Op zoek naar de klepel

bij dezen en genen

Junk-DNA

Junk-DNA, ofwel niet-coderend DNA, is DNA waarvan de functie niet bekend is. Zo’n 95% van het DNA wordt als ‘junk’ beschouwd. Slechts 2% van het genoom codeert wel voor eiwitten; het DNA wordt getranscribeerd in mRNA en vervolgens vertaald in eiwitten, die de verschillende taken binnen de cel vervullen. Maar het wordt zo langzamerhand wel steeds duidelijker dat tenminste een deel van het niet-coderende junk-DNA toch verschillende functies kan hebben.

Nu heeft Joris Veltman en zijn team van het centrum voor Molecular Life Sciences aan het

Van internet: junk-DNA

Radboud ziekenhuis te Nijmegen aangetoond dat ongeveer 0,12 procent van het menselijk genoom gemist kan worden. Ze hebben dit onderzocht door van 600 gezonde studenten het genoom te vergelijken. Ze keken uitsluitend naar DNA-sequenties van 10.000 of meer basenparen lang die in de verschillende individuen ontbraken. Alles bij elkaar ontbraken er 2000 van dit soort stukken binnen het genoom.

Meer dan tweederde van deze ontbrekende sequenties kwam voor bij meer dan één individu, en eenderde kwam voor bij meer dan 5% van de deelnemers. De ontbrekende sequenties ontwrichtten 39 bekende genen die een rol hebben in het afweersysteem, het reukzintuig en andere zintuigen. Joris Veltman suggereert dat deze genen misschien ooit essentieel waren, maar nu dus niet meer, ofwel omdat we andere strategieën ontwikkeld hebben om te overleven, ofwel omdat er nieuwe genen in het genoom ontstaan zijn die dezelfde taak misschien wel beter uitvoeren.

Mogelijke rollen voor junk-DNA
Junk-DNA bestaat o.a. uit zogenaamde pseudogenen, d.w.z., genen die hun functie gedurende de evolutie verloren hebben. Het junk-DNA bestaat ook uit (retro)transposonen ofwel jumping genes, die zich willekeurig binnen het DNA verplaatsen en daarmee ziekten en kanker kunnen veroorzaken. Ander ‘junk’-DNA produceert op zijn beurt weer regulerend RNA (miRNA, siRNA, piRNA) dat het ‘springen’

kogelvis

van internet: kogelvis

De kogelvis

heeft het kleinste

genoom van alle

gewervelde dieren,

dat nagenoeg geen

‘junk’-DNA bevat

van deze genen inhibeert. Het junk-DNA bestaat ook uit tandem repeats, korte repeterende sequenties die de expressie van nabij gelegen genen zouden reguleren. Deze sequenties zouden bepalen in hoeverre het DNA wordt ingepakt in histonen en daardoor meer of minder toegankelijk is voor transcriptie-enzymen.
Het junk-DNA wordt ook vaak als een buffer voor mutaties gezien en vangt in die hoedanigheid de mutaties op die hier minder schadelijk zouden zijn dan in het coderende DNA. Maar ook het tegendeel is waargenomen: lange niet-coderende sequenties van het junk-DNA blijken goed geconserveerd te zijn gedurende miljoenen jaren van evolutie en tussen verschillende soorten, wat aantoont dat deze sequenties wel degelijk een functie moeten hebben; ze staan immers onder invloed van natuurlijke selectie. 
Anderen zien dit junk-DNA als ‘reserve’-genen die ofwel, in geval van uitvallende coderende genen, de functie kunnen overnemen, ofwel een basis kunnen vormen voor de ontwikkeling van nieuwe genen.

Bron: New Scientist

Bijgewerkt 24.10.2009: In verband met de studie van Veltman is het interessant om dit artikel te lezen over CNV’s: copy number variants. Ook hier gaat het grotendeels om deletie van sequenties, waarbij men uitkomt op een variatie van 0,8% tussen de gescreende individuen. Ze hebben in deze studie veel meer individuen gebruikt. Het kan zijn dat als Veltman meerdere individuen en uit hele verschillende gebieden over de aarde gescreend had dat ook hij op een hoger percentage uitgekomen zou zijn. 27.10.200: Een artikel over een eerdere publicatie van dezelfde groep kan hier gevonden worden.



Update: 27.10.2009: junk-DNA en soortvorming (ScienceDaily). is nu ook te lezen in het Nederlands op Kennislink.

78 Reacties op “Junk-DNA

  1. Jeroen de Baaij oktober 23, 2009 om 23:09

    Interessant stuk weer, Pierra!
    Toen ik tijdens de biologielessen voor het eerst DNA kreeg, werd mij inderdaad verteld dat 95% van het DNA zogenaamd Junk DNA zou zijn. Maar hoe meer ik sindsdien te weten ben gekomen, des te meer besef ik dat dit onzin is. 0.12% komt inderdaad een stuk dichter in de buurt, al betekent dit natuurlijk wel dat we nog veel te weten moeten komen over de functie van de rest!

  2. martin oktober 23, 2009 om 23:13

    Zware kost maar toch redelijk hapklaar gesereveerd.
    Nu ga ik nog even naar een definitie/beschrijving van
    het genoom zoeken. (Wiki: Het genoom van een organisme
    omvat één complete set van chromosomen.)

  3. Pierra oktober 23, 2009 om 23:28

    @Jeroen, dank je. Er is nog heel veel onderzoek gaande naar dit junk-DNA. De term zelf zou al niet meer in gebruik zijn, precies omdat het toch heel veel verschillende functies schijnt te hebben. Het heet nu niet-coderend DNA.
    Groet,
    @Martin, heb alle mogelijke links naar wiki achterwege gelaten, anders werd de tekst wel erg rood. Chromosomen, daar hebben wij er 23 paar van. Elk chromosoom bestaat uit een enorm lang opeengepakt molecuul van DNA waarop zich de coderende en niet-coderende sequenties bevinden (genen en junk-DNA respectievelijk). Normaal zijn de chromosomen niet zichtbaar want ze zijn uitgerold in de celkern. Alleen tijdens de mitose (celdeling) worden ze opeengepakt en zijn ze onder de microscoop zichtbaar.
    Fijn dat het nog enigszins te lezen is.
    Groet,

  4. ing. St Hawk oktober 24, 2009 om 02:00

    Een grote fout die gemaakt is is m.i. dat een groot deel van het aangetroffen DNA als Junk is aangeduid. Als onbekend is wat iets doet is het niet slim om er zo’n etiket op te plakken.
    Het effect van nietcoderend DNA kan onder invloed van mutaties natuurlijk wel een frustrerende werking krijgen op het coderende deel, met als gevolg een afwijkende ontwikkeling van het phenotype. Dat zou op zijn beurt kunnen verklaren waarom de indruk wordt gewekt dat "junk"DNA geconserveerd blijft als nuttig maar (voorlopig) onbekend.
    Ik schrijf het helaas wat haspelig op maar er zit wel wat in. Denk ik.

  5. antoinette duijsters oktober 24, 2009 om 09:25

    Weer een interessant blog, dat ik twee keer moet lezen:-)

  6. Pierra oktober 24, 2009 om 12:39

    @ing. St Hawk, helemaal mee eens. Voor de duidelijkheid: het feit dàt bepaalde delen van het junk-DNA gedurende miljoenen jaren evolutie geconserveerd zijn, betekent op zichzelf al dat ze belangrijk zijn voor de overleving van een organisme en dus dat ze een essentiele functie hebben.
    @Antoinette, ik probeer deze berichtjes vaak zo kort mogelijk te houden,dan wordt het natuurlijk wel heel veel informatie tegelijk, maar ja, het is ook een soort naslagwerk voor mezelf.
    Groeten,

  7. antoinette duijsters oktober 24, 2009 om 13:35

    Pierra, ik begrijp het wel, maar het kost me wel moeite. En meestal moet ik het echt bestuderen. En dan voor mezelf een samenvatting maken.

  8. Pierra oktober 24, 2009 om 13:43

    @Antoinette, een samenvatting van een samenvatting dus ;-)).
    Dat is nl. precies wat ik ook doe, dan lees ik er behoorlijk wat artikeltjes over, dan ontstaat er een grote verwarring en om het begrijpelijk te houden voor mezelf schrijf ik er een samenvatting van.
    Ik zou zo graag wat meer over de evolutie van planten te weten komen, maar daar is relatief weinig over te vinden.
    Groetjes,

  9. antoinette duijsters oktober 24, 2009 om 14:32

    Over planten is ook weinig bekend, behalve de Boven Carboon flora daar is veel van gevonden tussen de steenkool.

  10. martin oktober 24, 2009 om 14:53

    Redelijk hapklaar is meer dan enigszins te lezen.
    Helemaal hapklare brokken zijn het niet en die wil
    je volgens mij ook niet serveren. Ik wist alleen niet
    wat het genoom was en heb dat opgezocht (en in
    mijn reactie geplakt.) Prima stuk.

  11. P.H.M..van de Kletersteeg oktober 24, 2009 om 15:05

    Ahum zeer geleerde collega: een junkie is dus iemand met hoog ontwikkeld junk DNA?

  12. Pierra oktober 24, 2009 om 17:36

    @Antoinette, ik ga ooit goed bekijken hoe het zit met de planten.
    @Martin, soms is niet alles goed te definieren, dan zou het inderdaad een ellenlang stuk worden.
    @PHM, beetje flauwe grap moet ik zeggen.
    Groeten,

  13. Aad Verbaast oktober 24, 2009 om 21:03

    Weer heel veel nieuwe info voor me, dank!
    Ik raak wel even in de war misschien kun je dat nog even voor deze leek uitleggen.
    95% is junk DNA (ik schrik van dat hoge aantal).
    Verderop zeg je: 0,12 procent van het menselijk genoom gemist kan worden.
    Dit is nogal een schrikbarend verschil. Kan al die junk dan niet gemist worden, of mis ik het helemaal?

  14. Pierra oktober 24, 2009 om 21:40

    @Aad, 95% junk-DNA is denk ik bij benadering. De 2% is functioneel in de zin dat dit DNA voor eiwitten codeert. Het verschil van 3% betenkent waarschijnlijk dat deze 3% een regulerende functie heeft voor het 2% voor eiwitten coderend gedeelte (het wel of niet tot expressie komen van deze 2%).
    Junk-DNA is eigenlijk een in onbruik geraakte term precies omdat er verschillende mogelijke rollen voor dit DNA zijn.
    De onderzoekers tonen aan dat ondanks al dat junk slecht 0,12% gemist kan worden. Hadden ze meer mensen van over de hele wereld gebruikt dan was dat percentage waarschijnlijk hoger geweest. In de laatst toegevoegde alinea wordt gesproken van 0,8%. Dat is nog steeds best weinig vergeleken met de zogenaamde hoeveelheid junk, wat nog eens benadrukt dat dit junk-DNA toch heel veel belangrijks bevat.
    Zie ook de alinea ‘mogelijke rollen voor junk-DNA.’
    Groet,

  15. landheha oktober 24, 2009 om 22:06

    @pierra
    aan sommige mensen wordt ook wel gerefereerd als "genetisch afval".
    maar dat is zeker niet wat je bedoelt…

  16. Pierra oktober 24, 2009 om 23:35

    @landheha, als het met junk-DNA te maken had zouden we allemaal voornamelijk ‘genetisch afval’ zijn.
    Groet,

  17. P.H.M..van de Kletersteeg oktober 25, 2009 om 10:07

    dus resumerend kan je stellen dat er maar bitter weinig bekend is van de functies van DNA.
    Im,mers, als de functies en het functioneren bekend is, is het DNA manipuleerbaar.
    Misschien levert dat mogelijkheden op tot bestrijding van ziekten.
    Maar of dat een ideaal beeld is?
    Door de geschiedenis heen is de wens tot een soort "super mens"
    Ik weet zeker dat er (illegaal) geexperimneteerd wordt; dat gebeurt waarschijnelijk ook met clonen.
    Wat er uit komt?
    Maar in ieder geval is de medische wetenschap daar nog niet aan toe.

  18. 100_woorden oktober 25, 2009 om 10:48

    De getrokken conclusies over "wat gemist kan worden" gaan veel te ver wat mij betreft, zowel bij de 95% junk-dna als de 0,12%
    Als we alles waarvan we de functie niet begrijpen "junk" noemen, leven we in het junk-universum, hebben we junk-hersenen, etc. Onterechte kwalificatie lijkt me.
    De 0,12% is even onzinnig omdat "gezond mens" nauwelijks te definiëren valt. Is een mens dat ten gevolge van een genetisch "defect" een teen mist "ongezond"?
    En wat te denken van iemand met een extra teen?
    Hoeveel tenen moet je hebben om aan de definitie van "mens" te voldoen?
    Etc.
    Ik begrijp de waarde van het onderzoek wel, maar de algemene conclusies die eraan verbonden worden zijn vooral bedoeld om het begrijpelijk te maken voor de gemiddelde krantenlezer en hebben wetenschappelijk gezien weinig waarde.

  19. Pierra oktober 25, 2009 om 11:24

    @PHM, dat wordt inderdaad altijd aan de conclusie van dit soort onderzoeken verbonden, dat het nuttig kan zijn voor de bestrijding van bepaalde ziekten. Dat wordt er vaak gemakshalve aan toegevoegd, om dit vaak puur wetenschappelijke onderzoek in een grotere context te plaatsen en om het ‘van nut’ te laten zijn. Kennen ze overal de functie van dan kan inderdaad gemanipuleerd worden. Toch gaat het dan om de bestrijding van erfelijke aandoeningen en niet om supermensen. De definitie daarvan bestaat toch immers niet?
    @100W, de term ‘junk-DNA’ is dan ook achterhaald (zie ‘mogelijke rollen voor junk-DNA’). Veel van deze rollen zijn onderhand een feit, dus dit junk-DNA kan absoluut niet gemist worden. De 0,12% daarentegen kan blijkbaar echt gemist worden; hebben 10 mensen sequentie A, en twee hebben hem niet dan kan die dus gemist worden. Het kan theoretisch natuurlijk zijn dat deze twee met hun veertigste levensjaar een bepaalde ziekte ontwikkelen, die voortkomt uit het gemis van sequentie A. Dat weet je niet.
    Ben het met je eens dat een ‘gezond’ mens niet bestaat. Het gemis van een teen of een extra teen is normaal gesproken* wel een genetische afwijking. Iemand met een dergelijke ‘afwijking’ moet ergens een ‘fout’ hebben in z’n DNA.
    *Een dergelijke afwijking kan ook voortkomen uit blootstelling aan chemicalien gedurende de zwangerschap. In dat geval is het dus geen genetische afwijking.
    Het probleem dat je aankaart betreft dus eigenlijk het feit dat er zogenaamd 600 ‘gezonde’ studenten gescreend zijn.
    Groeten,

  20. Smokey oktober 25, 2009 om 13:15

    Pierra, "De wel en niet "hapklare brokken" alhier heb ik even tot mij genomen. Voor mij blijft het als een legpuzzel waarin vele stukjes ontbreken… Toegegeven, dat ligt aan mij. De junk-term kan ik in deze niet plaatsen. Het woord heeft, voor mij althans, associaties met heel andere zaken. Dat de wetenschap zo`n "populair" woord in haar jargon ging toepassen roept dus verwarring op. Ik sta open voor nieuwe/ andere visies. Uit het gegeven zou je kunnen concluderen dat er nogal wat mis is met menselijk, dierlijk en plantaardig DNA en dat de wetenschap zich geroepen voelt daar zo gauw mogelijk aan te sleutelen of manipuleren, omdat de natuur dat zelf niet kan.
    Zouden er vervolgens zeshonderd ziekte studenten model moeten staan ter vergelijking?
    Heriditaire ziekten en zwakheden zouden aan manco`s in het DNA kunnen liggen, maar evenzo goed causaal uit externe factoren kunnen voortkomen, of uit beide. Als overbodige junk gemist kan worden, hoe denkt men dat te gaan verwijderen?
    Tenslotte nog de vraag: wat is het nut van deze onderzoeken?
    Groet

  21. P.H.M..van de Kletersteeg oktober 25, 2009 om 16:29

    Degenen die met die kennis zouden kunnen en wllen knoeien hebben die definitie zoals die voor hun valide is dus wel, helaas.

  22. Pierra oktober 25, 2009 om 17:36

    @Smokey, zoals uit de bijdrage zou moeten blijken is het junk-DNA dus geen echte junk en heeft hoogstwaarschijnlijk een aantal zeer specifieke functies. De studie van Veltman zou aantonen dat niet 95% maar ‘slechts’ 0,12% gemist kan worden (1,2 promille), erg weinig dus. Het ‘junk’-DNA (95%) dat zich inderdaad in het genoom van planten en dieren vindt, daar is niets mis mee; het vervult heel belangrijke rollen. Het probleem is dat dat zo’n 20 jaar geleden, toen die rollen nog helemaal niet duidelijk waren, dit DNA geen functie leek te hebben, vanwaar de term junk-DNA. Het wordt nu dus niet-coderend DNA genoemd. Dit alles staat in het bericht. Er is niemand van plan om eraan te sleutelen. Alle organismen hebben enorme hoeveelheden niet-coderend DNA.
    Het nut van deze onderzoeken kan zijn om aan te tonen dat slechts kleine percentages DNA gemist kunnen worden, al zul je dat nooit met zekerheid kunnen stellen. Op het moment dat je een ‘gezond’ individu screent, kan deze 20 jaar later misschien wel een erfelijke ziekte ontwikkelen. Deze onderzoeken bevestigen dus ook dat het zogenaamde junk-DNA niet gemist kan worden (slechts 0,12% tegen 95%). Toch best een belangrijk gegeven.
    @PHM, persoonlijk denk ik van niet. Niemand heeft een perfect genoom. Ieder genoom is anders. Onder de mens is er een variatie mogelijk van 0,01 % tussen de verschillende ‘rassen’. Zie ook the human genome project: http://en.wikipedia.org/wiki/Human_Genome_Project#State_of_completion

  23. 100_woorden oktober 26, 2009 om 03:20

    @Pierra
    =Het probleem dat je aankaart betreft dus eigenlijk het feit dat er zogenaamd 600 ‘gezonde’ studenten gescreend zijn.=
    Waar ik vooral bezwaar tegen maak is de conclusie dat uit dit onderzoek volgt dat die 0,12 procent van het menselijk genoom gemist kan worden, zonder dat duidelijk is aan welke definitie een gezond mens moet voldoen. Je kunt concluderen dat je student kan zijn zonder die 0,12%, maar daar houdt het ongeveer wel mee op. Het is een beschouwing in isolatie, je noemt in je reactie chemicaliën die de zwangerschap kunnen beïnvloeden en daarmee leg je de vinger op omgevingsfactoren die (mogelijk in combinatie met een bepaald genetisch profiel) voor problemen kunnen zorgen of juist problemen kunnen voorkomen.
    Behalve dat, kun je op basis van een onderzoek onder 600 mensen geen zinnige conclusies trekken over de mensheid als geheel, daarvoor is de groep eenvoudigweg te klein en ik vermoed ook raciaal gezien niet representatief voor de wereldbevolking.
    Maar ik begrijp wel hoe het werkt. Ook de wetenschap draait om geld en geld voor meer of nieuw onderzoek, krijg je alleen maar los als je met aansprekende resultaten komt. De boel moet verkocht worden en dan suggereer je meer dan je aangetoond hebt. Het vervelende is dat bij veel mensen de krantenkoppen blijven hangen en die als nieuwe waarheid worden opgenomen in de algemene kennis.
    De media zijn vergeven van halve waarheden die beginnen met het zinnetje "Onderzoek heeft aangetoond dat…"
    Maar goed, dat alles neemt niet weg dat onderzoek op dit gebied nuttig is en blijft en jij er een interessant en leerzaam blog over geschreven hebt.

  24. coby oktober 26, 2009 om 12:32

    Junk-DNA, het zorgt gelijk voor een heleboel associaties in mijn hersencelletjes… :-))
    Overigens heb ik ook wat weerstand tegen de aanname dat "het " gemist kan worden, maar dat kan ook in mezelf een aanname zijn, een eigen intuïtief gevoel eigenlijk. Het biedt in ieder geval stof voor weer verdere onderzoeken, maar dat zal wel gebeuren of al gebeuren. Ik vind het in ieder geval een fascinerend iets: DNA.
    Hartelijke groet, Coby

  25. Pierra oktober 26, 2009 om 12:40

    @Coby, het is een wat populaire term, nu spreekt men van niet-coderend DNA, dat wel delgelijk veel functies kan hebben en zeker heeft. Het is dus onmisbaar. (Zie ‘mogelijke rollen voor junk-DNA’). De studie van Veltman heeft het over de mogelijkheid dat 0,12% gemist kan worden, dus bij lange na geen 95%.
    Leuk dat je er weer was!
    Groet,

  26. Professioneel Bioloog oktober 26, 2009 om 15:29

    Als de VK nu een verslaggever naar het R-Evolutie congres hadden gestuurd dan hadden jullie geweten dat het genoom van verschillende menselijke populaties 12% verschilt. Plus of min 6 procent dus. Dat is gebleken uit een studie van het Sanger Instituut.
    12 procent!
    Dat is nogal wat. Als de VK nu een verslaggever naar het R-Evolutie congres had gestuurd dan hadden jullie geweten dat het genoom op die manier variatie induceert. Door het varieren van redundante genetische elementen.
    U had dan ook geweten dat door middel van VIGEs zulke redundate genen heel makkelijk verdwijnen of dupliceren. Zij kunnen dat door hun DNA-recombinerende vermogen.
    En u had geweten dat vanuit een bepaald type VIGEs op eenvoudige wijze RNA virussen kunnen ontstaan.
    Alles is te weten als je maar afstand neemt van dogmas.
    Martijn Calmthout heb ik tweemaal uitgenodigd om een verslaggever te sturen naar R-Evolutie.
    Dat leek me belangrijk want dan had u de nieuwe biologie in de VK kunnen lezen.
    Echt een gemiste kans, dus!
    Maar er komen er wel meer.
    24 November komt Terug naar de Oorsprong.
    Maar niet weer missen dus.
    pb

  27. Eelco oktober 26, 2009 om 16:08

    Waar is die verslaggever voor nodig, Peter Borger ? Alles staat toch al op je blog, met bewijzen (eigen onderzoeksresultaten en referenties naar de literatuur), documentatie, uitgebreide definities en kenmerken, en de complete bewijsvoering natuurlijk ? Toch ?

  28. Pierra oktober 26, 2009 om 16:16

    @Peter, heb de site van het congres bekeken. Interessant en las daar ook uw indrukwekkende carriere. Maar ik zag ook dat Peter Scheele daar sprak ?!
    Laat u ons weten wanneer uw boek in de winkel ligt.
    Groet,

  29. ing. St Hawk oktober 26, 2009 om 16:25

    Pierra,
    Waar jij altijd meer dan gul bent met het vermelden van je bronnen en je jouw gedachtegang zeer zorgvuldig verwoordt, is de Professionele Bioloog helaas iets minder scheutig in zijn uitleg over het hoe en waarom. Hem is herhaaldelijk gevraagd te vertellen waar die 12% vandaan komt (Sanger lees ik hier voor het eerst) en wat VIGE’s zijn is ondanks een levendige discussie over het onderwerp nog altijd in nevelen gehuld.
    Een heus team van speurneuzen in alle geuren en kleuren heeft de moed echter nog niet opgegeven de Waarheid te achterhalen.
    Als er iets uitrolt hoor je er vast meer over !

  30. Pierra oktober 26, 2009 om 16:36

    @ing. St Hawk, van het Sanger institute heb ik alleen de volgende gegevens: 1 op de 200 genen is overbodig* (alleen de genen dus, niet het hele genoom): http://www.sanger.ac.uk/Info/Press/2009/090205.shtml. In wiki staat dat de verschillende mensenrassen voor 99,99% overeenkomen.
    Van mijn kant bewondering voor degenen die dit uit willen zoeken en ik blijf graag op de hoogte.
    Groet,
    *One in 200 of our human genes can be inactivated with no detectable effect on our health.
    Van (retro)transposonen wordt ook wel beweerd dat ze een gemeenschappelijke voorouder hebben met retrovirussen. Retrovirussen zouden dus niet ontstaan uit deze elementen.

  31. Professioneel Bioloog oktober 26, 2009 om 17:05

    hier een persbericht:http://www.hhmi.org/news/scherer20061123.html
    Lees ook het bijbehorende Nature artikel van 23 November 2006.
    Al weer drie jaar geleden en nog steeds door niemand van het establishment opgepikt.
    De VIGEs recombineren op eenvoudige wijze grote stukken DNA (duplicaties en deleties).
    Daarover ging mijn lezing: variatie en non-random mutatie.
    Er is VEEL meer in biologie gaande dan u allen wordt gepresenteerd in de media. De hele Darwinistische theorie is volstrekt en compleet ingestort.
    Lees ook mijn boek. Dan snapt u hoe we de biologie kunnen begrijpen. Het is nu al te bestellen en ik zou er maar als de kippen bij zijn want de eerste oplage is klein.
    pb

  32. Professioneel Bioloog oktober 26, 2009 om 17:13

    "Maar ik zag ook dat Peter Scheele daar sprak ?!"
    Hij heeft toch een interessant idee gelanceerd 13 jaar geleden. En nu meldt men dat 1 op de 200 genen kunnen worden gemist. Wat zei Scheele ook weer? Evolutie door verlies van genen?
    Komt aardig in de buurt van een uitgekomen voorspelling, vindt u niet?
    Je hoeft geen Dr te zijn blijkbaar. Deze jongen heeft gewoon een goed stel hersenen en intuitie.
    pb

  33. ing. St Hawk oktober 26, 2009 om 17:16

    Toch nog maar eens zoeken bij het oud papier.

  34. Pierra oktober 26, 2009 om 17:49

    @Peter, heb de link bekeken en zie het volgende: In all, the group identified 1,447 different CNVs that collectively covered about 12 percent of the human genome Het is mij niet duidelijk dat deze variatie ook direct betekent dat er tussen ieder mens 12% verschil bestaat. Het is een optelsom van alle mogelijke CNV’s.
    Peter Scheele schrijft op zijn site*: fruitvliegjes met poten op de kop in plaats van antennes. Men zegt dan dat antennes uit vroegere poten zijn ontstaan. Echter genetisch gezien wordt er bij de bouw van antennes gewoon een ‘verkeerde afslag’ genomen naar de informatie van een poot in plaats van een antenne. Dit is dus een vorm van degeneratie en heeft niets met evolutie te maken. Wist hij niet dat het hier ging om het beroemde experiment met homeo-boxes dat niets met evolutie te maken heeft, en alleen met de evolutie van embryonale ontwikkeling. En dat laat hij daar zomaar staan!! Zoiets kun je toch niet serieus nemen.
    *http://www.degeneratie.nl/index.asp?PaginaID=1085
    Moeten wij het verlies van de kieuwen ook als degeneratie opvatten?
    Groet,

  35. Eelco oktober 26, 2009 om 19:50

    @Pierra:
    Succes met Peter Borger … ik hoop dat je m’n reactie van 26-10-2009 16:08 op de juiste manier geinterpreteerd hebt ? Of lag het er niet dik genoeg op ?

  36. Pierra oktober 26, 2009 om 20:59

    @Eelco, ik dacht het wel. Maar ik ben wel oprecht benieuwd wat hij van deze cijfers denkt en hoe hij ze interpreteert.
    De informatie over CNV’s (zie link in ‘bewerkt’ en de link van Peter) is niet duidelijk. Wat moeten we nu met het feit dat het genoom van chimpansee’s voor wel 95 tot 97% met het onze overeenkomt?
    Groet,

  37. Gus oktober 27, 2009 om 00:36

    Interessant onderwerp weer Pierra, 0,12 % van het genoom zou eventueel gemist kunnen worden.
    Alleen, als het gemist zou kunnen worden, zou het m.i. ook gebeurd zijn, afgestoten en dat is niet het geval. Het heeft vermoedelijk een functie die we gewoon simpelweg nog niet weten.
    Laat ik het zo stellen, om het weg te halen omdat het wel gemist kan worden, lijkt me niet zo slim.
    We zullen nog wat jaartjes moeten wachten voor we er achter zijn wat voor functie, (hoe klein ook 0,12 % ) het heeft.
    Trouwens die Kogelvis (zonder junkDNA) heeft best wel mooie ogen. Hmmm, een schatje.

  38. Pierra oktober 27, 2009 om 00:50

    @Gus, je hebt gelijk en het ontbrak dan bij vele proefpersonen ook, daarom weten ze dat het gemist kan worden. Het ging hier om de sequenties die door Veltman onderzocht waren.
    Het junk-DNA daarentegen (95%) kan dus niet gemist worden, ook al wordt het junk genoemd. Het heeft vele rollen.
    Nu heb ik echt zin in erwtensoep, ook al is het nog niet eens zo koud buiten.
    Groet,

  39. Gus oktober 27, 2009 om 01:33

    Ik had eigenlijk het recept er bij moeten zetten, heb hem op de ouwerwetse manier gemaakt, eerst erwten weken enz.
    Vraag me af of er verschillen zijn tussen mensen met of zonder de 0,12.
    Maar het is zo miniem, valt dat wel op te merken/zoeken en waar moet je dan zoeken, generaties terug? of. dat is natuurlijk weer niet te doen, wel bij eventuele kinderen, kleinkinderen en waar moet je dan op letten, verschil in intelligentie/lichaamsbouw/haarkleur/ogen?
    Is de nieuwe mens juist die zonder 0,12 of staan we aan de vooravond van iets nieuws, de mens die uitgerust is met het "nutteloze" 0,12.
    Kwou dat je hier was, tapte ik gelijk een kom soep voor je in.
    Enfin, Bon Nuit.

  40. Pierra oktober 27, 2009 om 01:45

    @Gus, ben benieuwd hoe jij je erwtensoep maakt. Ik heb nog wel een heel goed recept van mijn moeder (ook met geweekte erwten, varkenskarbonades en worst, zaaalig)
    Die mensen zonder die de 0,12 procent niet hebben zitten in de groep proefpersonen die ze gescreend hebben en die zijn allemaal gezond (nog wel). Ze vergelijken alle genomen (al het DNA in een klontje cellen van deze persoon) en zien simpelweg dat er hier en daar bij meer of minder mensen een paar stukjes ontbreken. Die ontbrekende stukjes zijn soms hetzelfde bij verschillende mensen, maar soms ook niet. Ze kunnen in elk geval gemist worden, want de proefpersonen zijn ‘gezond’. Dat is in ieder geval de boodschap van dit onderzoek.
    Je laatste vraag is een goeie, ik zou het echt niet weten.
    …buona notte

  41. Professioneel Bioloog oktober 27, 2009 om 13:05

    Pierra: "Het is mij niet duidelijk dat deze variatie ook direct betekent dat er tussen ieder mens 12% verschil bestaat"
    PB: Dat staat er ook niet. Het betreft een verschil tussen twee willekeurige gekozen mensen. Statistiek dus.
    Als je twee willekeurig gekozen mensen analyseert is het verschil plus/min 6 procent. Dat is nogal wat, Pierra, en het is geheel onverwacht.
    Verschillen in fenotypen worden hierdoor bepaald. Lijkt me een uitgemaakte zaak. Hoe? Door positie en kwantiteits effecten. Hoe ontstaan de verschillen? Door deleties en duplicaties die worden gemeieerd door repetrende sequenties. Door VIGEs dus.
    En laat je niet door Eelco van de wijs brengen, hij gaat waar ik ga. Hij is mijn persoonijke stalker.
    groet,
    pb

  42. paco painter oktober 27, 2009 om 13:17

    Zwaar. maar goed geschreven

  43. Pierra oktober 27, 2009 om 14:02

    @Peter, maar dat zou toch wereldnieuws moeten zijn. Dat zou betekenen dat onze verwantschap met de chimpansee hoger ligt dan die met onze eigen soortgenoten, tenzij daar opnieuw studie naar gedaan moet worden.
    Zouden de CNV’s niet de door jouw genoemde VIGE’s kunnen zijn? Vond er het volgende over op wiki:The fact that DNA copy number variation is a widespread and common phenomenon among humans was first uncovered [5][6] following the completion of the human genome project. It is estimated that approximately 0.4% of the genomes of unrelated people typically differ with respect to copy number. ten aanzien van copy number dus en niet ten aanzien van het genoom als geheel.http://en.wikipedia.org/wiki/Copy_number_variation
    Je kunt dus ook nog betwijfelen of het hebben van 9 of 10 CNV’s van een bepaald type een wezenlijk verschil is.
    @Paco, dank je. Het wordt steeds zwaarder.
    Groeten,

  44. Eelco oktober 27, 2009 om 20:51

    @Pierra:
    De variate in ‘copy number’ lijkt groter dan gedacht, en zou wel eens meer dan 10% kunnen zijn, volgens dit bericht: http://www.independent.co.uk/news/science/genetic-breakthrough-that-reveals-the-differences-between-humans-425432.html
    Maar inderdaad is dit alleen de variatie in copy number !
    En jouw meer recente artikel (van dezelfde groep als bovenstaande link !) blijft het onder de 1% steken … kun jij hier iets meer over zeggen ?
    VIGE’s zijn door Peter Borger zelf verzonnen … en niemand anders weet wat die zouden moeten zijn.
    De implicatie ("dat onze verwantschap met de chimpansee hoger ligt dan die met onze eigen soortgenoten") van de bewering van Peter Borger heb je gelijk duidelijk gemaakt, en lijkt me daarom nogal een probleem voor zijn stelling.

  45. Pierra oktober 27, 2009 om 21:54

    @Eelco, dank voor je link, een heel duidelijk artikel. De getallen betreffen de volgende paragraaf:The findings mean that instead of humanity being 99.9 per cent identical, as previously believed, we are at least 10 times more different between one another than once thought – which could explain why some people are prone to serious diseases.
    Dit betekent dat men eerder dacht 0,1% verschil en dat dat nu dus 10 keer zoveel zou zijn, dus altijd nog slechts 1%. Later wordt dit nog eens hethaald:Instead of being 99.9 per cent identical, it may turn out to be more like 99 per cent identical – enough of a difference to explain many variations in human traits.
    De 12% verwijst inderdaad uitsluitend naar het CNV ofwel copy number:"One of the real surprises of these results was just how much of our DNA varies in copy number. We estimate this to be at least 12 per cent of the genome – that has never been shown before," Dr Hurles said.
    Hier wordt inderdaad het prbleem aangekaart in verband met onze overeenkomsten met de chimpansee, maar de getallen lijken mij natte vingerwerk:Another implication of the finding is that we are more different to our closest living relative, the chimpanzee, than previously assumed from earlier studies. Instead of being 99 per cent similar, we are more likely to be about 96 per cent similar.
    Iets anders wat mij vreemd lijkt is dat er de suggestie gewekt wordt dat deze CNV’s allemaal genen zijn. Ik had begrepen dat het ook om sequenties ging die geen duidelijke rol hebben.
    ‘Mijn’ link is inderdaad van dezelfde groep, zie het nu pas. Waarom het nu slechts 0,8% is weet ik niet, maar misschien hebben ze in deze studie iets nauwkeuriger gemeten, we zijn tenslotte 3 jaar verder.
    Ik kom zo eens bij PB kijken.
    Groet,

  46. Tsjok45 oktober 28, 2009 om 11:54

    Ter aanvulling bij de tersprake gekomen CNV – verschillen en dergelijke ;
    Aanklikbare database over ( de tot nu toe bekende )
    genetische varianten op de standaard-modellen van alle menselijke chromosomenhttp://projects.tcag.ca/variation/
    ( en vooraleer het van het internet verdwijnt , heb ik het ook in mijn archief / en(zo kompleet als mogelijk ) op CD opgeslagen )http://evodisku.multiply.com/notes/item/97

  47. Bart Klink oktober 28, 2009 om 19:45

    Junk-DNA is niet gelijk aan niet-coderend DNA en het is ook niet het DNA waarvan de functie onbekend was of is. Dit is een populaire mythe. Junk-DNA is in de jaren ‘70 bedacht door Ohno voor het DNA van defecte duplicaten van genen (later pseudogenen genoemd). Dit werd als functieloos beschouwd vanwege een goede reden (duplicaten zijn meestal redundant en kunnen dus ‘kapotmuteren’ zonder functionele consequenties), niet omdat de functie onbekend was. Nu weten we dat we meer DNA in ons genoom hebben dat hoogstwaarschijnlijk geen functie heeft.
    Voor meer hierover zie: http://www.genomicron.evolverzone.com/2008/02/junk-dna-collection/

  48. ing. St Hawk oktober 28, 2009 om 21:37

    Pierra,
    cc, Tsjok, Bart,
    Ik ben blij te merken dat veel begrippen uit de moleculaire biologie blijkbaar geen eenduidige betekenis hebben. Althans, dat is wat ik opmaak uit veel discussies en verhandelingen die ik het laatste jaar wat intensiever volg. Blij dus want ik dacht dat het aan mij lag.
    Het is duidelijk dat de begrippenverwarring de communicatie niet bevordert en ik vraag me af of daar niet een standaard voor kan worden opgesteld. Als was het maar om het mensen zoals ik wat makkelijker te maken maar zeker ook om spraakverwarring tussen mensen die er echt kaas van gegeten hebben, zoals jullie, te voorkomen.

  49. ramirezi oktober 28, 2009 om 21:46

    Ook ik voorspel dat er nog veel onderzoek nodig is voordat we echt alles begrijpen van het DNA. Vooral het al dan niet toegankelijk zijn van bepaalde sequenties doordat delen van vorm veranderen vind ik een fascinerende gedachte omdat het je beeld van DNA veranderd. Van een database-achtig iets dat elders na in de cel gebruikt wordt voor het maken van eiwitten, gaat het voor mij dan naar een computerprogramma dat ook zelf invloed heeft…

  50. Pierra oktober 28, 2009 om 22:19

    @Tsjok, hartelijk dank voor de links; zo kunnen we de ontwikkelingen bijhouden.
    @Bart, het is duidelijk dat junk-DNA een verouderde term is. Ik wil je er wel attent op maken dat in de lijst van ‘mogelijke rollen voor junk-DNA’ de pseudogenen als eerste genoemd worden. Ook de ‘bufferfunctie’ van dit DNA wordt genoemd. Dus deze twee voor jou ‘historische functies’ worden wel degelijk genoemd. Ik ben er van overtuigd dat de lijst niet compleet is en bedank je dus voor de interessante link naar deze voor mij onbekende T. Ryan Gregory. Zoals gewoonlijk komen mijn gegevens uit Wikipedia en eventuele publicaties van on-line magazines. Je slotzin verbaast me trouwens enigszins. We weten nu eigenlijk pas dat al het ‘extra’-DNA (ofwel junk in de breedste zin) juist wél veel belangrijke functies heeft.
    P.S. Het was ook eigenlijk niet mijn bedoeling om een uitgebreide verhandeling te schrijven over junk-DNA, maar eerder een korte omschrijving
    @ing. St Hawk, de spraakverwarring zal nog wel even duren. Wat mij betreft is ‘junk’-DNA al het DNA waarvan men dacht dat het geen functie had, maar dat nu dus een heel scala aan functies blijkt te hebben. Blijkbaar waren ooit alleen de pseudogenen ‘junk’-DNA, maar later is de term gebruikt voor alles dat geen duidelijke functie heeft of voor alles dat niet voor eiwitten codeert. Ik denk dat dat ook de betekenis is die de onderzoekers in het allerlaatst gelinkte artikel van mijn bericht bedoelen.
    @Ramirezi, ja een programma dat zichzelf controleert, heel intelligent (!?)
    Groeten,

  51. Eelco oktober 28, 2009 om 23:00

    @Pierra:
    Met dank voor de uitleg – de wikipedia pagina over "junk" DNA was ook wel verhelderend, maar die spraakverwarring lijkt me inderdaad nog wel even aanhouden ….

  52. Pierra oktober 28, 2009 om 23:18

    @Eelco, ja Wikipedia (engels) geeft een duidelijke definitie ook al wordt de historische waarde ervan niet vermeld (zie reactie Bart). Zo denk ik ook dat de VIGE van PB eigenlijk alles is dat variatie kan veroorzaken, dus CNV’s (in grotere of kleinere hoeveelheden in ons genoom), (retro)transposonen, die ook in aantal varieren en DNA dat kleine RNA’s als piRNA, siRNA genereert die de transcriptie van deze transposonen verhinderen. Hij zal het daar wel niet mee eens zijn. Verschillende termen voor dezelfde dingen.
    Groet,

  53. Eelco oktober 29, 2009 om 10:01

    @Pierra:
    Als "VIGE" alleen maar een verzamelwoord zou zijn voor al bekende termen, dan zou dat onschuldig zijn (en zinloos !). Maar hij bedoelt er meer mee: zijn VIGE’s waren "geprogrammeerd om op een gecontroleerde en gereguleerde manier variatie en speciatie te bewerken.". Ze zijn ‘front-loaded’. Dat is een oud creationistisch ideetje, hier in een nieuw jasje gestoken …

  54. Pierra oktober 29, 2009 om 10:17

    @Eelco, ja dat wist ik dus niet. Hij zal de precieze definitie wel ergens gegeven hebben. Dat ‘geprogrammeerd’ is natuurlijk een probleem.
    Dank voor je uitleg.
    Groet,

  55. Bart Klink oktober 29, 2009 om 12:08

    @ Pierra
    Junk-DNA hoeft geen verouderde term te zijn, zo lang je het niet verwart met niet-coderend DNA. Helaas gebeurt dit erg veel in de media. Dat sommige niet-coderend DNA-stukken functies hebben (zoals regulatie), is overigens al decennia bekend.
    Ik denk niet dat er ook maar enige evidentie is dat pseudogenen functies hebben, en verwacht ook niet dat dit er zal komen omdat we het ontstaan en evolutionair verloop ervan ondertussen goed kennen. Dit wil overigen niet zeggen dat er nooit iets zinnige mee gedaan kan worden. Het zou bijvoorbeeld kunnen dat een (deel van) een pseudogensequentie secundair tot iets zinnigs kan leiden. Vergelijk het met de kapotte autobanden die in sommige ontwikkelingslanden worden gebruik om slippers van te maken. Die autobanden hebben natuurlijk geen ‘slipperfunctie’, maar kunnen daar secundair wel voor dienen.
    Dat er grote delen van ons DNA functieloos zijn, blijft erg waarschijnlijk, vanwege de simpele reden dat er goede theoretische en empirische gronden zijn om dat aan te nemen. Daarnaast is er nog een andere reden: sommige organismen hebben absurd grote genomen. Zo zijn er bijvoorbeeld uiensoorten die een genoom hebben dat meerdere malen groter is dan dat van ons (of zelfs andere uiensoorten). Het is erg onwaarschijnlijk dat deze grote hoeveelheid extra DNA allemaal een functie heeft. Uit het feit dat bepaalde stukken DNA tot dan toe onbekende functies blijken te hebben, mag je dus niet concluderen dat al het DNA dan wel een functie zal hebben!

  56. Tsjok45 oktober 29, 2009 om 12:44

    "…Ik ben blij te merken dat veel begrippen uit de moleculaire biologie blijkbaar geen eenduidige betekenis hebben. Althans, dat is wat ik opmaak uit veel discussies en verhandelingen die ik het laatste jaar wat intensiever volg.
    Blij dus want ik dacht dat het aan mij lag.
    Het is duidelijk dat de begrippenverwarring de communicatie niet bevordert en ik vraag me af of daar niet een standaard voor kan worden opgesteld…"
    1.-Bovendien blijven allerlei pseudo -,voodoo- junk en anti-wetenschappers , eigenzinnig bezig met het leveren van hun bijdrage aan de algemene verwarring : ontwikkelen nieuwe (overbodige ) terminologietjes , redundante paraplutermen ,orwelliaanse newspeech etc … Begrippenverwarring als onderdeel van vooral desinformatie , is nu eenmaal een middel ter constructie van nuttige want gemakkelijk omver te kegelen stroman-versies van mogelijke conclusies uit het reguliere (natuur)wetenschappelijke bedrijf en het ( voor de morosofieen van die zweefrekartiesten nogal bedreigende) kenniscorpus en een toepassing van de "teach de controversy " taktieken …Het doel is juist "twijfel zaaien"
    Onbegrijpelijke wartaal sprekende guru’s worden nu eenmaal nog altijd als zeer "diepzinnige " denkers en profeten ,aanzien
    Het is geen wetenschap maar politiek , sofisterij en obscurantisme
    2.- de ontwikkelingen ( en de aangroei van kennis op dit moleculair biologisch gebied ) gaan erg snel ;er worden voortdurend nieuwe termen gelanceert … woorden en begrippen zijn immer "denkinstrumenten " en die zijn" nieuw" omdat ze vemeend nieuwe "fenomenen en ontdekkingen " moeten beschrijven in de vele duizenden gedetailleerde deel-studies
    Dat is bijna onoverkomelijk voor de geinteresseerde leek
    3.- Veel van de terminologie is Engelstalig( en daardoor dikwijls ook erg cryptisch en ambigu ) ; het is een zeer lastige ( en hoog gespecialiseerde )klus om daar bijvoorbeeld deugdelijke Nederlandse (en andere ) vertalingen voor te vinden ;opnieuw een bron van verwarring voor minder-polyglot aangelegde personen
    4.- tenslotte zijn er de nogal moeilijke gebruikte "tools" in de onderzoeken zelf zoals (bijvoorbeeld )
    -de naamgeving dmv cataloognummers van sterren en andere objecten (bij astronomen )…
    -genenatlassen en databases zoals het door mij gegeven voorbeeld )waarbij dingen worden benoemd dmv van nummertjes in een kataloog of opsommings-lijstje
    -de(grote) onbekendheid met de mogelijke technologische hulpmiddelen /labotechnieken zoals
    fmri , arrays …blotting … GM …scans…sequentie-eringen …Computer-simulations ….etc…etc…die, oppervlakkig beschouwd ,eerder lijken op de toverdoostruuks van een alchemist , dan op serieuze en doorzichtige instrumentele benaderingen
    (Natuur)Wetenschap is niet alleen kennis het is ook kunde ( vandaar dat "wetenschapper" ook een beroep is )= kunde vormt samen met het corpus aan verworven kennis de vaardigheden die de empirisch verkregen toestbare kennis doen toenemen( door haar waarschijnlijk waarheiddsgehalte te laten toenemen )door haar conclusies en voorspellingen juist te toesten
    5.- Er bestaat geen "gemakkelijke" weg tot grotere kennis …
    alleen maar een moeilijke die de volle inzet vraagt van diegene die dat wil verwezenlijken
    Er bestaat geen "koninklijke" weg … ook de koningen moeten tenslotte zelf te voet dat pad afleggen
    En uiteraard is er een persoonlijke limiet in tijd en vermogen voor iedereen ….
    Wetenschap is een gemeenschappelijke multidisciplinaire onderneming met voortdurende peer review en relativeringsvermogens … De tijd van romantische betweters , zetel- en divan geleerden in stoffige bilbliotheken en op zolderkamertjes , eisteinverbeteraars en creationistische oetlul- genieen ( de "Isaac newton van de informatietheorie " Dembski , de "briljante uitvinder " van de Gutob en Ontdekker van de "nieuwe biologie " die(bijvoorbeeld ) Barbara Clintock wist te verenigen met het "journal of creation" e.a. Behe’s ) is voorbij …
    Permanente peer review en feedback dus…. of anders wordt je vlug de gestoofde peer …,die alleen nog ( als het goed gaat) wat betaald zit te spelen met de in huis- en troeteldiertjes veranderde labmuizen ,in afwachting van het pensioen ….
    * over
    voodoo science —>http://books.google.be/books?id=xzCK6-Kqs6QC&dq=Voodoo+science+Robert++park&source=gbs_navlinks_s
    P.s.
    Jazeker , mijn bovenstaande MENING/invalshoek is een beetje ironisch en nogal vrij associerend opgesteld

  57. Pierra oktober 29, 2009 om 13:04

    @Bart, dank je voor de toelichting. Mag ik hier uit opmaken dat je junk-DNA definieert als bestaand uit pseudogenen (de oorspronkelijke betekenis)?
    Zelf heb ik geen moeite met de definitie niet-coderend DNA. De enige vereiste is dat iedereen die de term junk-DNA gebruikt daarbij zegt wat hij ermee bedoelt.
    Je beeldspraak over de autobanden is heel duidelijk.
    Is het mogelijk om de theoretische en empirische gronden toe te lichten?
    De uiensoorten: is het zeker dat het niet gaat om polyploidie? (noem maar wat 8n i.p.v. 2n).
    Ik blijf benieuwd naar wat dit DNA nog als functie kan hebben behalve alle reeds ontdekte functies.
    @Tsjok, een gepassioneerd betoog. In dit verband is er interessant nieuws in het NRC: http://www.nrc.nl/wetenschap/article2398109.ece/NWO_kiest_voor_vrij_toegankelijke_publicaties
    Toch heb ik moeite met de complottheorie van het expres twijfel zaaien. Blijkbaar zitten we als een boegbeeld met onze neus vooraan in de nieuwe ontwikkelingen en hebben de wetenschappers ook nog geen consensus bereikt over de vele verschillende termen.
    Je hebt wel een negatief beeld van de labonderzoeker zeg!🙂
    Groet,

  58. ing. St Hawk oktober 29, 2009 om 14:21

    Pierra,
    "Het doel is juist "twijfel zaaien" lees ik bij Tsjok en jij hebt daar moeite mee.
    Als leek viel mij van het begin af aan op dat Peter Borger niet zozeer een nieuwe theorie aan het opzetten is alswel het Oude Testament aan het herschrijven is met gebruikmaking van de vakbegrippen die hij als moleculair bioloog tot zijn beschikking heeft. Daarmee overdondert hij de leek misschien maar vergeet dat juist bij het opzetten van een nieuw idee de definities essentieel zijn voor het schragen van de constructie in aanbouw. Het bouwwerk is te doorzichtig om het bedrog te maskeren.
    Waar ik zelf echter van in de war raak zijn mensen als Gould en Conway Morris. Grote ego’s, grote denkers en zeer manifest aanwezig als het gaat om de boodschap die ze uitdragen. Daar is niets mis mee maar als ik ga twijfelen aan hun beweegredenen waarom ze iets extreem uitgebreid of juist zeer en passant behandelen loop ik soms stuk op begrippen die ze schijnbaar naar hun hand hebben gezet.
    Gould vocht zo vaak tegen het idee dat bepaalde eigenschappen verworven zouden zijn als gevolg van natuurlijke selectie dat hij wel antidarwinst leek en Conway Morris ziet zoveel convergentie dat de argeloze lezer begint te twijfelen of er toch niet ergens een sturend handje verstopt zit.
    Om dat te kunnen snappen mis ik de nodige kennis op het gebied van mutatiesnelheid, overerving en invloed van milieuaspecten.
    Als ik dan drie weken bezig ben om erachter te komen wat in een bepaald artikel bedoeld wordt met "gen" voel ik mij op de proef gesteld.
    Dus als ik af en toe een domme vraag stel komt dat niet alléén maar omdat ik een dommerdje ben.
    En Tsjok, een koninklijke weg is niet wat ik zoek. Ik heb er ontzettend veel lol in en ben blij dat de grijze cellen zo nu en dan zwaar op de proef gesteld worden.

  59. Pierra oktober 29, 2009 om 14:42

    @ing. St Hawk, misschien wilde je alleen dit statement plaatsen en niet eens antwoord op je reactie. Normaal gesproken is een gen een DNA-sequentie die mRNA produceert dat dan weer codeert voor een eiwit. Er zijn ook DNA-sequenties die RNA produceren die geen eiwit voortbrengen. Deze hebben vaak een regulerende functie. Het gen werd van oudsher beschouwd als een erfelijke eenheid. Inmiddels kan het gedefinieerd (wiki) worden als:De ontdekking van het bestaan van alternatieve splicingfactoren zorgt voor een gewijzigde definitie van een gen. De huidige definitie waarbij een gen bij eukaryoten codeert voor een eiwit is niet langer houdbaar. Sommigen hebben voorgesteld dat een gen als een tweevoudige informatie structuur gezien moet worden:
    * Een DNA-sequentie die codeert voor het pre-mRNA
    * Een toegevoegde DNA-code of ander reguleringsproces, dat de alternatieve splicing regelt.
    In de cel kunnen individuele genen van het DNA worden afgelezen en omgezet in zogenaamd messenger RNA (mRNA). Dit proces heet transcriptie. Aan de hand van een complex regelmechanisme dat aangeeft wanneer de cel behoefte heeft aan het eiwit dat door het gen wordt gecodeerd wordt beslist wanneer dit mRNA moet worden gemaakt. Allereerst wordt pre-mRNA aangemaakt dat door splicing omgezet wordt in mRNA. Het mRNA wordt in de cel afgelezen door ribosomen met behulp van transfer RNA (tRNA) moleculen die helpen om de aminozuren in de juiste volgorde aan te dragen. Het ribosoom koppelt deze aminozuren aan elkaar tot een polypeptide
    (een eiwit). Dit proces heet translatie.
    Nu blijkt dat ook veel andere factoren erfelijk zijn, moet ook de term gen beter gedefinieerd worden. Het gaat nl. niet alleen meer om alternatieve splicing.
    (Alternatieve splicing is een fenomeen dat vooral ten grondslag ligt aan de vorming van antilichamen).

  60. ing. St Hawk oktober 29, 2009 om 15:02

    Pierra,
    Ik ben heel blij met je reactie op mijn "statement". Ik begin gelukkig, mede met jouw hulp, steeds beter te snappen waar de echte bioloog het over heeft. Het is natuurlijk net zoiets als het gebruik van een term als "hedendaags" voor een componist die al twintig jaar dood is. Er komt in sommige gevallen nu eenmaal een dag dat de vlag de lading niet meer dekt.
    Het onderliggende probleem is wel, en daar zit ook een belangrijk deel van mijn fascinatie, dat de grote groep leken veel wijgemaakt kan worden. En hoe helderder de communicatie vanuit het vakgebied is, des te kleiner wordt de kans op ongelukken.

  61. Pierra oktober 29, 2009 om 15:25

    @ing. St Hawk, ik kom er zelf ook steeds meer achter dat er nog geen eenluidende terminologie bestaat en zelfs het idee van erfelijk materiaal, dat nog steeds uitsluitend aan DNA wordt gekoppeld, wordt overhoop gehaald. De eicel van de moeder bevat nl. veel mRNA dat dus in de eerste celdelingen van het embryo zijn effect kan hebben op van alles en nog wat. Ook de recente ontdekking van de aanwezigheid van piRNA’s, die het ‘springen’ binnen het genoom van transposonen inhibeert, wordt aan het embryo doorgegeven door de zaadcel. Dus ook erfelijkheid blijft onderwerp van onderzoek. Sommigen beweren zelfs dat ook het RNA tot erfelijk materiaal gerekend dient te worden.
    Dit is blijkbaar een gebied van pioniers dus is het een kwestie van het nieuws erover bijhouden.

  62. Bart Klink oktober 29, 2009 om 17:16

    @ Pierra
    Ik zou de term junk-DNA willen gebruiken voor al het DNA waarvoor we goede redenen hebben om te denken dat het geen functie heeft. Dat zijn dus niet alleen de pseudogenen (oorspronkelijke betekenis), maar ook bijvoorbeeld allerlei transposable elements (LINE’s, SINE’s enz.).
    De term niet-coderend DNA vind ik problematisch omdat dan niet duidelijk is of allerlei RNA-genen hiertoe gerekend moeten worden (ze coderen immers niet voor eiwitten).
    De theoretische gronden zijn bijvoorbeeld dat je van genduplicaten mag verwachten dat ze meestal redundant zijn. Ze kunnen dan vrij muteren, wat soms tot een nieuwe (sub)functie leidt (resulterend in genfamilies), maar meestal tot een steeds verdere degeneratie. Dit is wat Ohno in 1970 voorspelde in de laatste jaren bevestigd is, zie bijvoorbeeld:http://www.sciencemag.org/cgi/content/abstract/290/5494/1151http://www.pnas.org/content/103/50/19027.abstract
    Mensen en uien zijn beide diploïd, zie: http://www.genomicron.evolverzone.com/2007/04/onion-test/

  63. Pierra oktober 29, 2009 om 17:54

    @Bart, over de ui is tenminste alles duidelijk. Op: http://www.genomicron.evolverzone.com/2007/04/junctional-dna/ stelt de auteur voor om van ‘junctional’ (junk + functional) DNA te spreken. Zo heeft blijkbaar iedereen zijn voorkeuren.
    De link naar PNAS creeert opnieuw verwarring: A collection of human genes that have known functions have been examined for a history of gene duplications detected by means of amino acid sequence similarity by using BLASTp with an expectation of two or less (open criterion). Het lijkt erop of ze bekende genen (die eiwitten produceren) vergelijken met gedupliceerde genen door de aminozuurvolgorde te vergelijken. Ik had begrepen dat de gedupliceerde genen GEEN eiwitten (meer) aanmaken (Pseudogenen).
    Maar goed…
    Groet,

  64. ing. St Hawk oktober 29, 2009 om 18:05

    Zie je nou wel, jullie vinden het ook moeilijk !

  65. Pierra oktober 29, 2009 om 18:44

    @ing. St Hawk, en het wordt steeds ingewikkelder! Ook de introductie van LINE’s en SINE’s hoewel duidelijk gedefinieerd in de link van Bart, zijn uiteindelijk ‘gewoon’ transposonen. Het zou me niet verbazen als de transposonen op hun beurt weer deel uitmaken van CNV’s. Het junk-DNA of hoe je het ook wilt noemen zou dan voornamelijk uit CNV’s bestaan. Maar dat is waarschijnlijk wat te simplistisch. Ik ga het trouwens niet verder uitzoeken, en kijk naar eventueel meer nieuws.

  66. Bart Klink oktober 29, 2009 om 20:19

    @ Pierra
    Het lot van gedupliceerde genen kan verschillen omdat er een aantal mogelijkheden zijn. 1) Het duplicaat behoudt dezelfde functie als het origineel. 2) Het krijgt een nieuwe functie (neofunctionalisatie). 3) Het behoudt gedeeltelijk de oude of krijgt gedeeltelijk een nieuwe functie (subfunctionalisatie). 4) Het ‘muteert kapot’ tot een pseudogen. Zie verder het artikel van Lynch&Conery.
    Genen worden paraloog genoemd als ze door duplicatie aan elkaar verwant zijn. Door dit verwantschap van duplicaten kun je ze in families onderbrengen: genfamilies. Bijna alle genen in ons genomen blijken in dergelijke genfamilies ondergebracht te kunnen worden. Daar ging het artikel van Britten in de PNAS over. Genduplicatie is een belangrijk mechanisme om nieuwe genetische informatie te genereren in evolutie.

  67. Pierra oktober 29, 2009 om 20:47

    @Bart,
    erg nuttige en interessante informatie weer. Er blijft slechts de vraag over of deze genfamilies (duplicaties) deel uitmaken van het coderende of het niet-coderende DNA? of pas nadat het een subfunctie verkregen heeft of een pseudogen geworden is? Dat was ook de reden waarom ik het PNAS-artikel niet begreep. Ik vraag het je omdat ik zoiets pas na heel veel zoekwerk misschien zou kunnen terugvinden.
    Alvast dank voor je opheldering.
    Groet,

  68. Pierra oktober 29, 2009 om 22:06

    Dit is al de tweede keer dat ik een reactie op mijn mail zie maar niet op dit blog. Zucht.

  69. Tsjok45 oktober 29, 2009 om 22:08

    @Pierra
    Dat creationisme ( in het bijzonder de ID-insteek ) niet vies is van een verborgen theocratische agenda blijkt uit het wedge dokument ….http://en.wikipedia.org/wiki/Wedge_strategy
    "Teach the controversy " is wel degelijk een poging om twijfel te zaaien , in het bijzonder in de geest van ontvankelijke jonge mensen tijdens het (natuur)wetenschappelijke onderwijs ….
    Creationisme is geen wetenschap ; integendeel het is anti-en pseudo wetenschap die de verworven empirische , getoetse en momenteel best voorhanden kennis wil krachteloos maken omdat ze de hoogste autoriteit (= Sola scriptura ) aantast ….
    Daarbij is Creationistische wetenschap uitsluitend kritiek op de reguliere wetenschap die moet worden bestreden en onderuit gehaald dmv retoriek sofisterijen advocatentruuks en zelf gemaakte stroman versies (of van populaire / verouderde en gedepasseerde versies van de kennis uit vakgebieden die de waarheden van bepaalde overtuigingen onderuit dreigen te halen )van diezelfde wetenschap op de publieke maatschappelijke scene … Want telkens de natuurwetenschap een gat (of hiaat ) in de kennis opvult moeten de Mythen en de produkten van het wensdenken , op zoek naar een nieuw gat … en bij dat voortdurend op de vlucht zijn riskeren de hulpvaardige zeloot-verhuizers ( met achterlaten van snuisterijen en verzamelde rommel ) om de potten te breken, indien al niet hun dierbare vrachtje de nek te breken ….
    Maar goed het is natuurlijk een zijstraatje in deze discussie …
    Het trouwens ( zoals ik al aanstipte ) meer mijn persoonlijke mening maar die ik toch meen te kunnen onderbouwen met o.a. bovenstaand vermeld Wedge dokument ….http://www.antievolution.org/features/wedge.html
    En ja alweer in het Engels …Maar dat ligt voor de hand en wél omdat : het creationisme overal ter wereld is geinspireerd is door het amerikaans succesmodel en/of geschoeid is op die leest …. Het is een beklijvend export product net als coca cola
    P.S.
    Je hebt wel een negatief beeld van de labonderzoeker zeg!
    Ach , het was een geintje …
    Overigens zijn ook lab-onderzoekers en wetenschappers ook maar mensen ….met a
    en vandaar dat peer review nodig is om er alle persoonlijke en subjectieve eigenaardigheden eruit te filteren

  70. Bart Klink oktober 29, 2009 om 22:09

    Goede vraag. Het antwoord is: beide
    Een bekend voorbeeld is de familie van myo- en hemoglobine genen. Die bestaat uit een aantal werkende duplicaten (coderend voor eiwitten), maar ook uit de nodige pseudogenen (de exacte aantallen weet ik niet zo uit mijn hoofd). Wat ik wel uit mijn hoofd weet, is dat er van het cytochroom-c gen alleen al 49 pseudogenen in het menselijk genoom zitten.
    Britten heeft overigens alleen naar aminozuursequenties gekeken, en daarmee indirect dus alleen naar de coderende genen.

  71. Pierra oktober 29, 2009 om 22:31

    @Tsjok, schokkende link, wist er niets van. Maar dat er creationisten rondlopen is duidelijk. Zolang het belangrijkste deel van onderzoek in journals als Science, Nature, Cell, gepubliceerd worden maak ik me niet al teveel zorgen over de betrouwbaarheid van de resultaten. Ook om die reden baseer ik me vaak op de ‘neutrale’ wikipedia en populair wetenschappelijke berichten over artikelen uit die journals en niet zozeer op andere blogs.
    @Bart, helemaal duidelijk, vooral ook je laatste zin al blijft het moeilijk om het PNAS-artikel te begrijpen. Wie weet worden deze artikelen ooit openbaar (zie ook de link die ik aan Tsjok noemde (NRC). Hartelijk dank!
    Ik merk dat het VKblog elke dag meer hapert. (Het schijnt dat er niemand meer naar omkijkt). Tijd om backups te gaan maken van deze reacties.
    Groet,

  72. Tsjok45 oktober 29, 2009 om 22:37

    Overigens hoop ik dat het vervolg van deze reacties verder mag gaan zoals nu is opgestart ; met schitterende en erg informatieve /verhelderende gedachtenwisselingen met Bart Klink
    Inspirerend
    Mijn complimenten
    Tsjok

  73. ing. St Hawk oktober 29, 2009 om 23:53

    Pierra,
    Als je een beetje bijgekomen bent van het Wedgedokument, hoe vaak heeft er de laatste 25 jaar in Nederland een examenvraag over de evolutheorie deel uit gemaakt van het centraal schriftelijk eindexamen VWO ?

  74. Pierra oktober 30, 2009 om 00:14

    @Tsjok, bedankt ook namens Bart.
    @ing. St Haw, ik neem aan nooit? Eerlijk gezegd weet ik het niet, ik ben al 25 jaar in het buitenland. Nu gaat mijn nichtje in NL naar het gymnasium, die kan me vast wel vertellen wat ze behandelen tijdens biologieles. Jij zou het ook moeten weten via je familie. Maar het is overal bijna een taboe om expliciet les te geven in evolutietheorie, ook hier in Italie. Ook ik heb het een en ander zelf moeten uitzoeken, met behulp van de vele boeken die er (gelukkig) over te lezen zijn, al is dat al weer een tijdje geleden.
    Groet,

  75. ing. St Hawk oktober 30, 2009 om 00:29

    Pierra,
    Klopt, nog nooit. We laten de kerk hier liever in het midden.
    Ik vind het trouwens erg gezellig geworden op jouw blog en zie uit naar meer !
    Groet,

  76. Pierra oktober 30, 2009 om 00:39

    @ing. St Hawk, voornamelijk dankzij jouw bijdragen Hawk.
    Ik heb voorlopig nog geen nieuwe ideeen en dit weekend ga ik wat anders doen, dus het kan nog wel even duren. Maar elke dag is er weer wat nieuws dus je weet maar nooit.
    ….notte…

  77. Bart Klink oktober 30, 2009 om 12:03

    @ Pierra
    Beide artikelen zijn beschikbaar voor iedereen: het PNAS-artikel op de PNAS-site (klik rechts op PDF) en het Scienceartikel hier: http://www.yanaiweb.com/genome/GeneDup/Lynch_Conery.pdf (kan niet via de Sciencewebsite, tenzij je een abonnement hebt).

  78. Pierra oktober 30, 2009 om 16:06

    @Bart, vreemd, gisteren werd mij nog naar de login gevraagd. Tot nu toe heb ik alleen het PNAS-artikel bekeken. Het zal allemaal wel kloppen en het is interessant (voor mij) nieuws. Ik begrijp alleen niet hoe ze naar de langste ‘transcripts’ hebben kunnen kijken: dit zouden zogenaamde pre-RNAs zijn die nog al hun introns bevatten. Om dan vervolgens te kijken naar de proteine die hierdoor gecodeerd wordt lijkt mij in dat opzicht vreemd. Ik geef toe dat ik wat achterloop met de nieuwste methodes.
    Groet,

Praat mee en laat hier uw reactie achter

Vul je gegevens in of klik op een icoon om in te loggen.

WordPress.com logo

Je reageert onder je WordPress.com account. Log uit / Bijwerken )

Twitter-afbeelding

Je reageert onder je Twitter account. Log uit / Bijwerken )

Facebook foto

Je reageert onder je Facebook account. Log uit / Bijwerken )

Google+ photo

Je reageert onder je Google+ account. Log uit / Bijwerken )

Verbinden met %s

Zwervende gedachten

Een filosoof over argumentatie, biologie, handelingstheorie en wat hem verder invalt

Jonas Bruyneel

Literatuur/Journalistiek/Muziek

mjusicamanti.wordpress.com/

per amanti della vera musica

SangueVivo

Ancora solo un battito in più

Microplastics

INTERREG MICRO PROJECT

Scientia Salon

Philosophy, Science, and all interesting things in between

Infinite forme bellissime e meravigliose

si sono evolute e continuano a evolversi

Vita da simbionte

perché collaborare è talvolta meglio che combattere

Meneer Opinie

Altijd een mening, maar niet altijd gehinderd door kennis van zaken

The Cambrian Mammal

An evo-devo geek's scientific meanderings

Evolutie blog

bij dezen en genen

The Finch and Pea

The Public House for Science...

voelsprieten

* wonder van het alledaagse *

the aphid room

All about aphids... not simply bugs|

kuifjesimon

Just another WordPress.com site

The Amazing Comics Men

Comics by Dutch cartoonists Jan the Stripman & Wim the Mysterious Helpman

Barbara Jansma

Prenten, spotprenten en schilderijen

%d bloggers op de volgende wijze: