Op zoek naar de klepel

bij dezen en genen

Mutatie, Variatie en Natuurlijke Selectie

Mutatie, variatie en natuurlijke selectie zijn zeer belangrijke begrippen binnen de evolutietheorie. Het is voor de meesten wel duidelijk wat een mutatie is. Waar ik wat beter bij wil stilstaan is het begrip variatie. Variatie is namelijk het gevolg van mutatie en is het niveau waarop natuurlijke selectie haar werk doet. Tussen mutatie en natuurlijke selectie speelt zich erg veel af.

Er wordt nog steeds aangenomen dat mutatie random (toevallig of willekeurig) is. Dit toeval heeft betrekking op de kans dat een willekeurige van de miljarden letters van het DNA verandert in een van de andere drie letters (puntmutatie), een kans die voor alle nucleotiden (letters) hetzelfde is. Deze mutatiekans wordt ook wel weergegeven door de mutation rate die voor een gegeven organisme constant is en uitgedrukt wordt in basenparen per generatie. Een recent artikel in Nature toont aan dat de mutation rate van een heel genoom niet helemaal hetzelfde is naar gelang de genen die men bestudeert. Er is momenteel een groot debat over die publicatie. (Zie voorgaand blog). Ook inserties en deleties zijn willekeurig in de zin dat ze op elk punt binnen het genoom kunnen voorkomen. Dit toeval of deze willekeur betreft ook het feit dat een mutatie niet gebonden is aan het eventuele voordeel of nadeel dat een organisme ermee zou doen. Dat wil zeggen dat een mutatie voorkomt onafhankelijk van wat voor schadelijke of minder schadelijke gevolgen deze heeft.

Variatie daarentegen is moeilijker te definiëren. Variatie wordt bepaald zowel door mutaties als door omgevingsfactoren. Sommigen beschouwen variatie als veranderingen in het fenotype van een organisme waarin het fenotype een verzameling is van alle kenmerken. Door de evolutiebiologen, die veel naar organismen en soorten kijken, wordt het fenotype beschouwd als het totaal aan kenmerken binnen de fysionomie en fysiologie van het organisme. Maar moleculair biologen zijn geneigd een fenotype te zien in de kenmerken van een eiwit bijvoorbeeld. Volgens velen heeft natuurlijke selectie geen grip op een eiwit, het zou geen selecteerbaar kenmerk van het organisme zijn. De verschillen en overeenkomsten tussen deze twee zienswijzen kunnen geïllustreerd worden aan de hand van sikkelcelanemie. Zie onderaan de pagina.

Sikkelcel

Natuurlijke selectie is een geleidelijk non-random proces waarbij de kenmerken binnen de populatie verspreid worden al naar gelang deze bijdragen aan de fitness van het individu. Er wordt over het algemeen beweerd dat natuurlijke selectie inwerkt op het fenotype en daarbij wordt vermeld dat het fenotype de verzameling van alle waarneembare kenmerken is. De grenzen van het waarneembare worden steeds meer verlegd. Bovendien zijn er goed geteste modellen van de werkelijkheid die de kenmerken uitstekend beschrijven.

Het voorbeeld van sikkelcelanemie wend ik aan om te laten zien waar mutatie, variatie en natuurlijke selectie van belang zijn binnen deze erfelijke ziekte. In sikkelcelanemie bestaat er een mutatie van het gen voor hemoglobine. Dit is in alle gevallen dezelfde mutatie (dezelfde substitutie van nucleotide, op hetzelfde codon). Deze mutatie heeft tot gevolg dat er een eiwit aangemaakt wordt waarin een aminozuur veranderd is. Het eiwit hemoglobine verandert zodanig dat het (in geval van lage zuurstofniveaus) fibers gaat vormen waardoor de rode bloedlichaampjes hun ronde vorm verliezen en de karakteristieke sikkelvorm aannemen. De variatie is in dit geval het eiwit en de rode bloedlichaampjes. Omdat deze ziekte in recessieve vorm beschermt tegen malaria raakt het gen door natuurlijke selectie van de mensen met de sikkelvormige bloedcellen verspreid in de gebieden waar malaria endemisch is. De variatie in eiwit en vorm van bloedlichaampjes vormen de kenmerken ofwel het fenotype van een mens met sikkelcelanemie.

47 Reacties op “Mutatie, Variatie en Natuurlijke Selectie

  1. Marleen april 30, 2012 om 21:43

    Harry, je zult het misschien niet geloven, zo toevallig, maar ik heb het gelezen. Het voegt eigenlijk niet veel toe aan wat we al wisten. Als je iets vindt dat een tegenspraak vormt met wat ik erover schrijf, laat het dan weten.

    De tweede manier (behalve de eerste stochastische) is volgens mij de meest gangbare opvatting van wat randomness van mutatie inhoudt:

    ‘Dit toeval of deze willekeur betreft ook het feit dat een mutatie niet gebonden is aan het eventuele voordeel of nadeel dat een organisme ermee zou doen. Dat wil zeggen dat een mutatie voorkomt onafhankelijk van wat voor schadelijke of minder schadelijke gevolgen deze heeft.’

  2. gert korthof mei 1, 2012 om 09:13

    Marleen, voor mij is variatie de fenotypsiche of genotypische diversiteit in een populatie. Variatie in één individu heeft voor mij geen betekenis. Denk aan SNPs: single nucleotide polymorphisms tussen individuen in een populatie. Variatie is altijd in een populatie.

  3. harry pinxteren mei 1, 2012 om 10:20

    dit is een cruciaal punt. de definities zijn niet duidelijk. Wat zeggen populatie genitici (met hun ‘fenomenologische parameters” zoals Goldenfeld en Woese zo mooi zeggen!) er eigenlijk over?
    Stochastische onafhankelijkheid voor mutaties blijft niet te toetsen en ook niet te schatten, want wat je overhoudt is niet a-select, maar juist geselecteerd. Je houdt alleen de willekeur over die niet nadelig is. Hoe groot die toevallige mutaties zijn die nadelig zijn, weet je niet. Kun je ook niet schatten. Zul je echt moeten tellen!
    De variatie in een populatie telt ook alleen de variatie die overblijft, die het overleeft dus de giunstige of de neutrale. Is dus ook niet a select. Want de ongunstige zijn verwenen- je ‘ziet’ ze niet eens. Je zult alle mislukte concepties moeten tellen en onderzoeken.

    itt het begrip random, is het begrip stochastische onafhankelijkheid glashelder: knikkers in een bak. Allemaal even veel kans. Geen verband, net als los zand etc. Geldt dat ook voor al die (losse) nucleotiden? Het lijkt er op dat er soorten mutaties zijn, dus heb je patronen onderlinge afhankelijkheden. Er zijn niet alleen SNP’s maar ook CNV’s en zelfs hele genduplicaties etc. Dat klinkt niet als stochastische onafhankelijkheid, niet bepaald als los zand. zou ik zeggen.

  4. Marleen mei 1, 2012 om 11:11

    Gert, daar ben ik het wel mee eens. Variatie in een individu heeft inderdaad geen betekenis. Ik probeerde variatie slechts terug te brengen op een niveau dat staat tussen mutatie van een sequentie of gen en een verandering van fenotype. Mutatie creert variatie waar door de werking van omgevingsfactoren (waaronder natuurlijke selectie) een fenotype uit ontstaat. Dat was de bedoeling.
    Mijn poging is niet goed gelukt aangezien er ook gesproken wordt van variatie van het fenotype. Uit de link die Harry gaf blijkt dat de auteurs het niet duidelijk formuleren: ‘the issue of how genes (and the random mutations of them) produce the variation in nature that is directly responsible for how well an organism does.’. Een vreemde zin. Het artikel gaat over variatie, maar daar wordt geen duidelijke definite van gegeven.

  5. Marleen mei 1, 2012 om 11:27

    Harry, ik heb je op het verkeerde spoor gezet. Een ding is de mutation rate en een ander is random mutation.
    Ten eerste dus: De mutation rate geeft aan hoeveel mutaties er zijn per genoom per generatie. Hoe dit gemeten wordt weet ik niet precies. Het is in dit geval duidelijk dat letale mutaties niet meegerekend worden tenzij er een factor bekend is waarmee de gemeten waarde gecorrigeerd kan worden. Maar het lijkt me wel duidelijk dat deze rate berekend wordt over een regio van het genoom, niet over het hele genoom.
    Interessant uit Wikipedia: SNPs usually occur in non-coding regions more frequently than in coding regions or, in general, where natural selection is acting and fixating the allele of the SNP that constitutes the most favorable genetic adaptation. Dit gegeven zou inderdaad kunnen voortkomen uit het feit dat mutaties vaker letaal zijn in coderende regio’s. Daarom zouden SNP eigenlijk net zo frequent kunnen zijn in coderende als niet-coderende regio’s, maar alleen de mutaties in niet-coderende regio’s blijven over.

    Ten tweede: random mutation is iets heel anders dan mutation rate. Dit is zo’n beetje de duidelijkste zin die ik kon vinden:
    ‘Factors in the environment are thought to influence the rate of mutation but are not generally thought to influence the direction of mutation. For example, exposure to harmful chemicals may increase the mutation rate, but will not cause more mutations that make the organism resistant to those chemicals. In this respect, mutations are random—whether a particular mutation happens or not is generally unrelated to how useful that mutation would be.’

  6. harry pinxteren mei 1, 2012 om 12:19

    marleen,
    Je citaat geeft goed aan wat ik bedoel: ‘SNPs usually occur in non-coding regions more frequently than in coding regions… a) dit weet je nooit zeker, zolang je alleen de SNP’s krijgt die niet negatief zijn: alle eventuele andere SNP’s zijn namelijk weggeselecteerd. Maar b) stel dat inderdaad zo is dat ze echt in bepaalde regio’s frequenter voorkomen dan in andere, dan zit er een patroon in, dan is er dus geen sprake van stachistische onafhankelijkheid. Maar dat kun je niet echt toetsen, weerleggen: want a).
    de rest van het citaat ‘in general, where natural selection is acting and fixating the allele of the SNP that constitutes the most favorable genetic adaptation’, lijkt duidelijk op een of ander patroon, een of andere systematiek te wijzen. Maar dat laat punt a) onverlet: daarom kun je niet. De redenering klopt zo altijd, dat is mijn punt (zie mijn kommentaar op je vorige blog dat nu al tegen de 130 reacties zit).
    Dat bedoel ik
    Maar verder wordt de verwarring alleen maar groter: Variatie in een individu heeft inderdaad geen betekenis, schrijf je in antwoord op Gert.
    Variaties in een populaties bestaan uiteraard, maar zijn die niet gebaseerd op variaties in individuen en in ons geval uitiendelijk in mutaties in SNP’s en zo? Over wat voor variatie hebben jullie het dan?

  7. harry pinxteren mei 1, 2012 om 12:47

    marleen
    de technische term waar ik het over heb is base rate geloof ik: die ken je niet in het geval van mutaties, want alleen de gunstige en neutrale worden doorgegeven. En je kunt die base rate daarom ook niet schatten.
    Dat je meer SNP’s hebt in niet coderende dan in coderende regio’s verbaast me daarom niks: die coderende regios hebben samenhang, zijn dus robuster, en mutaties hebben bijgevolg ernstiger effecten.

  8. Marleen mei 1, 2012 om 13:18

    Harry, het klinkt allemaal zo verwarrend, maar dat kan heel goed aan mij liggen. Mijn conclusie is dat mutatie in elk punt van het genoom even grote kans heeft om voor te komen. De mutaties in coderende regio’s worden vaker weggeselecteerd (letaal of negatief) en de mutaties in niet-coderende regio’s (die dus minder ‘belangrijk’ zijn) worden doorgegeven naar de volgende generatie. De onderzoeker ziet dus alleen de overgebleven mutaties in de niet-coderende regio’s.

    Maar ik zie op het voorgaande blog al dat er meer duidelijkheid is.

  9. Marleen mei 1, 2012 om 13:27

    In Wikipedia staat het volgende: Mutation rates differ between species and even between different regions of the genome of a single species. These different rates of nucleotide substitution are measured in substitutions (fixed mutations) per base pair per generation. For example, mutations in so-called Junk DNA which do not affect organism function tend to accumulate at a faster rate than mutations in DNA that is actively in use in the organism (gene expression). That is not necessarily due to a higher mutation rate, but to lower levels of purifying selection . A region which mutates at predictable rate is a candidate for use as a molecular clock.
    Je ziet dat er voor het berekenne van mutation rates bepaalde regio’s van het genoom worden gebruikt.

  10. harry pinxteren mei 1, 2012 om 15:34

    ja, marleen, ons DNA muteert niet met het ‘oog op morgen’ inderdaad. Dat is de betekenis van ‘randomness ’zoals jij die gebruikte. Mutaties ontstaan onafhankelijk van hun voor – of nadeel, dus van natuurlijke selectie. Variatie is blind, gaat voor adaptatie. Maar ook als er geen foresight is, wil dat nog niet zeggen dat al die 3 miljard nucleoitiden als los zand aan mekaar hangen en alle mutaties willekeurig zijn. Die conclusie kun je niet trekken volgens mij: lethale mutaties worden per definitie niet doorgegeven, maar dat zegt niks over hun oorspronkelijke aantal, hun frequentie van voorkomen. Omdat ik niet de hele base rate heb, kan ik dat niet toetsen, dus kan het ook zo zijn dat ze ueberhaupt heel weinig voorkomen omdat er een of andere systematiek in kan zitten.
    Nieuwe vraag in dit verband: hoe moet ik me genduplicatie voorstellen als nucleoitiden allemaal evenveel kans hebben om te muteren: dan heb je het soms toch over ritsen van ik weet niet hoeveel nucloitiden tegelijk. Dat lijkt sterk op ‘samenhang’ zeg maar.

  11. peter borger mei 2, 2012 om 09:55

    Zoals ik in mijn boek uitvoerig bediscussieerde en de nodige data toonde om mijn beweringen te onderstrepen: NON-RANDOM mutaties geven een iILLUSIE van gemeenschappelijke afstamming. Het is de onderliggende oorzaak voor HOMOPLASIE.

    Zie ook: http://creation.com/images/pdfs/tj/j24_2/j24_2_122-127.pdf

    Er staat ook een inzetje in dit artikel waarin GUToB’s non-random mutaties worden gefedinieerd. Definities zijn belangrijk binnen de wetenschap, want anders weten we niet waar we over praten. Nietwaar?

    PB

  12. peter borger mei 2, 2012 om 09:59

    En sikkelcel anemie aanvoeren als bewijs voor evolutie (welke evolutie???) is natuurlijk onzinnig. Je gaat ook niet beweren dat een gebroken buitenspiegel aan een auto evolutie van auto’s bewijst nietwaar?

    Daarom zijn definities zo belangrijk. Defienieer evolutie eerst eens…

    PB

  13. peter borger mei 2, 2012 om 10:42

    Harry, jouw vraag “hoe moet ik me genduplicatie voorstellen als nucleoitiden allemaal evenveel kans hebben om te muteren: dan heb je het soms toch over ritsen van ik weet niet hoeveel nucloitiden tegelijk”…is in mijn boek Terug naar de Oorsprong behandeld. Het staat bekend als Genetic Uncertainty…en heeft met redundantie te maken.

    PB

    • harry pinxteren mei 2, 2012 om 11:06

      dat moet haast wel, met stochastische onafhankelijkheid valt het moeilijk te rijmen, althans voor mij. Zover ik begrijp is het ook geen detail, want genduplicatie is het belangrijkste argument voor evolutie van (nieuwe) functies. Toch? Mijn punt is dat zo’n manier van redeneren op basis van toeval, nooit te weerleggen is. En inderdaad: er zijn ook allerlei nieuwe functies geevolueerd! Et voila! (die conclusie kun je echt niet trekken, marleen): maar die functies bestaan. Inderdaad. Het genoom wikt en de natuur beschikt!

  14. peter borger mei 2, 2012 om 10:44

    En een afgebroken buitenspiegel geeft nog wel een evolutionair voordeel…je verbruikt namelijk minder benzine…Definities graag, Marleen. Of liever gezegd: Darwinisten definieer uw termen!

  15. harry pinxteren mei 2, 2012 om 11:00

    @Marleen
    je schrijft ‘Variatie daarentegen is moeilijker te definiëren. Variatie wordt bepaald zowel door mutaties als door omgevingsfactoren. “”
    Maar daar hadden we het volgens mij heel de tijd over, wat er precies met variatie bedoeld wordt .
    De ‘definitie’ van Gert en jouw reactie daarop, maakt het er voor een buitenstaander niet duidelijker op. “Variatie in één individu heeft voor mij geen betekenis” schreef gert. En jij bent het er mee eens.
    ik heb er de canonieke teksten nog maar eens even bij gehaald- soms lijkt het inderdaad net op bijbelexegese! “Any variation which is not inherited is unimportant for us” schrijft Darwin. Ik had ook altijd begrepen dat evolutie in je genen zit. Waar anders? Maar kennelijk klopt dat niet.

    Ik hoop dat Gert weer wat mee gaat doen, want je quote hierboven doet wel heel sterk denken aan de discussies die we indertijd al gevoerd hebben nav Fodors boek “What Darwin got wrong’.
    Niet dat we die hele semantische rimram van ‘selection for’ en ‘selection of’ , maar Fodor legde wel de vinger op de zere plek: onduidelijke termen, begrippen.

    Peter, mee eens. Kijk naar die Evolutiepsychologie die alle mogelijke en alle denkbare kenmerken van mensen tot voordeel verklaart: want anders bestonden die niet, waren het weggeselecteerd nietwaar (net als fatale mutaties!) Voorlopig dieptepunt van dit soort darwinian reasoning vind ik de discussie over de vraag waar depressie dan eigenlijk wel niet een aanpassing voor is, lees: toch wel ergens goed voor moet zijn. Dan weet je echt niet waar je het over hebt.

  16. Marleen mei 2, 2012 om 13:51

    Peter, je geeft aan dat er zowel random als non-random mutaties zijn. Je gaat er daarbij van uit dat random betekent dat de nucleotide, insertie of deletie willekeurig is, d.w.z. dat deze in elk punt van het genoom kan voorkomen. Non-random zou volgens jou betekenen dat er sites of genen zijn waar de mutation rate bijzonder hoog (of laag) ligt. Ik hoop dat het tot dusver klopt wat ik zeg.
    Ten eerste is het natuurlijk erg makkelijk om te beweren dat er zowel random als non-random mutaties zijn. Er zijn naar je referenties te beoordelen van de laatsten niet veel voorbeelden. Maar als je beweert dat er non-random mutatie bestaat dan betekent dat simpelweg dat mutatie voor jou non-random is. Het is namelijk een wetenschappelijk standpunt.

    Het probleem is nu dat random mutatie eigenlijk betekent dat deze onafhankelijk is van wat voor effecten het produceert. Dit is de officiele betekenis. Kortom er bestaat geen ‘foresight’. Daarom is het een probleem als je beweert dat mutatie non-random is. Daar moet je mee oppassen want het lijkt er dan op dat mutatie een richting of ‘doel’ heeft.

    Het voorbeeld van sikkelcelanemie was bedoeld om variatie te plaatsten ten opzichte van mutatie, fenotype en natuurlijke selectie. Dat heeft niet veel zin gehad want variatie wordt op allerlei mogelijke manieren gebruikt, dus is daar geen eenduidige definitie van te geven.

    Homoplasie is een geval van convergente evolutie en wordt geobserveerd in soorten die niet verwant zijn. Dus waarom je dat aanhaalt om te laten zien dat homoplasie een illusie van common descent produceert is me niet helemaal duidelijk. Je bewering dat non-random mutaties een illusie van common descent produceren begrijp ik wel, maar ben het er niet mee eens.

  17. Marleen mei 2, 2012 om 13:53

    Harry, ik ben er inmiddels achter dat ‘variatie’ in heel veel contexten gebruikt wordt. Zo heb je variatie binnen een genoom, er bestaat genotypic variation en fenotypic variation. Dit hele blogebricht heeft daarom niet veel zin. Ik ben het eens met Gert omdat dat de meest duidelijke betekenis is. Variation zoals uit je citaat betekent een verandering ten opzichte van de rest van de populatie, dus volgens de betekenis die Gert eraan geeft.

    Evolutie zit inderdaad in je genen, maar de mutaties moeten wel variatie produceren (een meer of minder efficient eiwit, een meer of minder scherp oog) om geselecteerd te kunnen worden.

    Over duplicaties. Je hebt daar een verkeerde voorstelling van. Er is niet een verdubbeling van alle nucleotiden van een gen, maar een heuse plotselinge verdubbeling van een portie DNA die plaats heeft tijdens de meiose gedurende het proces van crossing-over. Er speelt zich een ongelijke crossing-over af waardoor de ene homoloog zonder en de andere met twee kopien zit. Het is een mechanisme dat aan de basis staat van evolutie. Het komt in het bijzonder voor rond sequenties die repeterend zijn. Peter denkt dat duplicaties niet kunnen voorkomen. In zijn wereld is er een oergenoom voor alle soorten dat langzaam afbrokkelt en alles en iedereen zal uitsterven. (Vreemd dat apocalyptische einde steeds).
    Dit is het standpunt van de creationisten: http://creation.com/mutations-are-evolutions-end

    En mijn opmerking voilà staat nog steeds. Wellicht heb je gehoord van het Weasel-program van Dawkins. Het is allemaal minder toevallig dan je denkt:

    The process that drives evolutionary systems — random variation combined with non-random cumulative selection — is different from pure chance.

  18. harry pinxteren mei 2, 2012 om 15:57

    @ marleen
    even snel. kom er verder op terug, maar moet even reageren op dawkins weasel programma.

    Dawkins bewijst helemaal niks: je krijgt uit je computer altijd terug wat je er eerst in hebt gestopt. Hij gaat uit van wat hij nog moet aantonen: namelijk dat de natuur werkt als zijn BASIC of PASCAL als een programmaatje dat een random strings op een non-random manier omzet in betekenis (iets niet randoms).
    Koonin komt met het (oude) idee van ratchets. Dat die bestaan zal blijken uit genoom onderzoek, en hoe ze werken zal de (bio)chemie ons verder leren.
    Is een aparte blog waard!

    “Het is allemaal minder toevallig dan je denkt”schrijf je. Maar ik heb toch niet beweerd dat het een en al willekeur is? Ik denk alleen dat evolutie wat anders in mekaar zit dan darwinisten met hun natuurlijke selectie denken, totdat ze de vragen van Wallace, Greg en Huxley kunnen beantwoorden!😉

    En PASCAL programmaatjes zijn ook geen antwoord. Ze zijn alleen een demonstratie van een idee. Op een computer. Verder niks.

  19. Rob van der Vlugt mei 2, 2012 om 17:15

    Harry,

    “Ik denk alleen dat evolutie wat anders in mekaar zit dan darwinisten met hun natuurlijke selectie denken….”

    Als ik zo vrij mag zijn me te beperken tot de eerste helft van jouw zin: Hoe steekt evolutie volgens jou eigenlijk in elkaar ?

  20. harry pinxteren mei 2, 2012 om 17:32

    natuurlijke selectie is geen ‘guess work’ zoals Goldenfeld en Woese het (dis)kwalificeren, maar om een andere term te grbuiken van hin kritiek op populatiegenetica: het is een ” fenomenologische parameter’ als het die naam verdient want de term is veel te vaag, er valt zowat alles onder van predatie tot adaptatie,zeg maar. al die verschijnselen die onder de term natuurlijke selectie worden benoemd, zijn emergenties. Predatie ontstaat bij een bepaalde graad van organisatie, complexiteit, die voor het darwinisme- een op reproductie georienteerd als het is (Koonin) onverklaarbaar moet blijven. Maar als je complexiteit niet kunt verklaren, wat verklaar je theorie dan? Kijk om je heen, je ziet andere mensen die nog complexer zijn dan jijzelf: grapje van S. Lloyd, maar wel serieus bedoeld.
    Natuurlijk bestaat er zoiets als natuurlijke selectie en er worden nog steeds meer exemplaren van een soort geboren dan er zich kunnen voortplanten en dat verschil in voortplantingssucces is niet willekeurig etc, maar het is allemaal veel te vaag en te politiek. Man Soll nicht Malthus mit der Natur verwechseln, en Darwin had den Geist vergessen (Nietzsche) Dat is wel de kortste samenvatting van de kritiek: of waar komt die eukaryoot met die evolutietheorie vandaan.

    Ik moet het even bij deze SWEEPING STATEMENTS laten vandaag en morgen: minder tijd dan anders. Maar wel genoeg om af en toe wat te roepen!😉

  21. Marleen mei 2, 2012 om 21:48

    Harry, wat zijn de vragen van Wallace, Greg en Huxley precies ?

    Dawkins bewijst inderdaad niets met zijn programma. Hij geeft aan wat er gebeurt wanneer de ‘positieve’ mutaties (letters op de juiste plaats) geselecteerd en dus gefixeerd worden en dat er in dat geval helemaal niet zoveel tijd nodig is om betekenisvolle strings te krijgen. Het is een illustratie, inderdaad de demonstratie van een idee. Dat de selectie van de juiste letters op ‘een non random manier’ gaat is, zoals we al eerder zagen, het non random karakter van natuurlijke selectie. Kortom, het klopt als een bus.

    Wat je bedoelt met dat natuurlijke selectie te politiek is begrijp ik niet. Ook die ‘geest’ van Nietsche is niet duidelijk. Ook de zin die je vaker herhaalt: ‘waar komt die eukaryoot met die evolutietheorie vandaan.’ Wat betekent dat voor jou. Alsof de mens als eukaryoot de evolutie niet zou kunnen begrijpen omdat hij daar deel van uitmaakt ??

    • harry pinxteren mei 3, 2012 om 10:29

      @ marleen
      een hoop vragen en zoals ik al zei, ik reageerde alleen ik even snel met wat soundbites. Dus heb ik inderdaad wel wat uit te leggen. Maar eerst even over Dawkins en zijn computerprogrammaatjes.
      Dat een idee klopt, weet je dus niet als je het alleen maar demonstreert. Wat klopt er als een bus? Dat programma. En ook dat het aansluit bij het idee. Geen wonder want daar ging Dawkins dus juist van uit! (Overigens heeft Gert hier ook uitvoerig over geblogd en ik meen me te herinneren dat Dawkins zelf ook heeft toegegeven dat zijn programma eigenlijk niks bewijst)
      Om te kijken of het idee zelf klopt, dus of mutaties echt random zijn (stochastisc onafhankelijk), moet je op een andere manier werken en rekenen- en moet je anders denken.
      Een voorbeeld van wat ik bedoel is H. Yockey. Of hij goed gerekend heeft kan ik niet controleren, maar het gaat mij nu om het voorbeeld, niet zozeer om de cijfers.
      Yockey schat eerst het aantal mogelijke genetische codes: volgens hem kom je dan op 1.40 x 10^70. (wat geneutische code hier is, weet ik niet precies, maar dat maakt nu even niet uit voor het voorbeeld).
      Vervolgens schat Yockey dat er sinds – nota bene– de Big Bang zo’n 6.3 x 10^15 seconden waren voor die code om te evolueren. Dan zouden er per seconde zo’n 10^55 codes ‘bekeken’ moeten zijn door natuurlijke selectie.
      Nogmaals, het gaat me niet om de berekenig, maar om het idee: om echt te toetsen dat mutaties ueberhaupt willekeurig kunnen zijn, ueberhaupt dus, moet je dit soort berekeningen maken: en het toetsen vandit soort berekeningen, kijken of ze kloppen, is ook wat anders dan programmaatjes schrijven die van dat idee uitgaan, veronderstellen wat ze juist aan moeten tonen (i.c. het het aantal runs, zo’n 50, dat is wat britten ‘the begging of the problem’ noemen: het is alleen om te demonsteren, want het gaat juist over de tijdschaal, het aantal)
      Die 10^55 selecties per seconde van Yockey, zijn onmogelijk. Als zijn cijfers kloppen, ziet er naar uit dat we naast de ‘drempel van Koonin’ ook een Yockey-drempel hebben- tenminste als we uitgaan van stochastische onafhankelijkheid van nucleoitiden in het genoom. Natuurlijk is de drempel overwonnen, anders waren wij er niet om dat te konstateren. Maar kwam dat door natuurlijke selectie van willekeurige mutaties?
      Of de cijfers kloppen kan ik niet nagaan, maar mijn punt is: zoals Yockey, zo toets, i.e. weerleg je theorieen. Niet door uit te gaan van wat je juist aan moet tonen.
      Over die andere punten later meer, heel graag, als je het niet erg vindt. Het zijn langere verhalen. Maar even kort samengevat:
      Der allgemeine Lebenskampf der Lebewesen ist daher nicht ein Kampf um die Grundstoffe – auch nicht um Energie, welche in Form von Wärme, leider unverwandelbar, in jedem Körper reichlich vorhanden ist- sondern ein Kampf um die Entropie, welche durch den Übergang der Energie von der heisse Sonne zur kalten Erde disponibel wird. Ludwig Boltzmann, 1886
      Life is Physics.. een emergentie zoals dat heet. Denk ik: dus natuurlijke selectie is het gevolg van evolutie, in plaats van andersom , dat evolutie het gevolg van natuurlijke selectie zou zijn. NS is niet meer dan een analogieredenering die tot natuurwet is gebombardeerd: universeel darwinisme. Schaarste is een biologisch begrip, geen natuurwet. Dat bedoelde Nietzsche. Zijn ideeen van de Geest zijn niet zo kort samen te vatten. En Wallace, Huxley en Greg stelden ieder op hun manier de grenzen vast van de theorie van de natuurlijke selectie, maar ze kwamen allemaal uit bij onze hersens: die kun je niet zondermeer vergelijken met n’ímporte welk ander orgaan, want ze produceren geen gal of urine oid, maar bits!
      (zover een korte samenvatting van wat volgt😉 )

    • harry pinxteren mei 3, 2012 om 10:39

      sorry voor de storende typfouten
      en bits dat moet natuurlijk informatie zijn, nee, ‘explanations that transform the world’ (David Deitsch, maar al een punt gemaakt door Greg in zijn On the failure of ‘natural selection’ in the case of man,
      1868http://scienceblogs.com/evolvingthoughts/2009/02/natural_selection_fails_with_m.php

      (Ik heb trouwens ook nog een hoop vragen!)

  22. Marleen mei 3, 2012 om 13:00

    Harry, we kunnen beter niet in herhaling vervallen, maar ik had in bovenstaande reactie ook al opgemerkt dat Dawkins’ programma niets bewijst. Het gaat in zijn programma niet om de random mutaties, er wordt nl. van uit gegaan dat die er zijn. Wat het daarentegen wel demonstreert / illustreert is hoe natuurlijke selectie, door het fixeren van mutaties, ervoor kan zorgen dat er veel minder tijd nodig is voor evolutie van eigenschappen als men zou denken dat natuurlijke selectie of niet bestond of random was. Dat is alles. Natuurlijke selectie is blijkbaar de enige oplossing als men uit zou moeten gaan van de cijfers van Yockey. Want als zijn cijfers kloppen dan zouden wij er niet zijn. Natuurlijke selectie is de enige mogelijke verklaring, tenzij je of ID toelaat, of forsight in mutaties toelaat, maar dat zijn we toch niet van plan ?
    Een ander alternatief waardoor evolutie zou kunnen accelereren is dat er mechanismen bestaan die evolutie zelf boosten, zoals non-random mutation rates daar de basis van zouden kunnen vormen. Toch moet je in dat geval ook een eerste code hebben waar alles mee begint. En dat is geloof ik het probleem met cijfers als die van Yockey en drempels als die van Koonin.
    Het is daarom belangrijk om onderscheid te maken tussen evolutie en abiogenese, anders wordt het allemaal erg verwarrend. Als je gaten wilt schieten in Darwinian reasoning en natuurlijke selectie dan moet je je beperken tot evolutie nadat de code gevormd was. Daar hebben cijfers en drempels niets mee te maken.
    Heb je het daarentegen over abiogenese dan heeft het niet veel zin om kritiek te hebben op Darwin, want die heeft dat probleem nooit bekeken. Hij ging niet verder dan een UCA, Universal Common Ancestor.

    Bedankt voor je link. Ik heb er stukken uit gelezen en de laatste zin vat het mooi samen. ‘The deterioration of the physical constitution’ daar heeft Gert ook al over geblogd (eigenlijk meer over de achteruitgang van ons genoom). Daar kan ik me niet echt heel druk over maken. Onze moraal zorgt er nu eenmaal voor dat we zoveel mogelijk levens redden en dat is maar goed ook.

  23. harry pinxteren mei 3, 2012 om 14:56

    marleen, kijk, dat is nou het probleem als je beknopt probeert te zijn: mijn punt met Greg is niet onze moraal en zijn sociaal darwinisme (waar hij ide echte grondlegger van is), maar zijn opmerking die ik hier maar even helemaal weergeef, nou we het er toch uitgebreid over hebben:

    He adapts himself, just as they do, to the altered conditions of external nature, but he does it by mental not by bodily modifications. As with them, so with him, the best adapted to surrounding circumstances, the most in harmony with the imperious necessities of life, surmount, survive, and multiply; but in his case the adaptation is made and the harmony secured by intellectual and moral efforts and qualities, NB which leave no stamp on the corporeal frame (eind NB). As with them, inferior varieties and individuals succumb and die out in the eternal and universal ‘struggle for existence;’ only, in the case of man, the inferiority which determines their fate is NB inferiority not of muscle, of stomach, or of skin, but of brain.
    ( ik weet niet hoe jij cursief en of vet aan kunt geven hier, want mij lukt het niet. Vandaar die NB)

    Ofwel: man, by the mere capacity of clothing himself, and making weapons and tools, has taken away from nature that power of changing the external form and structure which she exercises over all other animals.

    Er is hier nog veel meer over te zeggen, en ook over je andere punten , maar eerst dit misverstand maar eens. Het gaat om Gregs idee dat hersens niet zomaar een orgaan zijn. Wil je een beetje evolutionaire psychologie hebben, dan zul je daar ook niet omheen kunnen. Tenzij je menselijk gedrag wil beperken tot ‘mating behavior ‘etc (maar misschien moest je dan maar beter een goed boek over de geschiedenis van de seksualiteit lezen) of helemaal in adaptationistische termen wil verklaren, zoals depressie bijvoorbeeld.

    verder toch even over Yoceky: het feit dat wij bestaan bewijst niet dat zijn cijfers niet kloppen. Dat is juist zijn hele punt: het bewijst dat natuurlijke selectie ueberhaupt niet eens genoeg tijd gehad om al die mutaties te fixeren- tenminste, gesteld dan dat zijn cijfers kloppen. Maar dat is dus te onderzoeken. Dat was mijn punt! Ik weet ook wel dat je met dit soort grote getallen en drempels inderdaad op moet passen. Maar daarom zijn ze nog niet onzinnig zijn, zelfs gezien het onderscheid tussen biologie en abiogenese! En ik snap ook wel dat de weg van fotonen naar neuronen een beetje al te lang kan worden, en dat we overmorgen nog niet klaar zijn met de uitwerking van Boltzmanns idee! Enfin het komt vast nog wel eens in ander verband ter sprake. want ik had ook nog een paar vragen!

  24. Rob van der Vlugt mei 3, 2012 om 15:10

    Harry,

    Je zegt in je reactie van 10:29 dat het je niet om de cijfers gaat maar om het idee (Yockey’s idee).
    Toch is het getal 1,4 X 10^70 wel van enig belang lijkt me, als Yockey stelt dat de tijd te kort is om uit zoveel genetische codes die ene die we nu kennen door middel van selectie te laten ontstaan.
    Eerder hadden we hier al bedacht dat iets alleen voor selectie in aanmerking komt als het ook bestaat.
    Acht jij de onmogelijkheid die hier geschetst wordt in enig verband staan met de werkelijkheid ?

    • Rob van der Vlugt mei 3, 2012 om 15:21

      Ik bedenk me nu dat als ik de kans dat ik überhaupt geboren ben, precies op het moment dat mijn moeder beviel van haar enige zoon en dat ook nog in het kraambed waarin ik het eerste levenslicht zag, zou laten uitrekenen door Yockey, mijn aanwezigheid hier op aarde een waar wonder mag heten.

    • harry pinxteren mei 3, 2012 om 20:33

      rob
      je aanwezigheid hier is ook een wonder!

  25. Marleen mei 3, 2012 om 17:14

    Harry, Yockey bekijkt de universele code, d.w.z. de code in het DNA: de drieletterige codons die elk voor een aminozuur coderen. http://www.mun.ca/biology/scarr/MGA2-03-28.jpg

    Hij beweert dat deze optimaal is (dat klopt !!) maar dat de leeftijd van het universum niet genoeg is om al de verschillende codes één voor een uit te testen. Hij maakt ook de fout te denken dat de code zich ontwikkelde in een cel en dat een cel ze niet uit kan proberen omdat deze dood zou gaan.
    Allemaal foute assumpties.
    Wat betreft het laatste punt wordt over het algemeen aangenomen dat er eerst een code was en daarna pas een cel. Je hebt vast wel van de RNA-wereld hypothese gehoord. In deze wereld bestaan er strengen RNA en wellicht wat aminozuren. De strengen RNA ondergaan ook een ‘struggle for life’. De meest stabiele en de meest efficiente kopieerders ‘winnen’ het van de langzame en minder stabiele RNA-moleculen. Dat betekent net zoals in het programma van Dawkins dat laat zien hoe door natuurlijke selectie niet alle codes uitgeprobeerd hoeven te worden om er de beste uit te pikken. Niemand ‘weet’ overigens wat de beste is ! De code die geevolueerd is blijkt de beste te zijn en evolutie wordt bepaald door natuurlijke selectie.
    Hij houdt dus geen rekening met natuurlijke selectie.

    Bovendien is het jereinste ID-taal en creationisme. De man denkt nu bewezen te hebben dat God bestaat. Het verbaast me dat je als wetenschapper daar mee komt.

    • harry pinxteren mei 3, 2012 om 22:11

      marleen, alsof de duvel er mee speelde, maar toen ik je hier wilde antwoorden, crashte mijn IE, een paar keer achter mekaar zelfs! act of god?😉
      in ieder geval, als Yockey denkt dat hij kan bewijzen dat god bestaat, heeft hij een paar dingen inderdaad niet goed begrepen.

      Maar bedankt voor de link. Ik ga het verder bekijken. Ik denk dat dit soort berekeningen meer zicht kunnen geven op de vraag of mutaties willekeurig zijn, dat ueberhaut kunnen zijn- en ook verhelderend kunnen zijn over het punt dat ‘door natuurlijke selectie niet alle codes uitgeprobeerd hoeven te worden om er de beste uit te pikken’.
      Dat blijft lastig. Wat de beste is, blijkt namelijk alleen achteraf. En, of je het nu fixeren van mutaties noemt, of natuurlijke selectie, of survival of the fittest, het klinkt allemaal erg als tautologie zoals in “De code die geevolueerd is blijkt de beste te zijn en evolutie wordt bepaald door natuurlijke selectie” . Misschien is dit dan geen ‘evidente tautologie’ zoals Goldenfeld en Woese het noemen, maar toch. Ook wat Dawkins betreft blijven we langs mekaar heen praten: hij laat iets zien over zijn programma, hij laat zijn analogie redenering op een computer draaien zeg maar. Meer niet.

      Terecht dat je ‘struggle for life’ in die RNA wereld tussen aanhalingstekens zet, want overleven daar lijkt me alles te maken te hebben met chemische wetten en met natuurwetten en constraints. En ‘efficiente kopieerders’ die ‘winnen’, dus ook. Ik ben geen chemicus, maar dat de rhodopsinen en andere micro organismen die Greg Venter in 2007 in de Saragossa zee vond zo ‘geschikt’ zijn voor fotosynthese (en in onze ogen een cruciale rol spelen bij de photoreceptie in de retina) dat is scheikunde – en vooral quantum mechanica (fotosynthese). Dat heeft niks met natuurlijke selectie, met winnen, met adaptatie, met fittest etc te maken al kan er best de nodige trial and error aan te pas zijn gekomen, wat overigens nog maar te bezien valt. DNA is voor mij ook zoiets: chemie en natuurkunde. En dat ik dit kan typen, is dat uiteindelijk ook. Dat was overigens het probleem waar Huxley op wees: hoe kan dat in godsnaam? (Huxley gebruikt de metafoor van alladin en de (geest uit de) lamp).
      Van molecule to man. Dat is een heel eind, dat weet ik ook wel. Maar ik ben niet de enige die die vraag stelt. Ik zie ook niet in wat een analogie en een term als meem hier ueberhaupt toevoegt. Maar nou val ik weer in herhaling!😉
      (

  26. Marleen mei 3, 2012 om 17:25

    Dat selectie zich bij de mens richt op het brein is een idee dat me niet verrast. (Het brein zit immers vol met memen zagen we eerder die er de fitness van bepalen).

    De bold karakters doe je met haakjes en een b. Om te openen met daartussen een b voor bold. Om weer terug tegaan naar gewone tekst /b tussen diezelfde haakjes. Hetzelfde geldt voor italics met een i in plaats van een b.

    • harry pinxteren mei 3, 2012 om 20:40

      Marleen jij zegt ‘Dat selectie zich bij de mens richt op het brein is een idee dat me niet verrast. (Het brein zit immers vol met memen zagen we eerder die er de fitness van bepalen)’
      Het punt is juist dat Greg het niet zozeer over het brein heeft, als wel over de inhoud, over wat er in zit. Dat komt niet alleen uit je genen.
      en wat memen toevoegen aan verklaring, toegevoegde waarde hebben, heb jij me nog steeds niet uit kunnen leggen: vervang meem eens door idee- wat is dan het verschil?

    • harry pinxteren mei 3, 2012 om 20:42

      verschil: = wat verklaart de term meem dan meer dan het woord idee?

  27. Marleen mei 4, 2012 om 10:44

    Harry, soms krijg ik het idee dat je denkt dat ik met kreten goochel, en maar wat napraat. De termen die gebezigd worden zoals random mutaties, natuurlijke selectie, survival of the fittest, betekenen echt wat, het zijn geen holle kreten. Maar ik wil je nogmaals op het hart drukken dat het programma van Dawkis niets zegt over wel of niet random mutaties, hij gaat nl. uit van random mutaties, dat staat niet ter discussie. Het programma illustreert dat met natuurlijke selectie er veel minder tijd nodig is om tot een betekenisvolle string te komen. Daar gaat het om. Dat is geen tautologie, dat is gewoon een illustratie van hoe natuurlijke selectie werkt.
    Ook de rhodopsinen in de bacterien van Venter komen voort uit natuurlijke selectie. Denk je echt dat fotonen en chemie alleen tot de constructie van een eiwit kunnen komen ? Dat kan niet. Als dat zo was dan hadden we rhodopsine allang from scratch kunnen maken.

    Over de code: je zegt: wat de beste is blijkt namelijk achteraf. Dat is precies wat ik al zei. Wij kunnen a posteriori vaststellen dat de universele code de beste is. Dat is precies de denkfout die Yockey maakt: er is geen enkel mechanisme (wat voor een ding is dat ?) denkbaar dat alle mogelijke codes ‘naloopt’ en daar de beste uitkiest. Dat ding bestaat eenvoudigweg niet.

    Greg heeft het over de inhoud van het brein en dus over memen / ideeen, dat komt inderdaad niet alleen uit je genen.
    Een idee is iets creatiefs, dat je spontaan krijgt terwijl een woord meme veel meer te maken heeft met iets wat doorgegeven wordt of waarmee je ‘besmet’ wordt. Voor mijn part blijf jij over idee praten en ik over meme, het maakt niet veel verschil.

    • harry pinxteren mei 4, 2012 om 14:16

      @ marleen
      Het tegendeel is waar. Als je dat idee hebt, sorry. Toch praten we nog langs mekaar heen, merk ik ook nu weer aan je antwoord.
      Vergeet niet dat ik praat vanuit de evolutiepsychologie. Misschien kan mijn (gmail) reactie over Bolhuis, Wynne en de Waal meer duidelijk maken. Ik matig me geen oordelen aan over iets waar ik geen verstand van heb. Ik probeer alleen wat hard te ‘duwen’ om voor mezelf zoveel mogelijk duidelijk proberen te krijgen en te leren waar de gaten zitten.
      Misschien kan ik in aanvulling op Bolhuis en Wynne, het beste even S. Pinker citeren, de Dawkins van de evolutiepsychologie:
      To test an adaptive hypothesis, one needs to set out the engineering specs of an optimal system for attaining the specified goal (which ultimately must be a subgoal of reproduction) in the organism’s environment. Crucially, to avoid circularity, the engineering analysis must invoke principles independent from the trait one is trying to explain—principles which may come, depending on the trait, from physics, chemistry, ecology, physiology, population genetics, game theory, network theory, the theory of computation, and so on. Then one empirically compares the engineering specs with the actual properties of the trait in question: the closer the match (particularly for improbable features of the trait), the greater the confidence that the nonrandom organization of the trait is the product of a history of selection.
      Wat Pinker hier volgens mij zegt, is dat als termen als adapatatie, natuurlijke selectie etc ‘leeg’ blijven, dus circulair als je ze niet ‘opvult’ met chemie etc. En dat geldt dus a fortiori voor de EP. Dat is een probleem, want die kan niet van memen, terug naar neuronen en naar atomen. Het voorbeeld door Bolhuis en Wynne van die voedselverbergende vogels en hun hippocampus, is duidelijk. Als je het over menselijk gedrag hebt is het probleem nog groter. Kortom die stamp on the corporeal frame is lastig te vinden. Ofwel, dan blijft er niet meer over dan, ‘nomenclature that will not advance our understanding of the mechanisms of cognition’ zoals Bolhuis en Wynne het formuleren Daar zijn talloze voorbeelden van te geven.
      Maar dit is geen blog over de makke van EP. Ik probeer hier bij jou (en ook bij gert), de omgekeerde route: kijken hoeveel er eigenlijk overblijft van nomenclatuur waarmee de EP nu al jaren in cirkeltjes ronddraait, als je kijkt naar de harde takken van de evolutiesport, de echte wetenschap die wel ‘opvult’ : dna, chemie etc. Functioneren, werken, daar diezelfde begrippen wel goed, dus verhelderen ze, voegen ze toe wat ze moeten verhelderen, toe moeten voegen, of niet? kortom doen ze daar wel wat je van wetenschappelijke termen mag verwachten? En ik probeer daar achter te komen door hard te ‘duwen’.
      Twee voorbeelden:
      Ik ben geen chemicus, dus mijn kritiek is ook niet die van een chemicus. Maar dat we nog geen rodopsine kunnen (na)maken is geen argument. De vraag is hoe lang het zal duren voor we het wel kunnen. Venter heeft er in ieder geval al minsten 600 miljoen venture capital voor gemobiliseerd. Nou weet ik ook wel dat de meest geavanceerde technologie op dit gebied (de MAGE techniek van G. Church) vooralsnog vooral werkt door snelle computers en hun trial en error, dus brute kracht. Maar nieuwe slimmere en snellere technieken zijn in ontwikkeling, en worden ook al gebruikt.
      je zegt over memen, whatever, gebruik de term die je wil: ‘het maakt niet veel verschil’. Precies wat ik ook zeg: “meem” is een goed voorbeeld van ‘nomenclatuur’.

    • harry pinxteren mei 4, 2012 om 14:17

      andere haakjes dus!

    • harry pinxteren mei 4, 2012 om 15:18

      nee, ze werken nu ineens wel!

  28. harry pinxteren mei 4, 2012 om 14:31

    @ marleen.
    het is ook steeds zoveel wat we overhoop halen. Neem nou alleen dat punt van dat a posteriori en je opmerking dat er geen mechanisme is dat de beste van alle mogelijke opties kiest. Daar hebben we met gert weken over geblogd, nav het boek van Fodor en Piatelli-Palmarini. Natuurlijk is er geen ‘mother nature’, maar er is wel een of ander ‘mechanisme’, want het werkt niet louter willekeurig. Darwin gebruikt in dit verbamd de metafoor ‘scrutinizing’. De moleculaire biologie, genetica, nou ja de dna jongens en meisjes, zullen die metafoor uiteindelijk helemaal opvullen- al dan niet conform het idee van Goldenfeld en Woese. Dan weten we hoe het precies werkt.

    Benieuwd wat die evolutiepsychologen dan intussen op weten te vullen om hun cirkels te vermijden!

  29. Marleen mei 4, 2012 om 15:47

    Harry, de termen als natuurlijke selectie, adaptatie (die ik overigens erg moeilijk vindt omdat het een actief proces veronderstelt) zijn in de biologie niet zo leeg als in de EP. (Adaptatie komt van van ‘adattare’ =aanpassen, er is niets dat zich actief aanpast, een soort wordt gestroomlijnd door selectie en past daardoor beter in zijn omgeving, dat is een passief proces).
    Ik begrijp niet goed waarom je eerder al over rhodopsinen bent gaan praten. Er zijn onnoemelijk veel complexe moluculen met uitzonderlijke functies die heel overvloedig op aarde aanwezig en net zo goed geevolueerd zijn als alle andere als gevolg van natuurlijke selectie. Dus het is me niet duidelijk wat er zo bijzonder is aan dit molecuul in deze context.

    De evolutie van macromoleculen zoals het RNA of DNA zijn ook onderhevig (geweest) aan natuurlijke selectie. Om Yockey weer te bekijken moeten we toch terug naar af. Wat ik bedoel is dat er geen mechanisme bestaat dat alle mogelijke codes langsgaat tot de laatste variant en dan met het overzicht op alle mogelijke codes er de beste uit kiest. Dat zie je toch ook wel in dat zoiets onmogelijk is. Maar dat is wat Yockey wel vertelt.
    Het mooie aan het simpele programmaatje van Dawkins is dat het echt laat zien wat natuurlijke selectie doet op moleculair niveau nog wel. Wat wil je nog meer ? Je zou echt de basen / nucleotiden willen zien verspringen, muteren en geelimineerd zien worden door natuurlijke selectie. Ook dat is onmogelijk.
    Je schrijft dat er natuurlijk geen ‘mother Nature’ is, maar dat er wel een mechanisme moet zijn. Dat mechanisme is natuurlijke selectie Harry en dat is een heel precies mechanisme. Het is niet zo dat evolutie alleen werkt met natuurlijke selectie, maar natuurlijke selectie is er wel een belangrijke motor van.

    De ‘bold’ cahracters heb ik voor je veranderd. Je moet de ” haakjes gebruiken…

  30. harry pinxteren mei 4, 2012 om 17:55

    marleen, de ethymologie van de meeste termen is me wel duidelijk: adattare is de verbastering van het latijnse adapto (van apto wat niet alleen bevestigen en zo betekent, maar, nog erger!, ook passend maken). Dat het een lastig begrip is, hoef je mij ook niet uit te leggen (zie boven). En we raken er ook niet over uitgepraat! Zo is het bijvoorbeeld maar de vraag in hoeverre je hier over een passief proces kunt praten- zelfs op het laagste, moleculaire niveau blijken feedback mechanismen te bestaan ‘informatie die ‘teruggaat’ – heb ik wel eens gelezen.

    Ik weet dat er heel veel complexe moleculen zijn. Alleen had ik over rodopsinen wel eens wat meer gelezen (ivm de retina) en ze zijn in deze context volgens mij ook relevant- tenminste als ik Venter goed heb begrepen: het zijn zowat de meestvoorkomende fotosynthesemachientjes die we kennen. En die doen niet aan darwinistische selectie. Ze kennen ook geen schaarste, want fotonen genoeg!. Laat ik het zo zeggen: ze zijn eerder een tegenvoorbeeld van darwinistische evolutie, ze doen namelijk aan HGT (niet aan descent with modification, verticale gen transfer) en ze passen ook niet in darwins TOL ( zie bijv Woese, en Koonin). Dus vandaar dat ik ze noemde. Om misverstand te voorkomen: er zijn heel veel van dit soort organismen, het grootste deel van de totale biomassa, heb ik me laten vertellen. Maar daar ken ik de naam niet van en van rodopsinen toevallig wel. Meer niet. Natuurlijek selectie is als je het in termen van TOL bekijkt, maar het topje van de ijsberg, zo gezegd.

    Los van de discussie over de juistheid van zijn getallen of bedoelingen was mijn punt dat berekeningen als die van Yokey (en van Koonin en ook die over Hamlet) meer duidelijk maken dan dawkins programmaatje. DAT je het toeval een handje kunt helpen, zelfs in BASIC en in PASCAL, dat wisten we al. Laat ik het zo proberen te formuleren: Als ik een programma maak dat gegeven het hele alfabet in n’importe hoeveel stappen, een hamlet produceert, wil dat nog niet zeggen dat ik daarmee aantoon wat er in het hoofd van Shakespeare gebeurt. Ik toon alleen aan DAT dat geen random , willekeurig, proces is. Maar dat wisten we al- anders was er geen Hamlet! A posteriori redeneringen kun je altijd rond maken.. dat is mijn hele punt. En soortgelijke berekeningen kun je ook over het genoom maken- al maakt Yockey er een potje van.

    Verder: om echt te weten wat er in het hoofd van Shakespeare gebeurt zul je er in moeten kijken. Met fMRI scans zie je nog steeds geen grammatica’s en lexicons, laat staan creativiteit (of de vrije wil, die is ook niet te zien, volgens Swaab!). Maar in het genoom kun je wel van alles zien (en meten en weten en exxperimenteren,- en in steeds meer detail, en er zijn ook steeds betere modellen. Wat met het genoom gaat lukken, kunnen we voorlopig wel vergeten als het om ons connectoom gaat. Dat is niet alleen een kwestie van technologie, maar ook van terminologie, begrip:
    Although biological and cultural evolution are described by the same underlying theory, the mechanisms of transmission, variation and selection are all very different. That makes the resulting ‘natural histories’ different too. “b” There is no close cultural analogue of a species, or of an organism, or a cell, or of sexual or asexual reproduction. “/b”
    Genes and memes are about as different as can be at the level of mechanism and of outcomes; they are similar only at the lowest level of explanation, where they are both replicators that embody knowledge and are therefore conditioned by the same fundamental principles that determine the conditions under which knowlegde can or cannot be preserved, can or cannot improve´. David Deutsch, The beginning of infinity 2011, 372

  31. Marleen mei 4, 2012 om 20:21

    Harry, Het Weasel programma illustreert de werking van natuurlijke selectie met een string letters van een zin uit Hamlet. Het illustreert hoe random mutaties gefixeerd worden door natuurlijke selectie en hoe daardoor evolutie veel sneller en efficienter verloopt dan als het allemaal bij puur toeval gebleven was. Elke letter die op de goede plaats valt wordt gefixeerd en na 40 ‘generaties’ staat de hele zin er. Echt waar, op Wikipedia vind je er alles over. Het heeft niets te maken met een a posteriori redenering. Het is de enige manier om met weinig woorden duidelijk te maken wat natuurlijke selectie precies doet. Meer valt er niet te zeggen over natuurlijke selectie.

    Craig Venter geeft aan dat er zoveel verschillende soorten microorganismen in de oceaan zitten terwijl als er selectie was zouden er veel minder soorten moeten bestaan. Hij twijfelt daardoor ook aan een common ancestor.

    Verder mooi citaat van David Deutsch.

  32. harry pinxteren mei 4, 2012 om 22:03

    @ Marleen
    Ik weet WAT het programma van Dawkins doet en ook wat Wiki er over zegt: Dawkins … has point(ed) out that the program was never intended to model biological evolution accurately, and that he very specifically described it as an artificial selection process from the outset…. It was only meant to demonstrate the power of cumulative selection as compared to random selection, and show the complete unrealism of the popular notion of natural selection as “monkeys pounding on typewriters”. These cautions need to be borne in mind as a qualification of Dawkins’ enthusiastic rhetorical use of the model in The Blind Watchmaker. sic

    Geen enkel computermodel of – simulatie emuleert welk proces dan ook ‘accuraat’, laat staan dat het iets bewijst . Er komt namelijk alleen uit wat je er in hebt gestopt. Since the output is implicit in the input, no computation ever generates information. Nog sterker, zoals Landauer en Bennett in The Fundamental Physical Limits of Computation (1985) ook laten zien, veel berekeningen zijn gebaseerd op’ information destruction: the expression 2 + 2 contains more information than the expression = 4’ Dat is een ongelooflijk fundamenteel punt. Maar ik kan het je niet goed uitleggen. Althans niet beter dan hierboven.

    Venter haalde ik aan omdat hij probeert rodopsines na te maken, dat wil zeggen hun fotosynthese Wat hij verder over een common ancestor zegt, weet ik niet, maar hij is niet de enige die dat beweert. Voor een discussie over natuurlijke selectie maakt dat niet veel uit volgens mij.

    Het gaat er, denk ik, niet om of een citaat mooi is, maar of het houdt snijdt. Jij ziet wel een duidelijke analogie waar hij- en ik ook- er helemaal geen zien, of alleen op het allerlaagste niveau: replicatie en kennis. Maar dan zijn, omgekeerd, genen net zo goed memen! Overigens is Deutsch, niet alleen (een van de belangrijkste) theoretici van quantum computing, maar ook overuigd darwinist. Zijn hoofdstuk over memen heb ik trouwens nog steeds niet uit. Maar ik hou je op de hoogte!

  33. Marleen mei 5, 2012 om 18:38

    Harry, je citeert een stukje uit Wikipedia over het Weasel program: ‘It was only meant to demonstrate the power of cumulative selection as compared to random selection’. Dat klopt en dat is precies wat ik al vier reacties lang volhoud en beweer. Zouden we het dan eindelijk eens kunnen worden dat het programma laat zien hoe natuurlijke selectie te werk gaat. Je zegt dat je weet wat het programma doet. Als je dit weet waarom blijft natuurlijke selectie voor jou dan zo’n hol begrip ?? Het is precies het mechanisme waar je naar op zoek bent nota bene.

    Misschien kun je het niet uitleggen want het lijkt mij niet onmogelijk dat een computer informatie genereert. De computer die Kasparov versloeg was in staat dingen te doen die de computerprogrammeurs van het schaakprogramma nooit hadden kunnen doen. (Maar dat gebeurde na je aangehaalde citaat). Zo zijn er vast wel meer voorbeelden. Modellen beschrijven de werkelijkheid en alles wat erin gestopt is komt eruit. Dat klopt, maar een computer kan wel dingen laten zien die wij zelf nooit zouden kunnen zien. Dawkins had het weasel programma ook met de hand kunnen uitrekenen, met hetzelfde resultaat. (Het gaat immers om slechts zo’n 40 generaties.) Het heeft dus eigenlijk niets met computers te maken !!

    Ik begrijp wel waarom je over Venter vertelde. Voor de duidelijkheid, rhodopsine is een eiwit dat gevoelig is voor fotonen en is dus geen microorganisme. Het eiwit, blijkt uit Venters onderzoek, is in bijna alle bacterien die hij uit de oceaan opviste aanwezig. Het verhaal is wel degelijk van belang voor natuurlijke selectie. Er bleken in de blauwe wateren van de oceaan bacterien te zitten waarvan de rhodopsinen gevoelig zijn voor blauw licht, terwijl er langs de kust, in de groenere wateren, bacterien met rhodopsinen leven die gevoelig waren voor groen licht. Dat is duidelijk een voorbeeld van natuurlijke selectie. Tegelijkertijd zag hij een populatie bacterien met een enorme variatie, hij aarzelde om het soorten te noemen maar wat hij vreemd vond is dat er geen enkele van deze organismen domineerde, iets wat volgens natuurlijke selectie wel het geval zou moeten zijn. Dit laatste is de reden dat je het aanhaalde wellicht.

    Ik ben erg benieuwd naar wat David Deutsch zegt over memen. Een ding is zeker, als hij er een hoofdstuk aan wijdt is het voor hem een onderwerp van groot belang.

    • harry pinxteren mei 6, 2012 om 14:24

      Marleen
      natuurlijke selectie is een term die ‘opgevuld’ moet worden zoals S. Gould al ooit opmerkte. Zie ook wat S.Pinker zegt. maar de natuur werkt niet met pascal en basic, laat staan, uiteindelijk met machinecode, zoals computers, maar met moleculen, DNA, eiwitten etc.

      “”Zouden we het dan eindelijk eens kunnen worden dat het programma laat zien hoe natuurlijke selectie te werk gaat.” Dawkins laat zien hoe natuurlijke selectie zou kunnen werken, en met name dan het idee van ratchets ivm gerichte randomness. Het is een demo, dat zegt Wiki bijna letterlijk. ( punt is: bovendien een demo die uitgaat van wat nog te bewijzen, nog aan te tonen, valt. En aangezien de natuur niet met machinecode maar met eiwitten werkt, zal dat dus met genetica en zo moeten). Dawkins programma heeft inderdaad zelfs weinig met computers en al helemaal niks met informatica te maken: wat hij wil laten zien, wil demonsteren, had hij inderdaad met de hand had kunnen doen. Je zegt het .

      Het programma dat Karpov versloeg (deep blue) was – niet denigrerend bedoeld- niet meer dan een zeer flexibel, zeer snel, maar vooral gigantisch groot schaakkennisbestand dat via een aantal heel handige zoekstrategieen maar vooral ook door pure brute kracht (brute force) zetten genereert. Zon tig miljard per sec. Een ding weten we dus zeker: geen schaker in de wereld die het zo doet! Er zijn in de AI vroeger wel zogenaamde intelligente prgramma’s en theorem provers gebouwd. Daar zou meer uit moeten komen dat je er in stopte. Maar veel heb ik daar niet meer van gehoord: en zodra er een programma is gebouwd dat echt creatief is – want daar hebben we het hier eigenlijk over, over creativiteit, wat dat ook mag zijn- dan staat dat echt wel op de voorpagina’s van alle kranten. Denk ik. Nog niet gezien. Dus. Of jij wel?

      Natuurlijk kan een computer dingen laten zien die we zelf nooit kunnen zien. Zelfs vergelijkingen oplossen die wij niet voor mekaar krijgen, maar het blijft in principe allemaal om dat = isgelijkteken draaien. En zoals Landauer en Bennett opmerkten laat dat ook zien dat we zo ook informatie kunnen weggooien: 2+2 is namelijk wel 4 maar als we alleen 4 hebben, overhouden, hebben we nu automatisch 2 en 2. Misschien moest het wel 3 plus 1 zijn, of 100- 96 of zo etc. etc. Oneinding veel mogelijkheden- heel veel informatie weg dus. Ach, weet je, die rare eukaryoten met of zonder hun computers, je raakt er niet over uitgepraat!

      Nee ik haalde Venter aan omdat ik zijn verhaal tegenkwam in een discussie van kritische evolutiemensen ( S. Lloyd, F Dyson, G, Church en nog een paar van die lui) en omdat ik het een mooi verhaal vond: omdat wij zien dankzij dezelfde soort eiwitten. Zoiets vind ik echt fantastisch en ik denk dat daar ook ergens de convergente evolutie van het oog begint.

      Ik zou zeggen dat Deutsch al duidelijk genoeg is geweest over memen. Hij blijft de term wel gebruiken, maar geeft er zo’n draai aan dat er weinig meer van het oorspronkelijke idee overblijft: het gaat hem ook niet om replicatie van kennis, maar creatie: hoe kom je aan een meem to begin with, in the first place, zeg maar? Maar ik hou je op de hoogte. Deutsch is sowieso een interessant figuur. VInd ik.

Praat mee en laat hier uw reactie achter

Vul je gegevens in of klik op een icoon om in te loggen.

WordPress.com logo

Je reageert onder je WordPress.com account. Log uit / Bijwerken )

Twitter-afbeelding

Je reageert onder je Twitter account. Log uit / Bijwerken )

Facebook foto

Je reageert onder je Facebook account. Log uit / Bijwerken )

Google+ photo

Je reageert onder je Google+ account. Log uit / Bijwerken )

Verbinden met %s

Zwervende gedachten

Een filosoof over argumentatie, biologie, handelingstheorie en wat hem verder invalt

Jonas Bruyneel

Literatuur/Journalistiek/Muziek

mjusicamanti.wordpress.com/

per amanti della vera musica

SangueVivo

Ancora solo un battito in più

Microplastics

INTERREG MICRO PROJECT

Scientia Salon

Philosophy, Science, and all interesting things in between

Infinite forme bellissime e meravigliose

si sono evolute e continuano a evolversi

Vita da simbionte

perché collaborare è talvolta meglio che combattere

Meneer Opinie

Altijd een mening, maar niet altijd gehinderd door kennis van zaken

The Cambrian Mammal

An evo-devo geek's scientific meanderings

Evolutie blog

bij dezen en genen

The Finch and Pea

The Public House for Science...

voelsprieten

* wonder van het alledaagse *

the aphid room

All about aphids... not simply bugs|

kuifjesimon

Just another WordPress.com site

The Amazing Comics Men

Comics by Dutch cartoonists Jan the Stripman & Wim the Mysterious Helpman

Barbara Jansma

Prenten, spotprenten en schilderijen

%d bloggers op de volgende wijze: