigen zeggen een duidelijk idee van wat junk DNA is. Andere wetenschappers snappen het volgens hem niet en realiseren zich het belang van junk DNA binnen de evolutietheorie niet. Hij houdt vol dat wanneer wetenschappers verwachten dat junk een functie heeft, ze deze verwachting hebben omdat het junk nog steeds aanwezig is na miljoenen jaren evolutie. Hun overtuiging en zoektocht naar een functie voor junk DNA zou dus alleen bestaan als gevolg van deze misvatting. Hij schijnt niet de hierboven beschreven reden te kunnen omvatten dat een groot deel van het junk nu eenmaal een functie moét hebben aangezien de regulerende sequenties niet bij de coderende 1,5% zijn inbegrepen. Hij geeft in zijn tabel aan dat regulerende sequenties 0,6% van het junk vormen en dat is wel heel wat minder dan 80%. Larry Moran is momenteel een van de weinig overgebleven bloggers die zich inzet voor ‘het behoud’ van junk DNA. Ik denk dat hij zijn definitie van junk DNA duidelijker moet stellen en dat hij de percentages zal moeten bijstellen. We zullen zien of hij dat vroeg of laat ook zal doen.

10 Reacties op “Hype in de media en blogsfeer

  1. gusbolden september 19, 2012 om 22:10

    Excusé moi, deze ‘discussie’ over junk DNA speelde vorig jaar toch al, of 2 jaar geleden?

  2. Marleen september 19, 2012 om 22:31

    Gus, klopt, het junk DNA kwam verschillende keren eerder aan bod op dit blog. Maar hier gaat het om een nieuwe studie die zou aantonen dat ons DNA voor 80% i.p.v. 8,7 tot 25% functioneel is. Het zou dus slechts voor zo’n 20% uit junk bestaan i.p.v. de tot nu toe geschatte 90%.
    Goed dat je dat nog wist !

  3. gert korthof september 21, 2012 om 09:13

    Interessante conclusie in de ENCODE pilot (2007):

    “To our surprise, many functional elements are seemingly unconstrained across mammalian evolution. This suggests the possibility of a large pool of neutral elements that are biologically active but provide no specific benefit to the organism. This pool may serve as a ‘warehouse’ for natural selection, potentially acting as the source of lineage-specific elements and functionally conserved but non-orthologous elements between species.”

    Je mag zelf je conclusies trekken.

    • Marleen september 22, 2012 om 07:27

      Gert, ‘Neutral elements that are biologically active’, is moeilijk te bevatten. Biologically active suggereert dat de elementen een effect op de fitness van het organisme hebben en dus niet neutraal zijn.
      Wellicht is het latere gebruik in 2012 van ‘biochemically active’ beter.
      Het is ook moeilijk ‘neutral elements’ te vereningen met ‘a ‘warehouse’ for natural selection. Om dezelfde reden als hierboven. Wat bedoel je namelijk met ‘neutral elements’ als ze toch onderhevig zijn aan natuurlijke selectie?

      Ik wilde graag het volgende blog onder je aandacht brengen. Het is namelijk zo goed geschreven:
      http://thefinchandpea.com/2012/09/20/the-non-functional-concept-of-genome-function/#more-6686

  4. Pingback:Junk DNA en de uientest « Op zoek naar de klepel

  5. Pingback:Terugkeer van junk DNA | Op zoek naar de klepel

Praat mee en laat hier uw reactie achter

Vul je gegevens in of klik op een icoon om in te loggen.

WordPress.com logo

Je reageert onder je WordPress.com account. Log uit / Bijwerken )

Twitter-afbeelding

Je reageert onder je Twitter account. Log uit / Bijwerken )

Facebook foto

Je reageert onder je Facebook account. Log uit / Bijwerken )

Google+ photo

Je reageert onder je Google+ account. Log uit / Bijwerken )

Verbinden met %s

Zwervende gedachten

Een filosoof over argumentatie, biologie, handelingstheorie en wat hem verder invalt

Jonas Bruyneel

Literatuur/Journalistiek/Muziek

per amanti della vera musica

SangueVivo

Ancora solo un battito in più

Microplastics

INTERREG MICRO PROJECT

Scientia Salon

Philosophy, Science, and all interesting things in between

Infinite forme bellissime e meravigliose

si sono evolute e continuano a evolversi

Vita da simbionte

perché collaborare è talvolta meglio che combattere

Meneer Opinie

Altijd een mening, maar niet altijd gehinderd door kennis van zaken

The Cambrian Mammal

An evo-devo geek's scientific meanderings

Evolutie blog

bij dezen en genen

The Finch and Pea

The Public House for Science...

voelsprieten

* wonder van het alledaagse *

the aphid room

All about aphids... not simply bugs|

kuifjesimon

Just another WordPress.com site

The Amazing Comics Men

Comics by Dutch cartoonists Jan the Stripman & Wim the Mysterious Helpman

Barbara Jansma

Prenten, spotprenten en schilderijen

%d bloggers op de volgende wijze: